stringtranslate.com

Тэнди Уорнов

Тэнди Уорнов — американский учёный-компьютерщик и заслуженный профессор кафедры инженерии имени Грейнджера в Иллинойсском университете в Урбане-Шампейне . [4] [5] Она известна своими работами по реконструкции эволюционных деревьев , как в биологии, так и в исторической лингвистике , а также методами выравнивания множественных последовательностей. [6]

Биография

Уорнов получила степень бакалавра и магистра по математике в Калифорнийском университете в Беркли , получив степень бакалавра в 1984 году и степень доктора философии [2] в 1991 году под руководством Юджина Лоулера . Другими членами ее диссертационного комитета были Ричард Карп , Мануэль Блюм , Дэн Гасфилд и Дэвид Гейл . [2]

Исследования и карьера

После постдокторских исследований в Университете Южной Калифорнии с 1991 по 1992 год (руководители постдокторантов Майкл Уотерман и Саймон Таваре ) и в Национальных лабораториях Сандия в Альбукерке с 1992 по 1993 год она заняла должность преподавателя в Университете Пенсильвании , где она оставалась до переезда в Техасский университет в 1999 году. В 2014 году Уорнов присоединилась к преподавательскому составу Иллинойсского университета в Урбане-Шампейне (UIUC), где она является заслуженным заведующим кафедрой инженерии имени Грейнджера и заместителем заведующего кафедрой компьютерных наук. Уорнов имеет любезные назначения на кафедрах биологии животных, биоинженерии, электротехники и компьютерной инженерии, энтомологии, математики, биологии растений и статистики. [5] [7]

В 1995 году исследования Уорноу, Дональда Ринге и Энн Тейлор в Университете Пенсильвании, основанные на совершенных вычислениях филогении , предоставили всеобъемлющую теорию для определения времени ранних подразделений в индоевропейских языках . Их вычисления подтвердили индо-хеттскую гипотезу, согласно которой первыми из этих подразделений, отделившимися от остальных индоевропейских языков, были анатолийские языки . Их результаты также подтверждают греко-армянскую гипотезу, согласно которой армянский язык и греческий язык образуют подсемью индоевропейских языков. Они вписывают германские языки в эволюционное древо индоевропейских языков, ранее считавшееся проблематичным, выдвинув гипотезу, что протогерманский язык был тесно связан с балто-славянскими языками , но затем был изменен миграциями германских племен на запад, что привело их к контакту с италийскими и кельтскими носителями. [8] Этот идеальный подход к филогении был позднее расширен Уорновом и его коллегами, чтобы допустить необнаруженные заимствования между языками, так что эволюция языка моделируется с помощью сети, а не дерева. [9]

В 2009 году Уорнов и ее коллеги выпустили свое программное обеспечение SATé для совместной оценки биологических множественных последовательностей выравниваний и эволюционных деревьев. [10] Их программное обеспечение основано на менее твердых математических принципах, чем некоторые предыдущие методы совместной оценки (такие как BAli-Phy [11] ), но оно значительно быстрее, позволяя быстро строить высокоточные деревья и выравнивания для тысяч видов. Для сравнения, медленная производительность предыдущих методов ограничивала их только сравнением десятков видов за раз. [12] [13]

Ее работа с 2014 года была сосредоточена на трех темах: масштабирование множественных выравниваний последовательностей до сверхбольших наборов данных, оценка деревьев видов с использованием нескольких генов (и решение проблемы гетерогенности деревьев генов из-за неполной сортировки по линиям ) и метагеномика. Ее основные вклады в эти темы включают метод PASTA для совместной оценки выравниваний и деревьев, который улучшает SATé и может производить высокоточные выравнивания с использованием до 1 000 000 последовательностей. [14] Она также разработала метод ASTRAL для оценки деревьев видов, который является статистически последовательным методом построения деревьев видов при наличии неполной сортировки по линиям. [15]

Награды и почести

Уорнов была названа почетным заведующим кафедрой инженерии имени Грейнджера в 2020 году и профессором-основателем инженерии в 2014 году (оба в UIUC), а также профессором Дэвида Брутона-младшего в области компьютерных наук в Техасском университете в Остине в 2010 году. [5] Уорнов также получила стипендию Фонда Джона Саймона Гуггенхайма в 2011 году, стипендию Института Рэдклиффа в 2003 году, стипендию Фонда Дэвида и Люсиль Паккард в 1996 году и премию NSF Young Investigator Award в 1994 году. [5] В 2015 году она была названа членом Ассоциации вычислительной техники (ACM) «за вклад в математическую теорию, алгоритмы и программное обеспечение для крупномасштабной молекулярной филогенетики и исторической лингвистики». [16] В 2017 году она была избрана членом Международного общества вычислительной биологии (ISCB). [17] Она была включена в число членов Американской ассоциации содействия развитию науки 2021 года . [18]

Личная жизнь

Мать Уорнов была известным архивариусом Джоан Уорнов-Блеветт , а ее отцом был Мортон Уорнов, сын лидера группы Марка Уорнова и племянник композитора Рэймонда Скотта . [19] Ее сестра-близнец — Киммен Сьоландер , исследователь биоинформатики и почетный преподаватель Калифорнийского университета. Она замужем за Джорджем Чако, научным сотрудником по компьютерным наукам в Инженерном колледже Грейнджера UIUC , [20] . У Уорнов двое детей: дочери Кристин и Менака. [19]

Ссылки

  1. ^ Публикации Тэнди Уорноу, проиндексированные Google Scholar
  2. ^ abc Warnow, Tandy Jo (1991). Комбинаторные алгоритмы построения филогенетических деревьев (диссертация на соискание степени доктора философии). Калифорнийский университет в Беркли. OCLC  25765772. ProQuest  303937362.
  3. ^ Nakhleh, Luay (2004). Филогенетические сети (диссертация доктора философии). Техасский университет в Остине. hdl :2152/2126.
  4. ^ Официальный сайт Тэнди Варноу
  5. ^ abcd «Биографическая справка Тэнди Варноу» (PDF) ., получено 10.09.2020.
  6. ^ Уорнов, Тэнди (2017), Вычислительная филогенетика: Введение в разработку методов оценки филогении , Cambridge University Press, ISBN 9781107184718
  7. ^ Тэнди Джо Уорнов в проекте «Генеалогия математики»
  8. Джонсон, Джордж (2 января 1996 г.), «Создано новое генеалогическое древо для индоевропейцев», New York Times.
  9. ^ Nakhleh, Luay; Ringe, Donald A.; Warnow, Tandy (2005). «Идеальные филогенетические сети: новая методология реконструкции эволюционной истории естественных языков». Language . 81 (2): 382–420. CiteSeerX 10.1.1.65.1791 . doi :10.1353/lan.2005.0078. S2CID  162958. 
  10. ^ Лю, К.; Рагхаван, С.; Нелесен, С.; Линдер, CR; Варнов, Т. (18 июня 2009 г.). «Быстрая и точная крупномасштабная оценка выравниваний последовательностей и филогенетических деревьев». Science . 324 (5934): 1561–1564. Bibcode :2009Sci...324.1561L. doi :10.1126/science.1171243. PMID  19541996. S2CID  8667974.
  11. ^ Сушард, Марк; Ределингс, Бен (2006). «BAli-Phy: одновременный байесовский вывод выравнивания и филогении». Биоинформатика . 22 (16): 2047–2048. doi : 10.1093/bioinformatics/btl175 . PMID  16679334.
  12. ^ «Метод вычисления эволюционных деревьев может произвести революцию в эволюционной биологии», ScienceDaily , 18 июня 2009 г..
  13. ^ Клок, Джо (1 июля 2009 г.), «Как построить лучшее дерево жизни: нетрадиционный подход к анализу молекулярных последовательностей позволяет исследователям строить более крупные эволюционные деревья», Seed , архивировано из оригинала 4 июля 2009 г..
  14. ^ Mirarab, S.; Nguyen, N.; Guo, S.; Wang, L.-S.; Kim, J.; Warnow, T. (2014). "PASTA: Сверхбольшое множественное выравнивание последовательностей для последовательностей нуклеотидов и аминокислот". Журнал вычислительной биологии . 22 (5): 377–386. doi :10.1089/cmb.2014.0156. PMC 4424971. PMID 25549288  . 
  15. ^ Mirarab, S.; Warnow, T. (2015). «ASTRAL-II: оценка дерева видов на основе объединения со многими сотнями таксонов и тысячами генов». Биоинформатика . 31 (12): i44–i52. doi :10.1093/bioinformatics/btv234. PMC 4765870. PMID  26072508 . 
  16. ^ «Названы стипендиаты ACM за инновации в области вычислительной техники, продвигающие технологии в цифровую эпоху». ACM. 8 декабря 2015 г. Архивировано из оригинала 9 декабря 2015 г. Получено 9 декабря 2015 г.
  17. ^ "13 февраля 2017 г.: Международное общество вычислительной биологии называет семь членов в качестве стипендиатов ISCB 2017 года". www.iscb.org . Получено 13 февраля 2017 г.
  18. ^ "Стипендиаты 2021 года". Американская ассоциация содействия развитию науки . Получено 28.01.2022 .
  19. ^ ab "Family". Университет Иллинойса в Урбане–Шампейне . Архивировано из оригинала 2021-07-25 . Получено 2023-04-17 .
  20. ^ "George Chacko". Университет Иллинойса в Урбане–Шампейне . Архивировано из оригинала 2023-01-28 . Получено 2023-04-17 .

Внешние ссылки