Генный драйв — это естественный процесс [1] и технология генной инженерии , которая распространяет определенный набор генов по всей популяции [2] путем изменения вероятности передачи определенного аллеля потомству (вместо менделевской 50% вероятности). Генный драйв может возникать посредством различных механизмов. [3] [4] Они были предложены для обеспечения эффективного средства генетической модификации определенных популяций и целых видов.
Этот метод может включать добавление, удаление, разрушение или модификацию генов. [5] [6]
Предлагаемые области применения включают уничтожение насекомых, являющихся переносчиками патогенов (в частности, комаров, которые передают возбудителей малярии , лихорадки денге и вируса Зика ), контроль инвазивных видов или устранение устойчивости к гербицидам или пестицидам . [7] [5] [8] [9]
Как и любая потенциально мощная техника, генные драйвы могут быть использованы не по назначению различными способами или вызвать непреднамеренные последствия . Например, генный драйв, предназначенный для воздействия только на местную популяцию, может распространиться на весь вид. Генные драйвы, которые уничтожают популяции инвазивных видов в их неродных местообитаниях, могут иметь последствия для популяции вида в целом, даже в его родной среде обитания. Любое случайное возвращение особей вида в его первоначальные местообитания посредством естественной миграции, нарушения окружающей среды (штормы, наводнения и т. д.), случайной перевозки людей или преднамеренного перемещения может непреднамеренно привести вид к вымиранию, если перемещенные особи несут вредные генные драйвы. [10]
Генные драйвы могут быть построены из многих естественных эгоистичных генетических элементов , которые используют различные молекулярные механизмы. [3] Эти естественные механизмы вызывают схожие нарушения сегрегации в дикой природе, возникающие, когда аллели развивают молекулярные механизмы, которые дают им шанс передачи, превышающий нормальные 50%.
Большинство генных драйвов были разработаны на насекомых, в частности комарах, как способ контроля патогенов, переносимых насекомыми. Недавние разработки спроектировали генные драйвы непосредственно на вирусах, в частности, герпесвирусах . Эти вирусные генные драйвы могут распространять модификацию в популяции вирусов и направлены на снижение инфекционности вируса. [11] [12]
У видов, размножающихся половым путем , большинство генов присутствуют в двух копиях (которые могут быть одинаковыми или разными аллелями ), каждая из которых имеет 50% шанс передачи потомку. Смещая наследование определенных измененных генов, синтетические генные драйвы могли бы более эффективно распространять изменения в популяции. [5] [6]
Обычно ученые вставляют генный драйв в ДНК организма вместе с механизмом CRISPR-Cas9. Когда модифицированный организм спаривается и его ДНК смешивается с ДНК его партнера, инструмент CRISPR-Cas9 разрезает ДНК партнера в том же месте, где генный драйв находится в первом организме. Клетка восстанавливает разрезанную ДНК, копируя генный драйв из первого организма в соответствующее место в ДНК потомка. Это означает, что обе копии гена (по одной от каждого родителя) теперь содержат генный драйв.
На молекулярном уровне эндонуклеазный генный привод работает путем разрезания хромосомы в определенном месте, которое не кодирует привод, побуждая клетку восстанавливать повреждение путем копирования последовательности привода на поврежденную хромосому. Затем клетка имеет две копии последовательности привода. Метод происходит от методов редактирования генома и опирается на гомологичную рекомбинацию . Для достижения такого поведения эндонуклеазные генные приводы состоят из двух вложенных элементов:
В результате вставка генного драйва в геном будет происходить повторно в каждом организме, который наследует одну копию модификации и одну копию гена дикого типа. Если генный драйв уже присутствует в яйцеклетке (например, получен от одного родителя), все гаметы особи будут нести генный драйв (вместо 50% в случае нормального гена). [5]
Поскольку частота его проявления не может быть более чем удвоена с каждым поколением, генный драйв, введенный в одну особь, обычно требует десятков поколений, чтобы повлиять на значительную часть популяции. В качестве альтернативы, выпуск организмов, содержащих драйв, в достаточном количестве может повлиять на остальных в течение нескольких поколений; например, если ввести его в каждую тысячную особь, потребуется всего 12–15 поколений, чтобы он появился у всех особей. [16] Будет ли генный драйв в конечном итоге зафиксирован в популяции и с какой скоростью, зависит от его влияния на индивидуальную приспособленность, от скорости конверсии аллелей и от структуры популяции. В хорошо смешанной популяции и с реалистичными частотами конверсии аллелей (≈90%) популяционная генетика предсказывает, что генный драйв фиксируется для коэффициента отбора меньше 0,3; [16] другими словами, генный драйв можно использовать для распространения модификаций, пока репродуктивный успех не снизится более чем на 30%. Это контрастирует с обычными генами, которые могут распространяться в больших популяциях, только если они повышают приспособленность.
Поскольку стратегия обычно основана на одновременном присутствии немодифицированного и аллеля генного драйва в одном и том же ядре клетки , обычно предполагалось, что генный драйв может быть сконструирован только в организмах, размножающихся половым путем, за исключением бактерий и вирусов . Однако во время вирусной инфекции вирусы могут накапливать сотни или тысячи копий генома в инфицированных клетках. Клетки часто коинфицируются несколькими вирионами, и рекомбинация между вирусными геномами является хорошо известным и широко распространенным источником разнообразия для многих вирусов. В частности, герпесвирусы являются ядерно-реплицирующимися ДНК-вирусами с большими двухцепочечными геномами ДНК и часто подвергаются гомологичной рекомбинации во время цикла репликации.
Эти свойства позволили разработать стратегию генного драйва, которая не включает половое размножение, а вместо этого полагается на коинфекцию данной клетки естественным и сконструированным вирусом. При коинфекции немодифицированный геном разрезается и восстанавливается путем гомологичной рекомбинации, производя новые вирусы генного драйва, которые могут постепенно заменять естественную популяцию. В экспериментах с культурой клеток было показано, что вирусный генный драйв может распространяться в вирусную популяцию и сильно снижать инфекционность вируса, что открывает новые терапевтические стратегии против герпесвирусов. [11]
Поскольку генные драйвы распространяются путем замены других аллелей, содержащих сайт разрезания и соответствующие гомологии, их применение в основном ограничивалось видами, размножающимися половым путем (потому что они диплоидны или полиплоидны , а аллели смешиваются в каждом поколении). В качестве побочного эффекта инбридинг в принципе может быть механизмом спасения, но степень, в которой это может произойти на практике, трудно оценить. [17]
Из-за количества поколений, необходимых для того, чтобы генный драйв повлиял на всю популяцию, время до универсальности варьируется в зависимости от репродуктивного цикла каждого вида: для некоторых беспозвоночных это может занять менее года, но для организмов с многолетними интервалами между рождением и половой зрелостью , таких как люди, это может занять столетия. [18] Поэтому эта технология наиболее применима для быстро размножающихся видов.
Эффективность в реальной практике варьируется в зависимости от методики, особенно в зависимости от выбора промотора зародышевой линии . Лин и Поттер 2016 (a) раскрывают технологию промотора с помощью гомологии CRISPR knockin (HACK), а Лин и Поттер 2016 (b) демонстрируют ее фактическое использование, достигая высокой доли измененного потомства от каждой измененной матери Drosophila . [19]
Вопросы, выделенные исследователями, включают в себя: [20]
Институт Брода Массачусетского технологического института и Гарварда добавил генные драйвы в список видов использования технологии редактирования генов, которые, по его мнению, компаниям не следует использовать. [21] [ необходим лучший источник ]
Генные драйвы влияют на все будущие поколения и представляют собой возможность более значительных изменений в живом виде, чем это было возможно ранее. [22]
В декабре 2015 года ученые крупнейших мировых академий призвали к мораторию на наследственные изменения генома человека , которые могут повлиять на зародышевую линию, включая те, которые связаны с технологиями CRISPR-Cas9, [23] , но поддержали продолжение фундаментальных исследований и редактирования генов, которые не повлияют на будущие поколения. [24] В феврале 2016 года британские ученые получили разрешение от регулирующих органов на генетическую модификацию человеческих эмбрионов с использованием CRISPR-Cas9 и связанных с ним методов при условии, что эмбрионы будут уничтожены в течение семи дней. [25] [26] В июне 2016 года Национальная академия наук, инженерии и медицины США опубликовала отчет о своих «Рекомендациях по ответственному поведению» генных драйвов. [27]
Исследования математического моделирования 2018 года показывают, что, несмотря на уже существующую и развивающуюся устойчивость к генному драйву (вызванную мутациями в месте разреза), даже неэффективный генный драйв CRISPR «типа изменения» может достичь фиксации в небольших популяциях. При небольшом, но ненулевом количестве генного потока среди многих местных популяций генный драйв может выходить из-под контроля и преобразовывать также и внешние популяции. [28]
Кевин М. Эсвельт заявил, что необходим открытый разговор о безопасности генных драйвов: «По нашему мнению, разумно предположить, что инвазивные и самораспространяющиеся системы генных драйвов, вероятно, распространятся на каждую популяцию целевых видов по всему миру. Соответственно, их следует создавать только для борьбы с настоящими бедствиями, такими как малярия, для которой у нас мало адекватных контрмер и которые предлагают реалистичный путь к международному соглашению для развертывания среди всех затронутых стран». [29] Он перешел к открытой модели для своего собственного исследования по использованию генных драйвов для искоренения болезни Лайма в Нантакете и Мартас-Винъярде . [30] Эсвельт и его коллеги предположили, что CRISPR можно использовать для спасения находящихся под угрозой исчезновения диких животных. Позже Эсвельт отказался от своей поддержки этой идеи, за исключением крайне опасных популяций, таких как комары, переносящие малярию, и изолированных островов, которые не позволят драйву распространиться за пределы целевой области. [31]
Остин Берт, эволюционный генетик из Имперского колледжа Лондона , в 2003 году представил возможность проведения генных драйвов на основе естественных самонаводящихся эндонуклеазных эгоистичных генетических элементов. [6]
Исследователи уже показали, что такие гены могут действовать эгоистично , быстро распространяясь в течение последующих поколений. Берт предположил, что генные драйвы могут быть использованы для предотвращения передачи популяции комаров паразита малярии или для уничтожения популяции комаров. Генные драйвы, основанные на самонаводящихся эндонуклеазах, были продемонстрированы в лабораторных условиях на трансгенных популяциях комаров [32] и плодовых мушек. [33] [34] Однако самонаводящиеся эндонуклеазы являются последовательности-специфичными. Изменение их специфичности для нацеливания на другие интересующие последовательности остается серьезной проблемой. [3] Возможные применения генного драйва оставались ограниченными до открытия CRISPR и связанных с ними РНК-управляемых эндонуклеаз, таких как Cas9 и Cas12a .
В июне 2014 года Специальная программа Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) по исследованиям и подготовке кадров в области тропических болезней [35] выпустила руководящие принципы [36] по оценке генетически модифицированных комаров. В 2013 году Европейское агентство по безопасности пищевых продуктов выпустило протокол [37] для оценки воздействия на окружающую среду всех генетически модифицированных организмов .
Target Malaria , проект, финансируемый Фондом Билла и Мелинды Гейтс , инвестировал 75 миллионов долларов в технологию генного драйва. Первоначально фонд предполагал, что технология будет готова к полевому использованию к 2029 году где-то в Африке. Однако в 2016 году Гейтс изменил эту оценку на некоторое время в течение следующих двух лет. [38] В декабре 2017 года документы, опубликованные в соответствии с Законом о свободе информации, показали, что DARPA инвестировала 100 миллионов долларов в исследования генного драйва. [39]
Ученые разработали множество стратегий для сохранения контроля над генными драйвами. [ необходима цитата ]
В 2020 году исследователи сообщили о разработке двух активных направляющих РНК -элементов, которые, согласно их исследованию, могут позволить остановить или удалить генные драйвы, введенные в популяции в дикой природе с помощью редактирования генов CRISPR-Cas9 . Старший автор статьи предупреждает, что две нейтрализующие системы, которые они продемонстрировали в испытаниях в клетках, «не следует использовать с ложным чувством безопасности для генных драйвов, реализуемых в полевых условиях». [40] [41]
Если устранение не является необходимым, может быть желательно намеренно сохранить целевую популяцию на более низком уровне, используя менее жесткую технологию генного драйва. Это работает путем поддержания полудефектной популяции в течение неопределенного времени в целевой области, тем самым вытесняя потенциальные близлежащие дикие популяции, которые в противном случае вернулись бы, чтобы заполнить пустоту. [42]
CRISPR [43] является ведущим методом генной инженерии . [44] В 2014 году Эсвельт и его коллеги впервые предположили, что CRISPR/Cas9 может быть использован для создания генных драйвов. [5] В 2015 году исследователи сообщили об успешной разработке генных драйвов на основе CRISPR у сахаромицетов [45] , дрозофил [46] и комаров . [47] [48] Они сообщили об эффективном искажении наследования в последовательных поколениях, причем одно исследование продемонстрировало распространение гена в лабораторных популяциях. [48] Ожидалось, что аллели , устойчивые к драйву, возникнут для каждого из описанных генных драйвов; однако это можно было отсрочить или предотвратить, нацелившись на высококонсервативные сайты, в которых, как ожидалось, устойчивость будет иметь серьезные издержки приспособленности.
Благодаря гибкости нацеливания CRISPR, теоретически генные приводы могут быть использованы для проектирования практически любого признака. В отличие от предыдущих подходов, их можно было бы адаптировать для блокировки эволюции сопротивления приводу путем нацеливания на несколько последовательностей. CRISPR также мог бы обеспечить архитектуры генных приводов, которые контролируют, а не уничтожают популяции. [ необходима цитата ]
В 2022 году t-CRISPR был использован для передачи гена «гаплотипа t» примерно 95% потомства. Подход распространяет дефектные копии гена женской фертильности потомству, делая их бесплодными. Исследователи сообщили, что их модели предполагали, что добавление 256 измененных животных на остров с популяцией 200 000 мышей уничтожит популяцию примерно за 25 лет. Традиционные подходы с использованием яда и ловушек не были нужны. [49]
Генные драйвы имеют два основных класса применения, которые имеют различные по значимости последствия:
Из-за их беспрецедентного потенциального риска были предложены и протестированы защитные механизмы. [45] [50]
Одним из возможных применений является генетическая модификация комаров , мышей и других переносчиков болезней, чтобы они не могли передавать такие заболевания, как малярия и лихорадка денге в случае комаров, и клещевые заболевания в случае мышей. [51] Исследователи утверждают, что, применив эту технологию к 1% дикой популяции комаров, они могли бы искоренить малярию в течение года. [52]
Генный драйв может быть использован для устранения инвазивных видов и, например, был предложен в качестве способа устранения инвазивных видов в Новой Зеландии . [53] Генные драйвы для целей сохранения биоразнообразия изучаются в рамках программы Генетического биоконтроля инвазивных грызунов (GBIRd), поскольку они предлагают потенциал для снижения риска для нецелевых видов и снижения затрат по сравнению с традиционными методами удаления инвазивных видов. Учитывая риски такого подхода, описанные ниже, партнерство GBIRd привержено преднамеренному, поэтапному процессу, который будет осуществляться только при общественном согласовании, как рекомендовано ведущими мировыми исследователями генного драйва из Австралийской и Национальной академии наук США и многими другими. [54] Существует более широкая сеть охвата для исследований генного драйва, чтобы повысить осведомленность о ценности исследований генного драйва для общественного блага. [55]
Некоторые ученые обеспокоены этой технологией, опасаясь, что она может распространиться и уничтожить виды в родной среде обитания. [56] Ген может мутировать, что может привести к непредвиденным проблемам (как и любой ген). [57] Многие неместные виды могут скрещиваться с местными видами, так что генный драйв, поражающий неместное растение или животное, которое скрещивается с местным видом, может обречь местный вид на гибель. Многие неместные виды так хорошо прижились в новой среде, что сельскохозяйственные культуры и/или местные виды приспособились зависеть от них. [58]
Проект Predator Free 2050 — это программа правительства Новой Зеландии по уничтожению восьми инвазивных видов млекопитающих-хищников (включая крыс, короткохвостых ласок и опоссумов) в стране к 2050 году. [59] [60] Проект был впервые анонсирован в 2016 году премьер-министром Новой Зеландии Джоном Ки , а в январе 2017 года было объявлено, что в рамках проекта будет рассмотрен генный драйв, но это еще не было реализовано. [60] В 2017 году одна группа в Австралии и другая в Техасе опубликовали предварительные исследования по созданию «бесдочерних мышей» с использованием генного драйва у млекопитающих. [61]
В 2017 году ученые Калифорнийского университета в Риверсайде разработали генный привод для борьбы с инвазивной пятнистокрылой дрозофилой , типом плодовой мухи, произрастающей в Азии, которая обходится калифорнийским вишневым фермам в 700 миллионов долларов в год из-за острого, как бритва, яйцеклада на ее хвосте, который уничтожает безупречные плоды. Основная альтернативная стратегия контроля включает использование инсектицидов , называемых пиретроидами , которые убивают почти всех насекомых, с которыми контактируют. [21]
Трансгуманистический философ Дэвид Пирс выступал за использование генных драйвов на основе CRISPR для уменьшения страданий диких животных . [62] Кевин М. Эсвельт , американский биолог, который помог разработать технологию генных драйвов, утверждал, что существует моральное обоснование для уничтожения мясной мухи Нового Света с помощью таких технологий из-за огромных страданий, которые испытывают зараженные дикие животные, когда их едят заживо. [63]