stringtranslate.com

Ядерная организация

Примеры различных уровней ядерной архитектуры.

Ядерная организация относится к пространственному распределению хроматина в ядре клетки . Существует много различных уровней и масштабов ядерной организации. Хроматин — это структура ДНК более высокого порядка.

В наименьшем масштабе ДНК упакована в единицы, называемые нуклеосомами . Количество и организация этих нуклеосом может влиять на доступность локального хроматина. Это оказывает опосредованное воздействие на экспрессию близлежащих генов , дополнительно определяя, могут ли они регулироваться факторами транскрипции .

В немного больших масштабах петлеобразование ДНК может физически объединять элементы ДНК, которые в противном случае были бы разделены большими расстояниями. Эти взаимодействия позволяют регуляторным сигналам пересекать большие геномные расстояния — например, от энхансеров к промоторам .

Напротив, в больших масштабах расположение хромосом может определять их свойства. Хромосомы организованы в два отсека, обозначенные как A («активный») и B («неактивный»), каждый из которых имеет свои собственные свойства. Более того, целые хромосомы разделяются на отдельные регионы, называемые территориями хромосом .

Важность

Каждая клетка человека содержит около двух метров ДНК , которая должна быть плотно свернута, чтобы поместиться внутри ядра клетки . Однако для того, чтобы клетка могла функционировать, белки должны иметь возможность доступа к информации о последовательности, содержащейся в ДНК, несмотря на ее плотно упакованную природу. Следовательно, клетка имеет ряд механизмов для контроля организации ДНК. [1]

Более того, ядерная организация может играть роль в установлении идентичности клеток. Клетки внутри организма имеют почти идентичные последовательности нуклеиновых кислот , но часто демонстрируют разные фенотипы . Один из способов, которым эта индивидуальность проявляется, — это изменения в архитектуре генома , которые могут изменить экспрессию различных наборов генов . [2] Эти изменения могут иметь нисходящий эффект на клеточные функции, такие как облегчение клеточного цикла , репликация ДНК , ядерный транспорт и изменение ядерной структуры. Контролируемые изменения в ядерной организации необходимы для правильного функционирования клеток.

История и методология

Организация хромосом в отдельные регионы внутри ядра была впервые предложена в 1885 году Карлом Раблом . Позднее, в 1909 году, с помощью микроскопической технологии того времени, Теодор Бовери ввел термин «хромосомные территории», заметив, что хромосомы занимают индивидуально различные ядерные регионы. [3] С тех пор картирование архитектуры генома стало одной из основных тем, вызывающих интерес.

За последние десять лет быстрые методологические разработки значительно продвинули понимание в этой области. [1] Крупномасштабную организацию ДНК можно оценить с помощью ДНК-визуализации с использованием флуоресцентных меток, таких как ДНК-флуоресцентная гибридизация in situ (FISH), и специализированных микроскопов. [4] Кроме того, технологии высокопроизводительного секвенирования, такие как методы, основанные на захвате конформации хромосом, могут измерять, как часто регионы ДНК находятся в непосредственной близости. [5] В то же время прогресс в методах редактирования генома (таких как CRISPR/Cas9 , ZFN и TALEN ) облегчил проверку организационной функции определенных регионов ДНК и белков. [6] Также растет интерес к реологическим свойствам межхромосомного пространства, изучаемым с помощью флуоресцентной корреляционной спектроскопии и ее вариантов. [7] [8]

Архитектурные белки

Архитектурные белки регулируют структуру хроматина, устанавливая физические взаимодействия между элементами ДНК. [9] Эти белки, как правило, высококонсервативны у большинства видов эукариот. [10] [11]

У млекопитающих к ключевым архитектурным белкам относятся:

Уровни ядерной организации

Основы линейной ДНК и хромосом

Иерархическая структура, посредством которой ДНК упаковывается в хромосомы.

Первый уровень организации генома касается того, как ДНК организована линейно и как она упакована в хромосомы . ДНК состоит из двух антипараллельных нитей нуклеиновых кислот, с двумя связанными и противоположными нуклеиновыми кислотами, называемыми парами оснований ДНК. Для того чтобы ДНК упаковалась внутри крошечного клеточного ядра, каждая нить оборачивается вокруг гистонов , образуя нуклеосомные структуры. Эти нуклеосомы упаковываются вместе, образуя хромосомы . В зависимости от эукариота, в каждом ядре есть несколько независимых хромосом разных размеров — например, у людей их 46, а у жирафов — 30. [21]

В пределах областей хромосомы порядок пар оснований ДНК составляет определенные элементы для экспрессии генов и репликации ДНК. Некоторые из наиболее распространенных элементов включают гены, кодирующие белок (содержащие экзоны и интроны), некодирующую ДНК, энхансеры, промоторы, операторы, точки начала репликации, теломеры и центромеры. На данный момент нет достаточных доказательств важности определенного порядка этих элементов вдоль или между отдельными хромосомами. Например, расстояние между энхансером и промотором, взаимодействующими элементами, которые формируют основу экспрессии генов, может варьироваться от нескольких сотен пар оснований до сотен кб. [22] Кроме того, отдельные энхансеры могут взаимодействовать с несколькими различными промоторами, и то же самое верно для одного промотора, взаимодействующего с несколькими различными энхансерами.

Однако в более крупном масштабе хромосомы неоднородны в контексте состава эухроматина и гетерохроматина. Также имеются данные о богатых и бедных генами регионах и различных доменах, связанных с клеточной дифференциацией, активной или подавленной экспрессией генов, репликацией ДНК, рекомбинацией и репарацией ДНК. [23] Все это помогает определить хромосомные территории.

ДНК-петля

Мультфильм, изображающий усилитель, взаимодействующий с генами посредством зацикливания ДНК.

Образование петель ДНК является первым уровнем ядерной организации, который включает в себя хромосомную укладку. В событии образования петель ДНК хроматин образует физические петли, приводя регионы ДНК в тесный контакт. Таким образом, даже регионы, которые находятся далеко друг от друга вдоль линейной хромосомы, могут быть объединены в трехмерном пространстве. Процесс облегчается рядом факторов, включая архитектурные белки (в первую очередь CTCF и когезин), факторы транскрипции, коактиваторы и некодируемые РНК. Важно, что образование петель ДНК может использоваться для регулирования экспрессии генов — события образования петель могут подавлять или активировать гены, в зависимости от вовлеченных элементов. Считается, что около 50% человеческих генов участвуют в дальнодействующих взаимодействиях хроматина через процесс образования петель ДНК. [24]

Образование петель впервые наблюдал Вальтер Флемминг в 1878 году, когда он изучал ооциты амфибий. Только в конце 20-го века образование петель ДНК было связано с экспрессией генов. [1] Например, в 1990 году Мандал и его коллеги показали важность образования петель ДНК в подавлении оперонов галактозы и лактозы в E. coli . В присутствии галактозы или лактозы белки-репрессоры образуют взаимодействия белок-белок и белок-ДНК для образования петель ДНК. Это, в свою очередь, связывает промоторы генов с вышестоящими и нижестоящими операторами, эффективно подавляя экспрессию генов, блокируя сборку комплекса преинициации транскрипции (PIC) на промоторе и, следовательно, предотвращая инициацию транскрипции. [25]

При активации гена петля ДНК обычно объединяет дистальные промоторы генов и энхансеры. Энхансеры могут привлекать большой комплекс белков, таких как медиаторный комплекс , PIC и другие специфические для клеток факторы транскрипции, участвующие в инициации транскрипции гена. [26]

Хромосомные домены

Самовзаимодействующие домены

Самовзаимодействующие (или самоассоциирующиеся) домены обнаружены во многих организмах — у бактерий они называются хромосомно-взаимодействующими доменами (CID), тогда как в клетках млекопитающих они называются топологически ассоциированными доменами (TAD). Самовзаимодействующие домены могут варьироваться от 1–2 Мб в более крупных организмах [27] до десятков кб в одноклеточных организмах. [28] То, что характеризует самовзаимодействующий домен, — это набор общих черт. Во-первых, самовзаимодействующие домены имеют более высокое соотношение хромосомных контактов внутри домена, чем за его пределами. Они формируются с помощью архитектурных белков и содержат внутри себя множество хроматиновых петель. Эта характеристика была обнаружена с помощью методов Hi-C . [24] Во-вторых, самовзаимодействующие домены коррелируют с регуляцией экспрессии генов. Существуют определенные домены, которые связаны с активной транскрипцией, и другие домены, которые подавляют транскрипцию. То, что отличает, принимает ли домен определенную форму, зависит от того, какие ассоциированные гены должны быть активными/неактивными во время определенной фазы роста, стадии клеточного цикла или в пределах определенного типа клеток. Клеточная дифференциация определяется определенными наборами генов, включенными или выключенными, что соответствует уникальному составу самовзаимодействующих доменов отдельной клетки. [29] Наконец, внешние границы этих доменов содержат более высокую частоту архитектурных сайтов связывания белков, областей и эпигенетических меток, коррелирующих с активной транскрипцией, генами домашнего хозяйства и короткими вкрапленными ядерными элементами (SINE). [24]

Примером подмножества самовзаимодействующих доменов являются активные хроматиновые концентраторы (ACH). Эти концентраторы были обнаружены во время наблюдения за активированными локусами альфа- и бета-глобина. [30] ACH формируются посредством обширного петлеобразования ДНК для формирования «концентратора» регуляторных элементов с целью координации экспрессии подмножества генов. [31]

Домены, ассоциированные с пластинкой, и домены, ассоциированные с ядрышком

Домены, ассоциированные с пластинкой (LAD), и домены, ассоциированные с ядрышком (NAD), представляют собой области хромосомы, которые взаимодействуют с ядерной пластинкой и ядрышком соответственно.

Составляя приблизительно 40% генома, LAD в основном состоят из бедных генами областей и охватывают от 40kb до 30Mb в размере. [16] Существует два известных типа LAD: конститутивные LAD (cLAD) и факультативные LAD (fLAD). cLAD представляют собой богатые AT гетерохроматиновые области, которые остаются на пластинке и наблюдаются во многих типах клеток и видов. Есть доказательства того, что эти области важны для структурного формирования интерфазной хромосомы. С другой стороны, fLAD имеют различные взаимодействия пластинки и содержат гены, которые либо активируются, либо репрессируются между отдельными клетками, что указывает на специфичность типа клетки. [32] Границы LAD, как и самовзаимодействующие домены, обогащены транскрипционными элементами и архитектурными сайтами связывания белков. [16]

NAD, составляющие 4% генома, имеют почти все те же физические характеристики, что и LAD. Фактически, анализ ДНК этих двух типов доменов показал, что многие последовательности перекрываются, что указывает на то, что определенные регионы могут переключаться между связыванием с пластинкой и связыванием с ядрышком. [33] NAD связаны с функцией ядрышка. Ядрышко является самой большой суборганеллой в ядре и является основным местом транскрипции рРНК. Оно также участвует в биосинтезе частиц распознавания сигнала, секвестрации белка и репликации вируса. [34] Ядрышко формируется вокруг генов рДНК из разных хромосом. Однако только подмножество генов рДНК транскрибируется за один раз и делает это путем зацикливания во внутреннюю часть ядрышка. Остальные гены лежат на периферии субъядерной органеллы в состоянии подавленного гетерохроматина. [33]

Отсеки А/Б

Компартменты A/B были впервые обнаружены в ранних исследованиях Hi-C . [35] [36] Исследователи заметили, что весь геном можно разделить на два пространственных компартмента, обозначенных как «A» и «B», где регионы в компартменте A имеют тенденцию взаимодействовать преимущественно с регионами, связанными с компартментом A, чем с регионами, связанными с компартментом B. Аналогично регионы в компартменте B имеют тенденцию взаимодействовать с другими регионами, связанными с компартментом B.

A/B-компартмент-ассоциированные регионы находятся на шкале мульти-Мб и коррелируют либо с открытым и экспрессионно-активным хроматином (компартменты «A»), либо с закрытым и экспрессионно-неактивным хроматином (компартменты «B»). [35] A-компартменты, как правило, богаты генами, имеют высокое содержание GC , содержат гистоновые маркеры для активной транскрипции и обычно вытесняют внутреннюю часть ядра. Кроме того, они, как правило, состоят из самовзаимодействующих доменов и содержат ранние точки начала репликации. B-компартменты, с другой стороны, как правило, бедны генами, компактны , содержат гистоновые маркеры для подавления генов и лежат на ядерной периферии. Они состоят в основном из LAD и содержат поздние точки начала репликации. [35] Кроме того, более высокое разрешение Hi-C в сочетании с методами машинного обучения показало, что A/B-компартменты могут быть уточнены до субкомпартментов. [37] [38]

Тот факт, что компартменты взаимодействуют сами с собой, согласуется с идеей о том, что ядро ​​локализует белки и другие факторы, такие как длинные некодирующие РНК (lncRNA), в областях, подходящих для их индивидуальных ролей. [ требуется ссылка ] Примером этого является наличие нескольких транскрипционных фабрик по всей внутренней части ядра. [39] Эти фабрики связаны с повышенными уровнями транскрипции из-за высокой концентрации транскрипционных факторов (таких как аппарат транскрипционных белков, активные гены, регуляторные элементы и зарождающаяся РНК). Около 95% активных генов транскрибируются в транскрипционных фабриках. Каждая фабрика может транскрибировать несколько генов — эти гены не обязательно должны иметь схожие функции продукта, и им не обязательно находиться на одной хромосоме. Наконец, известно, что совместная локализация генов в транскрипционных фабриках зависит от типа клетки. [40]

Территории хромосом

23 хромосомные территории человека во время прометафазы в клетках фибробластов

Последний уровень организации касается особого расположения отдельных хромосом в ядре. Область, занимаемая хромосомой, называется хромосомной территорией (СТ). [41] Среди эукариот СТ имеют несколько общих свойств. Во-первых, хотя расположение хромосом не одинаково в разных клетках внутри популяции, существует некоторое предпочтение среди отдельных хромосом определенным областям. Например, большие, бедные генами хромосомы обычно располагаются на периферии около ядерной пластинки, в то время как более мелкие, богатые генами хромосомы группируются ближе к центру ядра. [42] Во-вторых, индивидуальное предпочтение хромосом варьируется среди разных типов клеток. Например, было показано, что Х-хромосома чаще локализуется на периферии в клетках печени, чем в клетках почек. [43] Другим сохраняющимся свойством хромосомных территорий является то, что гомологичные хромосомы, как правило, находятся далеко друг от друга во время клеточной интерфазы. Последняя характеристика заключается в том, что положение отдельных хромосом в течение каждого клеточного цикла остается относительно одинаковым до начала митоза. [44] Механизмы и причины, лежащие в основе характеристик хромосомной территории, до сих пор неизвестны, и необходимы дальнейшие эксперименты.

Ссылки

  1. ^ abc Fraser J, Williamson I, Bickmore WA, Dostie J (сентябрь 2015 г.). «Обзор организации генома и как мы к этому пришли: от FISH до Hi-C». Microbiology and Molecular Biology Reviews . 79 (3): 347–72. doi :10.1128/MMBR.00006-15. PMC  4517094. PMID  26223848 .
  2. ^ Pombo A, Dillon N (апрель 2015 г.). «Трехмерная архитектура генома: игроки и механизмы». Nature Reviews. Молекулярная клеточная биология . 16 (4): 245–57. doi :10.1038/nrm3965. PMID  25757416. S2CID  6713103.
  3. ^ Cremer T , Cremer M, Hübner B, Strickfaden H, Smeets D, Popken J, et al. (Октябрь 2015 г.). «4D нуклеом: доказательства динамического ядерного ландшафта на основе совместно выровненных активных и неактивных ядерных компартментов». FEBS Letters . 589 (20 Pt A): 2931–43. Bibcode :2015FEBSL.589.2931C. doi : 10.1016/j.febslet.2015.05.037 . PMID  26028501. S2CID  10254118.
  4. ^ Риска VI, Гринлиф WJ (июль 2015 г.). «Раскрытие трехмерного генома: инструменты геномики для многомасштабного исследования». Тенденции в генетике . 31 (7): 357–72. doi :10.1016/j.tig.2015.03.010. PMC 4490074. PMID  25887733 . 
  5. ^ de Wit E, de Laat W (январь 2012 г.). «Десятилетие технологий 3C: взгляд на организацию ядра». Genes & Development . 26 (1): 11–24. doi :10.1101/gad.179804.111. PMC 3258961. PMID  22215806 . 
  6. ^ Gaj T, Gersbach CA, Barbas CF (июль 2013 г.). «Методы генной инженерии на основе ZFN, TALEN и CRISPR/Cas». Trends in Biotechnology . 31 (7): 397–405. doi :10.1016/j.tibtech.2013.04.004. PMC 3694601 . PMID  23664777. 
  7. ^ Bubak G, Kwapiszewska K, Kalwarczyk T, Bielec K, Andryszewski T, Iwan M и др. (январь 2021 г.). «Количественная оценка вязкости и структур ядер живых клеток в наномасштабе по измерениям подвижности». The Journal of Physical Chemistry Letters . 12 (1): 294–301. doi : 10.1021/acs.jpclett.0c03052. PMID  33346672. S2CID  229342582.
  8. ^ Baum M, Erdel F, Wachsmuth M, Rippe K (июль 2014 г.). «Извлечение внутриклеточной топологии из многомасштабного картирования подвижности белков в живых клетках». Nature Communications . 5 (1): 4494. Bibcode :2014NatCo...5.4494B. doi :10.1038/ncomms5494. PMC 4124875 . PMID  25058002. 
  9. ^ Gómez-Díaz E, Corces VG (ноябрь 2014 г.). «Архитектурные белки: регуляторы трехмерной организации генома в судьбе клеток». Trends in Cell Biology . 24 (11): 703–11. doi :10.1016/j.tcb.2014.08.003. PMC 4254322. PMID  25218583 . 
  10. ^ Campos EI, Reinberg D (декабрь 2009 г.). «Гистоны: аннотирование хроматина». Annual Review of Genetics . 43 (1): 559–99. doi :10.1146/annurev.genet.032608.103928. PMID  19886812.
  11. ^ ab Ong CT, Corces VG (апрель 2014 г.). «CTCF: архитектурный белок, связывающий топологию и функцию генома». Nature Reviews. Genetics . 15 (4): 234–46. doi :10.1038/nrg3663. PMC 4610363. PMID  24614316 . 
  12. ^ Luger K, Mäder AW, Richmond RK, Sargent DF, Richmond TJ (сентябрь 1997 г.). «Кристаллическая структура частицы ядра нуклеосомы при разрешении 2,8 А». Nature . 389 (6648): 251–60. Bibcode :1997Natur.389..251L. doi :10.1038/38444. PMID  9305837. S2CID  4328827.
  13. ^ Филлипс, Т. и Шоу, К. (2008) Ремоделирование хроматина у эукариот. Nature Education 1(1):209
  14. ^ Wiechens N, Singh V, Gkikopoulos T, Schofield P, Rocha S, Owen-Hughes T (март 2016 г.). «Ферменты ремоделирования хроматина SNF2H и SNF2L располагают нуклеосомы рядом с CTCF и другими факторами транскрипции». PLOS Genetics . 12 (3): e1005940. doi : 10.1371/journal.pgen.1005940 . PMC 4809547 . PMID  27019336. 
  15. ^ Rubio ED, Reiss DJ, Welcsh PL, Disteche CM, Filippova GN, Baliga NS, et al. (Июнь 2008). "CTCF физически связывает когезин с хроматином". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (24): 8309–14. Bibcode :2008PNAS..105.8309R. doi : 10.1073/pnas.0801273105 . PMC 2448833 . PMID  18550811. 
  16. ^ abc Guelen L, Pagie L, Brasset E, Meuleman W, Faza MB, Talhout W и др. (июнь 2008 г.). «Доменная организация человеческих хромосом, выявленная путем картирования взаимодействий ядерной пластинки». Nature . 453 (7197): 948–51. Bibcode :2008Natur.453..948G. doi :10.1038/nature06947. PMID  18463634. S2CID  4429401.
  17. ^ Chaumeil J, Skok JA (апрель 2012 г.). «Роль CTCF в регуляции рекомбинации V(D)J». Current Opinion in Immunology . 24 (2): 153–9. doi :10.1016/j.coi.2012.01.003. PMC 3444155. PMID 22424610  . 
  18. ^ Peters JM, Tedeschi A, Schmitz J (ноябрь 2008 г.). «Комплекс когезина и его роль в биологии хромосом». Genes & Development . 22 (22): 3089–114. doi : 10.1101/gad.1724308 . PMID  19056890.
  19. ^ Mehta GD, Kumar R, Srivastava S, Ghosh SK (август 2013 г.). «Когезин: функции, выходящие за рамки сплоченности сестринских хроматид». FEBS Letters . 587 (15): 2299–312. Bibcode : 2013FEBSL.587.2299M. doi : 10.1016/j.febslet.2013.06.035 . PMID  23831059. S2CID  39397443.
  20. ^ Nasmyth K, Haering CH (2009). «Когезин: его роли и механизмы». Annual Review of Genetics . 43 : 525–58. doi :10.1146/annurev-genet-102108-134233. PMID  19886810.
  21. ^ Хуан Л., Нестеренко А., Ни В., Ван Дж., Су В., Графодатский А.С., Ян Ф.: Кариотипическая эволюция жирафов (Giraffa camelopardalis), выявленная с помощью кросс-видовой окраски хромосом красками китайского мунтжака (Muntiacus reevesi) и человека (Homo sapiens). Cytogenet Genome Res. 2008, 122: 132–138.
  22. ^ Matthews KS (март 1992). «Петлеобразование ДНК». Microbiological Reviews . 56 (1): 123–36. doi :10.1128/MMBR.56.1.123-136.1992. PMC 372857 . PMID  1579106. 
  23. ^ Федерико С, Скаво С, Кантарелла КД, Мотта С, Сакконе С, Бернарди Г (апрель 2006 г.). «Богатые и бедные генами хромосомные регионы имеют разное расположение в интерфазных ядрах холоднокровных позвоночных». Хромосома . 115 (2): 123–8. doi :10.1007/s00412-005-0039-z. PMID  16404627. S2CID  9543558.
  24. ^ abc Jin F, Li Y, Dixon JR, Selvaraj S, Ye Z, Lee AY и др. (ноябрь 2013 г.). «Высокоразрешающая карта трехмерного интерактома хроматина в клетках человека». Nature . 503 (7475): 290–4. Bibcode :2013Natur.503..290J. doi :10.1038/nature12644. PMC 3838900 . PMID  24141950. 
  25. ^ Mandal N, Su W, Haber R, Adhya S, Echols H (март 1990). «Петлеобразование ДНК при клеточной репрессии транскрипции оперона галактозы». Genes & Development . 4 (3): 410–8. doi : 10.1101/gad.4.3.410 . PMID  2186968.
  26. ^ Liu Z, Merkurjev D, Yang F, Li W, Oh S, Friedman MJ и др. (октябрь 2014 г.). «Активация энхансера требует транс-рекрутирования комплекса мегафакторов транскрипции». Cell . 159 (2): 358–73. doi :10.1016/j.cell.2014.08.027. PMC 4465761 . PMID  25303530. 
  27. ^ Dixon JR, Selvaraj S, Yue F, Kim A, Li Y, Shen Y и др. (апрель 2012 г.). «Топологические домены в геномах млекопитающих, выявленные с помощью анализа взаимодействий хроматина». Nature . 485 (7398): 376–80. Bibcode :2012Natur.485..376D. doi :10.1038/nature11082. PMC 3356448 . PMID  22495300. 
  28. ^ Le TB, Imakaev MV, Mirny LA, Laub MT (ноябрь 2013). "Высокоразрешающее картирование пространственной организации бактериальной хромосомы". Science . 342 (6159): 731–4. Bibcode :2013Sci...342..731L. doi :10.1126/science.1242059. PMC 3927313 . PMID  24158908. 
  29. ^ Li G, Ruan X, Auerbach RK, Sandhu KS, Zheng M, Wang P и др. (январь 2012 г.). «Обширные взаимодействия хроматина, центрированные на промоторе, обеспечивают топологическую основу для регуляции транскрипции». Cell . 148 (1–2): 84–98. doi :10.1016/j.cell.2011.12.014. PMC 3339270 . PMID  22265404. 
  30. ^ Толуис Б., Палстра Р.Дж., Сплинтер Э., Гросвельд Ф., де Лаат В. (декабрь 2002 г.). «Петля и взаимодействие между сверхчувствительными сайтами в активном локусе бета-глобина». Молекулярная клетка . 10 (6): 1453–65. дои : 10.1016/S1097-2765(02)00781-5 . ПМИД  12504019.
  31. ^ de Laat W, Grosveld F (2003). «Пространственная организация экспрессии генов: активный хроматиновый концентратор». Chromosome Research . 11 (5): 447–59. doi :10.1023/a:1024922626726. PMID  12971721. S2CID  23558157.
  32. ^ Meuleman W, Peric-Hupkes D, Kind J, Beaudry JB, Pagie L, Kellis M и др. (февраль 2013 г.). «Конститутивные взаимодействия ядерной пластинки и генома высококонсервативны и связаны с последовательностью, богатой A/T». Genome Research . 23 (2): 270–80. doi :10.1101/gr.141028.112. PMC 3561868 . PMID  23124521. 
  33. ^ ab van Koningsbruggen S, Gierlinski M, Schofield P, Martin D, Barton GJ, Ariyurek Y и др. (ноябрь 2010 г.). «Высокоразрешающее секвенирование всего генома показывает, что определенные домены хроматина большинства человеческих хромосом связаны с ядрышками». Молекулярная биология клетки . 21 (21): 3735–48. doi :10.1091/mbc.E10-06-0508. PMC 2965689. PMID  20826608 . 
  34. ^ Matheson TD, Kaufman PD (июнь 2016 г.). «Захват генома за NAD». Chromosoma . 125 (3): 361–71. doi :10.1007/s00412-015-0527-8. PMC 4714962 . PMID  26174338. 
  35. ^ abc Lieberman-Aiden E , van Berkum NL, Williams L, Imakaev M, Ragoczy T, Telling A и др. (октябрь 2009 г.). «Комплексное картирование дальнодействующих взаимодействий раскрывает принципы складывания генома человека». Science . 326 (5950): 289–93. Bibcode :2009Sci...326..289L. doi :10.1126/science.1181369. PMC 2858594 . PMID  19815776. 
  36. ^ Fortin JP, Hansen KD (август 2015 г.). «Реконструкция компартментов A/B, выявленных Hi-C с использованием дальних корреляций в эпигенетических данных». Genome Biology . 16 (1): 180. doi : 10.1186/s13059-015-0741-y . PMC 4574526 . PMID  26316348. 
  37. ^ Rao SS, Huntley MH, Durand NC, Stamenova EK, Bochkov ID, Robinson JT и др. (декабрь 2014 г.). «Трехмерная карта генома человека с разрешением в килобазы раскрывает принципы хроматинового петельчатого образования». Cell . 159 (7): 1665–80. doi :10.1016/j.cell.2014.11.021. PMC 5635824 . PMID  25497547. 
  38. ^ Xiong K, Ma J (ноябрь 2019 г.). «Выявление субкомпартментов Hi-C путем вычисления межхромосомных взаимодействий хроматина». Nature Communications . 10 (1): 5069. Bibcode :2019NatCo..10.5069X. doi :10.1038/s41467-019-12954-4. PMC 6838123 . PMID  31699985. 
  39. ^ Cook PR (январь 2010 г.). «Модель для всех геномов: роль транскрипционных фабрик». Журнал молекулярной биологии . 395 (1): 1–10. doi :10.1016/j.jmb.2009.10.031. PMID  19852969.
  40. ^ Buckley MS, Lis JT (апрель 2014 г.). «Визуализация участков транскрипции РНК-полимеразы II в живых клетках». Current Opinion in Genetics & Development . 25 : 126–30. doi : 10.1016/j.gde.2014.01.002. PMC 5497218. PMID 24794700  . 
  41. ^ Cremer T , Cremer M (март 2010). «Хромосомные территории». Cold Spring Harbor Perspectives in Biology . 2 (3): a003889. doi :10.1101/cshperspect.a003889. PMC 2829961 . PMID  20300217. 
  42. ^ Croft JA, Bridger JM, Boyle S, Perry P, Teague P, Bickmore WA (июнь 1999). «Различия в локализации и морфологии хромосом в ядре человека». Журнал клеточной биологии . 145 (6): 1119–31. doi :10.1083/jcb.145.6.1119. PMC 2133153. PMID  10366586. 
  43. ^ Parada LA, McQueen PG, Misteli T (2004). "Тканеспецифическая пространственная организация геномов". Genome Biology . 5 (7): R44. doi : 10.1186/gb-2004-5-7-r44 . PMC 463291. PMID  15239829 . 
  44. ^ Walter J, Schermelleh L, Cremer M, Tashiro S, Cremer T (март 2003 г.). «Порядок хромосом в клетках HeLa изменяется во время митоза и раннего G1, но стабильно сохраняется во время последующих стадий интерфазы». The Journal of Cell Biology . 160 (5): 685–97. doi :10.1083/jcb.200211103. PMC 2173351 . PMID  12604593. 

Внешние ссылки