Термоанаэробактер

Род бактерий

Thermoanaerobacter — род в типе Bacillota ( Бактерии ). ^[1] Представители этого рода являются термофильными и анаэробными , некоторые из них ранее были описаны как виды Clostridium и представители ныне устаревших родов Acetogenium и Thermobacteroides ^{[2] [3]}

Этимология

Название Thermoanaerobacter происходит от:
греческого прилагательного thermos (θερμός) , горячий; греческого префикса an (ἄν) , не; греческого существительного aer, aeros (ἀήρ, ἀέρος) , воздух; неолатинского существительного мужского рода bacter , номинально означающего «стержень», но на самом деле означающего бактерию, стержень; неолатинского существительного мужского рода Thermoanaerobacter , стержень, который растет в отсутствие воздуха при повышенных температурах. ^[4]

Разновидность

Род включает 15 видов, а именно ^[4]

• T. acetoethylicus (Ben-Bassat и Zeikus 1983) Rainey и Stackebrandt 1993 ( латинское существительное acetum , уксус; неолатинское прилагательное ethylicus , относящееся к этиловому спирту; неолатинское прилагательное мужского рода acetoethylicus , предназначенное для обозначения производства уксусной кислоты и этанола.) Этот вид, ранее известный как Thermobacteroides acetoethylicus , раньше был типовым видом Thermobacteroides , но был перенесен в род Thermoanaerobacter , в то время как другой член рода Thermobacteroides , Thermobacteroides proteolyticus, был переклассифицирован как Coprothermobacter proteolyticus ^[3]
• T. brockii (Zeikus et al . 1983) Lee et al . 1993 ( неолатинский родительный падеж существительного brockii , от Brock, назван в честь Томаса Дейла Брока , который был пионером исследований по физиологии и экологии термофилов .) этот вид ранее был известен как Thermoanaerobium brockii ^{[5] [6]}
• T. ethanolicus Wiegel и Ljungdahl 1982 (Типовой вид рода; неолатинское существительное ethanol , этанол;  латинское окончание мужского рода - icus , суффикс, используемый со значением «относящийся к чему-либо»; неолатинское прилагательное мужского рода ethanolicus , указывающее на производство этанола.) ^[7]
• " T. inferii " Орлигссон и Бек 2007
• T. italicus Kozianowski et al . 1998 ( латинское прилагательное мужского рода italicus , относящееся к Италии, где был выделен организм.) ^[8]
• " T. keratinophilus " Ризен и Антраникян 2001
• T. kivui (Leigh and Wolfe 1983) Collins et al . 1994 ( Неолатинский родительный падеж существительного kivui , относящийся к Киву, названный по своему источнику, озеру Киву.) Этот вид раньше был известен как Acetogenium kivui (единственный представитель прежнего рода), прежде чем был перенесен в этот род ^[9]
• Т. mathranii Larsen et al . 1998 ( неолатинский родительный падеж существительного mathranii , Матрани, в честь покойного Индры М. Матрани, который за свою короткую карьеру внес свой вклад в понимание термофильных анаэробов из горячих источников.) ^{[10] [11]}
• T. pentosaceus Томас, Каракашев и Ангелидаки 2013 ^[12]
• T. pseudethanolicus Onyenwoke et al . 2007 ( греческое прилагательное  pseudēs , ложный; неолатинское прилагательное ethanolicus , специфичный для бактерий эпитет; неолатинское прилагательное мужского рода pseudethanolicus , ложный ( Thermoanaerobacter ) ethanolicus .) ^[13]
• T. siderophilus Слободкин и др . 1999 ( греч. существительное sideros , железо; неолатинское прилагательное philus от греч. прилагательного philos (φίλος) , означающего друг, любящий; неолатинское прилагательное мужского рода siderophilus , любящий железо.) ^[14]
• T. spermligignens Lee et al . 2007 ( латинское существительное surf , сера; латинское причастие прилагательное gignens , производящий; неолатинское причастие прилагательное spermligignens , производящий серу.) ^[15]
• T. spermophilus Бонч-Осмоловская 1998 ( латинское существительное sulfur , сера; новолатинское прилагательное philus от греческого прилагательного philos (φίλος) — друг, любящий; новолатинское прилагательное мужского рода sulfurophilus — любящий элементарную серу.) ^[16]
• T. thermocopriae (Jin, Yamasato & Toda 1988) Collins et al . 1994 ( греческое существительное thermē (θέρμη) — тепло; греческое существительное kopria — навозная куча; неолатинский родительный падеж существительное thermocopriae — тепловой компост.) Этот вид ранее был известен как Clostridium thermocopriae ^[9]
• T. thermohydrosulfuricus (Klaushofer и Parkkinen 1965) Lee et al . 1993 ( греч. прилагательное thermos (θερμός) , горячий; неолатинское прилагательное мужского рода hydrosulfuricus , относящееся к сероводороду; неолатинское прилагательное мужского рода thermohydrosulfuricus , указывающее на то, что организм растет при высоких температурах и восстанавливает сульфит до H2S _. ), этот вид также раньше назывался Clostridium thermohydrosulfuricum ^[6]
• T. uzonensis Wagner et al . 2008 ( неолатинское прилагательное мужского рода uzonensis , относящееся к кальдере Узон, Камчатка, Дальний Восток России.) ^[17]
• Т. wiegelii Cook et al . 1996 ( Неолатинский родительный падеж существительного wiegelii , Юргена Вигеля, в знак признания его вклада в изучение термофильных анаэробов.) ^[18]

Три бывших члена этого рода, T. subterraneus , T. tengcongensis и T. yonseiensis , были переклассифицированы как подвиды Caldanaerobacter subterraneus ^[19]

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих постоянное место в номенклатуре (LPSN) ^[20] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) ^[21].

Смотрите также

• Бактериальная таксономия
• Микробиология
• Список бактериальных отрядов
• Список родов бактерий

Ссылки

1. Классификация рода Thermoanaerobacter в LPSN ; Parte, Aidan C.; Sardà Carbasse, Joaquim; Meier-Kolthoff, Jan P.; Reimer, Lorenz C.; Göker, Markus (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. doi : 10.1099/ijsem.0.004332 .
2. Коллинз, MD; Лоусон, PA; Виллемс, A; и др. (1994). «Филогения рода Clostridium: предложение пяти новых родов и одиннадцати новых видов». Int. J. Syst. Bacteriol . 44 (4): 812–26. doi : 10.1099/00207713-44-4-812 . PMID  7981107.
3. Rainey, FA; Stackebrandt, E. (1993). «Перенос типового вида рода Thermobacteroides в род Thermoanaerobacter как Thermoanaerobacter acetoethylicus (Ben-Bassat and Zeikus 1981) comb. nov., описание Coprothermobacter gen. nov. и переклассификация Thermobacteroides proteolyticus как Coprothermobacter proteolyticus (Ollivier et al. 1985) comb. nov». Int. J. Syst. Bacteriol . 43 (4): 857–859. doi : 10.1099/00207713-43-4-857 .
4. Thermoanaerobacter в LPSN ; Parte, Aidan C.; Sardà Carbasse, Joaquim; Meier-Kolthoff, Jan P.; Reimer, Lorenz C.; Göker, Markus (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот со стойкой в ​​номенклатуре (LPSN) перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. doi : 10.1099/ijsem.0.004332 .
5. Zeikus, JG; Hegge, PW; Anderson, MA (1979). «Thermoanaerobium brockii gen. nov. and sp. nov., новая хемоорганотрофная, кальдоактивная, анаэробная бактерия». Архивы микробиологии . 122 (1): 41–48. doi :10.1007/BF00408044.
6. Lee, YE; Jain, MK; Lee, C.; Lowe, SE; Zeikus, JG (1993). «Таксономическое различие сахаролитических термофильных анаэробов: описание Thermoanaerobacterium xylanolyticum gen. nov., sp. nov. и Thermoanaerobacterium saccharolyticum gen. nov., sp. nov.; переклассификация Thermoanaerobium brockii, Clostridium thermosulfurogenes и Clostridium thermohydrosulfuricum E100-69 как Thermoanaerobacter brockii comb. nov., Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes comb. nov. и Thermoanaerobacter thermohydrosulfuricus comb. nov. соответственно; и перенос Clostridium thermohydrosulfuricum 39E в Thermoanaerobacter ethanolicus». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 43 (1): 41–51. doi :10.1099/00207713-43-1-41.
7. Wiegel, JR; Ljungdahl, LG (1981). «Thermoanaerobacter ethanolicus gen. Nov., spec. Nov., новая, экстремально термофильная, анаэробная бактерия». Архивы микробиологии . 128 (4): 343–348. doi :10.1007/BF00405910.
8. Козиановски, Г.; Канганелла, Ф.; Рейни, ФА; Хиппе, Х.; Антраникян, Г. (1997). «Очистка и характеристика термостабильных пектат-лиаз из недавно выделенной термофильной бактерии Thermoanaerobacter italicus sp. Nov». Extremophiles . 1 (4): 171–182. doi :10.1007/s007920050031. PMID  9680298.
9. Коллинз, MD; Лоусон, PA; Виллемс, A.; Кордова, JJ; Фернандес-Гарайзабаль, J.; Гарсия, P.; Кай, J.; Хиппе, H.; Фэрроу, JAE (1994). «Филогения рода Clostridium: предложение о пяти новых родах и одиннадцати новых комбинациях видов». Международный журнал систематической бактериологии . 44 (4): 812–826. doi : 10.1099/00207713-44-4-812 . ISSN  0020-7713. PMID  7981107.
10. Ларсен, Л.; Нильсен, П.; Аринг, Б.К. (1997). «Thermoanaerobacter mathranii sp. nov., этанол-продуцирующая, чрезвычайно термофильная анаэробная бактерия из горячего источника в Исландии». Архивы микробиологии . 168 (2): 114–119. doi :10.1007/s002030050476. PMID  9238102.
11. «Список новых названий и новых комбинаций, ранее эффективно, но недействительно опубликованных». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (ч. 1): 1. 2007. doi : 10.1099/ijs.0.64923-0 . PMID  17220429.
12. Томас, А. Ф.; Каракашев, Д.; Ангелидаки, И. (2013). «Thermoanaerobacter pentosaceus sp. nov., анаэробная, чрезвычайно термофильная, высокоэтанольная бактерия, выделенная из бытовых отходов». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 63 (7): 2396–2404. doi :10.1099/ijs.0.045211-0. PMID  23178727.
13. Onyenwoke, RU; Kevbrin, VV; Lysenko, AM; Wiegel, J. (2007). "Thermoanaerobacter pseudethanolicus sp. nov., термофильный гетеротрофный анаэроб из Йеллоустонского национального парка". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (10): 2191–2193. doi : 10.1099/ijs.0.65051-0 . PMID  17911280.
14. Слободкин, А.И.; Турова, Т.П.; Кузнецов, Б.Б.; Кострикина, Н.А.; Черных, Н.А.; Бонч-Осмоловская, Е.А. (1999). "Thermoanaerobacter siderophilus sp. nov., новая диссимиляторная Fe(III)-восстанавливающая, анаэробная, термофильная бактерия". Международный журнал систематической бактериологии . 49 (4): 1471–1478. doi : 10.1099/00207713-49-4-1471 . PMID  10555328.
15. Ли, Y. -J.; Дашти, M.; Прейндж, A.; Рейни, FA; Роде, M.; Уитман, WB; Вигель, J. (2007). "Thermoanaerobacter sexualigignens sp. nov., анаэробная термофильная бактерия, которая восстанавливает 1 M тиосульфата до элементарной серы и переносит 90 mM сульфита". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 57 (7): 1429–1434. doi : 10.1099/ijs.0.64748-0 . PMID  17625170.
16. Бонч-Осмоловская, Е.А.; Мирошниченко, М.Л.; Черных, Н.А.; Кострикина, Н.А.; Пикута, Е.В.; Рейни, ФА (1997). «Восстановление элементарной серы умеренно термофильными органотрофными бактериями и описание Thermoanaerobacter spermophilus sp. nov». Микробиология . 66 : 483–489.
17. Вагнер, ID; Чжао, В.; Чжан, CL; Романек, CS; Роде, М.; Вигель, Дж. (2008). «Thermoanaerobacter uzonensis sp. nov., анаэробная термофильная бактерия, выделенная из горячего источника в кальдере Узон, Камчатка, Дальний Восток России». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 58 (11): 2565–2573. дои : 10.1099/ijs.0.65343-0 . ПМИД  18984694.
18. Кук, GM; Рейни, FA; Патель, BKC; Морган, HW (1996). «Характеристика нового облигатно анаэробного термофила, Thermoanaerobacter wiegelii sp. nov». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 46 (1): 123–127. doi : 10.1099/00207713-46-1-123 . PMID  8573487.
19. Fardeau, M.; Salinas, M.; L'Haridon, S.; Jeanthon, C.; Verhé, F.; Cayol, J.; Patel, B.; Garcia, J.; Ollivier, B. (2004). «Выделение из нефтяных резервуаров новых термофильных анаэробов, филогенетически связанных с Thermoanaerobacter subterraneus: переназначение T. subterraneus, Thermoanaerobacter yonseiensis, Thermoanaerobacter tengcongensis и Carboxydibrachium pacificum в Caldanaerobacter subterraneus gen. nov., sp. nov., comb. nov. как четыре новых подвида». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 54 (2): 467–474. doi : 10.1099/ijs.0.02711-0 . PMID  15023962.
20. JP Euzéby. "Thermoanaerobacter". Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре (LPSN) . Получено 09.09.2022 .
21. Sayers; et al. "Thermoanaerobacter". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 2022-09-09 .
22. "The LTP" . Получено 20 ноября 2023 г. .
23. "Дерево LTP_all в формате newick" . Получено 20 ноября 2023 г.
24. "LTP_08_2023 Release Notes" (PDF) . Получено 20 ноября 2023 г.
25. "GTDB release 08-RS214". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
26. "bac120_r214.sp_label". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
27. "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.