Illumina, Inc. — американская биотехнологическая компания со штаб-квартирой в Сан-Диего , Калифорния, которая обслуживает более 155 стран. [2] Компания Illumina, зарегистрированная 1 апреля 1998 года, разрабатывает, производит и продает интегрированные системы для анализа генетических вариаций и биологических функций. Компания предоставляет линейку продуктов и услуг, которые обслуживают рынки секвенирования , генотипирования и экспрессии генов , а также протеомики .
Клиентами Illumina являются центры геномных исследований, фармацевтические компании, академические учреждения, организации клинических исследований и биотехнологические компании. [1]
Illumina была основана в апреле 1998 года Дэвидом Уолтом, Ларри Боком , Джоном Стуэлпнагелем, Энтони Чарником и Марком Чи. Работая с CW Group, фирмой венчурного капитала, Бок и Стуэльпнагель обнаружили в Университете Тафтса то, что впоследствии стало технологией Illumina BeadArray [3] , и договорились об эксклюзивной лицензии на эту технологию. В 1999 году компания Illumina приобрела компанию Spyder Instruments (основанную Михалом Леблом, Ричардом Хаутеном и Юттой Эйхлер) за их технологию высокопроизводительного синтеза олигонуклеотидов. Illumina завершила первичное публичное размещение акций в июле 2000 года. [4]
Illumina начала предлагать услуги генотипирования однонуклеотидного полиморфизма (SNP) в 2001 году и запустила свою первую систему Illumina BeadLab в 2002 году, использующую технологию генотипирования GoldenGate. В настоящее время Illumina предлагает продукты и услуги на основе микрочипов для расширения спектра секвенирования генетического анализа, включая генотипирование SNP, экспрессию генов и анализ белков . Технологии Illumina используются широким кругом академических, государственных, фармацевтических, биотехнологических и других ведущих учреждений по всему миру.
26 января 2007 года компания завершила сделку по приобретению британской компании Solexa, Inc. за ~650 миллионов долларов. [5] Компания Solexa была основана в июне 1998 года Шанкаром Баласубраманяном и Дэвидом Кленерманом для разработки и коммерциализации технологии секвенирования генома, изобретенной ее основателями из Кембриджского университета. Компания Solexa, Inc. была образована в 2005 году, когда компания Solexa Ltd превратилась в компанию Lynx Therapeutics of Hayward . [6] Illumina также использует технологию секвенирования колоний ДНК, изобретенную в 1997 году Паскалем Майером и Лораном Фаринелли [7] и приобретенную Solexa в 2004 году у компании Manteia Predictive Medicine . Он используется для выполнения ряда анализов, включая повторное секвенирование всего генома, анализ экспрессии генов и анализ малых рибонуклеиновых кислот (мРНК).
В июне 2009 года компания Illumina объявила о запуске собственной службы персонального полного секвенирования генома на глубине 30X. [8]
До 2010 года Illumina продавала только инструменты с маркировкой «только для исследовательского использования»; В начале 2010 года компания Illumina получила одобрение FDA на использование своей системы BeadXpress в клинических испытаниях. [9] [10] В то время это было частью стратегии компании по открытию собственной лаборатории CLIA и началу предлагать клинические генетические тесты. [11]
Illumina приобрела Epicenter Biotechnologies, базирующуюся в Мэдисоне, штат Висконсин , 11 января 2011 года. [12] 25 января 2012 года Hoffmann-La Roche сделала незапрошенное предложение о покупке Illumina по цене 44,50 долларов США за акцию, или около 5,7 миллиардов долларов США. [13] [14] «Рош» попробовала другую тактику, в том числе повысила свое предложение (до 51 доллара, что составляет около 6,8 миллиарда долларов). [15] Illumina отклонила это предложение, [16] и Roche отказалась от предложения в апреле. [17]
В 2014 году компания анонсировала продукт стоимостью в несколько миллионов долларов HiSeq X Ten. [18] [19] В январе 2014 года Illumina уже занимала 70% рынка машин для секвенирования генома. [20] На машины Illumina приходилось более 90% всех полученных данных о ДНК. [21] В 2020 году компания инвестировала в приобретение докоммерческой фирмы Enancio, которая разработала алгоритм сжатия данных ДНК , специально предназначенный для данных Illumina, способный сократить объем хранилища на 80% (например, сжатие 50 ГБ до 10 ГБ). [22]
5 июля 2016 года Джей Флэтли, занимавший пост генерального директора с 1999 года, вступил в должность исполнительного председателя совета директоров. Фрэнсис де Соуза , занимавший пост президента компании с 2013 года, взял на себя дополнительную роль генерального директора. [23]
В конце 2015 года Illumina выделила компанию Grail , занимающуюся тестированием крови на раковые опухоли в кровотоке. В 2017 году Grail планировала привлечь 1 миллиард долларов во втором раунде финансирования и получила финансирование от Билла Гейтса и Джеффа Безоса, инвестировавших 100 миллионов долларов в финансирование серии A , а Illumina сохранила 20% акций Grail. [24] Grail работает над исследованием анализа крови с участием более 120 000 женщин во время плановых визитов для маммографии в штатах Миннесота и Висконсин , а также в партнерстве с клиникой Мэйо . Для тестов Grail использует технологию секвенирования Illumina. [25] Grail планировала провести испытания к 2019 году. [26] В сентябре 2020 года Illumina объявила о предлагаемой сделке с наличными и акциями по приобретению Grail за 8 миллиардов долларов. [27] [28]
В ноябре 2018 года Illumina предложила приобрести Pacific Biosciences по цене $8,00 за акцию или около $1,2 млрд в общей сложности. [29] [30] В декабре 2019 года Федеральная торговая комиссия (FTC) подала в суд с иском о блокировании приобретения. [31] Предлагаемая сделка была отменена 2 января 2020 года, и Illumina выплатила Pacific комиссию за расторжение в размере 98 миллионов долларов. [32]
В марте 2021 года Федеральная торговая комиссия подала в суд с требованием заблокировать вертикальное слияние Illumina с Grail стоимостью 7,1 миллиарда долларов. [33] [34] В июле 2021 года Европейская комиссия начала углубленное расследование приобретения «Граля» компанией Illumina. [35] Вопреки приказам Федеральной торговой комиссии США и Европейской комиссии ЕС о проведении активных расследований, компания Illumina публично объявила о завершении сделки по приобретению Grail 18 августа 2021 года. [36] Федеральная торговая комиссия призвала Illumina в ближайшее время «развернуть» слияние. после этого [37] и в октябре 2021 года Европейская комиссия обязала Illumina сохранить Grail в качестве отдельной компании [38] и приняла временные меры для предотвращения ущерба конкуренции, иначе ей грозят штрафы в размере до 5% от их среднего дневного оборота и/или штрафы в размере до 10% от их годового мирового оборота согласно статьям 15 и 14 Регламента ЕС о слияниях соответственно. [35] В сентябре 2022 года административный судья США вынес решение против усилий Федеральной торговой комиссии по предотвращению приобретения по антимонопольным основаниям. [39] В апреле 2023 года Федеральная торговая комиссия приказала Illumina продать Grail. [40] В июле 2023 года Европейская комиссия наложила на Illumina штраф в размере 432 миллионов евро (476 миллионов долларов США) за закрытие сделки по приобретению Грааля без одобрения ЕС. [41]
В сентябре 2022 года компания Illumina выпустила NovaSeq X и NovaSeq X Plus. [42] NovaSeq X Plus может секвенировать 20 000 геномов в год по сравнению с 7500 в год на предыдущих машинах Illumina и генерировать до 16 ТБ данных за один цикл. [42] В эту серию входят модернизированные реагенты, красители и полимеразы, которые можно транспортировать при температуре окружающей среды. [43]
В июне 2023 года де Соуза ушел с поста генерального директора Illumina, и его заменил временный генеральный директор Чарльз Дадсвелл, главный юрисконсульт компании. [44] Также в июне 2023 года генеральный директор Hologic Стивен Макмиллан был назначен неисполнительным председателем совета директоров. [45]
В сентябре 2023 года генеральным директором был назначен старший вице-президент Agilent Technologies Джейкоб Тайсен. [46]
В октябре 2023 года Европейская комиссия приказала продать Grail компании Illumina в течение следующих двенадцати месяцев. [47] Illumina заявила, что рассмотрит возможность продажи третьей стороне или сделки на рынках капитала, если ей не удастся выиграть иск в суде. [48]
Ниже приводится иллюстрация слияний, поглощений, выделений и исторических предшественников компании :
Illumina продает ряд высокопроизводительных систем секвенирования ДНК, также известных как секвенаторы ДНК, основанных на технологии, разработанной Solexa. Технология включает мостовую амплификацию для создания кластеров и обратимые терминаторы для определения последовательности. [49] [50] Технология, лежащая в основе этих систем секвенирования, включает в себя лигирование фрагментированной ДНК с чипом с последующим добавлением праймера и последовательным флуоресцентным включением и обнаружением dNTP .
По данным компании, в зависимости от используемого набора серия MiSeq генерирует до 25 миллионов считываний за один цикл. [51] Благодаря двухпоточным кюветам NextSeq 2000 генерирует до 2,4 миллиардов одиночных считываний за цикл [52] , а серия NovaSeq X генерирует до 52 миллиардов одиночных считываний за цикл. [53] Illumina использует секвенирование нового поколения , которое намного быстрее и эффективнее традиционного секвенирования Сэнгера . [54] Секвенаторы Illumina выполняют секвенирование короткого считывания и основаны на изображениях с использованием секвенирования красителей Illumina . [54] Эта технология имеет более высокую точность, чем секвенирование длительного считывания . [54]
Секвенирование Illumina происходит внутри проточных кювет . Эти проточные кюветы имеют небольшой размер и размещаются в отсеке проточной кюветы. Кластеризация проточной кюветы происходит, когда образец денатурированной ДНК помещается в проточную кювету. Праймеры, уже находящиеся в канале проточной ячейки, захватывают и связываются с концами короткого образца денатурированной ДНК. Затем добавляется ДНК-полимераза и вводятся строительные блоки ДНК. Это приводит к тому, что вновь синтезированная цепь ограничивается нижней частью проточной кюветы. Затем исходная цепь матрицы вымывается, связывая вновь синтезированную цепь с другой последовательностью ДНК, присутствующей на поверхности. ДНК-полимераза и строительные блоки вводятся снова, образуя новую цепь. Эти шаги повторяются до тех пор, пока в кластере не будет создано около 1000 копий. [54]
В 2005 году сооснователь и бывший главный научный директор Энтони Чарник подал в суд на Illumina. В деле Czarnik v. Illumina Inc. суд первой инстанции удовлетворил ходатайство Illumina о частичном отклонении, но разрешил Чарнику продолжить исправление претензий на изобретательство. [55]
В 2010 году Корнеллский университет и компания Life Technologies подали иск против Illumina, утверждая, что ее микрочиповые продукты нарушают восемь патентов, принадлежащих университету и лицензированных исключительно для стартапа. Дело было урегулировано в апреле 2017 года без установления вины. В сентябре 2017 года обе стороны потребовали пересмотра мирового соглашения, при этом Корнелл обвинил Illumina и Life Technologies в искажении фактов и мошенничестве. [56] Корнелл заявил, что компания ThermoFisher пообещала урегулировать иск с Illumina, и попросила исключить формулировку Маркмана, чтобы можно было подать последующий иск, связанный с другими патентами, изобретенными в Корнелле. Вместо того, чтобы подать иск, ThermoFisher и Illumina урегулировали еще один иск в Калифорнии и тайно сублицензировали те же самые патенты. В 2018 году доктор Мониб Зирви подал иск в Южном округе Нью-Йорка против Illumina и некоторых ее ключевых сотрудников, утверждая, что они сознательно включили идеи и последовательности ДНК ZipCode, изобретенные в лаборатории Барани, в патентные заявки Illumina. Хотя этот иск был отклонен, это произошло только после того, как Illumina и ее адвокаты заявили, что некоторые из этих неправомерных присвоений интеллектуальной собственности были «штормовыми предупреждениями» и, таким образом, сроки исковой давности по этим конкретным искам истекли. Доктор Мониб Зирви также подал иск о свободе информации в Нью-Джерси в 2020 году в отношении неотредактированных копий ключевых грантов Национального института здравоохранения, которые Illumina подала на раннем этапе своего существования. Уильям Нун, штатный юрист Illumina, также подал запрос по закону о свободе информации на 4 из этих ключевых грантов в январе 2015 года.
Illumina была стороной патентного иска против конкурента Ariosa Diagnostics. Судебный процесс начался в 2012 году, когда компания Verinata Health подала иск против Ариосы. Illumina присоединилась к иску после приобретения Verinata в 2013 году. Впоследствии Ариоза подала встречный иск против Illumina. [57] Суд первой инстанции вынес решение в упрощенном порядке в пользу Ариозы, но Апелляционный суд Федерального округа США отменил решение. [58] Ариоса первоначально подала апелляцию в Верховный суд США , но обе стороны разрешили спор до того, как суд решил, рассматривать ли дело. [59]
В феврале 2016 года Illumina подала иск против Oxford Nanopore Technologies . Illumina заявила, что Oxford Nanopore нарушила свои патенты на использование биологической нанопоры Mycobacterium smegmatis porinA (MspA) для систем секвенирования. [60] [61] В августе 2016 года стороны урегулировали иск. [62]
В феврале 2020 года компания Illumina подала иск против BGI о нарушении патентных прав в отношении ее продуктов для секвенирования CoolMPS. [63] В ответ BGI подала иски о нарушении патентных прав за нарушение федерального антимонопольного законодательства и законов Калифорнии о недобросовестной конкуренции , утверждая, что компания использовала «мошенническое поведение» для получения или обеспечения соблюдения патентов на секвенирование, которые она предъявила BGI, что помешало фирме выйти на рынок США. . [64] Однако в мае 2022 года Illumina обязали выплатить 333 миллиона долларов американскому подразделению BGI в Калифорнии за нарушение двух патентов на системы секвенирования ДНК. Присяжные по делу также заявили, что Illumina умышленно нарушила права на патенты и что их предыдущее обвинение в нарушении прав BGI было недействительным. [65]
6 мая 2022 года присяжные Окружного суда США по округу Делавэр вынесли вердикт о том, что Illumina умышленно нарушила два патента, принадлежащих Complete Genomics , и присудили CGI около 334 миллионов долларов в качестве компенсации за прошлый ущерб. Жюри также признало недействительными три патента, принадлежащие Illumina. [66]
В марте 2022 года Illumina подала в суд на Хелми Элтухи и Амира Таласаза, соучредителей Guardant , за кражу коммерческой тайны. [67] Guardant назвал иск «легкомысленным и карательным» и представил его как ответ на свою обеспокоенность по поводу слияния Illumina-Grail. [67] Guardant также заявила, что иск был подан с целью подавления конкуренции на рынке. [68]
32 ° 53'15 "N 117 ° 10'23" W / 32,8875924 ° N 117,1730577 ° W / 32,8875924; -117.1730577