Sterkiella histriomuscorum , ранее Oxytricha trifallax , — вид инфузорий из рода Sterkiella , известный своими сильно фрагментированными геномами, которые использовались в качестве модели для генетики инфузорий.
Как и все инфузории , O. trifallax имеет два разных типа ядер: макронуклеусы , которые являются местом транскрипции и экспрессии генов, и микроядра , которые активны только во время полового размножения, но в остальном транскрипционно неактивны. Макронуклеусы образуются в результате дифференцировки микроядер, которая обычно включает в себя некоторую степень РНК-опосредованного редактирования ДНК. O. trifallax - первый секвенированный вид с необычно высокой степенью фрагментации макронуклеарного генома. До 96% микроядерного генома элиминируется при дифференцировке в макронуклеус; для сравнения, у других инфузорий, таких как Paramecium, удаляется только около 30%. Макронуклеарный геном имеет гаплоидный размер около 50 Мб. [2]
Хромосомы макронуклеуса также необычайно короткие . Макронуклеарный геном кодирует около 18 500 генов, но они распределены по 16 000 хромосомам, которые из-за своей длины называются нанохромосомами. [2] [3] Из-за их необычно коротких нанохромосом, большинство из которых содержат только один ген, их использовали в качестве модельного организма для изучения теломер и скрининга некодирующих генов РНК. [4]
The micronuclear genome has also been sequenced, and contains about 3,500 scrambled genes. Scrambled genes are genes whose individual segments are located in different parts of the micronuclear genome, and therefore have to be "unscrambled" during the DNA editing step into a conventional gene in the macronuclear genome. More than 225,000 individual DNA segments have to be unscrambled during the development of a macronuclear genome from its micronuclear precursor.[5]
The mitochondrial genome has also been sequenced, and is the largest known ciliate mitochondrial genome, with a length of about 70 kbp. Like other ciliate mitochondrial genomes, those of O. trifallax are linear molecules and contain a number of split genes. Their mitochondria also possess a separate plasmid, which may have been involved in horizontal gene transfer during the evolution of the mitochondrial genome.[6]
The taxonomy of O. trifallax has been contested. It was reclassified as Sterkiella histriomuscorum on the basis of morphological characteristics, but a molecular phylogeny supports the original classification as a species of Oxytricha.[7]