stringtranslate.com

Гистидиновый фосфотрансферный домен

Домены гистидинового фосфотрансфера и гистидиновые фосфотрансферазы (оба часто сокращенно обозначаются HPt ) являются белковыми доменами, участвующими в форме «фосфореле» двухкомпонентных регуляторных систем . Эти белки обладают фосфорилируемым остатком гистидина и отвечают за перенос фосфорильной группы с остатка аспартата на промежуточном домене «приемника» , обычно являющемся частью гибридной гистидинкиназы , на аспартат на конечном регуляторе ответа .

Функция

В ортодоксальной двухкомпонентной сигнализации белок гистидинкиназы автофосфорилируется на остатке гистидина в ответ на внеклеточный сигнал, а фосфорильная группа впоследствии переносится на остаток аспартата на домене-приемнике регулятора ответа . В фосфорелей «гибридная» гистидинкиназа содержит внутренний домен-приемник, содержащий аспартат, на который переносится фосфорильная группа, после чего белок HPt, содержащий фосфорилируемый гистидин, получает фосфорильную группу и, наконец, переносит ее на регулятор ответа. Таким образом, система ретрансляции развивается в порядке His-Asp-His-Asp, причем второй His вносится Hpt. [3] [4] [5] В некоторых случаях система фосфорелей построена из четырех отдельных белков, а не из гибридной гистидинкиназы с внутренним доменом-приемником, а в других примерах как домен-приемник, так и домен HPt присутствуют в полипептидной цепи гистидинкиназы. [6] : 198  Перепись двухкомпонентной системной доменной архитектуры показала, что домены HPt в бактериях чаще встречаются как домены более крупных белков, чем как отдельные белки. [4]

Регулирование

Повышенная сложность системы фосфорелей по сравнению с ортодоксальной двухкомпонентной сигнализацией обеспечивает дополнительные возможности для регулирования и улучшает специфичность ответа. [6] : 192  [7] Хотя между ортодоксальными двухкомпонентными системами очень мало перекрестных помех, фосфорелей допускают более сложные сигнальные пути; примеры включают раздвоенный путь с несколькими нисходящими выходами, как в случае Caulobacter crescentus ChpT HPt, участвующего в регуляции клеточного цикла , [2] или, альтернативно, пути, в которых более одной гистидинкиназы контролируют один регулятор ответа, такой как путь споруляции в Bacillus subtilis , который может приводить к сложным временным изменениям. [8] В некоторых известных случаях существует дополнительная форма регуляции в ферментах фосфогистидинфосфатазы , которые действуют на HPt, например, белок SixA Escherichia coli , который нацелен на ArcB. [6] : 206 

Структура

Кристаллическая структура дрожжевого Hpt Ypd1 в комплексе с регулятором ответа Sln1. Ypd1 показан справа с консервативным четырехспиральным пучком желтого цвета и вариабельными спиралями красного цвета. Sln1 показан слева с бета-слоями коричневого цвета и спиралями коричневого цвета. Ключевые остатки — Asp из Sln1 и ​​His из Ypd1 — выделены зелеными палочками. Связанный ион магния показан как оранжевая сфера, а трифторид бериллия , фосфорильный аналог, показан розовым цветом. Из PDB : 2R25 ​. [9]

Функция фосфопереноса гистидина может осуществляться белками с по крайней мере двумя различными архитектурами, обе из которых состоят из пучка из четырех спиралей , но различаются способом сборки пучка. Большинство структурно охарактеризованных белков HPt, таких как домен Hpt из белка ArcB Escherichia coli и белок Ypd1 Saccharomyces cerevisiae , образуют пучок в виде мономеров. [5] [2] В менее распространенном типе, таком как фактор споруляции Bacillus subtilis Spo0B или белок ChpT Caulobacter crescentus , пучок собирается в виде димера белка , имеющего сходство со структурой гистидинкиназ. [7] [2] Мономерные домены HPt обладают только одним фосфорилируемым остатком гистидина и взаимодействуют с одним регулятором ответа, тогда как димеры имеют два сайта фосфорилирования и могут взаимодействовать с двумя регуляторами ответа одновременно. Мономерные домены HPt не обладают собственной ферментативной активностью и действуют исключительно как фосфатные челноки, [10] [4], в то время как димерный Spo0B является каталитическим; его скорость переноса фосфора к регулятору ответа реципиента значительно ускорена по сравнению с фосфатом гистидина. [11] Несмотря на наличие второго домена, имеющего некоторое сходство с доменами АТФазы , не было показано, что димерные белки HPt связывают или гидролизуют АТФ и не имеют ключевых остатков, присутствующих в других АТФазах. [2]

Мономерные и димерные формы не имеют обнаруживаемого сходства последовательностей и, скорее всего, не связаны эволюционно; вместо этого они являются примерами конвергентной эволюции . [2] Хотя димерные HPts, вероятно, происходят от вырожденных гистидинкиназ, возможно, что мономерные HPts имеют ряд различных источников, поскольку существует мало эволюционных ограничений на структуру. [3]

Распределение

У бактерий , где двухкомпонентная сигнализация чрезвычайно распространена, около 25% известных гистидинкиназ являются гибридными. Двухкомпонентные системы гораздо реже встречаются у архей и эукариот и встречаются у низших эукариот и растений, но не у метазоа . Среди известных примеров большинство, если не все, эукариотические двухкомпонентные системы являются гибридными киназными фосфорелей. [3]

Биоинформатическая перепись бактериальных геномов обнаружила большие вариации в количестве (мономерных) доменов HPt, идентифицированных в различных бактериальных типах , при этом некоторые геномы вообще не кодируют HPt. По отношению к количеству гистидинкиназы и регуляторов ответа, присутствующих в геноме, эукариоты имеют больше идентифицируемых доменов HPt, чем бактерии. [ 12] У грибов геномный инвентарь белков HPt варьируется, при этом нитчатые грибы, как правило, обладают большим количеством белков HPt, чем дрожжи ; только один закодирован в хорошо охарактеризованном геноме Saccharomyces cerevisiae . Растения, как правило, имеют более одного HPt, но меньше HPt, чем регуляторов ответа. [4] [10]

Ссылки

  1. ^ Song HK, Lee JY, Lee MG, Moon J, Min K, Yang JK, Suh SW (ноябрь 1999 г.). «Понимание многошаговой передачи сигнала фосфорелей эукариот, выявленное кристаллической структурой Ypd1p из Saccharomyces cerevisiae». Журнал молекулярной биологии . 293 (4): 753–61. doi :10.1006/jmbi.1999.3215. PMID  10543964.
  2. ^ abcdef Blair JA, Xu Q, Childers WS, Mathews II, Kern JW, Eckart M, Deacon AM, Shapiro L (сентябрь 2013 г.). «Разветвленная сигнальная проводка основного бактериального белка переноса фосфора клеточного цикла». Структура . 21 (9): 1590–601. doi :10.1016/j.str.2013.06.024. PMC 3787845. PMID  23932593 . 
  3. ^ abc Capra EJ, Laub MT (2012). «Эволюция двухкомпонентных систем передачи сигнала». Annual Review of Microbiology . 66 : 325–47. doi :10.1146/annurev-micro-092611-150039. PMC 4097194. PMID 22746333  . 
  4. ^ abcd Surujon D, Ratner DI (2016). «Использование вероятностного поиска мотивов для идентификации белков, содержащих домен гистидинового фосфотрансфера». PLOS ONE . 11 (1): e0146577. Bibcode : 2016PLoSO..1146577S. doi : 10.1371/journal.pone.0146577 . PMC 4709007. PMID  26751210 . 
  5. ^ ab Сюй Q, Карлтон Д., Миллер М.Д., Элслигер М.А., Кришна С.С., Абдубек П., Астахова Т., Бурра П., Чиу Х.Дж., Клейтон Т., Деллер М.К., Дуан Л., Элиас Ю., Фейерхельм Дж., Грант Дж.К., Гжечник А., Гжечник С.К., Хан Г.В., Ярошевски Л., Джин К.К., Клок Х.Э., Кнут М.В., Козбиал П., Кумар А., Марчиано Д., МакМаллан Д., Морс А.Т., Нигогосян Е., Окач Л., Ооммахен С., Полсен Дж., Рейес Р., Райф К.Л., Шефкович Н., Траме С., Траут К.В., ван ден Бедем Х., Уикс Д., Ходжсон КО, Вули Дж., Дикон А.М., Годзик А., Лесли С.А., Уилсон И.А. (июль 2009). «Кристаллическая структура белка переноса фосфогистидина ShpA, важного регулятора биогенеза стебля у Caulobacter crescentus». Журнал молекулярной биологии . 390 (4): 686–98. doi : 10.1016/j.jmb.2009.05.023. PMC 2726009. PMID  19450606. 
  6. ^ abc Whitworth, David E. (2012). «Двухкомпонентные регуляторные системы у прокариот». В Filloux, Alain AM (ред.). Бактериальные регуляторные сети . Норфолк, Великобритания: Caister Academic Press. стр. 191–222. ISBN 9781908230034.
  7. ^ ab Varughese KI (апрель 2002 г.). «Молекулярное распознавание бактериальных фосфорелирующих белков». Current Opinion in Microbiology . 5 (2): 142–8. ​​doi :10.1016/s1369-5274(02)00305-3. PMID  11934609.
  8. ^ Salazar ME, Laub MT (апрель 2015 г.). «Временная и эволюционная динамика двухкомпонентных сигнальных путей» (PDF) . Current Opinion in Microbiology . 24 : 7–14. doi : 10.1016/j.mib.2014.12.003. hdl : 1721.1/105366. PMC 4380680. PMID  25589045. 
  9. ^ Zhao X, Copeland DM, Soares AS, West AH (январь 2008 г.). «Кристаллическая структура комплекса между фосфорелевым белком YPD1 и доменом регулятора ответа SLN1, связанным с фосфорильным аналогом». Журнал молекулярной биологии . 375 (4): 1141–51. doi :10.1016/j.jmb.2007.11.045. PMC 2254212. PMID  18076904 . 
  10. ^ ab Fassler JS, West AH (август 2013 г.). «Гистидиновые фосфотрансферные белки в грибковых двухкомпонентных путях передачи сигнала». Eukaryotic Cell . 12 (8): 1052–60. doi :10.1128/ec.00083-13. PMC 3754533. PMID 23771905  . 
  11. ^ Zapf J, Sen U, Hoch JA, Varughese KI (август 2000 г.). «Кратковременное взаимодействие между двумя фосфорелевыми белками, захваченными в кристаллической решетке, раскрывает механизм молекулярного распознавания и фосфорелирования при передаче сигнала». Structure . 8 (8): 851–62. doi : 10.1016/s0969-2126(00)00174-x . PMID  10997904.
  12. ^ Salvado B, Vilaprinyo E, Sorribas A, Alves R (2015). «Обзор доменов HK, HPt и RR и их организация в двухкомпонентных системах и фосфорелирующих белках организмов с полностью секвенированными геномами». PeerJ . 3 : e1183. doi : 10.7717/peerj.1183 . PMC 4558063 . PMID  26339559.