stringtranslate.com

PHI-база

База данных взаимодействий патоген-хозяин ( PHI-base ) — это биологическая база данных, содержащая вручную собранную информацию о генах, влияние которых, как экспериментально доказано, на исход взаимодействий патоген-хозяин . База данных поддерживается исследователями из Rothamsted Research и внешними сотрудниками с 2005 года . , с 2016 г. [5]

Фон

База данных «Взаимодействие патоген - хозяин » была разработана для использования растущего числа проверенных генов, которые опосредуют способность организма вызывать заболевание и/или запускать реакции хозяина. [6]

В доступной через Интернет базе данных каталогизированы экспериментально подтвержденные патогенность, вирулентность и эффекторные гены бактериальных, грибковых и оомицетовых патогенов, которые заражают животных, растения и грибы-хозяева. PHI-base стала первым онлайн-ресурсом, посвященным выявлению и представлению информации о генах патогенности грибов и оомицетов и их взаимодействии с хозяином. База PHI — это ресурс для обнаружения потенциальных мишеней в медицински и агрономически важных грибковых и оомицетовых патогенах для воздействия с помощью синтетических химикатов и натуральных продуктов ( фунгицидов ). [7] [8]

Каждая запись в базе PHI курируется экспертами в предметной области и подтверждается убедительными экспериментальными данными (эксперименты по разрушению генов), а также ссылками на литературу, в которой описаны эксперименты. Каждый ген в PHI-основании представлен с его нуклеотидной и выведенной аминокислотной последовательностью, а также с подробным структурированным описанием предсказанной функции белка в процессе заражения хозяина. Чтобы облегчить взаимодействие данных, гены аннотируются с использованием контролируемых словарей ( термины генной онтологии , номера EC и т. д.) и ссылок на другие внешние источники данных, такие как UniProt , EMBL и службы таксономии NCBI .

Текущие события

Версия 4.15 (2 мая 2023 г.) PHI-base предоставляет информацию о 9377 генах от 285 патогенов и 236 хозяев и их влиянии на 20950 взаимодействий, а также информацию об эффективности примерно 20 лекарств и целевых последовательностях в патогене. База PHI в настоящее время фокусируется на патогенных организмах растений и человека, включая грибы, оомицеты и бактерии. Все содержимое базы данных можно загрузить в формате с разделителями табуляцией. С момента запуска версии 4 в базе PHI также доступен поиск с помощью инструмента поиска PHIB-BLAST, который использует алгоритм BLAST для сравнения последовательности пользователя с последовательностями, доступными из базы PHI. [9]

В 2016 году растительная часть базы PHI была использована для создания инструмента семантического поиска по базе PHI. [10]

База PHI согласована с Ensembl Genomes с 2011 года, FungiDB с 2016 года и Global Biotic Interactions (GloBI) с 2018 года . [11] Все новые версии базы PHI интегрируются этими независимыми базами данных.

PHI-база — это ресурс для многих приложений, включая:

› Открытие консервативных генов у патогенов, важных с медицинской и агрономической точки зрения, которые могут стать потенциальными мишенями для химического вмешательства

› Сравнительный анализ генома

› Аннотации недавно секвенированных геномов патогенов

› Функциональная интерпретация секвенирования РНК и экспериментов на микрочипах

› Быстрая перекрестная проверка фенотипических различий между патогенными видами при написании статей для рецензирования

Использование базы PHI упоминалось в более чем 500 рецензируемых статьях. [5]

С 2015 года веб-сайт связан с онлайн-инструментом для курирования литературы под названием PHI-Canto, который позволяет сообществу курировать литературу по различным патогенным видам. [12] PHI-Canto использует систему курирования сообщества, которая не только предлагает инструмент курирования, но также включает онтологию фенотипов и контролируемые словари с использованием унифицированных языков и правил, используемых в биологических экспериментах. Центральной концепцией этой структуры является введение «метагенотипа», который позволяет аннотировать и присваивать фенотипы конкретным взаимодействиям мутанта-хозяина патогена.

Финансирование

База PHI — это национальный потенциал, финансируемый Исследовательским советом по биотехнологиям и биологическим наукам (BBSRC), исследовательским советом Великобритании. [6]

Рекомендации

  1. ^ Винненбург, Р.; Болдуин, ТК; Урбан, М.; Роулингс, К.; Келер, Дж.; Хаммонд-Козак, Кентукки (2014). «PHI-база: новая база данных о взаимодействии патогенов с хозяином». Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Проблема с базой данных): D459-464. дои : 10.1093/nar/gkj047. ПМК 1347410 . ПМИД  16381911. 
  2. ^ Болдуин, ТК; Винненбург, Р.; Урбан, М.; Роулингс, К.; Келер, Дж.; Хаммонд-Козак, Кентукки (2006). «База данных о взаимодействии патоген-хозяин (база PHI) дает представление об общих и новых темах патогенности». Молекулярные растительно-микробные взаимодействия . 19 (12): 1451–1462. дои : 10.1094/mpmi-19-1451 . ПМИД  17153929.
  3. ^ Винненбург, Р.; Урбан, М.; Бичем, А.; Болдуин, ТК; Холланд, С.; Линдеберг, М.; Хансен, Х.; Роулингс, К.; Хаммонд-Козак, Кентукки; Кёлер, Дж. (2008). «Обновление базы PHI: дополнения к базе данных о взаимодействии патогенов с хозяином». Исследования нуклеиновых кислот . 36 (Проблема с базой данных): D572-576. doi : 10.1093/nar/gkm858. ПМК 2238852 . ПМИД  17942425. 
  4. ^ Урбан, М.; Пант, Р.; Рагхунатх, А.; Ирвайн, AG; Педро, Х.; Хаммонд-Козак, Кентукки (2015). «База данных о взаимодействии патоген-хозяин (база PHI): дополнения и будущие разработки». Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D645–D655. дои : 10.1093/nar/gku1165. ПМЦ 4383963 . ПМИД  25414340. 
  5. ^ аб Урбан, Мартин; Кузик, Алейн; Сигер, Джеймс; Вуд, Валери; Резерфорд, Ким; Венкатеш, Шилпа Ягвакоте; Саху, Джашобанта; Айер, С. Виджайлакшми; Кхамари, Локанатх; Де Сильва, Нишади; Мартинес, Мануэль Карбахо; Педро, Хелдер; Йейтс, Эндрю Д.; Хаммонд-Козак, Ким Э. (07 января 2022 г.). «База PHI в 2022 году: база данных многовидовых фенотипов для взаимодействия патоген-хозяин». Исследования нуклеиновых кислот . 50 (Д1): Д837–Д847. дои : 10.1093/nar/gkab1037. ISSN  1362-4962. ПМЦ 8728202 . ПМИД  34788826. 
  6. ^ аб Урбан, М; Кузик, А; Сигер, Дж; Вуд, В; Резерфорд, К; Венкатеш, Ю.Ю.; Де Сильва, Н.; Мартинес, MC; Педро, Х; Йейтс, AD; Хасани-Пак, К; Хаммонд-Козак, Кентукки (8 января 2020 г.). «PHI-база: база данных взаимодействий патоген-хозяин». Исследования нуклеиновых кислот . 48 (Д1): Д613–Д620. дои : 10.1093/nar/gkz904. ПМЦ 7145647 . ПМИД  31733065. 
  7. ^ Браун, Северная Каролина; Урбан, М.; Хаммонд-Козак, Кентукки (2016). «Транскоролевская идентификация негативных регуляторов гипервирулентности патогена». FEMS Микробиол Ред . 40 (1): 19–40. doi : 10.1093/femsre/fuv042. ПМК 4703069 . ПМИД  26468211. 
  8. ^ Урбан, М.; Ирвайн, AG; Рагхунатх, А.; Кузик, А.; Хаммонд-Козак, Кентукки (2015). «Использование базы данных о взаимодействии патоген-хозяин (база PHI) для исследования геномов патогенов растений и генов, участвующих в вирулентности». Фронт Завод Науч . 6 : 605. doi : 10.3389/fpls.2015.00605 . ПМК 4526803 . ПМИД  26300902. 
  9. ^ Урбан, М.; Кузик, А.; Резерфорд 10.1093/nar/gkab103, К.; Ирвайн, AG; Педро, Х.; Пант, Р.; Саданадан, В.; Хамари, Л.; Биллал, С.; Моханти, С.; Хаммонд-Козак, К. (2017). «PHI-база: новый интерфейс и дальнейшие дополнения для базы данных о взаимодействии многовидовых патогенов с хозяином». Нуклеиновые кислоты Рез . 45 (Д1): Д604–Д610. дои : 10.1093/nar/gkw1089. ПМК 5210566 . ПМИД  27915230. {{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
  10. ^ Родригес-Иглесиас, А.; Родригес-Гонсалес, А.; Ирвайн, AG; Сесма, А.; Урбан, М.; Хаммонд-Козак, Кентукки; Уилкинсон, доктор медицины (2016). «Публикация данных FAIR: образцовая методология с использованием базы PHI». Фронт Завод Науч . 7 : 641. doi : 10.3389/fpls.2016.00641 . ПМЦ 4922217 . ПМИД  27433158. 
  11. ^ Басенко, Эвелина Ю.; Пулман, Джейн А.; Шанмугасундрам, Аччутан; Харб, Омар С.; Крауч, Кэтрин; Старнс, Дэвид; Уорренфельц, Сюзанна; Ауррекоэчеа, Кристина; Стокерт, Кристиан Дж.; Киссинджер, Джессика С.; Роос, Дэвид С.; Герц-Фаулер, Кристиана (20 марта 2018 г.). «FungiDB: интегрированный биоинформационный ресурс по грибам и оомицетам». Журнал грибов . 4 (1): 39. дои : 10.3390/jof4010039 . ISSN  2309-608X. ПМЦ 5872342 . ПМИД  30152809. 
  12. ^ Кузик, Алейн; Сигер, Джеймс; Вуд, Валери; Урбан, Мартин; Резерфорд, Ким; Хаммонд-Козак, Ким Э (4 июля 2023 г.). «Рамка для общественного курирования литературы о межвидовых взаимодействиях». электронная жизнь . 12 . дои : 10.7554/elife.84658 . ISSN  2050-084X. ПМЦ 10319440 . ПМИД  37401199. 

Внешние ссылки