stringtranslate.com

Цифровая полимеразная цепная реакция

Цифровая полимеразная цепная реакция ( цифровая ПЦР , DigitalPCR , dPCR или dePCR ) — это биотехнологическое усовершенствование обычных методов полимеразной цепной реакции , которые можно использовать для прямой количественной оценки и клональной амплификации цепей нуклеиновых кислот, включая ДНК , кДНК или РНК . Ключевое различие между dPCR и qPCR заключается в методе измерения количества нуклеиновых кислот, причем первый метод является более точным, чем ПЦР, хотя и более подвержен ошибкам в руках неопытных пользователей. [1] ПЦР выполняет одну реакцию на один образец. dPCR также выполняет одну реакцию в пределах образца, однако образец разделяется на большое количество частей, и реакция проводится в каждой части индивидуально. Такое разделение обеспечивает более надежный сбор и чувствительное измерение количества нуклеиновых кислот. Было продемонстрировано, что метод полезен для изучения вариаций в последовательностях генов, таких как варианты числа копий и точечные мутации.

Принципы

Метод полимеразной цепной реакции используется для количественной оценки нуклеиновых кислот путем амплификации молекулы нуклеиновой кислоты с помощью фермента ДНК-полимеразы . [2] Обычная ПЦР основана на теории, что амплификация является экспоненциальной. Поэтому нуклеиновые кислоты можно количественно оценить, сравнивая количество циклов амплификации и количество конечного продукта ПЦР с таковыми в контрольном образце. [3] Однако многие факторы усложняют этот расчет, создавая неопределенности и неточности. К этим факторам относятся следующие: начальные циклы амплификации могут не быть экспоненциальными; амплификация ПЦР в конечном итоге выходит на плато после неопределенного количества циклов; и низкие начальные концентрации молекул целевой нуклеиновой кислоты могут не амплифицироваться до обнаруживаемых уровней. Однако наиболее существенным ограничением ПЦР является то, что эффективность амплификации ПЦР в интересующем образце может отличаться от таковой в контрольных образцах.

Рисунок 1. Капли масла, содержащие флуоресцентную молекулу-мишень ПЦР
Рисунок 2. Доля положительных капель предсказывает количество целевых копий на каплю, смоделированное с помощью распределения Пуассона.

Вместо выполнения одной реакции на лунку, dPCR включает разделение раствора ПЦР на десятки тысяч капель размером с нанолитров, где отдельная реакция ПЦР происходит в каждой из них. [4] [5] Раствор ПЦР готовится аналогично анализу TaqMan , который состоит из шаблонной ДНК (или РНК), зондов-гасителей флуоресценции, праймеров и основной смеси ПЦР , которая содержит ДНК-полимеразу , dNTP , MgCl2 и реакционные буферы в оптимальных концентрациях. Для разделения образцов можно использовать несколько различных методов, включая микролуночные планшеты, капилляры, масляную эмульсию и массивы миниатюрных камер с поверхностями связывания нуклеиновых кислот. [6] Раствор ПЦР разделяется на более мелкие единицы, каждая из которых имеет необходимые компоненты для амплификации. Затем разделенные единицы подвергаются термоциклированию, так что каждая единица может независимо проходить амплификацию ПЦР. После нескольких циклов амплификации ПЦР образцы проверяются на флуоресценцию с бинарным считыванием «0» или «1». Регистрируется доля флуоресцирующих капель. [5] Разделение образца позволяет оценить количество различных молекул, предполагая, что популяция молекул следует распределению Пуассона , тем самым учитывая возможность нахождения нескольких целевых молекул в одной капле. Используя закон малых чисел Пуассона, распределение целевых молекул в образце может быть точно аппроксимировано, что позволяет количественно оценить целевую цепь в продукте ПЦР. [7] Эта модель просто предсказывает, что по мере увеличения количества образцов, содержащих по крайней мере одну целевую молекулу, увеличивается вероятность того, что образцы будут содержать более одной целевой молекулы. [8] В обычной ПЦР количество циклов амплификации ПЦР пропорционально начальному числу копий. В отличие от убеждения многих людей, что dPCR обеспечивает абсолютную количественную оценку, цифровая ПЦР использует статистическую мощность для обеспечения относительной количественной оценки. Например, если образец А при анализе в 1 миллионе разделов дает одну положительную реакцию, это не означает, что образец А имеет одну исходную молекулу. [ необходима ссылка ]

Преимущества dPCR включают повышенную точность за счет массового разделения образца, что обеспечивает надежные измерения в желаемой последовательности ДНК благодаря воспроизводимости. [5] Частота ошибок выше при обнаружении различий в небольших изменениях с помощью базовой ПЦР, в то время как частота ошибок ниже при dPCR из-за различий в небольших изменениях, которые можно обнаружить в последовательности ДНК. Сама методика уменьшает использование большего объема необходимого реагента, что неизбежно снизит стоимость эксперимента. Кроме того, dPCR является высококоличественным, поскольку не полагается на относительную флуоресценцию раствора для определения количества амплифицированной целевой ДНК.

Сравнение dPCR и ПЦР в реальном времени (qPCR)

dPCR измеряет фактическое количество молекул (целевой ДНК), поскольку каждая молекула находится в одной капле, что делает его дискретным «цифровым» измерением. Он обеспечивает абсолютную количественную оценку, поскольку dPCR измеряет положительную фракцию образцов, которая представляет собой количество капель, которые флуоресцируют из-за правильной амплификации. Эта положительная фракция точно указывает начальное количество шаблонной нуклеиновой кислоты. Аналогично, qPCR использует флуоресценцию; однако, он измеряет интенсивность флуоресценции в определенное время (обычно после каждого цикла амплификации) для определения относительного количества целевой молекулы (ДНК), но не может указать точное количество без построения стандартной кривой с использованием различных количеств определенного стандарта. Он дает пороговое значение на цикл (CT), а разница в CT используется для расчета количества начальной нуклеиновой кислоты. Таким образом, qPCR является аналоговым измерением, которое может быть не таким точным из-за экстраполяции, необходимой для достижения измерения. [6] [9]

dPCR измеряет количество ДНК после завершения амплификации, а затем определяет долю репликатов. Это является репрезентативным для измерения конечной точки, поскольку требует наблюдения за данными после завершения эксперимента. Напротив, qPCR регистрирует относительную флуоресценцию ДНК в определенных точках в процессе амплификации, что требует остановок в экспериментальном процессе. Этот «реальновременный» аспект qPCR теоретически может повлиять на результаты из-за остановки эксперимента. [ необходима цитата ] На практике, однако, большинство термоциклеров qPCR считывают флуоресценцию каждого образца очень быстро в конце этапа отжига/расширения, прежде чем перейти к следующему этапу плавления, что означает, что эта гипотетическая проблема на самом деле не имеет значения или не применима для подавляющего большинства исследователей. dPCR измеряет амплификацию, измеряя продукты цикла ПЦР конечной точки и, следовательно, менее восприимчив к артефактам, возникающим из-за нарушения эффективности амплификации из-за наличия ингибиторов ПЦР или несоответствия шаблона праймера. [10] [11]

Цифровая ПЦР в реальном времени (rdPCR) объединяет методологии цифровой ПЦР (dPCR) и количественной ПЦР (qPCR), объединяя точность dPCR с возможностями анализа в реальном времени qPCR. Эта интеграция направлена ​​на обеспечение повышенной чувствительности, специфичности и возможности абсолютной количественной оценки последовательностей нуклеиновых кислот, способствуя количественной оценке генетического материала в научных и клинических исследованиях. [12] [13]

qPCR неспособен различать различия в экспрессии генов или вариации числа копий, которые меньше, чем в два раза. С другой стороны, dPCR имеет более высокую точность и, как было показано, обнаруживает различия менее 30% в экспрессии генов, различает вариации числа копий, которые отличаются только на 1 копию, и идентифицирует аллели, которые встречаются с частотой менее 0,1%. [14] [5]

Приложения

Цифровая ПЦР имеет множество применений в фундаментальных исследованиях , клинической диагностике и испытаниях окружающей среды. Ее применение включает обнаружение патогенов и анализ здоровья пищеварительной системы ; [15] [16] жидкая биопсия для мониторинга рака , мониторинг отторжения трансплантата органа и неинвазивное пренатальное тестирование на серьезные генетические аномалии ; [17] [18] [19] [20] [21] [22] [23] [24] анализ вариации числа копий , [25] [26] [27] анализ экспрессии одного гена, [28] обнаружение редких последовательностей, [24] [29] [30] профилирование экспрессии гена и анализ одной клетки ; [31] [32] [30] [33] [34] [35] [36] обнаружение ДНК- контаминантов в биопроцессах, [37] проверка редактирования генов и обнаружение специфических изменений метилирования в ДНК как биомаркеров рака , [38] [39] [40] а также определение числа копий плазмиды в бактериальных популяциях. [41] dPCR также часто используется как ортогональный метод для подтверждения редких мутаций, обнаруженных с помощью секвенирования следующего поколения (NGS), и для проверки библиотек NGS . [42] [43] [44]

Абсолютная количественная оценка

dPCR обеспечивает абсолютную и воспроизводимую количественную оценку целевых нуклеиновых кислот с разрешением на уровне одной молекулы. [30] [45] [46] [47] Однако, в отличие от аналоговой количественной ПЦР (qPCR), абсолютная количественная оценка с dPCR не требует стандартной кривой . [45] dPCR также имеет большую толерантность к ингибиторным веществам и анализам ПЦР, которые амплифицируют неэффективно по сравнению с qPCR. [48] [11]

dPCR может количественно определить, например, наличие специфических последовательностей из загрязняющих генетически модифицированных организмов в пищевых продуктах, [49] вирусную нагрузку в крови, [50] PBMC , [51] [52] образцы сыворотки, [53] ткани хорионических ворсин, [51] [52] биомаркеры нейродегенеративных заболеваний в спинномозговой жидкости, [54] и фекальное загрязнение питьевой воды. [55]

Изменение числа копий

Изменение в состоянии числа копий относительно однокопийного референтного локуса называется « вариацией числа копий » (CNV), если оно появляется в клетках зародышевой линии, или изменением числа копий (CNA), если оно появляется в соматических клетках. [56] CNV или CNA могут быть вызваны делецией или амплификацией локуса относительно числа копий референтного локуса, присутствующего в клетке, и вместе они вносят основной вклад в изменчивость человеческого генома . [57] [58] [59] Они были связаны с раком; [60] [61] [62] неврологическими, [63] психиатрическими, [64] [65] и аутоиммунными заболеваниями; [66] и побочными реакциями на лекарства. [67] Однако эти аллельные вариации трудно измерить с высокой точностью, используя другие методы, такие как кПЦР, что делает фенотипические и патологические ассоциации с измененным статусом CNV сложными. [68] [69]

Большое количество «оцифрованных» измерений конечных точек, которые стали возможны благодаря разделению образцов, позволяет dPCR разрешать небольшие различия в числе копий с большей точностью и достоверностью по сравнению с другими методами, такими как микроматрицы на основе SNP [70] или qPCR. [71] [72] qPCR ограничена в своей способности точно количественно определять амплификации генов при нескольких заболеваниях, включая болезнь Крона, инфекцию ВИЧ-1 и ожирение. [73] [69] [72]

dPCR была разработана для измерения концентрации нуклеиновой кислоты-мишени в копиях на единицу объема образца. При работе в разбавленных реакциях, где менее ~10% разделов содержат желаемую цель (называется «предельным разведением»), число копий можно оценить, сравнив число флуоресцентных капель, возникающих из целевого CNV, с числом флуоресцентных капель, возникающих из инвариантного однокопийного референсного локуса. [25] Фактически, как при этих более низких целевых концентрациях, так и при более высоких, когда несколько копий одной и той же цели могут совместно локализоваться в одном разделе, статистика Пуассона используется для коррекции этих множественных заполнений, чтобы дать более точное значение для концентрации каждой цели. [74] [6]

Цифровая ПЦР использовалась для выявления как зародышевых, так и соматических вариаций в числе копий генов у людей [75] и для изучения связи между амплификацией HER2 (ERBB2) и прогрессированием рака молочной железы . [76] [77] [78] [27]

Редкая мутация и обнаружение редкого аллеля

Разделение в цифровой ПЦР повышает чувствительность и позволяет обнаруживать редкие события, особенно однонуклеотидные варианты (SNV), путем изоляции или значительного уменьшения сигнала целевого биомаркера от потенциально конкурирующего фона. [9] [6] Эти события можно разделить на два класса: обнаружение редких мутаций и обнаружение редких последовательностей.

Обнаружение редких мутаций

Редкое обнаружение мутаций происходит, когда биомаркер существует в фоне очень распространенного аналога, который отличается только одним нуклеотидным вариантом (SNV). Было показано, что цифровая ПЦР способна обнаруживать мутантную ДНК в присутствии 200 000-кратного избытка фона дикого типа , что в 2 000 раз чувствительнее, чем достижимо с помощью обычной ПЦР. [9]

Обнаружение редких последовательностей

Цифровая ПЦР может обнаружить редкие последовательности, такие как ДНК ВИЧ у пациентов с ВИЧ [24] и ДНК фекальных бактерий в океане и других образцах воды для оценки качества воды. [79] dPCR может обнаружить последовательности, столь редкие, как 1 на каждые 1 250 000 клеток. [24]

Жидкая биопсия

Способность dPCR обнаруживать редкие мутации может быть особенно полезна в клинике за счет использования жидкой биопсии , в целом неинвазивной стратегии обнаружения и мониторинга заболеваний с помощью биологических жидкостей. [17] [80] Исследователи использовали жидкую биопсию для мониторинга опухолевой нагрузки, ответа на лечение и прогрессирования заболевания у онкологических больных путем измерения редких мутаций в циркулирующей опухолевой ДНК (ctDNA) в различных биологических жидкостях пациентов, включая кровь , мочу и спинномозговую жидкость . [17] [81] [82] Раннее обнаружение ctDNA (как при молекулярном рецидиве ) может привести к более раннему назначению иммунотерапии или таргетной терапии, специфичной для сигнатуры мутации пациента, что потенциально повышает шансы на эффективность лечения, а не ждать клинического рецидива перед изменением лечения. Жидкая биопсия может иметь время выполнения в несколько дней по сравнению с двумя-четырьмя неделями или дольше для тканевых тестов. [83] [84] Это сокращение времени получения результатов использовалось врачами для ускорения лечения, адаптированного к данным биопсии . [83]

В 2016 году перспективное исследование с использованием dPCR в Институте рака Дана-Фарбер подтвердило клиническую пользу жидкой биопсии как предиктивного диагностического инструмента для пациентов с немелкоклеточным раком легких . [85] Применение тестов жидкой биопсии также изучалось у пациентов с раком молочной железы , [86] колоректальным , [87] [88] гинекологическим [89] и раком мочевого пузыря [81] [90] для мониторинга как тяжести заболевания, так и реакции опухоли на лечение.

Экспрессия генов и количественная оценка РНК

Исследования экспрессии генов и количественной оценки РНК выиграли от возросшей точности и абсолютной количественной оценки dPCR. [91] Количественную оценку РНК можно выполнить с помощью ОТ-ПЦР , где РНК обратно транскрибируется в кДНК в самой раздельной реакции, а количество молекул РНК, происходящих из каждого транскрипта (или аллельного транскрипта), количественно определяется с помощью dPCR. [31]

Часто можно достичь большей чувствительности и точности, используя dPCR вместо qPCR для количественной оценки молекул РНК, отчасти потому, что для количественной оценки не требуется использование стандартной кривой. [92] dPCR также более устойчив к ингибиторам ПЦР, чем qPCR. [48] [16] [91]

dPCR может обнаруживать и количественно определять больше отдельных целевых видов на канал обнаружения, чем qPCR, благодаря возможности различать цели на основе их дифференциальной амплитуды флуоресценции или путем использования отличительных цветовых комбинаций для их обнаружения. [93] [91] В качестве примера этого, 2-канальная система dPCR использовалась для обнаружения в одной лунке экспрессии четырех различных вариантов сплайсинга обратной транскриптазы человеческой теломеразы , белка, который более активен в большинстве опухолевых клеток, чем в здоровых клетках. [94]

Альтернативные варианты использования для разбиения на разделы

Используя возможности динамического разделения, применяемые в dPCR, можно улучшить секвенирование NGS, разделив сложные реакции ПЦР перед амплификацией, чтобы получить более однородную амплификацию по многим различным ампликонам для анализа NGS . [95] [96] Кроме того, было показано, что улучшенная специфичность сложных реакций амплификации ПЦР в каплях значительно сокращает количество итераций, необходимых для отбора высокоаффинных аптамеров в методе SELEX . [97] Разделение также может обеспечить более надежные измерения активности теломеразы из клеточных лизатов. [98] [99] Возможности динамического разделения dPCR также можно использовать для разделения тысяч ядер или целых клеток на отдельные капли, чтобы облегчить подготовку библиотеки для анализа одной клетки на хроматин, доступный транспозазе, с использованием секвенирования  (scATAC-seq). [100]

Цифровая капельная ПЦР

Цифровая ПЦР с каплями (ddPCR) — это метод dPCR, при котором 20-микролитровая проба реакции, включающая аналитические праймеры и либо зонды Taqman, либо интеркалирующий краситель, делится на ~20 000 капель масла размером с нанолитр с помощью метода водно-масляной эмульсии , термоциклируется до конечной точки в 96-луночном планшете для ПЦР, и амплитуда флуоресценции считывается для всех капель в каждой лунке образца в проточном цитофлуориметре. [101]

Цифровая ПЦР на основе чипа

Цифровая ПЦР на основе чипа (dPCR) также является методом dPCR, в котором реакционная смесь (также при использовании в qPCR) делится на ~10 000–~45 000 разделов на чипе, затем амплифицируется с помощью термоциклера для ПЦР конечной точки и считывается с помощью мощного считывателя с камерой и флуоресцентным фильтром (HEX, FAM, Cy5, Cy5.5 и Texas Red) для всех разделов на каждом чипе. [102]

История

dPCR возникла из подхода, впервые опубликованного в 1988 году корпорацией Cetus , когда исследователи показали, что одна копия гена β-глобина может быть обнаружена и амплифицирована с помощью ПЦР. [103] [104] Это было достигнуто путем разбавления образцов ДНК из нормальной линии клеток человека с ДНК из мутантной линии, имеющей гомозиготную делецию гена β-глобина, до тех пор, пока он больше не присутствовал в реакции. В 1989 году Питер Симмондс, А. Дж. Браун и др. использовали эту концепцию для количественной оценки молекулы в первый раз. [105] Алекс Морли и Памела Сайкс официально установили метод как количественную технику в 1992 году. [46]

В 1999 году Берт Фогельштейн и Кеннет Кинзлер ввели термин «цифровая ПЦР» и показали, что этот метод можно использовать для поиска редких мутаций рака. [106] Однако dPCR было сложно выполнять; это было трудоемко, требовало много обучения для правильного выполнения и было сложно выполнять в больших количествах. [106] В 2003 году Кинзлер и Фогельштейн продолжили совершенствовать dPCR и создали улучшенный метод, который они назвали технологией BEAMing , аббревиатурой от «бусины, эмульсия, амплификация и магнетизм». Новый протокол использовал эмульсию для разделения реакций амплификации в одной пробирке. Это изменение позволило ученым масштабировать метод до тысяч реакций за один запуск. [107] [108] [109]

Компании, разрабатывающие коммерческие системы dPCR, интегрировали такие технологии, как автоматизированное разделение образцов, цифровой подсчет целевых нуклеиновых кислот и увеличение количества капель, что может помочь сделать процесс более эффективным. [110] [111] [112] В последние годы ученые разработали и вывели на рынок диагностику на основе dPCR для нескольких состояний, включая немелкоклеточный рак легких и синдром Дауна . [113] [114] Первая система dPCR для клинического использования получила маркировку CE в 2017 году и была одобрена Управлением по контролю за продуктами и лекарствами США в 2019 году для диагностики хронического миелоидного лейкоза . [115]

Ссылки

  1. ^ Perkel J (май 2015). «Руководство нашими экспериментами ПЦР». BioTechniques . 58 (5): 217–221. doi : 10.2144/000114283 . PMID  25967899.
  2. ^ «Полимеразная цепная реакция (ПЦР)». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  3. ^ Хигучи, Рассел; Фоклер, Карита; Доллингер, Гэвин; Уотсон, Роберт (сентябрь 1993 г.). «Кинетический ПЦР-анализ: мониторинг реакций амплификации ДНК в реальном времени». Bio/Technology . 11 (9): 1026–1030. doi :10.1038/nbt0993-1026. ISSN  1546-1696. PMID  7764001. S2CID  5714001.
  4. ^ Дьюэр DL, Клайн MC, Ромсос EL, Томан B (май 2018 г.). «Оценка цифровой ПЦР с каплями для количественной оценки геномной ДНК человека: преобразование копий на нанолитр в нанограммы ядерной ДНК на микролитр». Аналитическая и биоаналитическая химия . 410 (12): 2879–2887. doi :10.1007/s00216-018-0982-1. PMC 5996397. PMID  29556737 . 
  5. ^ abcd Бейкер М (2012). «Цифровая ПЦР набирает обороты». Nature Methods . 9 (6): 541–544. doi : 10.1038/nmeth.2027 . S2CID  46347563.
  6. ^ abcd Quan PL, Sauzade M, Brouzes E (апрель 2018 г.). "dPCR: Обзор технологий". Датчики . 18 (4): 1271. Bibcode : 2018Senso..18.1271Q . doi : 10.3390/s18041271 . PMC 5948698. PMID  29677144. 
  7. ^ Предигер Э. «Цифровая ПЦР (dPCR) — что это такое и зачем ее использовать?». Integrated DNA Technologies .
  8. ^ Butler DM, Pacold ME, Jordan PS, Richman DD, Smith DM (декабрь 2009 г.). «Эффективность амплификации и секвенирования одного генома повышается за счет количественной оценки и использования инструмента биоинформатики». Journal of Virological Methods . 162 (1–2): 280–283. doi :10.1016/j.jviromet.2009.08.002. PMC 2761514 . PMID  19698751. 
  9. ^ abc Pekin D, Skhiri Y, Baret JC, Le Corre D, Mazutis L, Salem CB и др. (Июль 2011 г.). «Количественное и чувствительное обнаружение редких мутаций с использованием микрофлюидики на основе капель». Lab on a Chip . 11 (13): 2156–2166. doi :10.1039/c1lc20128j. PMID  21594292.
  10. ^ Svec D, Tichopad A, Novosadova V, Pfaffl MW, Kubista M (март 2015 г.). «Насколько хороша оценка эффективности ПЦР: рекомендации по точным и надежным оценкам эффективности ПЦР». Biomolecular Detection and Quantification . 3 : 9–16. doi :10.1016/j.bdq.2015.01.005. PMC 4822216 . PMID  27077029. 
  11. ^ ab Dingle TC, Sedlak RH, Cook L, Jerome KR (ноябрь 2013 г.). «Толерантность капельно-цифровой ПЦР по сравнению с количественной ПЦР в реальном времени к ингибирующим веществам». Клиническая химия . 59 (11): 1670–1672. doi :10.1373/clinchem.2013.211045. PMC 4247175. PMID  24003063 . 
  12. ^ Павшич, Ерней; Жел, Яна; Милавец, Мойча (01 января 2016 г.). «Оценка ПЦР в реальном времени и различных платформ цифровой ПЦР для количественного определения ДНК». Аналитическая и биоаналитическая химия . 408 (1): 107–121. дои : 10.1007/s00216-015-9107-2. ISSN  1618-2650. ПМЦ 4706846 . ПМИД  26521179. 
  13. ^ Сюй, Цзячен; Дуонг, Кайра; Ян, Чжэньлинь; Каджи, Кавано; Оу, Цзяцзя; Хэд, Стивен Р.; Крайнен, Гогче; Ордуханян, Филипп; Ханна, Лорен; Ханна, Ава; Ван, Янь; Ван, Чжицзе; Ван, Цзе (декабрь 2021 г.). «Цифровая полимеразная цепная реакция (ПЦР) в реальном времени как новая технология улучшает предел обнаружения для анализов редких аллелей». Translational Lung Cancer Research . 10 (12): 4336–4352. doi : 10.21037/tlcr-21-728 . ISSN  2226-4477. PMC 8743530. PMID 35070745  . 
  14. ^ Салипанте С.Дж., Джером К.Р. (январь 2020 г.). «Цифровая ПЦР — новая технология с широким применением в микробиологии». Клиническая химия . 66 (1): 117–123. doi : 10.1373/clinchem.2019.304048 . PMID  31704712.
  15. ^ Witte AK, Fister S, Mester P, Schoder D, Rossmanith P (ноябрь 2016 г.). «Оценка эффективности количественного обнаружения локуса Listeria monocytogenes prfA с помощью цифровой капельной ПЦР». Аналитическая и биоаналитическая химия . 408 (27): 7583–7593. doi :10.1007/s00216-016-9861-9. PMC 5061835. PMID  27558101 . 
  16. ^ ab Stauber J , Shaikh N, Ordiz MI, Tarr PI, Manary MJ (май 2016 г.). «Цифровая ПЦР с каплями надежно и воспроизводимо количественно определяет воспалительные транскрипты хозяина в кале». Cellular Immunology . 303 : 43–49. doi :10.1016/j.cellimm.2016.03.007. PMC 4863679 . PMID  27063479. 
  17. ^ abc Skibo S (23 февраля 2018 г.). "Has Tumor Profiling Caught Up to Cancer?" . Получено 23 июля 2019 г. .
  18. ^ Hirsch F (27 июля 2018 г.). «В рекомендациях изложены «лучшие практики» жидкой биопсии во время лечения немелкоклеточного рака легких» . Получено 23 июля 2019 г.
  19. ^ Джонсон М. (12 января 2018 г.). «Bio-Rad продолжает продвигать технологию цифровой ПЦР и жидкостные биопсийные тесты на коммерческий клинический рынок» . Получено 23 июля 2019 г.
  20. ^ Oxnard GR, Paweletz CP, Kuang Y, Mach SL, O'Connell A, Messineo MM и др. (март 2014 г.). «Неинвазивное обнаружение ответа и резистентности при мутантном EGFR раке легких с использованием количественного генотипирования бесклеточной плазменной ДНК следующего поколения». Clinical Cancer Research . 20 (6): 1698–1705. doi :10.1158/1078-0432.CCR-13-2482. PMC 3959249 . PMID  24429876. 
  21. ^ Schütz E, Fischer A, Beck J, Harden M, Koch M, Wuensch T и др. (апрель 2017 г.). «Graft-derived cell-free DNA, a non-hazard early rejection and graft damage marker in liver transplantation: A perspective, observational, multicenter choort study». PLOS Medicine . 14 (4): e1002286. doi : 10.1371/journal.pmed.1002286 . PMC 5404754 . PMID  28441386. 
  22. ^ Ли SY, Хван SY (2015). «Применение технологии цифровой полимеразной цепной реакции для неинвазивного пренатального теста». Журнал генетической медицины . 12 (2): 72–78. doi : 10.5734/JGM.2015.12.2.72 . ISSN  2383-8442.
  23. ^ Gu W, Koh W, Blumenfeld YJ, El-Sayed YY, Hudgins L, Hintz SR, Quake SR (июль 2014 г.). «Неинвазивная пренатальная диагностика у плода с риском метилмалоновой ацидемии». Genetics in Medicine . 16 (7): 564–567. doi :10.1038/gim.2013.194. PMC 4079742. PMID  24406457 . 
  24. ^ abcd Strain MC, Lada SM, Luong T, Rought SE, Gianella S, Terry VH и др. (2013). "Высокоточное измерение ДНК ВИЧ с помощью капельной цифровой ПЦР". PLOS ONE . ​​8 (4): e55943. Bibcode :2013PLoSO...855943S. doi : 10.1371/journal.pone.0055943 . PMC 3616050 . PMID  23573183. 
  25. ^ ab Bell AD, Usher CL, McCarroll SA (2018). "Анализ вариации числа копий с помощью цифровой ПЦР с каплями". Цифровая ПЦР . Методы в молекулярной биологии. Т. 1768. Клифтон, Нью-Джерси, стр. 143–160. doi :10.1007/978-1-4939-7778-9_9. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID  29717442.{{cite book}}: CS1 maint: отсутствует местоположение издателя ( ссылка )
  26. ^ Shoda K, Ichikawa D, Fujita Y, Masuda K, Hiramoto H, Hamada J и др. (январь 2017 г.). «Мониторинг количества копий HER2 в циркулирующей опухолевой ДНК методом цифровой капельной ПЦР у пациентов с раком желудка». Gastric Cancer . 20 (1): 126–135. doi : 10.1007/s10120-016-0599-z . PMID  26874951.
  27. ^ ab Gevensleben H, Garcia-Murillas I, Graeser MK, Schiavon G, Osin P, Parton M и др. (июнь 2013 г.). «Неинвазивное обнаружение амплификации HER2 с помощью цифровой ПЦР ДНК плазмы». Clinical Cancer Research . 19 (12): 3276–3284. doi :10.1158/1078-0432.CCR-12-3768. PMC 6485473 . PMID  23637122. 
  28. ^ Mazzoni E, Frontini F, Rotondo JC, Zanotta N, Fioravanti A, Minelli F и др. (апрель 2019 г.). «Антитела, реагирующие на мимотопы большого антигена T вируса обезьян 40, вирусного онкопротеина, в сыворотке детей». Журнал клеточной физиологии . 234 (4): 3170–3179. doi : 10.1002/jcp.27490. hdl : 11392/2397717 . PMID  30362540. S2CID  53106591.
  29. ^ Uchiyama Y, Nakashima M, Watanabe S, Miyajima M, Taguri M, Miyatake S и др. (март 2016 г.). "Сверхчувствительная капельная цифровая ПЦР для обнаружения малораспространенной соматической мутации GNAQ при синдроме Стерджа-Вебера". Scientific Reports . 6 (1): 22985. Bibcode :2016NatSR...622985U. doi :10.1038/srep22985. PMC 4783707 . PMID  26957145. 
  30. ^ abc Марусина К (1 октября 2017 г.). "Позиционирование цифровой ПЦР для более четкого представления генома" . Получено 23 июля 2019 г.
  31. ^ ab Kamitaki N, Usher CL, McCarroll SA (2018). «Использование капельной цифровой ПЦР для анализа экспрессии аллель-специфической РНК». Цифровая ПЦР . Методы в молекулярной биологии. Т. 1768. С. 401–422. doi :10.1007/978-1-4939-7778-9_23. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID  29717456.
  32. ^ Millier MJ, Stamp LK, Hessian PA (декабрь 2017 г.). «Цифровая ПЦР для экспрессии генов: влияние деградации РНК, присущей тканям». Scientific Reports . 7 (1): 17235. Bibcode :2017NatSR...717235M. doi :10.1038/s41598-017-17619-0. PMC 5722939 . PMID  29222437. 
  33. ^ "Высокочувствительное обнаружение гепатита B с использованием ddPCR". 12 апреля 2018 г. Получено 23 июля 2019 г.
  34. ^ Jang M, Jeong SW, Bae NH, Song Y, Lee TJ, Lee MK, Lee SJ, Lee KG (2017). «Цифровая система ПЦР на основе капель для обнаружения патогенов пищевого происхождения на уровне отдельных клеток». BioChip Journal . 11 (4): 329–337. doi :10.1007/s13206-017-1410-x. ISSN  2092-7843. S2CID  89829687.
  35. ^ Igarashi Y, Uchiyama T, Minegishi T, Takahashi S, Watanabe N, Kawai T и др. (сентябрь 2017 г.). «Отслеживание векторов на основе отдельных клеток у пациентов с ADA-SCID, леченных генной терапией стволовыми клетками». Молекулярная терапия. Методы и клиническая разработка . 6 : 8–16. doi :10.1016/j.omtm.2017.05.005. PMC 5466583 . PMID  28626778. 
  36. ^ Albayrak C, Jordi CA, Zechner C, Lin J, Bichsel CA, Khammash M, Tay S (март 2016 г.). «Цифровая количественная оценка белков и мРНК в отдельных клетках млекопитающих». Molecular Cell . 61 (6): 914–924. doi : 10.1016/j.molcel.2016.02.030 . PMID  26990994.
  37. ^ Хуссейн М., Фантуццо Р., Меркорелли С., Каллен К. (май 2016 г.). «Метод прямой цифровой ПЦР с каплями для количественной оценки остаточной ДНК в белковых препаратах, полученных в дрожжевых клетках». Журнал фармацевтического и биомедицинского анализа . 123 : 128–131. doi : 10.1016/j.jpba.2016.01.050. PMID  26896631.
  38. ^ Miyaoka Y, Chan AH, Judge LM, Yoo J, Huang M, Nguyen TD и др. (март 2014 г.). «Выделение одноосновных геномно-редактированных человеческих iPS-клеток без антибиотикоселекции». Nature Methods . 11 (3): 291–293. doi :10.1038/nmeth.2840. PMC 4063274 . PMID  24509632. 
  39. ^ Nelson CE, Hakim CH, Ousterout DG, Thakore PI, Moreb EA, Castellanos Rivera RM и др. (январь 2016 г.). «Редактирование генома in vivo улучшает мышечную функцию в мышиной модели мышечной дистрофии Дюшенна». Science . 351 (6271): 403–407. Bibcode :2016Sci...351..403N. doi :10.1126/science.aad5143. PMC 4883596 . PMID  26721684. 
  40. ^ Miyaoka Y, Berman JR, Cooper SB, Mayerl SJ, Chan AH, Zhang B и др. (март 2016 г.). «Систематическая количественная оценка HDR и NHEJ выявляет влияние локуса, нуклеазы и типа клеток на редактирование генома». Scientific Reports . 6 : 23549. Bibcode :2016NatSR...623549M. doi :10.1038/srep23549. PMC 4814844 . PMID  27030102. 
  41. ^ Николофф, Эрве; Хьорт, Карин; Андерссон, Дэн И.; Ванг, Хелен (2024-05-10). «Три параллельных механизма генерируют вариацию числа копий генов и временную гетерорезистентность к антибиотикам». Nature Communications . 15 (1): 3981. doi :10.1038/s41467-024-48233-0. ISSN  2041-1723. PMC 11087502 . PMID  38730266. 
  42. ^ Guttery DS, Page K, Hills A, Woodley L, Marchese SD, Rghebi B и др. (Июль 2015 г.). «Неинвазивное обнаружение мутаций активирующего эстрогенового рецептора 1 (ESR1) при метастатическом раке молочной железы с положительным эстрогеновым рецептором». Клиническая химия . 61 (7): 974–982. doi : 10.1373/clinchem.2015.238717 . PMID  25979954.
  43. ^ Robin JD, Ludlow AT, LaRanger R, Wright WE, Shay JW (апрель 2016 г.). «Сравнение методов количественной оценки ДНК для секвенирования следующего поколения». Scientific Reports . 6 (1): 24067. Bibcode :2016NatSR...624067R. doi :10.1038/srep24067. PMC 4822169 . PMID  27048884. 
  44. ^ Aigrain L, Gu Y, Quail MA (июнь 2016 г.). «Количественная оценка эффективности протокола подготовки библиотеки секвенирования следующего поколения с использованием капельной цифровой ПЦР-анализов — систематическое сравнение наборов для подготовки библиотеки ДНК для секвенирования Illumina». BMC Genomics . 17 (1): 458. doi : 10.1186/s12864-016-2757-4 . PMC 4906846 . PMID  27297323. 
  45. ^ ab Brunetto GS, Massoud R, Leibovitch EC, Caruso B, Johnson K, Ohayon J, et al. (август 2014 г.). «Цифровая капельная ПЦР (ddPCR) для точного количественного определения провирусных нагрузок человеческого Т-лимфотропного вируса 1 в периферической крови и спинномозговой жидкости пациентов с HAM/TSP и идентификация вирусных мутаций». Журнал нейровирусологии . 20 (4): 341–351. doi :10.1007/s13365-014-0249-3. PMC 4085507. PMID  24781526 . 
  46. ^ ab Sykes PJ, Neoh SH, Brisco MJ, Hughes E, Condon J, Morley AA (сентябрь 1992 г.). «Количественное определение целей для ПЦР с использованием предельного разбавления». BioTechniques . 13 (3): 444–449. PMID  1389177.
  47. ^ Vogelstein B, Kinzler KW (август 1999). "Цифровая ПЦР". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (16): 9236–9241. Bibcode :1999PNAS...96.9236V. doi : 10.1073/pnas.96.16.9236 . PMC 17763 . PMID  10430926. 
  48. ^ ab Rački N, Dreo T, Gutierrez-Aguirre I, Blejec A, Ravnikar M (2014). "Цифровая ПЦР с обратной транскриптазой и каплями показывает высокую устойчивость к ингибиторам ПЦР из образцов растений, почвы и воды". Plant Methods . 10 (1): 42. doi : 10.1186/s13007-014-0042-6 . PMC 4307183 . PMID  25628753. 
  49. ^ Добник Д., Спилсберг Б., Богожалец Кошир А., Штебих Д., Мориссет Д., Хольст-Йенсен А., Жел Дж. (2018). «Протоколы мультиплексной капельной цифровой ПЦР для количественной оценки событий ГМ-кукурузы». Цифровая ПЦР . Методы молекулярной биологии. Том. 1768. стр. 69–98. дои : 10.1007/978-1-4939-7778-9_5. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID  29717438.
  50. ^ Веллуччи А., Лейбович Э.К., Якобсон С. (2018). «Использование капельной цифровой ПЦР для обнаружения коинфекции вирусов герпеса человека 6A и 6B (HHV-6A и HHV-6B) в клинических образцах». Цифровая ПЦР . Методы в молекулярной биологии. Т. 1768. С. 99–109. doi :10.1007/978-1-4939-7778-9_6. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID  29717439.
  51. ^ ab Tagliapietra A, Rotondo JC, Bononi I, Mazzoni E, Magagnoli F, Gonzalez LO и др. (март 2020 г.). «Цифровой ПЦР-анализ с капельной цепной реакцией для обнаружения последовательностей полиомавируса клеток Меркеля в ворсинах хориона у женщин, перенесших спонтанный аборт». Журнал клеточной физиологии . 235 (3): 1888–1894. doi : 10.1002/jcp.29213 . hdl : 11392/2409453 . PMID  31549405.
  52. ^ ab Тальяпьетра А., Ротондо Дж.К., Бонони I, Маццони Э., Маганьоли Ф., Маритати М. и др. (март 2019 г.). «Следы полиомавирусов BK и JC в образцах женщин, перенесших самопроизвольный аборт». Репродукция человека . 34 (3): 433–440. дои : 10.1002/jcp.27490. HDL : 11392/2397717 . PMID  30590693. S2CID  53106591.
  53. ^ Маццони Э., Ротондо Х.К., Маррачино Л., Селватичи Р., Бонони И., Торреджиани Э. и др. (2017). «Обнаружение ДНК полиомавируса клеток Меркеля в образцах сыворотки здоровых доноров крови». Границы онкологии . 7 : 294. doi : 10.3389/fonc.2017.00294 . ПМЦ 5712532 . ПМИД  29238698. 
  54. ^ Подлесный П., Труллас Р. (2018). «Биомаркеры в спинномозговой жидкости: анализ бесклеточной циркулирующей митохондриальной ДНК методом цифровой ПЦР». Цифровая ПЦР . Методы в молекулярной биологии. Т. 1768. С. 111–126. doi :10.1007/978-1-4939-7778-9_7. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID  29717440.
  55. ^ Cao Y, Raith MR, Griffith JF (2018). «Тестирование общего и связанного с человеком фекального загрязнения в водах». Цифровая ПЦР . Методы в молекулярной биологии. Том 1768. С. 127–140. doi :10.1007/978-1-4939-7778-9_8. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID  29717441.
  56. ^ Li W, Lee A, Gregersen PK (январь 2009 г.). «Обнаружение области изменения числа копий и числа копий с помощью кумулятивных графиков». BMC Bioinformatics . 10 (S1): S67. arXiv : 0909.3129 . Bibcode : 2009arXiv0909.3129L. doi : 10.1186/1471-2105-10-S1-S67 . PMC 2648736. PMID  19208171 . 
  57. ^ Koren A, Handsaker RE, Kamitaki N, Karlić R, Ghosh S, Polak P и др. (ноябрь 2014 г.). «Генетическая изменчивость во времени репликации ДНК человека». Cell . 159 (5): 1015–1026. doi :10.1016/j.cell.2014.10.025. PMC 4359889 . PMID  25416942. 
  58. ^ Сандерс С. (16 июля 2008 г.). «CNVs против SNP: понимание структурных вариаций человека при заболеваниях» . Получено 24 июля 2019 г.
  59. ^ Маршалл CR, Хориган Д.П., Мерико Д., Тирувахиндрапурам Б., Ву В., Грир Д.С. и др. (январь 2017 г.). «Вклад вариантов числа копий в шизофрению по результатам полногеномного исследования 41 321 субъекта». Природная генетика . 49 (1): 27–35. дои : 10.1038/ng.3725. ПМЦ 5737772 . ПМИД  27869829. 
  60. ^ Shlien A, Malkin D (июнь 2009 г.). «Вариации числа копий и рак». Genome Medicine . 1 (6): 62. doi : 10.1186/gm62 . PMC 2703871. PMID  19566914 . 
  61. ^ Лауэр С., Грешам Д. (декабрь 2019 г.). «Развивающийся взгляд на варианты числа копий». Current Genetics . 65 (6): 1287–1295. doi :10.1007/s00294-019-00980-0. PMID  31076843. S2CID  149444714.
  62. ^ «Обнаружено, что изменение числа копий связано со смертностью от рака». 5 сентября 2018 г. Получено 24 июля 2019 г.
  63. ^ Gu W, Lupski JR (2008). «CNV и заболевания нервной системы — что нового?». Cytogenetic and Genome Research . 123 (1–4): 54–64. doi :10.1159/000184692. PMC 2920183. PMID  19287139 . 
  64. ^ Thapar A, Cooper M (август 2013 г.). «Изменение числа копий: что это такое и что оно нам рассказало о детских психиатрических расстройствах?». Журнал Американской академии детской и подростковой психиатрии . 52 (8): 772–774. doi :10.1016/j.jaac.2013.05.013. PMC 3919207. PMID  23880486 . 
  65. ^ Sekar A, Bialas AR, de Rivera H, Davis A, Hammond TR, Kamitaki N и др. (февраль 2016 г.). «Риск шизофрении от сложной вариации компонента комплемента 4». Nature . 530 (7589): 177–183. Bibcode :2016Natur.530..177.. doi :10.1038/nature16549. PMC 4752392 . PMID  26814963. 
  66. ^ Yim SH, Jung SH, Chung B, Chung YJ (май 2015 г.). «Клинические последствия вариаций числа копий при аутоиммунных расстройствах». Корейский журнал внутренней медицины . 30 (3): 294–304. doi :10.3904/kjim.2015.30.3.294. PMC 4438283. PMID  25995659 . 
  67. ^ He Y, Hoskins JM, McLeod HL (май 2011). «Варианты числа копий в фармакогенетических генах». Тенденции в молекулярной медицине . 17 (5): 244–251. doi :10.1016/j.molmed.2011.01.007. PMC 3092840. PMID  21388883 . 
  68. ^ Gonzalez E, Kulkarni H, Bolivar H, Mangano A, Sanchez R, Catano G и др. (март 2005 г.). «Влияние сегментных дупликаций, содержащих ген CCL3L1, на восприимчивость к ВИЧ-1/СПИДу». Science . 307 (5714): 1434–1440. Bibcode :2005Sci...307.1434G. doi :10.1126/science.1101160. PMID  15637236. S2CID  8815153.
  69. ^ ab Liu S, Yao L, Ding D, Zhu H (декабрь 2010 г.). "Изменение числа копий CCL3L1 и восприимчивость к инфекции ВИЧ-1: метаанализ". PLOS ONE . ​​5 (12): e15778. Bibcode :2010PLoSO...515778L. doi : 10.1371/journal.pone.0015778 . PMC 3012711 . PMID  21209899. 
  70. ^ Dube S, Qin J, Ramakrishnan R (август 2008 г.). «Математический анализ вариации числа копий в образце ДНК с использованием цифровой ПЦР на нанофлюидном устройстве». PLOS ONE . 3 (8): e2876. Bibcode : 2008PLoSO...3.2876D. doi : 10.1371/journal.pone.0002876 . PMC 2483940. PMID  18682853 . 
  71. ^ Hughesman CB, Lu XJ, Liu KY, Zhu Y, Towle RM, Haynes C, Poh CF (сентябрь 2017 г.). «Обнаружение клинически значимых изменений числа копий при прогрессировании рака полости рта с использованием мультиплексной капельной цифровой ПЦР». Scientific Reports . 7 (1): 11855. Bibcode :2017NatSR...711855H. doi :10.1038/s41598-017-11201-4. PMC 5605662 . PMID  28928368. 
  72. ^ ab Usher CL, Handsaker RE, Esko T, Tuke MA, Weedon MN, Hastie AR и др. (август 2015 г.). «Структурные формы локуса амилазы человека и их связь с однонуклеотидными полиморфизмами, гаплотипами и ожирением». Nature Genetics . 47 (8): 921–925. doi :10.1038/ng.3340. PMC 4712930 . PMID  26098870. 
  73. ^ Aldhous MC, Abu Bakar S, Prescott NJ, Palla R, Soo K, Mansfield JC и др. (декабрь 2010 г.). «Методы измерения и точность вариации числа копий: неспособность воспроизвести ассоциации числа копий бета-дефензина с болезнью Крона». Human Molecular Genetics . 19 (24): 4930–4938. doi :10.1093/hmg/ddq411. PMC 2989891 . PMID  20858604. 
  74. ^ Pinheiro L, Emslie KR (2018). "Основные концепции и валидация цифровых измерений ПЦР". Цифровая ПЦР . Методы в молекулярной биологии. Т. 1768. С. 11–24. doi :10.1007/978-1-4939-7778-9_2. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID  29717435.
  75. ^ Handsaker RE, Van Doren V, Berman JR, Genovese G, Kashin S, Boettger LM, McCarroll SA (март 2015 г.). «Большие мультиаллельные вариации числа копий у людей». Nature Genetics . 47 (3): 296–303. doi :10.1038/ng.3200. PMC 4405206 . PMID  25621458. 
  76. ^ Garcia-Murillas I, Turner NC (2018). "Оценка амплификации HER2 в плазме cfDNA". Цифровая ПЦР . Методы в молекулярной биологии. Том 1768. С. 161–172. doi :10.1007/978-1-4939-7778-9_10. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID  29717443.
  77. ^ Christgen M, van Luttikhuizen JL, Raap M, Braubach P, Schmidt L, Jonigk D и др. (декабрь 2016 г.). «Точная оценка количества копий ERBB2 при раке груди с помощью анализа массива молекулярной инверсии зондов». Oncotarget . 7 (50): 82733–82740. doi :10.18632/oncotarget.12421. PMC 5347728 . PMID  27716627. 
  78. ^ Borley A, Mercer T, Morgan M, Dutton P, Barrett-Lee P, Brunelli M, Jasani B (апрель 2014 г.). «Влияние числа копий HER2 при IHC2+/FISH-амплифицированном раке груди на исход адъювантного лечения трастузумабом в крупной онкологической сети Великобритании». British Journal of Cancer . 110 (8): 2139–2143. doi : 10.1038 /bjc.2014.147. PMC 3992505. PMID  24691421. 
  79. ^ Cao Y, Raith MR, Griffith JF (март 2015 г.). «Цифровая ПЦР с каплями для одновременной количественной оценки общих и связанных с человеком показателей фекалий для оценки качества воды». Water Research . 70 : 337–349. Bibcode : 2015WatRe..70..337C. doi : 10.1016/j.watres.2014.12.008. PMID  25543243.
  80. ^ Европейское общество медицинской онкологии (17 ноября 2017 г.). «Исследование анализирует мутации в спинномозговой жидкости при раке легких с метастазами в мозг» . Получено 24 июля 2019 г.
  81. ^ ab Petrone J (8 июня 2017 г.). «Норвежская команда планирует дебютировать с цифровым ПЦР-тестом на рак мочевого пузыря к концу года» . Получено 24 июля 2019 г.
  82. ^ Hiemcke-Jiwa LS, Minnema MC, Radersma-van Loon JH, Jiwa NM, de Boer M, Leguit RJ и др. (апрель 2018 г.). «Использование капельной цифровой ПЦР в жидких биопсиях: высокочувствительный метод обнаружения MYD88 p.(L265P) в спинномозговой жидкости». Гематологическая онкология . 36 (2): 429–435. doi : 10.1002/hon.2489 . PMID  29210102. S2CID  4968214.
  83. ^ ab Paxton A (октябрь 2017 г.). «Возрожденные надежды, новые проблемы с жидкой биопсией» . Получено 24 июля 2019 г.
  84. ↑ Бхадра К., Меллерт Х., Пестано Дж. (5 июня 2017 г.). «Внедрение тестов жидкой биопсии при НМРЛ» . Проверено 24 июля 2019 г.
  85. ^ Sacher AG, Paweletz C, Dahlberg SE, Alden RS, O'Connell A, Feeney N и др. (август 2016 г.). «Проспективная валидация быстрого плазменного генотипирования для обнаружения мутаций EGFR и KRAS при прогрессирующем раке легких». JAMA Oncology . 2 (8): 1014–1022. doi :10.1001/jamaoncol.2016.0173. PMC 4982795. PMID  27055085 . 
  86. ^ Olsson E, Winter C, George A, Chen Y, Howlin J, Tang MH и др. (август 2015 г.). «Серийный мониторинг циркулирующей опухолевой ДНК у пациентов с первичным раком молочной железы для выявления скрытого метастатического заболевания». EMBO Molecular Medicine . 7 (8): 1034–1047. doi :10.15252/emmm.201404913. PMC 4551342 . PMID  25987569. 
  87. ^ Carpinetti P, Donnard E, Bettoni F, Asprino P, Koyama F, Rozanski A и др. (ноябрь 2015 г.). «Использование персонализированных биомаркеров и жидких биопсий для мониторинга ответа на лечение и рецидива заболевания при местнораспространенном раке прямой кишки после неоадъювантной химиолучевой терапии». Oncotarget . 6 (35): 38360–38371. doi :10.18632/oncotarget.5256. PMC 4742005 . PMID  26451609. 
  88. ^ Райнерт Т., Шёлер Л.В., Томсен Р., Тобиасен Х., Ванг С., Нордентофт И. и др. (апрель 2016 г.). «Анализ циркулирующей опухолевой ДНК для мониторинга бремени заболевания после операции по поводу колоректального рака». Гут . 65 (4): 625–634. дои : 10.1136/gutjnl-2014-308859 . ПМИД  25654990.
  89. ^ Pereira E, Camacho-Vanegas O, Anand S, Sebra R, Catalina Camacho S, Garnar-Wortzel L и др. (2015). «Персонализированные циркулирующие биомаркеры ДНК опухоли динамически предсказывают ответ на лечение и выживаемость при гинекологических раковых заболеваниях». PLOS ONE . 10 (12): e0145754. Bibcode : 2015PLoSO..1045754P. doi : 10.1371/journal.pone.0145754 . PMC 4696808. PMID  26717006 . 
  90. ^ Dahmcke CM, Steven KE, Larsen LK, Poulsen AL, Abdul-Al A, Dahl C, Guldberg P (декабрь 2016 г.). «Проспективная слепая оценка анализа ДНК мочи для обнаружения уротелиальной карциномы мочевого пузыря у пациентов с макрогематурией». Европейская урология . 70 (6): 916–919. doi :10.1016/j.eururo.2016.06.035. PMID  27417036.
  91. ^ abc Lindner L, Cayrou P, Jacquot S, Birling MC, Herault Y, Pavlovic G (июль 2021 г.). «Надежные и устойчивые протоколы цифровой ПЦР с капельной ДНК (ddPCR) и ОТ-ddPCR для исследований на мышах». Методы . 191 : 95–106. doi : 10.1016/j.ymeth.2020.07.004. PMID  32721466. S2CID  220851187.
  92. ^ Taylor SC, Carbonneau J, Shelton DN, Boivin G (ноябрь 2015 г.). «Оптимизация цифровой ПЦР капель из экстрактов РНК и ДНК с прямым сравнением с ОТ-кПЦР: клинические последствия для количественной оценки субпопуляций, устойчивых к осельтамивиру». Журнал вирусологических методов . 224 : 58–66. doi : 10.1016/j.jviromet.2015.08.014 . PMID  26315318.
  93. ^ Whale AS, Huggett JF, Tzonev S (декабрь 2016 г.). «Основы мультиплексирования с цифровой ПЦР». Biomolecular Detection and Quantification . 10 : 15–23. doi :10.1016/j.bdq.2016.05.002. PMC 5154634 . PMID  27990345. 
  94. ^ Sun B, Tao L, Zheng YL (июнь 2014 г.). «Одновременная количественная оценка альтернативно сплайсированных транскриптов в однокапельной цифровой ПЦР-реакции». BioTechniques . 56 (6): 319–325. doi : 10.2144/000114179 . PMID  24924392.
  95. ^ Valencia CA, Rhodenizer D, Bhide S, Chin E, Littlejohn MR, Keong LM и др. (2012). «Оценка целевых обогащенных платформ с использованием массивного параллельного секвенирования для обнаружения мутаций при врожденной мышечной дистрофии». Журнал молекулярной диагностики . 14 (3): 233–246. doi :10.1016/j.jmoldx.2012.01.009. PMC 3349841. PMID  22426012 . 
  96. ^ Филипп Дж., Дерхурхи М., Дюран Э., Вайлант Э., Дешом А., Рабеаривело И. и др. (2015). «Какой лучший метод обогащения NGS для молекулярной диагностики моногенного диабета и ожирения?». PLOS ONE . 10 (11): e0143373. Bibcode : 2015PLoSO..1043373P. doi : 10.1371/journal.pone.0143373 . PMC 4657897. PMID  26599467 . 
  97. ^ Ouellet E, Foley JH, Conway EM, Haynes C (август 2015 г.). «Hi-Fi SELEX: высокоточная платформа для обнаружения терапевтических аптамеров на основе цифровой ПЦР». Биотехнология и биоинженерия . 112 (8): 1506–1522. doi :10.1002/bit.25581. PMID  25727321. S2CID  39450798.
  98. ^ Ludlow AT, Shelton D, Wright WE, Shay JW (2018). "DdTRAP: Метод чувствительной и точной количественной оценки активности теломеразы". Цифровая ПЦР . Методы в молекулярной биологии. Т. 1768. С. 513–529. doi :10.1007/978-1-4939-7778-9_29. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMC  6046637 . PMID  29717462.
  99. ^ Sayed ME, Slusher AL, Ludlow AT (май 2019 г.). «Droplet Digital TRAP (ddTRAP): Адаптация протокола амплификации теломерных повторов к цифровой полимеразной цепной реакции с каплями». Журнал визуализированных экспериментов (147). doi : 10.3791/59550. PMID  31107456. S2CID  155519448.
  100. ^ Stein RA (1 июля 2019 г.). «Single-Cell Sequencing Sifts through Multiple Omics» . Получено 1 августа 2019 г. .
  101. ^ Wood-Bouwens CM, Ji HP (2018). «Измерения числа копий одноцветного мультиплексного DDPCR и генотипирование вариантов одного нуклеотида». Цифровая ПЦР . Методы в молекулярной биологии. Т. 1768. С. 323–333. doi :10.1007/978-1-4939-7778-9_18. ISBN 978-1-4939-7776-5. PMID  29717451.
  102. ^ Low, H., Chan, SJ., Soo, GH. и др. Цифровая система ПЦР Clarity™: новая платформа для абсолютного количественного определения нуклеиновых кислот. Anal Bioanal Chem 409, 1869–1875 (2017). https://doi.org/10.1007/s00216-016-0131-7
  103. ^ Saiki RK, Gelfand DH, Stoffel S, Scharf SJ, Higuchi R, Horn GT и др. (январь 1988 г.). «Праймер-направленная ферментативная амплификация ДНК с помощью термостабильной ДНК-полимеразы». Science . 239 (4839): 487–491. Bibcode :1988Sci...239..487S. doi :10.1126/science.239.4839.487. PMID  2448875.
  104. ^ Morley AA (сентябрь 2014 г.). «Цифровая ПЦР: краткая история». Biomolecular Detection and Quantification . 1 (1): 1–2. doi :10.1016/j.bdq.2014.06.001. PMC 5129430. PMID  27920991 . 
  105. ^ Rutsaert S, Bosman K, Trypsteen W, Nijhuis M, Vandekerckhove L (январь 2018 г.). «Цифровая ПЦР как инструмент для измерения стойкости ВИЧ». Retrovirology . 15 (1): 16. doi : 10.1186/s12977-018-0399-0 . PMC 5789538 . PMID  29378600. 
  106. ^ ab Perkel J (11 апреля 2014 г.). "Цифровая ПЦР-революция" . Получено 22 июля 2019 г.
  107. ^ Pohl G, Shih I (январь 2004 г.). «Принцип и применение цифровой ПЦР». Expert Review of Molecular Diagnostics . 4 (1): 41–47. doi :10.1586/14737159.4.1.41. PMID  14711348. S2CID  28271641.
  108. ^ Dressman D, Yan H, Traverso G, Kinzler KW, Vogelstein B (июль 2003 г.). «Преобразование отдельных молекул ДНК в флуоресцентные магнитные частицы для обнаружения и подсчета генетических вариаций». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (15): 8817–8822. Bibcode : 2003PNAS..100.8817D. doi : 10.1073/pnas.1133470100 . PMC 166396. PMID  12857956 . 
  109. ^ Diehl F, Li M, He Y, Kinzler KW, Vogelstein B, Dressman D (июль 2006 г.). «BEAMing: одномолекулярная ПЦР на микрочастицах в эмульсиях «вода в масле»». Nature Methods . 3 (7): 551–559. doi :10.1038/nmeth898. PMID  16791214. S2CID  7059151.
  110. ^ Баткус Б. (8 июля 2010 г.). «Цифровая ПЦР-сфера нагревается, поскольку поставщики инструментов для естественных наук начинают делать заявки» . Получено 22 июля 2019 г.
  111. ^ Ramakrishnan R, Qin J, Jones RC, Weaver LS (2013). "Интегрированные жидкостные контуры (IFC) для цифровой ПЦР". Микрофлюидная диагностика . Методы в молекулярной биологии. Т. 949. С. 423–431. doi :10.1007/978-1-62703-134-9_27. ISBN 978-1-62703-133-2. PMID  23329458.
  112. ^ Баткус Б. (29 марта 2012 г.). «RainDance запускает цифровую платформу ПЦР; заявляет о чувствительности и превосходстве эксплуатационных расходов» . Получено 22 июля 2019 г.
  113. ^ «Анализ крови «жидкой биопсии» выявляет генетические мутации при распространенной форме рака легких». 7 апреля 2016 г. Получено 22 июля 2019 г.
  114. ^ "Корейская компания BioCore первой начала коммерциализацию НИПТ на основе цифровой ПЦР". 2 марта 2018 г. Получено 22 июля 2019 г.
  115. ^ "Bio-Rad получает первую маркировку CE на клинический тест ddPCR". 5 декабря 2017 г. Получено 22 июля 2019 г.

Внешние ссылки