stringtranslate.com

Циркулирующая свободная ДНК

Циркулирующая свободная ДНК (cfDNA) (также известная как бесклеточная ДНК) представляет собой деградированные фрагменты ДНК, высвобождаемые в биологические жидкости, такие как плазма крови, моча , спинномозговая жидкость и т. д. Типичные размеры фрагментов cfDNA отражают частицы хроматосом (~165 п. н.), а также множественные нуклеосомы, которые защищают ДНК от переваривания апоптотическими нуклеазами. [1] Термин cfDNA может использоваться для описания различных форм ДНК, свободно циркулирующих в биологических жидкостях, включая циркулирующую опухолевую ДНК (ctDNA) , бесклеточную митохондриальную ДНК (ccf mtDNA), бесклеточную фетальную ДНК (cffDNA) и бесклеточную ДНК, полученную от донора (dd-cfDNA). [2] Повышенные уровни cfDNA наблюдаются при раке , особенно на поздних стадиях заболевания. [3] Имеются данные о том, что cfDNA становится все более частой в циркуляции с наступлением возраста. [4] cfDNA, как было показано, является полезным биомаркером для множества заболеваний, отличных от рака и медицины плода. Это включает, но не ограничивается травмой, сепсисом , асептическим воспалением , инфарктом миокарда , инсультом, трансплантацией , диабетом и серповидноклеточной анемией . [5] cfDNA в основном представляет собой двухцепочечную внеклеточную молекулу ДНК, состоящую из небольших фрагментов (от 50 до 200 п.н. ) [6] [7] и более крупных фрагментов (21 кб) [8] и была признана точным маркером для диагностики рака простаты и рака молочной железы . [9]

Недавние исследования заложили основу для вывода экспрессии генов из бесклеточной ДНК, при этом EPIC-seq стал заметным достижением. [10] Этот метод существенно поднял планку для неинвазивного вывода уровней экспрессии отдельных генов, тем самым расширив применимость анализа для характеристики заболеваний, гистологической классификации и мониторинга эффективности лечения. [10] [11] [12]

Другие публикации подтверждают происхождение cfDNA из карцином , и cfDNA встречается у пациентов с запущенным раком. Внеклеточная ДНК (cfDNA) присутствует в циркулирующей плазме и других жидкостях организма . [13]

Выброс cfDNA в кровоток происходит по разным причинам, включая апоптоз, некроз и NETosis. Его быстрое увеличение накопления в крови во время развития опухоли вызвано чрезмерным высвобождением ДНК апоптотическими и некротическими клетками. Активная секреция в экзосомах обсуждалась, но до сих пор неизвестно, является ли это значимым или относительно второстепенным источником cfDNA. [14]

cfDNA циркулирует преимущественно в виде нуклеосом , которые представляют собой ядерные комплексы гистонов и ДНК. [15] cfDNA также может наблюдаться в более коротких диапазонах размеров (например, 50 п.н.) и ассоциироваться с регуляторными элементами. [16] Они часто неспецифически повышены при раке, но могут быть более специфичны для мониторинга цитотоксической терапии рака , в основном для ранней оценки эффективности терапии . [17]

История

Циркулирующие нуклеиновые кислоты были впервые обнаружены Манделем и Метаисом в 1948 году. [18] Позднее было обнаружено, что уровень cfDNA значительно повышен в плазме больных пациентов. Это открытие было впервые сделано у пациентов с волчанкой [19] , а позже было установлено, что уровни cfDNA повышены более чем у половины больных раком. [20] Молекулярный анализ cfDNA привел к важному открытию, что ДНК плазмы крови больных раком содержит мутации, связанные с опухолью, и ее можно использовать для диагностики рака и последующего наблюдения. [21] [22] Возможность извлекать циркулирующую опухолевую ДНК (ctDNA) из плазмы человека привела к огромным достижениям в неинвазивном выявлении рака . [23] В частности, это привело к тому, что сейчас известно как жидкая биопсия . Короче говоря, жидкая биопсия использует биомаркеры и раковые клетки в крови в качестве средства диагностики типа и стадии рака. [24] Этот тип биопсии является неинвазивным и позволяет проводить рутинный клинический скрининг, который важен для определения рецидива рака после первоначального лечения. [25]

Различное происхождение cfDNA

Внутриклеточное происхождение cfDNA, например, из ядра или митохондрий , также может влиять на воспалительный потенциал cfDNA. мтДНК является мощным воспалительным триггером . [26] мтДНК, из-за своего прокариотического происхождения, обладает многими чертами, которые схожи с бактериальной ДНК , включая наличие относительно высокого содержания неметилированных мотивов CpG , которые редко наблюдаются в ядерной ДНК. [27] Неметилированные мотивы CpG имеют особое значение, поскольку TLR9 , единственный эндолизосомальный ДНК-чувствительный рецептор, имеет уникальную специфичность к неметилированной CpG ДНК . Было показано, что мтДНК активирует нейтрофилы посредством взаимодействия с TLR9 [28] Если только она не связана с белками- носителями , мтДНК , но не ядерная ДНК, может быть распознана как молекулярный паттерн, связанный с опасностью, вызывающий провоспалительные процессы через TLR9 . [29] Коллинз и др. сообщили, что внутрисуставная инъекция мтДНК вызывает артрит in vivo, что предполагает прямую роль экструзии мтДНК в патогенезе РА. [30] [29]

МтДНК , в отличие от ядерной ДНК , характеризуется повышенными базальными уровнями 8-OHdG, маркера окислительного повреждения. Высокое содержание окислительного повреждения в мтДНК объясняется близкой близостью мтДНК к ROS и относительно неэффективными механизмами репарации ДНК , которые могут приводить к накоплению повреждений ДНК. [30] [31]

Они показали, что окислительный взрыв во время НЕТоза может окислять мтДНК , а высвобожденная окисленная мтДНК сама по себе или в комплексе с TFAM может генерировать заметную индукцию IFNs типа I. [26] Окисленная мтДНК, образующаяся во время запрограммированной смерти клеток, не ограничивается активацией TLR9 , но, как было показано, также вовлекает инфламмасому NRLP3, что приводит к продукции провоспалительных цитокинов , IL-1β и IL-18 . [30] [32] МтДНК A также может распознаваться циклической GMP -AMP-синтазой (cGAS), цитозольным сенсором dsDNA , для инициирования STING-IRF3-зависимого пути, который, в свою очередь, управляет продукцией IFNs типа I. [30] [33]

Методы

Сбор и очистка

Очистка cfDNA подвержена загрязнению через геномную ДНК из-за разрыва клеток крови во время процесса очистки. [34] Из-за этого различные методы очистки могут привести к существенно разным выходам экстракции cfDNA. [35] [36] В настоящее время типичные методы очистки включают сбор крови через венепункцию , центрифугирование для осаждения клеток и экстракцию cfDNA из плазмы. Конкретный метод экстракции cfDNA из плазмы зависит от желаемого протокола. [37]

Анализ cfDNA

ПЦР

В целом, обнаружение специфических последовательностей ДНК в cfDNA может быть выполнено двумя способами: обнаружение специфической последовательности ( на основе ПЦР ) и общий геномный анализ всей cfDNA, присутствующей в крови ( секвенирование ДНК ). [38] Наличие cfDNA, содержащей ДНК из опухолевых клеток, первоначально было охарактеризовано с помощью ПЦР-амплификации мутировавших генов из извлеченной cfDNA. [21] Анализ cfDNA на основе ПЦР обычно полагается на аналитическую природу qPCR и цифровой PCR . Оба эти метода могут быть чувствительными и экономически эффективными для обнаружения ограниченного количества мутаций горячих точек. По этой причине метод обнаружения на основе ПЦР по-прежнему является очень важным инструментом в обнаружении cfDNA. Этот метод имеет ограничение, заключающееся в том, что он не может обнаружить более крупный структурный вариант, присутствующий в ctDNA, и по этой причине для определения содержания ctDNA в cfDNA также используется массивное параллельное секвенирование следующего поколения.

Массовое параллельное секвенирование

Массовое параллельное секвенирование (MPS) позволило провести глубокое секвенирование cfDNA. Это глубокое секвенирование необходимо для обнаружения мутантной ctDNA, присутствующей в низких концентрациях в плазме. Для целевого анализа мутантной cfDNA обычно используются два основных метода секвенирования: секвенирование ампликонов ПЦР [39] и секвенирование гибридного захвата. [40] Другие формы генетических изменений можно анализировать с помощью ctDNA (например, изменения числа соматических копий или генетические перестройки). Здесь в основном используются методы, основанные на нецелевом секвенировании, такие как WGS или WGS с низким покрытием.

cfDNA и болезнь

Рак

Большинство исследований cfDNA сосредоточено на ДНК, происходящей из рака ( ctDNA ). Короче говоря, ДНК из раковых клеток высвобождается в результате клеточной смерти, секреции или других механизмов, которые до сих пор не известны. [41] Доля cfDNA, высвобождаемая опухолевыми клетками в кровотоке, зависит от размера опухоли, а также стадии и типа опухоли. Ранние стадии рака и опухоли мозга являются одними из самых сложных для обнаружения с помощью жидкой биопсии. [42] [43] [44]

Травма

Повышенный уровень cfDNA был обнаружен при острой тупой травме [45] и у жертв ожогов. [46] В обоих этих случаях концентрация cfDNA в плазме коррелировала с тяжестью травмы, а также с исходом для пациента.

Сепсис

Было показано, что увеличение cfDNA в плазме пациентов отделения интенсивной терапии является индикатором начала сепсиса . [47] [48] В связи с тяжестью сепсиса у пациентов отделения интенсивной терапии, вероятны дальнейшие исследования с целью определения степени эффективности cfDNA в качестве биомаркера септического риска. [5]

Инфаркт миокарда

Было показано , что у пациентов с признаками инфаркта миокарда наблюдаются повышенные уровни cfDNA. [49] Это повышение коррелирует с исходом для пациента с точки зрения дополнительных сердечных проблем и даже смертности в течение двух лет. [50]

Отторжение трансплантата

Было показано, что чужеродная cfDNA присутствует в плазме пациентов, перенесших трансплантацию солидных органов. Эта cfDNA получена из пересаженного органа и называется dd-cfDNA (бесклеточная ДНК, полученная от донора). Значения dd-cfDNA резко возрастают первоначально после процедуры трансплантации (>5%), причем значения в значительной степени зависят от пересаженного органа и обычно падают (<0,5%) в течение одной недели для большинства органов. [51] Если организм хозяина отторгает пересаженный орган, концентрация ddcfDNA в крови (плазме) поднимется до уровня, более чем в 5 раз превышающего уровень без осложнений. Это увеличение ddcfDNA можно обнаружить до появления любых других клинических или биохимических признаков осложнения. [51] Помимо dd-cfDNA в плазме, некоторые исследования также были сосредоточены на выведении ddcfDNA через мочу. Это представляет особый интерес при трансплантации аллотрансплантатов почек. При измерении dd-cfDNA с использованием целевого секвенирования следующего поколения анализы использовались с популяционно-специфической панелью SNP по всему геному . [52] Прикрепление штрихкодов к лигированным адаптерам до NGS во время подготовки библиотеки делает возможным абсолютное количественное определение ddcfDNA без необходимости предварительного генотипирования донора. [53] Было показано, что это обеспечивает дополнительные клинические преимущества, если абсолютное количество копий cfDNA рассматривается в сочетании с долей ddcfDNA по сравнению с cfDNA от реципиента, чтобы определить, отторгается ли аллотрансплантат или нет. [52]

Будущие направления

cfDNA обеспечивает быстрый, простой, неинвазивный и повторяющийся метод отбора проб. Сочетание этих биологических особенностей и технической осуществимости отбора проб позиционирует cfDNA как потенциальный биомаркер огромной полезности, например, для аутоиммунных ревматических заболеваний и опухолей. Он также предлагает потенциальный биомаркер со своими собственными преимуществами по сравнению с инвазивной биопсией тканей в качестве количественной меры для обнаружения отторжения трансплантата, а также для оптимизации иммуносупрессии. Однако этому методу не хватает единообразия в отношении типа образца (плазма/сыворотка/синовиальная жидкость/моча), методов сбора/обработки образцов, свободной или связанной с клеточной поверхностью ДНК, экстракции cfDNA и количественной оценки cfDNA, а также в представлении и интерпретации количественных результатов cfDNA. [30]

cfDNA количественно определяется с помощью флуоресцентных методов, таких как окрашивание PicoGreen и ультрафиолетовая спектрометрия, более чувствительна количественная полимеразная цепная реакция ( ПЦР ; SYBR Green или TaqMan) повторяющихся элементов или генов домашнего хозяйства , или методы глубокого секвенирования . Циркулирующие нуклеосомы, первичная повторяющаяся единица организации ДНК в хроматине , количественно определяются с помощью иммуноферментного анализа ( ELISA ). [54]

Базы данных

NucPosDB: база данных позиционирования нуклеосом in vivo и нуклеосомики бесклеточной ДНК

Ссылки

  1. ^ Штумпф М, Пироева КВ, Агравал СП, Якоб ДР, Тейф ВБ (июнь 2022 г.). «NucPosDB: база данных позиционирования нуклеосом in vivo и нуклеосомики бесклеточной ДНК». Chromosoma . 131 (1–2): 19–28. doi :10.1007/s00412-021-00766-9. PMC  8776978 . PMID  35061087.
  2. ^ Dholakia S, De Vlaminck I, Khush KK (ноябрь 2020 г.). «Добавление оскорбления к травме: иммуногенная роль бесклеточной ДНК, полученной из донора?». Трансплантация . 104 (11): 2266–71. doi :10.1097/TP.0000000000003240. PMC 7590963. PMID  32217943 . 
  3. ^ Shaw JA, Stebbing J (январь 2014 г.). «Циркулирующая свободная ДНК в лечении рака молочной железы». Annals of Translational Medicine . 2 (1): 3. doi :10.3978/j.issn.2305-5839.2013.06.06 (неактивен 2024-04-26). PMC 4200656. PMID 25332979  . {{cite journal}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на апрель 2024 г. ( ссылка )
  4. ^ Gravina S, Sedivy JM, Vijg J (июнь 2016 г.). «Темная сторона циркулирующих нуклеиновых кислот». Aging Cell . 15 (3): 398–9. doi :10.1111/acel.12454. PMC 4854914. PMID 26910468  . 
  5. ^ ab Butt AN, Swaminathan R (август 2008 г.). «Обзор циркулирующих нуклеиновых кислот в плазме/сыворотке». Annals of the New York Academy of Sciences . 1137 (1): 236–42. Bibcode : 2008NYASA1137..236B. doi : 10.1196/annals.1448.002. PMID  18837954. S2CID  34380267.
  6. ^ Mouliere F, Robert B, Arnau Peyrotte E, Del Rio M, Ychou M и др. (2011). "Высокая фрагментация характеризует циркулирующую ДНК, полученную из опухолей". PLOS ONE . 6 (9): e23418. Bibcode : 2011PLoSO...623418M. doi : 10.1371/journal.pone.0023418 . PMC 3167805. PMID  21909401 . 
  7. ^ Mouliere F, Chandrananda D, Piskorz AM, Moore EK, Morris J, Ahlborn LB и др. (ноябрь 2018 г.). «Улучшенное обнаружение циркулирующей опухолевой ДНК с помощью анализа размера фрагмента». Sci Transl Med . 10 (466). doi :10.1126/scitranslmed.aat4921. PMC 6483061. PMID  30404863 . 
  8. ^ Gall TM, Belete S, Khanderia E, Frampton AE, Jiao LR (январь 2019 г.). «Циркулирующие опухолевые клетки и бесклеточная ДНК в аденокарциноме протоков поджелудочной железы». The American Journal of Pathology . 189 (1): 71–81. doi : 10.1016/j.ajpath.2018.03.020 . hdl : 10044/1/58615 . PMID  30558725.
  9. ^ Casadio V, Calistri D, Salvi S, Gunelli R, Carretta E, Amadori D, Silvestrini R, Zoli W (2013). «Целостность ДНК без клеток мочи как маркер ранней диагностики рака простаты: пилотное исследование». Biomed Res Int . 2013 : 270457. doi : 10.1155/2013/270457 . PMC 3586456. PMID  23509700 . 
  10. ^ ab Esfahani, Mohammad Shahrokh; Hamilton, Emily G.; Mehrmohamadi, Mahya; et al. (апрель 2022 г.). «Вывод экспрессии генов из профилей фрагментации бесклеточной ДНК». Nature Biotechnology . 40 (4): 585–597. doi : 10.1038/s41587-022-01222-4 . PMC 9337986 . PMID  35361996. 
  11. ^ Mutter, Jurik A; Shahrokh Esfahani, Mohammad; Schroers-Martin, Joseph; et al. (28 ноября 2023 г.). «Выведенная экспрессия генов с помощью бесклеточного профилирования ДНК позволяет проводить неинвазивную классификацию лимфом». Blood . 142 (Приложение 1): 245. doi : 10.1182/blood-2023-186853 .
  12. ^ Alig, Stefan K.; Shahrokh Esfahani, Mohammad; Garofalo, Andrea; et al. (25 января 2024 г.). «Отдельные подтипы лимфомы Ходжкина, определенные с помощью неинвазивного геномного профилирования». Nature . 625 (7996): 778–787. doi : 10.1038/s41586-023-06903-x . PMC 11293530 . PMID  38081297. 
  13. ^ Teo YV, Capri M, Morsiani C, Pizza G, Faria AM, Franceschi C, Neretti N (февраль 2019 г.). «Бесклеточная ДНК как биомаркер старения». Aging Cell . 18 (1): e12890. doi :10.1111/acel.12890. PMC 6351822. PMID  30575273 . 
  14. ^ Thakur ZH, Becker A, Matei I, Huang Y, Costa-Silva B (2014). «Двуцепочечная ДНК в экзосомах: новый биомаркер в обнаружении рака». Cell Research . 24 (6): 766–9. doi :10.1038/cr.2014.44. PMC 4042169 . PMID  24710597. 
  15. ^ Roth C, Pantel K, Müller V, Rack B, Kasimir-Bauer S, Janni W, Schwarzenbach H (январь 2011 г.). «Связанная с апоптозом дерегуляция протеолитической активности и высокие уровни циркулирующих нуклеосом и ДНК в сыворотке крови коррелируют с прогрессированием рака молочной железы». BMC Cancer . 11 (1): 4. doi : 10.1186/1471-2407-11-4 . PMC 3024991 . PMID  21211028. 
  16. ^ Hudecova I, Smith CG, Hänsel-Hertsch R, Chilamakuri C, Morris JA, Vijayaraghavan A, Heider K, Chandrananda D, Cooper WN, Gale D, Garcia-Corbacho J, Pacey S, Baird R, Rosenfeld N, Mouliere F (2021). «Характеристики, происхождение и потенциал для диагностики рака ультракороткой плазматической бесклеточной ДНК». Genome Research . 32 (2): 215–227. doi : 10.1101/gr.275691.121 . PMC 8805718 . PMID  34930798. 
  17. ^ Stoetzer OJ, Fersching DM, Salat C, Steinkohl O, Gabka CJ, Hamann U, Braun M, Feller AM, Heinemann V, Siegele B, Nagel D, Holdenrieder S (август 2013 г.). «Прогнозирование ответа на неоадъювантную химиотерапию у пациентов с раком груди с помощью циркулирующих апоптотических биомаркеров нуклеосом, ДНКазы, фрагментов цитокератина-18 и сурвивина». Cancer Letters . 336 (1): 140–8. doi :10.1016/j.canlet.2013.04.013. PMID  23612068.
  18. ^ Мандель П., Метайс П. (февраль 1948 г.). «Les Acides Nucléiques Du Plasma Sanguin Chez l'Homme». Comptes Rendus des Séances de la Société de Biologie et de ses Filiales . 142 (3–4): 241–3. ПМИД  18875018.
  19. ^ Tan EM, Schur PH, Carr RI, Kunkel HG (ноябрь 1966 г.). «Дезоксирибонуклеиновая кислота (ДНК) и антитела к ДНК в сыворотке пациентов с системной красной волчанкой». Журнал клинических исследований . 45 (11): 1732–40. doi :10.1172/jci105479. PMC 292857. PMID  4959277 . 
  20. ^ Leon SA, Shapiro B, Sklaroff DM, Yaros MJ (март 1977). «Свободная ДНК в сыворотке больных раком и эффект терапии». Cancer Research . 37 (3): 646–50. PMID  837366.
  21. ^ ab Васюхин В., Анкер П., Морис П., Лиотей Дж., Ледеррей К., Строун М. (апрель 1994 г.). «Точечные мутации гена N-ras в ДНК плазмы крови пациентов с миелодиспластическим синдромом или острым миелогенным лейкозом». British Journal of Haematology . 86 (4): 774–779. doi :10.1111/j.1365-2141.1994.tb04828.x. PMID  7918071. S2CID  26365875.
  22. ^ Васюхин В., Строун М., Морис П., Лиотей Дж., Ледеррей К., Анкер П. (май 1994 г.). «Точечные мутации гена K-ras в ДНК плазмы крови пациентов с колоректальными опухолями». Проблемы современной медицины: биотехнология сегодня . 5 : 141–150.
  23. ^ Sorenson GD, Pribish DM, Valone FH, Memoli VA, Bzik DJ, Yao SL (январь 1994). «Растворимые нормальные и мутировавшие последовательности ДНК из однокопийных генов в крови человека». Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention . 3 (1): 67–71. PMID  8118388.
  24. ^ Arneth B (май 2018 г.). «Обновление типов и использования жидких биопсий в клинических условиях: систематический обзор». BMC Cancer . 18 (1): 527. doi : 10.1186/s12885-018-4433-3 . PMC 5935950. PMID  29728089 . 
  25. ^ Бабаян А., Пантель К. (март 2018 г.). «Достижения в области подходов жидкой биопсии для раннего выявления и мониторинга рака». Genome Medicine . 10 (1): 21. doi : 10.1186/s13073-018-0533-6 . PMC 5861602 . PMID  29558971. 
  26. ^ ab Lood C, Blanco LP, Purmalek MM, Carmona-Rivera C, De Ravin SS, Smith CK, Malech HL, Ledbetter JA, Elkon KB, Kaplan MJ (февраль 2016 г.). «Нейтрофильные внеклеточные ловушки, обогащенные окисленной митохондриальной ДНК, являются интерферогенными и способствуют развитию волчаночноподобного заболевания». Nature Medicine . 22 (2): 146–53. doi :10.1038/nm.4027. PMC 4742415 . PMID  26779811. 
  27. ^ Ян Д., Ояизу Ю., Ояизу Х., Олсен Г.Дж., Вёзе Ч.Р. (июль 1985 г.). «Митохондриальное происхождение». Proc Natl Acad Sci США . 82 (13): 4443–7. Бибкод : 1985PNAS...82.4443Y. дои : 10.1073/pnas.82.13.4443 . ПМЦ 391117 . ПМИД  3892535. 
  28. ^ Zhang Q, Raoof M, Chen Y, Sumi Y, Sursal T, Junger W, Brohi K, Itagaki K, Hauser CJ (март 2010 г.). «Циркулирующие митохондриальные DAMP вызывают воспалительные реакции на травму». Nature . 464 (7285): 104–7. Bibcode :2010Natur.464..104Z. doi :10.1038/nature08780. PMC 2843437 . PMID  20203610. 
  29. ^ ab Collins LV, Hajizadeh S, Holme E, Jonsson IM, Tarkowski A (июнь 2004 г.). «Эндогенно окисленная митохондриальная ДНК вызывает воспалительные реакции in vivo и in vitro». Journal of Leukocyte Biology . 75 (6): 995–1000. doi :10.1189/jlb.0703328. PMID  14982943. S2CID  6180899.
  30. ^ abcde Duvvuri B, Lood C (2019-03-19). "Внеклеточная ДНК как биомаркер аутоиммунных ревматических заболеваний". Frontiers in Immunology . 10 : 502. doi : 10.3389/fimmu.2019.00502 . PMC 6433826. PMID  30941136 .  Материал скопирован из этого источника, который доступен по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International.
  31. ^ Clayton DA, Doda JN, Friedberg EC (1975). «Отсутствие механизма восстановления пиримидинового димера для митохондриальной ДНК в клетках мыши и человека». Молекулярные механизмы восстановления ДНК . Основные науки о жизни. Том 5B. С. 589–91. doi :10.1007/978-1-4684-2898-8_26 (неактивен 2024-04-26). ISBN 978-1-4684-2900-8. PMID  1238079.{{cite book}}: CS1 maint: DOI неактивен по состоянию на апрель 2024 г. ( ссылка )
  32. ^ Шимада К., Кротер Т.Р., Карлин Дж., Дагвадорж Дж., Чиба Н., Чен С., Рамануджан В.К., Вольф А.Дж., Вернь Л., Ойциус Д.М., Рентсендорж А., Варгас М., Герреро С., Ван Й., Фицджеральд К.А., Андерхилл Д.М., Таун Т., Ардити М. (март 2012 г.). «Окисленная митохондриальная ДНК активирует воспаление NLRP3 во время апоптоза». Иммунитет . 36 (3): 401–14. doi :10.1016/j.immuni.2012.01.009. ПМК 3312986 . ПМИД  22342844. 
  33. ^ West AP, Khoury-Hanold W, Staron M, Tal MC, Pineda CM, Lang SM, Bestwick M, Duguay BA, Raimundo N, MacDuff DA, Kaech SM, Smiley JR, Means RE, Iwasaki A, Shadel GS (апрель 2015 г.). «Стресс митохондриальной ДНК запускает противовирусный врожденный иммунный ответ». Nature . 520 (7548): 553–7. Bibcode :2015Natur.520..553W. doi :10.1038/nature14156. PMC 4409480 . PMID  25642965. 
  34. ^ Lui YY, Chik KW, Chiu RW, Ho CY, Lam CW, Lo YM (март 2002 г.). «Преобладающее гемопоэтическое происхождение бесклеточной ДНК в плазме и сыворотке после трансплантации костного мозга у пациентов с несоответствием пола». Клиническая химия . 48 (3): 421–7. doi : 10.1093/clinchem/48.3.421 . PMID  11861434.
  35. ^ Page K, Guttery DS, Zahra N, Primrose L, Elshaw SR, Pringle JH, Blighe K, Marchese SD, Hills A, Woodley L, Stebbing J, Coombes RC, Shaw JA (18.10.2013). "Влияние обработки плазмы на восстановление и анализ циркулирующих нуклеиновых кислот". PLOS ONE . 8 (10): e77963. Bibcode : 2013PLoSO...877963P. doi : 10.1371/journal.pone.0077963 . PMC 3799744. PMID  24205045 . 
  36. ^ Barták BK, Kalmár A, Galamb O, Wichmann B, Nagy ZB, Tulassay Z, Dank M, Igaz P, Molnár B (январь 2018 г.). «Методы сбора крови и выделения бесклеточной ДНК влияют на чувствительность анализа жидкой биопсии для обнаружения колоректального рака». Pathology & Oncology Research . 25 (3): 915–923. doi :10.1007/s12253-018-0382-z. PMID  29374860. S2CID  24629831.
  37. ^ Перес-Барриос С, Ньето-Альколадо I, Торренте М, Хименес-Санчес С, Кальво В, Гутьеррес-Санс Л, Палка М, Доносо-Наварро Е, Провенсио М, Ромеро А (декабрь 2016 г.). «Сравнение методов выделения циркулирующей бесклеточной ДНК с использованием крови онкологических больных: влияние на тестирование биомаркеров». Трансляционное исследование рака легких . 5 (6): 665–672. дои : 10.21037/tlcr.2016.12.03 . ПМК 5233878 . ПМИД  28149760. 
  38. ^ Volik S, Alcaide M, Morin RD, Collins C (октябрь 2016 г.). «Бесклеточная ДНК (cfDNA): клиническое значение и полезность при раке, сформированное новыми технологиями». Molecular Cancer Research . 14 (10): 898–908. doi : 10.1158/1541-7786.MCR-16-0044 . PMID  27422709.
  39. ^ Forshew T, Murtaza M, Parkinson C, Gale D, Tsui DW, Kaper F, Dawson SJ, Piskorz AM, Jimenez-Linan M, Bentley D, Hadfield J, May AP, Caldas C, Brenton JD, Rosenfeld N (май 2012 г.). «Неинвазивная идентификация и мониторинг мутаций рака с помощью целевого глубокого секвенирования плазменной ДНК». Science Translational Medicine . 4 (136): 136ra68. doi :10.1126/scitranslmed.3003726. PMID  22649089. S2CID  34723244.
  40. ^ Newman AM, Bratman SV, To J, Wynne JF, Eclov NC, Modlin LA, Liu CL, Neal JW, Wakelee HA, Merritt RE, Shrager JB, Loo BW, Alizadeh AA, Diehn M (май 2014 г.). «Сверхчувствительный метод количественного определения циркулирующей опухолевой ДНК с широким охватом пациентов». Nature Medicine . 20 (5): 548–54. doi :10.1038/nm.3519. PMC 4016134 . PMID  24705333. 
  41. ^ Шварценбах Х., Хун Д.С., Пантель К. (июнь 2011 г.). «Бесклеточные нуклеиновые кислоты как биомаркеры у онкологических больных». Nature Reviews. Cancer . 11 (6): 426–37. doi :10.1038/nrc3066. PMID  21562580. S2CID  6061607.
  42. ^ van der Pol Y, Mouliere F (2019). «К раннему выявлению рака путем расшифровки эпигенетических и экологических отпечатков бесклеточной ДНК». Cancer Cell . 36 (4): 350–368. doi : 10.1016/j.ccell.2019.09.003 . PMID  31614115.
  43. ^ Mouliere F, Smith CG, Heider K, Su J, van der Pol Y, Thompson M, Morris J, Wan JM, Chandrananda D, Hadfield J, Grzelak M, Hudecova I, Couturier DL, Cooper W, Zhao H, Gale D, Eldridge M, Watts C, Brindle K, Rosenfeld N, Mair R (август 2021 г.). «Фрагментационные паттерны и персонализированное секвенирование бесклеточной ДНК в моче и плазме пациентов с глиомой». EMBO Mol Med . 13 (8): e12881. doi : 10.15252/emmm.202012881 . PMC 8350897. PMID 34291583  . 
  44. ^ Eibl RH, Schneemann M (август 2022 г.). «Бесклеточная ДНК как биомаркер рака». Extracell Vesicles Circ Nucleic Acid . 3 (3): 178–98. doi : 10.20517/evcna.2022.20 .
  45. ^ Lo YM, Rainer TH, Chan LY, Hjelm NM, Cocks RA (март 2000 г.). «Плазменная ДНК как прогностический маркер у пациентов с травмами». Клиническая химия . 46 (3): 319–23. doi : 10.1093/clinchem/46.3.319 . PMID  10702517.
  46. ^ Chiu TW, Young R, Chan LY, Burd A, Lo DY (2006). «Плазменная бесклеточная ДНК как показатель тяжести травмы у пациентов с ожогами». Клиническая химия и лабораторная медицина . 44 (1): 13–7. doi :10.1515/CCLM.2006.003. PMID  16375578. S2CID  37876738.
  47. ^ Rhodes A, Wort SJ, Thomas H, Collinson P, Bennett ED (2006). «Концентрация ДНК в плазме как предиктор смертности и сепсиса у пациентов в критическом состоянии». Critical Care . 10 (2): R60. doi : 10.1186/cc4894 . PMC 1550922. PMID  16613611 . 
  48. ^ Мартинс GA, Кавамура MT, Карвальо M (апрель 2000 г.). «Обнаружение ДНК в плазме больных сепсисом». Анналы Нью-Йоркской академии наук . 906 (1): 134–40. Bibcode : 2000NYASA.906..134M. doi : 10.1111/j.1749-6632.2000.tb06603.x. PMID  10818609. S2CID  36198236.
  49. ^ Chang CP, Chia RH, Wu TL, Tsao KC, Sun CF, Wu JT (январь 2003 г.). «Повышенная бесклеточная сывороточная ДНК, обнаруженная у пациентов с инфарктом миокарда». Clinica Chimica Acta; Международный журнал клинической химии . 327 (1–2): 95–101. doi :10.1016/S0009-8981(02)00337-6. PMID  12482623.
  50. ^ Rainer TH, Lam NY, Man CY, Chiu RW, Woo KS, Lo YM (июнь 2006 г.). «Плазменная бета-глобиновая ДНК как прогностический маркер у пациентов с болью в груди». Clinica Chimica Acta; Международный журнал клинической химии . 368 (1–2): 110–3. doi :10.1016/j.cca.2005.12.021. PMID  16480967.
  51. ^ ab Бек Дж., Оллерих М., Шульц Ю., Шауэрте В., Рейнхард Л., Фукс Ю., Кнаббе С., Зиттерманн А., Ольбрихт С., Гуммерт Дж. Ф., Шипкова М., Биршманн И., Виланд Э., Шютц Е. (октябрь 2015 г.). «Бесклеточная ДНК донорского происхождения является новым универсальным биомаркером отторжения аллотрансплантата при трансплантации твердых органов». Процедура трансплантации . 47 (8): 2400–3. doi :10.1016/j.transproceed.2015.08.035. ПМИД  26518940.
  52. ^ ab Grskovic M (ноябрь 2016 г.). «Валидация клинического анализа для измерения бесклеточной ДНК донора у реципиентов трансплантата солидных органов». Журнал молекулярной диагностики . 18 (6): 890–902. doi : 10.1016/j.jmoldx.2016.07.003 . PMID  27727019.
  53. ^ Kueng N, Arcioni S, Sandberg F, Kuhn C, Banz V, Largiadèr CR и др. (2023). «Сравнение методов количественной оценки бесклеточной ДНК, полученной от доноров, в плазме и моче реципиентов трансплантатов солидных органов». Frontiers in Genetics . 14 : 1089830. doi : 10.3389/fgene.2023.1089830 . PMC 9916053. PMID  36777723. 
  54. ^ Pinzani P, Salvianti F, Pazzagli M, Orlando C (апрель 2010 г.). «Циркулирующие нуклеиновые кислоты при раке и беременности». Методы . 50 (4): 302–7. doi :10.1016/j.ymeth.2010.02.004. PMID  20146940.