stringtranslate.com

Тим Хаббард

Тимоти Джон Филлип Хаббард — профессор биоинформатики в Королевском колледже Лондона , руководитель отдела геномного анализа в Genomics England и почетный преподаватель Института Сенгера Wellcome Trust в Кембридже, Великобритания. [2] [8] [9] [10] [11] [12] [13] С 1 марта 2024 года Хаббард стал директором Европейской инфраструктуры данных по биологическим наукам ELIXIR . [14]

Образование

Хаббард получил образование в Кембриджском университете, где в 1985 году ему была присвоена степень бакалавра гуманитарных наук в области естественных наук (биохимия). Затем он продолжил исследования в области дизайна белков на кафедре кристаллографии колледжа Биркбек в Лондоне, где в 1988 году ему была присвоена степень доктора философии [15] за исследования под руководством Тома Бланделла .

Исследования и карьера

Научные интересы Хаббарда лежат в области биоинформатики , вычислительной биологии и геномной информатики . [1] Во время своей работы в WTSI он руководил несколькими успешными аспирантами, завершившими работу в этих областях исследований. [16] [17] [18] [19] [20] [21]

После постдокторской стажировки в Научно-исследовательском институте белковой инженерии в Осаке в рамках программы научной подготовки ЕС в Японии (1989-90) он вернулся в Кембридж, став стипендиатом Zeneca в Медицинском исследовательском совете (MRC) , Центре белковой инженерии . В 1997 году он присоединился к Институту Сэнгера Wellcome Trust , чтобы стать руководителем отдела анализа генома человека . Тим был руководителем отдела информатики с 2007 по 2013 год, когда он был откомандирован на неполный рабочий день в качестве консультанта-специалиста в NHS England , где занимался предоставлением геномики для программ здравоохранения. [22]

Хаббард был назначен профессором биоинформатики в King's в октябре 2013 года. [23] Его исследования были опубликованы в ведущих рецензируемых научных журналах , включая Nature , [24] [25] [26] Journal of Molecular Biology , [3] [27] Nucleic Acids Research , [5] [6] Genome Biology , [4] Nature Methods , [28] Nature Reviews Cancer [29] и Bioinformatics . [30] Его исследования финансировались Медицинским исследовательским советом (MRC) и Исследовательским советом по биотехнологии и биологическим наукам (BBSRC) . [31]

Ссылки

На сайте Scholia имеется профиль автора Тима Хаббарда .
  1. ^ ab Публикации Тима Хаббарда, проиндексированные Google Scholar
  2. ^ ab "Genomics England публикует результаты оценки своих аннотаций". Genomics England. 2014. Архивировано из оригинала 2015-01-12.
  3. ^ ab Murzin, AG; Brenner, S .; Hubbard, T.; Chothia, C. (1995). "SCOP: Структурная классификация белковой базы данных для исследования последовательностей и структур" (PDF) . Journal of Molecular Biology . 247 (4): 536–540. doi :10.1016/S0022-2836(05)80134-2. PMID  7723011. Архивировано из оригинала (PDF) 2012-04-26.
  4. ^ ab Harrow, J; Denoeud, F; Frankish, A; Reymond, A; Chen, CK; Chrast, J; Lagarde, J; Gilbert, JG; Storey, R; Swarbreck, D; Rossier, C; Ucla, C; Hubbard, T; Antonarakis, SE; Guigo, R (2006). "GENCODE: Создание справочной аннотации для ENCODE". Genome Biology . 7 (Suppl 1): S4.1–9. doi : 10.1186/gb-2006-7-s1-s4 . PMC 1810553 . PMID  16925838. 
  5. ^ ab Hubbard, T.; Barker, D.; Birney, E .; Cameron, G.; Chen, Y.; Clark, L.; Cox, T.; Cuff, J.; Curwen, V.; Down, T.; Durbin, R.; Eyras, E.; Gilbert, J.; Hammond, M.; Huminiecki, L.; Kasprzyk, A.; Lehvaslaiho, H.; Lijnzaad, P.; Melsopp, C.; Mongin, E.; Pettett, R.; Pocock, M.; Potter, S.; Rust, A.; Schmidt, E.; Searle, S.; Slater, G.; Smith, J.; Spooner, W.; Stabenau, A. (2002). "Проект базы данных генома Ensembl". Nucleic Acids Research . 30 (1): 38–41. doi : 10.1093 /nar/30.1.38. PMC 99161. PMID  11752248. 
  6. ^ ab Farrell, CM; O'Leary, NA; Harte, RA; Loveland, JE; Wilming, LG; Wallin, C.; Diekhans, M.; Barrell, D.; Searle, SMJ; Aken, B.; Hiatt, SM; Frankish, A.; Suner, M. -M.; Rajput, B.; Steward, CA; Brown, GR; Bennett, R.; Murphy, M.; Wu, W.; Kay, MP; Hart, J.; Rajan, J.; Weber, J.; Snow, C.; Riddick, LD; Hunt, T.; Webb, D.; Thomas, M.; Tamez, P.; Rangwala, SH (2013). "Текущее состояние и новые возможности базы данных консенсусных кодирующих последовательностей". Nucleic Acids Research . 42 (Выпуск базы данных): D865 – D872. doi :10.1093/nar/gkt1059. PMC 3965069. PMID  24217909. 
  7. ^ Moult, J; Hubbard, T; Fidelis, K; Pedersen, JT (1999). "Критическая оценка методов предсказания структуры белка (CASP): Раунд III". Proteins . Suppl 3 (S3): 2–6. doi :10.1002/(sici)1097-0134(1999)37:3+<2::aid-prot2>3.3.co;2-u. PMID  10526346.
  8. ↑ Тим Хаббард в Twitter
  9. ^ Публикации Хаббарда, Тима Дж. П., проиндексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
  10. ^ Страница профиля автора Тима Дж. П. Хаббарда в цифровой библиотеке ACM
  11. ^ Тим Дж. П. Хаббард на библиографическом сервере DBLP
  12. ^ Хопкин, Карен (2009-10-01). "Тим Хаббард: геномный гуру". The Scientist . Архивировано из оригинала 2014-03-04.
  13. ^ Публикации Тима Хаббарда из Европы PubMed Central
  14. ^ "Тим Хаббард станет новым директором ELIXIR". 2023-12-01.
  15. ^ Хаббард, Тим (1988). Дизайн, экспрессия и характеристика нового белка (диссертация доктора философии). Лондонский университет. Архивировано из оригинала 2015-05-19.
  16. ^ Брош, Маркус (2010). Разработка вычислительных методов анализа протеомных данных для аннотации генома (диссертация на степень доктора философии). Кембриджский университет. OCLC  890149364.
  17. ^ Даун, Томас Александр (2004). Вычислительная локализация промоторов и стартовых площадок транскрипции в геномах млекопитающих (диссертация на соискание степени доктора философии). Кембриджский университет.
  18. ^ Догруэль, Мутлу (2008). Основанная на мотивах вычислительная идентификация субклеточной локализации белка (диссертация). Кембриджский университет. OCLC  890154619.
  19. ^ Мэттисон, Дженни (2009). Анализ наборов данных по мутациям, связанным с раком, по всему геному у мышей и людей (диссертация на степень доктора философии). Кембриджский университет. OCLC  890152898.
  20. ^ Пиипари, Матиас (2011). Вывод и классификация эукариотических цис-регуляторных мотивов (диссертация на соискание ученой степени доктора философии). Кембриджский университет.
  21. ^ Покок, Мэтью Ричард (2004). Вычислительный анализ геномов (диссертация на соискание степени доктора философии). Кембриджский университет. OCLC  890159072.
  22. ^ "Почетный преподаватель Института Сэнгера Wellcome Trust - д-р Тим Хаббард". Архивировано из оригинала 23.03.2015.
  23. ^ "Профессор Тим Хаббард, Королевский колледж Лондона". Архивировано из оригинала 2014-02-23.
  24. ^ Консорциум проекта ENCODE, Birney E , Stamatoyannopoulos JA , Dutta A, Guigó R, Gingeras TR, Margulies EH, Weng Z, Snyder M, Dermitzakis ET; и др. (2007). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека пилотным проектом ENCODE». Nature . 447 (7146): 799–816. Bibcode : 2007Natur.447..799B. doi : 10.1038/nature05874. PMC 2212820. PMID  17571346 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  25. ^ Lander, ES ; Linton, M.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Zody, C.; Baldwin, J.; Devon, K.; Dewar, K.; Doyle, M.; Fitzhugh, W.; Funke, R.; Gage, D.; Harris, K.; Heaford, A.; Howland, J.; Kann, L.; Lehoczky, J.; Levine, R.; McEwan, P.; McKernan, K.; Meldrim, J.; Mesirov, JP; Miranda, C.; Morris, W.; Naylor, J.; Raymond, C.; Rosetti, M.; Santos, R.; Sheridan, A.; et al. (февраль 2001 г.). "Первоначальное секвенирование и анализ генома человека" (PDF) . Nature . 409 (6822): 860–921. Bibcode : 2001Natur.409..860L. doi : 10.1038/35057062 . ISSN  0028-0836. PMID  11237011.
  26. ^ Бирни, Э .; Бейтман, А .; Клэмп, М.Е.; Хаббард, Т.Дж. (2001). «Mining the draft human genome». Nature . 409 (6822): 827–8. Bibcode : 2001Natur.409..827B. doi : 10.1038/35057004. PMC 2658632. PMID  11236999. 
  27. ^ Park, J; Teichmann, SA ; Hubbard, T; Chothia, C (1997). «Промежуточные последовательности увеличивают обнаружение гомологии между последовательностями». Journal of Molecular Biology . 273 (1): 349–54. doi :10.1006/jmbi.1997.1288. PMID  9367767.
  28. ^ Энгстрем, PRG; Стейгер, Т.; Сипос, Б.; Грант, Греция; Калес, А.; Алиото, Т.; Бер, Дж.; Бертоне, П.; Бонерт, Р.; Кампанья, Д.; Дэвис, Калифорния; Добин, А.; Энгстрем, PRG; Гингерас, ТР; Гольдман, Н.; Грант, Греция; Гиго, Р.; Харроу, Дж.; Хаббард, Ти Джей; Жан, гр; Калес, А.; Косарев П.; Ли, С.; Лю, Дж.; Мейсон, CE; Молодцов В.; Нин, З.; Понстингл, Х.; Принс, Дж. Ф.; Ретч, Г. (2013). «Систематическая оценка программ выравнивания сплайсинга для данных секвенирования РНК». Природные методы . 10 (12): 1185–91. doi :10.1038/nmeth.2722. PMC 4018468. PMID 24185836  . 
  29. ^ Futreal, PA; Coin, L; Marshall, M; Down, T; Hubbard, T; Wooster, R; Rahman, N ; Stratton, MR (2004). «Перепись генов рака у человека». Nature Reviews Cancer . 4 (3): 177–83. doi :10.1038/nrc1299. PMC 2665285 . PMID  14993899. 
  30. ^ Ривз, GA; Эйлбек, K.; Магран, M.; О'Донован, C.; Монтекки-Палацци, L.; Харрис, MA; Орчард, S.; Хименес, RC; Прлик, A.; Хаббард, TJP; Хермякоб, H.; Торнтон, JM (2008). "Онтология признаков белка: инструмент для объединения аннотаций признаков белка". Биоинформатика . 24 (23): 2767–2772. doi :10.1093/bioinformatics/btn528. PMC 2912506. PMID  18936051 . 
  31. ^ "Гранты правительства Великобритании предоставлены Тиму Хаббарду". Research Councils UK . Архивировано из оригинала 2015-04-09.