stringtranslate.com

Триозофосфат-изомераза

Триозофосфатизомераза ( TPI или TIM ) представляет собой фермент ( EC 5.3.1.1), который катализирует обратимое взаимное превращение изомеров триозофосфата дигидроксиацетонфосфата и D - глицеральдегид - 3-фосфата .

Соединение C00111 в базе данных KEGG Pathway. Фермент 5.3.1.1 в базе данных путей KEGG . Соединение C00118 в базе данных KEGG Pathway.

ТПИ играет важную роль в гликолизе и необходим для эффективного производства энергии. TPI был обнаружен почти в каждом организме, в котором искали фермент, включая животных, таких как млекопитающие и насекомые , а также в грибах , растениях и бактериях . Однако у некоторых бактерий, не осуществляющих гликолиз, например уреаплазм , TPI отсутствует.

У людей дефицит TPI связан с прогрессирующим тяжелым неврологическим расстройством, называемым дефицитом триозофосфат-изомеразы . Дефицит триозофосфатизомеразы характеризуется хронической гемолитической анемией . Хотя существуют различные мутации , вызывающие это заболевание, большинство из них включают замену глутаминовой кислоты в положении 104 на аспарагиновую кислоту. [1]

Триозофосфатизомераза — высокоэффективный фермент, выполняющий реакцию в миллиарды раз быстрее, чем она происходила бы в естественном виде в растворе. Реакция настолько эффективна, что ее называют каталитически совершенной : она ограничена только скоростью диффузии субстрата в активный центр фермента и из него. [2] [3]

Механизм

Механизм включает промежуточное образование эндиола . Относительная свободная энергия каждого основного и переходного состояний была определена экспериментально и отображена на рисунке. [2]

Бесплатные изменения энергии

Структура TPI облегчает превращение дигидроксиацетонфосфата (DHAP) в глицеральдегид-3-фосфат (GAP). Нуклеофильный остаток глутамата 165 TPI депротонирует субстрат [ 4 ] , а электрофильный остаток гистидина 95 отдает протон с образованием промежуточного эндиола. [5] [6] При депротонировании эндиолат затем разрушается и, отрывая протон от протонированного глутамата 165, образует продукт GAP. Катализ обратной реакции протекает аналогично с образованием того же эндиола, но с распадом эндиолата из кислорода при С2. [7]

TPI ограничен диффузией. С точки зрения термодинамики образование DHAP предпочтительнее образования GAP в соотношении 20:1. [8] Однако при гликолизе использование GAP на последующих этапах метаболизма приводит к реакции на его производство. TPI ингибируется ионами сульфата , фосфата и арсената , которые связываются с активным центром . [9] Другие ингибиторы включают 2-фосфогликолят, аналог переходного состояния , и D-глицерин-1-фосфат, аналог субстрата . [10]

Вид сбоку на димер триозофосфат-изомеразы.

Состав

Триозофосфатизомераза представляет собой димер идентичных субъединиц , каждая из которых состоит примерно из 250 аминокислотных остатков. Трехмерная структура субъединицы содержит восемь α-спиралей снаружи и восемь параллельных β-нитей внутри. На иллюстрации ленточный остов каждой субъединицы окрашен в цвет от синего до красного от N-конца до С-конца. Этот структурный мотив называется αβ-бочкой или TIM-бочкой и на сегодняшний день является наиболее часто наблюдаемой укладкой белка . Активный центр этого фермента находится в центре ствола. В каталитическом механизме участвуют остаток глутаминовой кислоты и гистидин . Последовательность вокруг остатков активного центра консервативна у всех известных триозофосфатизомераз.

Структура триозофосфатизомеразы способствует ее функции. Помимо точно расположенных остатков глутамата и гистидина, образующих эндиол, цепь TPI из десяти или одиннадцати аминокислот действует как петля для стабилизации промежуточного продукта. Петля, образованная остатками 166–176, замыкается и образует водородную связь с фосфатной группой субстрата. Это действие стабилизирует промежуточный эндиол и другие переходные состояния на пути реакции. [7]

Помимо того, что реакция становится кинетически осуществимой, петля TPI изолирует реакционноспособный промежуточный продукт эндиола, чтобы предотвратить разложение на метилглиоксаль и неорганический фосфат. Водородная связь между ферментом и фосфатной группой субстрата делает такой распад стереоэлектронно невыгодным. [7] Метилглиоксаль является токсином и, если образуется, удаляется через систему глиоксалазы . [11] Потеря высокоэнергетической фосфатной связи и субстрата для остального гликолиза делает образование метилглиоксаля неэффективным.

Исследования показывают, что лизин, расположенный рядом с активным центром (в положении 12), также имеет решающее значение для функции фермента. Лизин, протонированный при физиологическом pH, может помочь нейтрализовать отрицательный заряд фосфатной группы. Когда этот остаток лизина заменяется нейтральной аминокислотой, TPI теряет все функции, но варианты с другой положительно заряженной аминокислотой сохраняют некоторую функцию. [12]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Орос Ф., Ола Дж., Овади Дж. (декабрь 2006 г.). «Дефицит триозофосфат-изомеразы: факты и сомнения». ИУБМБ Жизнь . 58 (12): 703–15. дои : 10.1080/15216540601115960 . ПМИД  17424909.
  2. ^ ab Albery WJ, Ноулз-младший (декабрь 1976 г.). «Профиль свободной энергии реакции, катализируемой триозофосфатизомеразой». Биохимия . 15 (25): 5627–31. дои : 10.1021/bi00670a031. ПМИД  999838.
  3. ^ Роуз И.А., Фунг В.Дж., СП Warms (май 1990 г.). «Диффузия протонов в активном центре триозофосфатизомеразы». Биохимия . 29 (18): 4312–7. дои : 10.1021/bi00470a008. ПМИД  2161683.
  4. ^ Альбер Т., Баннер Д.В., Блумер А.С., Пецко Г.А., Филлипс Д., Риверс П.С., Уилсон И.А. (июнь 1981 г.). «О трехмерной структуре и каталитическом механизме триозофосфатизомеразы». Философские труды Лондонского королевского общества. Серия Б, Биологические науки . 293 (1063): 159–71. дои : 10.1098/rstb.1981.0069 . ПМИД  6115415.
  5. ^ Никбарг Э.Б., Давенпорт Р.К., Пецко Г.А., Ноулз-младший (август 1988 г.). «Триозофосфат-изомераза: удаление предположительно электрофильного остатка гистидина приводит к незначительному изменению каталитического механизма». Биохимия . 27 (16): 5948–60. дои : 10.1021/bi00416a019. ПМИД  2847777.
  6. ^ Комивес Э.А., Чанг Л.К., Лолис Э., Тилтон РФ, Пецко Г.А., Ноулз-младший (март 1991 г.). «Электрофильный катализ триозофосфат-изомеразы: роль гистидина-95». Биохимия . 30 (12): 3011–9. дои : 10.1021/bi00226a005. ПМИД  2007138.
  7. ^ abc Knowles JR (март 1991 г.). «Ферментный катализ: не иначе, просто лучше». Природа . 350 (6314): 121–4. дои : 10.1038/350121a0. ПМИД  2005961.
  8. ^ Харрис Т.К., Коул Р.Н., Комер Ф.И., Милдван AS (ноябрь 1998 г.). «Перенос протона в механизме триозофосфатизомеразы». Биохимия . 37 (47): 16828–38. дои : 10.1021/bi982089f. ПМИД  9843453.
  9. ^ Ламбейр AM, Opperdoes FR, Wierenga RK (октябрь 1987 г.). «Кинетические свойства триозофосфат-изомеразы Trypanosoma brucei brucei. Сравнение с мышцами кролика и дрожжевыми ферментами». Европейский журнал биохимии . 168 (1): 69–74. дои : 10.1111/j.1432-1033.1987.tb13388.x . ПМИД  3311744.
  10. ^ Лолис Э, Пецко Г.А. (июль 1990 г.). «Кристаллографический анализ комплекса триозофосфат-изомеразы и 2-фосфогликолята с разрешением 2,5-А: значение для катализа». Биохимия . 29 (28): 6619–25. дои : 10.1021/bi00480a010. ПМИД  2204418.
  11. ^ Creighton DJ, Hamilton DS (март 2001 г.). «Краткая история глиоксалазы I и то, что мы узнали о ион-зависимых, ферментативно-катализируемых изомеризациях». Архив биохимии и биофизики . 387 (1): 1–10. дои : 10.1006/abbi.2000.2253. ПМИД  11368170.
  12. ^ Лоди П.Дж., Чанг Л.К., Ноулз-младший, Комивес Е.А. (март 1994 г.). «Триозофосфат-изомераза требует положительно заряженного активного центра: роль лизина-12». Биохимия . 33 (10): 2809–14. дои : 10.1021/bi00176a009. ПМИД  8130193.

Внешние ссылки