stringtranslate.com

PHI-база

База данных взаимодействий патогена и хозяина ( PHI-base ) [1] — это биологическая база данных, которая содержит вручную отобранную информацию о генах, которые, как экспериментально доказано, влияют на результат взаимодействия патогена и хозяина . База данных поддерживается исследователями Rothamsted Research и внешними сотрудниками с 2005 года. [2] [3] [4] [5] PHI-base является частью британского узла ELIXIR , европейской инфраструктуры биологической информации в области естественных наук, с 2016 года. [1]

Фон

База данных взаимодействий патогена и хозяина была разработана для использования растущего числа проверенных генов, которые опосредуют способность организма вызывать заболевание и/или вызывать реакцию хозяина. [6]

База данных, доступная через Интернет, содержит экспериментально подтвержденные гены патогенности, вирулентности и эффекторные гены бактериальных, грибковых и оомицетных патогенов, которые заражают животных, растения и грибковых хозяев. PHI-base был первым онлайн-ресурсом, посвященным идентификации и представлению информации о генах патогенности грибков и оомицетов и их взаимодействиях с хозяином. PHI-base — это ресурс для обнаружения потенциальных целей в важных с медицинской и агрономической точки зрения грибковых и оомицетных патогенах для вмешательства с помощью синтетических химических веществ и натуральных продуктов ( фунгицидов ). [7] [8]

Каждая запись в PHI-base курируется экспертами в данной области и подкреплена убедительными экспериментальными доказательствами (эксперименты по разрушению генов), а также ссылками на литературу, в которой описаны эксперименты. Каждый ген в PHI-base представлен с его нуклеотидной и выведенной аминокислотной последовательностью, а также подробным структурированным описанием функции предсказанного белка в процессе инфицирования хозяина. Для облегчения взаимодействия данных гены аннотируются с использованием контролируемых словарей ( термины Gene Ontology , номера EC и т. д.) и ссылок на другие внешние источники данных, такие как UniProt , EMBL и службы таксономии NCBI .

Текущие события

Версия 4.17 (май 2024 г.) PHI-base [1] предоставляет информацию о 9973 генах из 296 патогенов и 249 хозяев и их влиянии на 22408 взаимодействий, а также информацию об эффективности ~20 препаратов и целевых последовательностях в патогене. В настоящее время PHI-base фокусируется на патогенных для растений и патогенных для человека организмах, включая грибы, оомицеты и бактерии. Все содержимое базы данных можно загрузить в формате с разделителями табуляции. С момента запуска версии 4 PHI-base также доступна для поиска с помощью поискового инструмента PHIB-BLAST, который использует алгоритм BLAST для сравнения последовательности пользователя с последовательностями, доступными в PHI-base. [9]

В 2016 году часть PHI-base, посвященная растениям, была использована для создания инструмента поиска Semantic PHI-base. [10]

База данных PHI-base совместима с Ensembl Genomes с 2011 года, FungiDB с 2016 года и Global Biotic Interactions (GloBI) с 2018 года. [11] Все новые выпуски базы данных PHI-base интегрируются с этими независимыми базами данных.

PHI-base — это ресурс для многих приложений, включая:

› Открытие консервативных генов у патогенов, имеющих важное медицинское и агрономическое значение, которые могут быть потенциальными целями для химического вмешательства

› Сравнительный анализ генома

› Аннотация новых секвенированных геномов патогенов

› Функциональная интерпретация результатов секвенирования РНК и экспериментов с микрочипами

› Быстрая перекрестная проверка фенотипических различий между патогенными видами при написании статей для рецензирования

Использование PHI-base упоминалось в более чем 500 рецензируемых статьях. [1]

С 2015 года веб-сайт связан с онлайн-инструментом курирования литературы под названием PHI-Canto, позволяющим сообществу курировать литературу для различных патогенных видов. [12] PHI-Canto использует структуру курирования сообщества, которая не только предлагает инструмент курирования, но также включает онтологию фенотипов и контролируемые словари с использованием унифицированных языков и правил, используемых в биологических экспериментах. Центральной концепцией этой структуры является введение «метагенотипа», который позволяет аннотировать и назначать фенотипы определенным взаимодействиям мутанта патогена с хозяином. PHI-Canto расширяет инструмент курирования отдельных видов, разработанный для PomBase [13] (https://www.pombase.org), базы данных модельных организмов для делящихся дрожжей.

Финансирование

PHI-base — это национальная возможность, финансируемая Советом по исследованиям в области биотехнологий и биологических наук (BBSRC), исследовательским советом Великобритании. [6]

Ссылки

  1. ^ abcd Урбан, Мартин; Кузик, Алейн; Сигер, Джеймс; Вуд, Валери; Резерфорд, Ким; Венкатеш, Шилпа Ягвакоте; Саху, Джашобанта; Айер, С. Виджайлакшми; Кхамари, Локанатх; Де Сильва, Нишади; Мартинес, Мануэль Карбахо; Педро, Хелдер; Йейтс, Эндрю Д.; Хаммонд-Козак, Ким Э. (07 января 2022 г.). «База PHI в 2022 году: база данных многовидовых фенотипов для взаимодействия патоген-хозяин». Исследования нуклеиновых кислот . 50 (Д1): Д837–Д847. дои : 10.1093/nar/gkab1037. ISSN  1362-4962. ПМЦ 8728202 . PMID  34788826. 
  2. ^ Winnenburg, R.; Baldwin, TK; Urban, M.; Rawlings, C.; Köhler, J.; Hammond-Kosack, KE (2014). "PHI-base: новая база данных для взаимодействий патоген-хозяин". Nucleic Acids Research . 34 (выпуск базы данных): D459-464. doi :10.1093/nar/gkj047. PMC 1347410. PMID  16381911 . 
  3. ^ Болдуин, ТК; Винненбург, Р.; Урбан, М.; Роулингс, К.; Кёлер, Дж.; Хаммонд-Козак, К.Е. (2006). «База данных взаимодействий патоген-хозяин (PHI-base) дает представление об общих и новых темах патогенности». Молекулярные взаимодействия растений и микробов . 19 (12): 1451–1462. doi : 10.1094/mpmi-19-1451 . PMID  17153929.
  4. ^ Winnenburg, R.; Urban, M.; Beacham, A.; Baldwin, TK; Holland, S.; Lindeberg, M.; Hansen, H.; Rawlings, C.; Hammond-Kosack, KE; Köhler, J. (2008). "Обновление базы данных PHI: дополнения к базе данных взаимодействий патогенов с хозяином". Nucleic Acids Research . 36 (выпуск базы данных): D572-576. doi :10.1093/nar/gkm858. PMC 2238852. PMID  17942425 . 
  5. ^ Urban, M.; Pant, R.; Raghunath, A.; Irvine, AG; Pedro, H.; Hammond-Kosack, KE (2015). «База данных взаимодействий патогена и хозяина (PHI-base): дополнения и будущие разработки». Nucleic Acids Research . 43 (выпуск базы данных): D645–D655. doi :10.1093/nar/gku1165. PMC 4383963. PMID  25414340. 
  6. ^ ab Urban, M; Cuzick, A; Seager, J; Wood, V; Rutherford, K; Venkatesh, SY; De Silva, N; Martinez, MC; Pedro, H; Yates, AD; Hassani-Pak, K; Hammond-Kosack, KE (8 января 2020 г.). "PHI-base: база данных взаимодействий патоген-хозяин". Nucleic Acids Research . 48 (D1): D613–D620. doi :10.1093/nar/gkz904. PMC 7145647 . PMID  31733065. 
  7. ^ Браун, NA; Урбан, M.; Хаммонд-Косак, KE (2016). «Транскоролевская идентификация отрицательных регуляторов гипервирулентности патогенов». FEMS Microbiol Rev. 40 ( 1): 19–40. doi :10.1093/femsre/fuv042. PMC 4703069. PMID  26468211 . 
  8. ^ Urban, M.; Irvine, AG; Raghunath, A.; Cuzick, A.; Hammond-Kosack, KE (2015). «Использование базы данных взаимодействий патоген-хозяин (PHI-base) для исследования геномов и генов растительных патогенов, вовлеченных в вирулентность». Front Plant Sci . 6 : 605. doi : 10.3389/fpls.2015.00605 . PMC 4526803. PMID  26300902 . 
  9. ^ Urban, M.; Cuzick, A.; Rutherford, K.; Irvine, AG; Pedro, H.; Pant, R.; Sadanadan, V.; Khamari, L.; Billal, S.; Mohanty, S.; Hammond-Kosack, K. (2017). "PHI-base: новый интерфейс и дополнительные дополнения к базе данных многовидовых взаимодействий патогенов и хозяев". Nucleic Acids Res . 45 (D1): D604–D610. doi :10.1093/nar/gkw1089. PMC 5210566. PMID  27915230 . 
  10. ^ Родригес-Иглесиас, А.; Родригес-Гонсалес, А.; Ирвин, АГ; Сесма, А.; Урбан, М.; Хаммонд-Косак, К.Е.; Уилкинсон, М.Д. (2016). «Публикация данных FAIR: образцовая методология с использованием PHI-Base». Front Plant Sci . 7 : 641. doi : 10.3389/fpls.2016.00641 . PMC 4922217. PMID  27433158 . 
  11. ^ Basenko, Evelina Y.; Pulman, Jane A.; Shanmugasundram, Achchuthan; Harb, Omar S.; Crouch, Kathryn; Starns, David; Warrenfeltz, Susanne; Aurrecoechea, Cristina; Stoeckert, Christian J.; Kissinger, Jessica C.; Roos, David S.; Hertz-Fowler, Christiane (2018-03-20). "FungiDB: интегрированный биоинформационный ресурс для грибов и оомицетов". Journal of Fungi . 4 (1): 39. doi : 10.3390/jof4010039 . ISSN  2309-608X. PMC 5872342 . PMID  30152809. 
  12. ^ Cuzick, Alayne; Seager, James; Wood, Valerie; Urban, Martin; Rutherford, Kim; Hammond-Kosack, Kim E (2023-07-04). «Структура для общественного курирования литературы по межвидовым взаимодействиям». eLife . 12 . doi : 10.7554/elife.84658 . ISSN  2050-084X. PMC 10319440 . PMID  37401199. 
  13. ^ Резерфорд, К. М., Лера-Рамирес, М. и Вуд, В. PomBase: глобальный основной ресурс биоданных — рост, сотрудничество и устойчивость. Генетика (2024), PMID 38376816

Внешние ссылки