Риботипирование — это молекулярный метод идентификации и характеристики бактерий, в котором используется информация филогенетического анализа на основе рРНК. [1] Это быстрый и специфичный метод, широко используемый в клинической диагностике и анализе микробных сообществ в продуктах питания, воде и напитках. [1]
Все бактерии имеют рибосомальные гены , но точная последовательность уникальна для каждого вида и служит генетическим отпечатком. Следовательно, секвенирование конкретного гена 16S и сравнение его с базой данных позволит идентифицировать конкретный вид. [2]
Риботипирование включает переваривание бактериальной геномной ДНК специфическими ферментами рестрикции . Каждый фермент рестрикции разрезает ДНК по определенной нуклеотидной последовательности, в результате чего образуются фрагменты разной длины. [3]
Затем эти фрагменты подвергают гель-электрофорезам , где они разделяются по размеру: приложение электрического поля к гелю, в котором они суспендированы, вызывает движение фрагментов ДНК (все отрицательно заряженные из-за присутствия фосфатных групп) через матрицу к положительно заряженному концу поля. Маленькие фрагменты легче и быстрее перемещаются по матрице, достигая большего расстояния от исходного положения, чем более крупные фрагменты.
После разделения в матрице геля фрагменты ДНК перемещаются на нейлоновые мембраны и гибридизуются с меченым зондом 16S или 23S рРНК. Таким образом, визуализируются и могут быть проанализированы только фрагменты, кодирующие такую рРНК. [4] Затем образец оцифровывают и используют для определения происхождения ДНК путем сравнения с эталонными организмами в компьютерной базе данных. [1]
Концептуально риботипирование похоже на зондирование рестрикционных фрагментов хромосомной ДНК с помощью клонированных зондов (случайно клонированных зондов или зондов, полученных из специфической кодирующей последовательности, такой как последовательность фактора вирулентности ). [5]