ретропозон

Филогенетическое древо сумчатых , полученное на основе данных о ретропозонах ^[1]

Ретропозоны — это повторяющиеся фрагменты ДНК , которые встраиваются в хромосомы после обратной транскрипции с любой молекулы РНК .

Разница между ретропозонами и ретротранспозонами

В отличие от ретротранспозонов , ретропозоны никогда не кодируют обратную транскриптазу (RT) (но см. ниже). Следовательно, они не являются автономными элементами в отношении транспозиционной активности (в отличие от транспозонов ). Ретротранспозоны с недлинными концевыми повторами (LTR), такие как элементы LINE1 человека , иногда ошибочно называют ретропозонами. Впрочем, это зависит от автора. Например, Говард Темин опубликовал следующее определение: Ретропозоны кодируют RT, но лишены длинных концевых повторов (LTR), например длинных вкраплений элементов (LINE). Ретротранспозоны также содержат LTR, а ретровирусы , кроме того, упакованы в виде вирусных частиц (вирионов). Ретропоследовательности представляют собой неавтономные элементы, лишенные RT. Они переставляются с помощью механизмов автономных элементов, таких как ЛИНИИ; примерами являются короткие вкрапленные ядерные элементы (SINE) или ретро(псевдо)гены, полученные из мРНК . ^{[2] [3] [4]}

Дупликации генов

Ретропозиция ответственна за примерно 10 000 событий дупликации генов в геноме человека, из которых примерно 2–10%, вероятно, являются функциональными. ^[5] Такие гены называются ретрогенами и представляют собой определенный тип ретропозонов.

Горизонтальный перенос генов

Классическим событием является ретропозиция сплайсированной молекулы пре-мРНК гена c-Src в провирусном предке вируса саркомы Рауса (РСВ). Ретропозированная пре-мРНК c-src все еще содержала один интрон и в RSV теперь называется геном v-Src . ^[6]

Рекомендации

1. Нильссон, Массачусетс; Чураков Г.; Соммер, М.; и другие. (2010). «Отслеживание эволюции сумчатых с помощью вставок архаичных геномных ретропозонов». ПЛОС Биология . 8 (7): e1000436. дои : 10.1371/journal.pbio.1000436 . ПМК  2910653 . ПМИД  20668664.
2. Темин Х.М. (1989). «Ретроны у бактерий». Природа . 339 (6222): 254–5. Бибкод : 1989Natur.339..254T. дои : 10.1038/339254a0 . PMID  2471077. S2CID  29368479.
3. Макаловский В., Тода Ю. (2007). «Модуляция генов-хозяев мобильными элементами млекопитающих». В Вольф Дж.Н., Шмид М. (ред.). Эволюция генов и белков . Геномная динамика. Том. 3 (3-е изд.). Базель: С. Каргер. п. 166. дои : 10.1159/000107610. ISBN 978-3-8055-8341-1. OCLC  729848415. PMID  18753791.
4. Макаловский В., Готеа В., Панде А., Макаловска I (2019). «Мобильные элементы: классификация, идентификация и их использование как инструмент сравнительной геномики». В Анисимовой М (ред.). Эволюционная геномика . Методы молекулярной биологии. Том. 1910. Клифтон, Нью-Джерси. стр. 185–86. дои : 10.1007/978-1-4939-9074-0_6 . ISBN 978-3-8055-8341-1. OCLC  145014779. PMID  31278665.{{cite book}}: CS1 maint: отсутствует местоположение издателя ( ссылка )
5. Эмерсон Дж. Дж., Кассманн Х., Бетран Э., Лонг М. (январь 2004 г.). «Обширный трафик генов на Х-хромосоме млекопитающих». Наука . 303 (5657): 537–40. Бибкод : 2004Sci...303..537E. дои : 10.1126/science.1090042. PMID  14739461. S2CID  41158232.
6. Суонстрем, Р; Паркер, Р.С.; Вармус, HE; Бишоп, Дж. М. (май 1983 г.). «Трансдукция клеточного онкогена: генезис вируса саркомы Рауса». Труды Национальной академии наук . 80 (9): 2519–2523. Бибкод : 1983PNAS...80.2519S. дои : 10.1073/pnas.80.9.2519 . ПМЦ 393857 . ПМИД  6302692.