База данных токсинов и токсинов-мишеней (T3DB) [ 1] [2], также известная как база данных токсичных экспосом , представляет собой свободно доступную онлайн-базу данных распространенных веществ, токсичных для человека, а также их белковых , ДНК- или органных мишеней . В настоящее время в базе данных содержится около 3700 токсичных соединений или ядов, описанных почти 42 000 синонимами. Этот список включает различные группы токсинов , включая распространенные загрязнители , пестициды , наркотики , пищевые токсины, бытовые и промышленные/рабочие токсины, сигаретные токсины и уремические токсины . Эти токсичные вещества связаны с 2086 соответствующими записями о белках/ДНК-мишенях. Всего имеется 42 433 ассоциации токсичных веществ и токсинов. Каждая запись токсичного соединения (ToxCard) в T3DB содержит около 100 полей данных и содержит информацию, такую как химические свойства и дескрипторы, механизмы действия , значения токсичности или летальной дозы , молекулярные и клеточные взаимодействия, медицинскую (симптомы и лечение) информацию (рис. 1–3), спектры ЯМР и МС , а также гены с повышенной и пониженной регуляцией . Эта информация была извлечена из более чем 18 000 источников, включая другие базы данных, правительственные документы, книги и научную литературу.
Основное внимание в T3DB уделяется предоставлению механизмов токсичности и идентификации целевых белков для распространенных токсичных веществ. Хотя существует ряд других баз данных токсичных соединений, их акцент делается на охвате большого количества химических соединений, которые почти никогда не встречаются за пределами химической лаборатории. T3DB пытается собирать данные только о тех токсичных веществах, которые широко распространены или широко используются и были обнаружены или измерены у людей. T3DB полностью доступна для поиска и поддерживает обширный текст, последовательность, химическую структуру , реляционные запросы и спектральный поиск. Она смоделирована по образцу и тесно связана с базой данных метаболома человека ( HMDB ) и DrugBank . Потенциальные приложения T3DB включают метаболомику и исследования воздействия на окружающую среду, прогнозирование метаболизма токсичных соединений , прогнозирование взаимодействия токсинов и лекарственных средств и общую осведомленность о токсичных веществах.
Все данные в T3DB не являются собственностью или получены из источника, не являющегося собственностью. Они находятся в свободном доступе и доступны любому. Кроме того, почти каждый элемент данных полностью прослеживается и явно ссылается на исходный источник. Данные T3DB доступны через публичный веб-интерфейс и загрузки.