Проект добровольных вычислений на базе BOINC
Ibercivis была добровольной вычислительной платформой, которая позволяла интернет- пользователям участвовать в научных исследованиях, жертвуя неиспользуемые компьютерные циклы для запуска научных симуляций и других задач. Первоначальный проект, который начал работать в 2008 году, был научным сотрудничеством между правительствами Португалии и Испании , но он открыт для широкой общественности и научного сообщества как на Пиренейском полуострове , так и за его пределами . Название проекта представляет собой гибрид Iberia и латинского слова civis , что означает « гражданин ».
В апреле 2020 года платформа для добровольных вычислений была перезапущена фондом Ibercivis и Национальным исследовательским советом Испании с целью проверки существующих препаратов на предмет противовирусной активности против тяжелого острого респираторного синдрома коронавируса 2 , возбудителя пандемии COVID-19 . [1]
История
Ibercivis был разработан в Испании в сотрудничестве с Институтом биовычислений и физики сложных систем в Университете Сарагосы , CIEMAT , CETA-CIEMAT, Испанским национальным исследовательским советом (CSIC) и RedIris. Задания проекта выдаются различными научными и технологическими центрами в Испании с целью создания функциональной платформы для научных вычислений на основе волонтеров. Проект является европейским аналогом успешных проектов SETI@home и Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC) в США .
Предшественник Ibercivis, проект Zivis для добровольных вычислений, базирующийся в Университете Сарагосы , начал работу в 2007 году, а сам Ibercivis начал работу в июне 2008 года. Проект Zivis был местным приложением для добровольных вычислений, финансируемым ayuntamiento (городским советом) города Сарагоса . Более масштабная инфраструктура Ibercivis использовалась для различных вычислительных приложений, включая исследования ядерного синтеза , сворачивание белков и моделирование материалов . В июле 2009 года платформа Ibercivis была расширена до Португалии после соглашения, подписанного правительствами обеих стран во время Португальско-испанского саммита, состоявшегося в Саморе, Испания , в январе 2009 года. Несколько португальских учреждений впоследствии присоединились к Ibercivis, включая Министерство науки , Центр нейронауки и клеточной биологии в Университете Коимбры и экспериментальную лабораторию физики высоких энергий LIP .
В апреле 2020 года был запущен новый проект Ibercivis для поддержки усилий исследователей по борьбе с коронавирусной инфекцией 2019 года .
Количество участников
На момент своего создания в июне 2008 года Ibercivis имел 3000 зарегистрированных пользователей, размещающих его различные проекты. К декабрю 2012 года эта цифра возросла до более чем 19 800, распределенных по 124 странам. [2] В проекте было зарегистрировано около 55 000 индивидуальных хостинговых устройств, из которых более 3600 были активны на еженедельной основе. [2]
По состоянию на апрель 2020 года в новой версии Ibercivis насчитывалось 917 активных пользователей и 2375 активных хостов. [3]
Проекты
Ibercivis был предназначен для работы в течение неограниченного времени и разработан для одновременного запуска нескольких приложений, относящихся к различным научным дисциплинам, аналогично World Community Grid . Пользователи могут выбирать, в какие проекты они хотят внести свой вклад, через веб-сайт проекта. [4] По состоянию на май 2020 года Ibercivis охватывал восемь различных активных проектов: [5]
Активные проекты
COVID-Phym : проверка существующих препаратов на противовирусную активность против тяжелого острого респираторного синдрома коронавируса 2 , возбудителя пандемии COVID-19 . [6]
Завершенные проекты
Проекты Ibercivis, которые были завершены или прекращены по состоянию на май 2020 года, включают: [7]
- Fusion: звезда на вашем экране : это приложение помогло ученым из Исследовательского центра по вопросам энергетики, окружающей среды и технологий (CIEMAT) и Института биовычислений и физики сложных систем (BIFI) провести моделирование плазмы , которая будет производиться в Международном экспериментальном термоядерном реакторе (ИТЭР). Проект ИТЭР, который начнет работу в 2018 году, стремится сделать ядерную термоядерную энергию реальностью, воспроизводя на Земле условия, которые обычно встречаются внутри звезд .
- Стыковка: поиск противораковых препаратов : приложение Docking помогло в поиске новых лекарств посредством моделирования стыковки белков . Подразделение биоинформатики Centro de Biologia Molecular Severo Ochoa ( CSIC -UAM) разработало платформу, позволяющую автоматически моделировать взаимодействия белков и малых молекул. Ее целью было найти эффективные препараты для лечения серьезных заболеваний, таких как рак .
- Материалы: моделирование магнитных систем : приложение Materials помогло физикам из Университета Комплутенсе в Мадриде , Университета Эстремадуры и Института биовычислений и физики сложных систем обнаружить, как немагнитные примеси в магнитных материалах изменяют свойства их перехода из магнитного состояния в немагнитное. Знание этих переходов важно не только с теоретической точки зрения, но и может помочь в развитии многих областей техники , таких как магнитные жесткие диски и сверхпроводящие материалы.
- Nanoluz: свет в наномасштабе : понимание того, как свет реагирует в нанометровом масштабе, является научной задачей, имеющей важные последствия для создания новых материалов, разработки новых вычислительных и коммуникационных систем и совершенствования таких технологий, как солнечные панели . Используя приложение Nanoluz, ученые из Института оптики Daza Valdés CSIC исследовали поведение света в металлических наночастицах , стремясь разработать системы, которые могли бы упростить медицинский и биологический анализ.
- IberNet: давайте проведём исследование Ibercivis изнутри : в рамках этого проекта исследователи стремились изучить и представить структуру Ibercivis как социальной сети и попытаться экспортировать свои выводы в другие социальные сети, чтобы помочь в изучении и прогнозировании динамики массовой социальной среды.
- Amiloide: поиск лекарств против нейродегенеративных амилоидных заболеваний : [8] проект AMILOIDE направлен на поиск в цифровых библиотеках миллионов соединений потенциальных лекарств для вмешательства в образование агрегатов и амилоидных волокон, которые могут привести к нейродегенеративным заболеваниям. В настоящее время основными целевыми заболеваниями являются семейная амилоидная полинейропатия (FAP) и болезнь Альцгеймера . Этот проект является ответственностью ученых из группы структурной и вычислительной биологии в Центре нейронауки и клеточной биологии (CNC) Университета Коимбры .
- Neurosim: погружение в молекулярную структуру памяти : ученые Института структуры материи CSIC используют результаты приложения Neurosim для анализа структурных свойств аминокислот и небольших пептидов (последовательностей из нескольких десятков аминокислот), которые действуют в мозге и нервной системе человека . Моделируя так называемый энергетический ландшафт для каждой аминокислоты, можно сделать ключевые шаги в реконструкции трехмерной структуры белков из последовательности аминокислот, продвигая изучение структуры и функции человеческого мозга.
- Адсорбция: поведение ограниченных жидкостей в ограниченном пространстве : приложение Adsorbion помогает исследователям из Instituto de Química-Física Rocasolano из CSIC изучать адсорбционные свойства столбчатых глин, которые широко используются в качестве промышленных катализаторов , материалов для хранения газа и промышленных разделительных агентов. Этот вид глины используется в промышленных процессах, таких как производство биотоплива из растительных масел , хранение природного газа при комнатной температуре и хранение парниковых газов, производимых промышленностью.
- Cuanticables: моделирование квантовых проводов : ученые из Университета Буэнос-Айреса используют это приложение для изучения степени влияния дефектов в материале квантовых проводов на их электрический ток . Для этой цели они разрабатывают теоретическую модель, которая имитирует квантовый провод, примеси и электроды , к которым подключается квантовый провод, и изучают поведение тока, который генерируется в проводе, когда к нему прикладывается внешнее напряжение.
- Sanidad: улучшенная диагностика : ионизирующее излучение используется в медицинских приложениях, начиная от базовых диагностических тестов в современной больнице (в радиологии , ядерной медицине и лабораторных исследованиях) до лечения рака с помощью радиотерапии . Для этих целей могут использоваться как реальные радиоактивные материалы (в форме семян или инъекционного материала), так и сложное оборудование, генерирующее фотонные пучки и электроны . Физики из Андалусии используют моделирование Sanidad для улучшения знаний о безопасном использовании радиации в здравоохранении и для изучения потенциальных новых приложений.
- Criticalidad: электронный транспорт в неупорядоченных системах с фрактальными свойствами : проект Criticalidad помогает мексиканским исследователям понять свойства и эффекты фрактальности в транспорте электронов через неупорядоченные системы в переходе Андерсона . [9]
- Soluvel: исследование растворимости токсичных и фармацевтических соединений: цель проекта Soluvel — рассчитать энергии сольватации некоторых растворимых соединений, чтобы с помощью вычислений определить, какие соединения могут оказаться токсичными для человека, а какие могут служить эффективными медицинскими препаратами. Проект реализуется исследователями из Лаборатории молекулярного моделирования разделительной и реакционной инженерии (LSRE), подразделения факультета инженерии Университета Порту . [10]
- Primalidad: поиск простых чисел Уилсона: проект «гражданской науки», открытый для всех математиков, приложение Primalidad ищет следующее простое число Уилсона – первые три были 5, 13 и 563. Предполагается, что четвертое простое число Уилсона должно быть больше 5 × 10 8 . [11]
Смотрите также
Ссылки
- ^ "Ibercivis BOINC". Ibercivis . 2020-05-16. Архивировано из оригинала 2020-05-13 . Получено 2020-05-16 .
- ^ ab de Zutter, W. (19 апреля 2013 г.). "Ibercivis: Credit overview". BoincStats.com. Архивировано из оригинала 6 января 2012 г. Получено 19 апреля 2013 г.
- ^ "Ibercivis BOINC - Состояние сервера". Ibercivis BOINC . 2020-05-16. Архивировано из оригинала 2020-06-30 . Получено 2020-05-16 .
- ^ "Faqs". Ibercivis.es. Архивировано из оригинала 2011-07-20 . Получено 2011-02-20 .
- ^ Ibercivis.pt - Проекты, заархивированные 25.04.2012 на Wayback Machine . Получено 15.10.2011.
- ^ "PROYECTO COVID-PHYM". Ibercivis . Архивировано из оригинала 2020-06-30 . Получено 2020-05-16 .
- ^ Ibercivis.pt - Предыдущие проекты. Архивировано 25.04.2012 на Wayback Machine. Получено 15.10.2011.
- ^ AMILOIDE, The Movie — Трейлер в стиле Inception, архив 2016-04-18 на Wayback Machine , youtube.com
- ^ Ibercivis.pt - Criticalidad. Архивировано 25.04.2012 на Wayback Machine. Получено 15.10.2011.
- ^ Ibercivis.pt - Soluvel. Архивировано 26 июля 2011 г. на Wayback Machine . Получено 15 октября 2011 г.
- ^ Ibercivis.pt - Primalidad Архивировано 25.04.2012 на Wayback Machine . Получено 15.10.2011.
Внешние ссылки
- Официальный сайт Архивировано 23 июля 2011 г. в Wayback Machine
- Официальный португальский сайт
- Официальный испанский сайт
- Ibercivis - испанский сайт BOINC Архивировано 14.09.2015 на Wayback Machine
- Ibercivis - Португальский сайт BOINC Архивировано 21.02.2014 на Wayback Machine
- BIFI - Институт сложных систем, биокомпьютерных вычислений и физики. Архивировано 13.02.2003 на Wayback Machine
- Центр нейронауки и клеточной биологии
- Университет Сарагосы
- CIEMAT - Центр энергетических, медиоэмбиентальных и технологических исследований
- ИТЭР — Международный термоядерный экспериментальный реактор