Онтология биомедицинских исследований ( OBI ) — это интегрированная онтология открытого доступа для описания биологических и клинических исследований. [1] OBI предоставляет модель для проектирования исследования, используемые протоколы и приборы , используемые материалы , полученные данные и тип анализа , выполняемого на них. Проект разрабатывается как часть OBO Foundry и, как таковой, придерживается всех его принципов, таких как ортогональное покрытие (т. е. четкое разграничение от онтологий других участников Foundry) и использование общего формального языка. В OBI общим формальным языком является Web Ontology Language (OWL). По состоянию на март 2008 года предварительная версия онтологии была доступна в репозитории SVN проекта . [2]
Онтология для биомедицинских исследований (OBI) удовлетворяет потребность в контролируемых словарях для поддержки интеграции и совместного («кросс-омик») анализа экспериментальных данных, потребность, изначально выявленная в области транскриптомики обществом FGED , которое разработало онтологию MGED как ресурс аннотаций для данных микрочипов. Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W, et al. (ноябрь 2007 г.). «The OBO Foundry: скоординированная эволюция онтологий для поддержки интеграции биомедицинских данных». Nature Biotechnology . 25 (11): 1251–5. doi :10.1038/nbt1346. PMC 2814061. PMID 17989687 .OBI использует базовую формальную онтологию [3] верхнего уровня онтологии как средство описания общих сущностей, которые не принадлежат к конкретной проблемной области. Таким образом, все классы OBI являются подклассом некоторого класса BFO.
Областью применения онтологии является моделирование всех биомедицинских исследований, и поэтому она содержит термины онтологии для таких аспектов, как:
Менее «конкретные» аспекты, такие как роль, которую данная сущность может играть в определенном сценарии (например, роль химического соединения в эксперименте), и функция сущности (например, пищеварительная функция желудка по питанию организма), также охватываются онтологией.
Первоначально онтология MGED была определена в области транскриптомики обществом FGED и была разработана для решения задач интеграции данных. После взаимного решения о сотрудничестве эти усилия позже стали более широким сотрудничеством между такими группами, как FGED, PSI и MSI, в ответ на потребности таких областей, как транскриптомика, протеомика и метаболомика , и была создана FuGO (онтология исследований функциональной геномики) [4] . Позже она стала OBI, охватывающей более широкий спектр всех биомедицинских исследований.
Как международная междоменная инициатива, консорциум OBI опирается на пул экспертов из различных областей, не ограничиваясь биологией. Текущий список членов консорциума OBI доступен на веб-сайте консорциума OBI. Консорциум состоит из координационного комитета, который представляет собой комбинацию двух подгрупп: представителя сообщества (представляющих конкретное биомедицинское сообщество) и основных разработчиков (разработчиков онтологии, которые могут быть или не быть членами какого-либо одного сообщества). Отдельно от координационного комитета находится рабочая группа разработчиков, которая состоит из разработчиков в сообществах, сотрудничающих в разработке OBI по усмотрению текущих членов консорциума OBI.