Трехмерное изображение структуры рибосвитча S MK box. [1]
Рибосвитч S MK box (также известный как SAM-III) — это элемент РНК , который регулирует экспрессию генов у бактерий. [ 2] [3] Рибосвитч S MK box находится в 5' UTR гена MetK у молочнокислых бактерий . Структура этого элемента изменяется при связывании с S-аденозилметионином (SAM) до конформации, которая блокирует последовательность Шайна-Дальгарно и блокирует трансляцию гена.
Существуют и другие известные рибопереключатели, связывающие SAM, такие как SAM-I и SAM-II , но они, по-видимому, не имеют сходства по последовательности или структуре с SAM-III.
Структура
Кристаллическая структура рибосвитча E. faecalis была решена с помощью рентгеновской кристаллографии . Структура показала, что наиболее консервативные нуклеотиды, участвующие в связывании SAM, были организованы вокруг соединения между тремя спиралями. [1] У некоторых видов в этой структуре имеются большие вставки до 210 нуклеотидов.
^ ab Lu C, Smith AM, Fuchs RT, Ding F, Rajashankar K, Henkin TM, Ke A (2008). «Кристаллические структуры рибосвитча SAM-III/S(MK) раскрывают механизм ингибирования трансляции, зависящий от SAM». Nat Struct Mol Biol . 15 (10): 1076–1083. doi :10.1038/nsmb.1494. PMC 3467307. PMID 18806797 .
^ Fuchs RT, Grundy FJ, Henkin TM (2006). «S(MK) box is a new SAM-binding RNA for translational regulation of SAM synthetase». Nat. Struct. Mol. Biol . 13 (3): 226–233. doi :10.1038/nsmb1059. PMID 16491091. S2CID 8481958.
