Index Fungorum — это международный проект по индексации всех официальных названий ( научных названий ) в царстве грибов . С 2015 года проект базируется в Королевских ботанических садах Кью , одном из трех партнеров наряду с Landcare Research и Институтом микробиологии Китайской академии наук .
Он в некоторой степени сопоставим с Международным индексом названий растений (IPNI), в котором также участвует Королевский ботанический сад. Разница в том, что там, где IPNI не указывает правильные названия , Index Fungorum указывает статус названия. В результатах со страницы поиска текущее правильное название указано зеленым цветом, а другие — синим (несколько неверных вариантов использования названий указаны красным цветом). Все названия связаны со страницами, где указано правильное название, со списками синонимов .
Index Fungorum — один из трех номенклатурных репозиториев, признанных Номенклатурным комитетом по грибам ; другими являются MycoBank и Fungal Names . [1] По состоянию на 2023 год более миллиона названий грибов были связаны с постоянными идентификаторами для связанных с ними публикаций в этих трех базах данных, причем Index Fungorum вносит значительный вклад в эти усилия. [2]
История индексации названий грибов восходит к началу 19 века, с несколькими примечательными компиляциями, приведшими к созданию Index Fungorum. Одной из самых ранних всеобъемлющих попыток была работа Пьера Андреа Саккардо «Sylloge Fungorum» (1882–1931), целью которой было собрать все известные названия грибов и их описания. В 20 веке «Списки» Франца Петрака (1920–1939) продолжили эту традицию, предоставив всеобъемлющий индекс новых названий грибов и литературных источников. [3] В последние годы Index Fungorum перешел от индексации после публикации к регистрации до публикации. Этот сдвиг направлен на оптимизацию процесса записи новых названий грибов и номенклатурных актов. В рамках этого перехода Index Fungorum разрабатывает автоматизированный конвейер регистрации-публикации в сотрудничестве с другими крупными реестрами таксономических названий. [4]
Развитие Index Fungorum можно проследить через различные институциональные изменения. Он возник в результате усилий Имперского бюро микологии (IBM), основанного в 1920 году, которое позже стало Микологическим институтом Содружества (CMI) в 1948 году. В 1986 году он стал частью CAB International , в конечном итоге превратившись в текущий проект Index Fungorum. [3] По состоянию на 2016 год планировалось переместить систему Index Fungorum в Королевские ботанические сады в Кью, где она будет работать вместе с Международным индексом названий растений (IPNI). Ожидается, что этот шаг будет способствовать более тесной интеграции между системами регистрации названий растений и грибов. [4]
С 1 января 2013 года новые названия грибов должны ссылаться на идентификатор, выданный признанным репозиторием до публикации, как предписано Международным кодексом номенклатуры водорослей, грибов и растений. Это требование еще больше укрепило важность Index Fungorum и его аналогов в области таксономии грибов. [5]
Index Fungorum стремится быть полным списком всех названий грибов, которые когда-либо были валидно определены. Это включает названия, которые могут быть конфликтующими или больше не используются. База данных охватывает широкий спектр номенклатурных актов, включая новые таксоны всех рангов от надсемейных до внутривидовых , новые заменяющие названия , новые комбинации и различные типы типизации. Она также включает названия лишайниковых грибов, которые исторически иногда рассматривались отдельно. [3] [5] С 1 января 2019 года Index Fungorum также регистрирует новые обозначения типов для ранее описанных таксонов в ранге вида или ниже. Это включает лектотипификации, неотипификации и эпитипификации. Эти акты типизации должны быть зарегистрированы, а идентификатор должен быть указан в публикации. [6]
Основная часть Index Fungorum предназначена для того, чтобы быть глобальным списком всех названий грибов, которые когда-либо были валидно определены, но многие из них конфликтуют или больше не используются. Species Fungorum — тесно связанный проект, базирующийся в Королевских ботанических садах Кью, поддерживаемый CABI для определения согласованного подмножества названий Index Fungorum , которые могут быть рекомендованы как в настоящее время валидные. Можно выполнять поиск либо в списке Index Fungorum , либо в списке Species Fungorum по отдельности, и результаты Index Fungorum также дают перекрестную ссылку на Species Fungorum , где запись доступна — названия без такой ссылки, как правило, представляют только исторический интерес и не должны считаться надежными для настоящего использования. [7] [8]
Составление всеобъемлющего индекса названий грибов представляет собой ряд проблем. К ним относятся работа с устаревшими названиями, сложность поиска новых названий в журналах по всему миру и необходимость обработки растущего объема новых описываемых таксонов грибов. Разработка электронных баз данных помогла решить некоторые из этих проблем, но задача остается сложной и продолжающейся. [3] Для стандартизации своего формата данных и улучшения взаимодействия с другими системами Index Fungorum планирует принять схему концепции таксона в качестве своего основного стандарта для регистрации и индексации новых названий и других номенклатурных актов. [4]
Одной из особых проблем при составлении названий грибов является проблема « длинного хвоста », когда многие названия публикуются в небольших, малоизвестных публикациях. Это затрудняет достижение полного охвата литературы, особенно для старых публикаций. [2]
Index Fungorum предоставляет идентификаторы наук о жизни (LSID) для записей в своей базе данных. Эта функция помогает однозначно идентифицировать и ссылаться на таксоны грибов в различных базах данных и публикациях. Index Fungorum разрабатывает основанный на XML рабочий процесс «машина-машина» для регистрации. Этот автоматизированный процесс предназначен для работы с системами издателей, позволяя проводить эффективную предварительную регистрацию названий грибов. Система является частью более широких усилий по созданию стандартизированного процесса регистрации в нескольких реестрах таксономических названий. [4]
Концепция регистрации названий грибов со временем претерпела изменения. В последние годы это привело к развитию систем онлайн-регистрации, таких как MycoBank , которые работают вместе с Index Fungorum , чтобы гарантировать, что новые названия грибов будут надлежащим образом зарегистрированы и станут доступны научному сообществу. [3]
Index Fungorum также предоставляет веб-сервис протокола SOAP для поиска в своей базе данных и получения записей. Доступен файл WSDL, описывающий сервисы. [9] Index Fungorum придерживается принципов данных FAIR (Findable, Accessible, Interoperable и Reusable), которые необходимы для эффективного обмена и использования научных данных. Это обязательство повышает полезность базы данных для исследователей и ее интеграцию с другими ресурсами информатики биоразнообразия. [6] Index Fungorum является одним из трех официальных реестров названий грибов, наряду с MycoBank и Fungal Names , признанных Международным комитетом по номенклатуре грибов. Эти три репозитория ежемесячно синхронизируют свои данные для поддержания согласованности на разных платформах. Эта система гарантирует, что микологическое сообщество имеет доступ к актуальной и гармонизированной номенклатурной информации. Сотрудничество между этими репозиториями представляет собой значительный прогресс в стандартизации и доступности номенклатуры грибов. [5]
Для облегчения точной записи и поиска данных номенклатуры грибов Index Fungorum рекомендует специальные стандарты для метаданных образцов . Это включает в себя подробную информацию о месте сбора, среде обитания, субстрате , дате сбора и информацию о репозитории. Эти стандарты помогают гарантировать, что база данных предоставляет исчерпывающую и полезную информацию для таксономистов и других исследователей. [6]