Наука в открытой тетради

Наука с открытыми блокнотами — это практика размещения всей первичной записи исследовательского проекта в публичном доступе в Интернете по мере ее записи. Это предполагает размещение личного или лабораторного блокнота исследователя в Интернете вместе со всеми необработанными и обработанными данными, а также любыми связанными с ними материалами по мере их создания. Этот подход можно охарактеризовать лозунгом «никакой инсайдерской информации». Это логический крайний вариант прозрачных подходов к исследованиям, который явно включает в себя предоставление доступа к неудачным, менее значимым и неопубликованным экспериментам; так называемые «темные данные». ^[1] Практика открытых тетрадей, хотя и не является нормой в академическом сообществе, в последнее время привлекла значительное внимание в исследовательских ^{[2] [3]} и общих ^{[1] [4]} средствах массовой информации как часть общей тенденции к более открытые подходы в исследовательской практике и издательской деятельности. Таким образом, науку об открытых блокнотах можно охарактеризовать как часть более широкого движения за открытую науку , которое включает пропаганду и принятие публикаций в открытом доступе , открытых данных , краудсорсинга данных и гражданской науки . Частично он вдохновлен успехом программного обеспечения с открытым исходным кодом ^[5] и опирается на многие его идеи.

История

Термин «наука с открытой тетрадью» ^[6] впервые был использован в 2006 году в блоге Жан-Клода Брэдли , в то время доцента химии в Университете Дрекселя . Брэдли описал науку с открытой тетрадью следующим образом: ^[7]

... есть URL-адрес лабораторного блокнота, который находится в свободном доступе и индексируется в обычных поисковых системах. Он не обязательно должен выглядеть как бумажный блокнот, но важно, чтобы вся информация, доступная исследователям для формулирования выводов, была в равной степени доступна остальному миру.

—  Жан-Клод Брэдли

Практикующие

Активный

Экспериментальный (в алфавитном порядке по фамилии)

• Алед Эдвардс и его коллеги, Университет Торонто. ^[8]
• Рэйчел Хардинг, ^{[9] [10]} научный сотрудник Консорциума структурной геномики Университета Торонто (SGC) .
  • блог на http://labscribbles.com/
  • Твиттер @labscribbles
  • Зенодо https://zenodo.org/search?f=author&p=Rachel%20Harding&ln=en

«Команда ученых-новаторов из SGC теперь делится своими лабораторными записями в Интернете» . ^{[11] [12] [13]}

• Николас Дж. ЛаСорт, ^[14] научный сотрудник FDA в области беспроводного сосуществования.
• Тамара Маиури ^[15]
  • блог на https://raytruantlab.wordpress.com/
  • Твиттер @tam_maiuri
  • Зенодо https://zenodo.org/search?page=1&size=20&q=maiuri
• Питер Мюррей-Раст , ^[16] Кембридж, Великобритания.
• Энтони Сальваньо, ^[17] доктор философии, директор по образованию #SciFund Challenge.
• Мэтью Х. Тодд, Малярия с открытым исходным кодом, ^{[18] [19] [20]} Университетский колледж Лондона (Todd Group).
• Открытая тетрадь по науке ^[21]
• Инициатива цифровых ботанических садов (DBGI), доступная по адресу http://www.dbgi.org/dendron-dbgi/.

Теоретический

• Тобиас Дж. Осборн ^[22]
• Карл Беттигер, Теория и компьютерное моделирование в экологии и эволюции. ^{[23] [24]}
• Дрор Бар-Натан ^[25]
• Андрес Г. Саравиа, ^[26] доктор философии по физике. студентка Синвестав-Мериды.
• Дэниел Химмельштейн, возглавлявший Project Rephetio — исследование по перепрофилированию лекарств , в котором использовались GitHub и Thinklab для научных исследований и совместной работы в режиме открытого блокнота в режиме реального времени. ^[27]

В архиве (в алфавитном порядке по фамилии)

• Бригитта Блэк ^[28] ), доктор философии по физике. студент лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико.
• Жан-Клод Брэдли ^[29]
• Иеремия Фейт ^[30]
• Надежда Фернандес-Оропеза, ^[31] Доктор философии в области биомедицинской инженерии. студент лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико.
• Майк Лоуренс
• Линь Ле, ^[32] студентка факультета физики и выпускница лаборатории Коха в Университете Нью-Мексико.
• Энди Мэлони, ^[33] научный сотрудник лаборатории Смита Техасского университета. Кандидат наук. в лаборатории Коха Университета Нью-Мексико (2011 г.) ^{[34] [35]}
• Кэмерон Нейлон ^[36]
• Алехандро Тамайо ^[37]
• Происхождение и эволюция гриппа ^[38]

Периодический (образовательный)

• Младшая физическая лаборатория (307L) Университета Нью-Мексико ^[39]

Частично открытые/псевдооткрытые блокноты

Это инициативы, более открытые, чем традиционные лабораторные тетради, но в них отсутствует ключевой компонент для полной открытой науки. Обычно доступ к записной книжке предоставляется лишь частично или предоставляется со значительной задержкой. ^[40]

• Open Notebook Science Network ^[41] — это сеть блогов WordPress, предназначенная для создания и поддержки индивидуальных/лабораторных блокнотов. По состоянию на январь 2018 года в этой группе насчитывается 126 активных участников. ^[42]
• Протоколпедия позволяет обмениваться и хранить лабораторные протоколы.
• Sci-Mate позволяет пользователям определять права доступа, но может использоваться как инструмент открытого блокнота.
• Винод Скариа ^[43]
• OpenWetWare (вмещает множество лабораторий и позволяет выборочно обмениваться информацией, относящейся к каждой исследовательской группе)
• Калеб Морс ^[44]
• Гас Розания ^[45]
• Энтони Гаррет Лиси ^[46]
• Рози Редфилд, ^[47] микробиолог из Университета Британской Колумбии; все результаты обсуждаются, но сырая экспериментальная тетрадь не выставляется.
• Мартин Джонсон, ^[48] морской химик из Университета Восточной Англии . ^[49]
• Грег Лэнг, ^[50] постдок в лаборатории Дэвида Ботштейна в Принстонском университете. ^[51] – публикуется примерно еженедельно.

Преимущества

В общедоступной лабораторной тетради удобно приводить точные примеры экспериментов, использованных в качестве аргументов в статьях. Например, в статье по оптимизации реакции Уги [ ^{52] [53]} для характеристики используются три разные партии продукта, и каждый спектр относится к конкретному эксперименту, в котором использовалась каждая партия: EXP099, ^[54] EXP203 ^{[ 55]} и EXP206. ^[56] Эта работа была впоследствии опубликована в Журнале визуализированных экспериментов , ^[57] продемонстрировав, что целостность происхождения данных может поддерживаться от лабораторной записной книжки до окончательной публикации в рецензируемом журнале.

Без дополнительных оговорок Open Notebook Science подразумевает, что отчеты об исследованиях публикуются на постоянной основе без необоснованных задержек или фильтров. Это позволяет другим понять, как именно происходят исследования в конкретной области или конкретной исследовательской группе. Такая информация может быть полезна для сотрудников, потенциальных студентов или будущих работодателей. Предоставление доступа к избранным страницам блокнота или введение периода эмбарго не соответствовало бы значению термина «Открытый» в этом контексте. Если не будет сообщено об исправлениях ошибок, неудачных экспериментах и ​​неоднозначных результатах, внешний наблюдатель не сможет точно понять, как ведется наука. Такие термины, как «Псевдо» ^[58] или «Частичный» ^[40], использовались в качестве определителей для обмена информацией из лабораторных журналов выборочно или со значительной задержкой.

Недостатки

Аргументы против внедрения науки с открытыми тетрадями делятся в основном на три категории, которые имеют различное значение в разных областях науки. Основная проблема, выражаемая, в частности, учеными-биологами и медиками, заключается в « краже данных » или «перехвате». Хотя степень, в которой исследовательские группы крадут или адаптируют результаты других, остается предметом споров, безусловно, страх не опубликовать результаты первыми определяет поведение многих людей, особенно в некоторых областях. Это связано с тем, что в этих областях основное внимание уделяется опубликованной рецензируемой статье как основному показателю карьерного успеха.

Второй аргумент, выдвигаемый против науки с открытыми блокнотами, заключается в том, что она представляет собой предварительную публикацию, что делает невозможным патентование и затрудняет публикацию результатов в традиционной рецензируемой литературе. Что касается патентов, публикация в Интернете однозначно классифицируется как раскрытие . Таким образом, хотя могут быть споры о ценности патентов и подходах, позволяющих обойти эту проблему, ясно, что наука с открытыми блокнотами не подходит для исследований, для которых патентная защита является ожидаемым и желаемым результатом. Что касается публикаций в рецензируемой литературе, ситуация менее однозначна. Большинство издателей научных журналов принимают материалы, ранее представленные на конференции или в виде препринта. Те издатели, которые принимают материалы, которые ранее были опубликованы в этих формах, обычно неофициально указали, что публикация данных в Интернете, в том числе в открытых блокнотах, попадает в эту категорию. Проекты открытых блокнотов были успешно опубликованы в рецензируемых журналах с высоким импакт-фактором ^{[59] [60]} , но это не было проверено на широком круге издателей. Следует ожидать, что те издатели, которые явно исключают эти формы предварительной публикации, не будут принимать материалы, ранее раскрытые в открытом блокноте.

Третий аргумент, выдвигаемый против науки с открытыми блокнотами, заключается в том, что она подрывает независимость конкурирующих исследований и, следовательно, может привести к отсутствию важной независимой проверки результатов. Это не то же самое, что сбор данных, а гораздо более тонкая возможность позволить данным, которые развиваются одновременно, влиять друг на друга. В традиционной науке крупные экспериментальные коллаборации часто устанавливают правила брандмауэра, предотвращающие общение между членами конкурирующих коллабораций, чтобы предотвратить не только утечку данных, но и повлиять на методологию анализа данных.

Последний аргумент относится к проблеме «потока данных». Если текущий объем рецензируемой литературы слишком велик для того, чтобы с ним мог справиться один человек, то как можно ожидать, что кто-то справится с огромным количеством нерецензируемого материала, который потенциально может быть доступен, особенно когда некоторые, возможно, большинство , будет низкого качества? Связанный с этим аргумент заключается в том, что «мой блокнот слишком специфичен», чтобы он мог представлять интерес для кого-либо еще. Вопрос о том, как найти высококачественный и актуальный материал, является смежным вопросом. Проблема курирования и проверки данных и методологического качества является серьезной проблемой, которая, возможно, имеет значение за пределами науки с открытыми блокнотами, но здесь представляет собой особую проблему.

Финансирование и спонсорство

Проект Open Notebook Science Challenge , ^[61] который теперь направлен на отчетность об измерениях растворимости в неводных растворителях, получил спонсорскую поддержку от компаний Submeta, ^[62] Nature ^[63] и Sigma-Aldrich . ^[64] Первой из десяти победителей конкурса за декабрь 2008 года стала Дженни Хейл. ^[65]

Логотипы

На блокнотах можно использовать логотипы для обозначения условий обмена. Полностью открытые записные книжки помечаются как «весь контент» и «немедленный» доступ. Частично открытые блокноты могут быть помечены как «выбранное содержимое» и/или «отложенное». ^[66]

Смотрите также

• Открытый доступ (публикация)
• Открытые данные
• Открытое исследование
• Открыть контент
• Открытая наука
• Открытый источник

Рекомендации

1. Освобождение темных данных неудачных научных экспериментов, Гетц, Т., Журнал Wired, 25 сентября 2007 г.
2. Сандерсон, К; Нейлон, К. (сентябрь 2008 г.). «Данные на дисплее». Природа . 455 (7211): 273. дои : 10.1038/455273a. ПМИД  18800097.
3. Сингх, С. (апрель 2008 г.). «Данные на дисплее». Клетка . 133 (2): 201–3. дои : 10.1016/j.cell.2008.04.003 . ПМИД  18423188.
4. Уильямс, А. (2008). «Интернет-инструменты для общения и сотрудничества в области химии». Открытие наркотиков сегодня . 13 (11–12): 502–506. doi :10.1016/j.drudis.2008.03.015. ПМИД  18549976.
5. «Новости химии и техники - На службе химии, наук о жизни и лабораторных исследований» .
6. Брэдли, JC (2007). «Открытая записная книжка с использованием блогов и вики». Предшественники природы . дои : 10.1038/npre.2007.39.1 .
7. Брэдли, Жан-Клод (26 сентября 2006 г.). «Открытая тетрадь науки». Электронное обучение Drexel CoAS .
8. «Открытая наука: исследователи Университета Торонто опубликуют лабораторные заметки в режиме реального времени» . Новости Университета Торонто . Проверено 21 января 2018 г.
9. «Исследователь - открытая книга: первый, кто поделился лабораторными заметками в реальном времени» . 26 февраля 2016 года. Архивировано из оригинала 6 марта 2016 года . Проверено 6 марта 2016 г.
10. Резник, Брайан (3 марта 2016 г.). «Наука слишком скрытна и медленна. Поэтому этот исследователь ведет блог о своей работе». Vox.com . Архивировано из оригинала 4 марта 2016 года . Проверено 6 марта 2016 г.
11. «Экстремальная открытая наука в SGC - команда новаторских ученых из SGC теперь делится своими лабораторными записными книжками в Интернете» . opennotebook.thesgc.org . Проверено 26 января 2018 г.
12. Канал SGC (24 января 2018 г.), Интернет-трансляция: Блокноты Open Lab: экстремальная инициатива открытой науки, 19 января 2018 г. , получено 26 января 2018 г.
13. «О программе - Экстремальная открытая наука в SGC» . opennotebook.thesgc.org . Проверено 26 января 2018 г.
14. "Открытый научный блокнот Николаса Дж. ЛаСорта" .
15. "Тамара Майури". fhs.mcmaster.ca . Проверено 22 января 2018 г.
16. ContentMine (03.11.2015), Лекция 2014 г.: «Наука в открытом блокноте», Питер Мюррей-Раст , получено 21 января 2018 г.
17. "Исследование IheartAnthony".
18. «Малярия с открытым исходным кодом». Архивировано из оригинала 13 марта 2016 года . Проверено 7 мая 2016 г.
19. «Наш эксперимент - малярия с открытым исходным кодом» . Архивировано из оригинала 14 марта 2016 года . Проверено 7 мая 2016 г.
20. Тодд, Мэтью (7 мая 2016 г.). «Открытый исходный код снимает секретность в исследованиях лекарств». Научное шоу (интервью). Беседовала Элис Уильямсон. Австралийская радиовещательная корпорация . Архивировано из оригинала 7 мая 2016 года.
21. "ONSchallenge - список экспериментов" .
22. "Исследовательские заметки Тобиаса Дж. Осборна" .
23. Карл Беттигер. «Лабораторная тетрадь».
24. «Введение в блокнот» .
25. "Дрор Бар-Натан: Академическое Омут памяти" .
26. "Исследовательская машина - Андрес" .
27. Химмельштейн, Дэниел; Лизе, Антуан; Ханханян, Пуя; Брюггеман, Лео; Чен, Сабрина; Хэдли, Декстер; Хесслер, Крисси; Баранзини, Серджио; Грин, Ари (2015). «Rephetio: повторное использование наркотиков в хетнете [проект]». Мысльлаб . дои : 10.15363/thinklab.4 .
28. "Пользователь: Бригитта Д. Блэк/Блокнот/Блокнот Бригитт" .
29. «UsefulChem - Все реакции» .
30. блокнот, архивировано 15 апреля 2008 г.
31. "Пользователь: Надиезда Фернандес-Оропеза/Блокнот/Блокнот" .
32. "Пользователь: Линь Н Ле/Блокнот" .
33. "Энди Мэлони".
34. «Пользователь: Энди Мэлони/Блокнот/Лабораторная тетрадь Энди Мэлони/Содержание/Содержание» .
35. «Пользователь: Энди Мэлони/Предисловие к диссертации» .
36. блокнот
37. Блокнот Fruit Computer Laboratory, блог
38. «Молекулярная эволюция, филогенетика и эпидемиология».
39. "Физика307L".
40. Брэдли, Жан-Клод Комментарий к науке о псевдооткрытой записной книжке? от Квантового Понтифика, 27 июня 2008 г.
41. "Открытая научная сеть ноутбуков" .
42. «Члены». Открытая научная сеть ноутбуков . 18 июля 2014 г. Проверено 26 января 2018 г.
43. «Блокнот, требуется вход в систему» ​​. Архивировано из оригинала 1 ноября 2008 г. Проверено 25 апреля 2020 г.
44. «Пользователь: Cmorse/Notebook/MediaWiki для открытой науки» .
45. блокнот
46. "Дифференциальная геометрия -" .
47. "RRResearch".
48. блокнот)
49. «Выборочный контент, немедленный обмен» . Архивировано из оригинала 28 мая 2012 г. Проверено 26 февраля 2009 г.
50. "Веб-сайт лаборатории Ланг" .
51. «Весь контент, отложенный обмен» . Архивировано из оригинала 28 мая 2012 г. Проверено 26 февраля 2009 г.
52. Брэдли, Жан-Клод; Мирза, Халид; Оуэнс, Кевин; Осборн, Том и Уильямс, Энтони (август 2008 г.). «Оптимизация реакции Уги с использованием параллельного синтеза и автоматизированной обработки жидкостей». Предшественники природы . дои : 10.1038/npre.2008.2237.1 . hdl : 10101/npre.2008.2237.1.
53. "Полезная химия - paper03" .
54. "UsefulChem - EXP099" .
55. "UsefulChem - EXP203" .
56. "UsefulChem - EXP206" .
57. Брэдли, Жан-Клод; Мирза, Халид; Оуэнс, Кевин; Осборн, Том и Уильямс, Энтони (ноябрь 2008 г.). «Оптимизация реакции Уги с использованием параллельного синтеза и автоматизированной обработки жидкостей». Журнал визуализированных экспериментов (21): 942. doi : 10.3791/942. ПМЦ 2762777 . ПМИД  19066532. 
58. Бэкон, Дэвид Псевдо-открытая тетрадь Наука? от Квантового Понтифика, 26 июня 2008 г.
59. Вулфле, Майкл; Зеерден, Жан-Поль; де Гуйер, Джесси; Паувер, Кес; Оллиаро, Пьеро; Тодд, Мэтью Х. (19 сентября 2011 г.). Гири, Тимоти Г. (ред.). «Разрешение Празиквантела». PLOS Забытые тропические болезни . 5 (9): е1260. дои : 10.1371/journal.pntd.0001260 . ПМК 3176743 . ПМИД  21949890. 
60. Вулфле, Майкл; Оллиаро, Пьеро; Тодд, Мэтью Х. (22 сентября 2011 г.). «Открытая наука – это ускоритель исследований». Природная химия . 3 (10): 745–748. Бибкод : 2011NatCh...3..745W. дои : 10.1038/nchem.1149 . ПМИД  21941234.
61. Открытая научная записная книжка
62. «Полезная химия».
63. «Полезная химия».
64. «Полезная химия».
65. «Полезная химия».
66. Страница научных заявлений Open Notebook