Молекулярное связывание — это притягивающее взаимодействие между двумя молекулами , которое приводит к устойчивой ассоциации, при которой молекулы находятся в непосредственной близости друг к другу. Он образуется, когда атомы или молекулы связываются вместе за счет совместного использования электронов. Часто, но не всегда, это связано с химической связью .
В некоторых случаях ассоциации могут быть весьма сильными — например, белок стрептавидин и витамин биотин имеют константу диссоциации (отражающую соотношение между связанным и свободным биотином) порядка 10–14 — и поэтому реакции фактически необратимы. . Результатом молекулярного связывания иногда является образование молекулярного комплекса, в котором силы притяжения, удерживающие компоненты вместе, обычно нековалентны и, следовательно, обычно энергетически слабее, чем ковалентные связи .
Молекулярное связывание происходит в биологических комплексах (например, между парами или наборами белков или между белком и небольшой молекулой- лигандом, с которым он связывается), а также в абиологических химических системах, например, в случае координационных полимеров и координационных сетей, таких как металлоорганические. рамки .
Молекулярное связывание можно разделить на следующие типы: [1]
Связанные молекулы иногда называют «молекулярным комплексом» — этот термин обычно относится к нековалентным ассоциациям. [2] Нековалентные взаимодействия могут фактически стать необратимыми; например, ингибиторы ферментов с сильным связыванием могут иметь кинетику, очень напоминающую необратимые ковалентные ингибиторы. Среди наиболее тесных известных белок-белковых комплексов находится комплекс между ферментом ангиогенином и ингибитором рибонуклеазы ; константа диссоциации белков человека составляет 5x10 -16 моль/л. [3] [4] Другим биологическим примером является связывающий белок стрептавидин , обладающий необычайно высоким сродством к биотину (витамин B7/H, константа диссоциации , K d ≈10 -14 моль/л). [5] В таких случаях, если условия реакции изменяются (например, белок перемещается в среду, где концентрации биотина очень низки, или изменяются pH или ионные условия), может ускориться обратная реакция. Например, взаимодействие биотин-стрептавидин можно нарушить, инкубируя комплекс в воде при температуре 70 ° C, не повреждая ни одну молекулу. [6] Пример изменения локальной концентрации, вызывающего диссоциацию, можно найти в эффекте Бора , который описывает диссоциацию лигандов гемоглобина в легких по сравнению с периферическими тканями. [5]
Некоторые белок-белковые взаимодействия приводят к образованию ковалентных связей [7] , а некоторые фармацевтические препараты являются необратимыми антагонистами , которые могут быть или не быть ковалентно связанными. [8] Открытие лекарств проходило через периоды, когда кандидаты на лекарства, которые ковалентно связываются со своими целями, были привлекательными, а затем их избегали; успех бортезомиба сделал в конце 2000-х годов кандидаты на ковалентное связывание на основе бора более привлекательными. [9] [10]
Чтобы комплекс был стабильным, свободная энергия комплекса по определению должна быть ниже, чем у молекул, разделенных растворителем. Связывание может быть в первую очередь обусловлено энтропией (высвобождение упорядоченных молекул растворителя вокруг изолированной молекулы, что приводит к чистому увеличению энтропии системы). Когда растворителем является вода, это известно как гидрофобный эффект . Альтернативно, связывание может быть обусловлено энтальпией , когда нековалентные силы притяжения, такие как электростатическое притяжение, водородная связь и дисперсионные силы Ван-дер-Ваальса / Лондона , в первую очередь ответственны за образование стабильного комплекса. [11] Комплексы, которые имеют сильный вклад энтропии в образование, как правило, имеют слабый вклад энтальпии. И наоборот, комплексы с сильным энтальпийным компонентом имеют тенденцию иметь слабый энтропийный компонент. Это явление известно как энтальпийно-энтропийная компенсация . [12]
Силу связи между компонентами молекулярного комплекса количественно измеряют константой связывания (K A ), определяемой как отношение концентрации комплекса к произведению концентраций изолированных компонентов при равновесии в мольных единицах:
Когда молекулярный комплекс препятствует нормальному функционированию фермента , константу связывания также называют константой ингибирования (K I ).
Молекулы, которые могут участвовать в молекулярном связывании, включают белки , нуклеиновые кислоты , углеводы , липиды и небольшие органические молекулы, такие как лекарства . Следовательно, к типам комплексов, образующихся в результате молекулярного связывания, относятся:
Белки, которые образуют стабильные комплексы с другими молекулами, часто называют рецепторами , а их партнеры по связыванию — лигандами . [16]
Молекулярное образование, образованное в результате свободной ассоциации, включающей два или более молекулярных компонента (ионных или незаряженных) или соответствующие химические соединения.
Связь между компонентами обычно слабее, чем при ковалентной связи.
Этот термин также использовался с различными оттенками значения в разных контекстах: поэтому его лучше избегать, когда применима более явная альтернатива.
В неорганической химии вместо термина «комплекс» рекомендуется использовать термин «координационная единица».
{{cite journal}}
: CS1 maint: неотмеченный бесплатный DOI ( ссылка )