stringtranslate.com

Международное общество вычислительной биологии

Международное общество вычислительной биологии ( ISCB ) — научное общество исследователей в области вычислительной биологии и биоинформатики . Общество было основано в 1997 году, чтобы обеспечить стабильную финансовую базу для конференции «Интеллектуальные системы для молекулярной биологии» (ISMB) и превратилось в более крупное общество, работающее над улучшением понимания живых систем посредством вычислений и распространением научных достижений по всему миру.

Помимо ISMB, общество также организует все большее количество небольших, более региональных или тематических конференций и вручает ряд ежегодных наград за научные достижения, включая премию Овертона и награды старших ученых ISCB . [3] [4] [5]

Обзор

ISCB ежегодно организует конференцию «Интеллектуальные системы для молекулярной биологии» (ISMB), растущее число небольших, более региональных или тематических ежегодных и двухгодичных конференций, а также имеет три официальных журнала: ISCB Community Journal, PLOS Computational Biology и Bioinformatics . Общество ежегодно присуждает три награды за научные достижения: премию Овертона , премию ISCB Innovator Award [6] и награду ISCB Senior Scientist Awards . Общество ежегодно выбирает стипендиатов ISCB , чтобы отметить членов, отличившихся выдающимся вкладом в области вычислительной биологии и биоинформатики. ISCB также вручает награду ISCB за выдающийся вклад в знак признания членов сообщества, которые внесли значительный вклад в успех организации.

История

Основание

Серия конференций «Интеллектуальные системы для молекулярной биологии» (ISMB) началась в 1993 году. [7] В ответ на расширение конференции в 1997 году был основан ISCB, значительная часть его задач заключалась в обеспечении стабильного финансового дома для ISMB. . [8] [9] ISCB был официально зарегистрирован в начале 1997 года, [9] с Лоуренсом Хантером, избранным в качестве его первого президента членами учредительного совета директоров, в который входили Расс Альтман , Филип Борн , Дэвид Стейтс и Альфонсо Валенсия . [10] ISCB организует конференцию ISMB с 1998 года. [11]

В течение следующих нескольких лет основное внимание по-прежнему уделялось управлению ежегодной конференцией ISMB, посещаемость которой в 1993 году, составлявшая около 200 исследователей, к 1999 году увеличилась более чем втрое.

Новое тысячелетие привело к приходу нового президента Расса Альтмана , в настоящее время [ когда? ] заведующий кафедрой биоинженерии Стэнфордского университета и директор программы по биомедицинской информатике, и более 1200 делегатов посетили ISMB 2000 в Сан-Диего . Альтман предпринял шаги по формализации некоторых юридических и административных аспектов ISCB, прежде чем в 2002 году передать эстафету Филиппу Э. Борну , а в настоящее время [ когда? ] профессор кафедры фармакологии и Школы фармации и фармацевтических наук Скэггса Калифорнийского университета в Сан-Диего . Борн предоставил ISCB более постоянный дом в UCSD, что включало в себя обязательство университета принимать общество как минимум до 2005 года и предложение поддержки персонала. Хотя Борн пробыл президентом всего один год, он оставил свой след в обществе, расширив взаимодействие с региональными группами и организаторами конференций по всему миру, а также улучшив присутствие в Интернете. За время его пребывания в должности число членов выросло до более чем 1700 исследователей, а конференция ISMB 2002 года в Эдмонтоне, Альберта, Канада, приняла более 1600 участников.

Расширение

Майкл Грибсков , тогда работавший на суперкомпьютерном факультете Калифорнийского университета в Сан-Диего, а сейчас на факультете биологических наук в Университете Пердью , был избран президентом в 2003 году. В том же году ISMB состоялся в Брисбене , Австралия, и это был первый раз, когда встреча проводилась за пределами Северной Америки. или Европа. Этот этап принес много неопределенностей для общества, когда посещаемость упала до половины запланированных в бюджете ожиданий из-за опасений по поводу поездок и ограничений, связанных со вспышками тяжелого острого респираторного синдрома или атипичной пневмонии , началом войны в Ираке и местом, где произошел разрыв с образец североамериканских и европейских площадок. Несмотря на научный успех, финансовые потери ISMB 2003 впервые в его истории сделали ISCB финансово нестабильным.

Частично для того, чтобы уменьшить зависимость ISCB от доходов ISMB для финансирования деятельности общества и ежегодных накладных расходов, в США была проведена пилотная региональная конференция для оценки интереса к меньшим, локализованным встречам. В декабре 2003 года в Аспене , штат Колорадо, стартовала региональная конференция по биоинформатике Rocky Mountain, Rocky 1 . С тех пор встреча проводится ежегодно и теперь привлекает участников со всего мира.

В 2005 году в рамках дискуссий общества о роли публикаций и официального журнала общества, сопровождавшихся появлением публикаций в открытом доступе, ISCB объявил о партнерстве с Публичной научной библиотекой и запустил новый журнал открытого доступа PLoS Computational . Биология . Целью журнала является акцент на вычислительных методах, применяемых к живым системам во всех масштабах, от молекулярной биологии до популяций пациентов и экосистем, и которые дают экспериментаторам понимание. Бывший президент и бывший председатель комитета по публикациям Фил Борн был главным редактором нового издания и остается в этой роли. Первый выпуск нового журнала совпал со днем ​​открытия ISMB 2005, проходившим в Детройте , штат Мичиган .

Буркхард Рост , тогдашний профессор кафедры биохимии и молекулярной биофизики в Колумбийском университете , а ныне профессор Александра фон Гумбольдта и заведующий кафедрой биоинформатики и вычислительной биологии, вычислительных наук в Техническом университете Мюнхена , сменил Михаила Грибскова на посту президента в 2007 году и был переизбран. дважды, а текущий срок полномочий истекает в январе 2013 года. Под его руководством состоялась конференция ISMB/ECCB 2007 в Вене, Австрия, под председательством Томаса Ленгауэра из Института информатики Макса Планка и сопредседателями Буркхарда Роста и Питера Шустера из Института информатики Макса Планка. Венский университет был расширен и теперь включает в общей сложности восемь параллельных направлений, и посещаемость конференции в 2007 году, составившая около 1700 человек, вернулась на прежний уровень, как и ожидалось. Вена как пункт назначения и Австрия-центр Вена были настолько хорошо приняты как организаторами конференции, так и участниками, что она была выбрана местом проведения конференции 2011 года, которая является первой для серии ISMB, которая никогда раньше не повторяла это место.

В 2010 году первый ISCB в Латинской Америке был проведен в Монтевидео , Уругвай.

Лидерство и структура

Президент, исполнительный комитет и совет директоров составляют научное руководство ISCB, в состав которого входят выдающиеся, всемирно известные исследователи, избираемые на свой срок всеми членами общества. Исполнительный директор возглавляет персонал ISCB и поддерживает разнообразные комитеты, занимающиеся конкретными вопросами, важными для сообщества вычислительной биологии и биоинформатики, включая образование, политику и публикации.

Президенты

Президенты Международного общества вычислительной биологии [9]

Совет директоров

По состоянию на 2018 год в состав совета директоров входят: Алекс Бейтман , Бонни Бергер , Терри Гаастерланд , Джанет Келсо , Томас Ленгауэр , Ив Моро , Кристин Оренго , Буркхард Рост , Альфонсо Валенсия и Мартин Вингрон . [12]

Товарищи

ISCB избирает стипендиатов с 2009 года. Эти награды присуждаются за выдающийся вклад в области вычислительной биологии и биоинформатики. [13] Первый класс был вручен предыдущим получателям награды ISCB за достижения старшим ученым ; в последующие годы ISCB добивался номинаций на стипендиатов от своих членов. Ежегодно стипендиатов традиционно представляют на ведущей конференции ISCB « Интеллектуальные системы для молекулярной биологии» . По состоянию на 2017 год было избрано 64 стипендиата. [14]

Сообщества особого интереса (COSI)

Сообщества особого интереса ISCB (COSI) — это членские сообщества по общим интересам, которые самоорганизовались и проводят множество мероприятий или взаимодействий в течение года, а не встречаются исключительно во время программы SIG конференции ISMB. [15] Важной целью любого COSI является создание тематически ориентированного сообщества, в котором ученые общаются друг с другом по исследовательским проблемам и/или возможностям в конкретных областях вычислительной биологии. Такое общение часто осуществляется в форме встреч, но может осуществляться и с помощью других инструментов социальных сетей, которые позволяют активно участвовать в виртуальной среде.

Студенческий совет

В 2004 году Мануэлем Корпасом был основан Студенческий совет ISCB для содействия развитию всемирного сообщества студентов, изучающих вычислительную биологию. Одна из основных ролей студенческого совета заключается в продвижении мягких навыков с целью развития потенциала обучающихся в области биоинформатики и вычислительной биологии. По состоянию на 2017 год студенческий совет представляет более 1000 студентов по всему миру. [ нужна цитата ]

Конференции

ISCB возник из-за потребности в стабильной организационной структуре для поддержки планирования и управления финансами серии конференций « Интеллектуальные системы для молекулярной биологии» (ISMB), начало которым было положено в 1993 году. значительная часть ресурсов выделяется каждый год. С 2004 года ISMB проводится в Европе совместно с Европейской конференцией по вычислительной биологии (ECCB).

ISCB начал расширять спектр своих конференций с введения серии ежегодных конференций по биоинформатике Rocky Mountain в 2003 году, конференции по семантике в здравоохранении и науках о жизни (CSHALS) в 2008 году, проводимой раз в два года конференции ISCB Africa ABCCB по биоинформатике в 2009 году и двухгодичной конференции по биоинформатике ISCB Africa. -ежегодная конференция ISCB в Латинской Америке в 2010 году. ISCB также проводит ежегодную конференцию по биоинформатике Великого озера и сотрудничает с RECOMB для проведения конференции по регулированию и системной геномике с DREAM Challenges. Встреча ISCB-Asia началась в 2012 году и продолжает формироваться после последней конференции, состоявшейся в 2014 году в Японии совместно с GIW.

Помимо конференций, организованных ISCB, общество поддерживает другие конференции по вычислительной биологии и биоинформатике через членство и спонсорство. К ним относятся ежегодный Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютерам (PSB), ежегодная международная конференция по исследованиям в области вычислительной молекулярной биологии (RECOMB), ежегодная Международная конференция по биоинформатике (InCoB) и ежегодное общее собрание Европейской сети молекулярной биологии или EMBnet.

Официальные журналы

Дочерние организации

ISCB имеет несколько дочерних организаций (в основном региональных), в том числе Европейскую сеть молекулярной биологии (EMBnet), Нидерландский центр биоинформатики (NBIC), Африканское общество биоинформатики и вычислительной биологии и Японское общество биоинформатики . [21]

ISCB также является одним из основателей Глобальной организации по обучению, образованию и подготовке кадров в области биоинформатики (GOBLET). В сотрудничестве с GOBLET ISCB участвует в развитии основных компетенций для различных типов стажеров в области биоинформатики; эти компетенции используются при разработке новых учебных программ по биоинформатике. [22] [23] [24]

Рекомендации

  1. ^ «Свяжитесь с нами». iscb.org . Проверено 11 августа 2016 г.
  2. ^ «Членство ISCB» . iscb.org . Проверено 11 августа 2016 г.
  3. ^ Фогг, Кристиана Н.; Ковац, Дайан Э. (2014). «Международное общество вычислительной биологии удостоило Дану Пеер высшей награды в области биоинформатики/вычислительной биологии за 2014 год». PLOS Вычислительная биология . 10 (6): e1003682. Бибкод : 2014PLSCB..10E3682F. дои : 10.1371/journal.pcbi.1003682 . ПМЦ 4063598 . ПМИД  24945496. 
  4. ^ Фогг, Китай; Ковац, Д.Э. (2014). «Достижение ISCB 2014 г. в виде награды старшего ученого: Джин Майерс». PLOS Вычислительная биология . 10 (5): e1003621. Бибкод : 2014PLSCB..10E3621F. дои : 10.1371/journal.pcbi.1003621 . ПМК 4031058 . ПМИД  24853264. 
  5. ^ Достижение в виде награды старшего ученого.
  6. ^ "Премия новатора ISCB" . iscb.org . Проверено 2 февраля 2017 г.
  7. ^ «О ISMB». iscb.org . Проверено 27 октября 2017 г.
  8. ^ abc Хантер, Лоуренс; Альтман, Расс Б.; Борн, Филип Э. (2007). «10-летие Международного общества вычислительной биологии». PLOS Вычислительная биология . 3 (6): е135. Бибкод : 2007PLSCB...3..135H. дои : 10.1371/journal.pcbi.0030135 . ПМЦ 1904389 . 
  9. ^ abcde «История ISCB». iscb.org . Проверено 27 октября 2017 г.
  10. ^ «Бывшие офицеры и директора». iscb.org . Проверено 27 октября 2017 г.
  11. ^ Линиал, Михал; Месиров, Джилл П.; Моррисон Маккей, BJ; Рост, Буркхард (27 июня 2008 г.). «ISMB 2008 Торонто» (PDF) . PLOS Вычислительная биология . 4 (6): e1000094. Бибкод : 2008PLSCB...4E0094L. дои : 10.1371/journal.pcbi.1000094 . ПМК 2427177 . ПМИД  18584023. 
  12. ^ «Офицеры и директора». www.iscb.org . Проверено 25 октября 2017 г.
  13. ^ "Сотрудники ISCB" . Архивировано из оригинала 20 марта 2017 года . Проверено 10 марта 2016 г.
  14. ^ «13 февраля 2017 г.: Международное общество вычислительной биологии называет семь членов классом стипендиатов ISCB 2017 г.» . www.iscb.org . Проверено 13 февраля 2017 г.
  15. ^ "COSI" . Проверено 15 февраля 2017 г. .
  16. ^ Брунак, С.; Крог, А. (1 июня 2001 г.). «ИСМБ 2001». Биоинформатика . 17 (Приложение 1): S1–S4. doi : 10.1093/биоинформатика/17.suppl_1.S1 .
  17. ^ "Процедуры ISMB" . www.iscb.org . Проверено 30 октября 2017 г.
  18. ^ «Биоинформатика». www.iscb.org . Проверено 30 октября 2017 г.
  19. ^ «F1000Research для публикации журнала сообщества ISCB» . 30 апреля 2015 года . Проверено 30 апреля 2015 г.
  20. ^ «Пресс-релиз ISCB/F1000» (PDF) . Архивировано из оригинала (PDF) 4 марта 2016 года . Проверено 30 апреля 2015 г.
  21. ^ «Аффилированные лица и COSI» . www.iscb.org . Проверено 29 августа 2016 г.
  22. ^ Эттвуд, Тереза ​​К.; Блэк, Памела; Блаттер, Мари-Клод; Бруксбанк, Кэт; Фернандес, Педро; Малдер, Никола; Палаги, Патрисия М.; Рустичи, Габриэлла; Шнайдер, Мария Виктория; ван Гелдер, Селия WG (2016). «Обучение, образование и тренинговая деятельность GOBLET в области биоинформатики [версия 1; не рецензировалась]» . F1000Исследования . 5 (ISCB Comm J): 1944 г. (плакат). дои : 10.7490/f1000research.1112737.1 . Проверено 25 августа 2016 г.
  23. ^ Уэлч, Лонни; Левиттер, Фрэн; Шварц, Рассел; Бруксбанк, Кэт; Радивояц, Предраг; Гаэта, Бруно; Шнайдер, Мария Виктория (6 марта 2014 г.). «Руководство по учебной программе по биоинформатике: к определению основных компетенций». PLOS Вычислительная биология . 10 (3): e1003496. Бибкод : 2014PLSCB..10E3496W. дои : 10.1371/journal.pcbi.1003496 . ПМК 3945096 . ПМИД  24603430. 
  24. ^ Шиффталер, Бастиан; Костадима, Мирто; Деломм, Николя; Рустичи, Габриэлла; Уэллетт, Фрэнсис (16 июня 2016 г.). «Обучение высокопроизводительному секвенированию: общие рекомендации по обеспечению совместного использования, распространения и повторного использования материалов». PLOS Вычислительная биология . 12 (6): e1004937. Бибкод : 2016PLSCB..12E4937S. дои : 10.1371/journal.pcbi.1004937 . ПМЦ 4910983 . ПМИД  27309738.