В структуре белка STRIDE ( структурная идентификация ) представляет собой алгоритм определения элементов вторичной структуры белка с учетом координат атомов белка, определенных методами рентгеновской кристаллографии , ЯМР белка или другого метода определения структуры белка. В дополнение к критериям водородных связей , используемым более распространенным алгоритмом DSSP , критерии назначения STRIDE также включают потенциалы двугранных углов . По существу, его критерии определения отдельных вторичных структур более сложны, чем критерии DSSP. Энергетическая функция STRIDE содержит член водородной связи, содержащий потенциал Леннарда-Джонса 8-6, зависящий от расстояния, и два фактора угловой зависимости, отражающие планарность оптимизированной геометрии водородной связи. Критерии для отдельных элементов вторичной структуры, которые разделены на те же группы, что и группы, сообщаемые DSSP, также содержат статистические коэффициенты вероятности , полученные в результате эмпирических исследований решенных структур с визуально присвоенными элементами вторичной структуры, извлеченными из Банка данных белков .
Хотя DSSP является более старым методом и по-прежнему используется наиболее часто, в исходном определении STRIDE сообщалось, что он дает более удовлетворительное структурное присвоение по крайней мере в 70% случаев. В частности, было замечено, что STRIDE корректирует склонность DSSP присваивать более короткие вторичные структуры, чем было бы назначено опытным кристаллографом, обычно из-за незначительных локальных изменений в структуре, которые наиболее распространены вблизи концов элементов вторичной структуры. [1] Сообщается, что текущие реализации STRIDE и DSSP, использующие метод скользящего окна для сглаживания различий в назначении одиночных концевых остатков, согласуются в 95,4% случаев. [2] Считается, что и STRIDE, и DSSP, среди других распространенных методов назначения вторичной структуры, недооценивают пи-спирали . [3]