stringtranslate.com

PubMed Центральный

PubMed Central ( PMC ) — это бесплатный цифровой репозиторий , который архивирует открытые полные тексты научных статей, опубликованных в биомедицинских и биологических журналах. Как одна из основных исследовательских баз данных, разработанных Национальным центром биотехнологической информации (NCBI), PubMed Central — это больше, чем просто репозиторий документов. Материалы, отправляемые в PMC, индексируются и форматируются для расширенных метаданных , медицинской онтологии и уникальных идентификаторов, которые обогащают структурированные данные XML для каждой статьи. [1] Контент в PMC может быть связан с другими базами данных NCBI и доступен через поисковые и извлекающие системы Entrez , что еще больше расширяет возможности общественности находить, читать и развивать свои биомедицинские знания. [2]

PubMed Central отличается от PubMed . [3] PubMed Central — это бесплатный цифровой архив полных статей, доступный любому человеку из любой точки мира через веб-браузер (с различными условиями повторного использования). И наоборот, хотя PubMed — это поисковая база данных биомедицинских цитат и рефератов, полный текст статьи находится в другом месте (в печатном виде или онлайн, бесплатно или за платным доступом подписчика ).

По состоянию на декабрь 2018 года архив PMC содержал более 5,2 миллионов статей [4] , при этом вклады поступали от издателей или авторов, размещавших свои рукописи в репозитории в соответствии с Политикой публичного доступа NIH . Более ранние данные показывают, что с января 2013 года по январь 2014 года инициированные авторами депозиты превысили 103 000 статей в течение 12-месячного периода. [5] PMC идентифицирует около 4000 журналов, которые в той или иной степени участвуют в размещении своего опубликованного контента в репозитории PMC. [6] Некоторые издатели задерживают публикацию своих статей на PubMed Central на определенное время после публикации, называемое «периодом эмбарго», который может составлять от нескольких месяцев до нескольких лет в зависимости от журнала. (Наиболее распространенными являются эмбарго на шесть-двенадцать месяцев.) PubMed Central является ключевым примером «систематического внешнего распространения третьей стороной», [7] что по-прежнему запрещено соглашениями с авторами многих издательств.

История

PubMed Central начинался как E-biomed , изначально предложенный в мае 1999 года тогдашним директором NIH Гарольдом Вармусом . [8] Идея пришла к нему «внезапно» в декабре 1998 года, вдохновленная ранним использованием arXiv для препринтов после презентации Пэта Брауна из Стэнфорда и Дэвида Липмана , директора NCBI : [9] [10]

Но однажды утром в декабре 1998 года мои взгляды резко расширились, когда я встретился с Пэтом Брауном за кофе в кафе, которое раньше было знаменитой пекарней Tassajara Bakery, на углу улиц Cole и Parnassus, во время визита в Сан-Франциско. [...] За несколько недель до нашего кофе Пэт узнал о методах, используемых физиком Полом Джинспаргом и его коллегами в Лос-Аламосе, чтобы физики и математики могли делиться своими работами друг с другом через Интернет. Они размещали «препринты» (статьи, еще не отправленные или не принятые к публикации) на общедоступном веб-сайте (называемом LanX или arXiv), чтобы любой мог их прочитать и оценить. [...] Чем больше я думал об этом, тем больше убеждался, что радикальная реструктуризация методов публикации, передачи, хранения и использования отчетов о биомедицинских исследованиях может быть возможной и полезной. В духе энтузиазма и политической невинности я написал длинный манифест, в котором предложил создать поддерживаемую Национальным институтом здравоохранения онлайн-систему под названием E-biomed.

Целью E-biomed было предоставление свободного доступа ко всем биомедицинским исследованиям. Статьи, представленные в E-biomed, могли быть опубликованы одним из двух способов: либо немедленно в виде препринта, либо через традиционный процесс рецензирования . Процесс рецензирования должен был напоминать современные оверлейные журналы , при этом внешняя редакционная коллегия сохраняла контроль над процессом рецензирования, кураторства и перечисления статей, которые в противном случае были бы свободно доступны на центральном сервере E-biomed. Вармус намеревался реализовать новые возможности, представленные путем передачи научных результатов в цифровом виде, представляя непрерывный разговор об опубликованных работах, версионных документах и ​​обогащенных «многослойных» форматах, допускающих несколько уровней детализации. [8]

Предложение создать центральный индекс биомедицинских исследований было радикальным отходом от преобладающих норм публикации. До появления Интернета индексы публикаций работали в основном как ISBN : назначались регистрационными агентствами вторичным издателям. Идея о том, что любой может владеть собственным адресным пространством через доменное имя и создавать собственную систему индексации, была совершенно новой идеей. [11] [12] Крупные коммерческие издатели начали экспериментировать с системой индексации научных статей, совместно используемых издательствами, еще в 1993 году и были подстегнуты к действиям после предложения E-biomed. На ежегодной конференции STM во Франкфурте в октябре 1999 года несколько издателей во главе с Springer-Verlag достигли спешного консенсуса в конференц-зале о запуске своего прототипа-конкурента: [13]

На заседании правления ассоциации STM, состоявшемся в понедельник, 11 октября, перед открытием ярмарки в среду, обсуждение было сосредоточено на новой инициативе Национальной медицинской библиотеки США (NLM) под названием E-Biomed (позже PubMed Central), которая была предложена Гарольдом Вармусом из Национальных институтов здравоохранения весной 1999 года. Вармус задумал цифровой архив журналов, доступный бесплатно и с добавленной стоимостью ссылок. «Мы пришли к единому мнению, что издатели должны заниматься ссылками», — сказал Боб Кэмпбелл, который председательствовал на собрании. «Поскольку мы были «выше по течению», так сказать, мы должны были иметь возможность связывать наши статьи раньше NLM в рамках процесса их производства. Затем Стефан фон Хольцбринк запустил процесс, предложив связывать публикации Nature с публикациями любых других изданий. Мы решили объявить о широкой инициативе ссылок STM. Конечно, это был только стратегический шаг, поскольку у нас не было ни плана, ни прототипа».

Небольшая группа во главе с Арно де Кемпом из Springer-Verlag собралась в соседней комнате сразу после заседания совета директоров, чтобы подготовить проект объявления, которое было распространено среди всех участников ежегодного собрания STM на следующий день и опубликовано в издании для членов STM. [...] Потенциальная выгода от сервиса, который впоследствии стал CrossRef, стала очевидна сразу. Такие организации, как AIP и IOP (Институт физики), начали ссылаться на публикации друг друга, и невозможность повторения таких разовых соглашений в отрасли была очевидна. Как позже выразился Тим Инголдсби, «Все эти соглашения о ссылках собирались нас убить».

Под давлением энергичного лоббирования со стороны коммерческих издательств и научных обществ, которые опасались за потерю прибыли, [14] должностные лица NIH объявили о пересмотренном предложении PubMed Central в августе 1999 года. [9] PMC будет получать заявки от издателей, а не от авторов, как в E-biomed. Публикации будут иметь временный запрет на платный доступ сроком до одного года. PMC будет разрешать только рецензируемые работы — никаких препринтов. [15] Тогда еще неназванная система ссылок, управляемая издателем, вскоре после этого станет CrossRef и более крупной системой DOI . Вармус, Браун и другие, включая Майкла Эйзена, основали Публичную научную библиотеку ( PLoS ) в 2001 году, придя к выводу, что «если мы действительно хотим изменить публикацию научных исследований, мы должны публиковать их сами». [16]

Принятие

Запущенный в феврале 2000 года, репозиторий быстро разросся, поскольку Политика публичного доступа NIH разработана для того, чтобы сделать все исследования, финансируемые Национальными институтами здравоохранения (NIH), свободно доступными для всех, и, кроме того, многие издатели сотрудничают с NIH, чтобы предоставить бесплатный доступ к своим работам. [ требуется ссылка ] В конце 2007 года был подписан Закон о консолидированных ассигнованиях 2008 года (HR 2764), который включал положение, требующее от NIH изменить свою политику и потребовать включения в PubMed Central полных электронных копий их рецензируемых исследований и результатов исследований, финансируемых NIH. Эти статьи должны быть включены в течение 12 месяцев с момента публикации. Это первый случай, когда правительство США потребовало от агентства предоставить открытый доступ к исследованиям, и это является развитием политики 2005 года, в которой NIH просил исследователей добровольно добавлять свои исследования в PubMed Central. [17]

Британская версия системы PubMed Central, UK PubMed Central (UKPMC) , была разработана Wellcome Trust и Британской библиотекой в ​​составе девяти сильных групп спонсоров исследований в Великобритании. Эта система была запущена в январе 2007 года. 1 ноября 2012 года она стала называться Europe PubMed Central . Канадский член международной сети PubMed Central, PubMed Central Canada , был запущен в октябре 2009 года.

Язык разметки статей журнала «NLM Journal Publishing Tag Set» Национальной медицинской библиотеки находится в свободном доступе. [18] Ассоциация издателей научных и профессиональных обществ комментирует, что «он, вероятно, станет стандартом для подготовки научного контента как для книг, так и для журналов». [19] Соответствующий DTD доступен для книг. [20] Библиотека Конгресса и Британская библиотека объявили о поддержке NLM DTD. [21] Он также популярен среди поставщиков журнальных услуг. [22]

С выпуском планов публичного доступа для многих агентств за пределами NIH, PMC находится в процессе превращения в хранилище для более широкого спектра статей. [23] Сюда входит контент NASA с интерфейсом под брендом «PubSpace». [24] [25]

Технологии

Статьи отправляются издателями в PubMed Central в XML или SGML , используя различные DTD статей . Более старые и крупные издатели могут иметь свои собственные установленные внутренние DTD, но многие издатели используют NLM Journal Publishing DTD (см. выше).

Полученные статьи преобразуются через XSLT в очень похожий NLM Archiving and Interchange DTD. Этот процесс может выявить ошибки, которые сообщаются издателю для исправления. Графика также преобразуется в стандартные форматы и размеры. Исходные и преобразованные формы архивируются. Преобразованная форма перемещается в реляционную базу данных вместе со связанными файлами для графики, мультимедиа или других связанных данных. Многие издатели также предоставляют PDF своих статей, и они становятся доступными без изменений. [26]

Библиографические ссылки анализируются и автоматически связываются с соответствующими рефератами в PubMed, статьями в PubMed Central и ресурсами на веб-сайтах издателей. Ссылки PubMed также ведут на PubMed Central. Неразрешимые ссылки, такие как на журналы или конкретные статьи, которые еще не доступны ни в одном из этих источников, отслеживаются в базе данных и автоматически становятся «живыми», когда ресурсы становятся доступными.

Внутренняя система индексации обеспечивает возможность поиска и учитывает биологическую и медицинскую терминологию , такую ​​как общие и фирменные названия лекарственных препаратов, а также альтернативные названия организмов, болезней и анатомических частей.

Когда пользователь получает доступ к выпуску журнала, автоматически генерируется оглавление путем извлечения всех статей, писем, редакционных статей и т. д. для этого выпуска. Когда достигается фактический элемент, такой как статья, PubMed Central преобразует разметку NLM в HTML для доставки и предоставляет ссылки на связанные объекты данных. Это осуществимо, поскольку множество входящих данных сначала преобразуется в стандартные DTD и графические форматы.

В отдельном потоке подачи авторы, финансируемые NIH, могут размещать статьи в PubMed Central с помощью NIH Manuscript Submission (NIHMS). Статьи, отправленные таким образом, обычно проходят через XML-разметку для преобразования в NLM DTD.

Прием

Реакция на PubMed Central среди научного издательского сообщества варьируется от искреннего энтузиазма у некоторых [27] до осторожной обеспокоенности у других [28] .

В то время как PMC является желанным партнером для издателей открытого доступа в своей способности увеличивать открытие и распространение биомедицинских знаний, эта же истина заставляет других беспокоиться о трафике, отвлекаемом от опубликованной версии записи , об экономических последствиях уменьшения читательской аудитории, а также о влиянии на поддержание сообщества ученых в рамках научных обществ. [29] [30] Анализ 2013 года обнаружил убедительные доказательства того, что публичные репозитории опубликованных статей были ответственны за «отвлечение значительного числа читателей от веб-сайтов журналов» и что «влияние PMC со временем растет». [30]

Библиотеки, университеты, сторонники открытого доступа, группы по защите прав потребителей в области здравоохранения и организации по защите прав пациентов приветствовали PubMed Central и надеются увидеть аналогичные репозитории открытого доступа, созданные другими федеральными финансирующими агентствами, чтобы свободно делиться любыми исследовательскими публикациями, которые были получены в результате поддержки налогоплательщиков. [31]

Исследование Antelman по публикациям в открытом доступе показало, что в области философии, политологии, электротехники и электроники, а также математики статьи в открытом доступе имели большее исследовательское влияние. [32] Рандомизированное исследование выявило увеличение загрузок контента статей в открытом доступе, без какого-либо преимущества цитирования по сравнению с подписным доступом через год после публикации. [33]

Политика NIH и работа над открытым репозиторием послужили основой для президентской директивы 2013 года, которая повлекла за собой действия и в других федеральных агентствах.

В марте 2020 года PubMed Central ускорил процедуры депонирования полных текстов публикаций о коронавирусе . NLM сделал это по просьбе Управления по научно-технической политике Белого дома и международных ученых, чтобы улучшить доступ для ученых, поставщиков медицинских услуг, новаторов в области интеллектуального анализа данных , исследователей в области искусственного интеллекта в здравоохранении и широкой общественности. [34]

ПМКИД

PMCID ( идентификатор PubMed Central ), также известный как номер ссылки PMC, является библиографическим идентификатором для базы данных открытого доступа PubMed Central, подобно тому, как PMID является библиографическим идентификатором для базы данных PubMed . Однако эти два идентификатора различны. Он состоит из «PMC», за которым следует строка цифр. Формат: [35]

Авторы, претендующие на получение наград NIH, должны включить в свою заявку номер PMCID.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Бек Дж. (2010). "Отчет с места событий: PubMed Central, архив статей журналов по наукам о жизни на основе XML". Труды Международного симпозиума по XML для долгосрочного использования: проблемы долгосрочного сохранения XML . Том 6. doi :10.4242/BalisageVol6.Beck01. ISBN 978-1-935958-02-4.
  2. ^ Maloney C, Sequeira E, Kelly C, Orris R, Beck J (5 декабря 2013 г.). PubMed Central. Национальный центр биотехнологической информации (США). Архивировано из оригинала 28 июля 2020 г. . Получено 8 сентября 2017 г. .
  3. ^ «MEDLINE, PubMed и PMC (PubMed Central): чем они отличаются?». www.nlm.nih.gov . 9 сентября 2019 г. Архивировано из оригинала 1 ноября 2020 г. Получено 29 января 2020 г.
  4. ^ «Открытость по умолчанию», Inside Higher Ed , 16 января 2017 г.
  5. ^ "Статистика NIHMS". Система подачи рукописей NIH . Архивировано из оригинала 10 февраля 2014 г. Получено 7 февраля 2014 г.
  6. ^ "Home - PMC". NCBI . Архивировано из оригинала 13 августа 2011 г. Получено 8 сентября 2017 г.
  7. ^ Уэрфелли Н. «Права автора: что это такое» (PDF) . ResearchGate . Архивировано (PDF) из оригинала 19 января 2019 г. . Получено 17 января 2019 г. .
  8. ^ ab Varmus, Harold (19 апреля 1999 г.). "E-Biomed: A Proposal for Electronic Publications in the Biomedical Sciences (Draft and Addendum)". Препринт NIH . 04 (99). 101584926X356. Архивировано (PDF) из оригинала 30 января 2024 г. Получено 19 октября 2023 г.
  9. ^ ab Kling, Rob; Spector, Lisa B.; Fortuna, Joanna (2004). «The real stakes of virtual publishing: The transformation of E-Biomed into PubMed central». Journal of the American Society for Information Science and Technology . 5 (2): 127–148. doi :10.1002/asi.10352. Архивировано из оригинала 20 октября 2023 г. Получено 20 октября 2023 г.
  10. ^ Вармус, Гарольд (2009). Искусство и политика науки. Нью-Йорк: WW Norton & Company. С. 255–256. ISBN 978-0-393-06128-4. Архивировано из оригинала 8 декабря 2022 г. . Получено 20 октября 2023 г. .
  11. ^ Сондерс, Джонни (1 сентября 2022 г.). «Децентрализованная инфраструктура для (нейро)науки». стр. 26. arXiv : 2209.07493 [cs.GL].
  12. ^ "Цель семантической паутины — выразить реальную жизнь. Многие вещи в реальной жизни, реальные вопросы, с которыми мы столкнемся, не поддаются эффективному вычислению. Для этого есть два решения: Классическое (до веб) решение — ограничить язык выражения так, чтобы все запросы завершались за конечное время. Решение, подобное вебу, — разрешить выражение фактов и правил на общем языке, который достаточно гибок и эффективен для выражения реальной жизни. Создайте подмножества для веба, в которых определенные ограничения дают вам определенные вычислительные свойства. Аналогия с человеко-информационными системами, которые существовали до веба. Большинство заставляло хранить свои данные в иерархии (иногда фиксированной глубины или матрицы (часто с определенным числом измерений). Это давало свойства согласованности в информационной системе. Держу пари, что у DARPA есть много таких систем, и они все еще есть. Единственный способ их интеграции — выразить их в терминах гораздо более мощного языка — глобального гипертекста. Гипертекст не обладал ни одним из этих обнадеживающих свойств. Люди боялись заблудиться в нем. Вы могли бы вечно следовать ссылкам. Как оказалось, это, конечно, правда, что существует проблема, заключающаяся в том, что в Интернете можно вечно переходить по ссылкам. " Бернерс-Ли, Тим. "Что может представлять семантическая паутина". Проблемы веб-дизайна . Архивировано из оригинала 19 октября 2023 г. Получено 20 октября 2023 г.
  13. ^ CrossRef (2009). Формирование CrossRef: краткая история (PDF) . CrossRef. стр. 8. Архивировано (PDF) из оригинала 30 октября 2023 г. . Получено 20 октября 2023 г. .
  14. ^ Публичная научная библиотека. "Public Library of Science post". The Harold Varmus Papers . NIH, Национальная медицинская библиотека. Архивировано из оригинала 30 октября 2023 г. Получено 20 октября 2023 г.
  15. ^ Куц, Майер. «Восстание ученых против практики научных публикаций: Вармус, Витек и Вентинг». Searcher . Архивировано из оригинала 30 июля 2020 г. Получено 20 октября 2020 г.
  16. ^ Эшбёрнер, Майкл; Браун, Патрик О.; Эйзен, Майкл; Киршнер, Марк; Хосла, Чайтан; Нуссе, Роэль; Робертс, Ричард Дж.; Скотт, Мэтью; Вармус, Гарольд; Уолд, Барбара. «Письмо из Публичной научной библиотеки [подписавшим открытое письмо PLoS]». Гарольд Вармус - Профили в науке . NIH, Национальная медицинская библиотека. Архивировано из оригинала 30 октября 2023 г. . Получено 20 октября 2023 г. .
  17. ^ «Публичный доступ к исследованиям NIH стал законом». Science Codex . 2007. Архивировано из оригинала 4 марта 2016 г. Получено 6 ноября 2013 г.
  18. ^ "Journal Publishing Tag Set". Национальный центр биотехнологической информации. Архивировано из оригинала 16 октября 2020 г. Получено 6 ноября 2013 г.
  19. ↑ French D (4 августа 2006 г.). «ALPSP Technology Update: A Standard XML Document Format: The case for the adaptation of NLM DTD». ALPSP. Архивировано из оригинала 26 октября 2020 г. Получено 6 ноября 2013 г.
  20. ^ "NCBI Book Tag Set". dtd.nlm.nih.gov . Архивировано из оригинала 16 октября 2020 г. Получено 27 сентября 2006 г.
  21. ^ "Новости из Библиотеки Конгресса". Библиотека Конгресса . 19 апреля 2006 г. Архивировано из оригинала 17 апреля 2016 г. Получено 6 ноября 2013 г.
  22. ^ "Inera Inc. - NLM DTD Resources". 19 февраля 2013 г. Архивировано из оригинала 19 февраля 2013 г.
  23. ^ "Планы публичного доступа федеральных агентств США". cendi.gov . Архивировано из оригинала 18 октября 2020 г. Получено 19 августа 2016 г.
  24. ^ Kovo Y (22 июля 2016 г.). «Публичный доступ к результатам исследований, финансируемых NASA». nasa.gov . Архивировано из оригинала 19 августа 2016 г.
  25. ^ "NASA in PMC". preview.ncbi.nlm.nih.gov . Архивировано из оригинала 27 июля 2020 г. Получено 19 августа 2016 г.
  26. ^ "Journal Archiving and Interchange Tag Suite". dtd.nlm.nih.gov . Архивировано из оригинала 17 апреля 2003 г. Получено 17 октября 2023 г.
  27. ^ "PLOS приветствует Конгресс за действия по открытому доступу". Архивировано из оригинала 7 мая 2016 года . Получено 7 февраля 2014 года .
  28. ^ "ACS Submission to the Office of Science and Technology Policy Request for Information on Public Access to Peer-Reviewed Scholarly Publications Resulting of Federally Funded Research" (PDF) . Office of Science and Technology Policy . Архивировано (PDF) из оригинала 13 февраля 2017 г. . Получено 7 февраля 2014 г. – через Национальный архив .
  29. ^ Davis PM (октябрь 2012 г.). «Влияние публичного размещения научных статей на читательскую аудиторию». The Physiologist . 55 (5): 161, 163–5. PMID  23155924.
  30. ^ ab Davis PM (июль 2013 г.). «Публичный доступ к биомедицинским статьям из PubMed Central сокращает читательскую аудиторию журнала — ретроспективный когортный анализ». FASEB Journal . 27 (7): 2536–41. doi : 10.1096/fj.13-229922 . PMC 3688741 . PMID  23554455. 
  31. ^ "Autism Speaks объявляет о новой политике предоставления семьям легкого и бесплатного доступа к ключевым результатам исследований - Пресс-релиз - Autism Speaks". www.autismspeaks.org . 25 июля 2012 г. Архивировано из оригинала 12 июня 2018 г. Получено 7 февраля 2014 г.
  32. ^ Антельман, Кристин (2004). «Оказывают ли статьи открытого доступа большее исследовательское влияние?». College & Research Libraries . 65 (5): 372–382. doi : 10.5860/crl.65.5.372 ., обобщено Стемпером Дж., Уильямсом К. (2006). «Научная коммуникация: превращение кризиса в возможность». Новости колледжей и исследовательских библиотек . 67 (11): 692–696. doi : 10.5860/crln.67.11.7720 .
  33. ^ Davis PM, Lewenstein BV, Simon DH, Booth JG, Connolly MJ (июль 2008 г.). «Открытый доступ к публикациям, загрузкам статей и цитированиям: рандомизированное контролируемое исследование». BMJ . 337 : a568. doi :10.1136/bmj.a568. PMC 2492576 . PMID  18669565. 
  34. ^ "Национальная медицинская библиотека расширяет доступ к литературе о коронавирусе через PubMed Central". Национальные институты здравоохранения (NIH) . 25 марта 2020 г. Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 г. Получено 31 марта 2020 г. Чтобы поддержать эту инициативу, NLM адаптирует свои стандартные процедуры для размещения статей в PMC, чтобы обеспечить большую гибкость, которая обеспечит легкую доступность исследований коронавируса.
  35. ^ "Включить PMCID в цитаты | publicaccess.nih.gov". publicaccess.nih.gov . Архивировано из оригинала 29 декабря 2020 г. Получено 1 июля 2017 г.

Внешние ссылки

Wikidata имеет свойство:
  • Идентификатор публикации PMC (P932) (см. использование )