stringtranslate.com

Гаммапротеобактерии

Гаммапротеобактерии — класс бактерий типа Pseudomonadota (синоним Proteobacteria ). Он содержит около 250 родов, что делает его самым богатым по родам таксоном прокариот . [1] К этому классу принадлежат несколько важных с медицинской, экологической и научной точек зрения групп бактерий. Все представители этого класса грамотрицательны . Это наиболее филогенетически и физиологически разнообразный класс Pseudomonadota . [2]

Представители гаммапротеобактерий живут в нескольких наземных и морских средах, в которых они играют различные важные роли, в том числе в экстремальных условиях, таких как гидротермальные источники . Они могут иметь различную форму, палочки, изогнутые палочки, кокки, спириллы и нити [3] и включают свободноживущие бактерии, биопленкообразователи, комменсалов и симбионтов; [4] некоторые из них также имеют отличительную особенность — биолюминесцентность. [5] У гаммапротеобактерий обнаружен разнообразный метаболизм ; существуют как аэробные, так и анаэробные (облигатные или факультативные) виды, хемолитоавтотрофы , хемоорганотрофы , фотоавтотрофы и гетеротрофы . [6]

Этимология

Элемент « гамма » (третья буква греческого алфавита) указывает на то, что это класс III в « Руководстве по систематической бактериологии» Берджи (том II, стр. 1). Протей относится к греческому морскому богу, который мог менять свою форму. Бактерии (греч. βακτήριον; «палочка», «палочка»), с точки зрения этимологической истории, относятся к Bacillus (палочковидным бактериям), но в данном случае «полезны на промежуточном этапе, пока филогенетические данные интегрируются в формальные бактериальные данные». таксономия». [7]

Филогения

В настоящее время множество различных классификаций основано на разных подходах, таких как Национальный центр биотехнологической информации , основанный на геномике, Список названий прокариот с номенклатурой , база данных ARB-Silva [8] на основе рибосомальной РНК или мультипротеиновый подход. Разгадать филогению этого класса бактерий до сих пор очень сложно. [9]

Следующая молекулярная филогения гаммапротеобактерий основана на наборе из 356 семейств белков.

Ряд родов гаммапротеобактерий еще не отнесены к отряду или семейству. К ним относятся Alkalimonas , Gallaecimonas , Ignatzschineria , Litorivivens , Marinicella , Plasticicumulans , Pseudohongiella , Sedimenticola , Thiohalobacter , Thiohalorhabdus , Thiolapillus и Wohlfahrtiimonas . [11]

Значение и приложения

Гаммапротеобактерии , особенно отряды Alteromonadales и Vibrionales , играют основополагающую роль в морских и прибрежных экосистемах, поскольку они являются основными группами, участвующими в круговороте питательных веществ. [12] Несмотря на свою известность как патогены, они находят применение в огромном количестве областей, таких как биоремедиация и биосинтез.

Гаммапротеобактерии могут быть использованы в качестве элемента микробного топливного элемента (МТЭ) [13] , использующего их способность диссимилировать различные металлы. [14] Произведенную энергию можно собирать с помощью одной из наиболее экологически чистых и устойчивых систем производства энергии. [15] Они также используются в качестве биологических фильтров метана. [16]

Фототрофные пурпурные серобактерии используются в процессах очистки сточных вод . [17] Способность некоторых гаммапротеобактерий (например, рода Alcanivorax [18] ) к биоремедиации нефти приобретает все большее значение для разложения сырой нефти после разливов нефти. [19] Некоторые виды семейства Chromatiaceae примечательны тем, что могут участвовать в производстве витамина B12 . [20] Некоторые гаммапротеобактерии используются для синтеза поли-b-гидроксиалканоата (ПГА), [21] который представляет собой полимер, используемый в производстве биоразлагаемых пластиков . Многие виды гаммапротеобактерий способны генерировать вторичные метаболиты с антибактериальными свойствами. [22]

Экология

Гаммапротеобактерии широко распространены и многочисленны в различных экосистемах, таких как почва, пресноводные озера и реки, океаны и соленые озера. Например, они составляют около 6–20% (в среднем 14%) бактериопланктона в разных океанах [23] и распространены по всему миру как в глубоководных, так и в прибрежных отложениях. [24] В морской воде состав бактериального сообщества может определяться такими параметрами окружающей среды, как наличие фосфора, общий органический углерод, соленость и pH. [25] В почве более высокий уровень pH коррелирует с более высокой относительной численностью альфапротеобактерий , бетапротеобактерий и гаммапротеобактерий . [26] Относительная численность бетапротеобактерий и гаммапротеобактерий также положительно коррелирует с концентрацией растворенного органического углерода (DOC), которая является ключевым параметром окружающей среды, формирующим состав бактериального сообщества. [27] Гаммапротеобактерии также играют ключевую роль в темной фиксации углерода в прибрежных отложениях, которые являются крупнейшим поглотителем углерода на Земле, и большинство этих бактерий еще не культивировались. [28] Глубоководная гидротермальная система является одной из самых экстремальных сред на Земле. Почти все жерло-эндемичные животные тесно связаны с первичной продукцией эндо- и/или эписимбиотических хемоавтотрофных микроорганизмов. [29] Анализ как симбиотических, так и свободноживущих микробных сообществ в различных глубоководных гидротермальных средах выявил преобладание в биомассе представителей гаммапротеобактерий . [30]

Гаммапротеобактерии обладают широким разнообразием, метаболической универсальностью и функциональной избыточностью в гидротермальных отложениях и ответственны за важный круговорот органического углерода, а также процессы круговорота азота и серы. [31] Бескислородные гидротермальные жидкости содержат несколько восстановленных соединений, таких как H 2 , CH 4 и восстановленные ионы металлов в дополнение к H 2 S. Хемоавтотрофы, которые окисляют сероводород и восстанавливают кислород, потенциально поддерживают первичную продукцию в этих уникальных экосистемах. [32] В последние десятилетия было обнаружено, что отряды, принадлежащие к гаммапротеобактериям , таким как Pseudomonas ,  Moraxella , способны разлагать различные типы пластика, и эти микробы могут играть ключевую роль в биодеградации пластика. [33]

Метаболизм

Гаммапротеобактерии метаболически разнообразны и используют множество доноров электронов для дыхания и биосинтеза.

Некоторые группы являются окислителями нитритов [34] и окислителями аммиака, подобно представителям Nitrosococcus (за исключением Nitrosococcus mobilis ), а также являются облигатными галофильными бактериями . [35]

Другие представляют собой хемоавтотрофные окислители серы, такие как  Thiotrichales , которые встречаются в таких сообществах, как нитчатые микробные биопленки в мелководном газовом жерле Тор-Калдара в Тирренском море  . [36] Более того, благодаря анализу гена 16S рРНК были обнаружены различные окислители сульфидов в классе Gammaporteobacteria , и наиболее важными среди них являются Beggiatoa , Thioploca и Thiomargarita ; кроме того, в богатых органикой прибрежных отложениях сероводород в больших количествах вырабатывается сульфатредуцирующими бактериями. [37]

Морские гаммапротеобактерии включают аэробные аноксигенные фототрофные бактерии (ААР), которые используют бактериохлорофилл для поддержки цепи переноса электронов . Считается, что они представляют собой широко распространенное и важное сообщество в океанах. [38]

Метанотрофы , такие как отряд  Mmethylococcales , метаболизируют метан как единственный источник энергии и играют очень важную роль в глобальном углеродном цикле . Они встречаются на любом участке с источниками метана, такими как запасы газа , почвы и сточные воды . [39]

Пурпурные серные бактерии являются аноксигенными фототрофами, которые окисляют серу [40] , но потенциально также и другие субстраты, такие как железо. [41] Они представлены членами двух семейств: Chromatiaceae (например , Allochromatium , Chromatium , Thiodicyton ) и Ectothiorhodospiraceae (например, Ectothiorhodospira ). [40] Несколько видов рода Thermomonas (отряд Lysobacter ) осуществляют такой же метаболизм. [42]

Многие роды представляют собой облигатные или универсальные углеводородкласты . Облигатные гидрокарбонатокластические бактерии (OHCB) используют в качестве источника углерода почти исключительно углеводороды; до сих пор их находили только в морской среде. Примеры включают Alcanivorax , Oleiphilus , Oleispira , Thalassolitus , Cycloclasticus и Neptunomonas , а также некоторые виды Polycyclvorans , Algiphilus (отряд Xanthomonadales ) и Porticoccuscarbonoclasticus (отряд Cellvibrionales ), которые были выделены из фитопланктона. Напротив, аэробные «универсальные» деградаторы углеводородов могут использовать как углеводороды, так и неуглеводородные субстраты в качестве источников углерода и энергии; примеры встречаются в родах Acinetobacter , Colwellia , Glaciecola , Halomonas , Marinobacter , Marinomonas , Mmethylomonas , Pseudoalteromonas , Pseudomonas , Rhodanobacter , Shewanella , Stenotropomonas и Vibrio . [43]

Наиболее распространенным путем фиксации углерода среди гаммапротеобактерий является цикл Кальвина-Бенсона-Бэсшама (CBB) , хотя меньшинство может использовать цикл rTCA . [44] Thioflavicoccus mobilis (свободноживущий вид) и Candidatus Endoriftia persephone (симбионт гигантского трубчатого червя Riftia pachyptila ) могут использовать цикл rTCA в дополнение к циклу CBB и могут экспрессировать эти два разных пути одновременно. [45]

Симбиоз

Симбиоз – это тесное и длительное биологическое взаимодействие двух разных биологических организмов. Большое количество гаммапротеобактерий способны вступать в тесный эндосимбиоз с различными видами. Доказательства этого можно найти в самых разных экологических нишах: на земле, [46] [47] внутри растений, [48] или глубоко на дне океана. [49] Сообщалось, что на суше виды гаммапротеобактерий были выделены из Robinia pseudoacacia [50] и других растений, [51] [52] в то время как в глубоком море сероокисляющие гаммапротеобактерии были обнаружены в трубе гидротермального источника. ; [53] сероокисляющие хемолитотрофные микробы, вступая в симбиотические взаимоотношения в глубоководных районах моря, получают дополнительные органические углеводороды в гидротермальных экосистемах. Некоторые гаммапротеобактерии симбиотичны с животными, обитающими в геотермальных океанских жерлах, [54] и, кроме того, гаммапротеобактерии могут иметь сложные взаимоотношения с другими видами, обитающими вокруг термальных источников, [55] например, с креветками Rimicaris exoculata , обитающими в гидротермальных жерлах на Срединно-Атлантический хребет .

Что касается эндосимбионтов, то у большинства из них отсутствуют многие семейные характеристики из-за значительной редукции генома. [56] [57]

Патогены

Гаммапротеобактерии включают несколько важных с медицинской и научной точки зрения групп бактерий, таких как семейства Enterobacteriaceae , Vibrionaceae и Pseudomonadaceae . К этому классу принадлежит ряд патогенов человека, в том числе Yersinia pestis , Vibrio cholerae , Pseudomonas aeruginosa , Escherichia coli и некоторые виды сальмонелл . Класс также содержит патогены растений, такие как Xanthomonas axonopodis pv. citri ( рак цитрусовых ), Pseudomonas syringae pv. actinidiae ( вспышка Psa на киви ) и Xylella fastidiosa . В морской среде несколько видов этого класса могут инфицировать различные морские организмы, например, виды рода Vibrio , поражающие рыбу, креветок, кораллы или устрицы, [58] и виды Salmonella , поражающие серых тюленей ( Halichoerus grypus ). [59] [60]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Гаррити ГМ, Белл Дж.А., Лилберн Т.Г. (2005). Класс III. Класс гаммапротеобактерий. ноябрь В: Бреннер Д.Д., Криг Н.Р., Стейли Дж.Т., Гаррити Г.М. (ред.) Руководство Берджи по систематической бактериологии, 2-е изд., том. 2 Спрингер: Нью-Йорк, стр. 1.
  2. ^ Т. Гутьеррес - 2019 - Институт машиностроения, технологического и энергетического машиностроения, Школа инженерных и физических наук, Университет Хериот-Ватт, Эдинбург, Великобритания
  3. ^ Шульц Х.Н., Бринкхофф Т., Фердельман Т.Г., Марине М.Х., Теске А., Йоргенсен Б.Б. (апрель 1999 г.). «Плотные популяции гигантской серной бактерии в отложениях шельфа Намибии». Наука . 284 (5413): 493–5. Бибкод : 1999Sci...284..493S. дои : 10.1126/science.284.5413.493. ПМИД  10205058.
  4. ^ Уильямс КП, Гиллеспи Дж. Дж., Собрал Б. В., Нордберг Е. К., Снайдер Э. Е., Шаллом Дж. М., Дикерман А. В. (май 2010 г.). «Филогения гаммапротеобактерий». Журнал бактериологии . 192 (9): 2305–14. дои : 10.1128/JB.01480-09. ПМЦ 2863478 . ПМИД  20207755. 
  5. ^ Манн CB (26 ноября 2019 г.). Морская микробиология: экология и приложения. ЦРК Пресс. ISBN 978-0-429-59236-2.
  6. ^ «Протеобактерии | Микробиология».
  7. ^ Стакебрандт, Э.; Мюррей, RGE; Трупер, Х.Г. (1988). «Proteobacteria classis nov., название филогенетического таксона, включающего «фиолетовые бактерии и их родственники»». Международный журнал систематической бактериологии . 38 (3): 321–325. дои : 10.1099/00207713-38-3-321 . ISSN  0020-7713.
  8. ^ "Сильва". www.arb-silva.de . Проверено 22 ноября 2020 г.
  9. ^ Уильямс КП, Гиллеспи Дж. Дж., Собрал Б. В., Нордберг Е. К., Снайдер Э. Е., Шаллом Дж. М., Дикерман А. В. (май 2010 г.). «Филогения гаммапротеобактерий». Журнал бактериологии . 192 (9): 2305–14. дои : 10.1128/JB.01480-09. ПМЦ 2863478 . ПМИД  20207755. 
  10. ^ Уильямс КП, Гиллеспи Дж. Дж., Собрал Б. В., Нордберг Е. К., Снайдер Э. Е., Шаллом Дж. М., Дикерман А. В. (май 2010 г.). «Филогения гаммапротеобактерий». Журнал бактериологии . 192 (9): 2305–14. дои : 10.1128/JB.01480-09. ПМЦ 2863478 . ПМИД  20207755. 
  11. ^ «Классификация доменов и типов - Иерархическая классификация прокариот (бактерий) - Гаммапротеобактерии». Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре . Проверено 13 января 2017 г.
  12. ^ Эванс Ф.Ф., Иган С., Кьеллеберг С. (май 2008 г.). «Экология секреции II типа морских гаммапротеобактерий». Экологическая микробиология . 10 (5): 1101–7. дои : 10.1111/j.1462-2920.2007.01545.x . ПМИД  18218035.
  13. ^ Цянь Ф, Морс DE (февраль 2011 г.). «Миниатюризация микробных топливных элементов». Тенденции в биотехнологии . 29 (2): 62–9. doi :10.1016/j.tibtech.2010.10.003. ПМИД  21075467.
  14. ^ Горби Ю.А., Янина С., Маклин Дж.С., Россо К.М., Мойлс Д., Доналкова А. и др. (июль 2006 г.). «Электропроводящие бактериальные нанопровода, производимые штаммом Shewanella oneidensis MR-1 и другими микроорганизмами». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (30): 11358–63. Бибкод : 2006PNAS..10311358G. дои : 10.1073/pnas.0604517103 . ПМК 1544091 . ПМИД  16849424. 
  15. ^ Хау Х.Х., Гральник Дж.А. (сентябрь 2007 г.). «Экология и биотехнология рода Shewanella». Ежегодный обзор микробиологии . 61 (1): 237–58. doi : 10.1146/annurev.micro.61.080706.093257. ПМИД  18035608.
  16. ^ Розенберг Э., Делонг Э.Ф., Лори Э.Ф., Стакебрандт Э., Эрко Т., Томпсон Ф., ред. (2014). Прокариоты: гаммапротеобактерии (4-е изд.). Берлин Гейдельберг: Springer-Verlag. п. 434. ИСБН 978-3-642-38921-4.
  17. ^ Кобаяши М., Мичихару Т., Чан Ю.Т. (1 августа 1973 г.). «Очистка растворов промышленных отходов и получение полезных побочных продуктов фотосинтетическим бактериальным методом». Исследования воды . 7 (8): 1219–1224. дои : 10.1016/0043-1354(73)90075-4. ISSN  0043-1354.
  18. ^ Хараяма С., Кишира Х., Касаи Ю., Шуцубо К. (август 1999 г.). «Биодеградация нефти в морской среде». Журнал молекулярной микробиологии и биотехнологии . 1 (1): 63–70. ПМИД  10941786.
  19. ^ Касаи Ю, Кишира Х, Сюцубо К, Хараяма С (апрель 2001 г.). «Молекулярное обнаружение популяций морских бактерий на пляжах, загрязненных в результате аварии танкера «Находка»». Экологическая микробиология . 3 (4): 246–55. дои : 10.1046/j.1462-2920.2001.00185.x. ПМИД  11359510.
  20. ^ Коппенгаген В.Б., Шлингманн Г., Шаер В., Дресов. Му-Янг М., Везина С., Сингх К. (ред.). «Внеклеточные метаболиты фототрофных бактерий как возможные промежуточные продукты биосинтеза витамина B12». Продукты ферментации . Пергам: 247–252. ISBN 978-0-08-025385-5.
  21. ^ де ла Хаба Р.Р., Санчес-Порро С., Маркес MC, Вентоса А. (апрель 2010 г.). «Таксономическое исследование рода Salinicola: перевод Halomonas salaria и Chromohalobacter salarius в род Salinicola как Salinicola salarius com. nov. и Salinicola halophilus nom. nov. соответственно». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (Часть 4): 963–971. дои : 10.1099/ijs.0.014480-0. ПМИД  19661506.
  22. ^ «Морские бактерии, связанные с морскими макроорганизмами: потенциальные противомикробные ресурсы - AMiner» . www.aminer.org . Проверено 20 ноября 2020 г.
  23. ^ Бросат М., Наке Х., Блази Р., Сибе С., Хюбнер Дж., Дэниел Р., Громанн Э. 2014. Орошение сточными водами увеличивает численность потенциально вредных гаммапротеобактерий в почвах в долине Мескиталь, Мексика. Appl Environ Microbiol.
  24. ^ Бьенхольд С, Зингер Л, Боэций А, Раметт А (27 января 2016 г.). «Разнообразие и биогеография батиальных и абиссальных бактерий морского дна». ПЛОС ОДИН . 11 (1): e0148016. Бибкод : 2016PLoSO..1148016B. дои : 10.1371/journal.pone.0148016 . ПМЦ 4731391 . ПМИД  26814838. 
  25. ^ Цзян Х, Донг Х, Цзи С, Е Ю, Ву Н (26 сентября 2007 г.). «Микробное разнообразие в глубоководных морских отложениях бассейна Цюндоннань в Южно-Китайском море». Геомикробиологический журнал . 24 (6): 505–517. дои : 10.1080/01490450701572473. S2CID  130552094.
  26. ^ Руск Дж., Боат Э., Брукс ПК, Лаубер К.Л., Лозупоне С., Капорасо Дж.Г., Найт Р., Фиерер Н. (октябрь 2010 г.). «Почвенные бактериальные и грибковые сообщества в зависимости от градиента pH в пахотной почве». Журнал ISME . 4 (10): 1340–51. дои : 10.1038/ismej.2010.58 . PMID  20445636. S2CID  205156612.
  27. ^ Ли Д., Шарп Д.О., Сайкали П.Е., Али С., Алидина М., Аларави М.С., Келлер С., Хоппе-Джонс С., Древес Дж.Э. (октябрь 2012 г.). «Растворенный органический углерод влияет на состав и разнообразие микробного сообщества в управляемых системах пополнения водоносных горизонтов». Прикладная и экологическая микробиология . 78 (19): 6819–28. Бибкод : 2012ApEnM..78.6819L. дои : 10.1128/AEM.01223-12. ПМЦ 3457517 . ПМИД  22798375. 
  28. ^ Хеджес Дж.И., Кейл Р.Г. (апрель 1995 г.). «Сохранение осадочного органического вещества: оценка и умозрительный синтез». Морская химия . 49 (2–3): 81–115. дои : 10.1016/0304-4203(95)00008-F.
  29. ^ Жантон С. (февраль 2000 г.). «Молекулярная экология микробных сообществ гидротермальных источников». Антони ван Левенгук . 77 (2): 117–33. дои : 10.1023/а: 1002463825025. PMID  10768471. S2CID  24324674.
  30. ^ Стюарт Ф.Дж., Ньютон, Иллинойс, Кавано CM (сентябрь 2005 г.). «Хемосинтетические эндосимбиозы: адаптации к кислородно-бескислородным интерфейсам». Тенденции в микробиологии . 13 (9): 439–48. дои : 10.1016/j.tim.2005.07.007. ПМИД  16054816.
  31. ^ Бейкер Б.Дж., Лазар К.С., Теске А.П., Дик Г.Дж. (2015). «Геномное разрешение связей в круговороте углерода, азота и серы среди широко распространенных бактерий эстуарных отложений». Микробиом . 3 : 14. дои : 10.1186/s40168-015-0077-6 . ПМК 4411801 . ПМИД  25922666. 
  32. ^ Яннаш, HW, и Моттл, MJ (1985). Геомикробиология глубоководных гидротермальных источников. Наука 229, 717–725
  33. ^ soixanteseize (06 января 2015 г.). «Исследуй, чтобы понять, делись, чтобы добиться перемен». Фонд Тара Океан . Проверено 22 ноября 2020 г.
  34. ^ Хан С., Ли Х, Луо Икс, Вэнь С., Чен В., Хуан Ц. (2018). «На состав и разнообразие сообщества нитрит-окисляющих бактерий влияют режимы внесения удобрений, но они не зависят от почвенного агрегата в кислой субтропической красной почве». Границы микробиологии . 9 : 885. дои : 10.3389/fmicb.2018.00885 . ПМК 5951965 . ПМИД  29867799. 
  35. ^ Сезар Мота, Дженнифер Риденур, Цзяян Ченг, Фрэнсис Л. де лос Рейес, Высокие уровни нитрифицирующих бактерий в реакторах с периодической аэрацией, очищающих сточные воды с высоким содержанием аммиака. FEMS Микробиология Экология, том 54, выпуск 3, ноябрь 2005 г., стр. 391–400.
  36. ^ Патвардхан С., Фустукос Д.И., Джованнелли Д., Юсель М., Ветриани С. (2018). «Гаммапротеобактерии при колонизации мелководного газоисточника». Границы микробиологии . 9 : 2970. дои : 10.3389/fmicb.2018.02970 . ПМК 6291522 . ПМИД  30574130. 
  37. ^ Сабина Ленк, Джулия Арндс, Катрис Зерятке, Никулина Мусат, Рудольф Аманн и Марк Муссман * Институт морской микробиологии Макса Планка, Celsiusstraße 1, 28359 Бремен, Германия. Новые группы гаммапротеобактерий катализируют окисление серы и фиксацию углерода в прибрежных приливных отложениях. (2011)
  38. ^ Чо Дж.К., Стейпелс М.Д., Моррис Р.М., Вергин К.Л., Швальбах М.С., Гиван С.А. и др. (июнь 2007 г.). «Гены полифилетических фотосинтетических реакционных центров у олиготрофных морских гаммапротеобактерий». Экологическая микробиология . 9 (6): 1456–63. дои : 10.1111/j.1462-2920.2007.01264.x. ПМИД  17504483.
  39. ^ Ората Ф.Д., Мейер-Колтхофф Дж.П., Соважо Д., Штейн Л.Ю. (2018). «Метилококковые клетки) призывает к реклассификации членов на уровне рода и вида». Границы микробиологии . 9 : 3162. дои : 10.3389/fmicb.2018.03162 . ПМК 6315193 . ПМИД  30631317. 
  40. ^ AB Майкл Т. Мэдиган; Дебора О. Юнг (2009). Обзор пурпурных бактерий: систематика, физиология и среда обитания . стр. 1–15. дои : 10.1007/978-1-4020-8815-5_1. ISBN 978-1-4020-8814-8. Викиданные  Q124526524. {{cite book}}: |journal=игнорируется ( помощь )
  41. ^ Брайс С., Блэквелл Н., Шмидт С., Отте Дж., Хуанг Ю.М., Кляйндиенст С. и др. (октябрь 2018 г.). «Микробное анаэробное окисление Fe (II) - Экология, механизмы и последствия для окружающей среды». Экологическая микробиология . 20 (10): 3462–3483. дои : 10.1111/1462-2920.14328 . PMID  30058270. S2CID  51865641.
  42. ^ Сабрина Хедрич, Майкл Шломанн и Д. Барри Джонсон. Железоокисляющие протеобактерии. Школа биологических наук, Колледж естественных наук, Бангорский университет, Дейниол-роуд, Бангор LL57 2UW, Великобритания 2 Междисциплинарный экологический центр, TU Bergakademie Freiberg, Leipziger Strasse 29, 09599 Фрайберг, Германия. (2011)
  43. ^ Терри Дж. МакГенити, Таксономия, геномика и экофизиология микробов, разлагающих углеводороды, 2019 143-152; 181-189; 191-205.
  44. ^ Маркерт С., Арндт С., Фелбек Х., Бехер Д., Зиверт С.М., Хюглер М. и др. (январь 2007 г.). «Физиологическая протеомика некультивируемого эндосимбионта Riftia pachyptila». Наука . 315 (5809): 247–50. Бибкод : 2007Sci...315..247M. дои : 10.1126/science.1132913. HDL : 1912/1514 . PMID  17218528. S2CID  45745396.
  45. ^ Рубин-Блюм М., Дюбилье Н., Кляйнер М. (январь 2019 г.). «Генетические данные о двух путях фиксации углерода (цикл Кальвина-Бенсона-Бэсшама и обратный цикл трикарбоновых кислот) у симбиотических и свободноживущих бактерий». мСфера . 4 (1). doi : 10.1128/mSphere.00394-18. ПМК 6315080 . ПМИД  30602523. 
  46. ^ Карамипур Н., Фатипур Ю., Мехрабади М. (сентябрь 2016 г.). «Гаммапротеобактерии как важные первичные симбионты полосатого щитовника Graphosoma Lineatum (Hemiptera: Pentatomidae)». Научные отчеты . 6 (1): 33168. Бибкод : 2016НацСР...633168К. дои : 10.1038/srep33168. ПМК 5016839 . ПМИД  27609055. 
  47. ^ Кикучи Ю., Хосокава Т., Нико Н., Фукацу Т. (февраль 2012 г.). «Кишечные симбиотические бактерии капустных клопов Eurydema Rugosa и Eurydema dominulus (Heteroptera: Pentatomidae)». Прикладная энтомология и зоология . 47 (1): 1–8. дои : 10.1007/s13355-011-0081-7. S2CID  14943700.
  48. ^ Танненбаум И., Каур Дж., Манн Р., Собридж Т., Родони Б., Спангенберг Г. (август 2020 г.). «Профилирование микробиома Lolium perenne: от семени к семени». Журнал «Фитобиомы» . 4 (3): 281–9. doi : 10.1094/PBIOMES-03-20-0026-R .
  49. ^ Бреузинг С., Шульц Д.Т., Судек С., Уорден А.З., Янг Ч.Р. (сентябрь 2020 г.). «Высоконепрерывная сборка генома хемосинтезирующего гаммапротеобактериального эндосимбионта трубчатого червя Lamellibrachia barhami». Ресурсы молекулярной экологии . 20 (5): 1432–44. дои : 10.1111/1755-0998.13220. ПМЦ 7540712 . 
  50. ^ Сираиси А., Мацусита Н., Хогецу Т. (август 2010 г.). «Нудуляция черной саранчи Gammaproteobacteria Pseudomonas sp. и Betaproteobacteria Burkholderia sp». Систематическая и прикладная микробиология . 33 (5): 269–74. дои : 10.1016/j.syapm.2010.04.005. ПМИД  20542651.
  51. ^ Гош ПК, Де ТК, Маити ТК (01 апреля 2015 г.). «Продуцирование аскорбиновой кислоты в корне, клубеньке и видах Enterobacter (Gammaproteobacteria), выделенных из корневых клубеньков бобовых Abrus precatorius L.». Биокатализ и сельскохозяйственная биотехнология . 4 (2): 127–134. дои : 10.1016/j.bcab.2014.11.006.
  52. ^ Бениция Ю, Бениция Х, Бенгедуар А, Муресу Р, Джакомини А, Сквартини А (август 2004 г.). «Гамма-протеобактерии могут образовывать клубеньки на бобовых растениях рода Hedysarum». Систематическая и прикладная микробиология . 27 (4): 462–8. дои : 10.1078/0723202041438527. ПМИД  15368852.
  53. ^ Нунура Т., Такаки Ю., Казама Х., Какута Дж., Симамура С., Макита Х. и др. (18 августа 2014 г.). «Физиологические и геномные особенности новой сероокисляющей гаммапротеобактерии, принадлежащей к ранее некультивируемой симбиотической линии, выделенной из гидротермального источника». ПЛОС ОДИН . 9 (8): e104959. Бибкод : 2014PLoSO...9j4959N. дои : 10.1371/journal.pone.0104959 . ПМЦ 4136832 . ПМИД  25133584. 
  54. ↑ Холт-младший (6 февраля 2013 г.). «Описание типа гаммапротеобактерий». Университет Саскуэханна — Веб-сайт курса систематической биологии . Проверено 17 апреля 2018 г.
  55. ^ Петерсен Дж. М., Раметт А., Лотт С., Камбон-Бонавита М.А., Збинден М., Дюбилье Н. (август 2010 г.). «Двойной симбиоз жерловой креветки Rimicaris exoculata с нитчатыми гамма- и эпсилонпротеобактериями на четырех гидротермальных полях Срединно-Атлантического хребта». Экологическая микробиология . 12 (8): 2204–18. дои : 10.1111/j.1462-2920.2009.02129.x . hdl : 21.11116/0000-0001-CADC-4 . ПМИД  21966914.
  56. ^ Сигенобу С., Ватанабэ Х., Хаттори М., Сакаки Ю., Исикава Х. (сентябрь 2000 г.). «Последовательность генома внутриклеточного бактериального симбионта тли Buchnera sp. APS». Природа . 407 (6800): 81–6. Бибкод : 2000Natur.407...81S. дои : 10.1038/35024074 . PMID  10993077. S2CID  4405072.
  57. ^ Берк Г.Р., Моран Н.А. (2011). «Массовый распад генома Serratia symbiotica, недавно появившегося симбионта тли». Геномная биология и эволюция . 3 : 195–208. doi : 10.1093/gbe/evr002. ПМК 3056288 . ПМИД  21266540. 
  58. ^ Эванс Ф.Ф., Иган С., Кьеллеберг С. (май 2008 г.). «Экология секреции II типа морских гаммапротеобактерий». Экологическая микробиология . 10 (5): 1101–7. дои : 10.1111/j.1462-2920.2007.01545.x . ПМИД  18218035.
  59. ^ Бейли Дж.Л., Фостер Г., Браун Д., Дэвисон Нью-Джерси, Койа Дж.Э., Уотсон Э. и др. (март 2016 г.). «Сальмонеллезная инфекция у серых тюленей (Halichoerus grypus), сторожевого вида морских млекопитающих: патогенность и молекулярное типирование штаммов сальмонеллы по сравнению с изолятами человека и домашнего скота». Экологическая микробиология . 18 (3): 1078–87. дои : 10.1111/1462-2920.13219. ПМИД  26768299.
  60. ^ Дэниелс Н.А., Маккиннон Л., Бишоп Р., Альтекрус С., Рэй Б., Хаммонд Р.М., Томпсон С., Уилсон С., Бин Н.Х., Гриффин П.М., Слуцкер Л. (май 2000 г.). «Инфекции Vibrio parahaemolyticus в США, 1973–1998 гг.». Журнал инфекционных болезней . 181 (5): 1661–6. дои : 10.1086/315459 . ПМИД  10823766.

Внешние ссылки