stringtranslate.com

Домен пальца RING

В молекулярной биологии домен пальца RING (сокращение от Really I nteresting New G ene ) представляет собой структурный домен белка типа цинкового пальца , который содержит мотив аминокислоты C 3 HC 4 , который связывает два катиона цинка (семь цистеинов и один гистидин, расположенных непоследовательно). [2] [3] [4] [5] Этот домен белка содержит от 40 до 60 аминокислот. Многие белки, содержащие палец RING, играют ключевую роль в пути убиквитинирования . Напротив, белки с доменами пальца RING являются крупнейшим типом убиквитинлигаз в геноме человека. [6]

Цинковые пальцы

Домены цинковых пальцев (Znf) представляют собой относительно небольшие белковые мотивы , которые связывают один или несколько атомов цинка и которые обычно содержат несколько пальцевидных выступов, которые создают тандемные контакты с целевой молекулой. Они связывают ДНК , РНК , белок и/или липидные субстраты. [7] [8] [9] [10] [11] Их связывающие свойства зависят от аминокислотной последовательности доменов пальцев и линкера между пальцами, а также от структур более высокого порядка и количества пальцев. Домены Znf часто встречаются в кластерах, где пальцы могут иметь различную специфичность связывания. Существует множество суперсемейств мотивов Znf, различающихся как по последовательности, так и по структуре. Они демонстрируют значительную универсальность в режимах связывания, даже между членами одного класса (например, некоторые связывают ДНК, другие — белок), что позволяет предположить, что мотивы Znf представляют собой стабильные каркасы, которые развили специализированные функции. Например, белки, содержащие Znf, участвуют в транскрипции генов , трансляции, транспорте мРНК, организации цитоскелета , развитии эпителия, клеточной адгезии , сворачивании белков , ремоделировании хроматина и распознавании цинка. [12] Мотивы связывания цинка являются стабильными структурами и редко претерпевают конформационные изменения при связывании со своей целью.

Некоторые домены пальцев Zn разошлись таким образом, что они по-прежнему сохраняют свою основную структуру, но утратили способность связывать цинк, используя другие средства, такие как солевые мостики или связывание с другими металлами, для стабилизации пальцевидных складок.

Функция

Многие домены RING finger одновременно связывают ферменты убиквитинирования и их субстраты и, следовательно, функционируют как лигазы . Убиквитинирование, в свою очередь, нацеливает субстратный белок на деградацию. [13] [14] [15]

Структура

Домен пальца RING имеет консенсусную последовательность C -X 2 - C -X [9-39] - C -X [1-3] - H -X [2-3] - C -X 2 - C -X [4-48] - C -X 2 - C . [2] где:

Ниже приведено схематическое изображение структуры домена RING finger: [2]

 хххххх хххх хххх хххх CCCC х \ / хх \ / х х Zn хх Zn х С / \ ХК / \ С хххх ххххххххххх

Примеры

Примеры человеческих генов , кодирующих белки, содержащие домен RING finger, включают:

AMFR , BARD1 , BBAP , BFAR, BIRC2, BIRC3 , BIRC7 , BIRC8, BMI1 , BRAP , BRCA1 , CBL , CBLB , CBLC , CBLL1 , CHFR , CNOT4 , COMMD3, DTX1 , DTX2 , DTX3 , DTX3L , DTX4 , DZIP3 , HCGV , HLTF , HOIL-1 , IRF2BP2 , LNX1 , LNX2, LONRF1, LONRF2, LONRF3, МАРТ1, МАРТ10, МАРТ2 , МАРТ3, МАРТ4, МАРТ5, МАРТ6 , МАРТ7 , МАРТ8 , МАРТ9, MDM2 , МЕХ3А, MEX3B , MEX3C, MEX3D , MGRN1, MIB1 , MID1 , MID2 , MKRN1, MKRN2, MKRN3 , MKRN4, MNAT1 , MYLIP , NFX1 , NFX2, PCGF1 , PCGF2 , PCGF3, PCGF4 , PCGF5 , PCGF6 , PDZRN3 , PDZRN4, PEX10 , PHRF1, PJA1 , PJA2 , PML , PML-RAR, PXMP3 , RAD18 , RAG1 , RAPSN , RBCK1 , RBX1 , RC3H1 , RC3H2, RCHY1 , RFP2, RFPL1, RFPL2, RFPL3, RFPL4B , RFWD2 , RFWD3, RING1 , RNF2 , РНФ4 , РНФ5 , РНФ6, РНФ7 , РНФ8 , РНФ10 , РНФ11 , РНФ12 , РНФ13 , РНФ14 , РНФ19А , РНФ20 , РНФ24 , РНФ25 , РНФ26 , РНФ32 , РНФ38 , РНФ39 , РНФ40 , РНФ41 , РНФ43 , РНФ44 , РНФ55 , РНФ71 , РНФ103 ,RNF111 , RNF113A , RNF113B, RNF121, RNF122 , RNF123 , RNF125 , RNF126, RNF128 , RNF130, RNF133, RNF135, RNF138 , RNF139 , RNF141, RNF144A, RNF145, RNF146 , RNF148, RNF149, RNF150, RNF151, RNF152, RNF157 , RNF165, RNF166, RNF167, RNF168, RNF169 , RNF170, RNF175, RNF180, RNF181, RNF182, RNF185, RNF207, RNF213 , RNF215, RNFT1, SH3MD4, SH3RF1 , SH3RF2, SYVN1 , TIF1, TMEM118, TOPORS , TRAF2 , TRAF3 , TRAF4 , TRAF5 , TRAF6 , TRAF7, TRAIP , TRIM2, TRIM3 , TRIM4 , TRIM5 , TRIM6, TRIM7, TRIM8, TRIM9 , TRIM10, TRIM11 , TRIM13, TRIM15 , TRIM17, TRIM21 , TRIM22 , TRIM23 , TRIM24 , TRIM25 , TRIM26, TRIM27 , TRIM28 , TRIM31 , TRIM32 , TRIM33 , TRIM34, TRIM35, TRIM36, TRIM38 , TRIM39, TRIM40, TRIM41 , TRIM42, TRIM43, TRIM45 , TRIM46, TRIM47, TRIM48, TRIM49, TRIM50 , TRIM52 , TRIM54, TRIM55 , TRIM56, TRIM58, TRIM59, TRIM60, TRIM61, TRIM62 , TRIM63 , TRIM65, TRIM67, TRIM68, TRIM69 , TRIM71 , TRIM72, TRIM73, TRIM74, TRIML1, TTC3 , UHRF1 , UHRF2 , VPS11 , VPS8, ZNF179, ZNF294, ZNF313, ZNF364 , ZNF451 , ZNF650, ZNFB7, ZNRF1 , ZNRF2, ZNRF3, ZNRF4 и ZSWIM2.

Ссылки

  1. ^ Barlow PN, Luisi B, Milner A, Elliott M, Everett R (март 1994). «Структура домена C3HC4 с помощью спектроскопии ядерного магнитного резонанса 1H. Новый структурный класс цинковых пальцев». J. Mol. Biol . 237 (2): 201–11. doi :10.1006/jmbi.1994.1222. PMID  8126734.
  2. ^ abc Borden KL, Freemont PS (1996). "Домен RING finger: недавний пример семейства последовательностей-структур". Curr. Opin. Struct. Biol . 6 (3): 395–401. doi :10.1016/S0959-440X(96)80060-1. PMID  8804826.
  3. ^ Hanson IM, Poustka A, Trowsdale J (1991). «Новые гены в области класса II главного комплекса гистосовместимости человека». Genomics . 10 (2): 417–24. doi :10.1016/0888-7543(91)90327-B. PMID  1906426.
  4. ^ Freemont PS, Hanson IM, Trowsdale J (1991). "Новый мотив последовательности, богатой цистеином". Cell . 64 (3): 483–4. doi : 10.1016/0092-8674(91)90229-R . PMID  1991318.
  5. ^ Lovering R, Hanson IM, Borden KL, Martin S, O'Reilly NJ, Evan GI, Rahman D, Pappin DJ, Trowsdale J, Freemont PS (1993). «Идентификация и предварительная характеристика белкового мотива, связанного с цинковым пальцем». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 90 (6): 2112–6. Bibcode : 1993PNAS...90.2112L. doi : 10.1073 /pnas.90.6.2112 . PMC 46035. PMID  7681583. 
  6. ^ Скалиа, Пьерлуиджи; Уильямс, Стивен Дж.; Сума, Антонио; Карневале, Винченцо (21.06.2023). «Семейство белков DTX: новый набор убиквитин-лигаз E3 при раке». Клетки . 12 (13): 1680. doi : 10.3390/cells12131680 . ISSN  2073-4409. PMC 10340142. PMID  37443713 . 
  7. ^ Клуг А. (1999). «Цинковые пальцеобразные пептиды для регуляции экспрессии генов». J. Mol. Biol . 293 (2): 215–8. doi :10.1006/jmbi.1999.3007. PMID  10529348.
  8. ^ Холл TM (2005). «Множественные режимы распознавания РНК белками цинковых пальцев». Curr. Opin. Struct. Biol . 15 (3): 367–73. doi :10.1016/j.sbi.2005.04.004. PMID  15963892.
  9. ^ Браун RS (2005). «Цинковые пальчиковые белки: как ухватиться за РНК». Curr. Opin. Struct. Biol . 15 (1): 94–8. doi :10.1016/j.sbi.2005.01.006. PMID  15718139.
  10. ^ Gamsjaeger R, Liew CK, Loughlin FE, Crossley M, Mackay JP (2007). «Липкие пальцы: цинковые пальцы как мотивы распознавания белков». Trends Biochem. Sci . 32 (2): 63–70. doi :10.1016/j.tibs.2006.12.007. PMID  17210253.
  11. ^ Мэтьюз Дж. М., Сунде М. (2002). «Цинковые пальцы — складки для многих случаев». IUBMB Life . 54 (6): 351–5. doi : 10.1080/15216540216035 . PMID  12665246. S2CID  22109146.
  12. ^ Laity JH, Lee BM, Wright PE (2001). «Цинковые пальчиковые белки: новое понимание структурного и функционального разнообразия». Curr. Opin. Struct. Biol . 11 (1): 39–46. doi :10.1016/S0959-440X(00)00167-6. PMID  11179890.
  13. ^ Лорик К. Л., Дженсен Дж. П., Фанг С., Онг А. М., Хатакеяма С., Вайсман А. М. (1999). «RING finger mediate ubiquitin-conjugating genetics (E2)-dependent ubiquitination». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 96 (20): 11364–9. Bibcode :1999PNAS...9611364L. doi : 10.1073/pnas.96.20.11364 . PMC 18039 . PMID  10500182. 
  14. ^ Joazeiro CA, Weissman AM (2000). «RING finger proteins: mediators of ubiquitin ligase activity». Cell . 102 (5): 549–52. doi : 10.1016/S0092-8674(00)00077-5 . PMID  11007473.
  15. ^ Freemont PS (2000). «КОЛЬЦО для разрушения?». Curr. Biol . 10 (2): R84–7. doi : 10.1016/S0960-9822(00)00287-6 . PMID  10662664.

Внешние ссылки

В статье использован текст из общедоступных источников Pfam и InterPro : IPR001841