stringtranslate.com

Виртуальный кариотип

В генетике виртуальный кариотип — это цифровая информация, отражающая кариотип , полученный в результате анализа коротких последовательностей ДНК из определенных локусов по всему геному , которые изолированы и пронумерованы. [1] Он обнаруживает вариации числа копий генома с более высоким разрешением, чем обычное кариотипирование или сравнительная геномная гибридизация на основе хромосом (CGH). [2] Основными методами, используемыми для создания виртуальных кариотипов, являются массивно-сравнительная геномная гибридизация и массивы SNP .

Фон

Кариотип (рис. 1) — это характерный набор хромосом эукариотических видов . [3] [4] Кариотип обычно представлен в виде изображения хромосом из одной клетки, расположенных от самой большой (хромосома 1) до самой маленькой (хромосома 22), при этом половые хромосомы (X и Y) показаны последними. Исторически кариотипы получали путем окрашивания клеток после того, как они были химически остановлены во время деления клетки. Кариотипы использовались в течение нескольких десятилетий для выявления хромосомных аномалий как в зародышевых, так и в раковых клетках. Обычные кариотипы могут оценить весь геном на предмет изменений в структуре и количестве хромосом, но разрешение относительно грубое, с пределом обнаружения 5-10 Мб. [ необходима цитата ]

Рис. 1. Кариотип мужчины, окрашенный по Гимзе.

Метод

Недавно появились платформы для генерации кариотипов высокого разрешения in silico из разрушенной ДНК, такие как массив сравнительной геномной гибридизации (arrayCGH) и массивы SNP . Концептуально массивы состоят из сотен или миллионов зондов, которые являются комплементарными интересующей области генома. Разрушенная ДНК из тестового образца фрагментируется, маркируется и гибридизуется с массивом. Интенсивности сигнала гибридизации для каждого зонда используются специализированным программным обеспечением для генерации log2 отношения тест/норма для каждого зонда на массиве. [ необходима цитата ]

Зная адрес каждого зонда на массиве и адрес каждого зонда в геноме, программное обеспечение выстраивает зонды в хромосомном порядке и реконструирует геном in silico (рис. 2 и 3).

Виртуальные кариотипы имеют значительно более высокое разрешение, чем традиционная цитогенетика. Фактическое разрешение будет зависеть от плотности зондов на массиве. В настоящее время Affymetrix SNP6.0 является самым плотным коммерчески доступным массивом для приложений виртуального кариотипирования. Он содержит 1,8 миллиона полиморфных и неполиморфных маркеров для практического разрешения 10-20 кб — примерно размера гена. Это примерно в 1000 раз больше разрешения, чем кариотипы, полученные с помощью традиционной цитогенетики. [ необходима цитата ]

Виртуальное кариотипирование может быть выполнено на образцах зародышевой линии для конституционных расстройств, [5] [6] а клиническое тестирование доступно в десятках сертифицированных CLIA лабораторий (genetests.org). Виртуальное кариотипирование также может быть выполнено на свежих или зафиксированных формалином и залитых парафином опухолях. [7] [8] [9] Сертифицированные CLIA лаборатории, предлагающие тестирование на опухолях, включают Creighton Medical Laboratories (свежие и залитые парафином образцы опухолей) и CombiMatrix Molecular Diagnostics (свежие образцы опухолей).

Рис. 2. Виртуальный кариотип образца хронического лимфолейкоза с использованием массива SNP.
Рис. 3. Виртуальный график отношения логарифмов кариотипа образца хронического лимфоцитарного лейкоза с использованием массива SNP. Желтый = количество копий 2 (нормальный/диплоидный), аквамарин = 1 (делеция), розовый = 3 (трисомия).

Различные платформы для виртуального кариотипирования

Кариотипирование на основе массивов может быть выполнено с использованием нескольких различных платформ, как разработанных в лаборатории, так и коммерческих. Сами массивы могут быть геномными (зонды распределены по всему геному) или целевыми (зонды для геномных регионов, которые, как известно, участвуют в определенном заболевании) или комбинацией того и другого. Кроме того, массивы, используемые для кариотипирования, могут использовать неполиморфные зонды, полиморфные зонды (т. е. содержащие SNP) или комбинацию того и другого. Неполиморфные зонды могут предоставлять только информацию о числе копий, в то время как массивы SNP могут предоставлять как число копий, так и статус потери гетерозиготности (LOH) в одном анализе. Типы зондов, используемых для неполиморфных массивов, включают кДНК, клоны BAC (например, BlueGnome) и олигонуклеотиды (например, Agilent , Санта-Клара, Калифорния, США или Nimblegen , Мэдисон, Висконсин, США). Коммерчески доступные олигонуклеотидные SNP-матрицы могут быть твердофазными ( Affymetrix , Санта-Клара, Калифорния, США) или на основе бусин ( Illumina , Сан-Диего, Калифорния, США). Несмотря на разнообразие платформ, в конечном итоге все они используют геномную ДНК из разрушенных клеток для воссоздания кариотипа высокого разрешения in silico . Конечный продукт пока не имеет единого названия и называется виртуальным кариотипированием, [8] [10] цифровым кариотипированием, [11] молекулярным аллелокариотипированием, [12] и молекулярным кариотипированием. [13] Другие термины, используемые для описания матриц, используемых для кариотипирования, включают SOMA (микроматрицы олигонуклеотидов SNP) [14] и CMA (хромосомная микроматрица). [15] [16] Некоторые считают, что все платформы являются типом массива сравнительной геномной гибридизации (arrayCGH), в то время как другие оставляют этот термин для методов с двумя красителями, а третьи разделяют массивы SNP, поскольку они генерируют больше и разную информацию, чем методы с двумя красителями arrayCGH. [ необходима ссылка ]

Приложения

Обнаружение изменений количества копий

Изменения числа копий можно увидеть как в образцах зародышевой линии, так и в опухолевых образцах. Изменения числа копий можно обнаружить с помощью массивов с неполиморфными зондами, такими как arrayCGH, и массивов на основе SNP. Люди диплоидны, поэтому нормальное число копий всегда равно двум для неполовых хромосом. [ необходима цитата ]

Делеции: Делеция — это потеря генетического материала. Делеция может быть гетерозиготной (число копий 1) или гомозиготной (число копий 0, нульсомия). Синдромы микроделеции являются примерами конституционных нарушений, вызванных небольшими делециями в ДНК зародышевой линии. Делеции в опухолевых клетках могут представлять собой инактивацию гена-супрессора опухоли и могут иметь диагностические, прогностические или терапевтические последствия.
Прирост: Прирост числа копий представляет собой прирост генетического материала. Если прирост составляет всего одну дополнительную копию сегмента ДНК, это можно назвать дупликацией (рис. 4). Если есть одна дополнительная копия целой хромосомы, это можно назвать трисомией . Прирост числа копий в образцах зародышевой линии может быть связан с заболеванием или может быть доброкачественным вариантом числа копий . При обнаружении в опухолевых клетках они могут иметь диагностические, прогностические или терапевтические последствия.
Рис. 4. Схема участка хромосомы до и после дупликации.
Амплификации: Технически, амплификация — это тип увеличения числа копий, при котором число копий >10. В контексте биологии рака амплификации часто наблюдаются в онкогенах . Это может указывать на худший прогноз, помогать классифицировать опухоль или указывать на пригодность препарата. Примером пригодности препарата является амплификация Her2Neu и Герцептин , а также представлено изображение амплификации Her2Neu, обнаруженной с помощью виртуального кариотипирования массива SNP (рис. 5).
Рис. 5. Амплификация Her2 с помощью виртуального кариотипа массива SNP.

Потеря гетерозиготности (LOH), аутозиготные сегменты и однородительская дисомия

Аутозиготные сегменты и однородительская дисомия (UPD) являются диплоидными/'копийно-нейтральными' генетическими находками и поэтому могут быть обнаружены только с помощью массивов на основе SNP. Как аутозиготные сегменты, так и UPD покажут потерю гетерозиготности (LOH) с числом копий два при кариотипировании массива SNP. Термин Runs of Homozgygosity (ROH) является общим термином, который может использоваться как для аутозиготных сегментов, так и для UPD. [ необходима цитата ]

Автозиготный сегмент: Аутозиготный сегмент является двуродительским и виден только в зародышевой линии. Они представляют собой расширенные серии гомозиготных маркеров в геноме и возникают, когда идентичный блок гаплотипа наследуется от обоих родителей. Их также называют сегментами « идентичности по происхождению » (IBD), и их можно использовать для картирования гомозиготности. [17] [18]
Однородительская дисомия: UPD возникает, когда обе копии гена или геномной области наследуются от одного и того же родителя. Это однородительское явление, в отличие от аутозиготных сегментов, которые являются двуродительскими. Присутствуя в зародышевой линии, они могут быть безвредными или ассоциироваться с заболеваниями, такими как синдромы Прадера-Вилли или Ангельмана . Также в отличие от аутозиготности, UPD может развиваться в опухолевых клетках, и это называется приобретенным UPD или копийно-нейтральным LOH в литературе (рис. 6).
Рис. 6. Копия нейтрального LOH/однородительская дисомия
Приобретенная UPD довольно распространена как в гематологических, так и в солидных опухолях и, как сообщается, составляет от 20 до 80% LOH, наблюдаемых в опухолях человека. [19] [20] [21] [22] Приобретенная UPD может служить вторым попаданием в гипотезу двух попаданий Кнудсона об опухолеобразовании и, таким образом, может быть биологическим эквивалентом делеции. [23] Поскольку этот тип поражения не может быть обнаружен с помощью arrayCGH, FISH или традиционной цитогенетики, массивы на основе SNP являются предпочтительными для виртуального кариотипирования опухолей.
Рис. 7. Виртуальный кариотип колоректальной карциномы (просмотр всего генома), демонстрирующий делеции, усиления, амплификации и приобретенные UPD (копийно-нейтральный LOH).

На рисунке 7 представлен виртуальный кариотип массива SNP колоректальной карциномы, демонстрирующий делеции, усиления, амплификации и приобретенный UPD (копийно-нейтральный LOH).

Примеры клинического применения в лечении рака

Виртуальный кариотип может быть получен практически из любой опухоли, но клиническое значение выявленных геномных аберраций различно для каждого типа опухоли. Клиническая полезность варьируется, и целесообразность лучше всего определяется онкологом или патологом в консультации с руководителем лаборатории, проводящей виртуальное кариотипирование. Ниже приведены примеры типов рака, для которых клинические последствия определенных геномных аберраций хорошо известны. Этот список является репрезентативным, а не исчерпывающим. На веб-сайте цитогенетической лаборатории в Висконсинской государственной лаборатории гигиены есть дополнительные примеры клинически значимых генетических изменений, которые легко обнаруживаются с помощью виртуального кариотипирования.[1]

Нейробластома

На основе серии из 493 образцов нейробластомы было установлено, что общая геномная структура, проверенная с помощью кариотипирования на основе массива, является предиктором исхода при нейробластоме: [24]

В более ранних публикациях нейробластомы были разделены на три основных подтипа на основе цитогенетических профилей: [25]

опухоль Вильмса

Опухолеспецифическая потеря гетерозиготности (LOH) для хромосом 1p и 16q определяет подгруппу пациентов с опухолью Вильмса , у которых значительно повышен риск рецидива и смерти. LOH для этих хромосомных регионов теперь может использоваться как независимый прогностический фактор вместе со стадией заболевания для определения интенсивности лечения в зависимости от риска неэффективности лечения. [26] [27]

Почечно-клеточная карцинома

Почечные эпителиальные новообразования имеют характерные цитогенетические аберрации, которые могут помочь в классификации. [28] См. также Атлас генетики и цитогенетики в онкологии и гематологии.

Кариотипирование на основе матрицы может использоваться для выявления характерных хромосомных аберраций в опухолях почек со сложной морфологией. [8] [10] Кариотипирование на основе матрицы хорошо работает на опухолях, залитых парафином [29] , и подходит для рутинного клинического использования.

Кроме того, в недавней литературе указывается, что определенные хромосомные аберрации связаны с исходом при определенных подтипах опухолей почечного эпителия. [30]
Светлоклеточная почечноклеточная карцинома: del 9p и del 14q являются плохими прогностическими показателями. [31] [32]
Папиллярная почечноклеточная карцинома: дупликация 1q знаменует фатальное прогрессирование. [33]

Хронический лимфолейкоз

Схематическая кариограмма человека с аннотированными полосами и подполосами , используемыми в Международной системе цитогеномной номенклатуры человека для локализации генетических аномалий. Она показывает 22 гомологичные пары аутосомных хромосом, как женские (XX), так и мужские (XY) версии двух половых хромосом , а также митохондриальный геном (внизу слева).

Кариотипирование на основе массива является экономически эффективной альтернативой FISH для обнаружения хромосомных аномалий при хроническом лимфоцитарном лейкозе (ХЛЛ). Несколько клинических валидационных исследований показали >95% соответствия со стандартной панелью FISH для ХЛЛ. [12] [34] [35] [36] [37] Кроме того, многие исследования с использованием кариотипирования на основе массива выявили «атипичные делеции», пропущенные стандартными зондами FISH, и приобретенную однородительскую дисомию в ключевых локусах для прогностического риска при ХЛЛ. [38] [39]

В клетках ХЛЛ выявлены четыре основных генетических отклонения, которые оказывают существенное влияние на течение заболевания. [40]

  1. Делеции части короткого плеча хромосомы 17 (del 17p), нацеленные на p53, особенно опасны. Пациенты с этой аномалией имеют значительно более короткий интервал до того, как им потребуется терапия, и более короткую выживаемость. Эта аномалия встречается у 5–10% пациентов с ХЛЛ.
  2. Делеции длинного плеча на хромосоме 11 (del 11q) также неблагоприятны, хотя и не в такой степени, как del 17p. Аномалия поражает ген ATM и встречается при ХЛЛ нечасто (5–10%).
  3. Трисомия 12, дополнительная хромосома 12, является относительно частой находкой, встречающейся у 20–25% пациентов, и дает промежуточный прогноз.
  4. Делеция 13q14 (del 13q14) является наиболее распространенной аномалией при ХЛЛ, примерно у 50% пациентов клетки содержат этот дефект. Когда del 13q14 наблюдается изолированно, у пациентов наилучший прогноз, и большинство из них проживут много лет, даже десятилетий, без необходимости в терапии.

Множественная миелома

Avet-Loiseau и др. в Journal of Clinical Oncology использовали кариотипирование массива SNP 192 образцов множественной миеломы (ММ) для выявления генетических поражений, связанных с прогнозом, которые затем были проверены в отдельной когорте (n = 273). [41] При ММ отсутствие пролиферативного клона делает традиционную цитогенетику информативной только в ~30% случаев. Панели FISH полезны при ММ, но стандартные панели не обнаруживают несколько ключевых генетических аномалий, описанных в этом исследовании. [ необходима ссылка ]

  1. Виртуальное кариотипирование выявило хромосомные аномалии в 98% случаев ММ
  2. del(12p13.31) является независимым неблагоприятным маркером
  3. amp(5q31.1) является благоприятным маркером
  4. Прогностическое значение amp(5q31.1) преобладает над прогностическим значением гипердиплоидии и также позволяет выявить пациентов, которым терапия высокими дозами приносит большую пользу.

Кариотипирование на основе массива не может обнаружить сбалансированные транслокации, такие как t(4;14), наблюдаемые у ~15% ММ. Поэтому FISH для этой транслокации также следует проводить, если используются массивы SNP для обнаружения изменений числа копий по всему геному, имеющих прогностическое значение при ММ. [ необходима цитата ]

Медуллобластома

Кариотипирование 260 медуллобластом на основе матрицы , проведенное Pfister S и соавторами, привело к выделению следующих клинических подгрупп на основе цитогенетических профилей: [42]

Олигодендроглиома

Коделеция 1p/19q считается «генетической сигнатурой» олигодендроглиомы . Аллельные потери на 1p и 19q, как по отдельности, так и в сочетании, чаще встречаются в классических олигодендроглиомах, чем в астроцитомах или олигоастроцитомах. [43] В одном исследовании классические олигодендроглиомы показали потерю 1p в 35 из 42 (83%) случаев, потерю 19q в 28 из 39 (72%), и они были объединены в 27 из 39 (69%) случаев; не было никакой значительной разницы в потере статуса гетерозиготности 1p/19q между низкодифференцированными и анапластическими олигодендроглиомами. [43] Коделеция 1p/19q коррелировала как с химиочувствительностью, так и с улучшенным прогнозом при олигодендроглиомах. [44] [45] Большинство крупных онкологических центров регулярно проверяют делецию 1p/19q как часть отчета о патологии олигодендроглиом. Статус локусов 1p/19q можно определить с помощью FISH или виртуального кариотипирования. Виртуальное кариотипирование имеет преимущество оценки всего генома в одном анализе, а также локусов 1p/19q. Это позволяет оценить другие ключевые локусы в глиальных опухолях, такие как статус числа копий EGFR и TP53. [ необходима цитата ]

В то время как прогностическая значимость делеций 1p и 19q хорошо известна для анапластических олигодендроглиом и смешанных олигоастроцитом, прогностическая значимость делеций для глиом низкой степени злокачественности более спорна. Что касается глиом низкой степени злокачественности, недавнее исследование также предполагает, что коделеция 1p/19q может быть связана с транслокацией (1;19)(q10;p10), которая, как и комбинированная делеция 1p/19q, связана с превосходной общей выживаемостью и выживаемостью без прогрессирования у пациентов с глиомой низкой степени злокачественности. [46] Олигодендроглиомы показывают лишь редкие мутации в гене p53, что отличается от других глиом. [47] Амплификация рецептора эпидермального фактора роста и полная коделеция 1p/19q являются взаимоисключающими и предсказывают совершенно разные результаты, при этом амплификация EGFR предсказывает плохой прогноз. [48]

Глиобластома

Yin et al. [49] изучили 55 линий клеток глиобластомы и 6 GBM с использованием кариотипирования массива SNP. Приобретенный UPD был идентифицирован на 17p в 13/61 случае. Значительно сокращенное время выживания было обнаружено у пациентов с делецией 13q14 (RB) или делецией 17p13.1 (p53)/приобретенным UPD. В совокупности эти результаты показывают, что этот метод является быстрым, надежным и недорогим методом профилирования аномалий всего генома в GBM. Поскольку кариотипирование массива SNP можно проводить на залитых парафином опухолях, это привлекательный вариант, когда опухолевые клетки не растут в культуре для метафазной цитогенетики или когда возникает желание провести кариотипирование после фиксации образца формалином. [ необходима цитата ]

Важность обнаружения приобретенного UPD (копийно-нейтрального LOH) при глиобластоме: [ необходима цитата ]

Кроме того, в случаях с неопределенной степенью злокачественности по морфологии диагностике может помочь геномное профилирование.

Острый лимфобластный лейкоз

Цитогенетика , изучение характерных крупных изменений в хромосомах раковых клеток , все чаще признается важным предиктором исхода острого лимфобластного лейкоза (ОЛЛ). [52]
Примечание: Сбалансированные транслокации не могут быть обнаружены с помощью кариотипирования на основе массива (см. Ограничения ниже).

Некоторые цитогенетические подтипы имеют худший прогноз, чем другие. К ним относятся:

Корреляция прогноза с цитогенетическими данными костного мозга при остром лимфобластном лейкозе

Неклассифицированный острый лимфобластный лейкоз считается имеющим промежуточный прогноз. [56]

Миелодиспластический синдром

Миелодиспластический синдром (МДС) имеет значительную клиническую, морфологическую и генетическую гетерогенность. Цитогенетика играет решающую роль в Международной прогностической системе оценки (IPSS) Всемирной организации здравоохранения для МДС. [57] [58]

При сравнении цитогенетики метафазы, панели FISH и кариотипирования массива SNP для МДС было обнаружено, что каждая методика обеспечивает схожий диагностический выход. Ни один метод не обнаруживает все дефекты, а показатели обнаружения улучшаются примерно на 5% при использовании всех трех методов. [59]

Приобретенная UPD, которая не обнаруживается с помощью FISH или цитогенетики, была зарегистрирована в нескольких ключевых локусах при МДС с использованием кариотипирования массива SNP, включая делецию 7/7q. [60] [61]

Миелопролиферативные новообразования/миелопролиферативные заболевания

Миелопролиферативные новообразования (МПН) с отрицательной филадельфийской хромосомой , включая истинную полицитемию, эссенциальную тромбоцитемию и первичный миелофиброз, демонстрируют врожденную тенденцию к трансформации в лейкемию (фаза МПН-бласт), которая сопровождается приобретением дополнительных геномных поражений. В исследовании 159 случаев [62] анализ SNP-массива позволил выявить практически все цитогенетические аномалии и выявить дополнительные поражения с потенциально важными клиническими последствиями. [ необходима цитата ]

Колоректальный рак

Выявление биомаркеров при колоректальном раке особенно важно для пациентов со II стадией заболевания, где рецидив опухоли наблюдается менее чем у 20%. 18q LOH является установленным биомаркером, связанным с высоким риском рецидива опухоли при раке толстой кишки II стадии. [63] На рисунке 7 показан кариотип массива SNP колоректальной карциномы (просмотр всего генома).

Колоректальный рак классифицируется по определенным фенотипам опухолей на основе молекулярных профилей [63] , которые можно объединить с результатами других вспомогательных тестов, таких как тестирование микросателлитной нестабильности, IHC и статус мутации KRAS:

Злокачественные рабдоидные опухоли

Злокачественные рабдоидные опухоли — редкие, высокоагрессивные новообразования, которые чаще всего встречаются у младенцев и маленьких детей. Из-за их гетерогенных гистологических особенностей диагностика часто может быть затруднена, и возможны ошибочные классификации. В этих опухолях ген INI1 (SMARCB1) на хромосоме 22q функционирует как классический ген-супрессор опухолей. Инактивация INI1 может происходить посредством делеции, мутации или приобретенного UPD. [64]

В недавнем исследовании [64] кариотипирование массива SNP выявило делеции или LOH 22q в 49/51 рабдоидных опухолях. Из них 14 были копийно-нейтральными LOH (или приобретенными UPD), которые можно обнаружить с помощью кариотипирования массива SNP, но не с помощью FISH, цитогенетики или arrayCGH. MLPA обнаружил гомозиготную делецию одного экзона в одном образце, что было ниже разрешения массива SNP. [ необходима цитата ]

Кариотипирование массива SNP может быть использовано для различения, например, медуллобластомы с изохромосомой 17q от первичной рабдоидной опухоли с потерей 22q11.2. При наличии показаний можно использовать молекулярный анализ INI1 с использованием MLPA и прямого секвенирования. После обнаружения изменений, связанных с опухолью, можно провести анализ ДНК зародышевой линии пациента и родителей, чтобы исключить унаследованную или de novo мутацию зародышевой линии или делецию INI1, чтобы можно было провести соответствующую оценку риска рецидива. [64]

Увеальная меланома

Наиболее важным генетическим изменением, связанным с плохим прогнозом при увеальной меланоме, является потеря всей копии хромосомы 3 ( моносомия 3), которая тесно связана с метастатическим распространением. [65] Приросты на хромосомах 6 и 8 часто используются для уточнения прогностической ценности скрининга моносомии 3, при этом прирост 6p указывает на лучший прогноз, а прирост 8q указывает на худший прогноз при опухолях с дисомией 3. [66] В редких случаях опухоли с моносомией 3 могут дублировать оставшуюся копию хромосомы, чтобы вернуться в дисомное состояние, называемое изодисомией . [67] Изодисомия 3 прогностически эквивалентна моносомии 3 , и обе могут быть обнаружены с помощью тестов на потерю гетерозиготности хромосомы 3. [68]

Ограничения

В отличие от кариотипов, полученных с помощью обычной цитогенетики, виртуальные кариотипы реконструируются компьютерными программами с использованием сигналов, полученных из нарушенной ДНК. По сути, компьютерная программа исправит транслокации, когда выстроит сигналы в хромосомном порядке. Поэтому виртуальные кариотипы не могут обнаружить сбалансированные транслокации и инверсии . Они также могут обнаружить генетические аберрации только в областях генома, которые представлены зондами на массиве. Кроме того, виртуальные кариотипы генерируют относительное число копий, нормализованное по отношению к диплоидному геному, поэтому тетраплоидные геномы будут сжаты в диплоидное пространство, если не будет выполнена перенормировка. Перенормировка требует вспомогательного клеточного анализа, такого как FISH, если используется arrayCGH. Для кариотипов, полученных с помощью массивов на основе SNP, тетраплоидия часто может быть выведена из поддержания гетерозиготности в области очевидной потери числа копий. [22] Низкоуровневый мозаицизм или небольшие субклоны могут не быть обнаружены виртуальными кариотипами, поскольку присутствие нормальных клеток в образце ослабит сигнал от аномального клона. Точная точка отказа, с точки зрения минимального процента неопластических клеток, будет зависеть от конкретной платформы и используемых алгоритмов. Многие программы анализа числа копий, используемые для генерации кариотипов на основе массивов, будут давать сбои при менее чем 25–30% опухолевых/аномальных клеток в образце. Однако в онкологических приложениях это ограничение можно минимизировать с помощью стратегий обогащения опухолей и программного обеспечения, оптимизированного для использования с онкологическими образцами. Алгоритмы анализа быстро развиваются, и некоторые из них даже разработаны для процветания при «загрязнении нормальными клонами», [69] , поэтому ожидается, что это ограничение будет продолжать рассеиваться.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Цифровое кариотипирование – Ван и др., 10.1073/pnas.202610899 – Труды Национальной академии наук
  2. ^ Shinawi M, Cheung SW (2008). «Массив CGH и его клиническое применение». Drug Discov Today . 13 (17–18): 760–70. doi :10.1016/j.drudis.2008.06.007. PMID  18617013.
  3. ^ Уайт М.Дж.Д. 1973. Хромосомы . 6-е изд., Chapman & Hall, Лондон. стр. 28
  4. ^ Стеббинс GL 1950. Изменчивость и эволюция растений . Глава XII: Кариотип. Columbia University Press NY
  5. ^ Шаффер LG, Бейджани B (2006). «Медицинские применения массива CGH и трансформация клинической цитогенетики». Cytogenet. Genome Res . 115 (3–4): 303–9. doi :10.1159/000095928. PMID  17124414. S2CID  31045279.
  6. ^ Эдельманн Л., Хиршхорн К. (январь 2009 г.). «Клиническая полезность массива CGH для обнаружения хромосомных дисбалансов, связанных с умственной отсталостью и множественными врожденными аномалиями». Анналы Нью-Йоркской академии наук . 1151 (1): 157–66. Bibcode : 2009NYASA1151..157E. doi : 10.1111/j.1749-6632.2008.03610.x. PMID  19154522. S2CID  27612065.
  7. ^ Датт А., Бероухим Р. (январь 2007 г.). «Анализ массива полиморфизма отдельных нуклеотидов при раке». Current Opinion in Oncology . 19 (1): 43–9. doi :10.1097/CCO.0b013e328011a8c1. PMID  17133111. S2CID  25677498.
  8. ^ abc Hagenkord JM; Parwani AV; Lyons-Weiler MA; Alvarez K; Amato R; Gatalica Z; Gonzalez-Berjon JM; Peterson L; Dhir R; Monzon FA (ноябрь 2008 г.). «Виртуальное кариотипирование с микроматрицами SNP снижает неопределенность в диагностике опухолей почечного эпителия». Diagn Pathol . 3 (1): 44. doi : 10.1186/1746-1596-3-44 . PMC 2588560. PMID  18990225 . 
  9. ^ Beaudet AL, Belmont J (2008). «ДНК-диагностика на основе массивов: пусть начнется революция». Annu Rev Med . 59 (1): 113–29. doi :10.1146/annurev.med.59.012907.101800. PMID  17961075.
  10. ^ ab Monzon FA; Hagenkord JM; Lyons-Weiler MA; Balani JP; Parwani AV; Sciulli CM; Li J; Chandran UR; Bastacky SI; Dhir R (май 2008 г.). «Полногеномные массивы SNP как потенциальный диагностический инструмент для обнаружения характерных хромосомных аберраций в опухолях почечного эпителия». Mod Pathol . 21 (5): 599–608. doi : 10.1038/modpathol.2008.20 . PMID  18246049.
  11. ^ Leary RJ; Lin JC; Cummins J; Boca S; Wood LD; Parsons DW; Jones S; Sjöblom T; Park BH; Parsons R; Willis J; Dawson D; Willson JK; Nikolskaya T; Nikolsky Y; Kopelovich L; Papadopoulos N; Pennacchio LA; Wang TL; Markowitz SD; Parmigiani G; Kinzler KW; Vogelstein B; Velculescu VE (2008). «Комплексный анализ гомозиготных делеций, фокальных амплификации и изменений последовательностей при раке молочной железы и колоректальном раке». Proc Natl Acad Sci USA . 105 (42): 16224–9. Bibcode : 2008PNAS..10516224L. doi : 10.1073/pnas.0808041105 . PMC 2571022. PMID  18852474 . 
  12. ^ аб Леманн С; Огава С; Рейно С.Д.; Санада М; Няня Ю; Тиккьони М; Ублюдок С; Кавамата Н; Кеффлер HP (март 2008 г.). «Молекулярное аллелокариотипирование нелеченого хронического лимфоцитарного лейкоза на ранней стадии». Рак . 112 (6): 1296–305. дои : 10.1002/cncr.23270 . ПМИД  18246537.
  13. ^ Вермееш-младший; Фиглер Х; де Леу Н; Шухай К; Шуманс Дж; Чикконе Р; Спелеман Ф; Раух А; Клейтон-Смит Дж; Ван Равенсваай С; Санлавиль Д; Патсалис ПК; Ферт Х; Девриендт К; Зуффарди О (ноябрь 2007 г.). «Руководство по молекулярному кариотипированию в конституциональной генетической диагностике». Eur J Hum Genet . 15 (11): 1105–14. дои : 10.1038/sj.ejhg.5201896 . ПМИД  17637806.
  14. ^ Кулхарья АС, Фланнери ДБ, Норрис К, Ловелл К, Леви Б, Велагалети Г (сентябрь 2008 г.). «Точное картирование точек разрыва у двух неродственных пациентов с редкими перекрывающимися интерстициальными делециями 9q с легкими дисморфическими признаками». Американский журнал медицинской генетики . 146A (17): 2234–41. doi :10.1002/ajmg.a.32397. PMID  18666229. S2CID  25455126.
  15. ^ Nowakowska B; Stankiewicz P; Obersztyn E; Ou Z; Li J; Chinault AC; Smyk M; Borg K; Mazurczak T; Cheung SW; Bocian E (сентябрь 2008 г.). «Применение метафазного HR-CGH и целевых анализов хромосомных микрочипов для геномной характеристики 116 пациентов с умственной отсталостью и дисморфическими признаками». American Journal of Medical Genetics . 146A (18): 2361–9. doi :10.1002/ajmg.a.32475. PMID  18698622. S2CID  30882747.
  16. ^ Probst FJ; Roeder ER; Enciso VB; Ou Z; Cooper ML; Eng P; Li J; Gu Y; Stratton RF; Chinault AC; Shaw CA; Sutton VR; Cheung SW; Nelson DL (июнь 2007 г.). «Анализ хромосомных микроматричных генов (CMA) обнаруживает большую делецию X-хромосомы, включая FMR1, FMR2 и IDS у пациентки с умственной отсталостью». American Journal of Medical Genetics . 143A (12): 1358–65. doi :10.1002/ajmg.a.31781. PMID  17506108. S2CID  22090841.
  17. ^ Хильдебрандт, Ф. и др. (январь 2009 г.). «Систематический подход к картированию рецессивных генов заболеваний у особей из аутбредных популяций». PLOS Genet . 5 (1): e1000353. doi : 10.1371/journal.pgen.1000353 . PMC 2621355. PMID  19165332 . 
  18. ^ Маккуиллан Р; Лейтенеггер А.Л.; Абдель-Рахман Р; Франклин CS; Перичич М; Барак-Лаук Л; Смолей-Наранчич Н; Яничиевич Б; Поласек О; Тенеса А; Маклауд АК; Фаррингтон С.М.; Рудан П; Хейворд С; Витарт В; Рудан I; Дикий Ш; Данлоп МГ; Райт А.Ф.; Кэмпбелл Х; Уилсон Дж. Ф. (2008). «Процессы гомозиготности в европейских популяциях». Ам Джей Хум Жене . 83 (3): 359–72. дои : 10.1016/j.ajhg.2008.08.007. ПМК 2556426 . ПМИД  18760389. 
  19. ^ Gondek LP, Tiu R, O'Keefe CL, Sekeres MA, Theil KS, Maciejewski J (февраль 2008 г.). «Хромосомные поражения и однородительская дисомия, обнаруженные с помощью массивов SNP при МДС, МДС/МПЗ и ОМЛ, вызванном МДС». Blood . 111 (3): 1534–42. doi :10.1182/blood-2007-05-092304. PMC 2214746 . PMID  17954704. 
  20. ^ Бероухим Р.; Лин М.; Парк Й.; Хао К.; Чжао Х.; Гарравей Л.А.; Фокс Е.А.; Хохберг Е.П.; Меллингхофф ИК.; Хофер М.Д.; Десказо А.; Рубин МА.; Мейерсон М.; Вонг WH; Селлерс В.Р.; Ли С. (май 2006 г.). "Вывод потери гетерозиготности из непарных опухолей с использованием массивов олигонуклеотидов SNP высокой плотности". PLOS Comput. Biol . 2 (5): e41. Bibcode : 2006PLSCB...2...41B. doi : 10.1371/journal.pcbi.0020041 . PMC 1458964. PMID  16699594 . 
  21. ^ Исикава С; Комура Д; Цудзи С; Нисимура К; Ямамото С; Панда Б; Хуан Дж; Фукаяма М; Джонс К.В.; Абуратани Х (август 2005 г.). «Аллельный дозировочный анализ с использованием микрочипов генотипирования». Биохимия Биофиз Рес Коммьюнити . 333 (4): 1309–14. дои : 10.1016/j.bbrc.2005.06.040. ПМИД  15982637.
  22. ^ ab Lo KC, Bailey D, Burkhardt T, Gardina P, Turpaz Y, Cowell J (март 2008 г.). «Комплексный анализ событий потери гетерозиготности в глиобластоме с использованием массивов картирования SNP 100K и сравнение с аномалиями числа копий, определенными с помощью сравнительной геномной гибридизации массива BAC». Гены Хромосомы Рак . 47 (3): 221–37. doi :10.1002/gcc.20524. PMID  18050302. S2CID  19480318.
  23. ^ Mao X, Young BD, Lu Y (июнь 2007 г.). «Применение микрочипов полиморфизма отдельных нуклеотидов в исследованиях рака». Curr Genomics . 8 (4): 219–28. doi :10.2174/138920207781386924. PMC 2430687 . PMID  18645599. 
  24. ^ Janoueix-Lerosey I, Schleiermacher G, Michels E и др. (март 2009 г.). «Общая геномная структура является предиктором исхода при нейробластоме». J. Clin. Oncol . 27 (7): 1026–33. doi : 10.1200/JCO.2008.16.0630 . PMID  19171713.
  25. ^ Michels E, Vandesompele J, Hoebeeck J, Menten B, De Preter K, Laureys G, Van Roy N, Speleman F (2006). «Геномное измерение изменений числа копий ДНК в нейробластоме: рассечение ампликонов и картирование потерь, приобретений и точек разрыва». Cytogenet. Genome Res . 115 (3–4): 273–282. doi :10.1159/000095924. PMID  17124410. S2CID  14012430.
  26. ^ Messahel B; Williams R; Ridolfi A; A'hern R; Warren W; Tinworth L; Hobson R; Al-Saadi R; Whyman G; Brundler MA; Kelsey A; Sebire N; Jones C; Vujanic G; Pritchard-Jones K; Children's Cancer and Leukaemia Group (CCLG) (март 2009 г.). "Children's Cancer and Leukaemia Group (CCLG). Потеря аллеля в 16q определяет более плохой прогноз опухоли Вильмса независимо от подхода к лечению в клинических испытаниях UKW1-3: исследование Children's Cancer and Leukaemia Group (CCLG)". Eur J Cancer . 45 (5): 819–26. doi :10.1016/j.ejca.2009.01.005. PMID  19231157.
  27. ^ Grundy PE; Breslow NE ; Li S; Perlman E; Beckwith JB; Ritchey ML; Shamberger RC; Haase GM; D'Angio GJ; Donaldson M; Coppes MJ; Malogolowkin M; Shearer P; Thomas PR; Macklis R; Tomlinson G; Huff V; Green DM; Национальная группа по изучению опухоли Вильмса (октябрь 2005 г.). "Национальная группа по изучению опухоли Вильмса. Потеря гетерозиготности для хромосом 1p и 16q является неблагоприятным прогностическим фактором при благоприятной гистологии опухоли Вильмса: отчет Национальной группы по изучению опухоли Вильмса". J Clin Oncol . 23 (29): 7312–21. doi : 10.1200/JCO.2005.01.2799 . PMID  16129848.
  28. ^ van den Berg, E; Störkel, S (2003). "Почка: светлоклеточная почечноклеточная карцинома". Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol . 7 (3): 424–431 . Получено 14 декабря 2010 г.
  29. ^ Lyons-Weiler MA, Hagenkord JM, Sciulli CM, Dhir R, Monzon F (2008). «Оптимизация анализа Affymetrix GeneChip Mapping 10K 2.0 для рутинного клинического использования на формалин-фиксированных парафиновых тканях». Diag Mol Path . 17 (1): 3–13. doi :10.1097/PDM.0b013e31815aca30. PMID  18303412. S2CID  24420204.
  30. ^ Klatte T; Pantuck AJ; Said JW; Seligson DB; Rao NP; LaRochelle JC; Shuch B; Zisman A; Kabbinavar FF; Belldegrun AS (2009). «Цитогенетическое и молекулярное профилирование опухолей для папиллярного почечноклеточного рака типа 1 и типа 2». Clinical Cancer Research . 15 (4): 1162–9. doi : 10.1158/1078-0432.CCR-08-1229 . PMID  19228721.
  31. ^ Брунелли М; Эчер А; Гоббо С; Фикарра V; Новара Г; Коссу-Рокка П; Бонетти Ф; Менестрина Ф; Ченг Л; Эбл Дж.Н.; Мартиньони Дж (2008). «Потеря хромосомы 9p является независимым прогностическим фактором у пациентов со светлоклеточным почечно-клеточным раком». Современная патология . 21 (1): 1–6. doi : 10.1038/modpathol.3800967 . ПМИД  17906617.
  32. ^ Klatte T; Rao PN; de Martino M; LaRochelle J; Shuch B; Zomorodian N; Said J; Kabbinavar FF; Belldegrun AS; Pantuck AJ (2009). «Цитогенетический профиль предсказывает прогноз у пациентов с светлоклеточным почечно-клеточным раком». Журнал клинической онкологии . 27 (5): 746–53. doi : 10.1200/JCO.2007.15.8345 . PMID  19124809.
  33. ^ Szponar A, Zubakov D, Pawlak J, Jauch A, Kovacs G (2009). «Три генетические стадии развития папиллярных почечноклеточных опухолей: дупликация хромосомы 1q знаменует фатальную прогрессию». International Journal of Cancer . 124 (9): 2071–6. doi : 10.1002/ijc.24180 . PMID  19123481.
  34. ^ Schwaenen C; Nessling M; Wessendorf S; Salvi T; Wrobel G; Radlwimmer B; Kestler HA; Haslinger C; Stilgenbauer S; Döhner H; Bentz M; Lichter P (2004). «Автоматизированное геномное профилирование на основе массивов при хроническом лимфоцитарном лейкозе: разработка клинического инструмента и обнаружение рецидивирующих геномных изменений». Proc Natl Acad Sci USA . 101 (4): 1039–44. Bibcode : 2004PNAS..101.1039S. doi : 10.1073/pnas.0304717101 . PMC 327147. PMID  14730057 . 
  35. ^ Pfeifer D; Pantic M; Skatulla I; Rawluk J; Kreutz C; Martens UM; Fisch P; Timmer J; Veelken H (февраль 2007 г.). «Геномный анализ изменений числа копий ДНК и LOH при ХЛЛ с использованием массивов SNP высокой плотности». Blood . 109 (3): 1202–10. doi : 10.1182/blood-2006-07-034256 . PMID  17053054.
  36. ^ Gunn SR; Mohammed MS; Gorre ME; Cotter PD; Kim J; Bahler DW; Preobrazhensky SN; Higgins RA; Bolla AR; Ismail SH; de Jong D; Eldering E; van Oers MH; Mellink CH; Keating MJ; Schlette EJ; Abruzzo LV; Robetorye RS (сентябрь 2008 г.). «Полногеномное сканирование методом сравнительной геномной гибридизации как клинический инструмент для оценки риска при хроническом лимфоцитарном лейкозе». Журнал молекулярной диагностики . 10 (5): 442–451. doi : 10.2353/jmoldx.2008.080033. PMC 2518739. PMID  18687794. 
  37. ^ Sargent R; Jones D; Abruzzo LV; Yao H; Bonderover J; Cisneros M; Wierda WG; Keating MJ; Luthra R (январь 2009 г.). «Сравнительная геномная гибридизация на основе индивидуального массива олигонуклеотидов как клинический анализ для геномного профилирования хронического лимфоцитарного лейкоза». J Mol Diagn . 11 (1): 25–34. doi :10.2353/jmoldx.2009.080037. PMC 2607562. PMID  19074592 . 
  38. ↑ 2009 Май;23(5):829-33
  39. ^ Hagenkord JM, Monzon FA, Kash SF, Lilleberg S, Xie Q, Kant JA (2010). «Кариотипирование на основе массивов для прогностической оценки при хроническом лимфоцитарном лейкозе: сравнение производительности массивов affymetrix 10K2.0, 250K Nsp и SNP6.0». J Mol Diagn . 12 (2): 184–96. doi :10.2353/jmoldx.2010.090118. PMC 2871725. PMID  20075210 . 
  40. ^ Донер Х., Стилгенбауэр С., Беннер А. и др. (2000). «Геномные аберрации и выживаемость при хроническом лимфоцитарном лейкозе». NEJM . 343 (26): 1910–6. doi : 10.1056/NEJM200012283432602 . PMID  11136261.
  41. ^ Эрве Аве-Луазо; Ченг Ли; Флоренс Магранжеас; Вильфрид Гуро; Кэтрин Шарбоннель; Жан-Люк Аруссо; Мишель Атталь; Джеральд Марит; Клэр Матио; Тьерри Факон; Филипп Моро; Кеннет К. Андерсон; Лоик Кэмпион; Никхил К. Мунши; Стефан Минвель (сентябрь 2009 г.). «Прогностическое значение изменений количества копий при множественной миеломе». Журнал клинической онкологии . 27 (27): 4585–90. дои : 10.1200/JCO.2008.20.6136. ПМК 2754906 . ПМИД  19687334. 
  42. ^ Pfister S; Remke M; Benner A; Mendrzyk F; Toedt G; Felsberg J; Wittmann A; Devens F; Gerber NU; Joos S; Kulozik A; Reifenberger G; Rutkowski S; Wiestler OD; Radlwimmer B; Scheurlen W; Lichter P; Korshunov A (апрель 2009 г.). «Прогнозирование исхода детской медуллобластомы на основе аберраций числа копий ДНК хромосом 6q и 17q и локусов MYC и MYCN». J Clin Oncol . 27 (10): 1627–1636. doi : 10.1200/JCO.2008.17.9432 . PMID  19255330.
  43. ^ ab Barbashina V, Salazar P, Holland EC, Rosenblum MK, Ladanyi M (1 февраля 2005 г.). «Аллельные потери в 1p36 и 19q13 в глиомах: корреляция с гистологической классификацией, определение минимальной удаленной области размером 150 кб на 1p36 и оценка CAMTA1 как кандидата на ген-супрессор опухолей». Clin. Cancer Res . 11 (3): 1119–28. doi : 10.1158/1078-0432.1119.11.3 . PMID  15709179.
  44. ^ Laigle-Donadey F, Benouaich-Amiel A, Hoang-Xuan K, Sanson M (2005). "[Молекулярная биология олигодендроглиальных опухолей]". Neuro-Chirurgie (на французском). 51 (3–4 Pt 2): 260–8. doi :10.1016/s0028-3770(05)83487-3. PMID  16292170.
  45. ^ Walker C, Haylock B, Husband D и др. (2006). «Клиническое использование генотипа для прогнозирования хемочувствительности при олигодендроглиальных опухолях». Neurology . 66 (11): 1661–7. doi :10.1212/01.wnl.0000218270.12495.9a. PMID  16769937. S2CID  39812093.
  46. ^ Jenkins RB, Blair H, Ballman KV и др. (октябрь 2006 г.). «A t(1;19)(q10;p10) опосредует комбинированные делеции 1p и 19q и предсказывает лучший прогноз у пациентов с олигодендроглиомой». Cancer Res . 66 (20): 9852–61. doi : 10.1158/0008-5472.CAN-06-1796 . PMID  17047046.
  47. ^ Ohgaki H, Eibl RH, Wiestler OD, Yasargil MG, Newcomb EW, Kleihues P (15 ноября 1991 г.). "мутации p53 в неастроцитарном человеческом мозге". Cancer Res . 51 (22): 6202–5. PMID  1933879.
  48. ^ Ducray F, Idbaih A, de Reyniès A, et al. (2008). «Анапластические олигодендроглиомы с коделецией 1p19q имеют пронейральный профиль экспрессии генов». Mol. Cancer . 7 (1): 41. doi : 10.1186/1476-4598-7-41 . PMC 2415112 . PMID  18492260. 
  49. ^ Dong Yin; Seishi Ogawa; Norihiko Kawamata; Patrizia Tunici; Gaetano Finocchiaro; Marica Eoli; Christian Ruckert; Thien Huynh; Gentao Liu; Motohiro Kato; Masashi Sanada; Anna Jauch; Martin Dugas; Keith L. Black; H. Phillip Koeffler (май 2009 г.). "Высокоразрешающее геномное профилирование числа копий глиобластомы мультиформной с помощью ДНК-микрочипа с полиморфизмом одного нуклеотида". Mol Cancer Res . 7 (5): 665–77. doi : 10.1158/1541-7786.MCR-08-0270 . PMID  19435819.
  50. ^ Цитогенетика рака, 3-е изд., Глава 19, Опухоли нервной системы, Wiley Blackwell 2009.
  51. ^ Опухоли центральной нервной системы. Том 7. Вашингтон, округ Колумбия: Американский реестр патологии; 2007
  52. ^ Moorman A, Harrison C, Buck G, Richards S, Secker-Walker L, Martineau M, Vance G, Cherry A, Higgins R, Fielding A, Foroni L, Paietta E, Tallman M, Litzow M, Wiernik P, Rowe J, Goldstone A, Dewald G (2007). «Кариотип является независимым прогностическим фактором при остром лимфобластном лейкозе у взрослых (ОЛЛ): анализ цитогенетических данных пациентов, лечившихся в исследовании Medical Research Council (MRC) UKALLXII/Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) 2993». Blood . 109 (8): 3189–97. doi : 10.1182/blood-2006-10-051912 . PMID  17170120. S2CID  1038016.
  53. ^ Kawamata N; Ogawa S; Zimmermann M; Kato M; Sanada M; Hemminki K; Yamatomo G; Nannya Y; Koehler R; Flohr T; Miller CW; Harbott J; Ludwig WD; Stanulla M; Schrappe M; Bartram CR; Koeffler HP (январь 2008 г.). «Молекулярное аллелокариотипирование детских острых лимфобластных лейкозов с помощью высокоразрешающего олигонуклеотидного геномного микрочипа полиморфизма одного нуклеотида». Blood . 111 (2): 776–84. doi :10.1182/blood-2007-05-088310. PMC 2200831 . PMID  17890455. 
  54. ^ Bungaro S; Dell'Orto MC; Zangrando A; Basso D; Gorletta T; Lo Nigro L; Leszl A; Young BD; Basso G; Bicciato S; Biondi A; te Kronnie G; Cazzaniga G (январь 2009 г.). «Интеграция геномных и генных данных по экспрессии детского ОЛЛ без известных аберраций выявляет подгруппы со специфическими генетическими признаками». Гены Хромосомы Рак . 48 (1): 22–38. doi : 10.1002/gcc.20616 . PMID  18803328.
  55. ^ Sulong S; Moorman AV; Irving JA; Strefford JC; Konn ZJ; Case MC; Minto L; Barber KE; Parker H; Wright SL; Stewart AR; Bailey S; Bown NP; Hall AG; Harrison CJ (январь 2009 г.). «Комплексный анализ гена CDKN2A при остром лимфобластном лейкозе у детей выявляет геномную делецию, нейтральную потерю гетерозиготности по числу копий и связь со специфическими цитогенетическими подгруппами». Blood . 113 (1): 100–7. doi : 10.1182/blood-2008-07-166801 . PMID  18838613. S2CID  206872587.
  56. ^ Den Boer ML, van Slegtenhorst M, De Menezes RX и др. (январь 2009 г.). «Подтип острого лимфобластного лейкоза у детей с плохим результатом лечения: исследование классификации по всему геному». Lancet Oncol . 10 (2): 125–34. doi :10.1016/S1470-2045(08)70339-5. PMC 2707020. PMID  19138562 . 
  57. ^ Хассе Д. (2008). «Цитогенетические особенности миелодиспластических синдромов». Ann Hematol . 87 (7): 515–526. doi :10.1007/s00277-008-0483-y. PMC 2413090. PMID 18414863  . 
  58. ^ Классификация опухолей кроветворной и лимфоидной тканей ВОЗ, под редакцией Свердлова С.Х. и др. IARC Press, 2008, Лион.
  59. ^ Makishima H; Rataul M; Gondek LP; Huh J; Cook JR; Theil KS; Sekeres MA; Kuczkowski E; O'Keefe C; Maciejewski JP (2010). "FISH и кариотипирование SNP-A при миелодиспластических синдромах: улучшение цитогенетического обнаружения del (5q), моносомии 7, del (7q), трисомии 8 и del (20q)". Leuk Res . 34 (4): 447–453. doi :10.1016/j.leukres.2009.08.023. PMC 2826525. PMID 19758696  . 
  60. ^ Санада и др. «Усиление функции мутировавшего супрессора опухолей C-CBL при миелоидных новообразованиях». Nature 13 августа 2009 г.; 460, 904–909.
  61. ^ Gondek LP, Tiu R, O'Keefe CL, Sekeres MA, Theil KS, MacIejewski JP (2008). «Хромосомные поражения и однородительская дисомия, обнаруженные с помощью массивов SNP при МДС, МДС/МПЗ и ОМЛ, вызванном МДС». Blood . 111 (3): 1534–42. doi :10.1182/blood-2007-05-092304. PMC 2214746 . PMID  17954704. 
  62. ^ Thoennissen NH; Krug UO; Lee DH; Kawamata N; Iwanski GB; Lasho T; Weiss T; Nowak D; Koren-Michowitz M; Kato M; Sanada M; Shih LY; Nagler A; Raynaud SD; Müller-Tidow C; Mesa R; Haferlach T; Gilliland DG; Tefferi A; Ogawa S; Koeffler HP (апрель 2010 г.). «Распространенность и прогностическое влияние аллельных дисбалансов, связанных с лейкемической трансформацией миелопролиферативных новообразований с отрицательной хромосомой в Филадельфии». Blood . 115 (14): 2882–2890. doi :10.1182/blood-2009-07-235119. PMC 2854432 . PMID  20068225. 
  63. ^ ab Lenz HJ, «Установленные биомаркеры колоректальной карциномы», Образовательная книга Американского общества клинической онкологии, 2009, стр. 215–219.
  64. ^ abc Jackson EM; Sievert AJ; Gai X; Hakonarson H; Judkins AR; Tooke L; Perin JC; Xie H; Shaikh TH; Biegel JA (2009). «Геномный анализ с использованием массивов олигонуклеотидов высокой плотности на основе полиморфизма отдельных нуклеотидов и мультиплексной амплификации зондов, зависящей от лигирования, обеспечивает комплексный анализ INI1/SMARCB1 в злокачественных рабдоидных опухолях». Clin Cancer Res . 15 (6): 1923–1930. doi :10.1158/1078-0432.CCR-08-2091. PMC 2668138. PMID  19276269 . 
  65. ^ Prescher G, Bornfeld N, Hirche H, Horsthemke B, Jöckel KH, Becher R (1996). «Прогностические последствия моносомии 3 при увеальной меланоме». Lancet . 347 (9010): 1222–1225. doi :10.1016/S0140-6736(96)90736-9. PMID  8622452. S2CID  44328116.
  66. ^ Damato BE, Dopierala J, Klaasen A, van Dijk M, Sibbring J, Coupland S (2009). «Мультиплексная лигирующая зависимая амплификация зонда увеальной меланомы: корреляция с метастатической смертью» (PDF) . Invest Ophthalmol Vis Sci . 50 (7): 3048–55. doi :10.1167/iovs.08-3165. hdl : 11370/b69b62d5-b7c2-4afb-9fb2-60c6f71d4906 . PMID  19182252.
  67. ^ White VA, McNeil BK, Horsman DE (1998). «Приобретенная гомозиготность (изодисомия) хромосомы 3 при увеальной меланоме». Cancer Genet Cytogenet . 102 (1): 40–45. doi :10.1016/S0165-4608(97)00290-2. PMID  9530338.
  68. ^ Onken MD, Worley LA, Person E, Char DH, Bowcock AM, Harbour JW (2007). «Потеря гетерозиготности хромосомы 3, обнаруженная с помощью полиморфизмов отдельных нуклеотидов, превосходит моносомию 3 для прогнозирования метастазов при увеальной меланоме». Clin Cancer Res . 13 (10): 2923–2937. doi : 10.1158/1078-0432.CCR-06-2383 . PMID  17504992.
  69. ^ Ямамото Г.; Нэння И.; Като М.; Санада М.; Левин Р.Л.; Кавамата Н.; Хангаиси А.; Курокава М.; Чиба С.; Джиллиланд Д.Г.; Кёффлер Х.П.; Огава С. (июль 2007 г.). «Высокочувствительный метод для обнаружения аллельного состава по всему геному в непарных первичных образцах опухолей с использованием генотипирующих микрочипов однонуклеотидного полиморфизма affymetrix». Am J Hum Genet . 81 (1): 114–26. doi :10.1086/518809. PMC 1950910. PMID  17564968 .