stringtranslate.com

Гетерогенность опухоли

Гетерогенность опухоли описывает наблюдение, согласно которому разные опухолевые клетки могут демонстрировать различные морфологические и фенотипические профили, включая клеточную морфологию, экспрессию генов, метаболизм, подвижность, пролиферацию и метастатический потенциал. [1] Это явление происходит как между опухолями (межопухолевая гетерогенность), так и внутри опухолей (внутриопухолевая гетерогенность). Минимальный уровень внутриопухолевой гетерогенности является простым следствием несовершенства репликации ДНК : всякий раз, когда клетка (нормальная или раковая) делится, возникает несколько мутаций [2] , что приводит к разнообразию популяции раковых клеток. [3] Гетерогенность раковых клеток создает серьезные проблемы при разработке эффективных стратегий лечения . Однако исследования, направленные на понимание и характеристику гетерогенности, могут позволить лучше понять причины и прогрессирование заболевания. В свою очередь, это может способствовать созданию более совершенных стратегий лечения, которые включают знание гетерогенности для достижения более высокой эффективности. [4]

Гетерогенность опухолей наблюдалась при лейкозах , [5] молочной железы , [6] предстательной железы , [7] [8] [9] толстой кишки , [10] [11] [12] головного мозга , [13] пищевода , [14] головы и шеи , [15] мочевого пузыря [16] и гинекологических карцином , [17] липосаркомы , [18] и множественной миеломы . [19]

Модели неоднородности

Существуют две модели, используемые для объяснения гетерогенности опухолевых клеток. Это модель раковых стволовых клеток и модель клональной эволюции . Модели не являются взаимоисключающими, и считается, что они обе в разной степени способствуют гетерогенности разных типов опухолей. [20]

Способность раковых клеток образовывать опухоли в рамках моделей гетерогенности раковых стволовых клеток и клональной эволюции.

Раковые стволовые клетки

Модель раковых стволовых клеток утверждает, что в популяции опухолевых клеток существует лишь небольшая подгруппа клеток, которые являются онкогенными (способными образовывать опухоли). Эти клетки называются раковыми стволовыми клетками ( РСК ) и характеризуются способностью как к самообновлению, так и к дифференцировке в неопухолевое потомство. Модель CSC утверждает, что гетерогенность, наблюдаемая между опухолевыми клетками, является результатом различий в стволовых клетках, из которых они произошли. Вариабельность стволовых клеток часто вызвана эпигенетическими изменениями, но также может быть результатом клональной эволюции популяции РСК, при которой выгодные генетические мутации могут накапливаться в РСК и их потомстве (см. ниже). [20]

Доказательства модели раковых стволовых клеток были продемонстрированы при различных типах опухолей, включая лейкемии , [21] [22] глиобластому , [23] рак молочной железы , [24] и рак простаты . [25]

Однако существование CSC все еще остается предметом дискуссий. Одна из причин этого заключается в том, что маркеры РСК трудно воспроизвести во многих опухолях. Кроме того, в методах определения канцерогенного потенциала используются модели ксенотрансплантатов . Эти способы страдают от присущих им ограничений, таких как необходимость контролировать иммунный ответ у животных, которым трансплантировали трансплантат, и значительная разница в условиях окружающей среды от места первичной опухоли до места ксенотрансплантата ( например , отсутствие необходимых экзогенных молекул или кофакторов). [26] Это вызвало некоторые сомнения в точности результатов РСК и выводов о том, какие клетки обладают канцерогенным потенциалом. [ нужна цитата ]

Клональная эволюция

Модель клональной эволюции была впервые предложена в 1976 году Питером Ноуэллом . [27] В этой модели опухоли возникают из одной мутировавшей клетки, накапливая дополнительные мутации по мере своего развития. Эти изменения приводят к появлению дополнительных субпопуляций, и каждая из этих субпопуляций обладает способностью делиться и мутировать дальше. Эта гетерогенность может привести к появлению субклонов, обладающих эволюционным преимуществом перед другими в опухолевой среде , и эти субклоны со временем могут стать доминантными в опухоли. [28] [29] Когда эта модель была предложена, она позволила понять рост опухоли, неудачу лечения и агрессию опухоли, которая возникает во время естественного процесса образования опухоли. [28]

Разветвленная эволюция с большей вероятностью способствует гетерогенности опухоли.

Эволюция исходной опухолевой клетки может происходить двумя способами:

Линейное расширение

Последовательно упорядоченные мутации накапливаются в генах-драйверах, генах-супрессорах опухолей и ферментах репарации ДНК , что приводит к клональной экспансии опухолевых клеток. Линейное расширение с меньшей вероятностью отражает конечную точку злокачественной опухоли [30] , поскольку накопление мутаций в гетерогенных опухолях является стохастическим.

Разветвленное расширение

Расширение на несколько субклональных популяций происходит за счет механизма расщепления. [28] Этот метод больше связан с гетерогенностью опухоли, чем с линейным расширением. Приобретение мутаций является случайным в результате увеличения геномной нестабильности с каждым последующим поколением. Долгосрочное накопление мутаций может обеспечить селективное преимущество на определенных стадиях прогрессирования опухоли. Микроокружение опухоли также может способствовать распространению опухоли, поскольку оно способно изменять селективное давление, которому подвергаются опухолевые клетки. [30]

Виды и причины неоднородности

Между опухолевыми клетками наблюдаются множественные типы гетерогенности, обусловленные как генетической, так и негенетической изменчивостью. [31]

Генетическая гетерогенность

Генетическая гетерогенность является общей чертой опухолевых геномов и может возникать из нескольких источников. Некоторые виды рака возникают, когда экзогенные факторы вызывают мутации, такие как ультрафиолетовое излучение (рак кожи) и табак (рак легких). Более распространенным источником является геномная нестабильность, которая часто возникает, когда в клетках нарушаются ключевые регуляторные пути. Некоторые примеры включают нарушения механизмов репарации ДНК , которые могут привести к увеличению количества ошибок репликации, а также дефекты в механизме митоза , которые приводят к крупномасштабному увеличению или потере целых хромосом . [32] Кроме того, некоторые методы лечения рака ( например , лечение темозоломидом и другими химиотерапевтическими препаратами) могут дополнительно увеличить генетическую изменчивость . [33] [34]

Мутационная гетерогенность опухоли относится к вариациям частоты мутаций в разных генах и образцах и может быть изучена MutSig, заархивировано 3 октября 2017 г. на Wayback Machine . Этиология мутационных процессов может существенно варьировать в образцах опухолей одного и того же или разных типов рака и проявляться в различных контекстно-зависимых мутационных профилях. Его можно исследовать с помощью мутационных сигнатур COSMIC или MutaGene.

Другая неоднородность

Опухолевые клетки также могут демонстрировать гетерогенность профилей экспрессии. Это часто вызвано лежащими в основе эпигенетическими изменениями. [31] Вариации в характеристиках экспрессии были обнаружены в различных областях образцов опухолей у человека. Исследователи показали, что конвергентные мутации, затрагивающие метилтрансферазу H3K36 SETD2 и деметилазу гистона H3K4 KDM5C , возникают в пространственно разделенных участках опухоли. Аналогично, MTOR , ген, кодирующий клеточную регуляторную киназу , оказался конститутивно активным, тем самым увеличивая фосфорилирование S6 . Это активное фосфорилирование может служить биомаркером светлоклеточной карциномы. [30]

Механохимическая гетерогенность является отличительной чертой живых эукариотических клеток. Он оказывает влияние на эпигенетическую регуляцию генов . Гетерогенные динамические механохимические процессы регулируют взаимоотношения внутри группы клеточных поверхностей посредством адгезии . [35] Развитие и распространение опухоли сопровождается изменением гетерогенной хаотичной динамики процесса механохимического взаимодействия в групповых клетках, в том числе в клетках внутри опухоли, и носит иерархический характер для хозяина онкологических больных. [36] Биологические явления механохимической гетерогенности могут быть использованы для дифференциальной диагностики рака желудка у больных с воспалением слизистой оболочки желудка [37] и для повышения антиметастатической активности дендритных клеток на основе вакцин при использовании для их загрузки механически гетерогенизированных микрочастиц опухолевых клеток. [38] Также возможен методический подход, основанный на одновременной ультразвуковой диагностике и терапии, касающийся механохимического воздействия на конгломераты нанопузырьков с лекарственными средствами в опухоли. [ нужна цитата ]

Микроокружение опухоли

Гетерогенность между опухолевыми клетками может еще больше увеличиваться из-за неоднородности микроокружения опухоли . Региональные различия в опухоли ( например, доступность кислорода) оказывают различное селективное давление на опухолевые клетки, что приводит к более широкому спектру доминантных субклонов в разных пространственных областях опухоли. Влияние микроокружения на клональное доминирование также является вероятной причиной гетерогенности между первичными и метастатическими опухолями, наблюдаемой у многих пациентов, а также межопухолевой гетерогенности, наблюдаемой между пациентами с одним и тем же типом опухоли. [39]

Последствия и проблемы

Устойчивость к лечению

Гетерогенные опухоли могут проявлять разную чувствительность к цитотоксическим препаратам в разных клональных популяциях. Это связано с клональными взаимодействиями, которые могут ингибировать или изменять терапевтическую эффективность, что создает проблему для успешной терапии гетерогенных опухолей (и их гетерогенных метастазов). [1]

Введение лекарств при гетерогенных опухолях редко приводит к уничтожению всех опухолевых клеток. Первоначальная гетерогенная популяция опухолей может стать узким местом , так что выживут лишь немногие клетки, устойчивые к лекарственным препаратам (если таковые имеются). Это позволяет устойчивым опухолевым популяциям реплицироваться и выращивать новую опухоль посредством механизма разветвленной эволюции (см. выше). Образовавшаяся репопуляция опухоли является гетерогенной и резистентной к первоначальной лекарственной терапии. Репопуляция опухоли также может вернуться более агрессивным образом. [ нужна цитата ]

Введение цитостатиков часто приводит к первоначальному уменьшению опухоли. Это представляет собой разрушение исходных нерезистентных субклональных популяций внутри гетерогенной опухоли, в результате чего остаются только устойчивые клоны. Эти устойчивые клоны теперь обладают селективным преимуществом и могут реплицироваться для повторного заселения опухоли. Репликация, вероятно, будет происходить посредством ветвящейся эволюции, что способствует гетерогенности опухоли. Репопуляция опухоли может оказаться более агрессивной. Это объясняется селективным преимуществом опухолевых клеток в отношении устойчивости к лекарствам. [ нужна цитата ]

Медикаментозное лечение вызывает эффект узкого места, при котором резистентные субклоны выживают и размножаются, образуя гетерогенную опухоль.


Прогноз при множественной миеломе

При множественной миеломе генетический анализ опухоли используется для выявления маркеров риска, таких как специфические мутации, делеции, вставки и т. д. Помогает оценить прогноз пациента . Но между пациентами есть расхождения: у некоторых пациентов с хорошим риском рецидив наступит раньше, чем ожидалось. Кроме того, у некоторых пациентов аномалия риска будет наблюдаться только при рецидиве. Исследование 2023 года [40] с использованием отдельных клеток показало, что субклоны с маркером риска присутствуют у некоторых пациентов с момента постановки диагноза, но с такой низкой частотой, что их невозможно обнаружить с помощью стандартной рутинной генетической оценки. Кроме того, это исследование показало, что пациенты с маркерами риска, обнаруживаемыми только при рецидиве, действительно связаны с плохим прогнозом. При некоторой аномалии риска нет разницы в ожидаемой продолжительности жизни ( общая выживаемость ) между пациентами с аномалией, обнаруженной при диагностике, и пациентами, у которых аномалия обнаружена только при рецидиве. Открытым остается вопрос о влиянии лечения на клональную селекцию. Терапевтическое значение этого результата широко развито в статье: «Таким образом, необходимы чувствительные подходы к обнаружению этих субклонов при постановке диагноза вместе с инновационными стратегиями лечения, чтобы искоренить низкочастотные субклоны с высоким риском и предотвратить их доминирование. ...] Наконец, маловероятно, что описанный феномен ограничивается ММ» [41] (Множественная миелома).


Открытие биомаркеров

Из-за генетических различий внутри и между опухолями биомаркеры , которые могут предсказать ответ на лечение или прогноз, могут не иметь широкого применения. Однако было высказано предположение, что уровень гетерогенности сам по себе может использоваться в качестве биомаркера, поскольку более гетерогенные опухоли с большей вероятностью будут содержать субклоны, устойчивые к лечению. [31] Дальнейшие исследования по разработке биомаркеров, учитывающих гетерогенность, все еще продолжаются.

Модельные системы

Существующим модельным системам обычно не хватает гетерогенности, наблюдаемой при раке человека. [42] Чтобы точно изучить гетерогенность опухоли, мы должны разработать более точные доклинические модели. Одна из таких моделей, ксенотрансплантат опухоли, полученный от пациента , продемонстрировала превосходную полезность в сохранении гетерогенности опухоли, в то же время позволяя детально изучить факторы клональной пригодности. [43] Однако даже эта модель не может отразить всю сложность рака.

Текущие стратегии

Хотя проблема выявления, характеристики и лечения гетерогенности опухолей все еще находится в стадии активных исследований, были предложены некоторые эффективные стратегии, включая как экспериментальные, так и вычислительные решения. [ нужна цитата ]

Экспериментальный

Последовательность действий

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ abcdefghi Марусик, А; Поляк, К (2010). «Гетерогенность опухоли: причины и последствия». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Обзоры о раке . 1805 (1): 105–117. дои : 10.1016/j.bbcan.2009.11.002. ПМЦ  2814927 . ПМИД  19931353.
  2. ^ Фогельштейн, Берт; Пападопулос, Н.; Велкулеску, ВЕ; Чжоу, С.; Диас, Луизиана; Кинцлер, К.В. (2013). «Пейзажи генома рака». Наука . 373 (6127): 1546–1556. Бибкод : 2013Sci...339.1546V. дои : 10.1126/science.1235122. ПМК 3749880 . ПМИД  23539594. 
  3. ^ Хеппнер, Джорджия (1984). «Опухолевая гетерогенность». Исследования рака . 44 (6): 2259–2265. ПМИД  6372991.
  4. ^ Райтер, Йоханнес Г; Макохон-Мур, Элвин П.; Джерольд, Джеффри М; Хейде, Александр; Аттие, Марк А; Кохутек, Закари А; Токхайм, Коллин Дж; Браун, Алексия; ДеБлазио, Рейн; Ниязов, Юлиана; Цукер, Аманда; Карчин, Рэйчел; Кинзлер, Кеннет В.; Якобузио-Донахью, Кристина А; Фогельштейн, Берт; Новак, Мартин А (2018). «Минимальная функциональная гетерогенность генов-драйверов среди нелеченых метастазов». Наука . 361 (6406): 1033–1037. Бибкод : 2018Sci...361.1033R. doi : 10.1126/science.aat7171. ПМК 6329287 . ПМИД  30190408. 
  5. ^ Кэмпбелл, П.Дж.; Плезанс, ЭД; Стивенс, П.Дж.; Дикс, Э; Рэнс, Р; Гудхед, я; Следует, Г.А.; Грин, Арканзас; Фуреал, Пенсильвания; Страттон, MR (2008). «Субклональные филогенетические структуры рака, выявленные с помощью сверхглубокого секвенирования». Труды Национальной академии наук . 105 (35): 13081–13086. Бибкод : 2008PNAS..10513081C. дои : 10.1073/pnas.0801523105 . ПМК 2529122 . ПМИД  18723673. 
  6. ^ Шипицин, М; Кэмпбелл, LL; Аргани, П; Веремович, С; Блуштейн-Кимрон, Н.; Яо, Дж; Никольская Т; Серебрянская, Т; Берухим, Р; Ху, М; Галушка, МК; Сукумар, С; Паркер, Л.М.; Андерсон, Канзас; Харрис, Л.Н.; Гарбер, Дж. Э.; Ричардсон, Алабама; Шнитт, С.Дж.; Никольский Ю.; Гельман, Р.С.; Поляк, К (2007). «Молекулярное определение гетерогенности опухоли молочной железы». Раковая клетка . 11 (3): 259–273. дои : 10.1016/j.ccr.2007.01.013 . ПМИД  17349583.
  7. ^ Макинтош, Калифорния; Стоуэр, М; Рид, Н.; Мейтленд, Нью-Джерси (1998). «Точная микродиссекция рака предстательной железы человека выявляет генотипическую гетерогенность». Исследования рака . 58 (1): 23–28. ПМИД  9426051.
  8. ^ Альварадо, К; Бейтель, ЛК; Сиркар, К; Априкян А; Трифиро, М; Готлиб, Б. (2005). «Соматический мозаицизм и рак: микрогенетическое исследование роли гена рецептора андрогена при раке простаты». Исследования рака . 65 (18): 8514–8518. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-05-0399 . ПМИД  16166332.
  9. ^ Кониши, Н; Хиаса, Ю; Мацуда, Х; Тао, М; Цузуки, Т; Хаяши, я; Китахори, Ю; Сираиси, Т; Ятани, Р; Симадзаки, Дж (1995). «Внутриопухолевая клеточная гетерогенность и изменения в онкогене ras и гене-супрессоре опухоли p53 при карциноме простаты человека». Американский журнал патологии . 147 (4): 1112–1122. ПМК 1871010 . ПМИД  7573356. 
  10. ^ Гонсалес-Гарсия, I; Соле, Р.В.; Коста, Дж (2002). «Динамика метапопуляции и пространственная гетерогенность при раке». Труды Национальной академии наук . 99 (20): 13085–13089. Бибкод : 2002PNAS...9913085G. дои : 10.1073/pnas.202139299 . ПМК 130590 . ПМИД  12351679. 
  11. ^ Самовитц, WS; Слэттери, МЛ (1999). «Региональная воспроизводимость микросателлитной нестабильности при спорадическом колоректальном раке». Гены, хромосомы и рак . 26 (2): 106–114. doi :10.1002/(SICI)1098-2264(199910)26:2<106::AID-GCC2>3.0.CO;2-F. PMID  10469448. S2CID  5643190.
  12. ^ Джаретти, Вт; Монако, Р; Пуич, Н; Рапалло, А; Нигро, С; Гейдо, Э. (1996). «Внутриопухолевая гетерогенность мутаций K-ras2 при колоректальных аденокарциномах: связь со степенью анеуплоидии ДНК». Американский журнал патологии . 149 (1): 237–245. ПМК 1865212 . ПМИД  8686748. 
  13. ^ Хеппнер, GH (1984). «Опухолевая гетерогенность». Исследования рака . 44 (6): 2259–2265. ПМИД  6372991.
  14. ^ Мэйли, CC; Галипо, ПК; Финли, Джей Си; Вонгсурават, виджей; Ли, Х; Санчес, Калифорния; Полсон, Т.Г.; Блаунт, Польша; Рискес, РА; Рабинович, П.С.; Рид, Би Джей (2006). «Генетическое клональное разнообразие предсказывает прогрессирование аденокарциномы пищевода». Природная генетика . 38 (4): 468–473. дои : 10.1038/ng1768. PMID  16565718. S2CID  1898396.
  15. ^ Калифано, Дж; Ван дер Рит, П; Вестра, Вт; Навруз, Х; Клейман, Дж; Пиантадоси, С; Корио, Р; Ли, Д; Гринберг, Б; Кох, В; Сидранский, Д. (1996). «Модель генетического прогрессирования рака головы и шеи: последствия для полевой канцерализации». Исследования рака . 56 (11): 2488–2492. ПМИД  8653682.
  16. ^ Заутер, Г; Мох, Х; Гассер, ТК; Михач, MJ; Уолдман, FM (1995). «Гетерогенность хромосомы 17 и числа копий гена erbB-2 при первичном и метастатическом раке мочевого пузыря». Цитометрия . 21 (1): 40–46. дои : 10.1002/cyto.990210109 . ПМИД  8529469.
  17. ^ Фуджи, Х; Ёсида, М; Гонг, ZX; Мацумото, Т; Хамано, Ю; Фукунага, М; Хрубан, Р.Х.; Габриэльсон, Э; Шираи, Т (2000). «Частая генетическая гетерогенность в клональной эволюции гинекологической карциносаркомы и ее влияние на фенотипическое разнообразие». Исследования рака . 60 (1): 114–120. ПМИД  10646862.
  18. ^ Хорвай, А.Э.; Деврис, С; Рой, Р; О'Доннелл, Р.Дж.; Уолдман, Ф (2009). «Сходство генетических изменений между парными хорошо дифференцированными и дедифференцированными компонентами дедифференцированной липосаркомы». Современная патология . 22 (11): 1477–1488. дои : 10.1038/modpathol.2009.119 . ПМИД  19734852.
  19. ^ Панту, Д; Ризо, Х; Царуха, Х; Пули, А; Папанастасиу, К; Стамателлу, М; Трангас, Т; Пандис, Н.; Барди, Дж. (2005). «Цитогенетические проявления гетерогенности множественной миеломы». Гены, хромосомы и рак . 42 (1): 44–57. дои : 10.1002/gcc.20114. PMID  15495197. S2CID  43218546.
  20. ^ аб Шеклтон, М; Кинтана, Э; Фирон, скорая помощь; Моррисон, SJ (2009). «Гетерогенность рака: раковые стволовые клетки против клональной эволюции». Клетка . 138 (5): 822–829. дои : 10.1016/j.cell.2009.08.017 . ПМИД  19737509.
  21. ^ Лапидот, Т; Сирар, К; Формур, Дж; Мердок, Б; Хоанг, Т; Касерес-Кортес, Дж; Минден, М; Патерсон, Б; Калиджури, Массачусетс; Дик, Дж. Э. (1994). «Клетка, инициирующая острый миелоидный лейкоз человека, после трансплантации мышам SCID». Природа . 367 (6464): 645–648. Бибкод : 1994Natur.367..645L. дои : 10.1038/367645a0. PMID  7509044. S2CID  4330788.
  22. ^ Ван, JC; Лапидот, Т; Кэшман, Джей Ди; Доеденс, М; Адди, Л; Сазерленд, ДР; Наяр, Р; Ларая, П; Минден, М; Китинг, А; Ивз, AC; Ивз, CJ; Дик, Дж. Э. (1998). «Высокий уровень приживления мышей NOD/SCID примитивными нормальными и лейкозными гемопоэтическими клетками от пациентов с хроническим миелолейкозом в хронической фазе». Кровь . 91 (7): 2406–2414. дои : 10.1182/blood.V91.7.2406 . ПМИД  9516140.
  23. ^ Сингх, СК; Хокинс, К; Кларк, ID; Сквайр, Дж.А.; Баяни, Дж; Скрыть, Т; Хенкельман, Р.М.; Кузимано, доктор медицины; Диркс, П.Б. (2004). «Идентификация клеток, инициирующих опухоль головного мозга человека». Природа . 432 (7015): 396–401. Бибкод : 2004Natur.432..396S. дои : 10.1038/nature03128. PMID  15549107. S2CID  4430962.
  24. ^ Аль-Хадж, М; Вича, Миссисипи; Бенито-Эрнандес, А; Моррисон, SJ; Кларк, МФ (2003). «Проспективная идентификация туморогенных клеток рака молочной железы». Труды Национальной академии наук . 100 (7): 3983–3988. Бибкод : 2003PNAS..100.3983A. дои : 10.1073/pnas.0530291100 . ПМК 153034 . ПМИД  12629218. 
  25. ^ Мейтленд, Нью-Джерси; Коллинз, AT (2008). «Стволовые клетки рака простаты: новая мишень для терапии». Журнал клинической онкологии . 26 (17): 2862–2870. дои : 10.1200/JCO.2007.15.1472. ПМИД  18539965.
  26. ^ Мичем, CE; Моррисон, SJ (2013). «Гетерогенность опухоли и пластичность раковых клеток». Природа . 501 (7467): 328–337. Бибкод :2013Natur.501..328M. дои : 10.1038/nature12624. ПМЦ 4521623 . ПМИД  24048065. 
  27. ^ Ноуэлл, ПК (1976). «Клональная эволюция популяций опухолевых клеток». Наука . 194 (4260): 23–28. Бибкод : 1976Sci...194...23N. doi : 10.1126/science.959840. PMID  959840. S2CID  38445059.
  28. ^ abc Суонтон, К. (2012). «Внутриопухолевая гетерогенность: эволюция в пространстве и времени». Исследования рака . 72 (19): 4875–4882. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-12-2217. ПМЦ 3712191 . ПМИД  23002210. 
  29. ^ Мерло, LMF; Пеппер, Дж.В.; Рид, Би Джей; Малей, CC (2006). «Рак как эволюционный и экологический процесс». Обзоры природы Рак . 6 (12): 924–935. дои : 10.1038/nrc2013. PMID  17109012. S2CID  8040576.
  30. ^ abc Герлингер, М; Роуэн, Эй Джей; Хорсвелл, С; Ларкин, Дж; Эндесфельдер, Д; Гронрос, Э; Мартинес, П; Мэтьюз, Н.; Стюарт, А; Тарпи, П; Варела, я; Филлимор, Б; Бегум, С; Макдональд, Северная Каролина; Батлер, А; Джонс, Д; Рейн, К; Латимер, К; Сантос, ЧР; Нохадани, М; Эклунд, AC; Спенсер-Дин, Б; Кларк, Дж; Пикеринг, Л; Штамп, Г; Гор, М; Салласи, З; Вниз, J; Фуреал, Пенсильвания; Суонтон, К. (2012). «Внутриопухолевая гетерогенность и разветвленная эволюция, выявленная с помощью многорегионального секвенирования». Медицинский журнал Новой Англии . 366 (10): 883–892. doi : 10.1056/NEJMoa1113205. ПМЦ 4878653 . ПМИД  22397650. 
  31. ^ abc Марусик, А; Альмендро, В; Поляк, К (2012). «Внутриопухолевая гетерогенность: зеркало рака?». Обзоры природы Рак . 12 (5): 323–334. дои : 10.1038/nrc3261. PMID  22513401. S2CID  24420285.
  32. ^ Баррелл, РА; МакГранахан, Н.; Бартек, Дж; Суонтон, К. (2013). «Причины и последствия генетической гетерогенности в эволюции рака». Природа . 501 (7467): 338–345. Бибкод : 2013Natur.501..338B. дои : 10.1038/nature12625. PMID  24048066. S2CID  4457392.
  33. ^ Джонсон, Британская Колумбия; Мазор, Т; Хонг, К; Барнс, М; Айхара, К; Маклин, Калифорния; Фаус, С.Д.; Ямамото, С; Уэда, Х; Тацуно, К; Астана, С; Жальбер, Ле; Нельсон, С.Дж.; Боллен, AW; Густафсон, WC; Чаррон, Э; Вайс, Вашингтон; Смирнов И.В.; Сонг, Дж.С.; Ольшен, АБ; Ча, С; Чжао, Ю; Мур, РА; Мунгалл, Эй Джей; Джонс, С.Дж.; Херст, М; Марра, Массачусетс; Сайто, Н.; Абуратани, Х; Мукаса, А (2014). «Мутационный анализ раскрывает происхождение и эволюцию рецидивирующей глиомы, обусловленную терапией». Наука . 343 (6167): 189–193. Бибкод : 2014Sci...343..189J. дои : 10.1126/science.1239947. ПМЦ 3998672 . ПМИД  24336570. 
  34. ^ Аб Дин, Л; Лей, Ти Джей; Ларсон, Делавэр; Миллер, Калифорния; Кобольдт, округ Колумбия; Уэлч, Дж. С.; Ричи, Дж. К.; Янг, Массачусетс; Лампрехт, Т; Маклеллан, доктор медицины; МакМайкл, Дж. Ф.; Уоллис, JW; Лу, С; Шен, Д; Харрис, CC; Дулинг, диджей; Фултон, РС; Фултон, Луизиана; Чен, К; Шмидт, Х; Калицкий-Вейзер, Дж; Магрини, виджей; Кук, Л; МакГрат, SD; Викери, ТЛ; Вендл, MC; Хит, С; Уотсон, Массачусетс; Линк, округ Колумбия; Томассон, Миннесота (2012). «Клональная эволюция при рецидиве острого миелолейкоза, выявленная с помощью полногеномного секвенирования». Природа . 481 (7382): 506–510. Бибкод : 2012Natur.481..506D. дои : 10.1038/nature10738. ПМК 3267864 . ПМИД  22237025. 
  35. ^ ГМЭдельман (1989). «Топобиология». Научный американец . 260 (5): 76–88. Бибкод : 1989SciAm.260e..76E. doi : 10.1038/scientificamerican0589-76. ПМИД  2717916.
  36. ^ В.Е. Орел; Н. Н. Дзятьковская; М.И. Данко; А.В. Романов; Ю.И. Мельник; Ю.А. Гриневич; С.В. Мартыненко (2004). «Пространственный и механоэмиссионный хаос механически деформированных опухолевых клеток». Журнал механики в медицине и биологии . 4 (1): 31–45. дои : 10.1142/s0219519404000886.
  37. ^ В.Е. Орел; А.В. Романов; Н. Н. Дзятьковская; Ю.И. Мельник (2002). «Прибор и алгоритм оценки механоэмиссонного хаоса в крови больных раком желудка». Медицинская инженерия и физика . 24 (5): 365–371. дои : 10.1016/s1350-4533(02)00022-x. ПМИД  12052364.
  38. ^ Н. Храновская; В. Орел; Ю. Гриневич; О. Алексеенко; А. Романов; О. Скачкова; Н.Дзятьковская; А. Бурлака; С.Лукин (2012). «Механическая гетерогенизация клеток карциномы легких Льюиса может улучшить антиметастатический эффект дендритных клеток». Журнал механики в медицине и биологии . 3 (12): 22. дои : 10.1142/S0219519411004757.
  39. ^ Юнттила, MR; Де Соваж, Ф.Дж. (2013). «Влияние неоднородности микроокружения опухоли на терапевтический ответ». Природа . 501 (7467): 346–354. Бибкод : 2013Natur.501..346J. дои : 10.1038/nature12626. PMID  24048067. S2CID  4452486.
  40. ^ Ланн, Ромен; Самур, Мехмет; Перро, Аврора; Маццотти, Селин; Диву, Марион; Казобиль, Титуан; Леле, Ксавье; Шавгулидзе, Анаис; Кретьен, Мари-Лотарингия; Манье, Саломон; Адико, Дидье; Орсини-Пиочелле, Фредерик; Лиферманн, Франсуа; Брешиньяк, Сабина; Гасто, Лорис; Бускари, Дидье; Макро, Маргарет; Клейнен, Алиса; Мохти, Мохамад; Мунши, Нихил; Корр, Джилл; Аве-Луазо, Эрве (2023). «При множественной миеломе вторичные генетические события высокого риска, наблюдаемые при рецидиве, присутствуют на основании диагноза в крошечных, неопределяемых субклональных популяциях». Журнал клинической онкологии . 41 (9): 1695–1702. doi : 10.1200/JCO.21.01987. PMC  10043564. PMID  36343306. S2CID  253395684.
  41. ^ Бойл, Эйлин М.; Дэвис, Фейт Э. (2023). «Из маленьких субклонов вырастают могучие дубы». Обзоры природы Клиническая онкология . 20 (3): 141–142. doi : 10.1038/s41571-022-00727-w. PMID  36624303. S2CID  255567626.
  42. ^ Ауман, Джеймс Тодд; Маклеод, Ховард Л. (1 января 2010 г.). «Клеточные линии колоректального рака лишены молекулярной гетерогенности клинических колоректальных опухолей». Клинический колоректальный рак . 9 (1): 40–47. doi :10.3816/ccc.2010.n.005. ПМИД  20100687.
  43. ^ Кэссиди, Джон В.; Кальдас, Карлос; Бруна, Алехандра (01 августа 2015 г.). «Поддержание гетерогенности опухоли в опухолевых ксенотрансплантатах, полученных от пациента». Исследования рака . 75 (15): 2963–2968. doi : 10.1158/0008-5472.CAN-15-0727. ISSN  0008-5472. ПМЦ 4539570 . ПМИД  26180079. 
  44. ^ Бай Х., Харманджи А.С., Эрсон-Омай А.З., Ли Дж., Джошкун С., Саймон М. и др. (ноябрь 2015 г.). «Комплексная геномная характеристика злокачественного прогрессирования глиомы с мутацией IDH1». Природная генетика . 48 (1): 59–66. дои : 10.1038/ng.3457. ПМЦ 4829945 . ПМИД  26618343. 
  45. ^ Бедард, Польша; Хансен, Арканзас; Ратен, MJ; Сиу, LL (2013). «Неоднородность опухоли в клинике». Природа . 501 (7467): 355–364. Бибкод : 2013Natur.501..355B. дои : 10.1038/nature12627. ПМК 5224525 . ПМИД  24048068. 
  46. ^ Доусон, SJ ; Цуй, Д.В.; Муртаза, М; Биггс, Х; Руэда, ОМ; Чин, Сан-Франциско; Даннинг, MJ; Гейл, Д; Форшоу, Т; Малер-Араужо, Б; Раджан, С; Хамфри, С; Бек, Дж; Холсолл, Д; Уоллис, М; Бентли, Д; Кальдас, К; Розенфельд, Н. (2013). «Анализ циркулирующей опухолевой ДНК для мониторинга метастатического рака молочной железы». Медицинский журнал Новой Англии . 368 (13): 1199–1209. дои : 10.1056/NEJMoa1213261 . ПМИД  23484797.
  47. ^ Гатенби, РА; Сильва, А.С.; Гиллис, Р.Дж.; Фриден, БР (2009). «Адаптивная терапия». Исследования рака . 69 (11): 4894–4903. doi : 10.1158/0008-5472.CAN-08-3658. ПМЦ 3728826 . ПМИД  19487300. 
  48. ^ Цибульскис, К; Лоуренс, MS; Картер, СЛ; Сиваченко А; Яффе, Д; Суньез, К; Габриэль, С; Мейерсон, М; Ландер, ЕС; Гетц, Г (2013). «Чувствительное обнаружение точковых соматических мутаций в нечистых и гетерогенных образцах рака». Природная биотехнология . 31 (3): 213–219. дои : 10.1038/nbt.2514. ПМЦ 3833702 . ПМИД  23396013. 
  49. ^ Кобольдт, округ Колумбия; Чжан, Вопрос; Ларсон, Делавэр; Шен, Д; Маклеллан, доктор медицины; Лин, Л; Миллер, Калифорния; Мардис, скорая помощь; Дин, Л; Уилсон, РК (2012). «Var Scan 2: обнаружение соматических мутаций и изменений числа копий при раке путем секвенирования экзома». Геномные исследования . 22 (3): 568–576. дои : 10.1101/гр.129684.111. ПМК 3290792 . ПМИД  22300766. 
  50. ^ Сондерс, Коннектикут; Вонг, WS; Свами, С; Бек, Дж; Мюррей, LJ; Читам, РК (2012). «Стрелка: Точный вызов соматических малых вариантов из секвенированных пар образцов опухоль-норма». Биоинформатика . 28 (14): 1811–1817. doi : 10.1093/биоинформатика/bts271 . ПМИД  22581179.
  51. ^ Картер, СЛ; Цибульскис, К; Хелман, Э; Маккенна, А; Шен, Х; Зак, Т; Лэрд, П.В.; Онофрио, RC; Винклер, В; Вейр, бакалавр; Берухим, Р; Пеллман, Д; Левин, Д.А.; Ландер, ЕС; Мейерсон, М; Гетц, Г (2012). «Абсолютная количественная оценка изменений соматической ДНК при раке человека» (PDF) . Природная биотехнология . 30 (5): 413–421. дои : 10.1038/nbt.2203. ПМЦ 4383288 . ПМИД  22544022. 
  52. ^ Шах, СП; Рот, А; Гойя, Р; Олуми, А; Ха, Г; Чжао, Ю; Турашвили, Г; Дин, Дж; Це, К; Хаффари, Дж; Башашати, А; Прентис, LM; Хаттра, Дж; Берли, А; Яп, Д; Бернар, В.; Макферсон, А; Шуманский, К; Крисан, А; Джулиани, Р; Херави-Мусави, А; Рознер, Дж; Проложенный; Бироль, я; Вархол, Р; Тэм, А; Дхалла, Н.; Цзэн, Т; Ма, К; Чан, СК (2012). «Спектр клональной и мутационной эволюции первичного тройного негативного рака молочной железы». Природа . 486 (7403): 395–399. Бибкод : 2012Natur.486..395S. дои : 10.1038/nature10933. ПМЦ 3863681 . ПМИД  22495314. 
  53. ^ Гиллис, Роберт Дж.; Вердуско, Дэниел; Гейтенби, Роберт А. (июль 2012 г.). «Эволюционная динамика канцерогенеза и почему таргетная терапия не работает». Обзоры природы Рак . 12 (7): 487–493. дои : 10.1038/nrc3298. ПМК 4122506 . ПМИД  22695393. 
  54. ^ Навин, Н; Кендалл, Дж; Троге, Дж; Эндрюс, П; Роджерс, Л; МакИнду, Дж; Кук, К; Степанский А; Леви, Д; Эспозито, Д; Мутусвами, Л; Красниц, А; МакКомби, WR; Хикс, Дж; Виглер, М. (2011). «Эволюция опухоли, выявленная с помощью секвенирования отдельных клеток». Природа . 472 (7341): 90–94. Бибкод : 2011Natur.472...90N. дои : 10.1038/nature09807. ПМК 4504184 . ПМИД  21399628. 
  55. ^ Ян, Катарина (2016). «Деревовидный вывод для одноклеточных данных». Геномная биология . 17:86 . дои : 10.1186/s13059-016-0936-x . ПМЦ 4858868 . ПМИД  27149953. 
  56. ^ Росс, Эдит (2016). «OncoNEM: вывод об эволюции опухоли на основе данных секвенирования отдельных клеток». Геномная биология . 17:69 . дои : 10.1186/s13059-016-0929-9 . ПМЦ 4832472 . ПМИД  27083415. 
  57. ^ Зафар, Хамим (2017). «SiFit: определение деревьев опухолей на основе данных секвенирования одиночных клеток в рамках моделей с конечными сайтами». Геномная биология . 18 (1): 178. дои : 10.1186/s13059-017-1311-2 . ПМК 5606061 . ПМИД  28927434. 
  58. ^ Зафар, Хамим (2019). «SiCloneFit: байесовский вывод о структуре популяции, генотипе и филогении опухолевых клонов на основе данных секвенирования одноклеточного генома». Геномные исследования . 29 (11): 1847–1859. дои : 10.1101/гр.243121.118 . ПМЦ 6836738 . ПМИД  31628257. 
  59. ^ Маликич, Салем; Рашиди Мехрабади, Фарид (2019). «PhISCS: комбинаторный подход к несовершенной реконструкции филогении опухолей посредством интегративного использования данных одноклеточного и массового секвенирования». Геномные исследования . 29 (11): 1860–1877. дои : 10.1101/гр.234435.118 . ПМК 6836735 . ПМИД  31628256. 
  60. ^ Садеки Азер, Эрфан; Рашиди Мехрабади, Фарид (2020). «PhISCS-BnB: быстрый алгоритм ветвей и границ для решения идеальной задачи реконструкции филогении опухолей». Биоинформатика . 36 (Дополнение_1): i169–i176. doi : 10.1093/биоинформатика/btaa464 . ПМЦ 7355310 . ПМИД  32657358. 
  61. ^ Кызылкале, Джан; Рашиди Мехрабади, Фарид; Садеки Азер, Эрфан; Перес-Гихарро, Ева; Мари, Керри Л.; Ли, Максвелл П.; Дэй, Чи-Пин; Мерлино, Гленн; Эргюн, Фунда; Булуч, Айдын; Сахинальп, С. Дженк; Маликич, Салем (сентябрь 2022 г.). «Быстрый вывод о внутриопухолевой гетерогенности на основе данных секвенирования отдельных клеток». Природа вычислительной науки . 2 (9): 577–583. дои : 10.1038/s43588-022-00298-x. ПМЦ 10765963 . S2CID  252171836. 
  62. ^ Эль-Кебир, Мохаммед (2018). «SPhyR: Оценка филогении опухоли на основе данных секвенирования одиночных клеток с учетом потерь и ошибок». Биоинформатика . 34 (17): i671–i679. doi : 10.1093/биоинформатика/bty589 . ПМК 6153375 . ПМИД  30423070. 
  63. ^ Ян, Катарина; Койперс, Джек; Беренвинкель, Нико (декабрь 2016 г.). «Деревовидный вывод для одноклеточных данных». Геномная биология . 17 (1): 86. дои : 10.1186/s13059-016-0936-x . ПМЦ 4858868 . ПМИД  27149953. 
  64. ^ Ян, Катарина; Койперс, Джек; Беренвинкель, Нико (декабрь 2016 г.). «Деревовидный вывод для одноклеточных данных». Геномная биология . 17 (1): 86. дои : 10.1186/s13059-016-0936-x . ПМЦ 4858868 . ПМИД  27149953. 
  65. ^ Уидден, Крис; Матсен, Фредерик А. (1 мая 2015 г.). «Количественное исследование MCMC пространства филогенетического дерева». Систематическая биология . 64 (3): 472–491. дои : 10.1093/sysbio/syv006 . ПМЦ 4395846 . ПМИД  25631175. 
  66. ↑ Кён, Гордон (23 октября 2023 г.). Количественная оценка цепи Маркова Монте-Карло Исследование пространств дерева прогрессии опухоли: стратегии инициализации, диагностика конвергенции и мультимодальности. Коллекция ETH Zürich (магистерская диссертация). ETH Цюрих. doi : 10.3929/ethz-b-000642011.
  67. ^ Кейперс, Джек (2017). «Достижения в понимании эволюции опухолей посредством секвенирования отдельных клеток». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Обзоры о раке . 1867 (2): 127–138. дои : 10.1016/j.bbcan.2017.02.001. ПМЦ 5813714 . ПМИД  28193548. 
  68. ↑ Шварц, Рассел (13 февраля 2017 г.). «Эволюция филогенетики опухолей: принципы и практика». Обзоры природы Генетика . 18 (4): 213–229. дои : 10.1038/nrg.2016.170. ПМК 5886015 . ПМИД  28190876. 
  69. ^ Фарахани, Хосейн; де Соуза, Камила П.Е.; Биллингс, Рэвин; Да, Дамиан; Шуманский, Карей; Ван, Адриан; Лай, Дэниел; Мес-Массон, Анн-Мари; Апарисио, Самуэль; П. Шах, Сохраб (18 октября 2017 г.). «Созданные смеси клеточных линий in vitro и надежная оценка вычислительных методов клонального разложения и продольной динамики рака». Научные отчеты . 7 (1): 13467. Бибкод : 2017NatSR...713467F. дои : 10.1038/s41598-017-13338-8. ПМЦ 5647443 . ПМИД  29044127. 
  70. ^ Заре, Хабил (2014). «Вывод клонального состава на основе нескольких участков рака молочной железы». PLOS Вычислительная биология . 10 (7): e1003703. Бибкод : 2014PLSCB..10E3703Z. дои : 10.1371/journal.pcbi.1003703 . ПМК 4091710 . ПМИД  25010360. 
  71. ^ Фишер, Андрей (2014). «Реконструкция клонального состава при раке в высоком разрешении». Отчеты по ячейкам . 7 (5): 1740–1752. дои : 10.1016/j.celrep.2014.04.055. ПМК 4062932 . ПМИД  24882004. 
  72. ^ Дешвар, Амит (2015). «Мониторинг прогрессирования хронического лимфоцитарного лейкоза с помощью полногеномного секвенирования выявляет гетерогенные закономерности клональной эволюции». Геномная биология . 16 (1): 35. дои : 10.1186/s13059-015-0602-8 . ПМЦ 4359439 . ПМИД  25786235. 
  73. ^ Рот, Эндрю (2014). «PyClone: ​​статистический вывод о структуре клональной популяции при раке». Природные методы . 11 (4): 396–398. дои : 10.1038/nmeth.2883. ПМК 4864026 . ПМИД  24633410. 
  74. ^ Марасс, Франческо (2015). «Филогенетическая модель скрытых признаков клональной деконволюции». Анналы прикладной статистики . 10 (4): 2377–2404. arXiv : 1604.01715 . дои : 10.1214/16-AOAS986. S2CID  14986879.
  75. ^ Мацуи, Юсуке (2016). «phyC: Кластеризация деревьев эволюции рака». PLOS Вычислительная биология . 13 (5): e1005509. Бибкод : 2017PLSCB..13E5509M. bioRxiv 10.1101/069302 . дои : 10.1371/journal.pcbi.1005509 . ПМЦ 5432190 . ПМИД  28459850.  
  76. ^ Цзян, Ючао; Цю, Ю; Минн, Энди Дж.; Чжан, Нэнси Р. (29 августа 2016 г.). «Оценка внутриопухолевой гетерогенности и отслеживание продольной и пространственной истории клональной эволюции с помощью секвенирования следующего поколения». Труды Национальной академии наук . 113 (37): E5528–37. Бибкод : 2016PNAS..113E5528J. дои : 10.1073/pnas.1522203113 . ПМК 5027458 . ПМИД  27573852. 
  77. ^ Салехи, Сохраб (2017). «ddClone: ​​совместный статистический вывод о клональных популяциях на основе данных секвенирования отдельных клеток и объемных опухолей». Геномная биология . 18 (1): 44. дои : 10.1186/s13059-017-1169-3 . ПМЦ 5333399 . ПМИД  28249593. 
  78. ^ Сатас, Грите (2017). «Выводы о филогении опухолей с использованием выборки по важности с ограничением по дереву». Биоинформатика . 33 (14): i152–i160. doi : 10.1093/биоинформатика/btx270. ПМК 5870673 . ПМИД  28882002. 
  79. ^ Гэн, Ю (2017). «Идентификация закономерностей гетерогенности аллельного дисбаланса в вариантах зародышевой линии для определения клональной архитектуры». Теории и приложения интеллектуальных вычислений . Конспекты лекций по информатике. Том. 10362. стр. 286–297. дои : 10.1007/978-3-319-63312-1_26. ISBN 978-3-319-63311-4. {{cite book}}: |journal=игнорируется ( помощь )
  80. ^ Рамазотти, Даниэле; Грауденци, Алекс; Сано, Лука Де; Антониотти, Марко; Караванья, Джулио (4 сентября 2017 г.). «Изучение мутационных графиков эволюции отдельных опухолей на основе данных секвенирования нескольких образцов». bioRxiv 10.1101/132183 . 
  81. ^ Роман, Теодор; Се, Лу; Шварц, Рассел; Рафаэль, Бенджамин Дж. (23 октября 2017 г.). «Автоматическая деконволюция структурированных смесей из гетерогенных геномных данных опухолей». PLOS Вычислительная биология . 13 (10): e1005815. arXiv : 1604.02487 . Бибкод : 2017PLSCB..13E5815R. дои : 10.1371/journal.pcbi.1005815 . ПМК 5695636 . ПМИД  29059177. 
  82. ^ Маликич, Салем (2017). «Интегративный вывод об эволюции субклональных опухолей на основе данных одноклеточного и массового секвенирования». bioRxiv 10.1101/234914 . 
  83. ^ Оспер, Лейла; Махмуди, Ахмад; Рафаэль, Бенджамин Дж. (29 июля 2013 г.). «THetA: вывод о внутриопухолевой гетерогенности на основе данных высокопроизводительного секвенирования ДНК». Геномная биология . 14 (7): 80 рандов. дои : 10.1186/gb-2013-14-7-r80 . ISSN  1474-760X. ПМК 4054893 . ПМИД  23895164. 
  84. ^ Цзэн, Бай (2018). «Идентификация субклонов опухолей на основе филогении с использованием байесовской модели распределения признаков». arXiv : 1803.06393 [stat.AP].
  85. ^ Цун, Юпэн; Ян, Цун-По; Ахтер, Виктор; Ланг, Ульрих; Пайфер, Мартин (24 мая 2018 г.). «Анализ числа копий и вывод субклональных популяций в геномах рака с использованием Sclust». Протоколы природы . 13 (6): 1488–1501. дои : 10.1038/nprot.2018.033. ISSN  1754-2189. PMID  29844525. S2CID  44070107.
  86. ^ Ван, Сяодун; Огундиджо, Оетунджи Э. (01 декабря 2019 г.). «SeqClone: ​​последовательный вывод субклонов опухолей на основе Монте-Карло». БМК Биоинформатика . 20 (1): 6. дои : 10.1186/s12859-018-2562-y . ISSN  1471-2105. ПМК 6320595 . ПМИД  30611189. 
  87. ^ Рафаэль, Бенджамин Дж.; Сатас, Грите; Майерс, Мэтью А. (22 января 2019 г.). «Вывод об эволюции опухоли на основе продольных образцов». bioRxiv : 526814. doi : 10.1101/526814 .
  88. ^ Туси, Хосейн; Мойни, Али; Хаджирасулиха, Иман (6 июня 2019 г.). «BAMSE: выбор байесовской модели для вывода о филогении опухолей среди нескольких образцов». БМК Биоинформатика . 20 (11): 282. дои : 10.1186/s12859-019-2824-3 . ISSN  1471-2105. ПМК 6551234 . ПМИД  31167637. 
  89. ^ Рикеттс, Камир; Зейдман, Дэниел; Попич, Виктория; Хормоздиари, Ферейдун; Бацоглу, Серафим; Хаджирасулиха, Иман (4 октября 2019 г.). «Мелтос: реконструкция филогении опухолей из нескольких образцов для структурных вариантов». Биоинформатика . 36 (4): 1082–1090. doi : 10.1093/биоинформатика/btz737. ПМЦ 8215921 . ПМИД  31584621. 
  90. ^ Сундерманн, Линда (2021). «Реконструкция истории эволюции опухолей и деревьев клонов за полиномиальное время с помощью SubMARine» (PDF) . PLOS Вычислительная биология . 17 (1): e1008400. Бибкод : 2021PLSCB..17E8400S. дои : 10.1371/journal.pcbi.1008400 . ПМЦ 7845980 . ПМИД  33465079 . Проверено 22 июня 2020 г. 
  91. ^ Чжоу, Тяньцзянь (2020). «RNDClone: ​​реконструкция субклона опухоли на основе интеграции данных последовательностей ДНК и РНК». Анналы прикладной статистики . 14 (4). дои : 10.1214/20-aoas1368. С2КИД  220632005.
  92. ^ Багхаарабани, Лейла; Голиаи, Сама; Форугманд-Арааби, Мохаммад-Хади; Шариатпанахи, Сейед Пейман; Голиаи, Бахрам (1 марта 2021 г.). «Хвойное дерево: определение клонального дерева гетерогенности опухоли на основе данных одноклеточного и массового секвенирования». БМК Биоинформатика . 22 (1): 416. doi : 10.1186/s12859-021-04338-7 . ПМЦ 8404257 . ПМИД  34461827. 
  93. ^ Андерссон, Натали; Чаттопадхьяй, Субхаян; Валинд, Андерс; Карлссон, Дженни; Гиссельссон, Дэвид (20 сентября 2021 г.). «ДЕВОЛЮЦИЯ — метод филогенетической реконструкции анеуплоидного рака на основе данных мультирегионального генотипирования». Коммуникационная биология . 4 (1): 1103. doi : 10.1038/s42003-021-02637-6 . ISSN  2399-3642. ПМЦ 8452746 . ПМИД  34545199. 
  94. ^ Ся, Цзе; Ван, Лецюнь; Чжан, Гуйцзюнь; Цзо, Чуньман; Чен, Луонань (декабрь 2021 г.). «RDAClone: ​​расшифровка гетерозиготности опухоли посредством анализа данных одноклеточной геномики с помощью надежного глубокого автокодировщика». Гены . 12 (12): 1847. doi : 10.3390/genes12121847 . ПМК 8701080 . ПМИД  34946794.