stringtranslate.com

Структурные вариации

Геномная структурная вариация — это вариация структуры хромосомы организма , такая как делеции, дупликации, вариации числа копий , вставки, инверсии и транслокации . Первоначально структурная вариация затрагивает длину последовательности примерно от 1 кб до 3 Мб, что больше, чем SNP , и меньше, чем аномалия хромосомы (хотя определения частично совпадают). [1] Однако рабочий диапазон структурных вариаций расширился и теперь включает события > 50 п.н. [2] Некоторые структурные вариации связаны с генетическими заболеваниями , однако большинство — нет. [3] [4] Примерно 13% генома человека определяется как структурно изменчивый в нормальной популяции, и существует по меньшей мере 240 генов, которые существуют как гомозиготные делеционные полиморфизмы в человеческих популяциях, что позволяет предположить, что эти гены не являются обязательными для людей. [4] В то время как у людей медиана SNP составляет 3,6 Мбн (по сравнению с референтным геномом), медиана в 8,9 Мбн зависит от структурных вариаций, которые, таким образом, вызывают большинство генетических различий между людьми с точки зрения необработанных данных о последовательностях. [4]

Микроскопические структурные вариации

Микроскопический означает, что его можно обнаружить с помощью оптических микроскопов , например, анеуплоидии , маркерные хромосомы , грубые перестройки и вариации в размере хромосом. [5] [6] Считается, что частота в человеческой популяции недооценена из-за того, что некоторые из них на самом деле нелегко идентифицировать. Эти структурные аномалии существуют у 1 из каждых 375 живорождений по предполагаемой информации. [7]

Субмикроскопические структурные вариации

Субмикроскопические структурные варианты гораздо сложнее обнаружить из-за их небольшого размера. Первое исследование в 2004 году, которое использовало ДНК-микрочипы , смогло обнаружить десятки генетических локусов , которые показали вариацию числа копий , делеции и дупликации , более 100 килобаз в геноме человека. [8] Однако к 2015 году исследования по секвенированию всего генома смогли обнаружить около 5000 структурных вариантов размером всего 100 пар оснований, охватывающих приблизительно 20 мегабаз в каждом отдельном геноме. [3] [4] Эти структурные варианты включают делеции, тандемные дупликации, инверсии , вставки мобильных элементов . Скорость мутаций также намного выше, чем у микроскопических структурных вариантов, оцененная двумя исследованиями в 16% и 20% соответственно, оба из которых, вероятно, занижены из-за проблем с точным обнаружением структурных вариантов. [3] [9] Также было показано, что генерация спонтанных структурных вариантов значительно увеличивает вероятность генерации дальнейших спонтанных однонуклеотидных вариантов или инделей в пределах 100 килобаз от структурного вариационного события. [3]

Изменение числа копий

Вариации числа копий (CNV) — это большая категория структурных вариаций, которая включает вставки , делеции и дупликации . В недавних исследованиях вариации числа копий проверялись на людях, не имеющих генетических заболеваний, с использованием методов, которые используются для количественного генотипирования SNP. Результаты показывают, что 28% предполагаемых регионов у людей на самом деле содержат вариации числа копий. [10] [11] Кроме того, CNV в геноме человека затрагивают больше нуклеотидов, чем полиморфизм одного нуклеотида (SNP). Также следует отметить, что многие из CNV не находятся в кодирующих регионах. Поскольку CNV обычно вызываются неравной рекомбинацией , широко распространенные похожие последовательности, такие как LINE и SINE, могут быть общим механизмом создания CNV. [12] [13]

Инверсия

Известно несколько инверсий, связанных с болезнями человека. Например, повторяющаяся инверсия в 400 кб в гене фактора VIII является частой причиной гемофилии А , [14] а меньшие инверсии, влияющие на идунорат 2-сульфатазу (IDS), вызывают синдром Хантера . [15] Другие примеры включают синдром Ангельмана и синдром Сотоса . Однако недавние исследования показывают, что у одного человека может быть 56 предполагаемых инверсий, поэтому инверсии, не связанные с болезнью, встречаются чаще, чем предполагалось ранее. Также в этом исследовании указано, что точки разрыва инверсии обычно связаны с сегментными дупликациями. [16] Одна инверсия в 900 кб в хромосоме 17 находится под положительным отбором и, как прогнозируется, увеличит ее частоту в европейской популяции. [17]

Другие структурные варианты

Более сложные структурные варианты могут включать комбинацию вышеперечисленного в одном событии. [3] Наиболее распространенным типом сложных структурных вариаций являются нетандемные дупликации, где последовательность дублируется и вставляется в инвертированной или прямой ориентации в другую часть генома. [3] Другие классы сложных структурных вариантов включают делецию-инверсию-делеции, дупликацию-инверсию-дупликации и тандемные дупликации с вложенными делециями. [3] Существуют также скрытые транслокации и сегментная однородительская дисомия (UPD). Сообщений об этих вариациях становится все больше, но их сложнее обнаружить, чем традиционные вариации, поскольку эти варианты сбалансированы, а методы на основе массива или ПЦР не позволяют их обнаружить. [18]

Структурные вариации и фенотипы

Предполагается, что некоторые генетические заболевания вызваны структурными вариациями, но эта связь не очень определена. Неправдоподобно делить эти варианты на два класса как «нормальные» и «болезненные», поскольку фактический результат одного и того же варианта также будет различаться. Кроме того, некоторые из вариантов на самом деле положительно отобраны для (упомянутого выше). Серия исследований показала, что спонтанные ( de novo ) CNV, нарушающие гены, нарушают гены примерно в четыре раза чаще при аутизме, чем в контрольной группе, и вносят вклад примерно в 5–10% случаев. [3] [19] [20] [21] [22] Унаследованные варианты также вносят вклад примерно в 5–10% случаев аутизма. [3]

Структурные вариации также имеют свою функцию в популяционной генетике. Различная частота одной и той же вариации может использоваться в качестве генетической метки для вывода о связи между популяциями в разных областях. Полное сравнение структурных вариаций человека и шимпанзе также предполагает, что некоторые из них могут быть зафиксированы в одном виде из-за его адаптивной функции. [23] Существуют также делеции, связанные с устойчивостью к малярии и СПИДу . [24] [25] Кроме того, некоторые высокоизменчивые сегменты, как полагают, вызваны балансирующим отбором, но есть и исследования, опровергающие эту гипотезу. [26]

База данных структурных вариаций

Некоторые браузеры генома и биоинформационные базы данных имеют список структурных вариаций в геноме человека с акцентом на CNV и могут отображать их на странице просмотра генома, например, UCSC Genome Browser . [27] Под страницей просмотра части генома есть «Common Cell CNVs» и «Structural Var», которые можно включить. На NCBI есть специальная страница [28] для структурных вариаций. В этой системе отображаются как «внутренние», так и «внешние» координаты; они обе не являются фактическими точками разрыва, а предполагают минимальный и максимальный диапазон последовательности, затронутой структурной вариацией. Типы классифицируются как вставка, потеря, усиление, инверсия, LOH, вывернутый, transchr и UPD. [ необходима цитата ]

Методы обнаружения

Сигнатуры и паттерны SV для делеции (A), вставки новой последовательности (B), инверсии (C) и тандемной дупликации (D) в методах подсчета прочтений (RC), прочтения-пары (RP), разделения-чтения (SR) и сборки de novo (AS). [29]

Были разработаны новые методы для анализа структурных вариаций генетической информации человека с высоким разрешением. Методы, используемые для тестирования генома, являются либо определенными целевыми, либо широкогеномными. Для широкогеномных тестов подходы сравнительной геномной гибридизации на основе массивов обеспечивают наилучшие широкогеномные сканирования для поиска новых вариантов числа копий. [30] Эти методы используют фрагменты ДНК, которые маркируются из интересующего генома и гибридизуются с другим геномом, маркированным по-другому, с массивами, отмеченными клонированными фрагментами ДНК. Это выявляет различия в числе копий между двумя геномами. [30]

Для целевых геномных исследований лучшими анализами для проверки определенных областей генома являются, прежде всего, ПЦР. Наиболее известным из методов, основанных на ПЦР, является количественная полимеразная цепная реакция в реальном времени (qPCR). [30] Другой подход заключается в специальной проверке определенных областей, которые окружают известные сегментные дупликации, поскольку они обычно являются областями вариации числа копий. [30] Метод генотипирования SNP, который предлагает независимые интенсивности флуоресценции для двух аллелей, может быть использован для нацеливания на нуклеотиды между двумя копиями сегментной дупликации. [30] Из этого можно наблюдать увеличение интенсивности от одного из аллелей по сравнению с другим.

С развитием технологии секвенирования нового поколения (NGS) были описаны четыре класса стратегий обнаружения структурных вариантов с использованием данных NGS, каждый из которых основан на паттернах, диагностических для различных классов SV. [31] [29] [32] [33]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Фьюк, Ларс; Карсон, Эндрю Р.; Шерер, Стивен В. (2006). «Структурные вариации в геноме человека». Nature Reviews Genetics . 7 (2): 85–97. doi :10.1038/nrg1767. PMID  16418744. S2CID  17255998.
  2. ^ Alkan, Can; Coe, Bradley P.; Eichler, Evan E. (2011-03-01). «Открытие структурных вариаций генома и генотипирование». Nature Reviews Genetics . 12 (5): 363–376. doi :10.1038/nrg2958. ISSN  1471-0056. PMC 4108431. PMID 21358748  . 
  3. ^ abcdefghi Брандлер, Уильям М.; Антаки, Дэнни; Гуджрал, Мадхусудан; Нур, Амина; Розанио, Габриэль; Чепмен, Тимоти Р.; Баррера, Дэниел Дж.; Линь, Гуань Нин; Малхотра, Дирадж; Уоттс, Аманда С.; Вонг, Лоуренс К.; Эстабилльо, Джаспер А.; Гадомски, Тереза ​​​​Э.; Хонг, Оан; Фахардо, Карин В. Фуэнтес; Бхандари, Абхишек; Оуэн, Рениус; Бон, Майкл; Юань, Джеффри; Соломон, Терри; Мойзис, Александра Г.; Мэйл, Мишель С.; Сандерс, Стефан Дж.; Райнер, Гейл Э.; Во, Кейт К.; Стром, Чарльз М.; Чжан, Канг; Муотри, Алиссон Р.; Акшумофф, Наташа; Лил, Сюзанна М.; Пирс, Карен; Куршен, Эрик; Якучева, Лилия М.; Корселло, Кристина; Себат, Джонатан (24 марта 2016 г.). «Частота и сложность структурной мутации De Novo при аутизме». Американский журнал генетики человека . 98 (4): 667–79. doi :10.1016/j.ajhg.2016.02.018. PMC 4833290. PMID 27018473  . 
  4. ^ abcd Судмант, Питер Х.; Рауш, Тобиас; Гарднер, Юджин Дж.; Handsaker, Роберт Э.; Абызов Алексей; Хаддлстон, Джон; Чжан, Ян; Да, Кай; Джун, Гу; Си-Ян Фриц, Маркус; Конкель, Мириам К.; Малхотра, Анкит; Штютц, Адриан М.; Ши, Синхуа; Паоло Казале, Франческо; Чен, Цземин; Хормоздиари, Ферейдун; Даяма, Гарги; Чен, Кен; Малиг, Майка; Чессон, Марк Дж. П.; Уолтер, Клаудия; Мейерс, Саша; Кашин, Сева; Гаррисон, Эрик; Аутон, Адам; Лам, Хьюго Ю.К.; Жасмин Му, Синьмэн; Алкан, Кан; Антаки, Дэнни; Пэ, Тэджон; Сервейра, Элиза; Чайнс, Питер; Чонг, Зечен; Кларк, Лаура; Даль, Элиф; Дин, Ли; Эмери, Сара; Фань, Сиань; Гуджрал, Мадхусудан; Кахвечи, Фатма; Кидд, Джеффри М.; Конг, Ю; Ламейер, Эрик-Вуббо; Маккарти, Шейн; Фличек, Пол; Гиббс, Ричард А.; Март, Габор; Мейсон, Кристофер Э.; Менелау, Андроники; Музный, Донна М.; Нельсон, Брэдли Дж.; Нур, Амина; Пэрриш, Николас Ф.; Пендлтон, Мэтью; Китадамо, Эндрю; Редер, Бенджамин; Шадт, Эрик Э.; Романович, Мэллори; Шлаттль, Андреас; Себра, Роберт; Шабалин Андрей А.; Унтергассер, Андреас; Уокер, Джерилин А.; Ван, Мин; Юй, Фули; Чжан, Чэншэн; Чжан, Цзин; Чжэн-Брэдли, Сянцюнь; Чжоу, Вандин; Зихнер, Томас; Себат, Джонатан; Батцер, Марк А.; Маккэрролл, Стивен А.; Миллс, Райан Э.; Герштейн, Марк Б .; Башир, Али; Стегл, Оливер; Девайн, Скотт Э.; Ли, Чарльз; Эйхлер, Эван Э.; Корбел , Ян О. (30 сентября 2015 г.). «Комплексная карта структурных вариаций в 2504 человеческих геномах ". Nature . 526 (7571): 75–81. Bibcode :2015Natur.526...75.. doi :10.1038/nature15394. PMC 4617611 . PMID  26432246. 
  5. ^ Райх, Дэвид Э.; Шаффнер, Стивен Ф.; Дейли, Марк Дж.; МакВин, Джил ; Малликин, Джеймс К.; Хиггинс, Джон М.; Рихтер, Дэниел Дж.; Ландер, Эрик С.; Альтшулер , Дэвид (2002). «Изменчивость последовательности генома человека и влияние истории генов, мутаций и рекомбинации». Nature Genetics . 32 (1): 135–42. doi :10.1038/ng947. PMID  12161752. S2CID  16822751.
  6. ^ Грипенберг, Улла (1964). «Изменение размера и ориентация человеческой Y-хромосомы». Chromosoma . 15 (5): 618–29. doi :10.1007/BF00319995. PMID  14333154. S2CID  26549548.
  7. ^ Wyandt, HE; ​​Tonk, VS (2004). Атлас гетероморфизмов хромосом человека . Нидерланды: Kluwer Academic. ISBN 978-90-481-6296-3.[ нужна страница ]
  8. ^ Sebat, J. (23 июля 2004 г.). «Масштабный полиморфизм числа копий в геноме человека». Science . 305 (5683): ​​525–528. Bibcode :2004Sci...305..525S. doi :10.1126/science.1098918. PMID  15273396. S2CID  20357402.
  9. ^ Клоостерман, Вигард П.; Франчиоли, Лоран К.; Хормоздиари, Ферейдун; Маршалл, Тобиас; Хехир-Ква, Джейн Ю.; Абделлауи, Абдель; Ламейер, Эрик-Вуббо; Моед, Маттейс Х.; Коваль Вячеслав; Ренкенс, Иво; ван Русмален, Маркус Дж.; Арп, Паскаль; Карссен, Леннарт К.; Коу, Брэдли П.; Handsaker, Роберт Э.; Сучиман, Эка Д.; Куппен, Эдвин; Тунг, Джи Тджван; Маквей, Митч; Вендл, Майкл С .; Уиттерлинден, Андре; ван Дуйн, Корнелия М.; Свертц, Моррис А.; Вейменга, Сиска; ван Оммен, Герт Ян Б.; Слагбум, П. Элин; Бумсма, Доррет И.; Шенхут, Александр; Эйхлер, Эван Э .; де Баккер, Пол IW; Да, Кай; Гурьев, Виктор (июнь 2015 г.). «Особенности структурных изменений de novo в геноме человека». Геномные исследования . 25 (6): 792–801. дои : 10.1101/гр.185041.114. ПМЦ 4448676 . ПМИД  25883321. 
  10. ^ Sebat, J.; Lakshmi, B; Troge, J; Alexander, J; Young, J; Lundin, P; Månér, S; Massa, H; et al. (2004). «Масштабный полиморфизм числа копий в геноме человека». Science . 305 (5683): ​​525–8. Bibcode :2004Sci...305..525S. doi :10.1126/science.1098918. PMID  15273396. S2CID  20357402.
  11. ^ Iafrate, A John; Feuk, Lars; Rivera, Miguel N; Listewnik, Marc L; Donahoe, Patricia K ; Qi, Ying; Scherer, Stephen W; Lee, Charles (2004). «Обнаружение крупномасштабных вариаций в геноме человека». Nature Genetics . 36 (9): 949–51. doi : 10.1038/ng1416 . PMID  15286789.
  12. ^ Lupski, James R. (2010). «Ретротранспозиция и структурные вариации в геноме человека». Cell . 141 (7): 1110–2. doi : 10.1016/j.cell.2010.06.014 . PMID  20602993. S2CID  2047696.
  13. ^ Lam, Hugo YK; Mu, Xinmeng Jasmine; Stutz, Adrian M; Tanzer, Andrea; Cayting, Philip D; Snyder, Michael; Kim, Philip M; Korbel, Jan O ; Gerstein, Mark B (2010). "Анализ структурных вариантов с разрешением нуклеотидов с использованием BreakSeq и библиотеки точек останова". Nature Biotechnology . 28 (1): 47–55. doi :10.1038/nbt.1600. PMC 2951730 . PMID  20037582. 
  14. ^ Лакич, Делия; Казазян, Хейг Х.; Антонаракис, Стилианос Э.; Гитшер, Джейн (1993). «Инверсии, нарушающие ген фактора VIII, являются частой причиной тяжелой гемофилии А». Природная генетика . 5 (3): 236–41. дои : 10.1038/ng1193-236. PMID  8275087. S2CID  25636383.
  15. ^ Бондесон, Мэр-Луиз; Даль, Никлас; Мальмгрен, Хелена; Клейер, Вим Дж.; Тённесен, Тённе; Карлберг, Бритт-Мари; Петтерссон, Ульф (1995). «Инверсия гена IDS в результате рекомбинации с последовательностями, связанными с IDS, в распространенной причине синдрома Хантера». Молекулярная генетика человека . 4 (4): 615–21. doi :10.1093/hmg/4.4.615. PMID  7633410.
  16. ^ Tuzun, Eray; Sharp, Andrew J; Bailey, Jeffrey A; Kaul, Rajinder; Morrison, V Anne; Pertz, Lisa M; Haugen, Eric; Hayden, Hillary; et al. (2005). «Мелкомасштабные структурные вариации человеческого генома». Nature Genetics . 37 (7): 727–32. doi :10.1038/ng1562. PMID  15895083. S2CID  14162962.
  17. ^ Стефанссон, Хрейнн; Хельгасон, Агнар; Торлейфссон, Гудмар; Штайнторсдоттир, Валгердур; Массон, Гисли; Барнард, Джон; Бейкер, Адам; Йонасдоттир, Аслауг; и др. (2005). «Обычная инверсия при отборе у европейцев». Природная генетика . 37 (2): 129–37. дои : 10.1038/ng1508. PMID  15654335. S2CID  120515.
  18. ^ Sung, Wing-Kin (18 мая 2017 г.). Алгоритмы для секвенирования следующего поколения. Бока-Ратон. стр. 215. ISBN 978-1-4665-6551-7. OCLC  987790994.{{cite book}}: CS1 maint: отсутствует местоположение издателя ( ссылка )
  19. ^ Себат, Дж.; Лакшми, Б.; Малхотра, Д.; Троге, Дж.; Лезе-Мартен, К.; Уолш, Т.; Ямром, Б.; Юн, С.; Красниц, А.; Кендалл, Дж.; Леотта, А.; Оплаченный.; Чжан, Р.; Ли, Ю.-Х.; Хикс, Дж.; Спенс, С.Дж.; Ли, АТ; Пуура, К.; Лехтимаки, Т.; Ледбеттер, Д.; Грегерсен, ПК; Брегман, Дж.; Сатклифф, Дж. С.; Джобанпутра, В.; Чунг, В.; Уорбертон, Д.; Кинг, М.-К.; Скьюз, Д.; Гешвинд, DH; Гиллиам, TC; Йе, К.; Виглер, М. (20 апреля 2007 г.). «Сильная связь мутаций числа копий De Novo с аутизмом». Science . 316 (5823): 445–449. Bibcode :2007Sci...316..445S. doi :10.1126/science.1138659. PMC 2993504 . PMID  17363630. 
  20. ^ Пинто, Далила; Делаби, Эльза; Мерико, Даниэле; Барбоза, Мафальда; Мерикангас, Элисон; Клей, Ламбертус; Тирувахиндрапурам, Бхума; Сюй, Сяо; Зиман, Роберт; Ван, Чжожжи; Ворстман, Джейкоб А.С.; Томпсон, Энн; Риган, Регина; Пилорж, Марион; Пеллеккья, Джованна; Пагнамента, Алистер Т.; Оливейра, Барбара; Маршалл, Кристиан Р.; Магальяйнс, Тьяго Р.; Лоу, Дженнифер К.; Хау, Дженнифер Л.; Грисволд, Энтони Дж.; Гилберт, Джон; Дукетис, Эфтихия; Домброски, Бет А.; Де Йонге, Марета В.; Куккаро, Майкл; Кроуфорд, Эмили Л.; Коррейя, Катарина Т.; и др. (Май 2014 г.). «Конвергенция генов и клеточных путей, нарушенная при расстройствах аутистического спектра». Американский журнал генетики человека . 94 (5): 677–694. doi :10.1016/j. ajhg.2014.03.018. PMC 4067558. PMID  24768552 . 
  21. ^ Леви, Дэн; Ронемус, Майкл; Ямром, Борис; Ли, Юн-ха; Леотта, Энтони; Кендалл, Джуд; Маркс, Стивен; Лакшми, Б.; Пай, Дипа; Йе, Кенни; Буджа, Андреас; Кригер, Абба; Юн, Сынтай; Троге, Дженнифер; Роджерс, Линда; Иосифов, Иван; Виглер, Майкл (июнь 2011 г.). «Редкие De Novo и передаваемые вариации числа копий при расстройствах аутистического спектра». Neuron . 70 (5): 886–897. doi : 10.1016/j.neuron.2011.05.015 . PMID  21658582. S2CID  11132936.
  22. ^ Сандерс, Стефан Дж.; Эрджан-Сенчичек, А. Гюльхан; Гус, Ванесса; Ло, Руи; Мурта, Майкл Т.; Морено-Де-Лука, Даниэль; Чу, Су Х.; Моро, Майкл П.; Гупта, Абха Р.; Томсон, Сюзанна А.; Мейсон, Кристофер Э.; Билгувар, Кая; Селестино-Сопер, Патрисия Б.С.; Цой, Мурим; Кроуфорд, Эмили Л.; Дэвис, Леа; Дэвис Райт, Николь Р.; Дходапкар, Рахул М.; ДиКола, Майкл; ДиЛулло, Николас М.; Фернандес, Томас В.; Филдинг-Сингх, Викрам; Фишман, Дэниел О.; Фрам, Стефани; Гарагалоян, Рубен; Го, Джеральд С.; Каммела, Синдхуджа; Клей, Ламбертус; Лоу, Дженнифер К.; Лунд, Сабата К.; МакГрю, Анна Д.; Мейер, Кайл А.; Моффат, Уильям Дж.; Мердок, Джон Д.; О'Рок, Брайан Дж.; Обер, Гордон Т.; Поттенджер, Ребекка С.; Раубсон, Мелани Дж.; Сон, Юын; Ван, Ци; Яспан, Брайан Л.; Ю, Тимоти В.; Юркевич, Илана Р.; Боде, Артур Л.; Кантор, Рита М.; Курланд, Мартин; Грайс, Дороти Э.; Гюнель, Мюрат; Лифтон, Ричард П.; Мане, Шрикант М.; Мартин, Донна М.; Шоу, Чад А.; Шелдон, Майкл; Тишфилд, Джей А.; Уолш, Кристофер А.; Морроу, Эрик М.; Ледбеттер, Дэвид Х.; Фомбонн, Эрик; Лорд, Кэтрин; Мартин, Криста Лизе; Брукс, Эндрю И.; Сатклифф, Джеймс С.; Кук, Эдвин Х.; Гешвинд, Дэниел; Редер, Кэтрин ; Девлин, Берни; Стейт , Мэтью В. (июнь 2011 г.). «Множественные рецидивирующие CNV De Novo, включая дупликации региона синдрома Уильямса 7q11.23, тесно связаны с аутизмом». Neuron . 70 (5): 863–885. doi :10.1016/j .neuron.2011.05.002. PMC 3939065 . PMID  21658581. 
  23. ^ Джонсон, Мэтью Э.; Виджано, Луиджи; Бейли, Джеффри А.; Абдул-Рауф, Муна; Гудвин, Грэм; Рокки, Мариано; Эйхлер, Эван Э. (2001). «Положительный отбор семейства генов во время появления людей и африканских обезьян». Nature . 413 (6855): 514–9. Bibcode :2001Natur.413..514J. doi :10.1038/35097067. PMID  11586358. S2CID  4327069.
  24. ^ Редон, Ричард; Ишикава, Шумпей; Фитч, Карен Р.; Фьюк, Ларс; Перри, Джордж Х.; Эндрюс, Т. Дэниел; Фиглер, Хайке; Шаперо, Майкл Х.; и др. (2006). «Глобальная вариация числа копий в геноме человека». Nature . 444 (7118): 444–54. Bibcode :2006Natur.444..444R. doi :10.1038/nature05329. PMC 2669898 . PMID  17122850. 
  25. ^ Гонсалес, Э.; Кулкарни, Х; Боливар, Х; Мангано, А; Санчес, Р.; Катано, Г; Ниббс, Р. Дж.; Фридман, Б. И.; и др. (2005). «Влияние сегментных дупликаций, содержащих ген CCL3L1, на восприимчивость к ВИЧ-1/СПИДу». Science . 307 (5714): 1434–40. Bibcode :2005Sci...307.1434G. doi :10.1126/science.1101160. PMID  15637236. S2CID  8815153.
  26. ^ Bubb, KL; Bovee, D; Buckley, D; Haugen, E; Kibukawa, M; Paddock, M; Palmieri, A; Subramanian, S; et al. (2006). «Сканирование генома человека не выявило новых локусов при древнем балансирующем отборе». Genetics . 173 (4): 2165–77. doi :10.1534/genetics.106.055715. PMC 1569689 . PMID  16751668. 
  27. ^ "Human hg38 chr1:11,102,837-11,267,747 UCSC Genome Browser v374".
  28. ^ «Обзор структурных изменений».
  29. ^ ab Tattini, Lorenzo; D'Aurizio, Romina; Magi, Alberto (2015). «Обнаружение геномных структурных вариантов на основе данных секвенирования следующего поколения». Frontiers in Bioengineering and Biotechnology . 3 (92): 92. doi : 10.3389/fbioe.2015.00092 . PMC 4479793. PMID  26161383 . 
  30. ^ abcde Feuk, L.; Carson, AR; Schere, SW (2006). «Структурные вариации в геноме человека». Nature Reviews Genetics . 7 (2): 85–97. doi :10.1038/nrg1767. PMID  16418744. S2CID  17255998.
  31. ^ Korbel JO, Urban AE, Affourtit JP, Godwin B, Grubert F, Simons JF, Kim PM, Palejev D, Carriero NJ, Du L, Taillon BE, Chen Z, Tanzer A, Saunders AC, Chi J, Yang F, Carter NP, Hurles ME, Weissman SM, Harkins TT, Gerstein MB, Egholm M, Snyder M (октябрь 2007 г.). «Парноконцевое картирование выявляет обширные структурные вариации в геноме человека». Science . 318 (5849): 420–6. Bibcode :2007Sci...318..420K. doi :10.1126/science.1149504. PMC 2674581 . PMID  17901297. 
  32. ^ Alkan, Can; Coe, Bradley P.; Eichler, Evan E. (2011). «Открытие структурных вариаций генома и генотипирование». Nature Reviews Genetics . 12 (5): 363–376. doi : 10.1038/nrg2958. PMC 4108431. PMID  21358748. 
  33. ^ Кузняр, Арнольд; Маассен, Джейсон; Верховен, Стефан; Сантуари, Лука; Шнайдер, Карл; Клоостерман, Вигард П.; де Риддер, Йерун (2020). «sv-callers: портативный параллельный рабочий процесс для обнаружения структурных вариантов в данных последовательности всего генома». ПерДж . 8 (5): 2167–8359. дои : 10.7717/peerj.8214 . ПМК 6951283 . ПМИД  31934500. 
  34. ^ Эберт П., Аудано П.А., Чжу К., Родригес-Мартин Б., Порубски Д., Бондер М.Дж., Суловари А., Эблер Дж., Чжоу В., Серра Мари Р., Йилмаз Ф., Чжао X, Се П., Ли Дж., Кумар С., Лин Дж., Рауш Т., Чен Ю., Рен Дж., Сантамарина М., Хопс В., Ашраф Х., Чуанг Н.Т., Ян Х, Мансон К.М., Льюис А.П., Фэрли С., Таллон Л.Дж., Кларк ВЕ, Базиле А.О., Бирска-Бишоп М., Корвело А, Эвани США, Лу Тай, Чейссон М.Дж., Чен Дж., Ли С., Брэнд Х., Венгер А.М., Гарегани М., Харви В.Т., Редер Б., Хазенфельд П., Регье А.А., Абель Х.Дж., Холл И.М., Фличек П., Стегл О, Герштейн МБ, Tubio JM, Mu Z, Li YI, Shi X, Hastie AR, Ye K, Chong Z, Sanders AD, Zody MC, Talkovski ME, Mills RE, Devine SE, Lee C, Korbel JO, Marschall T, Eichler EE (апрель 2021 г. ). "Различные человеческие геномы с гаплотипическим разрешением и комплексный анализ структурных вариаций". Science . 372 (6537). doi : 10.1126/science.abf7117 . PMC 8026704 . PMID  33632895. 

Внешние ссылки