PyMOL — это система молекулярной визуализации с исходным кодом [3], созданная Уорреном Лайфордом ДеЛано . Первоначально она была коммерциализирована DeLano Scientific LLC, частной компанией-разработчиком программного обеспечения, которая занималась созданием полезных инструментов, которые стали бы общедоступными для научных и образовательных сообществ. В настоящее время она коммерциализирована Schrödinger, Inc. Поскольку первоначальная лицензия на программное обеспечение была разрешительной , они смогли удалить ее; новые версии больше не выпускаются под лицензией Python , а под пользовательской лицензией (предоставляющей широкое использование, распространение и права на модификацию, но передающей авторские права на любую версию Schrödinger, LLC.), [3] и часть исходного кода больше не выпускается. [4] PyMOL может создавать высококачественные 3D-изображения малых молекул и биологических макромолекул , таких как белки . По словам первоначального автора, к 2009 году почти четверть всех опубликованных изображений 3D-структур белков в научной литературе были сделаны с использованием PyMOL. [ необходима цитата ]
PyMOL — один из немногих инструментов визуализации моделей с открытым исходным кодом , доступных для использования в структурной биологии . Часть Py в названии программного обеспечения относится к программе, написанной на языке программирования Python .
PyMOL использует библиотеку OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) и FreeGLUT и может решать уравнения Пуассона–Больцмана с помощью адаптивного решателя Пуассона–Больцмана. [5] PyMOL использовал Tk для виджетов графического интерфейса и имел собственные двоичные файлы Aqua для macOS через Schrödinger , которые были заменены на пользовательский интерфейс PyQt на всех платформах с выпуском версии 2.0. [6]
Ранние версии PyMol были выпущены под лицензией Python . 1 августа 2006 года DeLano Scientific приняла систему загрузки с контролируемым доступом для предварительно скомпилированных сборок PyMOL (включая бета-версии), распространяемых компанией. Доступ к этим исполняемым файлам теперь ограничен зарегистрированными пользователями, которые платят клиентам; образовательные сборки доступны бесплатно для студентов и преподавателей. Тем не менее, большая часть текущего исходного кода продолжает быть доступна бесплатно, как и старые предварительно скомпилированные сборки. В то время как системы сборки для других платформ открыты, система сборки Windows API (WinAPI, Win32) не является таковой, хотя неофициальные двоичные файлы Windows доступны в сети. [7] Любой может либо скомпилировать исполняемый файл из исходного кода, лицензированного Python, либо оплатить подписку на службы поддержки, чтобы получить доступ к предварительно скомпилированным исполняемым файлам.
8 января 2010 года Schrödinger, Inc. достигла соглашения о приобретении PyMOL. Фирма взяла на себя разработку, обслуживание, поддержку и продажу PyMOL, включая все действующие на тот момент подписки. Они также продолжают активно поддерживать сообщество разработчиков программного обеспечения с открытым исходным кодом PyMOL. В 2017 году Schrödinger обновила систему распространения, чтобы унифицировать пользовательский интерфейс под Qt и управление пакетами под Anaconda , и выпустила ее как PyMol v2. [6] Эта версия ограничивает некоторые новые функции и добавляет водяной знак к визуализации, если она используется без лицензии после 30-дневного пробного периода; общая лицензионная политика аналогична системе DeLano. Исходный код остается в основном доступным, на этот раз по лицензии типа BSD. [8] Как и в предыдущем дистрибутиве, доступны неофициальные двоичные файлы Windows в формате wheel, [7] и, действительно, дистрибутивы Linux продолжают предоставлять свои собственные сборки открытого исходного кода.
PyMOL применяет раскраску шаров по элементам.
Философия открытого исходного кода
PyMOL — коммерческий продукт, но мы делаем большую часть его исходного кода свободно доступной по разрешительной лицензии. Проект с открытым исходным кодом поддерживается Schrödinger и в конечном итоге финансируется всеми, кто приобретает лицензию PyMOL.
Открытый исходный код делает возможной открытую науку.
Таково было видение оригинального автора PyMOL Уоррена Л. ДеЛано.
.svg/1280px-Free_and_open-source_software_logo_(2009).svg.png){kind=logo}