stringtranslate.com

Z-ДНК

Структура Z-ДНК. Протеопедия Z-ДНК

Z-ДНК — одна из многих возможных двойных спиральных структур ДНК . Это левозакрученная двойная спиральная структура, в которой спираль закручивается влево зигзагом, а не вправо, как в более распространенной форме B-ДНК . Считается, что Z-ДНК — одна из трех биологически активных двойных спиральных структур наряду с A-ДНК и B-ДНК .

История

Левосторонняя ДНК была впервые предложена Робертом Уэллсом и его коллегами как структура повторяющегося полимера инозина – цитозина . [ 1] Они наблюдали «обратный» спектр кругового дихроизма для таких ДНК и неверно интерпретировали это как то, что нити обернуты вокруг друг друга в левостороннем порядке. Связь между Z-ДНК и более привычной B-ДНК была указана в работе Поля и Джовина, [2] которые показали , что ультрафиолетовый круговой дихроизм поли(dG-dC) был почти инвертирован в 4 M растворе хлорида натрия и что структура поли d(I–C)·поли d(I–C) на самом деле была правосторонней конформацией D-ДНК. Подозрение, что это было результатом преобразования из B-ДНК в Z-ДНК, было подтверждено путем изучения спектров Рамана этих растворов и кристаллов Z-ДНК. [3] Впоследствии была опубликована кристаллическая структура «Z-ДНК», которая оказалась первой монокристаллической рентгеновской структурой фрагмента ДНК (самокомплементарного гексамера ДНК d(CG) 3 ). Она была разрешена как левозакрученная двойная спираль с двумя антипараллельными цепями, которые удерживались вместе парами оснований Уотсона-Крика (см. рентгеновскую кристаллографию ). Она была решена Эндрю Х. Дж. Вангом , Александром Ричем и их коллегами в 1979 году в Массачусетском технологическом институте . [4] Кристаллизация соединения B-Z-ДНК в 2005 году [5] обеспечила лучшее понимание потенциальной роли, которую Z-ДНК играет в клетках. Всякий раз, когда формируется сегмент Z-ДНК, на двух его концах должны быть соединения B–Z, связывающие его с B-формой ДНК, обнаруженной в остальной части генома .

В 2007 году РНК- версия Z-ДНК, Z-РНК , была описана как трансформированная версия двойной спирали A-РНК в левую спираль. [6] Однако переход от A-РНК к Z-РНК был описан еще в 1984 году. [7]

Структура

Соединение B–Z, связанное с доменом связывания Z-ДНК. Обратите внимание на два выделенных выдавленных основания. Из PDB : 2ACJ ​.

Z-ДНК довольно сильно отличается от правозакрученных форм. Фактически, Z-ДНК часто сравнивают с B-ДНК, чтобы проиллюстрировать основные различия. Спираль Z-ДНК левозакрученная и имеет структуру, которая повторяет каждую вторую пару оснований. Большая и малая бороздки, в отличие от A- и B-ДНК, показывают небольшую разницу в ширине. Формирование этой структуры, как правило, неблагоприятно, хотя определенные условия могут способствовать этому; такие как чередующаяся последовательность пурина и пиримидина (особенно поли(dGC) 2 ), отрицательная суперспирализация ДНК или высокое содержание соли и некоторых катионов (все при физиологической температуре, 37 °C и pH 7,3–7,4). Z-ДНК может образовывать соединение с B-ДНК (называемое «соединительной коробкой B-to-Z») в структуре, которая включает выдавливание пары оснований. [8] Конформацию Z-ДНК было трудно изучать, поскольку она не существует как стабильная особенность двойной спирали. Вместо этого это временная структура, которая время от времени индуцируется биологической активностью, а затем быстро исчезает. [9]

Прогнозирование структуры Z-ДНК

Можно предсказать вероятность того, что последовательность ДНК образует структуру Z-ДНК. Алгоритм для предсказания склонности ДНК к переключению из B-формы в Z-форму, ZHunt , был написан П. Шинг Хо в 1984 году в Массачусетском технологическом институте . [10] Этот алгоритм был позже разработан Трейси Кэмп , П. Кристофом Чампом, Шандором Морисом и Джеффри М. Варгасоном для полногеномного картирования Z-ДНК (с Хо в качестве главного исследователя). [11]

Путь образования Z-ДНК из B-ДНК

С момента открытия и кристаллизации Z-ДНК в 1979 году эта конфигурация оставила ученых в недоумении относительно пути и механизма перехода от конфигурации B-ДНК к конфигурации Z-ДНК. [12] Конформационное изменение структуры B-ДНК к Z-ДНК было неизвестно на атомном уровне, но в 2010 году компьютерное моделирование, проведенное Ли и др., позволило вычислительно определить, что пошаговое распространение перехода B-в-Z обеспечит более низкий энергетический барьер , чем ранее предполагаемый согласованный механизм. [13] Поскольку это было вычислительно доказано, путь все еще необходимо было бы экспериментально проверить в лаборатории для дальнейшего подтверждения и обоснованности, в чем Ли и др. специально заявляют в своей журнальной статье: «Текущий [вычислительный] результат может быть проверен с помощью экспериментов по FRET с одной молекулой (smFRET) в будущем». [13] В 2018 году путь от B-ДНК к Z-ДНК был экспериментально доказан с использованием анализов smFRET. [14] Это было выполнено путем измерения значений интенсивности между донорными и акцепторными флуоресцентными красителями, также известными как флуорофоры , по отношению друг к другу, когда они обмениваются электронами, будучи помеченными на молекуле ДНК. [15] [16] Расстояния между флуорофорами можно было использовать для количественного расчета изменений в близости красителей и конформационных изменений в ДНК. Высокоаффинный связывающий белок Z-ДНК , hZαADAR1, [17] использовался в различных концентрациях, чтобы вызвать трансформацию из B-ДНК в Z-ДНК. [14] Анализы smFRET выявили переходное состояние B*, которое образовалось, когда связывание hZαADAR1 накопилось на структуре B-ДНК и стабилизировало ее. [14] Этот шаг выполняется для того, чтобы избежать высокой энергии соединения, при которой структура B-ДНК может претерпеть конформационное изменение в структуру Z-ДНК без значительного, разрушительного изменения энергии. Этот результат совпадает с вычислительными результатами Ли и др., доказывающими, что механизм является ступенчатым, и его цель состоит в том, чтобы обеспечить более низкий энергетический барьер для конформационного изменения от конфигурации B-ДНК к конфигурации Z-ДНК. [13] Вопреки предыдущему представлению, связывающие белки на самом деле не стабилизируют конформацию Z-ДНК после ее формирования, но вместо этого они фактически способствуют образованию Z-ДНК непосредственно из конформации B*, которая формируется за счет связывания структуры B-ДНК высокоаффинными белками. [14]

Биологическое значение

Биологическая роль Z-ДНК в регуляции ответов интерферона I типа была подтверждена в исследованиях трех хорошо охарактеризованных редких менделевских заболеваний: симметричный дисхроматоз (OMIM: 127400), синдром Айкарди-Гутьера (OMIM: 615010) и двусторонний стриарный некроз/дистония. Семьи с гаплоидным транскриптомом ADAR позволили картировать варианты Zα непосредственно с болезнью, показав, что генетическая информация кодируется в ДНК как формой, так и последовательностью. [18] Роль в регуляции ответов интерферона I типа при раке также подтверждается выводами о том, что 40% группы опухолей зависели от фермента ADAR для выживания. [19]

В предыдущих исследованиях Z-ДНК была связана как с болезнью Альцгеймера, так и с системной красной волчанкой . Чтобы продемонстрировать это, было проведено исследование ДНК, обнаруженной в гиппокампе мозга, который был нормальным, умеренно пораженным болезнью Альцгеймера и тяжело пораженным болезнью Альцгеймера. С помощью кругового дихроизма это исследование показало наличие Z-ДНК в ДНК тех, кто был тяжело поражен. [20] В этом исследовании также было обнаружено, что основные части умеренно пораженной ДНК находились в промежуточной конформации BZ. Это важно, поскольку из этих результатов был сделан вывод, что переход от B-ДНК к Z-ДНК зависит от прогрессирования болезни Альцгеймера. [20] Кроме того, Z-ДНК связана с системной красной волчанкой (СКВ) через наличие естественных антител. Значительное количество антител против Z-ДНК было обнаружено у пациентов с СКВ и не присутствовало при других ревматических заболеваниях. [21] Существует два типа этих антител. С помощью радиоиммуноанализа было обнаружено, что один из них взаимодействует с основаниями, экспонированными на поверхности Z-ДНК и денатурированной ДНК, в то время как другой взаимодействует исключительно с зигзагообразным остовом только Z-ДНК. Подобно тому, как это обнаружено при болезни Альцгеймера, антитела различаются в зависимости от стадии заболевания, с максимальными антителами на самых активных стадиях СКВ.

Z-ДНК в транскрипции

Обычно считается, что Z-ДНК обеспечивает снятие торсионной деформации во время транскрипции , и это связано с отрицательной суперспирализацией . [5] [22] Однако, в то время как суперспирализация связана как с транскрипцией, так и с репликацией ДНК, образование Z-ДНК в первую очередь связано со скоростью транскрипции . [23]

Исследование человеческой хромосомы 22 показало корреляцию между областями формирования Z-ДНК и областями промотора ядерного фактора I. Это говорит о том, что транскрипция в некоторых человеческих генах может регулироваться образованием Z-ДНК и активацией ядерного фактора I. [11]

Было показано, что последовательности Z-ДНК выше промоторных областей стимулируют транскрипцию. Наибольшее увеличение активности наблюдается, когда последовательность Z-ДНК размещается на три спиральных витка после промоторной последовательности . Кроме того, при использовании техники сшивания микрококковой нуклеазой [24] маловероятно, что Z-ДНК образует нуклеосомы , которые часто располагаются до и/или после последовательности, образующей Z-ДНК. Из-за этого свойства предполагается, что Z-ДНК кодирует границу в позиционировании нуклеосом. Поскольку размещение нуклеосом влияет на связывание факторов транскрипции , считается, что Z-ДНК регулирует скорость транскрипции. [24]

Разработанная за путем РНК-полимеразы через отрицательную суперспирализацию, Z-ДНК, образованная посредством активной транскрипции, как было показано, увеличивает генетическую нестабильность, создавая склонность к мутагенезу вблизи промоторов. [25] Исследование Escherichia coli показало, что делеции генов спонтанно происходят в областях плазмиды, содержащих последовательности, образующие Z-ДНК. [26] Было обнаружено, что в клетках млекопитающих наличие таких последовательностей приводит к крупным делециям геномных фрагментов из-за двухцепочечных разрывов хромосом . Обе эти генетические модификации были связаны с транслокациями генов , обнаруженными при таких видах рака, как лейкемия и лимфома , поскольку области разрывов в опухолевых клетках были нанесены вокруг последовательностей, образующих Z-ДНК. [25] Однако более мелкие делеции в бактериальных плазмидах были связаны с проскальзыванием репликации , в то время как более крупные делеции, связанные с клетками млекопитающих, вызваны негомологичным восстановлением соединения концов, которое, как известно, подвержено ошибкам. [25] [26]

Токсическое действие бромистого этидия (EtBr) на трипаносомы обусловлено сдвигом их кинетопластидной ДНК в Z-форму. Сдвиг обусловлен интеркаляцией EtBr и последующим разрыхлением структуры ДНК, что приводит к раскручиванию ДНК, сдвигу в Z-форму и ингибированию репликации ДНК. [27]

Открытие домена Zα

Первый домен, связывающий Z-ДНК с высокой аффинностью, был обнаружен в ADAR1 с использованием подхода, разработанного Аланом Гербертом. [28] [29] Кристаллографические и ЯМР- исследования подтвердили биохимические выводы о том, что этот домен связывает Z-ДНК неспецифическим для последовательности образом. [30] [31] [32] Связанные домены были идентифицированы в ряде других белков посредством гомологии последовательностей . [29] Идентификация домена Zα предоставила инструмент для других кристаллографических исследований, которые привели к характеристике Z-РНК и соединения B–Z. Биологические исследования показали, что связывающий домен Z-ДНК ADAR1 может локализовать этот фермент, который изменяет последовательность вновь образованной РНК в местах активной транскрипции. [33] [34] Роль Zα, Z-ДНК и Z-РНК в защите генома от вторжения ретроэлементов Alu у людей превратилась в механизм регуляции врожденных иммунных ответов на dsRNA. Мутации в Zα являются причиной интерферонопатий человека, таких как синдром Менделя Айкарди-Гутьера. [35] [18] Кроме того, показано, что домены Zα локализуются в гранулах стресса из-за их врожденной способности связывать нуклеиновую кислоту. Более того, различные домены Zα по-разному связываются с Z-конформацией нуклеиновой кислоты, предоставляя важные пути для специфического нацеливания при разработке лекарств.

Последствия связывания Z-ДНК с белком E3L вируса коровьей оспы

По мере более тщательного изучения Z-ДНК было обнаружено, что структура Z-ДНК может связываться с белками, связывающими Z-ДНК, посредством сил Ван-дер-Ваальса и водородных связей . [36] Одним из примеров белка, связывающего Z-ДНК, является белок вакцинии E3L, который является продуктом гена E3L и имитирует белок млекопитающих, связывающий Z-ДНК. [37] [38] Белок E3L не только имеет сродство к Z-ДНК, но также, как было обнаружено, играет роль в уровне тяжести вирулентности у мышей, вызванной вирусом вакцинии, типом поксвируса . Двумя критическими компонентами белка E3L, определяющими вирулентность, являются N-конец и C-конец . N-конец состоит из последовательности, похожей на последовательность домена Zα, также называемого доменом аденозиндезаминазы z-альфа , в то время как C-конец состоит из двухцепочечного РНК-связывающего мотива. [37] Благодаря исследованиям, проведенным Кимом, Й. и др. в Массачусетском технологическом институте, было показано, что замена N-конца белка E3L на последовательность домена Zα, содержащую 14 остатков связывания Z-ДНК, подобных E3L, не оказала практически никакого влияния на патогенность вируса у мышей. [37] Напротив, Ким, Й. и др. также обнаружили, что удаление всех 83 остатков N-конца E3L привело к снижению вирулентности. Это подтверждает их утверждение о том, что N-конец, содержащий остатки связывания Z-ДНК, необходим для вирулентности. [37] В целом, эти результаты показывают, что схожие остатки связывания Z-ДНК в пределах N-конца белка E3L и домена Zα являются наиболее важными структурными факторами, определяющими вирулентность, вызванную вирусом вакцинии, в то время как аминокислотные остатки, не участвующие в связывании Z-ДНК, оказывают незначительное или не оказывают никакого эффекта. Будущее значение этих результатов включает снижение связывания Z-ДНК E3L в вакцинах, содержащих вирус вакцинии, так что негативные реакции на вирус могут быть сведены к минимуму у людей. [37]

Кроме того, Александр Рич и Джин-А Квон обнаружили, что E3L действует как трансактиватор для человеческих генов IL-6, NF-AT и p53. Их результаты показывают, что клетки HeLa , содержащие E3L, имели повышенную экспрессию человеческих генов IL-6, NF-AT и p53, а точечные мутации или делеции определенных остатков аминокислот, связывающих Z-ДНК, снижали эту экспрессию. [36] В частности, было обнаружено, что мутации в Tyr 48 и Pro 63 снижают трансактивацию ранее упомянутых генов в результате потери водородных связей и лондоновских дисперсионных сил между E3L и Z-ДНК. [36] В целом, эти результаты показывают, что уменьшение связей и взаимодействий между Z-ДНК и связывающими белками Z-ДНК снижает как вирулентность, так и экспрессию генов, тем самым показывая важность наличия связей между Z-ДНК и связывающим белком E3L.

Сравнение геометрий некоторых форм ДНК

Вид сбоку на A-, B- и Z-ДНК.
Ось спирали A-, B- и Z-ДНК.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Mitsui, Y.; Langridge, R.; Shortle, BE; Cantor, CR; Grant, RC; Kodama, M.; Wells, RD (1970). "Физические и ферментативные исследования поли d(I–C)·поли d(I–C), необычной двухспиральной ДНК". Nature . 228 (5277): 1166–1169. Bibcode :1970Natur.228.1166M. doi :10.1038/2281166a0. PMID  4321098. S2CID  4248932.
  2. ^ Pohl, FM; Jovin, TM (1972). «Вызванное солью кооперативное конформационное изменение синтетической ДНК: равновесные и кинетические исследования с поли(dG-dC)». Журнал молекулярной биологии . 67 (3): 375–396. doi :10.1016/0022-2836(72)90457-3. PMID  5045303.
  3. ^ Thamann, TJ; Lord, RC; Wang, AH; Rich, A. (1981). «Высокосолевая форма поли(dG–dC)·поли(dG–dC) является левосторонней Z-ДНК: спектры Рамана кристаллов и растворов». Nucleic Acids Research . 9 (20): 5443–5457. doi :10.1093/nar/9.20.5443. PMC 327531. PMID  7301594 . 
  4. ^ Wang, AH; Quigley, GJ; Kolpak, FJ; Crawford, JL; van Boom, JH; van der Marel, G.; Rich, A. (1979). «Молекулярная структура фрагмента левой двойной спирали ДНК при атомном разрешении». Nature . 282 (5740): 680–686. Bibcode :1979Natur.282..680W. doi :10.1038/282680a0. PMID  514347. S2CID  4337955.
  5. ^ ab Ha, SC; Lowenhaupt, K.; Rich, A.; Kim, YG; Kim, KK (2005). «Кристаллическая структура соединения между B-ДНК и Z-ДНК обнаруживает два выдавленных основания». Nature . 437 (7062): 1183–1186. Bibcode :2005Natur.437.1183H. doi :10.1038/nature04088. PMID  16237447. S2CID  2539819.
  6. ^ Пласидо, Д.; Браун, BA II; Ловенхаупт, К.; Рич, А.; Атанасиадис, А. (2007). «Двойная спираль РНК с левой стороны, связанная с доменом Zalpha фермента редактирования РНК ADAR1». Структура . 15 (4): 395–404. doi :10.1016/j.str.2007.03.001. PMC 2082211. PMID 17437712  . 
  7. ^ Холл, К.; Круз, П.; Тиноко, И. младший; Джовин, ТМ; ван де Санде, JH (октябрь 1984 г.). "«Z-РНК» — левозакрученная двойная спираль РНК. Nature . 311 (5986): 584–586. Bibcode :1984Natur.311..584H. doi :10.1038/311584a0. PMID  6482970. S2CID  4316862.
  8. ^ de Rosa, M.; de Sanctis, D.; Rosario, AL; Archer, M.; Rich, A.; Athanasiadis, A.; Carrondo, MA (май 2010 г.). «Кристаллическая структура соединения между двумя спиралями Z-ДНК». Труды Национальной академии наук . 107 (20): 9088–9092. Bibcode : 2010PNAS..107.9088D. doi : 10.1073/pnas.1003182107 . PMC 2889044. PMID  20439751 . 
  9. ^ Zhang, H.; Yu, H.; Ren, J.; Qu, X. (2006). «Обратимый переход B/Z-ДНК в условиях низкой соли и селективность поли(dA)поли(dT) не-B-формы кубаноподобным комплексом европия-L-аспарагиновой кислоты». Biophysical Journal . 90 (9): 3203–3207. Bibcode :2006BpJ....90.3203Z. doi :10.1529/biophysj.105.078402. PMC 1432110 . PMID  16473901. 
  10. ^ Ho, PS; Ellison, MJ; Quigley, GJ; Rich, A. (1986). «Компьютерный термодинамический подход для прогнозирования образования Z-ДНК в последовательностях естественного происхождения». EMBO Journal . 5 (10): 2737–2744. doi :10.1002/j.1460-2075.1986.tb04558.x. PMC 1167176 . PMID  3780676. 
  11. ^ ab Champ, PC; Maurice, S.; Vargason, JM; Camp, T.; Ho, PS (2004). «Распределение Z-ДНК и ядерного фактора I в человеческой хромосоме 22: модель сопряженной транскрипционной регуляции». Nucleic Acids Research . 32 (22): 6501–6510. doi :10.1093/nar/gkh988. PMC 545456. PMID 15598822  . 
  12. ^ Ван, Эндрю Х.-Дж.; Куигли, Гэри Дж.; Колпак, Фрэнсис Дж.; Кроуфорд, Джеймс Л.; ван Бум, Жак Х.; ван дер Марель, Гийс; Рич, Александр (декабрь 1979 г.). «Молекулярная структура левостороннего фрагмента двойной спирали ДНК при атомном разрешении». Природа . 282 (5740): 680–686. Бибкод : 1979Natur.282..680W. дои : 10.1038/282680a0. ISSN  0028-0836. PMID  514347. S2CID  4337955.
  13. ^ abc Lee, Juyong; Kim, Yang-Gyun; Kim, Kyeong Kyu; Seok, Chaok (2010-08-05). «Переход между B-ДНК и Z-ДНК: ландшафт свободной энергии для распространения соединения B−Z». Журнал физической химии B . 114 (30): 9872–9881. CiteSeerX 10.1.1.610.1717 . doi :10.1021/jp103419t. ISSN  1520-6106. PMID  20666528. 
  14. ^ abcd Ким, Сук Хо; Лим, Со-Хи; Ли, Э-Ри; Квон, До Хун; Сонг, Хён Кю; Ли, Джун-Хва; Чо, Минхэн; Джонер, Альберт; Ли, Нам-Кён (2018-03-23). ​​«Раскрытие пути к Z-ДНК в вызванном белком переходе B–Z». Nucleic Acids Research . 46 (8): 4129–4137. doi :10.1093/nar/gky200. ISSN  0305-1048. PMC 5934635. PMID 29584891  . 
  15. ^ Купер, Дэвид; Ум, Хеуи; Таузин, Лоуренс Дж.; Поддар, Нитеш; Ландес, Кристи Ф. (2013-06-03). "Время жизни при фотообесцвечивании цианиновых флуорофоров, используемых для переноса энергии резонанса Фёрстера одиночной молекулы в присутствии различных систем фотозащиты". ChemBioChem . 14 (9): 1075–1080. doi :10.1002/cbic.201300030. ISSN  1439-4227. PMC 3871170 . PMID  23733413. 
  16. ^ Диденко, Владимир В. (ноябрь 2001 г.). «ДНК-зонды с использованием флуоресцентного резонансного переноса энергии (FRET): конструкции и применение». BioTechniques . 31 (5): 1106–1121. doi :10.2144/01315rv02. ISSN  0736-6205. PMC 1941713 . PMID  11730017. 
  17. ^ Herbert, A.; Alfken, J.; Kim, Y.-G.; Mian, IS; Nishikura, K.; Rich, A. (1997-08-05). "Домен связывания Z-ДНК, присутствующий в ферменте редактирования человека, двухцепочечной РНК-аденозиндеаминазе". Труды Национальной академии наук . 94 (16): 8421–8426. Bibcode : 1997PNAS...94.8421H. doi : 10.1073/pnas.94.16.8421 . ISSN  0027-8424. PMC 22942. PMID 9237992  . 
  18. ^ ab Herbert, A. (2019). «Менделевское заболевание, вызванное вариантами, влияющими на распознавание Z-ДНК и Z-РНК доменом Zα фермента редактирования двухцепочечной РНК ADAR». European Journal of Human Genetics . 8 (1): 114–117. doi :10.1038/s41431-019-0458-6. PMC 6906422 . PMID  31320745. 
  19. ^ Герберт, А. (2019). «ADAR и подавление иммунитета при раке». Тенденции в онкологии . 5 (5): 272–282. doi :10.1016/j.trecan.2019.03.004. PMID  31174840. S2CID  155209484.
  20. ^ ab Suram, Anitha; Rao, Jagannatha KS; S., Latha K.; A., Viswamitra M. (2002). «Первое доказательство топологического изменения ДНК с B-ДНК на Z-ДНК-конформацию в гиппокампе мозга при болезни Альцгеймера». NeuroMolecular Medicine . 2 (3): 289–298. doi :10.1385/nmm:2:3:289. ISSN  1535-1084. PMID  12622407. S2CID  29059186.
  21. ^ Lafer, EM; Valle, RP; Möller, A; Nordheim, A; Schur, PH; Rich, A; Stollar, BD (1983-02-01). "Z-ДНК-специфические антитела при системной красной волчанке человека". Journal of Clinical Investigation . 71 (2): 314–321. doi :10.1172/jci110771. ISSN  0021-9738. PMC 436869 . PMID  6822666. 
  22. ^ Рич, А; Чжан, С (2003). «Хронология: Z-ДНК: долгий путь к биологической функции». Nature Reviews Genetics . 4 (7): 566–572. doi :10.1038/nrg1115. PMID  12838348. S2CID  835548.
  23. ^ Wittig, B.; Dorbic, T.; Rich, A. (1991). «Транскрипция связана с образованием Z-ДНК в метаболически активных пермеабилизованных ядрах клеток млекопитающих». Труды Национальной академии наук . 88 (6): 2259–2263. Bibcode : 1991PNAS ... 88.2259W. doi : 10.1073/pnas.88.6.2259 . PMC 51210. PMID  2006166. 
  24. ^ ab Wong, B.; Chen, S.; Kwon, J.-A.; Rich, A. (2007). "Характеристика Z-ДНК как элемента границы нуклеосомы в дрожжах Saccharomyces cerevisiae". Труды Национальной академии наук . 104 (7): 2229–2234. Bibcode : 2007PNAS..104.2229W. doi : 10.1073/pnas.0611447104 . PMC 1892989. PMID  17284586 . 
  25. ^ abc Wang, G.; Christensen, LA; Vasquez, KM (2006). «Z-ДНК-формирующие последовательности генерируют крупномасштабные делеции в клетках млекопитающих». Труды Национальной академии наук . 108 (8): 2677–2682. Bibcode : 2006PNAS..103.2677W. doi : 10.1073/pnas.0511084103 . PMC 1413824. PMID  16473937 . 
  26. ^ ab Freund, AM; Bichara, M.; Fuchs, RP (1989). "Z-ДНК-образующие последовательности являются горячими точками спонтанных делеций". Труды Национальной академии наук . 86 (19): 7465–7469. Bibcode :1989PNAS...86.7465F. doi : 10.1073/pnas.86.19.7465 . PMC 298085 . PMID  2552445. 
  27. ^ Рой Чоудхури, А.; Бакши, Р.; Ван, Дж.; Йылдырыр, Г.; Лю, Б.; Паппас-Браун, В.; Толун, Г.; Гриффит, Дж. Д.; Шапиро, ТА; Дженсен, Р. Э.; Энглунд, ПТ (декабрь 2010 г.). «Уничтожение африканских трипаносом бромистым этидием». PLOS Pathogens . 6 (12): e1001226. doi : 10.1371 /journal.ppat.1001226 . PMC 3002999. PMID  21187912. 
  28. ^ Герберт, А.; Рич, А. (1993). «Метод идентификации и характеристики связывающих белков Z-ДНК с использованием линейного олигодезоксинуклеотида». Nucleic Acids Research . 21 (11): 2669–2672. doi : 10.1093 /nar/21.11.2669. PMC 309597. PMID  8332463. 
  29. ^ ab Herbert, A.; Alfken, J.; Kim, YG; Mian, IS; Nishikura, K.; Rich, A. (1997). "Домен связывания Z-ДНК, присутствующий в ферменте редактирования человека, двухцепочечной РНК-аденозиндезаминазе". Труды Национальной академии наук . 94 (16): 8421–8426. Bibcode : 1997PNAS...94.8421H. doi : 10.1073/pnas.94.16.8421 . PMC 22942. PMID  9237992. 
  30. ^ Herbert, A.; Schade, M.; Lowenhaupt, K.; Alfken, J; Schwartz, T.; Shlyakhtenko, LS; Lyubchenko, YL; Rich, A. (1998). «Домен Zα из человеческого ADAR1 связывается с конформером Z-ДНК многих различных последовательностей». Nucleic Acids Research . 26 (15): 2669–2672. doi :10.1093/nar/26.15.3486. PMC 147729. PMID  9671809 . 
  31. ^ Шварц, Т.; Раулд, МА; Ловенхаупт, К.; Герберт, А.; Рич, А. (1999). «Кристаллическая структура домена Zα человеческого фермента редактирования ADAR1, связанного с левосторонней Z-ДНК». Science . 284 (5421): 1841–1845. doi :10.1126/science.284.5421.1841. PMID  10364558.
  32. ^ Шаде, М.; Тернер, К.Дж.; Кюне, Р.; Шмидер, П.; Ловенхаупт, К.; Герберт, А.; Рич, А.; Ошкинат, Х. (1999). «Структура раствора домена Zα фермента редактирования РНК человека ADAR1 обнаруживает предрасположенную поверхность связывания для Z-ДНК». Труды Национальной академии наук . 96 (22): 2465–2470. Bibcode : 1999PNAS...9612465S. doi : 10.1073 /pnas.96.22.12465 . PMC 22950. PMID  10535945. 
  33. ^ Герберт, А.; Рич, А. (2001). «Роль связывающих доменов для дцРНК и Z-ДНК в редактировании in vivo минимальных субстратов с помощью ADAR1». Труды Национальной академии наук . 98 (21): 12132–12137. Bibcode : 2001PNAS...9812132H. doi : 10.1073/pnas.211419898 . PMC 59780. PMID  11593027. 
  34. ^ Халбер, Д. (11.09.1999). «Ученые наблюдают биологическую активность «левосторонней» ДНК». MIT News Office . Получено 29.09.2008 .
  35. ^ Герберт, А. (2019). "Z-ДНК и Z-РНК при заболеваниях человека". Communications Biology . 2 : 7. doi :10.1038/s42003-018-0237-x. PMC 6323056. PMID 30729177  . 
  36. ^ abc Kwon, J.-A.; Rich, A. (2005-08-26). "Биологическая функция белка E3L, связывающего Z-ДНК вируса коровьей оспы: трансактивация генов и антиапоптотическая активность в клетках HeLa". Труды Национальной академии наук . 102 (36): 12759–12764. Bibcode : 2005PNAS..10212759K. doi : 10.1073/pnas.0506011102 . ISSN  0027-8424. PMC 1200295. PMID 16126896  . 
  37. ^ abcde Kim, Y.-G.; Muralinath, M.; Brandt, T.; Pearcy, M.; Hauns, K.; Lowenhaupt, K.; Jacobs, BL; Rich, A. (2003-05-30). "Роль связывания Z-ДНК в патогенезе вируса вакцинии". Труды Национальной академии наук . 100 (12): 6974–6979. Bibcode : 2003PNAS..100.6974K. doi : 10.1073/pnas.0431131100 . ISSN  0027-8424. PMC 165815. PMID 12777633  . 
  38. ^ Ким, Y.-G.; Ловенхаупт, K.; О, D.-B.; Ким, KK; Рич, A. (2004-02-02). «Доказательства того, что фактор вирулентности вакцины E3L связывается с Z-ДНК in vivo: значение для разработки терапии поксвирусной инфекции». Труды Национальной академии наук . 101 (6): 1514–1518. Bibcode : 2004PNAS..101.1514K. doi : 10.1073/pnas.0308260100 . ISSN  0027-8424. PMC 341766. PMID 14757814  . 
  39. ^ Синден, Ричард Р. (1994). Структура и функция ДНК (1-е изд.). Academic Press. стр. 398. ISBN 978-0-126-45750-6.
  40. ^ Рич, А.; Норхейм, А.; Ванг, А.Х. (1984). «Химия и биология левосторонней Z-ДНК». Annual Review of Biochemistry . 53 (1): 791–846. doi :10.1146/annurev.bi.53.070184.004043. PMID  6383204.
  41. ^ Ho, PS (1994-09-27). «Не-B-ДНК-структура d(CA/TG)n не отличается от Z-ДНК». Труды Национальной академии наук . 91 (20 ) : 9549–9553. Bibcode : 1994PNAS...91.9549H. doi : 10.1073/pnas.91.20.9549 . PMC 44850. PMID  7937803.