Западная конференция 
Восточная конференцияСезон Высшей футбольной лиги 2006 года стал 11-м сезоном Высшей футбольной лиги . Это также был 94-й сезон санкционированного ФИФА футбола в США и 28-й сезон в национальной лиге первого дивизиона.
MetroStars были куплены австрийской компанией Red Bull и переименованы в New York Red Bulls .
Из-за того, что владелец AEG не смог обеспечить себе специальный футбольный стадион в Сан-Хосе , Earthquakes прекратили свою деятельность и перевели свой персонал в расширяющееся Houston Dynamo .
В июне «Чикаго Файр» переехали на свой новый футбольный стадион « Тойота Парк» в Бриджвью, штат Иллинойс .
Регулярный сезон начался 1 апреля и завершился 15 октября. Плей-офф Кубка MLS 2006 года начался 21 октября и завершился 12 ноября Кубком MLS 2006 года. Хьюстон ознаменовал свой первый сезон чемпионством лиги, победив New England Revolution на пенальти в Кубке MLS.
Сезон начался 1 апреля и завершился Кубком MLS 12 ноября. 12 команд были поровну разделены на две конференции. Каждая команда сыграла по 32 игры, которые были поровну разделены между дома и на выезде. Каждая команда играла с каждой другой командой своей конференции четыре раза, а каждая команда противоположной конференции - дважды.
Четыре лучшие команды из каждой конференции вышли в плей-офф Кубка MLS . В первом туре победителей определила сумма голов за два матча. Финал конференции был сыгран как один матч, и победители вышли в Кубок MLS . Во всех турах ничьи прерывались двумя дополнительными периодами по 15 минут, за которыми при необходимости следовали пенальти. Правило голов на выезде не применялось ни в одном туре.
Команда, набравшая наибольшее количество очков в регулярном сезоне, была награждена Щитом болельщиков MLS и квалифицировалась на Кубок чемпионов КОНКАКАФ . Кроме того, победитель Кубка MLS также получил право на участие в Кубке чемпионов КОНКАКАФ. Если команда квалифицировалась на несколько мест в Кубке Чемпионов, то дополнительные места предоставлялись командам MLS с наибольшим общим результатом, которые еще не прошли квалификацию. Квалификацию на первую Суперлигу также получили чемпион Кубка MLS и победитель Supporters' Shield, а также две приглашенные команды: FC Dallas и LA Galaxy .
Автоматическая квалификация на Открытый Кубок США предоставлялась трем лучшим игрокам каждой конференции. Остальным американским командам MLS пришлось претендовать на оставшиеся два места посредством серии игровых игр.
«Ди Си Юнайтед» продвигается по сумме двух матчей со счетом 2–1.
«Нью-Ингленд Революшн» продвигается вперед со счетом 4–2 по пенальти (в сумме 2–2 после дополнительного времени ).
«Колорадо Рэпидс» продвигается вперед со счетом 5–4 по пенальти (в сумме 4–4 после дополнительного времени ).
Хьюстон Динамо продвигается вперед со счетом 3–2 по сумме двух матчей.
New England Revolution продвигается вперед со счетом 1–0 в режиме одиночного исключения.
Хьюстон Динамо продвигается вперед со счетом 3–1 в одиночном выбывании.
