stringtranslate.com

Домен белка UBA

Убиквитин-ассоциированные (UBA) домены — это белковые домены , которые нековалентно взаимодействуют с убиквитином через белок-белковые взаимодействия . Убиквитин — это небольшой белок, ковалентно связанный с другими белками как часть внутриклеточных сигнальных путей, часто как сигнал для деградации белка . Домены UBA являются одними из самых распространенных убиквитин-связывающих доменов . [2] [3]

Функция

Белки, содержащие домены UBA, участвуют в различных дополнительных клеточных процессах, таких как репарация нуклеотидов (NER), дупликация полюсов веретена и рост клеток . [4]

Деградация белка через систему убиквитин-протеасомы (UPS) позволяет клетке избирательно негативно регулировать внутриклеточные белки. Деградация белка помогает поддерживать контроль качества белка, сигнализацию и прогрессирование клеточного цикла. [5] [6] Было предложено, что UBA ограничивает удлинение цепи убиквитина и направляет полиубиквитинированные белки в протеасому 26S для деградации. [7] Они были идентифицированы в модульных белках, участвующих в транспортировке белков, восстановлении ДНК , протеасомной деградации и регуляции клеточного цикла.

Структура

Домены UBA имеют общий мотив последовательности из приблизительно 45 аминокислотных остатков . [8] Они складываются в трехспиральные структуры пучка. [2]

Примеры

Структура прокариотического фактора удлинения EF-Ts, связанного с EF-Tu . Взято из PDB : 1EFU ​. [9]

Человеческий гомолог дрожжей Rad23A является одним из примеров белка нуклеотидной эксцизионной репарации, который содержит как внутренний, так и C-концевой домен UBA. Структура раствора человеческого Rad23A UBA(2) показала , что домен образует компактный трехспиральный пучок. [10]

Сравнение структур UBA(1) и UBA(2) показывает, что оба образуют очень похожие складки и имеют консервативный большой гидрофобный поверхностный участок, который может быть общей взаимодействующей с белком поверхностью, присутствующей в различных доменах UBA . Доказательства того, что убиквитин связывается с доменами UBA, приводят к предсказанию, что гидрофобный поверхностный участок доменов UBA взаимодействует с гидрофобной поверхностью на пятицепочечном бета-слое убиквитина. [11]

Этот домен аналогичен по последовательности N -концевому домену фактора элонгации трансляции EF1B (или EF-Ts) из бактерий, митохондрий и хлоропластов . [9]

Ссылки

  1. ^ Zhang D, Raasi S, Fushman D (март 2008). «Сродство имеет значение: неселективное взаимодействие домена UBA убиквилина-1 с мономерными цепями убиквитина и полиубиквитина». Журнал молекулярной биологии . 377 (1): 162–80. doi :10.1016/j.jmb.2007.12.029. PMC  2323583. PMID  18241885 .
  2. ^ ab Dikic I, Wakatsuki S, Walters KJ (октябрь 2009 г.). «Убиквитин-связывающие домены — от структур к функциям». Nature Reviews. Molecular Cell Biology . 10 (10): 659–71. doi :10.1038/nrm2767. PMC 7359374. PMID 19773779  . 
  3. ^ Husnjak K, Dikic I (7 июля 2012 г.). «Убиквитин-связывающие белки: декодеры убиквитин-опосредованных клеточных функций». Annual Review of Biochemistry . 81 (1): 291–322. doi :10.1146/annurev-biochem-051810-094654. PMID  22482907.
  4. ^ Su V, Lau AF (сентябрь 2009 г.). «Убиквитин-подобные и убиквитин-ассоциированные доменные белки: значение в протеасомной деградации». Cellular and Molecular Life Sciences . 66 (17): 2819–33. doi :10.1007/s00018-009-0048-9. PMC 2725189 . PMID  19468686. 
  5. ^ Gomez TA, Kolawa N, Gee M, Sweredoski MJ, Deshaies RJ (май 2011 г.). «Идентификация функционального сайта стыковки в домене Rpn1 LRR для белка домена UBA-UBL Ddi1». BMC Biology . 9 : 33. doi : 10.1186/1741-7007-9-33 . PMC 3126750 . PMID  21627799. 
  6. ^ Tse MK, Hui SK, Yang Y, Yin ST, Hu HY, Zou B и др. (2011). «Структурный анализ домена UBA белка-ингибитора апоптоза, связанного с Х-хромосомой, выявляет различные поверхности для связывания убиквитина и самоассоциации». PLOS ONE . ​​6 (12): e28511. Bibcode :2011PLoSO...628511T. doi : 10.1371/journal.pone.0028511 . PMC 3240630 . PMID  22194841. 
  7. ^ Li J, Chu H, Zhang Y, Mou T, Wu C, Zhang Q, Xu J (2012). «Ген HGW риса кодирует белок домена убиквитин-ассоциированного (UBA), который регулирует дату колошения и вес зерна». PLOS ONE . ​​7 (3): e34231. Bibcode :2012PLoSO...734231L. doi : 10.1371/journal.pone.0034231 . PMC 3311617 . PMID  22457828. 
  8. ^ Хофманн К, Бухер П (май 1996). «Домен UBA: мотив последовательности, присутствующий в нескольких классах ферментов пути убиквитинирования». Тенденции в биохимических науках . 21 (5): 172–3. doi :10.1016/S0968-0004(96)30015-7. PMID  8871400.
  9. ^ ab Кавашима, Такемаса; Берте-Коломинас, Кармен; Вульф, Майкл; Кьюсак, Стивен; Леберман, Рубен (8 февраля 1996 г.). «Структура комплекса Escherichia coli EF-Tu· EF-Ts при разрешении 2,5 Å». Nature . 379 (6565): 511–518. Bibcode :1996Natur.379..511K. doi :10.1038/379511a0. PMID  8596629. S2CID  4273375.
  10. ^ Dieckmann T, Withers-Ward ES, Jarosinski MA, Liu CF, Chen IS, Feigon J (декабрь 1998 г.). «Структура домена UBA белка репарации человеческой ДНК, взаимодействующего с Vpr ВИЧ-1». Nature Structural Biology . 5 (12): 1042–7. doi :10.1038/4220. PMID  9846873. S2CID  30478711.
  11. ^ Mueller TD, Feigon J (июнь 2002 г.). «Структуры растворов доменов UBA обнаруживают консервативную гидрофобную поверхность для белок-белковых взаимодействий». Журнал молекулярной биологии . 319 (5): 1243–55. doi :10.1016/S0022-2836(02)00302-9. PMID  12079361.
В данной статье использован текст из общедоступных источников Pfam и InterPro :
  • IPR000449
  • IPR015940