stringtranslate.com

28S рибосомальная РНК

Филогения митохондриальной 16S и ядерной 28S рибосомальной ДНК трех видов моллюсков, принадлежащих к роду Waldo .

28S рибосомальная РНК — это структурная рибосомальная РНК (рРНК) для большой субъединицы (LSU) эукариотических цитоплазматических рибосом, и, таким образом, один из основных компонентов всех эукариотических клеток. Она имеет размер 25S у растений и 28S у млекопитающих, отсюда и псевдоним 25S–28S рРНК . [1]

В сочетании с 5.8S рРНК на 5'-стороне он является эукариотическим ядерным гомологом прокариотических 23S и митохондриальных 16S рибосомальных РНК. [2] [3] [4]

Использование в филогении

Гены, кодирующие 28S рРНК, называются 28S рДНК. Сравнение последовательностей этих генов иногда используется в молекулярном анализе для построения филогенетических деревьев , например, у простейших , [5] грибов , [6] насекомых , [7] паукообразных , [8] тихоходок , [9] и позвоночных . [10] [11]

Структура

Длина 28S рРНК обычно составляет 4000–5000 нуклеотидов. [12]

Некоторые эукариоты расщепляют 28S рРНК на две части, прежде чем собрать обе в рибосому, явление, называемое «скрытым разрывом». [12]

Базы данных

Несколько баз данных предоставляют выравнивания и аннотации последовательностей рРНК LSU для сравнительных целей:

Ссылки

  1. ^ Лодиш, Харви Ф.; Дарнелл, Джеймс Э. (1995-01-01). Молекулярная клеточная биология . Scientific American Books. ISBN 978-0-7167-2380-6. OCLC  30783343.
  2. ^ Эперон, IC; Андерсон, S.; Нирлих, DP (1980-07-31). «Отличительная последовательность генов митохондриальной рибосомальной РНК человека». Nature . 286 (5772): 460–467. Bibcode :1980Natur.286..460E. doi :10.1038/286460a0. PMID  6157106. S2CID  4262269.
  3. ^ Дорис, Стивен М.; Смит, Дебора Р.; Бимсдерфер, Джулия Н.; Рафаэль, Бенджамин Дж.; Натансон, Джудит А.; Герби, Сьюзан А. (октябрь 2015 г.). «Универсальные и доменно-специфические последовательности в рибосомальной РНК 23S–28S, идентифицированные с помощью вычислительной филогенетики». РНК . 21 (10): 1719–1730. doi : 10.1261/rna.051144.115 . PMC 4574749 . PMID  26283689. 
  4. ^ Лафонтен, DLJ; Толлерви, Д. (2001). «Функция и синтез рибосом». Nature Reviews Molecular Cell Biology . 2 (7): 514–520. doi : 10.1038/35080045. hdl : 1842/729 . PMID  11433365. S2CID  2637106.
  5. ^ Baroin, A.; Perasso, R.; Qu, LH; Brugerolle, G.; Bachellerie, JP; Adoutte, A. (1988-05-01). «Частичная филогения одноклеточных эукариот, основанная на быстром секвенировании части 28S рибосомальной РНК». Труды Национальной академии наук . 85 (10): 3474–3478. Bibcode : 1988PNAS...85.3474B. doi : 10.1073/pnas.85.10.3474 . ISSN  0027-8424. PMC 280234. PMID 3368456  . 
  6. ^ Джеймс, Тимоти Ю.; Кауфф, Франк; Шох, Конрад Л.; Матени, П. Брэндон; Хофштеттер, Валери; Кокс, Саймон Дж.; Селио, Гейл; Гвейдан, Сесиль; Фрейкер, Эмили (2006). «Реконструкция ранней эволюции грибов с использованием филогении из шести генов». Nature . 443 (7113): 818–822. Bibcode :2006Natur.443..818J. doi :10.1038/nature05110. PMID  17051209. S2CID  4302864.
  7. ^ Whiting, Michael F.; Carpenter, James C.; Wheeler, Quentin D.; Wheeler, Ward C. (1997-03-01). «Проблема Strepsiptera: филогения отрядов насекомых с полным превращением, выведенная из последовательностей и морфологии рибосомной ДНК 18S и 28S». Systematic Biology . 46 (1): 1–68. doi : 10.1093/sysbio/46.1.1 . ISSN  1063-5157. PMID  11975347.
  8. ^ Хедин, Маршал К.; Мэддисон, Уэйн П. (март 2001 г.). «Комбинированный молекулярный подход к филогении подсемейства пауков-скакунов Dendryphantinae (Araneae: Salticidae)». Молекулярная филогенетика и эволюция . 18 (3): 386–403. doi :10.1006/mpev.2000.0883. PMID  11277632.
  9. ^ Йоргенсен, Аслак; Фаурби, Сорен; Хансен, Йеспер Г.; Мёбьерг, Надя; Кристенсен, Рейнхардт М. (01 марта 2010 г.). «Молекулярная филогения Arthrotardigrada (Tardigrada)». Молекулярная филогенетика и эволюция . 54 (3): 1006–1015. doi :10.1016/j.ympev.2009.10.006. ПМИД  19822216.
  10. ^ Le, Hoc Lanh Vân; Lecointre, Guillaume; Perasso, Roland (1993-03-01). "Филогения челюстноротых на основе 28S рРНК: первые шаги в анализе конфликта и соответствия с морфологически обоснованными кладограммами". Молекулярная филогенетика и эволюция . 2 (1): 31–51. doi :10.1006/mpev.1993.1005. PMID  8081546.
  11. ^ Маллатт, Джон; Салливан, Джек (декабрь 1998 г.). «Последовательности рДНК 28S и 18S подтверждают монофилию миног и миксин». Молекулярная биология и эволюция . 15 (12): 1706–1718. doi :10.1093/oxfordjournals.molbev.a025897. PMID  9866205.
  12. ^ ab Natsidis, Paschalis; Schiffer, Philipp H.; Salvador-Martínez, Irepan; Telford, Maximilian J. (декабрь 2019 г.). «Вычислительное обнаружение скрытых разрывов в 28S рибосомальных РНК у эукариот и последствия для чисел целостности РНК». Scientific Reports . 9 (1): 19477. Bibcode :2019NatSR...919477N. doi : 10.1038/s41598-019-55573-1 . PMC 6925239 . PMID  31863008. 
  13. ^ "Ribosomal Database Project". RDP Release 11, Update 5. 30 сентября 2016 г. Архивировано из оригинала 2020-08-19 . Получено 2016-12-31 .
  14. ^ Olsen, GJ; Overbeek, R.; Larsen, N.; Marsh, TL; McCaughey, MJ; Maciukenas, MA; Kuan, W.-M.; Macke, TJ; Xing, Y. (1992-05-11). "Проект рибосомальной базы данных". Nucleic Acids Research . 20 (suppl): 2199–2200. doi :10.1093/nar/20.suppl.2199. ISSN  0305-1048. PMC 333993. PMID 1598241  . 
  15. ^ Коул, Джеймс Р.; Ван, Цюн; Фиш, Джордан А.; Чай, Бенли; МакГаррелл, Донна М.; Сан, Янни; Браун, К. Титус; Поррас-Альфаро, Андреа; Куске, Шерил Р. (2014-01-01). «Проект базы данных рибосом: данные и инструменты для высокопроизводительного анализа рРНК». Nucleic Acids Research . 42 (D1): D633–D642. doi :10.1093/nar/gkt1244. ISSN  0305-1048. PMC 3965039 . PMID  24288368. 
  16. ^ Quast, C.; Pruesse, E.; Yilmaz, P.; Gerken, J.; Schweer, T.; Yarza, P.; Peplies, J.; Glockner, FO (2013-01-01). «Проект базы данных генов рибосомальной РНК SILVA: улучшенная обработка данных и веб-инструменты». Nucleic Acids Research . 41 (D1): D590–D596. doi :10.1093/nar/gks1219. ISSN  0305-1048. PMC 3531112. PMID 23193283  .