stringtranslate.com

Рибонуклеаза V1

Каспийская кобра

Рибонуклеаза V1 (РНКаза V1) — это фермент рибонуклеазы , обнаруженный в яде каспийской кобры ( Naja oxiana ). [1] Он расщепляет двухцепочечную РНК неспецифическим для последовательности образом, обычно требуя субстрата из не менее шести сложенных нуклеотидов . [2] Как и многие рибонуклеазы, фермент требует присутствия ионов магния для своей активности. [3]

Лабораторное использование

Очищенная РНКаза V1 — это широко используемый реагент в экспериментах по молекулярной биологии . В сочетании с другими рибонуклеазами, которые расщепляют одноцепочечную РНК после определенных нуклеотидов или последовательностей, такими как РНКаза T1 и РНКаза I , ее можно использовать для картирования внутренних взаимодействий в больших молекулах РНК со сложной вторичной структурой или для проведения экспериментов по футпринтингу на макромолекулярных комплексах, содержащих РНК. [3]

РНКаза V1 является единственной широко используемой лабораторной РНКазой, которая дает положительные доказательства наличия двухцепочечных спиральных конформаций в целевой РНК. [4] Поскольку РНКаза V1 обладает некоторой активностью против РНК, которая является спаренной, но одноцепочечной, [5] двойная восприимчивость как к РНКазе V1, так и к РНКазе I в одном месте в целевой молекуле РНК свидетельствует об этой относительно необычной конформации, обнаруженной в петлях РНК. [6]

Отличительная вторичная структура транспортной РНК , содержащая ряд двойных спиралей, разделенных гибкими петлями.

Структурные открытия

РНКаза V1 сыграла особенно важную роль в выяснении отличительной структуры стебля-петли транспортной РНК . [1] [7] Она также широко использовалась для изучения высокоструктурированных геномов РНК ретровирусов , таких как вирус гепатита С , [8] вирус денге , [9] и ВИЧ . [10] Вместе с нуклеазой S1 , которая специфически расщепляет одноцепочечную РНК, ее можно использовать для профилирования склонностей вторичной структуры молекул информационной РНК , процедуры, которая может применяться к целым транскриптомам в сочетании с глубоким секвенированием . [11] [12]

Ссылки

  1. ^ ab Favorova OO, Fasiolo F, Keith G, Vassilenko SK, Ebel JP (февраль 1981). "Частичное переваривание комплексов тРНК--аминоацил-тРНК-синтетазы рибонуклеазой яда кобры". Биохимия . 20 (4): 1006–11. doi :10.1021/bi00507a055. PMID  7011369.
  2. ^ Ин, Шао Яо, ред. (2006-01-01). Протоколы микроРНК . Humana Press. стр. 23. ISBN 9781597451239.
  3. ^ ab Nilsen TW (апрель 2013 г.). «Определение структуры РНК с использованием нуклеазного расщепления». Cold Spring Harbor Protocols . 2013 (4): 379–82. doi : 10.1101/pdb.prot072330 . PMID  23547152.
  4. ^ Дюваль, Мелоди; Ромилли, Седрик; Хелфер, Анна-Катрин; Фуксбауэр, Оливье; Ромби, Паскаль; Марци, Стефано (2013). Клостермайер, Дагмар; Хамманн, Кристиан (ред.). Структура и сворачивание РНК: биофизические методы и методы прогнозирования. Вальтер де Грютер. п. 32. ISBN 9783110284959.
  5. ^ Lowman HB, Draper DE (апрель 1986). «О распознавании спиральной РНК нуклеазой V1 яда кобры». Журнал биологической химии . 261 (12): 5396–403. doi : 10.1016/S0021-9258(19)57229-5 . PMID  2420800.
  6. ^ Chaulk SG, Xu Z, Glover MJ, Fahlman RP (апрель 2014 г.). «Биогенез и нацеливание мРНК микроРНК miR-92a-1 модулируется третичным контактом в кластере микроРНК miR-17~92». Nucleic Acids Research . 42 (8): 5234–44. doi :10.1093/nar/gku133. PMC 4005684. PMID  24520115 . 
  7. ^ Локкард RE, Кумар A (октябрь 1981 г.). «Картирование структуры тРНК в растворе с использованием двухцепочечной специфической рибонуклеазы V1 из яда кобры». Nucleic Acids Research . 9 (19): 5125–40. doi :10.1093/nar/9.19.5125. PMC 327503. PMID  7031604 . 
  8. ^ Blight KJ, Rice CM (октябрь 1997 г.). «Определение вторичной структуры консервативной последовательности из 98 оснований на 3'-конце геномной РНК вируса гепатита С». Журнал вирусологии . 71 (10): 7345–52. doi : 10.1128 /JVI.71.10.7345-7352.1997. PMC 192079. PMID  9311812. 
  9. ^ Polacek C, Foley JE, Harris E (январь 2009 г.). «Конформационные изменения в структуре раствора 5'-конца вируса денге в присутствии и отсутствии 3'-нетранслируемой области». Журнал вирусологии . 83 (2): 1161–6. doi :10.1128/JVI.01362-08. PMC 2612390. PMID  19004957 . 
  10. ^ Harrison GP, ​​Lever AM (июль 1992 г.). «Сигнал упаковки вируса иммунодефицита человека типа 1 и основная область донора сплайсинга имеют консервативную стабильную вторичную структуру». Journal of Virology . 66 (7): 4144–53. doi :10.1128/JVI.66.7.4144-4153.1992. PMC 241217 . PMID  1602537. .
  11. ^ Kertesz M, Wan Y, Mazor E, Rinn JL, Nutter RC, Chang HY , Segal E (сентябрь 2010 г.). «Измерение вторичной структуры РНК в дрожжах по всему геному». Nature . 467 (7311): 103–7. Bibcode :2010Natur.467..103K. doi :10.1038/nature09322. PMC 3847670 . PMID  20811459. 
  12. ^ Сильверман, Ян М.; Берковиц, Натан Д.; Госай, Сейгер Дж.; Грегори, Брайан Д. (2016). «Подходы к исследованию структуры РНК на уровне всего генома». В Yeo, Gene W. (ред.). Обработка РНК . Springer. стр. 29–59. ISBN 978-3-319-29071-3.