Связывающая Hfq sRNA — это sRNA , которая связывает бактериальный РНК-связывающий белок, называемый Hfq . Было охарактеризовано несколько бактериальных малых РНК, которые, как было показано, связываются с Hfq (см. список). Многие из этих РНК имеют схожую структуру, состоящую из трех стебель-петля . [1] Несколько исследований расширили этот список и экспериментально подтвердили в общей сложности 64 связывающих Hfq sRNA в Salmonella Typhimurium . [2] [3] [4] Транскриптомное исследование сайтов связывания Hfq в Salmonella картировало 126 сайтов связывания Hfq в sRNA. [5] Геномный SELEX использовался для того, чтобы показать, что связывающие Hfq РНК обогащены мотивом последовательности 5′-AAYAAYAA-3′. [6] Геномное исследование идентифицировало 40 кандидатов на Hfq-зависимые sRNA в патогене растений Erwinia amylovora . 12 из них были подтверждены методом Нозерн-блоттинга. [7]
^ Zhang A, Wassarman KM, Rosenow C, Tjaden BC, Storz G, Gottesman S (2003). «Глобальный анализ малых РНК и мРНК-мишеней Hfq». Mol. Microbiol . 50 (4): 1111–1124. doi : 10.1046/j.1365-2958.2003.03734.x . PMID 14622403. S2CID 40056275.
^ Пфайффер В., Ситтка А., Томер Р., Тедин К., Бринкманн В., Фогель Дж. (декабрь 2007 г.). «Небольшая некодирующая РНК острова гена инвазии (SPI-1) подавляет синтез белка внешней мембраны из основного генома сальмонеллы». Молекулярная микробиология . 66 (5): 1174–1191. doi :10.1111/j.1365-2958.2007.05991.x. PMID 17971080.
^ Sittka A, Lucchini S, Papenfort K, et al. (2008). Burkholder WF (ред.). "Глубокий анализ секвенирования малых некодирующих РНК и мРНК-мишеней глобального посттранскрипционного регулятора, Hfq". PLOS Genetics . 4 (8): e1000163. doi : 10.1371/journal.pgen.1000163 . PMC 2515195. PMID 18725932 .
^ ab Padalon-Brauch G, Hershberg R, Elgrably-Weiss M и др. (апрель 2008 г.). «Малые РНК, закодированные в генетических островах Salmonella typhimurium, демонстрируют экспрессию, вызванную хозяином, и роль в вирулентности». Nucleic Acids Research . 36 (6): 1913–1927. doi :10.1093/nar/gkn050. PMC 2330248 . PMID 18267966.
^ Holmqvist E, Wright PR, Li L, Bischler T, Barquist L, Reinhardt R, Backofen R, Vogel J (2016). «Глобальные паттерны распознавания РНК посттранскрипционных регуляторов Hfq и CsrA, выявленные с помощью УФ-сшивания in vivo». EMBO J . 35 (9): 991–1011. doi :10.15252/embj.201593360. PMC 5207318 . PMID 27044921.
^ Лоренц С, Гезелль Т, Циммерманн Б, Шоберл У, Билусич И, Райкович Л, Вальдсих К, фон Хезелер А, Шредер Р (2010). «Геномный SELEX для Hfq-связывающих РНК идентифицирует геномные аптамеры преимущественно в антисмысловых транскриптах». Nucleic Acids Res . 38 (11): 3794–3808. doi :10.1093/nar/gkq032. PMC 2887942. PMID 20348540 .
^ Цзэн, Куан; Сундин, Джордж У. (2014-01-01). «Геномная идентификация регулируемых Hfq малых РНК у возбудителя бактериального ожога Erwinia amylovora обнаружила малые РНК с функцией регулирования вирулентности». BMC Genomics . 15 (1): 414. doi : 10.1186/1471-2164-15-414 . ISSN 1471-2164. PMC 4070566 . PMID 24885615.
Дальнейшее чтение
De Lay, N.; Schu, DJ; Gottesman, S. (2013). «Бактериальная малая РНК-зависимая негативная регуляция: Hfq и его сообщники». Журнал биологической химии . 288 (12): 7996–8003. doi : 10.1074/jbc.R112.441386 . PMC 3605619. PMID 23362267 .
Peng, Y.; Soper, TJ; Woodson, SA (2013). «Позиционные эффекты мотивов AAN в регуляции rpoS с помощью sRNA и Hfq». Журнал молекулярной биологии . 426 (2): 275–285. doi :10.1016/j.jmb.2013.08.026. PMC 3947347. PMID 24051417 .
