stringtranslate.com

Эван Бирни

Джон Фредерик Уильям Бирни (известный как Эван Бирни) CBE FRS FMedSci [19] [20] (родился 6 декабря 1972 г.) [21] [11] [13] [14] является содиректором Европейского института биоинформатики EMBL (EMBL-EBI) [22] [23] [24] в Хинкстоне , Кембриджшир , и заместителем генерального директора Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL). [25] Он также является неисполнительным директором Genomics England [26] , председателем Глобального альянса по геномике и здоровью (GA4GH) [27] [28] и почетным профессором биоинформатики в Кембриджском университете. [29] Бирни внес значительный вклад в геномику, разработав инновационные инструменты биоинформатики и вычислительной биологии . [ 1 ] Ранее он занимал должность ассоциированного члена факультета в Wellcome Trust Sanger Institute . [30]

Образование

Бирни получил частное образование в Итонском колледже в качестве стипендиата Oppidan Scholar . [13] [31] Перед поступлением в университет Бирни прошел годовую стажировку в лаборатории Cold Spring Harbor под руководством Джеймса Уотсона [14] [32] и Адриана Крайнера . [32] [33] [34]

Бирни получил степень бакалавра искусств по биохимии в Оксфордском университете в 1996 году, где он был студентом бакалавриата в Баллиол-колледже, Оксфорд . [13] [14] [35] Он получил докторскую степень в Институте Сэнгера под руководством Ричарда Дурбина [6] , будучи аспирантом в колледже Святого Иоанна, Кембридж . [36] В его докторских исследованиях использовалось динамическое программирование , [37] конечные автоматы и вероятностные автоматы для выравнивания последовательностей . [6]

Будучи студентом, он прошел стажировку в офисе мэра Балтимора , а также в сфере финансовых услуг по оценке опционов для Swiss Bank Corporation . [31] [32] [ когда? ]

Исследования и карьера

С 2000 по 2003 год Бирни организовал научное пари и тотализатор , известный как GeneSweep [38] [15] для сообщества геномиков, принимая ставки на оценки общего числа генов (и некодирующей ДНК [39] ) в геноме человека. [32] [40] [41]

Бирни является одним из основателей браузера генома Ensembl и других баз данных, и сыграл роль в секвенировании генома человека в 2000 году и анализе функции генома в проекте ENCODE . [41] [42] Он сыграл роль в аннотировании последовательностей генома человека, [43] мыши, [44] курицы [45] и нескольких других организмов. Его исследовательская группа фокусируется на вычислительной геномике и межиндивидуальных различиях у человека и других животных . [18] [22] [24] [39] [46] [47] [48] [49] [50] [51]

Бирни известен своей ролью в консорциуме ENCODE . [5] [41] [52] [53] [54] [55] [56] До проекта ENCODE Бирни принимал участие в создании ряда широко используемых инструментов биоинформатики и вычислительной биологии , как напрямую (PairWise, [57] GeneWise, [58] GenomeWise, [59] ), так и в сотрудничестве со студентами и постдокторантами , например, Exonerate [60] (с Гаем Слейтером), Enredo (Хавьер Эрреро [61] ), Pecan (Бенедикт Патен [62] ), ассемблер Velvet (Даниэль Зербино [63] ) и CRAM (Маркус Хси-Ян Фриц, [64] Раско Лейнонен [65] и Вадим Залунин). Бирни также внес вклад в несколько других проектов, включая базу данных Pfam [66] , InterPro , [67] BioPerl , [68] [69] и проект базы данных генома HMMER [70] и Ensembl . [71]

По состоянию на 2015 год исследовательская группа Бирни сосредоточена на геномных алгоритмах и изучении межиндивидуальных различий как у человека, так и у других видов. Он руководил несколькими аспирантами [72] и постдокторантами , которые работали в его лаборатории. [73] [74] [75] [76] [64] [77] [78] [62] [79] [80] [81] [82] [83] Его исследования финансировались Советом по исследованиям в области биотехнологии и биологических наук (BBSRC), Советом по медицинским исследованиям (MRC) [84], Национальным институтом исследований генома человека (NHGRI), [10] Wellcome Trust и Европейским союзом . [85]

Бирни является консультантом Oxford Nanopore Technologies [86] и входит в научный консультативный совет Института Эрлхэма (ранее TGAC) в Норвиче. [87] [88] С 2022 года он входит в состав управляющего совета Итонского колледжа . [89] Он также входил в состав советов Совета по исследованиям в области биотехнологий и биологических наук (BBSRC), Немецкого центра исследований рака (DKFZ), Института исследований рака (ICR), Института исследований рака Онтарио (OICR), Института Пастера и Института Рикена . [90]

Награды и почести

В 2002 году Бирни был назван одним из 100 лучших новаторов мира в возрасте до 35 лет по версии MIT Technology Review TR100 . [91] В 2003 году он прочитал первую лекцию Фрэнсиса Крика в Королевском обществе : [1] В 2005 году он был награжден премией Овертона Международным обществом вычислительной биологии (ISCB) за его пропаганду биоинформатики с открытым исходным кодом , вклад в сообщество BioPerl и руководство проектом аннотации генома Ensembl. [2] В 2005 году Бирни был награжден премией Бенджамина Франклина в области биоинформатики : [92]

Как выразили его номинанты, Бирни был значительной силой в области открытого исходного кода в биоинформатике и науке. Он был ярым сторонником того, чтобы сделать информацию о геноме общедоступной. Его работа в качестве соруководителя проекта Ensembl сделала высококачественную геномную аннотацию общедоступной в Интернете, предотвратив классовую систему лабораторий, которые могут и не могут позволить себе платить абонентскую плату за проприетарные данные. Проект усердно работал над тем, чтобы сделать данные доступными различными способами, чтобы сделать данные доступными и легкодоступными для добычи. Проект Ensembl был открытым исходным кодом с самого начала, что позволяло исследователям и корпорациям повторно использовать и расширять систему программного обеспечения. Бирни также был сторонником открытой науки . Вместе с Шоном Эдди он критиковал решения журналов, разрешающие публикацию статей без одновременного раскрытия данных о последовательности генома. Он также является автором свободно доступного пакета инструментов Wise, которые являются важными частями конвейеров геномной аннотации. Он является одним из руководителей открытого инструментария биоинформатики Bioperl, а также соучредителем и в настоящее время президентом фонда Open Bioinformatics — организации, которая поддерживает разработку нескольких инструментов биоинформатики.

Бирни был удостоен членства в Европейской организации молекулярной биологии (EMBO) [3] в 2012 году [4] и избран членом Королевского общества (FRS) в 2014 году . [9] [1] В его сертификате об избрании и кандидатуре указано: [19]

Эван стал силой в геномике благодаря своим инновациям в анализе генома, как алгоритмическом , так и интегративном анализе. Он написал первую устойчивую к ошибкам программу выравнивания белков с учетом сплайсинга , которая использовалась в анализе генома человека и в последующем; он был соавтором одного из первых и наиболее широко используемых ассемблеров коротких прочтений . Что касается интеграции данных , Эван руководил анализом во многих геномных консорциумах, в частности ENCODE , возглавляя интеграцию многих геномных анализов; например, делая надежные прогнозы энхансеров , промоторов и их интеграции с областями, связанными с заболеваниями. Он также был соавтором многих широко используемых биоинформатических ресурсов.

Бирни был удостоен степеней почетного доктора наук (DSc): в 2014 году от Университета Брунеля в Лондоне [93] и в 2021 году от Университета Тарту , [94] Эстония . В 2015 году Бирни был избран членом Академии медицинских наук (FMedSci). [20] Бирни был назначен Командором Ордена Британской империи (CBE) на церемонии награждения в честь Нового года 2019 года . [95] [7]

Личная жизнь

Бирни женился в 2003 году [18] и имеет двоих детей. [13]

Ссылки

  1. ^ abcd Anon (2014). "Dr Ewan Birney FMedSci FRS". Лондон: Королевское общество . Архивировано из оригинала 17 ноября 2015 г.Одно или несколько из предыдущих предложений включают текст с сайта royalsociety.org, где:

    Весь текст, опубликованный под заголовком «Биография» на страницах профиля члена, доступен по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International . — «Условия, положения и политика Королевского общества». Архивировано из оригинала 25 сентября 2015 г. Получено 9 марта 2016 г.{{cite web}}: CS1 maint: бот: исходный статус URL неизвестен ( ссылка )

  2. ^ ab "ISCB Newsletter 8-2 Доктор Эван Бирни назван победителем премии Овертона 2005 года!". Архивировано из оригинала 22 октября 2015 г.
  3. ^ ab "The EMBO Pocket Directory" (PDF) . Европейская организация молекулярной биологии. Архивировано из оригинала 16 марта 2015 г.
  4. ^ ab Anon (2012). "EMBO MEMBER: Ewan Birney". people.embo.org . Гейдельберг: Европейская организация молекулярной биологии.
  5. ^ abcd Публикации Эвана Бирни, проиндексированные Google Scholar
  6. ^ abc Birney, Ewan (2000). Выравнивание последовательностей в биоинформатике. cam.ac.uk (диссертация на соискание степени доктора философии). Кембриджский университет. OCLC  894597337. EThOS  uk.bl.ethos.621653. Архивировано (PDF) из оригинала 9 июля 2019 г. Получено 19 ноября 2017 г.
  7. ^ ab Anon (2018). "Джон БИРНИ: Профессор Джон Фредерик Уильям БИРНИ FRS" The London Gazette . Лондон. Архивировано из оригинала 28 декабря 2019 года.
  8. ↑ Anon (4 ноября 1993 г.). "Джон Фредерик Уильям Бирни". Oxford University Gazette . 124 (4305). Oxford University Press . Архивировано из оригинала 16 июня 2015 г.
  9. ^ ab Anon (2015). "Fellowship of the Royal Society 1660-2015". Лондон: Royal Society . Архивировано из оригинала 15 октября 2015 года.
  10. ^ AB ORCID Юэна Бирни  0000-0001-8314-8497
  11. ^ ab Anon (2017). "Итак, я Эван Бирни" (PDF) . genome.gov . Национальный институт исследований генома человека . Архивировано из оригинала (PDF) 4 июля 2017 г.
  12. ^ Anon (2016). "Джон Фредерик Уильям БИРНИ, Eagle Genomics Limited". Лондон: Companies House . Архивировано из оригинала 25 апреля 2016 года.
  13. ^ abcdefgh Anon (2015). "Birney, Dr John Frederick William, (Ewan)" . Who's Who (онлайн-издание Oxford University Press  ). A & C Black. doi :10.1093/ww/9780199540884.013.U281970. (Требуется подписка или членство в публичной библиотеке Великобритании.)
  14. ^ abcd Хопкин, Карен (июнь 2005 г.). «Bring Me Your Genomes: The Ewan Birney Story». The Scientist . 19 (11): 60. Архивировано из оригинала 31 марта 2012 г. Получено 10 июня 2011 г.
  15. ^ ab Pennisi, E. (2003). «Геном человека: небольшое число побеждает в пуле GeneSweep». Science . 300 (5625): 1484b–1484. doi :10.1126/science.300.5625.1484b. ISSN  0036-8075. PMID  12791949. S2CID  82493401. Значок закрытого доступа
  16. ^ Консорциум проекта ENCODE; Birney E; Stamatoyannopoulos JA ; Dutta A; Guigó R; Gingeras TR; Margulies EH; Weng Z; Snyder M; Dermitzakis ET; et al. (2007). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека пилотным проектом ENCODE». Nature . 447 (7146): 799–816. Bibcode :2007Natur.447..799B. doi :10.1038/nature05874. PMC 2212820 . PMID  17571346. 
  17. ^ Хаббард, Т .; Баркер, Д.; Бирни, Э.; Кэмерон, Г.; Чен, И.; Кларк, Л.; Кокс, Т.; Кафф, Дж.; Кервен, В.; Даун, Т.; Дурбин, Р.; Эйрас, Э.; Гилберт, Дж.; Хаммонд, М.; Гуминицкий, Л.; Каспржик, А.; Лехваслайхо, Х.; Лийнзад, П.; Мелсопп, К.; Монгин, Э.; Петтетт, Р.; Покок, М.; Поттер, С.; Раст, А.; Шмидт, Э.; Сирл, С.; Слейтер, Г.; Смит, Дж.; Спунер, В.; Стабенау, А. (2002). "Проект базы данных генома Ensembl". Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 38–41. doi : 10.1093 /nar/30.1.38. PMC 99161. PMID  11752248. 
  18. ^ abc Pennisi, Elizabeth (2012). «Профиль Эвана Бирни: Большой болтун в геномике». Science . 337 (6099): 1167–1169. doi :10.1126/science.337.6099.1167. PMID  22955814.
  19. ^ ab "Certificate of election EC/2014/06: Ewan Birney FRS". Лондон: Королевское общество . Архивировано из оригинала 9 июля 2019 г.
  20. ^ ab Anon (2015). "Dr Ewan Birney FRS FMedSci". acmedsci.ac.uk . Лондон: Академия медицинских наук. Архивировано из оригинала 6 июля 2015 г.
  21. ^ Коллекция устной истории NHGRI: Интервью с Эваном Бирни на YouTube
  22. ^ ab Ewan Birney публикации из Европы PubMed Central
  23. ^ Паркхилл, Дж .; Бирни, Э.; Керси, П. (2010). «Инфраструктура геномной информации после потопа». Genome Biology . 11 (7): 402. doi : 10.1186 /gb-2010-11-7-402 . PMC 2926780. PMID  20670392. 
  24. ^ аб Келлис, М ; Уолд, Б; Снайдер, член парламента; Бернштейн, Бельгия; Кундадже, А; Маринов, Г.К.; Уорд, LD; Бирни, Э; Кроуфорд, GE; Деккер, Дж; Данэм, я; Ельницкий, LL; Фарнхэм, ПиДжей; Фейнгольд, Э.А.; Герштейн, М; Гиддингс, MC; Гилберт, DM; Гингерас, ТР; Грин, Эд; Гиго, Р; Хаббард, Т; Кент, Дж; Либ, доктор медицинских наук; Майерс, Р.М.; Пазин, МЮ; Рен, Б; Стаматояннопулос, Дж.А.; Венг, З; Уайт, КП; Хардисон, Р.К. (2014). «Определение функциональных элементов ДНК в геноме человека». Труды Национальной академии наук . 111 (17): 6131–6138. Bibcode : 2014PNAS..111.6131K. doi : 10.1073/pnas.1318948111 . PMC 4035993. PMID 24753594  . 
  25. ^ Херд, Эдит (2020). «Реструктуризация высшего руководства». embl.org . Гейдельберг: Европейская лаборатория молекулярной биологии.
  26. ↑ Anon (2016). «Профессор Эван Бирни назначен в совет Genomics England». genomicsengland.co.uk . Genomics England. Архивировано из оригинала 11 июля 2017 г.
  27. ↑ Эван Бирни в Twitter
  28. ^ Бирни, Эван (2017). "О Эване Бирни". ewanbirney.com . Архивировано из оригинала 1 декабря 2017 года . Получено 19 ноября 2017 года .
  29. ↑ Anon (12 декабря 2014 г.). «Почетные профессора». Cambridge University Reporter . CXLV (5). Кембриджский университет. Архивировано из оригинала 15 марта 2015 г.
  30. ↑ Anon (2015). "Sanger Faculty". Wellcome Trust Sanger Institute. Архивировано из оригинала 16 марта 2015 года.
  31. ^ ab Anon (2015). "Dr Ewan Birney FRS". thescientific23.com . Архивировано из оригинала 6 июля 2015 г.
  32. ^ abcd Аль-Халили, Джим (2013). "The Life Scientific, Эван Бирни". bbc.co.uk . BBC .
  33. ^ Бирни, Э.; Кумар, С.; Крайнер, А. (1992). «Предполагаемый гомолог U2AF65 в S. Cerevisiae». Nucleic Acids Research . 20 (17): 4663. doi :10.1093/nar/20.17.4663. PMC 334203. PMID  1408772 . 
  34. ↑ Бирни, Эван (10 февраля 2013 г.). «Ученые и их эмоции: взлеты... и падения: вычислительный биолог описывает восторг от совершения прорыва и горечь его несовершения, в то время как трое других ученых рассказывают нам, как их работа влияет на их эмоции». theguardian.com . Лондон: The Observer.
  35. ^ Anon (2012). «Возраст генома, Эван Бирни в Floreat Domus». balliol.ox.ac.uk . Газета Balliol College. Архивировано из оригинала 24 февраля 2012 года.
  36. ^ Smaglik, Paul (2012). «Поворотный момент: Эван Бирни». Nature . 482 (7383): 123–728. doi : 10.1038/nj7383-123a . S2CID  144288448.
  37. ^ Бирни, Эван; Дурбин, Ричард (1997). «Динамит: гибкий язык генерации кода для методов динамического программирования, используемых при сравнении последовательностей». Труды. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии . 5 : 56–64. PMID  9322016.
  38. ^ Пирсон, Хелен (2003). «Генетики напрасно играют в игру чисел». Nature . 423 (6940): 576. Bibcode :2003Natur.423..576P. doi : 10.1038/423576a . ISSN  0028-0836. PMID  12789304. S2CID  54588944.
  39. ^ ab Hall, Stephen S. (2012). «Путешествие в генетический интерьер. То, что когда-то было известно как мусорная ДНК, оказывается, скрывает в себе скрытые сокровища, говорит вычислительный биолог Эван Бирни». Scientific American . 307 (4): 80–82, 84. doi :10.1038/scientificamerican1012-80. PMID  23029896.
  40. ^ Pertea, M.; Salzberg, SL (2010). «Между курицей и виноградом: оценка количества человеческих генов». Genome Biology . 11 (5): 206. doi : 10.1186/gb-2010-11-5-206 . PMC 2898077. PMID  20441615 . 
  41. ^ abc Graur, D. ; Zheng, Y.; Price, N.; Azevedo, RBR; Zufall, RA; Elhaik, E. (2013). «О бессмертии телевизоров: «Функция» в геноме человека согласно свободному от эволюции евангелию ENCODE». Genome Biology and Evolution . 5 (3): 578–590. doi :10.1093/gbe/evt028. PMC 3622293 . PMID  23431001. 
  42. ^ "ENCODE: Энциклопедия элементов ДНК" на YouTube
  43. ^ Ландер, ES ; Линтон, М.; Биррен, Б.; Нусбаум, К.; Зоди, К.; Болдуин, Дж.; Девон, К.; Дьюар, К.; Дойл, М.; Фицхью, В.; Функе, Р.; Гейдж, Д.; Харрис, К.; Хифорд, А.; Хауленд, Дж.; Канн, Л.; Лехочки, Дж.; Левин, Р.; Макьюэн, П.; МакКернан, К.; Мелдрим, Дж.; Месиров, Дж.П.; Миранда, К.; Моррис, В.; Нейлор, Дж.; Раймонд, К.; Розетти, М.; Сантос, Р.; Шеридан, А.; и др. (февраль 2001 г.). «Первичное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. Bibcode : 2001Natur.409..860L. doi : 10.1038/35057062. ISSN  0028-0836. PMID  11237011.
  44. ^ Chinwalla, AT; Waterston, LL; Lindblad-Toh, KD; Birney, GA; Rogers, LA; Abril, RS; Agarwal, TA; Agarwala, LW; Ainscough, ER; Alexandersson, JD; An, TL; Antonarakis, WE; Attwood, JO; Baertsch, MN; Bailey, KH; Barlow, CS; Beck, TC; Berry, B.; Birren, J.; Bloom, E.; Bork, RH; Botcherby, MC; Bray, RK; Brent, SP; Brown, P.; Brown, E.; Bult, B.; Burton, T.; Butler, DG; et al. (2002). «Первоначальное секвенирование и сравнительный анализ генома мыши». Nature . 420 (6915): 520–562. Bibcode : 2002Natur.420..520W. doi : 10.1038/nature01262 . PMID  12466850.
  45. ^ Эйрас, Э.; Реймонд, А.; Кастело, Р.; Пока, Дж. М.; Камара, Ф.; Фличек, П.; Хакл, Э.Дж.; Парра, Г.; Штейнберг, Д.Д.; Висс, К.; Роджерс, Дж.; Антонаракис, SE; Бирни, Э.; Гиго, Р.; Брент, MR (2005). «Обнаружение генов в геноме курицы». БМК Биоинформатика . 6 : 131. дои : 10.1186/1471-2105-6-131 . ПМЦ 1174864 . ПМИД  15924626. 
  46. ^ "Churchill College: Биографии: Эван Бирни". chu.cam.ac.uk . Архивировано из оригинала 3 апреля 2011 г.
  47. ^ Goldman, N.; Bertone, P.; Chen, S.; Dessimoz, C .; Leproust, EM; Sipos, B.; Birney, E. (2013). «На пути к практическому, высокоемкому, малообслуживаемому хранению информации в синтезированной ДНК». Nature . 494 (7435): 77–80. Bibcode :2013Natur.494...77G. doi :10.1038/nature11875. PMC 3672958 . PMID  23354052. 
  48. ^ "Интервью с Эваном Бирни: основным докладчиком на конференции O'Reilly's Bioinformatics Technology". oreilly.com . O'Reilly Media . Архивировано из оригинала 27 мая 2015 г.
  49. ^ Публикации Эвана Бирни, проиндексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
  50. ^ Jupp, S; Malone, J; Bolleman, J; Brandizi, M; Davies, M; Garcia, L; Gaulton, A; Gehant, S; Laibe, C; Redaschi, N; Wimalaratne, SM; Martin, M; Le Novère, N; Parkinson, H; Birney, E; Jenkinson, AM (2014). «Платформа EBI RDF: связанные открытые данные для наук о жизни». Биоинформатика . 30 (9): 1338–9. doi :10.1093/bioinformatics/btt765. PMC 3998127. PMID  24413672 . 
  51. ^ Марти-Солано, М.; Бирни, Э.; Бриль, А.; Делла Паскуа, О.; Китано, Х .; Монс, Б .; Ксенариос, И.; Санс, Ф. (2014). «Интегративное управление знаниями для улучшения фармацевтических НИОКР». Nature Reviews Drug Discovery . 13 (4): 239–40. doi :10.1038/nrd4290. PMID  24687050. S2CID  20972353.
  52. ^ Kellis, M. ; Wold, B.; Snyder, MP; Bernstein, BE; Kundaje, A.; Marinov, GK; Ward, LD; Birney, E.; Crawford, GE; Dekker, J.; Dunham, I.; Elnitski, LL; Farnham, PJ; Feingold, EA; Gerstein, M.; Giddings, MC; Gilbert, DM; Gingeras, TR; Green, ED; Guigo, R.; Hubbard, T.; Kent, J.; Lieb, JD; Myers, RM; Pazin, MJ; Ren, B.; Stamatoyannopoulos, J.; Weng, Z.; White, KP; Hardison, RC (2014). «Ответ Брюне и Дулиттлу: как выбранные элементы эффекта, так и причинно-следственной роли могут влиять на биологию человека и его болезни». Труды Национальной академии наук . 111 (33): E3366. Bibcode : 2014PNAS..111E3366K. doi : 10.1073/pnas.1410434111 . ISSN  0027-8424. PMC 4143047. PMID 25275169  . 
  53. ^ Бирни, Эван (2012). «Создание ENCODE: Уроки для проектов с большими данными». Nature . 489 (7414): 49–51. Bibcode : 2012Natur.489...49B. doi : 10.1038/489049a . PMID  22955613. S2CID  32178490.
  54. ^ Данхэм, И.; Бернстайн, А.; Бирни, С.Ф.; Данхэм, П.Дж.; Грин, Калифорния; Гюнтер, Ф.; Снайдер, К.Б.; Фритце, С.; Харроу, Дж.; Кауль, Р.; Хатун, Дж.; Лажуа, БР; Ландт, С.Г.; Ли, Б.К.; Паули, Ф.; Розенблум, КР; Сабо, П.; Сафи, А.; Саньял, А.; Шореш, Н.; Саймон, Дж.М.; Сонг, Л.; Тринклейн, Н.Д.; Альтшулер, Р.К.; Бирни, Э.; Браун, Дж.Б.; Ченг, К.; Джебали, С.; Донг, Х.; и др. (2012). «Интегрированная энциклопедия элементов ДНК в геноме человека». Nature . 489 (7414): 57–74. Bibcode :2012Natur.489...57T. doi :10.1038 / nature11247. PMC 3439153. PMID  22955616. 
  55. ^ ENCODE Project Consortium (2011). Becker PB (ред.). «Руководство пользователя по энциклопедии элементов ДНК (ENCODE)». PLOS Biology . 9 (4): e1001046. doi : 10.1371/journal.pbio.1001046 . PMC 3079585. PMID  21526222 .  Значок открытого доступа
  56. ^ Эван Бирни на сервере библиографии DBLP
  57. ^ Бирни, Э.; Томпсон, Дж.; Гибсон, Т. (1996). «PairWise и SearchWise: Поиск оптимального выравнивания при одновременном сравнении профиля белка со всеми рамками трансляции ДНК». Nucleic Acids Research . 24 (14): 2730–2739. doi :10.1093/nar/24.14.2730. PMC 145991. PMID  8759004 . 
  58. ^ Бирни, Э.; Дурбин, Р. (2000 ) . «Использование GeneWise в эксперименте по аннотации дрозофилы». Genome Research . 10 (4): 547–548. doi :10.1101/gr.10.4.547. PMC 310858. PMID  10779496. 
  59. ^ Бирни, Э.; Клэмп, М.; Дурбин, Р. (2004) . «GeneWise и Genomewise». Genome Research . 14 (5): 988–995. doi :10.1101/gr.1865504. PMC 479130. PMID  15123596. 
  60. ^ Слейтер, Г.; Бирни, Э. (2005). «Автоматизированная генерация эвристик для сравнения биологических последовательностей». BMC Bioinformatics . 6 : 31. doi : 10.1186/1471-2105-6-31 . PMC 553969. PMID 15713233  . 
  61. ^ Paten, B.; Herrero, J.; Beal, K.; Fitzgerald, S.; Birney, E. (2008). «Enredo и Pecan: множественное выравнивание на основе согласованности генома млекопитающих с паралогами». Genome Research . 18 (11): 1814–1828. doi :10.1101/gr.076554.108. PMC 2577869 . PMID  18849524.  Значок открытого доступа
  62. ^ ab Paten, Benedict John (2006). Крупномасштабное множественное выравнивание и обнаружение транскрипционно связанных паттернов в геномах позвоночных (диссертация). Кембриджский университет. OCLC  890155216. EThOS  uk.bl.ethos.612811.
  63. ^ Зербино, DR; Бирни, E. (2008). «Velvet: Алгоритмы для сборки коротких прочтений de novo с использованием графов де Брейна». Genome Research . 18 (5): 821–829. doi :10.1101/gr.074492.107. ISSN  1088-9051. PMC 2336801. PMID 18349386  . 
  64. ^ ab Fritz, Markus (2011). Использование данных высокопроизводительного секвенирования ДНК для геномного анализа (диссертация). Кембриджский университет. OCLC  890152397. EThOS  uk.bl.ethos.610819. Архивировано из оригинала 30 августа 2018 г. Получено 30 августа 2018 г.
  65. ^ Leinonen, R.; Akhtar, R.; Birney, E.; Bonfield, J.; Bower, L.; Corbett, M.; Cheng, Y.; Demiralp, F.; Faruque, N.; Goodgame, N.; Gibson, R.; Hoad, G.; Hunter, C.; Jang, M.; Leonard, S.; Lin, Q.; Lopez, R.; Maguire, M.; McWilliam, H.; Plaister, S.; Radhakrishnan, R.; Sobhany, S.; Slater, G.; Ten Hoopen, P.; Valentin, F.; Vaughan, R.; Zalunin, V.; Zerbino, D.; Cochrane, G. (2009). «Улучшение услуг в Европейском архиве нуклеотидов». Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Выпуск базы данных): D39–D45. doi :10.1093/nar/gkp998. PMC 2808951 . PMID  19906712. 
  66. ^ Bateman, A. ; Birney, E.; Cerruti, L.; Durbin, R. ; Etwiller, L.; Eddy, S. ; Griffiths-Jones, S.; Howe, K.; Marshall, M.; Sonnhammer, EL (2002). "База данных семейств белков Pfam". Nucleic Acids Research . 30 (1): 276–280. doi :10.1093/nar/30.1.276. PMC 99071 . PMID  11752314. 
  67. ^ Апвейлер, Р .; Эттвуд, Теннесси ; Байрох, А. ; Бейтман, А .; Бирни, Э.; Бисвас, М.; Бучер, П.; Черутти, Л.; Корпет, Ф.; Кронинг, доктор медицины; Дурбин, Р.; Фальке, Л.; Флейшманн, В.; Гузи, Дж.; Хермякоб, Х.; Хуло, Н.; Йонассен, И.; Кан, Д.; Канапин А.; Каравидопулу, Ю.; Лопес, Р.; Маркс, Б.; Малдер, Нью-Джерси; Оинн, ТМ; Паньи, М.; Слуга, Ф.; Сигрист, CJ; Здобнов, Э.М. (2001). «База данных InterPro, интегрированный ресурс документации по семействам белков, доменам и функциональным сайтам». Исследования нуклеиновых кислот . 29 (1): 37–40. doi : 10.1093 /nar/29.1.37. PMC 29841. PMID  11125043. 
  68. ^ Стаджич, Дж. Э.; Блок, Д.; Булез, К.; Бреннер, С .; Червиц, С.; Дагдигян, К.; Фуллен, Г.; Гилберт, Дж.; Корф, И.; Лапп, Х.; Лехвяслайхо, Х.; Матсалла, К.; Мунгалл, К. Дж.; Осборн, Б. И.; Покок, М. Р.; Шаттнер, П.; Зенгер, М.; Стайн, Л. Д .; Ступка, Э.; Уилкинсон, М. Д.; Бирни, Э. (2002). «Инструментарий BioPerl: модули Perl для наук о жизни». Genome Research . 12 (10): 1611–1618. doi :10.1101/gr.361602. PMC 187536 . PMID  12368254. 
  69. ↑ Anon (2013). "Ewan Birney - BioPerl". bioperl.org . Архивировано из оригинала 12 декабря 2012 года.
  70. ^ Bateman, A.; Birney, E.; Durbin, R .; Eddy, S .; Finn, R.; Sonnhammer, E. (1999). "Pfam 3.1: 1313 множественных выравниваний и профилей HMM соответствуют большинству белков". Nucleic Acids Research . 27 (1): 260–262. doi :10.1093/nar/27.1.260. PMC 148151. PMID  9847196. 
  71. ^ Фличек, П.; Ахмед, И.; Амоде, MR; Баррелл, Д.; Бил, К.; Брент, С.; Карвальо-Сильва, Д.; Клэпхэм, П.; Коутс, Г.; Фэрли, С.; Фицджеральд, С.; Гил, Л.; Гарсиа-Жирон, К.; Гордон, Л.; Урлиер, Т.; Хант, С.; Юттеманн, Т.; Кахари, АК; Кинан, С.; Коморовская, М.; Кулеша, Е.; Лонгден, И.; Морел, Т.; Макларен, ВМ; Муффато, М.; Наг, Р.; Овердуин, Б.; Пиньятелли, М.; Причард, Б.; Причард, Э. (2012). «Ансамбль 2013». Исследования нуклеиновых кислот . 41 (D1): D48–D55. doi :10.1093/nar/gks1236. PMC 3531136. PMID  23203987 . 
  72. ^ Бирни, Эван (10 апреля 2018 г.). «Лучший подарок руководителю...» twitter.com . Архивировано из оригинала 10 апреля 2018 г. . Получено 30 августа 2018 г. .
  73. ^ Мейер, Ханна Верена (2018). Генетическая ассоциация многомерных признаков. cam.ac.uk (диссертация). Кембриджский университет. doi : 10.17863/CAM.26456. OCLC  1064682860. EThOS  uk.bl.ethos.753477.
  74. ^ Тейлор, Деннис Леланд (2018). Генетический анализ молекулярных признаков в скелетных мышцах. cam.ac.uk (диссертация). Кембриджский университет. doi :10.17863/CAM.21243. EThOS  uk.bl.ethos.744632. Значок свободного доступа
  75. ^ O'Reilly, Paul F. (2009). Detecting recent positive selection in human on a genome-wide scale. jisc.ac.uk (PhD thesis). Имперский колледж Лондона. OCLC  757093727. EThOS  uk.bl.ethos.511880. Архивировано из оригинала 30 августа 2018 г.
  76. ^ Эттвиллер, Лоуренс Мишель (2004). Вычислительные исследования цис-регуляции у эукариот (диссертация на соискание ученой степени доктора философии). Кембриджский университет. OCLC  890156758. EThOS  uk.bl.ethos.613876.
  77. ^ Хоффман, Майкл Милнер (2008). Количественная оценка эволюции и естественного отбора в некодирующей последовательности позвоночных. cam.ac.uk (диссертация). Кембриджский университет. doi :10.17863/CAM.13940. OCLC  885435476. EThOS  uk.bl.ethos.604139. Значок открытого доступа
  78. ^ Мейнерт, Элисон Мария (2009). Функция и эволюция регуляторных элементов у позвоночных (диссертация доктора философии). Кембриджский университет. OCLC  890148982. EThOS  uk.bl.ethos.608495.
  79. ^ Руклиса, Дейс (2015). Крупномасштабные геномные ассоциативные исследования у плодовой мухи и человека (диссертация на соискание степени доктора философии). Кембриджский университет. OCLC  890151540. EThOS  uk.bl.ethos.610178.
  80. ^ Тиммер, Сандер Виллем (2015). Понимание эпигенома с помощью системной генетики. cam.ac.uk (диссертация). Кембриджский университет. doi :10.17863/CAM.15988. OCLC  903609296. EThOS  uk.bl.ethos.637101. Значок открытого доступа
  81. ^ Зербино, Дэниел Роберт (2009). Сборка и сравнение генома с использованием графов де Брейна (диссертация на соискание степени доктора философии). Кембриджский университет. OCLC  890153795. EThOS  uk.bl.ethos.611752. Архивировано из оригинала 30 августа 2018 г.
  82. ^ "EMBL International PhD Programme - завершенные диссертации | EBI Training". Архивировано из оригинала 22 февраля 2013 г.
  83. ^ "EMBL-EBI PhD Dissertations". ebi.ac.uk. Европейский институт биоинформатики.
  84. ^ "Исследовательские гранты правительства Великобритании присуждены Эвану Бирни". Суиндон: Исследовательские советы Великобритании . Архивировано из оригинала 4 июня 2015 г.
  85. ^ "Google Tech Talk 2012-07-12: Генетика и геномика человека: наука для 21 века, Эван Бирни" на YouTube
  86. ^ Куксон, Клайв (17 февраля 2012 г.). «Oxford Nanopore представляет мини-ДНК-ридер» . Financial Times . Лондон. Архивировано из оригинала 11 декабря 2022 г. Получено 20 октября 2014 г.
  87. ^ "TGAC новый научный консультативный совет: многопрофильный набор ключевых экспертов". tgac.ac.uk . Центр анализа генома, Норвич. Архивировано из оригинала 23 декабря 2015 г.
  88. ^ "Европейская лаборатория молекулярной биологии Эвана Бирни - Большие данные 2014 - MediaSpace - Медицинский факультет Стэнфорда". mediaspace.stanford.edu .
  89. ^ Уолдегрейв, Уильям (2022). «Eton's Governing Body». etoncollege.com . Архивировано из оригинала 16 июля 2023 года.
  90. ↑ Anon (2024). "Ewan Birney: заместитель генерального директора EMBL и содиректор EMBL". ebi.ac.uk . Архивировано из оригинала 12 февраля 2024 г.
  91. ^ "2002 Молодые новаторы до 35: Эван Бирни, 29". Technology Review . 2002. Архивировано из оригинала 29 марта 2011. Получено 22 июня 2011 .
  92. ^ "Пресс-релиз: Эван Бирни становится лауреатом премии Бенджамина Франклина 2005 года по биоинформатике". bioinformatics.org .
  93. ^ "В знак признания его выдающихся заслуг перед наукой доктору Эвану Бирни присуждена почетная степень доктора наук". brunel.ac.uk . Университет Брунеля в Лондоне . Архивировано из оригинала 21 апреля 2015 г.
  94. ^ "Тартуский университет присвоил профессору Эвану Бирни степень почетного доктора биоинформатики за его выдающуюся исследовательскую работу, международное сотрудничество и роль сторонника открытой науки". www.ut.ee . Тартуский университет .
  95. ^ «Кембридж в списке почетных вузов Нового года 2019 года». cam.ac.uk. Кембриджский университет. 28 декабря 2018 г.

 В данной статье используется текст, доступный по лицензии CC BY 4.0.