stringtranslate.com

28S рибосомальная РНК

Филогения митохондриальной 16S и ядерной 28S рибосомальной ДНК трех видов моллюсков, принадлежащих к роду Waldo .

28S рибосомальная РНК представляет собой структурную рибосомальную РНК (рРНК) большой субъединицы (LSU) цитоплазматических рибосом эукариот и, таким образом, является одним из основных компонентов всех эукариотических клеток. Он имеет размер 25S у растений и 28S у млекопитающих, отсюда и название 25S–28S рРНК . [1]

В сочетании с 5,8S рРНК на 5'-стороне он является эукариотическим ядерным гомологом прокариотических 23S и митохондриальных 16S рибосомальных РНК. [2] [3] [4]

Использование в филогении

Гены, кодирующие 28S рРНК, называются 28S рДНК. Сравнение последовательностей этих генов иногда используется в молекулярном анализе для построения филогенетических деревьев , например, у простейших , [5] грибов , [6] насекомых , [7] паукообразных , [8] тихоходок , [9] и позвоночных животных . [10] [11]

Состав

Длина 28S рРНК обычно составляет 4000–5000 нт. [12]

Некоторые эукариоты расщепляют 28S рРНК на две части перед сборкой обеих в рибосому - явление, названное «скрытым разрывом». [12]

Базы данных

Несколько баз данных предоставляют выравнивания и аннотации последовательностей рРНК LSU для целей сравнения :

Рекомендации

  1. ^ Лодиш, Харви Ф.; Дарнелл, Джеймс Э. (1 января 1995 г.). Молекулярно-клеточная биология . Научные американские книги. ISBN 978-0-7167-2380-6. ОСЛК  30783343.
  2. ^ Эперон, IC; Андерсон, С.; Нирлих, ДП (31 июля 1980 г.). «Отличительная последовательность генов митохондриальной рибосомальной РНК человека». Природа . 286 (5772): 460–467. Бибкод : 1980Natur.286..460E. дои : 10.1038/286460a0. PMID  6157106. S2CID  4262269.
  3. ^ Дорис, Стивен М.; Смит, Дебора Р.; Бимсдерфер, Джулия Н.; Рафаэль, Бенджамин Дж.; Натансон, Джудит А.; Герби, Сьюзен А. (октябрь 2015 г.). «Универсальные и домен-специфические последовательности в 23S–28S рибосомальной РНК, идентифицированные с помощью компьютерной филогенетики». РНК . 21 (10): 1719–1730. дои : 10.1261/rna.051144.115 . ПМЦ 4574749 . ПМИД  26283689. 
  4. ^ Лафонтен, DLJ; Толлерви, Д. (2001). «Функция и синтез рибосом». Nature Reviews Молекулярно-клеточная биология . 2 (7): 514–520. дои : 10.1038/35080045. hdl : 1842/729 . PMID  11433365. S2CID  2637106.
  5. ^ Бароин, А.; Перассо, Р.; Цюй, Л.Х.; Бружероль, Г.; Бачеллери, Япония; Адутте, А. (1 мая 1988 г.). «Частичная филогения одноклеточных эукариот, основанная на быстром секвенировании части 28S рибосомальной РНК». Труды Национальной академии наук . 85 (10): 3474–3478. Бибкод : 1988PNAS...85.3474B. дои : 10.1073/pnas.85.10.3474 . ISSN  0027-8424. ПМК 280234 . ПМИД  3368456. 
  6. ^ Джеймс, Тимоти Ю.; Кауфф, Фрэнк; Шох, Конрад Л.; Мэтени, П. Брэндон; Хофстеттер, Валери; Кокс, Саймон Дж.; Селио, Гейл; Гидан, Сесиль; Фрейкер, Эмили (2006). «Реконструкция ранней эволюции грибов с использованием филогении из шести генов». Природа . 443 (7113): 818–822. Бибкод : 2006Natur.443..818J. дои : 10.1038/nature05110. PMID  17051209. S2CID  4302864.
  7. ^ Уайтинг, Майкл Ф.; Карпентер, Джеймс К.; Уилер, Квентин Д.; Уилер, Уорд К. (1 марта 1997 г.). «Проблема Strepsiptera: филогения отрядов голометаболических насекомых, выведенная на основе последовательностей и морфологии рибосомальной ДНК 18S и 28S». Систематическая биология . 46 (1): 1–68. дои : 10.1093/sysbio/46.1.1 . ISSN  1063-5157. ПМИД  11975347.
  8. ^ Хедин, маршал К.; Мэддисон, Уэйн П. (март 2001 г.). «Комбинированный молекулярный подход к филогении подсемейства пауков-прыгунов Dendryphantinae (Araneae: Salticidae)». Молекулярная филогенетика и эволюция . 18 (3): 386–403. дои : 10.1006/mpev.2000.0883. ПМИД  11277632.
  9. ^ Йоргенсен, Аслак; Фаурби, Сорен; Хансен, Йеспер Г.; Мёбьерг, Надя; Кристенсен, Рейнхардт М. (01 марта 2010 г.). «Молекулярная филогения Arthrotardigrada (Tardigrada)». Молекулярная филогенетика и эволюция . 54 (3): 1006–1015. doi :10.1016/j.ympev.2009.10.006. ПМИД  19822216.
  10. ^ Ле, Хок Лань Ван; Лекуантр, Гийом; Перассо, Роланд (1 марта 1993 г.). «Филогения челюстноротых на основе 28S рРНК: первые шаги в анализе конфликта и соответствия с морфологически обоснованными кладограммами». Молекулярная филогенетика и эволюция . 2 (1): 31–51. дои : 10.1006/mpev.1993.1005. ПМИД  8081546.
  11. ^ Маллат, Джон; Салливан, Джек (декабрь 1998 г.). «Последовательности 28S и 18S рДНК поддерживают монофилию миног и миксин». Молекулярная биология и эволюция . 15 (12): 1706–1718. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025897. ПМИД  9866205.
  12. ^ аб Нацидис, Пасхалис; Шиффер, Филипп Х.; Сальвадор-Мартинес, Ирепан; Телфорд, Максимилиан Дж. (декабрь 2019 г.). «Вычислительное обнаружение скрытых разрывов в 28S рибосомальных РНК у эукариот и последствия для показателей целостности РНК». Научные отчеты . 9 (1): 19477. Бибкод : 2019NatSR...919477N. дои : 10.1038/s41598-019-55573-1 . ПМЦ 6925239 . ПМИД  31863008. 
  13. ^ «Проект рибосомальной базы данных». RDP, выпуск 11, обновление 5 . 30 сентября 2016 г. Архивировано из оригинала 19 августа 2020 г. Проверено 31 декабря 2016 г.
  14. ^ Олсен, Дж.Дж.; Овербек, Р.; Ларсен, Н.; Марш, TL; МакКоги, MJ; Мацюкенас, Массачусетс; Куан, В.-М.; Маке, Ти Джей; Син, Ю. (11 мая 1992 г.). «Проект рибосомальной базы данных». Исследования нуклеиновых кислот . 20 (приложение): 2199–2200. doi : 10.1093/nar/20.suppl.2199. ISSN  0305-1048. ПМК 333993 . ПМИД  1598241. 
  15. ^ Коул, Джеймс Р.; Ван, Цюн; Фиш, Джордан А.; Чай, Бенли; МакГаррелл, Донна М.; Сан, Янни; Браун, К. Титус; Поррас-Альфаро, Андреа; Куск, Шерил Р. (1 января 2014 г.). «Проект рибосомальной базы данных: данные и инструменты для высокопроизводительного анализа рРНК». Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Д1): Д633–Д642. дои : 10.1093/nar/gkt1244. ISSN  0305-1048. ПМЦ 3965039 . ПМИД  24288368. 
  16. ^ Кваст, К.; Прюсс, Э.; Йылмаз, П.; Геркен, Дж.; Швеер, Т.; Ярза, П.; Пеплиес, Дж.; Глокнер, ФО (1 января 2013 г.). «Проект базы данных генов рибосомальных РНК SILVA: улучшенная обработка данных и веб-инструменты». Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Д1): Д590–Д596. дои : 10.1093/nar/gks1219. ISSN  0305-1048. ПМК 3531112 . ПМИД  23193283.