Химерные нуклеазы являются примером сконструированных белков , которые должны включать домен связывания ДНК для обеспечения специфичности последовательности и домен нуклеазы для расщепления ДНК .
Домены связывания ДНК, включая основные мотивы спираль-петля-спираль , цинковый палец , спираль-поворот-спираль и лейциновая молния , использовались при построении специфичных для последовательности нуклеаз. Из них цинковые пальцы были предложены как наиболее важные из-за их модульности, что позволяет конструировать индивидуальный домен связывания ДНК. [1]
Нуклеазный домен отвечает за физическое расщепление цепей ДНК и может вносить как одноцепочечные, так и двухцепочечные разрывы. FokI является примером специфической к последовательности эндонуклеазы, неспецифический нуклеазный домен которой вносит двухцепочечные разрывы и использовался в различных экспериментах, включая идентификацию участков связывания с высоким и низким сродством факторов транскрипции in vitro , для изучения набора факторов на участки промотора in vivo с использованием идентификации положения белка с помощью анализа хвоста нуклеазы и для изучения белков, специфичных для взаимодействия с ДНК в конформации Z-ДНК (Durai et al., 2005 и ссылки в нем).