Intelligent Systems for Molecular Biology ( ISMB ) — ежегодная научная конференция по предметам биоинформатики и вычислительной биологии , организованная Международным обществом вычислительной биологии (ISCB). Основное внимание на конференции уделяется разработке и применению передовых вычислительных методов для решения биологических задач. Конференция проводится ежегодно с 1993 года и стала одной из крупнейших и самых престижных встреч в этих областях, приняв более 2000 делегатов в 2004 году. [1] [2] С самого первого заседания ISMB проводилась в разных местах по всему миру; с 2007 года заседания проводились в Европе и Северной Америке попеременно. С 2004 года европейские заседания проводятся совместно с Европейской конференцией по вычислительной биологии (ECCB).
Основная конференция ISMB обычно проводится в течение трех дней и состоит из презентаций, стендовых сессий и основных докладов . Большинство презентаций даются в нескольких параллельных треках; однако основные доклады представляются в одном треке и выбираются с учетом выдающихся исследований в области биоинформатики. Среди известных основных докладчиков ISMB было восемь лауреатов Нобелевской премии. Лауреаты премии ISCB Overton Prize и премии ISCB Accomplishment by a Senior Scientist Award приглашаются выступить с основными докладами в рамках программы. Труды конференции в настоящее время публикуются в журнале Bioinformatics .
Истоки конференции ISMB лежат в семинаре для исследователей искусственного интеллекта , интересующихся молекулярной биологией, состоявшемся в ноябре 1991 года. [3] Семинар был организован американским исследователем Лоуренсом Хантером , тогдашним директором Проекта машинного обучения в Национальной медицинской библиотеке (NLM) Национальных институтов здравоохранения США в Бетесде, штат Мэриленд . [4] Последующий семинар по той же теме, проведенный в 1992 году, организованный NLM и Национальным научным фондом , ясно дал понять, что необходима регулярная международная конференция в этой области. Такая конференция должна была быть посвящена молекулярной биологии как быстро развивающемуся применению искусственного интеллекта. [5] После успешной подачи заявок на гранты от AAAI , NIH и Управления здравоохранения и исследований окружающей среды Министерства энергетики , первая конференция ISMB состоялась в июле 1993 года в NLM. Конференция проходила под председательством Хантера, Дэвида Сирлса (доцента-исследователя Медицинской школы Пенсильванского университета ) и Джуда Шавлика (доцента кафедры компьютерных наук Висконсинского университета в Мадисоне ). В ней приняли участие более 200 человек из 13 стран, [4] представивших 69 научных работ. [3]
Успех первой конференции побудил объявить о проведении второй конференции ISMB в конце встречи. ISMB 1994 изначально планировалось провести в Сиэтле . Однако конкурирующая встреча заставила ISMB сменить место проведения в сжатые сроки. Конференция прошла в Стэнфордском университете в августе 1994 года и была организована Рассом Альтманом , научным сотрудником Медицинской школы Стэнфордского университета . [3] Чтобы подчеркнуть международный аспект конференции, ISMB 1995 была проведена в Робинсон-колледже, Кембридж . ISMB 1995 также ознаменовала собой изменение фокуса конференции. Член правления ISCB и директор Испанского национального института биоинформатики Альфонсо Валенсия заявил, что в 1995 году «конференция превратилась из конференции, основанной на компьютерных науках, в точку, где все поняли, что если вы хотите добиться прогресса, нужно больше внимания уделять биологии». [3]
ISMB 1997 был проведен в Халкидиках , Греция , и ознаменовал основание Международного общества вычислительной биологии (ISCB). [5] ISCB был сформирован с целью управления всеми научными, организационными и финансовыми аспектами конференции ISMB и предоставления форума для ученых для обсуждения растущей роли компьютеров в биологических науках. ISCB помогал в организации серии конференций ISMB с 1998 года. [2] Период после образования ISCB также ознаменовался расширением числа участников ISMB: ISMB 2000 (проводилась в Калифорнийском университете в Сан-Диего ) посетило более 1000 делегатов, [1] представивших 141 научную работу. [3] Эта встреча также была последним разом, когда ISMB проводилась в университете из-за ограничений по размеру. [1]
В 2004 году ISMB впервые была проведена совместно с Европейской конференцией по вычислительной биологии . Конференция также была совмещена с конференцией Genes, Proteins and Computers. Эта встреча, состоявшаяся в Глазго , Великобритания , была крупнейшей конференцией по биоинформатике из когда-либо проводившихся, [6] в ней приняли участие 2136 делегатов, представивших 496 научных работ. [7] Альфонсо Валенсия считает ISMB/ECCB 2004 важной вехой в истории ISMB: «это была первая конференция, где баланс между Европой и Штатами стал важной частью конференции. Именно здесь мы установили правила, пути и дух сотрудничества между американцами и европейцами». [3] Успех совместной конференции проложил путь для будущих европейских встреч ISMB, которые будут проводиться совместно с ECCB. [3]
К концу 2006 года ISCB испытывал финансовые трудности. Две конференции (ISMB 2003, в Брисбене и ISMB 2006, в Форталезе ) резко сократили количество участников из-за их местонахождения, с соответствующим сокращением доходов. [8] Чтобы позволить большему количеству делегатов присутствовать, было решено ограничить места проведения конференций Северной Америкой и Европой. В январе 2007 года ISMB и ECCB договорились проводить совместные конференции в Европе каждые два года, начиная с ISMB/ECCB 2007. [2] ISMB будет проводиться в Северной Америке в годы между совместными заседаниями. По состоянию на 2016 год [обновлять]было подтверждено, что эта схема сохранится как минимум до 2019 года. ISMB/ECCB 2007 (проходившая в Вене , Австрия ) стала первой конференцией, за организацию которой ISCB взяла на себя полную ответственность. [1] Вена стала первым городом, принимавшим ISMB дважды с ISMB/ECCB 2011. Этот «ответный визит» был экспериментом, призванным сократить растущие усилия, необходимые для поиска подходящих мест проведения конференции. Хотя возвращение в Вену было признано лишь частично успешным из-за роста цен, Бостон (который принимал ISMB 2010 и 2014) по прогнозам станет «безопасным» местом, куда ISMB может периодически возвращаться. [1]
ISMB отпраздновал свою 20-ю встречу с ISMB 2012, которая прошла в Лонг-Бич, Калифорния . Это мероприятие привлекло около 1600 делегатов, [1] представивших 268 научных работ. [3] Ричард Х. Латроп и Лоуренс Хантер представили специальный основной доклад, оглядываясь на предыдущие встречи ISMB и пытаясь предсказать, куда может пойти область биоинформатики в будущем. [9] ISMB/ECCB 2013 прошла в Берлине , Германия , и в ней приняли участие около 2000 делегатов, представивших 233 научных работ. [10]
Основная конференция ISMB обычно проводится в течение трех дней и состоит из презентаций, стендовых докладов и основных докладов . [1]
Научные доклады на ISMB традиционно представлялись в одном треке. [3] Презентации на ISMB 1994 были разделены на три тематических дня, посвященных прогнозированию вторичной структуры белка , анализу последовательностей и методам ИИ и биохимическим приложениям соответственно. [4] По мере увеличения посещаемости ISMB подход с одним треком становился все более неустойчивым, и на ISMB/ECCB 2004 были введены два параллельных трека. Дальнейшее расширение означало, что к ISMB 2012 было представлено более 200 докладов в девяти параллельных треках [1], включая несколько треков протоколов , трек основных моментов и технологический трек. Введение параллельных треков на ISMB было спорным. Кристофер Роулингс (руководитель отдела вычислительной и системной биологии в Rothamsted Research и организатор ISMB 1995) сказал: «Было много людей, которые хотели сохранить его более прочным в модели интеллектуальных систем ИИ и провести встречу, на которой все могли бы посещать все. Но она просто стала слишком большой. Мы просто не могли». [3] По мере увеличения количества представленных статей для сборника докладов , процент их принятия резко снизился с 75% в 1994 году до 13% в 2012 году. [3] Труды ISMB с 1993 по 2000 год публиковались издательством AAAI Press . Начиная с ISMB 2001 года, труды публиковались в журнале Bioinformatics . [11] [12] Количество постеров, представленных на ISMB, также резко возросло. На ISMB 1994 года было представлено 25 постеров; [4] на последних заседаниях ISMB было представлено 500–1000 постеров в нескольких постерных сессиях. [1]
.jpg/1280px-Gunnar_von_Heijne_ISMB_2012_(7803463978).jpg)
Основные доклады представляются в одном треке и, как правило, привлекают самую большую аудиторию. [2] Эти презентации выбираются, чтобы подчеркнуть выдающиеся исследования в области биоинформатики . Среди известных основных докладчиков ISMB было восемь лауреатов Нобелевской премии : Ричард Дж. Робертс (основной докладчик в 1994, 2006 годах), Джон Салстон (1995), Манфред Эйген (1999), Джеральд Эдельман (2000), Сидней Бреннер (2003), Курт Вютрих (2006), Роберт Хубер (2006) и Майкл Левитт (2015). [5] [13] [14]
По состоянию на 2012 год [обновлять]бюджет ISMB превысил 1,5 млн долларов США, а выручка от нее в четыре раза превышает доходы других конференций ISCB (ISCB-Latin America, ISCB-Africa , ISCB-Asia, Rocky Mountain Bioinformatics Conference, CSHALS и Great Lakes Bioinformatics Conference) вместе взятых. [1] Стандартные регистрационные сборы (по состоянию на 2013 год) составляют около 1000 долларов США для ученых, являющихся членами ISCB (1350 долларов США для не членов), для студентов — более низкие, а для корпоративных делегатов — более высокие ставки соответственно. За раннюю регистрацию предоставляются скидки. [15]
Учебные пособия перед конференцией играли важную роль в ISMB с момента проведения первой конференции. [2] Учебные пособия на ISMB 1994 включали введение в генетические алгоритмы , нейронные сети , искусственный интеллект для молекулярных биологов и молекулярную биологию для компьютерных специалистов. [4] Учебные пособия по протеомике на основе вычислительной масс-спектрометрии и доступу к данным ENCODE были представлены на ISMB/ECCB 2013. [16]
По мере роста посещаемости ISMB в конце 1990-х годов, параллельно с основной конференцией было организовано несколько дополнительных встреч и встреч специальных групп по интересам (SIG). Заседания SIG проводятся в течение одного или двух дней до основной конференции и посвящены конкретной теме, что позволяет провести более подробное обсуждение, чем было бы на основной конференции. [17] Известные встречи SIG включают Bioinformatics Open Source Conference (BOSC), которая проводится ежегодно с 2000 года [18] и Bio-Ontologies, которая проводится ежегодно с 1998 года. [19] Дополнительные встречи обычно длятся два дня и проводятся совместно с ISMB. 12-я конференция CAMDA и 9-я встреча 3DSIG были проведены как дополнительные встречи ISMB/ECCB 2013. [20] [21]
