Швейцарский институт биоинформатики SIB — это академический некоммерческий фонд , который объединяет деятельность в области биоинформатики по всей Швейцарии .
Институт был основан 30 марта 1998 года, и его миссия заключается в предоставлении основных ресурсов биоинформатики национальному и международному сообществу исследователей в области естественных наук в таких областях, как геномика , протеомика и системная биология , а также в руководстве и координации области биоинформатики в Швейцарии. В частности, он содействует исследованиям, разрабатывает банки данных и компьютерные технологии, а также участвует в преподавательской и сервисной деятельности.
.jpg/1280px-Christophe_Dessimoz_ISMBECCB19-108_(48722254541).jpg)
Первоначально институт был создан для обеспечения рамок для стабильного долгосрочного финансирования как базы данных Swiss-Prot , так и узла Swiss EMBnet . В частности, Swiss-Prot пережил крупный финансовый кризис в 1996 году, [1] что привело к тому, что лидеры пяти исследовательских групп, работающих в области биоинформатики в Женеве и Лозанне , Рон Аппель , Амос Байрох , Филипп Бухер, Виктор Йонгенель и Мануэль Пайч, создали SIB. [2] После создания институт мог подать заявку на финансирование в соответствии со швейцарским законодательством, которое позволяет правительству финансировать до 50% расходов на жизненно важные исследовательские и учебные инфраструктуры. [3]
Первым директором института был Виктор Йонгенеел, за которым с 2001 по сентябрь 2007 года следовал Эрнест Фейтманс. С 1 октября 2007 года по июль 2018 года институт возглавлял Рон Аппель , один из его основателей. [4] [5] С июля 2018 года по март 2022 года SIB возглавляли Кристин Дюринкс и Рон Аппель в качестве совместных исполнительных директоров. С 1 апреля 2022 года Кристоф Дессимо сменил Кристин Дюринкс в качестве совместного исполнительного директора. [6] С октября 2022 года Кристоф Дессимо является единственным исполнительным директором после выхода на пенсию Рона Аппеля. [7]
SIB Swiss Institute of Bioinformatics — это федерация исследовательских групп с аффилированными биоинформатиками в 21 партнерских учреждениях SIB, включая университеты Базеля , Берна , Фрибурга , Женевы , Лозанны , Лугано и Цюриха , Федеральные технологические институты Лозанны и Цюриха , Институт биомедицинских исследований имени Фридриха Мишера , Институт онкологических исследований в Беллинцоне и Женевскую школу делового администрирования (HEG). Текущие исследовательские группы в SIB находятся в Базеле , Берне , Фрибурге , Женеве , Лозанне , Лугано , Цюрихе , Ивердоне , Веденсвиле , Беллинцоне и Давосе .
SIB объединяет более 70 исследовательских, сервисных и инфраструктурных групп, объединяя более 700 ученых в таких различных областях, как протеомика , транскриптомика , геномика , системная биология , структурная биоинформатика , эволюционная биоинформатика , моделирование, визуализация, биофизика , популяционная генетика и клиническая биоинформатика. SIB организует ежегодную международную научную встречу, [BC]2 Basel Computational Biology Conference .
Институт предлагает широкий спектр ресурсов для сообщества исследователей в области естественных наук, большинство из которых открыты и доступны через Expasy , портал биоинформатических ресурсов SIB. Они включают:
SIB разрабатывает и поддерживает базы данных международного уровня, включая UniProtKB/Swiss-Prot (курируемая база данных последовательностей белков, обеспечивающая высокий уровень аннотации), neXtProt (платформа знаний о белках, ориентированная на человека), репозиторий SWISS-MODEL (трехмерные модели структуры белков), STRING (сети взаимодействия белков для системной биологии), SwissRegulon (сети регуляции транскрипции по всему геному), база данных промоторов эукариот (EPD), SWISS-2DPAGE (база данных 2D-гелей), репозиторий WORLD-2DPAGE (репозиторий 2D-гелей), PROSITE (семейства и домены белков), MyHits (последовательности и мотивы белков), Bgee (база данных для извлечения и сравнения паттернов экспрессии генов между видами животных), OpenFlu (база данных для вирусов гриппа человека и животных), ViralZone (портал для записей вирусов UniProtKB), GlycoSuiteDB (база данных гликанов), SugarBindDB (база данных связывания сахара патогенов), OrthoDB (иерархический каталог ортологов эукариот), miROrtho (каталог генов микроРНК животных), ImmunoDB (гены и семейства генов, связанные с иммунитетом насекомых) и Cellosaurus (ресурс знаний о клеточных линиях).
SIB разрабатывает и поставляет программное обеспечение для мирового сообщества исследователей в области естественных наук, например, SWISS-MODEL (моделирование гомологии структуры белков), SwissDrugDesign (компьютерный дизайн лекарственных препаратов), Melanie (платформа для анализа 2D-гелей), MSight ( программное обеспечение для визуализации и анализа ЖХ-МС ), OMA (Orthology Matrix), V-pipe (конвейер вирусной геномики), DeepView/Swiss-PdbViewer (визуализация, моделирование и анализ белков) и утилиты Newick (высокопроизводительная обработка филогенетического дерева).
SIB управляет несколькими основными объектами биоинформатики, которые предоставляют информатику и статистическую поддержку, а также услуги и консультации ученым-биологам, что позволяет им проводить свои исследовательские проекты и анализировать полученные данные. Основные объекты были созданы для исследований в области геномики, транскриптомики и протеомики. SIB также поддерживает Центр высокопроизводительных вычислений Vital-IT , который предоставляет вычислительные ресурсы, поддержку разработки и консультации швейцарскому сообществу ученых-биологов как в академических кругах, так и в промышленности. Инфраструктура Vital-IT распределена по трем объектам: Университет Лозанны , EPFL и Женевский университет . Вычислительные ресурсы и экспертные знания в области биоинформатики также предоставляются в районе Базеля с помощью sciCORE, Базельского центра вычислительной биологии.
Одним из приоритетов SIB является продвижение и координация образования в области биоинформатики. Члены SIB напрямую или косвенно участвуют в ряде курсов по биоинформатике на всех уровнях образования – от средней школы до бакалавриата и магистратуры – а также в специализированной подготовке для ученых-биологов. SIB также продвигает сеть обучения PhD в области биоинформатики, которая открыта для аспирантов швейцарских высших учебных заведений. Цели этой сети двоякие:
SIB также занимается доведением биоинформатики до неспециалистов. Понимание растущей важности этой относительно новой науки в современном обществе становится основополагающим. Действительно, в не столь отдаленном будущем пациенты будут ссылаться на результаты, полученные непосредственно методами биоинформатики. С 2000 года, чтобы повысить осведомленность общественности, SIB принимал участие в многочисленных научных ярмарках, создал два онлайн-журнала, [8] [9] выставку на открытом воздухе и, в 2012 году, виртуальную выставку. [10]