База данных взаимодействий патоген-хозяин ( PHI-base ) — это биологическая база данных, содержащая вручную собранную информацию о генах, влияние которых, как экспериментально доказано, на исход взаимодействий патоген-хозяин . База данных поддерживается исследователями из Rothamsted Research и внешними сотрудниками с 2005 года . , с 2016 г. [5]
База данных «Взаимодействие патоген - хозяин » была разработана для использования растущего числа проверенных генов, которые опосредуют способность организма вызывать заболевание и/или запускать реакции хозяина. [6]
В доступной через Интернет базе данных каталогизированы экспериментально подтвержденные патогенность, вирулентность и эффекторные гены бактериальных, грибковых и оомицетовых патогенов, которые заражают животных, растения и грибы-хозяева. PHI-base стала первым онлайн-ресурсом, посвященным выявлению и представлению информации о генах патогенности грибов и оомицетов и их взаимодействии с хозяином. База PHI — это ресурс для обнаружения потенциальных мишеней в медицински и агрономически важных грибковых и оомицетовых патогенах для воздействия с помощью синтетических химикатов и натуральных продуктов ( фунгицидов ). [7] [8]
Каждая запись в базе PHI курируется экспертами в предметной области и подтверждается убедительными экспериментальными данными (эксперименты по разрушению генов), а также ссылками на литературу, в которой описаны эксперименты. Каждый ген в PHI-основании представлен с его нуклеотидной и выведенной аминокислотной последовательностью, а также с подробным структурированным описанием предсказанной функции белка в процессе заражения хозяина. Чтобы облегчить взаимодействие данных, гены аннотируются с использованием контролируемых словарей ( термины генной онтологии , номера EC и т. д.) и ссылок на другие внешние источники данных, такие как UniProt , EMBL и службы таксономии NCBI .
Версия 4.15 (2 мая 2023 г.) PHI-base предоставляет информацию о 9377 генах от 285 патогенов и 236 хозяев и их влиянии на 20950 взаимодействий, а также информацию об эффективности примерно 20 лекарств и целевых последовательностях в патогене. База PHI в настоящее время фокусируется на патогенных организмах растений и человека, включая грибы, оомицеты и бактерии. Все содержимое базы данных можно загрузить в формате с разделителями табуляцией. С момента запуска версии 4 в базе PHI также доступен поиск с помощью инструмента поиска PHIB-BLAST, который использует алгоритм BLAST для сравнения последовательности пользователя с последовательностями, доступными из базы PHI. [9]
В 2016 году растительная часть базы PHI была использована для создания инструмента семантического поиска по базе PHI. [10]
База PHI согласована с Ensembl Genomes с 2011 года, FungiDB с 2016 года и Global Biotic Interactions (GloBI) с 2018 года . [11] Все новые версии базы PHI интегрируются этими независимыми базами данных.
PHI-база — это ресурс для многих приложений, включая:
› Открытие консервативных генов у патогенов, важных с медицинской и агрономической точки зрения, которые могут стать потенциальными мишенями для химического вмешательства
› Сравнительный анализ генома
› Аннотации недавно секвенированных геномов патогенов
› Функциональная интерпретация секвенирования РНК и экспериментов на микрочипах
› Быстрая перекрестная проверка фенотипических различий между патогенными видами при написании статей для рецензирования
Использование базы PHI упоминалось в более чем 500 рецензируемых статьях. [5]
С 2015 года веб-сайт связан с онлайн-инструментом для курирования литературы под названием PHI-Canto, который позволяет сообществу курировать литературу по различным патогенным видам. [12] PHI-Canto использует систему курирования сообщества, которая не только предлагает инструмент курирования, но также включает онтологию фенотипов и контролируемые словари с использованием унифицированных языков и правил, используемых в биологических экспериментах. Центральной концепцией этой структуры является введение «метагенотипа», который позволяет аннотировать и присваивать фенотипы конкретным взаимодействиям мутанта-хозяина патогена.
База PHI — это национальный потенциал, финансируемый Исследовательским советом по биотехнологиям и биологическим наукам (BBSRC), исследовательским советом Великобритании. [6]
{{cite journal}}
: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )