Аэропорт Хакодатэ открылся в 1961 году и имел одну взлетно-посадочную полосу длиной 1200 м. В 1971 году была введена в эксплуатацию новая модернизация терминала и расширение взлетно-посадочной полосы до 2000 м. В 1978 году взлетно-посадочная полоса была увеличена до 2500 м, а в 1999 году - до 3000 м . В 2005 году открылось новое здание терминала.
6 сентября 1976 года советский летчик Виктор Беленко перебежал на Запад, приземлив самолет МиГ-25 Foxbat в аэропорту Хакодатэ. [4]
21 июня 1995 года рейс 857 All Nippon Airways , регулярный рейс Боинга 747 из Токио в Хакодатэ, был угнан Фумио Куцуми, служащим токийского банка, вооруженным отверткой. Куцуми утверждал, что действует от имени лидера «Аум Синрикё» Сёко Асахара . Самолет приземлился в Хакодате и оставался на взлетно-посадочной полосе всю ночь в течение 15 часов, прежде чем на рассвете ОМОН штурмовал самолет и освободил пассажиров. [5]