stringtranslate.com

Буркхард Рост

Буркхард Рост — ученый, возглавляющий кафедру вычислительной биологии и биоинформатики на факультете информатики Мюнхенского технического университета (TUM) . [10] Рост возглавляет секцию изучения биоинформатики Мюнхена, в которой участвуют TUM и Мюнхенский университет Людвига-Максимилиана (LMU) в Мюнхене. С 2007 по 2014 год Рост был президентом Международного общества вычислительной биологии (ISCB). [3] [11] [12] [13] [14] [15] [16]

Карьера

Рост изначально начал свою научную карьеру как физик-теоретик. После изучения физики в Университете Гиссена и физики, истории, философии и психологии в Университете Гейдельберга , Рост получил докторскую степень в Университете Гейдельберга за свою работу в Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL) в 1994 году. [7] После исследовательских стажировок в EMBL и Европейском институте биоинформатики в Кембридже (Великобритания) в 1998 году он стал доцентом кафедры биохимии и молекулярной биофизики в Колледже хирургов и врачей Медицинского центра CU Колумбийского университета в городе Нью-Йорк . В 2000 году он стал доцентом Колумбийского университета , а в 2009 году принял назначение на кафедру биоинформатики в Техническом университете Мюнхена . Он является членом Нью-Йоркской академии наук и был президентом ISCB, Международного общества вычислительной биологии с 2007 по 2014 год. По состоянию на 2021 год Рост является автором или соавтором более 300 научных публикаций с индексом Хирша Google Scholar 100. [3] [11] [12] [13]

Исследовать

Исследования Роста были сосредоточены на объединении машинного обучения и эволюционной информации для прогнозирования аспектов, имеющих решающее значение для продвижения нашего понимания эволюции, структуры белка и функции белка. Примеры исследований, проведенных в его лаборатории, включают прогнозирование ферментативной активности (ECGO), партнеров взаимодействия (ISIS, DISIS, PiNAT), субклеточной локализации (LOCtree, LOCnet, PredictNLS), функциональных эффектов точечных мутаций/SNP (SNAP), неупорядоченных областей (MD, NORSnet, Ucon), сегментов, охватывающих мембрану (PROF/PHDhtm), вторичной структуры (PROF/PHD, RePROF, DSSPcont), [17] доступности растворителя (PROF/PHD, RePROF), внутренних контактов остаток-остаток (PROFcon) и кластеризации белков в семейства (CHOP). [18]

В настоящее время он сосредоточен на прогнозировании эффектов отдельных мутаций, в основном на уровне несинонимичных изменений в кодирующих областях, т. е. изменений отдельных нуклеотидов (или полиморфизмов отдельных нуклеотидов ), которые изменяют последовательность аминокислот.

Его группа посвятила себя тому, чтобы сделать свои инструменты доступными в сети, как это было продемонстрировано на примере первого интернет-сервера для прогнозирования структуры белка и анализа последовательности, Predictprotein , [6], который был запущен в 1992 году и с тех пор непрерывно работает. Работы Роста были опубликованы в ведущих рецензируемых научных журналах , включая Nature , [8] [19] [20] [21] Science , [22] PLOS Genetics . [23]

ИСКБ

В 2007 году Рост был избран президентом Международного общества вычислительной биологии (ISCB), сменив на этом посту Михаила Грибскова . Рост занимал пост президента до 2014 года; его преемником стал Альфонсо Валенсия .

Конференции

Рост был сопредседателем крупнейшей ежегодной конференции по вычислительной биологии ISMB, «Интеллектуальные системы для молекулярной биологии» , в 2007 г. ( Вена ), 2008 г. ( Торонто ), 2011 г. ( Вена ), 2012 г. ( Лонг-Бич ). [24] Он инициировал и принимал участие в организации нескольких серий международных конференций за пределами обычного северного полушария, а именно ISCB Africa (2010: Бамако , Мали ; 2011: Кейптаун , Южная Африка ; 2013: Тунис , Тунис ) в сотрудничестве с Африканским обществом биоинформатики и вычислительной биологии , ISCB Latin America (2010: Монтевидео , Уругвай ; 2012: Сантьяго-де-Чили , Чили ; 2014: Рио-де-Жанейро , Бразилия ) и совсем недавно ISCB Asia (2011: Куала-Лумпур , Малайзия ; 2012: Шэньчжэнь , Китай ). [25]

Рост также был соорганизатором совещаний по критической оценке прогнозирования структуры белка (CASP) с 2002 по 2008 год (CASP4-CASP8).

Награды и почести

В 2009 году Росту было присвоено звание профессора Фонда Александра фон Гумбольдта. В 2015 году он стал членом ISCB . [26] В 2016 году он был награжден премией «За выдающийся вклад в ISCB». [25]

Ссылки

  1. ^ Категория: Члены Международного общества вычислительной биологии
  2. ^ Радивожак, П.; Кларк, WT; Орон, ТР; Шнос, AM; Виткоп, Т.; Соколов А.; Грейм, К.; Функ, К.; Верспур, К.; Бен-Гур, А.; Панди, Г.; Юнес, Дж. М.; Талвалкар, AS; Репо, С.; Соуза, МЛ; Пиовесан, Д.; Касадио, Р.; Ван, З.; Ченг, Дж.; Фанг, Х.; Гоф, Дж.; Коскинен, П.; Тёрёнен, П.; Ноксо-Койвисто, Дж.; Холм, Л.; Коццетто, Д.; Бьюкен, DWA; Брайсон, К.; Джонс, DT; и др. (2013). «Крупномасштабная оценка вычислительного предсказания функций белка». Природные методы . 10 (3): 221–227. doi :10.1038 / nmeth.2340. PMC  3584181. PMID  23353650.
  3. ^ abc Burkhard Rost публикации, проиндексированные Google Scholar
  4. ^ Рост, Б.; Сандер, К. (1994). «Объединение эволюционной информации и нейронных сетей для прогнозирования вторичной структуры белка». Белки: структура, функция и генетика . 19 (1): 55–72. doi :10.1002/prot.340190108. PMID  8066087. S2CID  15203189.
  5. ^ Рост, Б.; Сандер, К. (1993). «Предсказание вторичной структуры белка с точностью выше 70%». Журнал молекулярной биологии . 232 (2): 584–599. CiteSeerX 10.1.1.17.1418 . doi :10.1006/jmbi.1993.1413. PMID  8345525. 
  6. ^ abc Рост, Б.; Ячдав, Г.; Лю, Дж. (2004 ) . «Сервер PredictProtein». Nucleic Acids Research . 32 (выпуск веб-сервера): W321–W326. doi :10.1093/nar/gkh377. PMC 441515. PMID  15215403. 
  7. ^ abc Рост, Буркхард (1994). Информация о нейрональной сети и эволюции: verbesserte Vorhersage der Sekundärstruktur von Proteinen (докторская диссертация). Гейдельбергский университет. ОСЛК  311916999.
  8. ^ ab Рост, Б.; Сандер, К. (1992). "Жюри возвращает предсказание структуры". Nature . 360 (6404): 540. Bibcode :1992Natur.360..540R. doi : 10.1038/360540b0 . PMID  1281284. S2CID  4234785.
  9. ^ "Hochdotierte Humboldt-Professur für neuen TUM-Spitzenforscher" [Высоко обеспеченная профессорская должность Гумбольдта для нового ведущего исследователя TUM] (на немецком языке). 15 октября 2008 года . Проверено 21 мая 2021 г.
  10. ^ "Добро пожаловать в Rostlab! | ROSTLAB.ORG". www.rostlab.org . Получено 21 мая 2021 г. .
  11. ^ аб Буркхард Рост на библиографическом сервере DBLP
  12. ^ ab Burkhard Rost публикации индексируются Microsoft Academic
  13. ^ ab Публикации Буркхарда Роста индексируются библиографической базой данных Scopus . (требуется подписка)
  14. ^ Рост, Б. (1999). «Сумеречная зона выравнивания последовательностей белков». Protein Engineering . 12 (2): 85–94. doi : 10.1093/protein/12.2.85 . PMID  10195279.
  15. ^ Bateman, A. ; Kelso, J.; Mietchen, D.; MacIntyre, G.; Di Domenico, TS; Abeel, T.; Logan, DW; Radivojac, P.; Rost, B. (2013). "Конкурс Википедии по вычислительной биологии ISCB". PLOS Computational Biology . 9 (9): e1003242. Bibcode :2013PLSCB...9E3242B. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003242 . PMC 3777890 . PMID  24068913. 
  16. ^ "Добро пожаловать в Rostlab". rostlab.org. Архивировано из оригинала 21.12.2014.
  17. ^ Рост, Б. (1996). "PHD: Прогнозирование одномерной структуры белка с помощью нейронных сетей на основе профилей". Компьютерные методы анализа макромолекулярных последовательностей . Методы в энзимологии. Т. 266. С. 525–539. doi :10.1016/s0076-6879(96)66033-9. ISBN 9780121821678. PMID  8743704.
  18. ^ Лю, Дж.; Рост, Б. (2004-07-01). «CHOP: разбор белков на структурные домены». Nucleic Acids Research . 32 (веб-сервер): W569–W571. doi : 10.1093 /nar/gkh481 . PMC 441619. PMID  15215452. 
  19. ^ Chen, YH; Hu, L.; Punta, M.; Bruni, R.; Hillerich, B.; Kloss, B.; Rost, B.; Love, J.; Siegelbaum, SA; Hendrickson, WA (2010). "Гомологическая структура анионного канала SLAC1 для закрытия устьиц в листьях". Nature . 467 (7319): 1074–1080. Bibcode :2010Natur.467.1074C. doi :10.1038/nature09487. PMC 3548404 . PMID  20981093. 
  20. ^ Цао, Ю; Джин, X; Хуанг, Х; Деребе, МГ; Левин, Э.Дж.; Кабалисваран, В.; Пан, Ю; Пунта, М; Любовь, Дж; Венг, Дж; Быстрый, М; Да; Клосс, Б; Бруни, Р; Мартинес-Хакерт, Э; Хендриксон, Вашингтон; Рост, Б; Джавич, Дж.А.; Раджашанкар, КР; Цзян, Ю; Чжоу, М (2011). «Кристаллическая структура переносчика ионов калия, TrkH». Природа . 471 (7338): 336–40. Бибкод : 2011Natur.471..336C. дои : 10.1038/nature09731. ПМК 3077569 . ПМИД  21317882. 
  21. ^ Cao, Y.; Jin, X.; Levin, EJ; Huang, H.; Zong, Y.; Quick, M.; Weng, J.; Pan, Y.; Love, J.; Punta, M.; Rost, B.; Hendrickson, WA; Javitch, JA; Rajashankar, KR; Zhou, M. (2011). «Кристаллическая структура транспортера сахаридов, связанного с фосфорилированием». Nature . 473 (7345): 50–54. Bibcode :2011Natur.473...50C. doi :10.1038/nature09939. PMC 3201810 . PMID  21471968. 
  22. ^ Карнинчи, П; Касукава, Т; Катаяма, С; Гоф, Дж .; Фрит, MC; Маэда, Н.; Ояма, Р; Раваси, Т; Ленхард, Б; Уэллс, К; Кодзиус, Р; Симокава, К; Баич, В.Б.; Бреннер, SE ; Баталов С; Форрест, Арканзас; Заволан, М; Дэвис, MJ; Уилминг, LG; Айдинис, В; Аллен, Дж. Э.; Амбези-Импиомбато, А; Апвейлер, Р .; Атуралия, РН; Бейли, ТЛ; Бансал, М; Бакстер, Л; Бейзель, КВ; Берсано, Т; и др. (2005). «Транскрипционный ландшафт генома млекопитающих». Наука . 309 (5740): 1559–63. Bibcode : 2005Sci...309.1559F. doi : 10.1126/science.1112014. PMID  16141072. S2CID  8712839.
  23. ^ Лю, Дж.; Гоф, Дж .; Рост, Б. (2006). «Различение кодирующих белок РНК от некодирующих с помощью машин опорных векторов». PLOS Genetics . 2 (4): e29. doi : 10.1371/journal.pgen.0020029 . PMC 1449884. PMID  16683024 . 
  24. ^ Linial, M.; Mesirov, JP; Morrison Mckay, BJ; Rost, B. (2008). "ISMB 2008 Toronto". PLOS Computational Biology . 4 (6): e1000094. Bibcode : 2008PLSCB...4E0094L. doi : 10.1371/journal.pcbi.1000094 . PMC 2427177. PMID  18584023 . 
  25. ^ ab "Выдающийся вклад в ISCB 2016 года: Буркхард Рост". www.iscb.org . Получено 21 мая 2021 г. .
  26. ^ "Познакомьтесь с выпускниками ISCB 2015 года". Международное общество вычислительной биологии. Архивировано из оригинала 2015-02-20.

Внешние ссылки