stringtranslate.com

Варианты SARS-CoV-2

Положительные, отрицательные и нейтральные мутации в ходе эволюции коронавирусов, таких как SARS-CoV-2.

Варианты коронавируса 2 тяжелого острого респираторного синдрома ( SARS-CoV-2 ) — это вирусы, которые, хотя и похожи на оригинал, имеют генетические изменения, которые имеют достаточное значение, чтобы заставить вирусологов маркировать их отдельно. SARS-CoV-2 — это вирус, вызывающий коронавирусную болезнь 2019 года (COVID-19). Было заявлено, что некоторые из них имеют особое значение из-за их потенциала повышенной трансмиссивности, [1] повышенной вирулентности или снижения эффективности вакцин против них. [2] [3] Эти варианты способствуют продолжению пандемии COVID-19 .

По состоянию на февраль 2024 года только Омикрон признан Всемирной организацией здравоохранения циркулирующим вариантом , вызывающим обеспокоенность . [4] [ не удалось проверить ]

Обзор

Происхождение SARS-CoV-2 не установлено. [5] Однако появление SARS-CoV-2 могло быть результатом рекомбинации между SARS-подобным коронавирусом летучих мышей и коронавирусом панголинов в результате межвидовой передачи. [6] [7] Самые ранние доступные геномы вируса SARS-CoV-2 были собраны у пациентов в декабре 2019 года, и китайские исследователи сравнили эти ранние геномы со штаммами коронавируса летучих мышей и панголинов, чтобы оценить предковый тип коронавируса человека; идентифицированный предковый тип генома был обозначен как «S», а его доминантный производный тип был обозначен как «L», чтобы отразить мутантные аминокислотные изменения. Независимо западные исследователи провели аналогичный анализ, но обозначили предковый тип «А» и производный тип «В». Тип B мутировал в другие типы, включая B.1, который является предком основных глобальных вариантов, вызывающих обеспокоенность, обозначенных в 2021 году ВОЗ как варианты альфа , бета , гамма , дельта и омикрон . [8] [9] [10]

В начале пандемии относительно небольшое количество инфекций (по сравнению с более поздними стадиями пандемии) привело к меньшим возможностям для мутации вирусного генома и, следовательно, к меньшим возможностям для возникновения дифференцированных вариантов. [11] Поскольку встречаемость вариантов была более редкой, мутации S-белка в области рецептор-связывающего домена (RBD), взаимодействующей с ACE2, также не были частыми. [12]

Со временем эволюция генома SARS-CoV-2 (посредством случайных мутаций) привела к тому, что мутантные образцы вируса (т. е. генетические варианты), которые оказались более трансмиссивными, были отобраны естественным путем. Примечательно, что варианты Альфа и Дельта оказались более трансмиссивными, чем ранее идентифицированные вирусные штаммы. [13]

Некоторые варианты SARS-CoV-2 считаются вызывающими беспокойство, поскольку они сохраняют (или даже повышают) свою способность к репликации в условиях растущего популяционного иммунитета [14] либо за счет выздоровления от инфекции, либо за счет вакцинации. Некоторые из вызывающих беспокойство вариантов демонстрируют мутации в RBD S-белка. [15]

В следующей таблице представлена ​​информация и относительный уровень риска [16] для ныне и ранее циркулирующих вызывающих беспокойство вариантов (ЛОС). [a] Интервалы предполагают уровень достоверности или достоверности 95 % , если не указано иное. В настоящее время все оценки являются приблизительными из-за ограниченной доступности данных для исследований. Для Альфа, Бета, Гамма и Дельта точность теста не изменяется [20] [25] , а активность нейтрализующих антител сохраняется у некоторых моноклональных антител. [18] [26] ПЦР-тесты продолжают выявлять вариант Омикрона. [27]

  Очень высокий риск   Высокий риск   Средний риск   Низкий риск   Неизвестный риск

  1. ^ Эффективность естественной инфекции против повторного заражения , если таковая имеется.
  2. ↑ ab 7 февраля – 22 22 июня 2021 г., Онтарио. CFR 0,04% для непривитой возрастной группы <50 лет, 6,5% для непривитой возрастной группы>50 лет [33]
  3. ^ ab Различия могут быть связаны с различной политикой и вмешательствами, принятыми в каждой исследуемой области в разное время, с возможностями местной системы здравоохранения или с различными вариантами, циркулирующими во время и в месте исследования.
  4. ↑ 1 апреля – 6 июня 2021 г., Шотландия. [32] Другое предварительное исследование, проведенное в Онтарио, показало, что количество госпитализаций по линии Дельта увеличилось на 120% по сравнению с линиями, не относящимися к ЛОС . [ДО Н.Э ]
  5. ^ В исследовании, проведенном в Израиле, отслеживалось 46 035 выздоровевших непривитых и 46 035 вакцинированных людей того же возраста, чтобы сравнить частоту заражения у них в период наблюдения. Зафиксировано 640 случаев заражения в группе привитых и 108 случаев заражения в группе выздоровевших.
  6. ^ Умеренно сниженная нейтрализация при использовании Коваксина. [35]
  7. ^ abc B.1.1.7 с E484K, предположительно, отличается от B.1.1.7 только активностью нейтрализующих антител. [21]
  8. ^ ab , 23 ноября 2020 г. - 31 января 2021 г., Англия. [44] CFR 0,06% для возрастной группы <50 лет, 4,8% для возрастной группы>50 лет [33]
  9. ^ Заявленный доверительный интервал или доверительный интервал имеет низкую вероятность, поэтому оценочное значение можно понимать только как возможное, а не как определенное или вероятное.
  10. ^ Март 2020 г. - февраль 2021 г., Манаус. [С]
  11. ^ За исключением Pfizer – BioNTech. [20]
  12. ^ Оксфорд-АстраЗенека, Новавакс.

Номенклатура

Древовидная диаграмма линий SARS-CoV-2 согласно номенклатурной системе Панго.

Варианты SARS-CoV-2 сгруппированы в соответствии с их происхождением и компонентными мутациями. [14] Многие организации, в том числе правительства и новостные агентства, в разговорной речи упоминали о вариантах, касающихся страны, в которой они были впервые обнаружены. [60] [61] [62] После нескольких месяцев обсуждений 31 мая 2021 года Всемирная организация здравоохранения объявила названия важных штаммов, написанные греческими буквами , [63] чтобы на них можно было легко ссылаться простым, легким для произнесения и понятным языком. нестигматизирующая мода. [64] [65] Это решение могло быть частично принято из-за критики со стороны правительств по поводу использования названий стран для обозначения вариантов вируса; ВОЗ отметила, что упоминание названий стран может вызвать стигму. [66] После использования всех букв от Альфы до Му (см. ниже), в ноябре 2021 года ВОЗ пропустила следующие две буквы греческого алфавита, Ню и Си, и использовала Омикрон, что вызвало предположение, что Си была пропущена, чтобы не оскорбить китайский язык . лидер Си Цзиньпин . [67] ВОЗ объяснила это тем, что Ну слишком легко спутать с «новым», а Си — распространенная фамилия . [67] В случае, если ВОЗ будет использовать весь греческий алфавит, агентство рассмотрело возможность называть будущие варианты в честь созвездий . [68]

Различные варианты SARS-CoV-2, о которых официально сообщили CDC и NIH в мае 2021 года в связи с мутациями L452R и E484K.

Родословные и клады

Хотя существуют многие тысячи вариантов SARS-CoV-2, [69] подтипы вируса можно объединить в более крупные группы, такие как линии или клады . [c] Были предложены три основные, обычно используемые номенклатуры [70] :

Каждый национальный институт общественного здравоохранения может также создать свою собственную систему номенклатуры для целей отслеживания конкретных вариантов. Например, Служба общественного здравоохранения Англии обозначила каждый отслеживаемый вариант по году, месяцу и номеру в формате [ГГГГ] [ММ]/[NN], добавив префикс «VUI» или «VOC» для варианта, находящегося в стадии расследования, или варианта, вызывающего беспокойство, соответственно. [19] Эта система теперь была модифицирована и теперь использует формат [ГГ] [МММ]-[NN], где месяц записывается с помощью трехбуквенного кода. [19]

Классификация вариантов

Варианты, которые соответствуют одному или нескольким конкретным критериям , рассматриваемым во время пандемии COVID-19, могут быть помечены как «варианты, представляющие интерес» или «варианты, находящиеся на стадии исследования» («VUI») в ожидании проверки и подтверждения этих свойств. После проверки интересующие варианты /VUI могут быть переименованы в «варианты, вызывающие беспокойство» контролирующими организациями, такими как CDC в США. [77] [78] [79] Связанная категория — «вариант с высокими последствиями», используемый CDC, если есть явные доказательства того, что эффективность мер профилактики или вмешательства для конкретного варианта существенно снижается. [80]

Эталонная последовательность

Поскольку в настоящее время неизвестно, когда произошел индексный случай или «нулевой пациент», выбор эталонной последовательности для данного исследования является относительно произвольным, при этом выбор различных известных исследований варьируется следующим образом:

Вариант, впервые отобранный и идентифицированный в Ухане, Китай, как полагают исследователи, отличается от генома-прародителя тремя мутациями. [81] [87] Впоследствии появилось множество различных линий SARS-CoV-2. [75]

Критерии известности

Вирусы обычно со временем мутируют, порождая новые варианты. Когда в популяции появляется новый вариант, его можно назвать «новым вариантом». В случае с SARS-CoV-2 новые линии часто отличаются друг от друга всего на несколько нуклеотидов. [14]

Некоторые из потенциальных последствий появления вариантов следующие: [42] [88]

Варианты, которые соответствуют одному или нескольким из этих критериев, могут быть помечены как «варианты, находящиеся на стадии исследования» или «варианты, представляющие интерес» в ожидании проверки и подтверждения этих свойств. Основная характеристика интересующего варианта заключается в том, что он демонстрирует доказательства, свидетельствующие о том, что он является причиной увеличения доли случаев или уникальных кластеров вспышек; однако он также должен иметь ограниченную распространенность или распространение на национальном уровне, иначе классификация будет повышена до « варианта, вызывающего обеспокоенность ». [19] [78] Если есть явные доказательства того, что эффективность мер профилактики или вмешательства для конкретного варианта существенно снижается, этот вариант называется «вариантом с высокими последствиями». [18]

Варианты, вызывающие обеспокоенность (ВОЗ)

Ниже перечислены опасные варианты (ЛОС), признанные Всемирной организацией здравоохранения по состоянию на октябрь 2022 года . [17] Другие организации, такие как CDC в США, иногда использовали немного другой список; например, CDC деэскалировал вариант Дельта 14 апреля 2022 года [18] , а ВОЗ сделала это 7 июня 2022 года.

Трансмиссионная электронная микрофотография варианта коронавируса B.1.1.7 в искусственных цветах . Считается, что повышенная трансмиссивность этого варианта связана с изменениями в структуре белков-шипов, показанных здесь зеленым цветом.

Омикрон

Родословная B.1.1.529

Вариант Омикрона, известный как линия B.1.1.529, был объявлен Всемирной организацией здравоохранения вариантом, вызывающим озабоченность, 26 ноября 2021 года. [89]

Этот вариант имеет большое количество мутаций , некоторые из которых вызывают беспокойство. Некоторые данные показывают, что этот вариант имеет повышенный риск повторного заражения . В настоящее время проводятся исследования для оценки точного влияния на заразность, смертность и другие факторы. [90]

Названный ВОЗ «Омикрон» , [89] [91] он был идентифицирован в ноябре 2021 года в Ботсване и Южной Африке ; [92] один случай был зафиксирован в Гонконге , [93] [4] [94] один подтвержденный случай был выявлен в Израиле у путешественника, вернувшегося из Малави , [95] вместе с двумя вернувшимися из Южной Африки и одним с Мадагаскара. [96] Бельгия подтвердила первый выявленный случай заболевания в Европе 26 ноября 2021 г. у человека, вернувшегося из Египта 11 ноября. [97] Индийский консорциум по геномике SARS-CoV-2 (INSACOG) в своем бюллетене за январь 2022 года отметил, что Omicron находится в стадии передачи среди населения в Индии, где количество новых случаев растет в геометрической прогрессии. [98]

БА. сублинии

По данным ВОЗ, по состоянию на февраль 2022 года BA.1, BA.1.1 и BA.2 были наиболее распространенными сублиниями Omicron во всем мире . [99] BA.2 содержит 28 уникальных генетических изменений, в том числе четыре в шиповатом белке, по сравнению с BA.1, который уже приобрел 60 мутаций со времен предкового штамма Ухань, в том числе 32 в шиповатом белке. [100] BA.2 более передаваема, чем BA.1. [101] К середине марта 2022 года он стал причиной большинства случаев заболевания в Англии, а к концу марта BA.2 стал доминирующим в США. [102] [100] По состоянию на май 2022 года сублинии от BA.1 до BA.5, включая всех их потомков, классифицируются ВОЗ, [4] CDC, [18] и ECDC [103] как варианты, вызывающие обеспокоенность ( причем последнее исключает BA.3).

Дальнейшие сублинии появятся в 2022 году

В течение 2022 года в разных местах появился ряд новых штаммов, включая XBB.1.5, который произошел от штамма XBB компании Omicron. Первый случай XBB в Англии был обнаружен в образце, взятом 10 сентября 2022 года, и с тех пор новые случаи были выявлены в большинстве регионов Англии. К концу года на XBB.1.5 приходилось 40,5% новых случаев в США и он был доминирующим штаммом; вызывающий беспокойство вариант BQ.1 наблюдался на уровне 18,3%, а BQ.1.1 представлял собой 26,9% новых случаев, в то время как штамм BA.5 снижался - 3,7%. На этом этапе во многих других странах это было редкостью, например, в Великобритании на него приходилось около 7% новых случаев, согласно данным секвенирования UKHSA. [104]

22 декабря 2022 года Европейский центр по контролю заболеваний написал в сводке, что на штаммы XBB приходится около 6,5% новых случаев в пяти странах ЕС с достаточным объемом секвенирования или генотипирования для получения оценок. [104]

В 2023 году появятся следующие подлинии: EG.5 «Эрис», BA.2.86 и JN.1 «Пирола».

В течение 2023 года SARS-CoV-2 продолжал циркулировать среди населения мира и развиваться, при этом в заголовки газет попал ряд новых штаммов. Снижены темпы тестирования, секвенирования и отчетности. [105]

EG.5 , подвариант XBB.1.9.2 (названный некоторыми средствами массовой информации «Эрис» [106] ), появился в феврале 2023 года. [107] 6  августа 2023 года Агентство безопасности здравоохранения Великобритании сообщило, что штамм EG.5 был ответственен за каждый седьмой новый случай в Великобритании в третью неделю июля. [108]

BA.2.86 был впервые обнаружен в образце 24  июля 2023 г. и 17 августа 2023 г. был обозначен как вариант, находящийся под наблюдением Всемирной организации здравоохранения. [109]

JN.1 (иногда называемый «Пирола»), подвариант BA.2.86 Omicron, появился в августе 2023 года в Люксембурге. К декабрю 2023 года он был обнаружен в 12 странах, включая Великобританию и США. [110] [111] 19 декабря ВОЗ объявила JN.1 представляющим интерес вариантом, независимым от родительского штамма BA.2.86, но общий риск для здоровья населения был определен как низкий. [112] Поскольку JN.1 составляет около 60% случаев в Сингапуре, в декабре 2023 года Сингапур и Индонезия рекомендовали носить маски в аэропортах. [113] По оценкам CDC , на этот вариант приходилось 44% случаев в США на 22 декабря 2023 г. и 62% случаев на 5 января 2024 г. [114]

По состоянию на 9 февраля 2024 г. ВОЗ оценила JN.1 как наиболее распространенный вариант SARS-CoV-2 (распространенность 70–90% в четырех из шести регионов мира; недостаточно данных в регионах Восточного Средиземноморья и Африки). . Ожидалось , что общий уровень популяционного иммунитета и иммунитета от бустерных версий вакцины против COVID-19 XBB.1.5 обеспечит некоторую защиту (перекрестную реактивность) в отношении JN.1. [115]

Варианты вызывающих обеспокоенность линий, находящихся под наблюдением (ВОЗ)

25 мая 2022 года Всемирная организация здравоохранения ввела новую категорию для потенциально опасных подлиний широко распространенных вызывающих озабоченность вариантов, названную линиями ЛОС, находящимися под наблюдением (VOC-LUM). Такое решение было принято с учетом того, что уже в феврале 2022 года более 98% всех секвенированных образцов принадлежали к семейству Omicron, и внутри этого семейства произошла значительная эволюция. [4]

Варианты интереса (ВОЗ)

Ниже перечислены представляющие интерес варианты (VOI), признанные Всемирной организацией здравоохранения . [17] Другие организации, такие как CDC в США, иногда могут использовать немного другой список. [18]

По состоянию на 15 марта 2023 года [ 117] ВОЗ определяет VOI как вариант «с генетическими изменениями, которые, как прогнозируется или известно, влияют на характеристики вируса, такие как трансмиссивность, вирулентность, уклонение от антител, восприимчивость к терапевтическим препаратам и выявляемость», и что он циркулирует больше, чем другие варианты, в более чем одном регионе ВОЗ до такой степени, что можно предположить глобальный риск для общественного здравоохранения. [118] Кроме того, в обновлении говорится, что «VOI будут называться с использованием установленных систем научной номенклатуры, таких как те, которые используются Nextstrain и Pango». [118]

По состоянию на 20 декабря 2023 г. ВОЗ перечисляет XBB.1.5, XBB.1.16, EG.5, BA.2.86 и JN.1 как циркулирующие представляющие интерес варианты. [119]

Варианты под наблюдением (ВОЗ)

Ниже перечислены варианты, находящиеся под наблюдением (VUM), признанные ВОЗ. ВУМ определяются как варианты с генетическими изменениями, предположительно влияющими на характеристики вируса, и с некоторыми признаками потенциального риска в будущем, но с неясными доказательствами фенотипического или эпидемиологического воздействия, требующими усиленного мониторинга и повторной оценки после получения новых данных. [17]

По состоянию на 21 ноября 2023 г. ВОЗ вносит DV.7, XBB, XBB.1.9.1, XBB.1.9.2, XBB.2.3 в список циркулирующих вариантов, находящихся под наблюдением. [4]

Ранее циркулирующие и ранее отслеживавшиеся варианты (ВОЗ)

ВОЗ определяет ранее циркулирующий вариант как вариант, который «продемонстрировал, что больше не представляет серьезного дополнительного риска для глобального общественного здравоохранения по сравнению с другими циркулирующими вариантами SARS-CoV-2», но все равно требует мониторинга. [4]

15 марта 2023 года ВОЗ опубликовала обновленную информацию о системе отслеживания ЛОС, объявив, что греческие буквы будут присваиваться только ЛОС. [117]

Ранее циркулировавшие вызывающие беспокойство варианты (ЛОС)

Перечисленные ниже варианты ранее считались вызывающими беспокойство вариантами, но были заменены другими вариантами. По состоянию на май 2022 года ВОЗ перечисляет следующее в разделе «ранее циркулировавшие варианты, вызывающие обеспокоенность»: [4]

Альфа (родословная B.1.1.7)

Впервые обнаруженная в октябре 2020 года во время пандемии COVID-19 в Соединенном Королевстве из образца, взятого в предыдущем месяце в Кенте, [120] линия B.1.1.7, [121] обозначенная ВОЗ как альфа-вариант , ранее была известна как первый вариант исследовался в декабре 2020 г. (VUI – 202012/01) [122] и позже получил обозначение VOC-202012/01. [19] Он также известен как 20I (V1), [28] 20I/501Y.V1 [123] (ранее 20B/501Y.V1), [42] [124] [125] или 501Y.V1. [126] С октября по декабрь 2020 года его распространенность удваивалась каждые 6,5 дней — предполагаемый интервал поколений. [127] [128] Это коррелирует со значительным увеличением уровня заражения COVID-19 в Соединенном Королевстве , частично связанным с мутацией N501Y. [127] Были некоторые свидетельства того, что этот вариант имел повышенную заразность на 40–80% (при этом большинство оценок лежало в районе среднего и верхнего предела этого диапазона), [129] [130] , а ранние анализы предполагали увеличение смертности [131] ] [132] , хотя более поздние работы не обнаружили никаких доказательств повышенной вирулентности. [133] По состоянию на май 2021 года вариант Альфа был обнаружен примерно в 120 странах. [134]

16 марта 2022 года ВОЗ деэскалировала вариант Альфа и его подварианты до «ранее циркулировавших вызывающих озабоченность вариантов». [135] [136]

B.1.1.7 с E484K

Вариант 21FEB-02 (ранее обозначавшийся как VOC -202102/02), описанный Министерством здравоохранения Англии (PHE) как «B.1.1.7 с E484K» [19], относится к той же линии в номенклатурной системе Pango, но имеет дополнительную мутацию E484K. По состоянию на 17 марта 2021 года в Великобритании было зарегистрировано 39 подтвержденных случаев ЛОС -21FEB-02. [19] 4 марта 2021 года ученые сообщили о B.1.1.7 с мутациями E484K в штате Орегон . В 13 проанализированных тестовых образцах была обнаружена эта комбинация, которая, по-видимому, возникла спонтанно и локально, а не была импортирована. [137] [138] [139] Другие названия этого варианта включают B.1.1.7+E484K [140] и B.1.1.7 Lineage с S:E484K. [141]

Бета (родословная B.1.351)

18 декабря 2020 года был выпущен вариант 501.V2 , также известный как 501.V2, 20H (V2), [28] 20H/501Y.V2 [123] (ранее 20C/501Y.V2), 501Y.V2, [142] VOC-20DEC-02 (ранее VOC -202012/02), или линия B.1.351, [42] впервые была обнаружена в Южной Африке , о чем сообщило министерство здравоохранения страны . [143] ВОЗ отнесла его к бета-варианту. Исследователи и официальные лица сообщили, что распространенность этого варианта выше среди молодых людей без каких-либо заболеваний, и по сравнению с другими вариантами в этих случаях он чаще приводит к серьезным заболеваниям. [144] [145] Департамент здравоохранения Южной Африки также указал, что этот вариант может стать движущей силой второй волны эпидемии COVID-19 в стране из-за того, что этот вариант распространяется более быстрыми темпами, чем другие более ранние варианты вируса. [143] [144]

Ученые отметили, что этот вариант содержит несколько мутаций, которые позволяют ему легче прикрепляться к клеткам человека из-за следующих трех мутаций в рецептор-связывающем домене (RBD) шипового гликопротеина вируса: N501Y, [143] [146] K417N и E484K. [147] [148] Мутация N501Y также была обнаружена в Соединенном Королевстве. [143] [149]

16 марта 2022 года ВОЗ снизила уровень бета-варианта и его подвариантов до «ранее циркулировавших вызывающих озабоченность вариантов». [135] [136]

Гамма (родословная P.1)

Гамма-вариант или линия P.1, названная Общественным здравоохранением Англии Вариантом беспокойства 21JAN-02 [19] (ранее VOC-202101/02), [19] 20J (V3) [28] или 20J/501Y.V3 [123] ] от Nextstrain , или просто 501Y.V3, [126] был обнаружен в Токио 6 января 2021 года Национальным институтом инфекционных заболеваний (НИИД). ВОЗ маркирует его как вариант Гамма. Новый вариант был впервые выявлен у четырех человек, прибывших в Токио из бразильского штата Амазонас 2 января 2021 года . [150] 12 января 2021 года Бразильско-британский центр CADDE подтвердил 13 местных случаев нового варианта гамма Тропический лес Амазонки. [151] Этот вариант SARS-CoV-2 получил название линии P.1 (хотя он является потомком B.1.1.28, название B.1.1.28.1 [20] [152] не разрешено, и поэтому результирующее название - P.1) и имеет 17 уникальных аминокислотных изменений, 10 из которых в его белке-шипе, включая три, связанные с мутациями: N501Y, E484K и K417T. [151] [152] [153] [154] : Рисунок 5 

Мутации N501Y и E484K способствуют образованию стабильного комплекса RBD-hACE2, тем самым повышая аффинность связывания RBD с hACE2. Однако мутация K417T препятствует образованию комплекса между RBD и hACE2, что, как было показано, снижает аффинность связывания. [1]

Новый вариант отсутствовал в пробах, собранных с марта по ноябрь 2020 года в Манаусе , штат Амазонас, но в том же городе он был обнаружен в 42% проб с 15 по 23 декабря 2020 года, за ним следовали 52,2% в течение 15–31 декабря и 85,4% в период с 1 по 9 января 2021 года. [151] Исследование показало, что инфекции, вызванные Гаммой, могут вызывать почти в десять раз большую вирусную нагрузку по сравнению с лицами, инфицированными одной из других линий, выявленных в Бразилии (B.1.1.28 или B.1.195). ). Гамма также показала в 2,2 раза более высокую трансмиссивность при одинаковой способности заражать как взрослых, так и пожилых людей, что позволяет предположить, что P.1 и P.1-подобные линии более успешны в заражении молодых людей независимо от пола. [155]

Исследование образцов, собранных в Манаусе в период с ноября 2020 года по январь 2021 года, показало, что вариант Гамма в 1,4–2,2 раза более заразен и способен уклоняться от 25–61% наследственного иммунитета от предыдущих коронавирусных заболеваний, что приводит к возможности повторного заражения после выздоровления от ранее перенесенной инфекции COVID-19. Что касается смертности, заражения Гаммой также оказались на 10–80% более смертоносными. [156] [157] [158]

Исследование показало, что у людей, полностью вакцинированных вакцинами Pfizer или Moderna , значительно снижается эффект нейтрализации Гаммы, хотя фактическое влияние на течение заболевания неясно. Предварительное исследование Фонда Освальдо Круза, опубликованное в начале апреля, показало, что реальная производительность людей, получивших начальную дозу вакцины Коронавак от Sinovac , имела эффективность примерно 50%. Они ожидали, что эффективность будет выше после второй дозы. По состоянию на июль 2021 года исследование продолжается. [159]

Предварительные данные двух исследований показывают, что вакцина Oxford-AstraZeneca эффективна против варианта Гамма, хотя точный уровень эффективности еще не установлен. [160] [161] Предварительные данные исследования, проведенного Институтом Бутантана, показывают, что CoronaVac также эффективен против варианта Гамма, и по состоянию на июль 2021 года его еще предстоит расширить для получения окончательных данных. [162]

16 марта 2022 года ВОЗ деэскалировала вариант Гамма и его подварианты до «ранее циркулировавших вызывающих озабоченность вариантов». [135] [136]

Дельта (родословная B.1.617.2)

Вариант Дельта, также известный как B.1.617.2, G/452R.V3, 21A [28] или 21A/S:478K, [123] был глобально доминирующим вариантом, который распространился как минимум на 185 стран. [163] Впервые он был обнаружен в Индии . Потомок линии B.1.617, которая также включает исследуемый вариант Каппа, он был впервые обнаружен в октябре 2020 года и с тех пор распространился по всему миру. [164] [165] [166] [167] [168] 6 мая 2021 года британские ученые объявили B.1.617.2 (в котором явно отсутствует мутация E484Q) «вариантом, вызывающим обеспокоенность», назвав его VOC-21APR- 02, после того как они отметили доказательства того, что он распространяется быстрее, чем исходная версия вируса, и может распространяться быстрее или так же быстро, как Альфа. [169] [21] [170] [171] Он несет мутации L452R и P681R у Спайка; [30] в отличие от Каппы, он несет T478K, но не E484Q.

3 июня 2021 года Управление общественного здравоохранения Англии сообщило, что двенадцать из 42 смертей от варианта Дельта в Англии были среди полностью вакцинированных, и что он распространялся почти в два раза быстрее, чем вариант Альфа. [172] Также 11 июня Медицинский центр Футхиллс в Калгари, Канада, сообщил, что половина из 22 случаев заболевания вариантом Дельта произошла среди полностью вакцинированных людей. [173]

В июне 2021 года начали появляться сообщения о варианте Дельты с мутацией K417N. [174] Мутация, также присутствующая в вариантах Бета и Гамма, вызвала обеспокоенность по поводу возможности снижения эффективности вакцин и лечения антителами и увеличения риска повторного заражения. [175] Вариант, названный Министерством здравоохранения Англии «Дельта с K417N», включает две клады, соответствующие линиям Панго AY.1 и AY.2. [176] Он получил прозвище «Дельта плюс» [177] от «Дельта плюс K417N». [178] Название мутации, K417N, относится к обмену, при котором лизин (K) заменяется на аспарагин (N) в положении 417. [179] 22 июня Министерство здравоохранения и благосостояния семьи Индии объявило «Дельта плюс «Вариант COVID-19 вызывает беспокойство после того, как в Индии было зарегистрировано 22 случая этого варианта. [180] После этого заявления ведущие вирусологи заявили, что данных недостаточно для того, чтобы обозначить этот вариант как отдельный вызывающий беспокойство вариант, указав на небольшое количество обследованных пациентов. [181] В июле 2021 г. в Великобритании был выявлен AY.4.2. Помимо упомянутых ранее, он также получил прозвище «Дельта Плюс» из-за дополнительных мутаций Y145H и A222V. Они не уникальны для него, но отличают его от оригинального варианта Delta. [182]

7 июня 2022 года ВОЗ снизила уровень эскалации варианта Дельта и его подвариантов до «ранее циркулировавших вызывающих озабоченность вариантов». [136] [183]

Ранее циркулировавшие интересующие варианты (VOI)

Эпсилон (линии B.1.429, B.1.427, CAL.20C)

Эпсилон-вариант или линия B.1.429, также известная как CAL.20C [184] или CA  VUI1, [185] 21C [28] или 20C/S:452R, [123] определяется пятью различными мутациями (I4205V и D1183Y в ген ORF1ab и S13I, W152C, L452R в S-гене шиповидного белка), из которых особую озабоченность вызывал L452R (ранее также обнаруженный в других несвязанных линиях). [55] [186] С 17 марта по 29 июня 2021 года CDC внес B.1.429 и связанный с ним B.1.427 в список «вариантов, вызывающих озабоченность». [30] [187] [188] [189] По состоянию на июль 2021 года Эпсилон больше не считается вариантом, представляющим интерес для ВОЗ, [17] поскольку его обогнала Альфа. [190]

С сентября 2020 года по январь 2021 года заразность была на 19–24% выше, чем у предыдущих вариантов в Калифорнии. Нейтрализация против него антителами от естественных инфекций и вакцинации была умеренно снижена [191] , но оставалась обнаруживаемой в большинстве диагностических тестов. [192]

Эпсилон (CAL.20C) впервые был обнаружен в июле 2020 года исследователями Медицинского центра Сидарс-Синай , Калифорния , в одном из 1230 образцов вируса, собранных в округе Лос-Анджелес с начала эпидемии COVID-19 . [193] Он не был обнаружен снова до сентября, когда он снова появился в образцах в Калифорнии, но его численность оставалась очень низкой до ноября. [194] [195] В ноябре 2020 года на вариант «Эпсилон» приходилось 36 процентов образцов, собранных в Медицинском центре «Сидарс-Синай», а к январю 2021 года на вариант «Эпсилон» приходилось 50 процентов образцов. [186] В совместном пресс-релизе Калифорнийского университета в Сан-Франциско , Департамента общественного здравоохранения Калифорнии и Департамента общественного здравоохранения округа Санта-Клара [196] этот вариант также был обнаружен во многих округах Северной Калифорнии. С ноября по декабрь 2020 года частота этого варианта в секвенированных случаях из Северной Калифорнии выросла с 3% до 25%. [197] В препринте CAL.20C описывается как принадлежащий к кладе 20C и дающий примерно 36% образцов, в то время как новый вариант из клады 20G составляет около 24% образцов в исследовании, сосредоточенном на Южной Калифорнии. Однако обратите внимание, что по состоянию на январь 2021 года в США в целом по состоянию на январь 2021 года преобладает клада 20G. [55] После увеличения числа Эпсилонов в Калифорнии этот вариант обнаруживался с различной частотой в большинстве штатов США. Небольшое количество было обнаружено в других странах Северной Америки, а также в Европе, Азии и Австралии. [194] [195] После первоначального увеличения его частота с февраля 2021 года быстро упала, поскольку его вытесняла более передающаяся Альфа . В апреле Эпсилон оставался относительно частым в некоторых частях северной Калифорнии, но он практически исчез с юга штата и так и не смог закрепиться где-либо еще; только 3,2% всех случаев в США были Эпсилон, тогда как более двух третей были Альфа. [190]

Зета (родословная P.2)

Зета-вариант или линия P.2, сублиния B.1.1.28, подобная Gamma (P.1), была впервые обнаружена в обращении в штате Рио-де-Жанейро ; он содержит мутацию E484K, но не мутации N501Y и K417T. [154] Он развился независимо в Рио-де-Жанейро, не имея прямого отношения к варианту Гамма из Манауса. [151] Хотя ранее Зета считалась представляющим интерес вариантом, по состоянию на июль 2021 года ВОЗ больше не считает ее таковой. [17]

Эта (родословная B.1.525)

Вариант Eta или линия B.1.525, также называемая VUI -21FEB-03 [19] (ранее VUI-202102/03) Службой общественного здравоохранения Англии (PHE) и ранее известная как UK1188, [19] 21D [28] или 20A/ S:484K, [123] не несет той же мутации N501Y, что и у Alpha , Beta и Gamma , но несет ту же мутацию E484K, что и у вариантов Gamma, Zeta и Beta, а также несет ту же самую делецию ΔH69/ΔV70. (делеция аминокислот гистидина и валина в положениях 69 и 70), как обнаружено в Alpha, варианте N439K (B.1.141 и B.1.258) и варианте Y453F ( кластер 5 ). [198] Эта отличается от всех других вариантов наличием как мутации E484K, так и новой мутации F888L (замена фенилаланина (F) на лейцин (L) в домене S2 белка-шипа). По состоянию на 5 марта 2021 года он был обнаружен в 23 странах. [199] [200] [201] Об этом также сообщалось в Майотте , заморском департаменте/регионе Франции. [199] Первые случаи были выявлены в декабре 2020 г. в Великобритании и Нигерии, а по состоянию на 15 февраля 2021 г. он встречался с наибольшей частотой среди выборок в последней стране. [201] По состоянию на 24 февраля в Великобритании выявлено 56 случаев. [19] Дания, которая секвенирует все свои случаи COVID-19, обнаружила 113 случаев этого варианта с 14 января по 21 февраля 2021 года, семь из которых были напрямую связаны с зарубежными поездками в Нигерию. [200]

По состоянию на июль 2021 года британские эксперты изучают это, чтобы определить, насколько это может быть риском. В настоящее время он рассматривается как «вариант, находящийся на стадии расследования», но в ожидании дальнейшего изучения он может стать « вариантом, вызывающим озабоченность ». Рави Гупта из Кембриджского университета заявил в интервью BBC , что линия B.1.525, похоже, имеет «значительные мутации», уже наблюдаемые в некоторых других новых вариантах, а это означает, что их вероятный эффект в некоторой степени более предсказуем. [202]

Тета (линия P.3)

18 февраля 2021 года Министерство здравоохранения Филиппин подтвердило обнаружение двух мутаций COVID-19 на Центральных Висайских островах после того, как образцы от пациентов были отправлены на секвенирование генома. Позже мутации были названы E484K и N501Y, которые были обнаружены в 37 из 50 образцов, причем обе мутации одновременно встречались в 29 из них. [203]

13 марта Министерство здравоохранения подтвердило, что мутации представляют собой вариант, обозначенный как линия P.3. [204] В тот же день был подтвержден первый в стране случай заражения COVID-19, вызванный вариантом «Гамма» . 13 марта на Филиппинах было зарегистрировано 98 случаев варианта Тета. [205] 12 марта было объявлено, что Тета также была обнаружена в Японии. [206] [207] 17 марта Великобритания подтвердила свои первые два случая, [208] где PHE назвало его VUI-21MAR-02. [19] 30 апреля 2021 года Малайзия выявила 8 случаев варианта Тета в Сараваке. [209]

По состоянию на июль 2021 года Тета больше не рассматривается ВОЗ как вариант, представляющий интерес. [17]

Йота (родословная B.1.526)

В ноябре 2020 года в Нью-Йорке был обнаружен мутантный вариант, получивший название линия B.1.526. [210] По состоянию на 11 апреля 2021 г. вариант обнаружен как минимум в 48 штатах США и 18 странах. В модели, отражающей Эпсилон, Йота изначально смогла достичь относительно высоких уровней в некоторых штатах, но к маю 2021 года ее вытеснили более передающиеся Дельта и Альфа. [190]

Каппа (родословная B.1.617.1)

Вариант Каппа [17] является одной из трех сублиний линии B.1.617 . Он также известен как линия B.1.617.1, 21B [28] или 21A/S:154K, [123] и впервые был обнаружен в Индии в декабре 2020 года . [211] К концу марта 2021 года на долю Каппа приходилось больше более половины последовательностей поступило из Индии. [212] 1 апреля 2021 г. Служба общественного здравоохранения Англии отнесла его к варианту, находящемуся на стадии расследования (VUI-21APR-01). [29] Он имеет заметные мутации L452R, E484Q, P681R. [213]

Лямбда (линия C.37)

Вариант Lambda, также известный как линия C.37, был впервые обнаружен в Перу в августе 2020 года и был обозначен ВОЗ как представляющий интерес вариант 14 июня 2021 года. [17] Он распространился как минимум в 30 странах [214] около во всем мире, и по состоянию на июль 2021 года неизвестно, является ли он более заразным и устойчивым к вакцинам, чем другие штаммы. [215] [216] 16 марта 2022 года ВОЗ снизила уровень эскалации варианта Lambda до «ранее циркулировавших вызывающих озабоченность вариантов». [135] [136]

Му (родословная B.1.621)

Вариант Mu, также известный как линия B.1.621, был впервые обнаружен в Колумбии в январе 2021 года и был обозначен ВОЗ как представляющий интерес вариант 30 августа 2021 года. [17] Вспышки были в Южной Америке и Европе. [217] [218] 16 марта 2022 года ВОЗ деэскалировала вариант Му и его подварианты до «ранее циркулировавших вызывающих озабоченность вариантов». [135] [136]

Ранее отслеживаемые варианты (ВОЗ)

Варианты, перечисленные ниже, когда-то входили в список вариантов, находящихся под наблюдением, но были реклассифицированы либо из-за того, что они больше не циркулируют на значительном уровне, либо не оказали существенного влияния на ситуацию, либо из-за научных доказательств того, что вариант не обладает свойствами, вызывающими беспокойство. [4]

Другие известные варианты

Линия B.1.1.207 была впервые секвенирована в августе 2020 года в Нигерии; [219] последствия для передачи и вирулентности неясны, но Центры по контролю заболеваний США внесли его в список как новый вариант . [42] Этот вариант, секвенированный Африканским центром передового опыта в области геномики инфекционных заболеваний в Нигерии, имеет мутацию P681H, общую с вариантом Alpha . У него нет других мутаций с вариантом Альфа, и по состоянию на конец декабря 2020 года на этот вариант приходится около 1% вирусных геномов, секвенированных в Нигерии, хотя эта цифра может возрасти. [219] По состоянию на май 2021 г. линия B.1.1.207 обнаружена в 10 странах. [220]

Линия B.1.1.317, хотя и не считается вариантом, вызывающим беспокойство , примечательна тем, что Министерство здравоохранения Квинсленда заставило двух человек, находящихся на карантине в отеле в Брисбене , Австралия, пройти дополнительный 5-дневный карантин сверх обязательных 14 дней после его подтверждения. они были заражены этим вариантом. [221]

Линия B.1.616, выявленная в Бретани , Западная Франция, в начале января 2021 года и обозначенная ВОЗ как «вариант, находящийся на стадии расследования» в марте 2021 года, как сообщается, трудно обнаружить с помощью метода взятия мазков из носоглотки для выявления коронавируса, а также обнаружения Вирус должен полагаться на образцы из нижних дыхательных путей. [ нужна цитата ]

Линия B.1.618 была впервые выделена в октябре 2020 года. Она имеет общую с несколькими другими вариантами мутацию E484K и продемонстрировала значительное распространение в апреле 2021 года в Западной Бенгалии , Индия. [222] [223] По состоянию на 23 апреля 2021 года в базе данных PANGOLIN было обнаружено 135 последовательностей, обнаруженных в Индии, с однозначными номерами в каждой из восьми других стран мира. [224]

В июле 2021 года ученые сообщили в препринте , который был опубликован в журнале в феврале 2022 года, об обнаружении аномальных неназванных линий SARS-CoV-2 с неизвестным хозяином посредством наблюдения за сточными водами в Нью-Йорке. Они выдвинули гипотезу, что «эти линии происходят от невыбранных образцов человеческих инфекций COVID-19 или что они указывают на наличие нечеловеческого животного резервуара ». [225] [226]

Линия B.1.640.2 (также известная как вариант IHU [227] ) была обнаружена в октябре 2021 года исследователями из Университетского госпитального института (IHU) в Марселе. [228] Они обнаружили этот вариант у путешественника, который вернулся во Францию ​​из Камеруна и, как сообщается, заразил 12 человек. [229] [230] Линия B.1.640, которая включает B.1.640.2, была признана Всемирной организацией здравоохранения (ВОЗ) вариантом, находящимся под наблюдением (VUM) 22 ноября 2021 года . [231] Однако ВОЗ сообщили, что линия B.1.640.2 распространяется гораздо медленнее, чем вариант Omicron , и поэтому не вызывает относительно большого беспокойства. [230] [232] Согласно препринтному исследованию, линия B.1.640.2 имеет две уже известные мутации белка-шипа – E484K и N501Y – среди всего 46 нуклеотидных замен и 37 делеций. [229] [233] [234]

В марте 2022 года исследователи сообщили о варианте рекомбинантных вирусов SARS-CoV-2 , содержащих элементы Дельта и Омикрон – Дельтакрон (также называемый «Дельтамикрон»). [235] [236] [237] [238] [239] Рекомбинация происходит, когда вирус объединяет части родственного вируса с его генетической последовательностью при сборке своих копий. Неясно, сможет ли Дельтакрон – который не следует путать с «Дельтакроном», о котором сообщалось в январе, хотя первое обнаружение было также в январе [239] [240] – сможет конкурировать с Омикроном и будет ли это вредно для здоровья. [241]

В июле 2023 года профессор Лоуренс Янг, вирусолог из Уорикского университета, объявил о супермутированном варианте Дельта из мазка индонезийского случая со 113 уникальными мутациями, из которых 37 затрагивают шиповый белок. [242]

Заметные миссенс-мутации

У SARS-CoV-2 наблюдался ряд миссенс-мутаций .

дель 69-70

Название мутации del 69-70 или 69-70 del или другие подобные обозначения относятся к удалению аминокислоты в положениях с 69 по 70. Мутация обнаружена в варианте Альфа и может привести к «всплеску» мутации. «неспособность гена-мишени» и привести к ложноотрицательному результату в ПЦР-тесте на вирус. [243]

РСИЛТПГД246-253Н

В противном случае, называемые del 246-252 или другие подобные выражения, они относятся к удалению аминокислоты из положения 246-252 в N-концевом домене белка-шипа, сопровождаемому заменой аспарагиновой кислоты ( D ) в положении 253 для аспарагина (N). [244] [245]

Мутация с делецией 7 аминокислот в настоящее время описывается как уникальная для варианта Lambda и считается одной из причин повышенной способности штамма избегать действия нейтрализующих антител, согласно препринту. [246]

Н440К

Название мутации, N440K, относится к обмену, при котором аспарагин (N) заменяется лизином (K) в положении 440. [247]

В клеточных культурах было обнаружено, что эта мутация в 10 раз более инфекционна по сравнению с ранее широко распространенным штаммом A2a (замена A97V в последовательности RdRP) и в 1000 раз более инфекционна с менее распространенным штаммом A3i (замена D614G в Spike и замена a и P323L в RdRP). ). [248] Он был причастен к быстрому всплеску случаев заболевания COVID-19 в Индии в мае 2021 года. [249] В Индии наибольшая доля мутированных вариантов N440K, за ней следуют США и Германия. [250]

Г446В

Название мутации, G446V, относится к обмену, при котором глицин (G) заменяется на валин (V) в положении 446. [247]

Мутация, выявленная в Японии среди прибывающих, начиная с мая, и среди 33 образцов от лиц, связанных с Олимпийскими играми в Токио в 2020 году и Паралимпийскими играми в Токио в 2020 году , как сообщается, может влиять на аффинность множественных моноклональных антител , хотя ее клиническое воздействие против об использовании лекарств на основе антител еще предстоит узнать. [251]

L452R

Название мутации, L452R, относится к обмену, при котором лейцин (L) заменяется аргинином (R) в положении 452. [247]

L452R встречается как в вариантах Дельта, так и в Каппа, которые впервые были распространены в Индии, но с тех пор распространились по всему миру. L452R является соответствующей мутацией в этом штамме, которая усиливает способность связывания рецептора ACE2 и может уменьшить прикрепление стимулированных вакциной антител к этому измененному белку-шипу.

L452R, как показывают некоторые исследования, может даже сделать коронавирус устойчивым к Т-клеткам , которые необходимы для нацеливания и уничтожения инфицированных вирусом клеток. Они отличаются от антител, которые блокируют частицы коронавируса и предотвращают его распространение. [165]

Y453F

Название мутации, Y453F, относится к обмену, при котором тирозин (Y) заменяется на фенилаланин (F) в положении 453. Было обнаружено, что мутация потенциально связана с распространением SARS-CoV-2 среди норок в Нидерландах. в 2020 году. [252]

S477G/Н

В нескольких исследованиях с помощью биоинформатических и статистических методов была идентифицирована очень гибкая область в рецепторсвязывающем домене (RBD) SARS-CoV-2, начиная с остатка 475 и продолжаясь до остатка 485. Университет Граца [253] и биотехнологическая компания Innophore [254] показали в недавней публикации, что структурно позиция S477 демонстрирует наибольшую гибкость среди них. [255]

В то же время S477 до сих пор является наиболее часто заменяемым аминокислотным остатком в RBD мутантов SARS-CoV-2. С помощью молекулярно-динамического моделирования RBD во время процесса связывания с hACE2 было показано, что как S477G, так и S477N усиливают связывание шипа SARS-COV-2 с рецептором hACE2. Разработчик вакцины BioNTech [256] в препринте, опубликованном в феврале 2021 года, назвал этот аминокислотный обмен важным для разработки будущей вакцины. [257]

E484Q

Название мутации, E484Q, относится к обмену, при котором глутаминовая кислота (E) заменяется глютамином (Q) в положении 484. [247]

Вариант Каппа , циркулирующий в Индии, имеет E484Q. Эти варианты изначально (но ошибочно) назывались «двойными мутантами». [258] E484Q может усиливать способность связывания рецептора ACE2 и снижать способность стимулированных вакциной антител прикрепляться к этому измененному белку-шипу. [165]

Е484К

Название мутации, E484K, относится к обмену, при котором глутаминовая кислота (E) заменяется лизином (K) в положении 484. [247] Ее прозвали «Eeek». [259]

Сообщалось, что E484K представляет собой ускользающую мутацию (т. е. мутацию, которая улучшает способность вируса уклоняться от иммунной системы хозяина [260] [261] ) по крайней мере из одной формы моноклональных антител против SARS-CoV-2, что указывает на то, что может быть «возможным изменением антигенности ». [262] Вариант Гамма (линия P.1), [151] вариант Зета (линия P.2, также известная как линия B.1.1.28.2) [154] и вариант Бета (501.V2) демонстрируют эту мутацию. . [262] Также было обнаружено ограниченное количество геномов линии B.1.1.7 с мутацией E484K. [263] Сообщается, что моноклональные антитела и антитела, полученные из сыворотки, в 10–60 раз менее эффективны в нейтрализации вируса, несущего мутацию E484K. [264] [265] 2 февраля 2021 года ученые-медики Соединенного Королевства сообщили об обнаружении E484K в 11 образцах (из 214 000 образцов) — мутации, которая может поставить под угрозу текущую эффективность вакцины. [266] [267]

F490S

F490S означает замену фенилаланина (F) на серин (S) в аминокислотном положении 490. [268]

Это одна из мутаций, обнаруженных в Lambda, и она связана со снижением восприимчивости к антителам, вырабатываемым теми, кто был инфицирован другими штаммами, а это означает, что лечение антителами против людей, инфицированных штаммами, несущими такую ​​​​мутацию, будет менее эффективным. [269]

N501Y

N501Y обозначает замену аспарагина (N) на тирозин (Y) в аминокислотном положении 501. [270] N501Y получил прозвище «Нелли». [259]

По мнению PHE, это изменение увеличивает аффинность связывания из-за его положения внутри домена, связывающего рецептор спайкового гликопротеина , который связывает ACE2 в клетках человека; данные также подтверждают гипотезу об увеличении аффинности связывания в результате этого изменения. [43] Моделирование молекулярного взаимодействия и расчеты свободной энергии связывания показали, что мутация N501Y имеет самую высокую аффинность связывания в интересующих вариантах RBD с hACE2. [1] Варианты с N501Y включают Gamma, [262] [151] Alpha (VOC 20DEC-01), Beta и COH.20G/501Y (идентифицированы в Колумбусе, штат Огайо ). [1] Последний стал доминирующей формой вируса в Колумбусе в конце декабря 2020 года и в январе и, похоже, развивался независимо от других вариантов. [271] [272]

Н501С

N501S обозначает замену аспарагина (N) на серин (S) в аминокислотном положении 501. [273]

По состоянию на сентябрь 2021 года во всем мире зарегистрировано 8 случаев заражения пациентов вариантом Дельта с мутацией N501S. Поскольку эта мутация считается сходной с N501Y, предполагается, что она имеет характеристики, аналогичные мутации N501Y, которая, как полагают, увеличивает инфекционность вируса, однако точный эффект пока неизвестен. [274]

Д614Г

Распространенность мутации D614G среди всех зарегистрированных штаммов GISAID в течение 2020 г. Конвергенция с единицей близко соответствует верхней части логистической кривой . [275]

D614G — это миссенс-мутация, которая влияет на белок-шип SARS-CoV-2. С момента первого появления в Восточном Китае в начале 2020 года частота этой мутации в глобальной вирусной популяции увеличилась на ранних этапах пандемии. [276] G ( глицин ) быстро заменил D ( аспарагиновую кислоту ) в позиции 614 в Европе, хотя и медленнее в Китае и остальной части Восточной Азии, что подтверждает гипотезу о том, что G увеличивает скорость передачи, что согласуется с более высокими титрами вируса и инфекционность in vitro. [53] Исследователи с инструментом PANGOLIN назвали эту мутацию «Дуг». [259]

В июле 2020 года сообщалось, что доминирующей формой в пандемии стал более заразный вариант D614G SARS-CoV-2. [277] [278] [279] [280] PHE подтвердил, что мутация D614G оказывает «умеренное влияние на трансмиссивность» и отслеживается на международном уровне. [270] [281]

Глобальная распространенность D614G коррелирует с распространенностью потери обоняния ( аносмии ) как симптома COVID-19, возможно, опосредованного более высоким связыванием RBD с рецептором ACE2 или более высокой стабильностью белка и, следовательно, более высокой инфекционностью обонятельного эпителия . [282]

Варианты, содержащие мутацию D614G, обнаружены в кладе G по GISAID [53] и кладе B.1 по инструменту PANGOLIN . [53]

К677П/Х

Название мутации, Q677P/H, относится к обмену, при котором глутамин (Q) заменяется пролином (P) или гистидином (H) в положении 677. [247] Существует несколько подлиний, содержащих мутацию Q677P; шесть из них, которые также содержат различные комбинации других мутаций, называются названиями птиц. Например, один из замеченных раньше известен как «Пеликан», а самый распространенный из них по состоянию на начало 2021 года предварительно назывался «Робин 1». [283]

По состоянию на конец 2020 года о мутации сообщалось в нескольких линиях, циркулирующих внутри Соединенных Штатов, а также в некоторых линиях за пределами страны. «Пеликан» был впервые обнаружен в Орегоне, а по состоянию на начало 2021 года «Робин 1» часто обнаруживался на Среднем Западе США , в то время как другая сублиния Q667H, «Робин 2», обнаруживалась в основном на юго-востоке США. [283] Частота регистрации таких мутаций увеличилась с конца 2020 года до начала 2021 года. [284]

P681H

Логарифмическая распространенность P681H в 2020 г. по последовательностям в базе данных GISAID [275]

Название мутации, P681H, относится к обмену, при котором пролин (P) заменяется гистидином (H) в положении 681. [275]

В январе 2021 года ученые сообщили в препринте, что мутация P681H, характерная особенность альфа-варианта и линии B.1.1.207 (выявленной в Нигерии), демонстрирует значительный экспоненциальный рост частоты во всем мире, что соответствует тенденции ожидается в нижней части логистической кривой. Это можно сравнить с тенденцией широко распространенного сейчас во всем мире D614G. [275] [285]

P681R

Название мутации, P681R, относится к обмену, при котором пролин (P) заменяется аргинином (R) в положении 681. [247]

Индийский консорциум по геномике SARS-CoV-2 ( INSACOG ) обнаружил, что помимо двух мутаций E484Q и L452R, существует еще третья значимая мутация, P681R в линии B.1.617. Все три мутации связаны с белком-шипом, рабочей частью коронавируса, которая связывается с рецепторными клетками организма. [165]

А701В

Согласно первоначальным сообщениям СМИ, 23 декабря 2020 года Министерство здравоохранения Малайзии объявило, что оно обнаружило мутацию в геноме SARS-CoV-2, которую они обозначили как A701B(sic), среди 60 образцов, собранных в кластере Бентенг Лахад Дату в Сабах . Мутация была охарактеризована как похожая на ту, которая была недавно обнаружена в Южной Африке, Австралии и Нидерландах, хотя было неясно, была ли эта мутация более заразной или агрессивной [ необходимы разъяснения ], чем раньше. [286] Правительство провинции Сулу на соседних Филиппинах временно приостановило поездки в Сабах в ответ на обнаружение «A701B» из-за неопределенности относительно природы мутации. [287]

25 декабря 2020 года Министерство здравоохранения Малайзии описало мутацию A701V как циркулирующую и присутствующую в 85% случаев (D614G присутствовала в 100% случаев) в Малайзии. [288] [289] В этих отчетах также упоминались образцы, собранные в скоплении Бентенг Лахад Дату. [288] [289] Текст объявления был дословно воспроизведен на странице в Facebook Нура Хишама Абдуллы , генерального директора здравоохранения Малайзии, которого цитировали в некоторых новостных статьях. [289]

Мутация A701V приводит к замене аминокислоты аланина (A) на валин (V) в положении 701 в белке-шипе. Во всем мире Южная Африка, Австралия, Нидерланды и Англия также сообщили об A701V примерно в то же время, что и Малайзия. [288] В GISAID распространенность этой мутации составляет около 0,18%. случаев. [288]

14 апреля 2021 года Министерство здравоохранения Малайзии сообщило, что третья волна, начавшаяся в Сабахе, включала внедрение вариантов с мутациями D614G и A701V. [290]

Рекомбинантные варианты

Британское правительство сообщило о ряде рекомбинантных вариантов SARS-CoV-2. [291] Этим рекомбинантным линиям были присвоены идентификаторы линии Pango XD, XE и XF. [292]

XE представляет собой рекомбинантную линию линий Pango BA.1 и BA.2. [293] По состоянию на март 2022 года считалось, что темпы роста XE на 9,8% превышают темпы роста BA.2. [291]

Дифференциальная эффективность вакцин

Взаимодействие между вирусом SARS-CoV-2 и его человеческими хозяевами изначально было естественным, но затем начало меняться из-за растущей доступности вакцин, наблюдаемой в 2021 году. [294] Потенциальное появление варианта SARS-CoV-2, который является умеренно или полная устойчивость к реакции антител, вызванной вакцинами против COVID-19, может потребовать модификации вакцин. [295] Появление вакцинорезистентных вариантов более вероятно среди высоковакцинированного населения с неконтролируемой передачей вируса. [296]

По состоянию на февраль 2021 года Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США считало, что все вакцины, одобренные FDA, остаются эффективными в защите от циркулирующих штаммов SARS-CoV-2. [295]

Уклонение от иммунитета по вариантам

В отличие от других исследованных ранее вариантов, вариант SARS-CoV-2 Omicron [297] [298] [299] [300] [301] и его подварианты BA.4/5 [302] избежали иммунитета, индуцированного вакцинами, которые может привести к прорывной инфекции , несмотря на недавнюю вакцинацию. Тем не менее считается, что вакцины обеспечивают защиту от тяжелых заболеваний, госпитализаций и смертей из-за Омикрона. [303]

Корректировка вакцинации

В июне 2022 года компании Pfizer и Moderna разработали бивалентные вакцины для защиты от дикого типа SARS-CoV-2 и варианта Omicron. Бивалентные вакцины хорошо переносятся и обеспечивают иммунитет к Омикрону, превосходящий предыдущие мРНК-вакцины. [304] В сентябре 2022 года Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) разрешило использование бивалентных вакцин в США. [305] [306] [307]

В июне 2023 года FDA рекомендовало производителям обновить состав вакцин против COVID-19 для использования в США на 2023–2024 годы, сделав его моновалентной вакциной против COVID-19 с использованием линии XBB.1.5 варианта Омикрон. [308] [309]

Данные и методы

Современное секвенирование ДНК , если оно доступно, может обеспечить быстрое обнаружение (иногда называемое «обнаружением в реальном времени») генетических вариантов, которые появляются у патогенов во время вспышек заболеваний. [310] С помощью программного обеспечения для визуализации филогенетического дерева записи последовательностей генома можно группировать в группы идентичных геномов, содержащих один и тот же набор мутаций. Каждая группа представляет собой «вариант», «кладу» или «линию», и сравнение последовательностей позволяет сделать вывод об эволюционном пути вируса. Для SARS-CoV-2 до марта 2021 года в результате молекулярно-эпидемиологических исследований по всему миру было создано более 330 000 вирусных геномных последовательностей. [311]

Обнаружение и оценка новых вариантов

26 января 2021 года британское правительство заявило, что поделится своими возможностями в области геномного секвенирования с другими странами, чтобы увеличить скорость геномного секвенирования и отслеживать новые варианты, и объявило о «Новой платформе оценки вариантов». [312] По состоянию на январь 2021 года более половины всего геномного секвенирования COVID-19 было проведено в Великобритании. [313]

Было продемонстрировано, что надзор за сточными водами является одним из методов обнаружения вариантов SARS-CoV-2 [226] и отслеживания их роста для изучения динамики связанной с ними продолжающейся инфекции. [314] [315] [316]

Тестирование

Можно ли надежно использовать одну или несколько мутаций, видимых в тестах RT-PCR, для идентификации варианта, зависит от распространенности других вариантов, циркулирующих в настоящее время в той же популяции. [317] [318]

Теория инкубации множественных мутировавших вариантов

Исследователи предположили, что множественные мутации могут возникать в ходе персистирующей инфекции у пациентов с ослабленным иммунитетом , особенно когда у вируса развиваются ускользающие мутации под давлением отбора антител или лечения реконвалесцентной плазмой [320] [321] с теми же делециями на поверхности антигены, неоднократно рецидивирующие у разных больных. [322]

Межвидовая передача

Существует риск того, что COVID-19 может передаваться от людей к другим популяциям животных и может сочетаться с другими вирусами животных, создавая еще больше вариантов, опасных для человека. [323] Обратное распространение зооноза может стать резервуаром для мутирующих вариантов, которые передаются обратно к человеку – еще один возможный источник вызывающих беспокойство вариантов, помимо людей с ослабленным иммунитетом. [324]

Кластер 5

В начале ноября 2020 года кластер 5 , также называемый Датским государственным институтом сыворотки (SSI) ΔFVI-спайком [325] , был обнаружен в Северной Ютландии , Дания. Считается, что он передался от норок человеку через норковые фермы . 4 ноября 2020 года было объявлено, что популяция норки в Дании будет уничтожена , чтобы предотвратить возможное распространение этой мутации и снизить риск возникновения новых мутаций. Карантин и ограничения на поездки были введены в семи муниципалитетах Северной Ютландии, чтобы предотвратить распространение мутации, которая может поставить под угрозу национальные или международные меры реагирования на пандемию COVID-19 . К 5 ноября 2020 года было выявлено около 214 случаев заболевания людей, связанных с норками. [326]

В ВОЗ заявили, что кластер 5 имеет «умеренно сниженную чувствительность к нейтрализующим антителам». [327] SSI предупредила, что мутация может снизить эффект разрабатываемых вакцин против COVID-19 , хотя вряд ли сделает их бесполезными. После изоляции и массового тестирования SSI объявила 19 ноября 2020 года, что кластер 5, по всей вероятности, вымер. [328] По состоянию на 1 февраля 2021 года авторы рецензируемой статьи , все из которых были из SSI, пришли к выводу, что кластер 5 не циркулирует в человеческой популяции. [329]

Смотрите также

Примечания

  1. ^ На основе различных трекеров [17] [18] [19] [20] [21] и периодических отчетов. [22] [23] [24]
  2. ^ ab В другом источнике GISAID называет набор из 7 клад без клады O, но включая кладу GV. [59]
  3. ^ По данным ВОЗ, «линии или клады могут быть определены на основе вирусов, имеющих филогенетически определенного общего предка». [70]
  4. ^ По состоянию на январь 2021 года , чтобы считаться кладой в системе Nextstrain, необходимо соответствие хотя бы одному из следующих критериев: [52]
    1. Клада достигает >20% глобальной частоты в течение 2 или более месяцев.
    2. Клада достигает >30% региональной частоты в течение 2 или более месяцев.
    3. Признан VOC («вариант, вызывающий озабоченность») (в настоящее время [6 января 2021 г.] применяется к 501Y.V1 и 501Y.V2).
  5. ^ Вызывает сбой цели гена S (SGTF) в TaqPath.
  6. ^ abc Обнаруживается с помощью анализа TIB MolBiol с использованием метода кривой плавления.

Рекомендации

  1. ^ abcd Шаххоссейни Н., Бабуадзе Г.Г., Вонг Г., Кобингер Г.П. (апрель 2021 г.). «Сигнатуры мутаций и стыковка in silico новых вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2». Микроорганизмы . 9 (5): 926. doi : 10.3390/microorganisms9050926 . ПМЦ  8146828 . PMID  33925854. S2CID  233460887.
  2. ^ «Варианты и мутации коронавируса: объяснение науки». Новости BBC . 6 января 2021 года. Архивировано из оригинала 22 февраля 2021 года . Проверено 2 февраля 2021 г.
  3. ^ Купфершмидт К. (15 января 2021 г.). «Новые варианты коронавируса могут вызвать больше повторных инфекций, поэтому потребуются обновленные вакцины». Наука . doi : 10.1126/science.abg6028. S2CID  234141081. Архивировано из оригинала 22 февраля 2021 года . Проверено 2 февраля 2021 г.
  4. ^ abcdefghi Отслеживание вариантов SARS-CoV-2. www.who.int , по состоянию на 26 мая 2022 г. Часто обновляется.
  5. ^ «Происхождение коронавирусов». NIH.gov . Национальные институты здравоохранения США. 16 марта 2022 года. Архивировано из оригинала 21 января 2023 года . Проверено 3 февраля 2023 г. На сегодняшний день происхождение SARS-CoV-2, вызвавшего пандемию COVID-19, не установлено.
  6. ^ Шаххоссейни Н., Вонг Дж., Кобингер Г.П., Чиникар С. (июнь 2021 г.). «Передача SARS-CoV-2 в результате рекомбинации». Джин сообщает . 23 : 101045. doi : 10.1016/j.genrep.2021.101045. ПМЦ 7884226 . ПМИД  33615041. 
  7. ^ «Взлет и падение гипотезы лабораторной утечки о происхождении SARS-CoV-2 | Научная медицина» . сайт sciencebasedmedicine.org . 1 августа 2022 г. Проверено 4 ноября 2022 г.
  8. ^ Тан X, Ву C, Ли X, Сун Y (3 марта 2020 г.). «О происхождении и продолжающейся эволюции SARS-CoV-2». Национальный научный обзор . 7 (6): 1012–1023. дои : 10.1093/nsr/nwaa036 . ПМЦ 7107875 . ПМИД  34676127. 
  9. ↑ Форстер П., Форстер Л., Ренфрю С., Форстер М. (8 апреля 2020 г.). «Филогенетический сетевой анализ геномов SARS-CoV-2». Труды Национальной академии наук . 117 (17): 9241–9243. Бибкод : 2020PNAS..117.9241F. дои : 10.1073/pnas.2004999117 . ISSN  0027-8424. ПМЦ 7196762 . ПМИД  32269081. 
  10. ^ Рамбо А., Холмс ЕС, О.Тул А., Хилл В., Маккроун Дж.Т., Руис С. и др. (15 июля 2020 г.). «Предложение по динамической номенклатуре линий SARS-CoV-2 в помощь геномной эпидемиологии». Природная микробиология . 5 (11): 1403–1407. дои : 10.1038/s41564-020-0770-5 . ПМЦ 7610519 . ПМИД  32669681. 
  11. ↑ Tregoning JS, Flight KE, Higham SL, Wang Z, Pierce BF (9 августа 2021 г.). «Прогресс в разработке вакцины против COVID-19: вирусы, вакцины и варианты по сравнению с эффективностью, результативностью и бегством». Обзоры природы Иммунология . 21 (10): 626–636. дои : 10.1038/s41577-021-00592-1. ПМЦ 8351583 . ПМИД  34373623. 
  12. ^ Пиплани С., Сингх ПК, Винклер Д.А., Петровский Н. (декабрь 2021 г.). «In silico сравнение сродства связывания спайкового белка SARS-CoV-2 с ACE2 у разных видов и последствий для происхождения вируса». Научные отчеты . 11 (1): 13063. Бибкод : 2021NatSR..1113063P. дои : 10.1038/s41598-021-92388-5. ПМЦ 8225877 . ПМИД  34168168. 
  13. ↑ Галлахер Дж. (12 июня 2021 г.). «Covid: есть ли предел тому, насколько худшие варианты могут стать?». Би-би-си . Архивировано из оригинала 15 июня 2021 года . Проверено 12 июня 2021 г.
  14. ^ abc Тао К., Цзоу П.Л., Нухин Дж., Гупта Р.К., де Оливейра Т., Косаковский Понд С.Л. и др. (17 сентября 2021 г.). «Биологическое и клиническое значение новых вариантов SARS-CoV-2». Обзоры природы Генетика . 22 (12): 757–773. дои : 10.1038/s41576-021-00408-x. ПМЦ 8447121 . ПМИД  34535792. 
  15. ^ Хенди М., Кауфман С., Понга М. (декабрь 2021 г.). «Молекулярные стратегии связывания антител и избавления от SARS-CoV-2 и его мутаций». Научные отчеты . 11 (1): 21735. Бибкод : 2021NatSR..1121735H. дои : 10.1038/s41598-021-01081-0. ПМЦ 8571385 . ПМИД  34741079. 
  16. ^ «Варианты SARS-CoV-2: система оценки риска» (PDF) . GOV.UK. _ Государственная цифровая служба . Общественное здравоохранение Англии. 22 мая 2021 г. GOV-8426. Архивировано (PDF) из оригинала 27 мая 2021 года . Проверено 22 июня 2021 г.
  17. ^ abcdefghij «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2». кто.инт . Всемирная организация здравоохранения. Архивировано из оригинала 18 июня 2021 года . Проверено 22 июня 2021 г.Часто обновляется.
  18. ^ abcdefghijk «Классификации и определения вариантов SARS-CoV-2» . CDC.gov . Центры по контролю и профилактике заболеваний. 11 февраля 2020 года. Архивировано из оригинала 29 июня 2021 года . Проверено 18 июня 2021 г.Часто обновляется.
  19. ^ abcdefghijklm «Варианты: распределение данных о случаях». Общественное здравоохранение Англии . Государственная цифровая служба . Архивировано из оригинала 7 июня 2021 года . Проверено 16 февраля 2021 г.Часто обновляется. Данные за 19 мая 2021 года включены в обновление от 2 июля 2021 года.
  20. ^ abcde «Живые доказательства - варианты SARS-CoV-2» . Агентство клинических инноваций. nsw.gov.au. _ Министерство здравоохранения (Новый Южный Уэльс) . 23 июля 2021 года. Архивировано из оригинала 16 апреля 2021 года . Проверено 22 марта 2021 г.Часто обновляется.
  21. ^ abc «Вызывающие обеспокоенность варианты SARS-CoV-2» . ECDC.eu.​ Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 30 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 16 июня 2021 года . Проверено 12 мая 2021 г.Часто обновляется.
  22. ^ «Отчеты о ситуации с коронавирусной болезнью (COVID-19)» . кто.инт . Всемирная организация здравоохранения. Архивировано из оригинала 26 января 2020 года . Проверено 14 июня 2021 г.Часто обновляется.
  23. ^ «Исследование вариантов SARS-CoV-2: технические брифинги» . GOV.UK. _ Государственная цифровая служба . Общественное здравоохранение Англии . Проверено 18 ноября 2021 г.Часто обновляется.
  24. ^ «Исследование вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2: варианты оценки риска» . GOV.UK. _ Государственная цифровая служба . Общественное здравоохранение Англии. Архивировано из оригинала 19 июня 2021 года . Проверено 19 июня 2021 г.Часто обновляется.
  25. ^ abcdefg Еженедельная эпидемиологическая информация о COVID-19 - 20 июля 2021 г. (отчет о ситуации). Всемирная организация здравоохранения. 20 июля 2021 года. Архивировано из оригинала 23 июля 2021 года . Проверено 24 июля 2021 г.
  26. ^ Планас Д., Вейер Д., Байдалюк А., Старополи И., Гивель-Бенхассин Ф., Раджа М.М. и др. (27 мая 2021 г.). «Снижение чувствительности инфекционного варианта SARS-CoV-2 B.1.617.2 к моноклональным антителам и сывороткам выздоравливающих и вакцинированных лиц». bioRxiv 10.1101/2021.05.26.445838 . 
  27. ^ ab «Классификация Омикрона (B.1.1.529): вызывающий беспокойство вариант SARS-CoV-2» . Всемирная организация здравоохранения. 26 ноября 2021 г. Проверено 26 ноября 2021 г.
  28. ^ abcdefgh Еженедельный эпидемиологический обзор COVID-19 – 22 июня 2021 г. (отчет о ситуации). Всемирная организация здравоохранения. 22 июня 2021 года. Архивировано из оригинала 29 июня 2021 года . Проверено 26 июня 2021 г.
  29. ^ ab Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии, технический брифинг 10 (PDF) (Брифинг). Общественное здравоохранение Англии. 7 мая 2021 г. GOV-8226. Архивировано (PDF) из оригинала 8 мая 2021 года . Проверено 6 июня 2021 г.
  30. ^ abcd «Классификации и определения вариантов SARS-CoV-2» . CDC.gov . Центры по контролю и профилактике заболеваний. 29 июня 2021 года. Архивировано из оригинала 16 июня 2021 года . Проверено 19 февраля 2021 г.Часто обновляется.
  31. ^ abcd Кэмпбелл Ф., Арчер Б., Лоренсон-Шафер Х., Джиннай Ю., Конингс Ф., Батра Н. и др. (июнь 2021 г.). «Повышенная заразность и глобальное распространение вызывающих озабоченность вариантов SARS-CoV-2 по состоянию на июнь 2021 года». Евронаблюдение . 26 (24): 2100509. doi :10.2807/1560-7917.ES.2021.26.24.2100509. ПМЦ 8212592 . ПМИД  34142653. 
  32. ^ Шейх А., Макменамин Дж., Тейлор Б., Робертсон С. (июнь 2021 г.). «SARS-CoV-2 Delta VOC в Шотландии: демография, риск госпитализации и эффективность вакцины». Ланцет . 397 (10293): 2461–2462. дои : 10.1016/S0140-6736(21)01358-1. ПМК 8201647 . ПМИД  34139198. 
  33. ^ ab «Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Техническом брифинге 21 в Англии» (PDF) . Общественное здравоохранение Англии . 20 августа 2021 г. с. 16 и 22. Архивировано (PDF) из оригинала 29 августа 2021 года . Проверено 29 августа 2021 г.
  34. ^ ab Оценка риска для варианта Дельта SARS-CoV-2 (PDF) (Оценка). Общественное здравоохранение Англии. 23 июля 2021 г. Архивировано (PDF) из оригинала 25 июля 2021 г. . Проверено 24 июля 2021 г.
  35. ^ Ядав П.Д., Сапкал Г.Н., Авраам П., Элла Р., Дешпанде Г., Патил Д.Ю. и др. (май 2021 г.). «Нейтрализация исследуемого варианта B.1.617 сыворотками вакцинированных BBV152». Клинические инфекционные болезни . Издательство Оксфордского университета. 74 (ciab411): 366–368. bioRxiv 10.1101/2021.04.23.441101 . doi : 10.1093/cid/ciab411. ПМИД  33961693. 
  36. ↑ Каллауэй E (25 ноября 2021 г.). «Сильно мутировавший вариант коронавируса тревожит ученых». Природа . 600 (7887): 21. Бибкод : 2021Natur.600...21C. дои : 10.1038/d41586-021-03552-w . PMID  34824381. S2CID  244660616.
  37. ^ Варианты SARS-CoV-2, вызывающие обеспокоенность, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии, технический брифинг 29 (PDF) (Брифинг). Общественное здравоохранение Англии. 26 ноября 2021 г. GOV-10481. Архивировано (PDF) из оригинала 27 ноября 2021 года . Проверено 26 ноября 2021 г.
  38. ^ abc Оценка риска для варианта Омикрон SARS-CoV-2 (PDF) (Оценка). Общественное здравоохранение Англии. 22 декабря 2021 г. GOV-10869 . Проверено 23 декабря 2021 г.
  39. ^ аб Нюберг Т., Фергюсон Н.М., Нэш С.Г., Вебстер Х.Х., Флаксман С., Эндрюс Н. и др. (16 марта 2022 г.). «Сравнительный анализ рисков госпитализации и смерти, связанных с вариантами омикрон (B.1.1.529) и дельта (B.1.617.2) SARS-CoV-2 в Англии: когортное исследование». Ланцет . 399 (10332): 1303–1312. дои : 10.1016/S0140-6736(22)00462-7. ISSN  0140-6736. ПМЦ 8926413 . ПМИД  35305296. 
  40. ^ Рамбо А., Ломан Н., Пибус О., Барклай В., Барретт Дж., Карабелли А. и др. (18 декабря 2020 г.). «Предварительная геномная характеристика новой линии SARS-CoV-2 в Великобритании, определяемой новым набором шиповых мутаций». Вирусологический . Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 года . Проверено 14 июня 2021 г.
  41. ^ Исследование нового варианта SARS-COV-2, технический брифинг 1 (PDF) (брифинг). Общественное здравоохранение Англии. 21 декабря 2020 г. Архивировано (PDF) из оригинала 15 июня 2021 г. . Проверено 6 июня 2021 г.
  42. ^ abcdefg «Новые варианты SARS-CoV-2». CDC.gov (научный обзор). Центры по контролю и профилактике заболеваний. 28 января 2021 года. Архивировано из оригинала 15 мая 2021 года . Проверено 4 января 2021 г. Всеобщее достояниеВ данную статью включен текст из этого источника, находящегося в свободном доступе .
  43. ^ Аб Чанд и др. (2020), с. 6. Потенциальное воздействие шипованного варианта N501Y.
  44. ^ Найберг Т., Тухиг К.А., Харрис Р.Дж., Симан С.Р., Фланнаган Дж., Аллен Х. и др. (июнь 2021 г.). «Риск госпитализации пациентов с SARS-CoV-2 варианта B.1.1.7: когортный анализ». БМЖ . 373 : n1412. arXiv : 2104.05560 . дои : 10.1136/bmj.n1412. ПМК 8204098 . PMID  34130987. S2CID  235187479. 
  45. ^ «Подтвержденные случаи вариантов COVID-19, выявленных в Великобритании» . GOV.UK. _ Общественное здравоохранение Англии. 15 января 2021 года. Архивировано из оригинала 7 мая 2021 года . Проверено 5 марта 2021 г.
  46. ^ Хорби П., Барклай В., Гупта Р., Хантли С. (27 января 2021 г.). Документ НЕРВТАГ: примечание к варианту П.1 (Примечание). Общественное здравоохранение Англии. Архивировано из оригинала 6 июня 2021 года . Проверено 6 июня 2021 г.
  47. ↑ Хорби П., Барклай В., Хантли С. (13 января 2021 г.). Документ NERVTAG: краткое описание вариантов SARS-CoV-2 (примечание). Общественное здравоохранение Англии. Архивировано из оригинала 6 июня 2021 года . Проверено 6 июня 2021 г.
  48. ^ Эта таблица представляет собой адаптацию и расширение Alm et al., рисунок 1.
  49. ^ Аб Рамбо А., Холмс Э.К., О'Тул А., Хилл В., Маккроун Дж.Т., Руис С. и др. (ноябрь 2020 г.). «Предложение по динамической номенклатуре линий SARS-CoV-2 в помощь геномной эпидемиологии». Природная микробиология . 5 (11): 1403–1407. дои : 10.1038/s41564-020-0770-5 . ПМЦ 7610519 . PMID  32669681. S2CID  220544096. Цитируется в Alm et al.
  50. ^ ab Алм Э., Броберг Э.К., Коннор Т., Ходкрофт Э.Б., Комиссаров А.Б., Маурер-Стро С. и др. (Лаборатории секвенирования Европейского региона ВОЗ и группа GISAID EpiCoV) (август 2020 г.). «Географическое и временное распределение клад SARS-CoV-2 в Европейском регионе ВОЗ, с января по июнь 2020 г.». Евронаблюдение . 25 (32). дои : 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410. ПМЦ 7427299 . ПМИД  32794443. 
  51. ^ "Nextclade" (Что такое клады?) . nextstrain.org . Архивировано из оригинала 19 января 2021 года . Проверено 19 января 2021 г.
  52. ^ abcd Бедфорд Т., Ходкрофт Б., Неер Р.А. (6 января 2021 г.). «Обновленная стратегия наименования клад Nextstrain SARS-CoV-2». nextstrain.org . Архивировано из оригинала 18 января 2021 года . Проверено 19 января 2021 г.
  53. ^ abcdef Жукова А, Блассель Л, Лемуан Ф, Морель М, Возница Дж, Гаскуэль О (ноябрь 2020 г.). «Происхождение, эволюция и глобальное распространение SARS-CoV-2». Comptes Rendus Biologies . 344 : 57–75. дои : 10.5802/crbiol.29 . ПМИД  33274614.
  54. ^ «Геномная эпидемиология нового коронавируса - глобальная подвыборка (отфильтровано до B.1.617)» . nextstrain.org . Архивировано из оригинала 13 июля 2021 года . Проверено 5 мая 2021 г.
  55. ^ abcd Чжан В., Дэвис Б., Чен С.С., Мартинес Дж.С., Пламмер Дж.Т., Вейл Э. (2021). «Появление нового варианта SARS-CoV-2 в Южной Калифорнии». ДЖАМА . 325 (13): 1324–1326. дои : 10.1001/jama.2021.1612. ISSN  0098-7484. ПМЦ 7879386 . ПМИД  33571356 . Проверено 2 октября 2021 г. 
  56. ^ Что такое клады? clades.nextstrain.org , по состоянию на 29 ноября 2021 г.
  57. ^ "Происхождение ПАНГО-Происхождение B.1.1.28" . cov-lineages.org . Архивировано из оригинала 24 февраля 2021 года . Проверено 4 февраля 2021 г.[ не удалось пройти проверку ]
  58. ^ "Вариант: 20J/501Y.V3" . сайт covariants.org . 1 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 23 марта 2021 года . Проверено 6 апреля 2021 г.
  59. ^ «Древо клады (из «Номенклатуры кладов и родословных»)» . ГИСАИД . 4 июля 2020 года. Архивировано из оригинала 9 января 2021 года . Проверено 7 января 2021 г.
  60. ^ «Не называйте это «британским вариантом». Используйте правильное имя: B.1.1.7». СТАТ . 9 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 4 июня 2021 года . Проверено 12 февраля 2021 г.
  61. ↑ Фланаган Р. (2 февраля 2021 г.). «Почему ВОЗ не называет это «британским вариантом», и вам тоже не следует этого делать». Новости КТВ . Архивировано из оригинала 1 мая 2021 года . Проверено 12 февраля 2021 г.
  62. ^ Список источников, в которых используются имена, относящиеся к стране, в которой варианты были впервые идентифицированы, см., например, в Talk:South African Covid-вариант и Talk:UK Coronavirus-вариант .
  63. ^ «Сегодня @WHO объявляет о новых, простых в произнесении ярлыках для #SARSCoV2 Варианты беспокойства (VOC) и интерес (VOI)» . Архивировано из оригинала 7 июля 2021 года . Проверено 7 июля 2021 г.
  64. ↑ Брансвелл Х (31 мая 2021 г.). «Игра в названия вариантов коронавируса стала немного проще». Стат Новости . Архивировано из оригинала 17 июня 2021 года . Проверено 28 июня 2021 г.
  65. ^ Всемирная организация здравоохранения (15 января 2021 г.). «Заявление о шестом заседании Комитета по чрезвычайной ситуации Международных медико-санитарных правил (2005 г.) в связи с пандемией коронавирусного заболевания (COVID-19)». Архивировано из оригинала 7 февраля 2021 года . Проверено 18 января 2021 г.
  66. ^ «Covid: ВОЗ переименовывает Великобританию и другие варианты греческими буквами» . Новости BBC . 31 мая 2021 года. Архивировано из оригинала 31 мая 2021 года . Проверено 7 июля 2021 г.
  67. ^ ab «ВОЗ пропустила две буквы греческого алфавита при названии варианта коронавируса» . Ассошиэйтед Пресс . 27 ноября 2021 г.
  68. ^ «Новые варианты COVID могут быть названы в честь созвездий, как только греческий алфавит будет израсходован» . Небесные новости. 8 августа 2021 г. Проверено 30 ноября 2021 г.
  69. ^ Кояма Т., Платт Д., Парида Л. (июль 2020 г.). «Вариантный анализ геномов SARS-CoV-2». Бюллетень Всемирной организации здравоохранения . 98 (7): 495–504. дои : 10.2471/BLT.20.253591 . ПМЦ 7375210 . PMID  32742035. Всего мы обнаружили 65776 вариантов с 5775 различными вариантами. 
  70. ^ abc Штаб-квартира ВОЗ (8 января 2021 г.). «3.6 Соображения по наименованию и номенклатуре вирусов». Геномное секвенирование SARS-CoV-2 для целей общественного здравоохранения: временное руководство, 8 января 2021 г. Всемирная организация здравоохранения. п. 6. Архивировано из оригинала 23 января 2021 года . Проверено 2 февраля 2021 г.
  71. ^ «Глобальная филогения, обновленная Nextstrain». ГИСАИД. 18 января 2021 года. Архивировано из оригинала 20 января 2021 года . Проверено 19 января 2021 г.
  72. ^ Хэдфилд Дж., Мегилл С., Белл С.М., Хаддлстон Дж., Поттер Б., Каллендер С. и др. (декабрь 2018 г.). Келсо Дж. (ред.). «Nextstrain: отслеживание эволюции патогенов в реальном времени». Биоинформатика . 34 (23): 4121–4123. doi : 10.1093/биоинформатика/bty407. ПМК 6247931 . ПМИД  29790939. 
  73. ^ "Nextstrain COVID-19" . Следующий штамм . Архивировано из оригинала 21 января 2021 года . Проверено 1 июня 2021 г.
  74. ^ «cov-lineages/pangolin: пакет программного обеспечения для отнесения последовательностей генома SARS-CoV-2 к глобальным линиям» . Гитхаб. Архивировано из оригинала 15 февраля 2021 года . Проверено 2 января 2021 г.
  75. ^ ab «Описания родословной». cov-lineages.org . Команда Панго . Архивировано из оригинала 4 июня 2021 года . Проверено 24 декабря 2020 г.
  76. ^ Рамбо А., Холмс ЕС, О'Тул А., Хилл В., Маккроун Дж.Т., Руис С. и др. (март 2021 г.). «Приложение: Предложение по динамической номенклатуре линий SARS-CoV-2 в помощь геномной эпидемиологии». Природная микробиология . 6 (3): 415. дои : 10.1038/s41564-021-00872-5. ПМЦ 7845574 . ПМИД  33514928. 
  77. ^ «Варианты: распределение данных о случаях» . GOV.UK. _ 28 января 2021 г. На конференции «Различия между вызывающим беспокойство вариантом и исследуемым вариантом» . Проверено 19 февраля 2021 г. Варианты SARS-CoV-2, если считается, что они обладают эпидемиологическими, иммунологическими или патогенными свойствами, подлежат официальному расследованию. На этом этапе им присваивается обозначение «Вариант на стадии расследования» (VUI) с указанием года, месяца и номера. После оценки риска соответствующим экспертным комитетом им может быть присвоен статус «Вариант, вызывающий беспокойство» (VOC).
  78. ^ ab Гриффитс Э, Таннер Дж, Нокс Н, Сяо В, Ван Домселар Г (15 января 2021 г.). Временные рекомендации CanCOGeN по наименованию, идентификации и сообщению о вызывающих беспокойство вариантах SARS-CoV-2 (PDF) . CanCOGeN (nccid.ca) (Отчет). 1.0. Архивировано (PDF) из оригинала 17 апреля 2021 года.
  79. ^ Исследование вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2 в Англии. Технический брифинг 6, 13 февраля 2021 г. (см. раздел: Номенклатура вариантов в Великобритании, стр. 3) assets.publishing.service.gov.uk , по состоянию на 27 февраля 2021 г.
  80. ^ CDC (11 февраля 2020 г.). «Случаи, данные и наблюдение». Центры по контролю и профилактике заболеваний . Проверено 16 марта 2021 г.
  81. ^ abc Кумар С., Тао К., Уивер С., Сандерфорд М., Карабалло-Ортис М.А., Шарма С. и др. (май 2021 г.). «Эволюционный портрет прародителя SARS-CoV-2 и его доминирующих ответвлений в пандемии COVID-19». Молекулярная биология и эволюция . 38 (8): 3046–3059. doi : 10.1093/molbev/msab118. ПМЦ 8135569 . ПМИД  33942847. 
  82. ^ Ву Ф, Чжао С, Ю Б, Чен ЮМ, Ван В, Сун ЗГ и др. (март 2020 г.). «Новый коронавирус, связанный с респираторным заболеванием человека в Китае». Природа . 579 (7798): 265–269. Бибкод : 2020Natur.579..265W. дои : 10.1038/s41586-020-2008-3. ПМК 7094943 . ПМИД  32015508. 
  83. ↑ Кьяра М., Хорнер Д.С., Гисси С., Песоле Дж. (май 2021 г.). «Сравнительная геномика показывает раннее появление и неравномерное пространственно-временное распространение SARS-CoV-2». Молекулярная биология и эволюция . 38 (6): 2547–2565. doi : 10.1093/molbev/msab049. ПМЦ 7928790 . ПМИД  33605421. 
  84. ^ Чжоу П. , Ян XL, Ван XG, Ху Б, Чжан Л., Чжан В. и др. (март 2020 г.). «Вспышка пневмонии, связанная с новым коронавирусом вероятного происхождения от летучих мышей». Природа . 579 (7798): 270–273. Бибкод : 2020Natur.579..270Z. дои : 10.1038/s41586-020-2012-7. ПМК 7095418 . ПМИД  32015507. 
  85. ^ Окада П., Буатхонг Р., Фуйгун С., Танадачакул Т., Парнмен С., Вонгбут В. и др. (февраль 2020 г.). «Ранние модели передачи коронавирусной болезни 2019 (COVID-19) среди путешественников из Ухани в Таиланд, январь 2020 г.». Евронаблюдение . 25 (8). дои : 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.8.2000097. ПМК 7055038 . ПМИД  32127124. 
  86. ^ «Официальная эталонная последовательность hCoV-19» . www.gisaid.org . Архивировано из оригинала 6 мая 2021 года . Проверено 14 мая 2021 г.
  87. ^ «Предок уханьского штамма SARS-CoV-2 циркулировал в конце октября 2019 года» . Новости Медицинские . Архивировано из оригинала 24 июля 2021 года . Проверено 10 мая 2020 г. Ссылка в журнале: Кумар, С. и др. (2021). Эволюционный портрет...
  88. ^ Участник IDSA «COVID «Мегавариант» и восемь критериев шаблона для оценки всех вариантов». Наука говорит: Global ID News . 2 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 21 апреля 2021 года . Проверено 20 февраля 2021 г.
  89. ^ ab «Классификация Омикрона (B.1.1.529): вызывающий беспокойство вариант SARS-CoV-2» . www.who.int . Проверено 26 ноября 2021 г.
  90. ↑ Каллауэй E (25 ноября 2021 г.). «Сильно мутировавший вариант коронавируса тревожит ученых». Природа . 600 (7887): 21. Бибкод : 2021Natur.600...21C. дои : 10.1038/d41586-021-03552-w . PMID  34824381. S2CID  244660616.
  91. ^ Фернандо М.Дж. «Мировые эксперты проводят специальное совещание по тревожному новому варианту COVID-19 в Южной Африке: последние новости». США сегодня .
  92. ^ "outbreak.info". вспышка.информация . Проверено 26 ноября 2021 г.
  93. ^ Covid: новый сильно мутировавший вариант B.1.1.529 в Южной Африке вызывает обеспокоенность, 25 ноября 2021 г., BBC News, по состоянию на 25 ноября 2021 г.
  94. ↑ Уайтсайд П. (30 ноября 2021 г.). «COVID-19: Как распространение Омикрона от нулевого пациента распространилось по всему миру». Небесные новости . Проверено 3 января 2022 г.
  95. ^ @BNODesk (26 ноября 2021 г.). «Заявление министерства здравоохранения Израиля, сообщающее об 1 подтвержденном случае нового варианта коронавируса B.1.1.529» ( твит ) . Проверено 26 ноября 2021 г. - через Twitter .
  96. ^ 14:30 4 מאומתים לווריאנט החדש התגלו בארץ, רה"מ יקיים מסיבת עיתונאים переведено: "...V подтверждено наличие нового штамма, в стране обнаружено 4 подтвержденных нового варианта..." , m.ynet.co. il , по состоянию на 26 ноября 2021 г.
  97. ^ «Бельгия обнаруживает первый случай нового варианта COVID-19 в Европе» . Рейтер . 26 ноября 2021 г. Проверено 26 ноября 2021 г.
  98. ^ "ЕЖЕНЕДЕЛЬНЫЙ БЮЛЛЕТЕНЬ INSACOG" (PDF) . dbtindia.gov.in . 10 января 2022 г. Проверено 24 января 2022 г.
  99. ^ «Заявление о сублинии Омикрона BA.2» . www.who.int . Проверено 4 апреля 2022 г.
  100. ^ аб Шмидт К. «Что мы знаем о варианте BA.2 компании Omicron на данный момент». Научный американец . Проверено 4 апреля 2022 г.
  101. ^ «Инфекция Covid снова растет в Великобритании - ONS» . Новости BBC . 11 марта 2022 г.
  102. ↑ Джессика Рендалл (29 марта 2022 г.). «BA.2 теперь является доминирующим вариантом COVID в США, как показывают данные CDC».
  103. ^ ECDC (12 мая 2022 г.). «Изменения в списке вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2, вариантов, представляющих интерес, и вариантов, находящихся под наблюдением» (PDF) .
  104. ^ аб Питер Рассел (6 января 2023 г.). «Омикрон XBB.1.5: что мы знаем на данный момент?» . Проверено 8 января 2023 г.
  105. ^ «Обновление распространенности и темпов роста последовательности генома SARS-CoV-2: 8 ноября 2023 г.» . GOV.UK. _ 6 декабря 2023 г. Проверено 21 декабря 2023 г.
  106. ^ Джонсон А. «Что мы знаем о варианте Covid 'Эрис' EG.5: доминирующий штамм, вызывающий рост заболеваемости». Форбс . Проверено 11 августа 2023 г.
  107. ^ "cov-lineages.org" . Проверено 11 августа 2023 г.
  108. ↑ Мундасад С (10 августа 2023 г.). «Что мы знаем о варианте Covid EG.5, получившем название «Эрис»». Новости BBC . Би-би-си . Проверено 10 августа 2023 г.
  109. ^ «Еженедельный эпидемиологический обзор COVID-19 (выпуск 156, опубликовано 17 августа 2023 г.)» (PDF) . Всемирная организация здравоохранения. 17 августа 2023 г. Проверено 30 августа 2023 г.
  110. ^ «Covid: все, что мы знаем о новом потомке Омикрона в условиях роста зимнего гриппа» . Независимый . 8 декабря 2023 г. Проверено 16 декабря 2023 г.
  111. ^ Бартель А., Грау Дж. Х., Битцегейо Дж., Вербер Д., Линцнер Н., Шумахер В. и др. (10 января 2024 г.). «Своевременный мониторинг фрагментов РНК SARS-CoV-2 в сточных водах показывает появление JN.1 (BA.2.86.1.1, клада 23I) в Берлине, Германия». Вирусы . 16 (1): 102. дои : 10.3390/v16010102 . ISSN  1999-4915. ПМЦ 10818819 . ПМИД  38257802. 
  112. ^ «Первоначальная оценка риска JN.1, 19 декабря 2023 г.» (PDF) . Всемирная организация здравоохранения. 19 декабря 2023 г. Проверено 11 января 2024 г.
  113. ^ «Возвращение маски? Сингапур и Индонезия возвращают ограничения из-за резкого роста случаев Covid» . мята . 14 декабря 2023 г. Проверено 16 декабря 2023 г.
  114. ^ «Активность COVID-19 возрастает, поскольку распространенность варианта JN.1 продолжает расти» . Центры по контролю и профилактике заболеваний. 5 января 2024 г. Проверено 11 января 2024 г.
  115. ^ Обновленная оценка риска JN.1, 9 января 2023 г. [неверно указана дата] (PDF) , Всемирная организация здравоохранения , 9 февраля 2024 г., Викиданные  Q124477897, заархивировано (PDF) из оригинала 10 февраля 2024 г.
  116. ^ «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2» . Всемирная организация здравоохранения . 10 февраля 2023 г.
  117. ^ ab «Заявление об обновлении рабочих определений ВОЗ и системы отслеживания вызывающих беспокойство и представляющих интерес вариантов SARS-CoV-2» . www.who.int . Проверено 29 декабря 2023 г.
  118. ^ ab «Обновленные рабочие определения и основные действия для вариантов SARSCoV2». www.who.int . Проверено 29 декабря 2023 г.
  119. ^ «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2» . www.who.int . 19 декабря 2023 г. Проверено 20 декабря 2023 г.
  120. ^ «Covid: Ирландия, Италия, Бельгия и Нидерланды запрещают полеты из Великобритании» . Новости BBC . 20 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 года . Проверено 23 декабря 2020 г.
  121. ^ Чанд М., Хопкинс С., Дабрера Г., Ачисон С., Барклай В., Фергюсон Н. и др. (21 декабря 2020 г.). Исследование нового варианта SARS-COV-2: вызывающий беспокойство вариант 202012/01 (PDF) (отчет). Общественное здравоохранение Англии. Архивировано (PDF) оригинала 22 февраля 2021 года . Проверено 23 декабря 2020 г.
  122. ^ «PHE исследует новый штамм COVID-19» . Общественное здравоохранение Англии (PHE). 14 декабря 2020 г.
  123. ^ abcdefg Еженедельный эпидемиологический обзор COVID-19 за 8 июня 2021 г. (отчет о ситуации). Всемирная организация здравоохранения. 8 июня 2021 года. Архивировано из оригинала 15 июня 2021 года . Проверено 14 июня 2021 г.
  124. ^ Рамбо А., Ломан Н., Пибус О., Барклай В., Барретт Дж., Карабелли А. и др. (2020). Предварительная геномная характеристика новой линии SARS-CoV-2 в Великобритании, определяемой новым набором шиповых мутаций (отчет). Написано от имени Консорциума геномики COVID-19 Великобритании. Архивировано из оригинала 22 февраля 2021 года . Проверено 20 декабря 2020 г.
  125. ^ Купфершмидт К. (20 декабря 2020 г.). «Мутантный коронавирус в Соединенном Королевстве вызывает тревогу, но его важность остается неясной». Научный журнал . Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 года . Проверено 21 декабря 2020 г. .
  126. ^ аб Коллиер Д.А., Де Марко А., Феррейра И.А., Мэн Б., Датир Р.П., Уоллс AC и др. (май 2021 г.). «Чувствительность SARS-CoV-2 B.1.1.7 к мРНК антител, индуцированных вакциной». Природа (Опубликовано). 593 (7857): 136–141. дои : 10.1038/s41586-021-03412-7 . PMID  33706364. Поэтому мы создали псевдовирусы, несущие шиповые мутации B.1.1.7 с дополнительной заменой E484K или без нее, и протестировали их против сывороток, полученных после первой и второй дозы мРНК-вакцины BNT162b2, а также против сывороток выздоравливающих. После второй дозы вакцины мы наблюдали значительную потерю нейтрализующей активности псевдовируса со спайковыми мутациями B.1.1.7 и E484K (рис. 3г, д). Среднее кратное изменение для варианта B.1.1.7 с шипами, содержащего E484K, составило 6,7 по сравнению с 1,9 для варианта B.1.1.7 по сравнению с белком с шипами дикого типа (рис. 3a–c и расширенные данные, рис. 5). ). Аналогично, когда мы тестировали панель сывороток выздоравливающих с диапазоном титров нейтрализации (рис. 1f, g и расширенные данные, рис. 5), мы наблюдали дополнительную потерю активности против мутантного спайка B.1.1.7 с E484K, с кратностью изменение на 11,4 по сравнению с шиповидным белком дикого типа (рис. 3f, g и расширенные данные, рис. 5).
  127. ^ ab «Новые данные о VUI-202012/01 и обзор оценки риска для здоровья населения». Центр знаний . 15 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 года . Проверено 25 декабря 2020 г.
  128. ^ "Витрина COG-UK" . Архивировано из оригинала 14 июня 2021 года . Проверено 25 декабря 2020 г. - через YouTube.
  129. ^ Дэвис Н.Г., Эбботт С., Барнард Р.К., Джарвис С.И., Кучарски А.Дж., Мандей Дж.Д. и др. (апрель 2021 г.). «Оценочная трансмиссивность и влияние SARS-CoV-2 линии B.1.1.7 в Англии». Наука . 372 (6538): eabg3055. doi : 10.1126/science.abg3055. ПМЦ 8128288 . ПМИД  33658326. 
  130. ^ Волц Э., Мишра С., Чанд М., Барретт Дж.К., Джонсон Р., Гейдельберг Л. и др. (май 2021 г.). «Оценка трансмиссивности линии B.1.1.7 SARS-CoV-2 в Англии». Природа . 593 (7858): 266–269. Бибкод : 2021Natur.593..266V. дои : 10.1038/s41586-021-03470-x . hdl : 10044/1/87474 . ПМИД  33767447.
  131. ^ Хорби П., Хантли С., Дэвис Н., Эдмундс Дж., Фергюсон Н., Медли Г. и др. (11 февраля 2021 г.). «Документ NERVTAG о вызывающем обеспокоенность варианте COVID-19 B.1.1.7: Обновленная примечание NERVTAG о серьезности B.1.1.7 (11 февраля 2021 г.)» (PDF) . GOV.UK. _ Архивировано (PDF) из оригинала 13 апреля 2021 года . Проверено 26 февраля 2021 г.
  132. ↑ Галлахер Дж. (22 января 2021 г.). «Коронавирус: британский вариант« может быть более смертоносным »». Новости BBC . Архивировано из оригинала 23 мая 2021 года . Проверено 22 января 2021 г.
  133. ^ Фрэмптон Д., Рэмплинг Т., Кросс А., Бейли Х., Хини Дж., Байотт М. и др. (апрель 2021 г.). «Геномные характеристики и клинический эффект новой линии SARS-CoV-2 B.1.1.7 в Лондоне, Великобритания: полногеномное секвенирование и когортное исследование на базе больницы». «Ланцет». Инфекционные заболевания . 21 (9): 1246–1256. дои : 10.1016/S1473-3099(21)00170-5. ПМК 8041359 . ПМИД  33857406. 
  134. ^ "Происхождение ПАНГО Lineage B.1.1.7" . cov-lineages.org . 15 мая 2021 года. Архивировано из оригинала 16 июня 2021 года . Проверено 15 мая 2021 г.
  135. ^ abcde «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2 (обновлено 16 марта 2022 г.)» . www.who.int . 16 марта 2022 года. Архивировано из оригинала 17 марта 2022 года . Проверено 17 марта 2022 г.
  136. ^ abcdef «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2 (обновлено 7 марта 2022 г.)» . www.who.int . 7 марта 2022 года. Архивировано из оригинала 15 марта 2022 года . Проверено 21 мая 2022 г.
  137. ↑ Мандавилли А (5 марта 2021 г.). «В Орегоне ученые обнаружили вариант вируса с тревожной мутацией. В одном образце генетики обнаружили версию коронавируса, впервые выявленную в Великобритании, с мутацией, первоначально зарегистрированной в Южной Африке». Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 6 марта 2021 года . Проверено 6 марта 2021 г.
  138. ^ Чен Р.Э., Чжан X, Кейс JB, Винклер ES, Лю Y, ВанБларган Л.А. и др. (апрель 2021 г.). «Устойчивость вариантов SARS-CoV-2 к нейтрализации моноклональными и поликлональными антителами, полученными из сыворотки». Природная медицина . 27 (4): 717–726. дои : 10.1038/s41591-021-01294-w . ПМЦ 8058618 . ПМИД  33664494. 
  139. ^ «B.1.1.7 Родословная с отчетом S:E484K» . вспышка.информация . 5 марта 2021 года. Архивировано из оригинала 7 марта 2021 года . Проверено 7 марта 2021 г.
  140. ^ Мустафа А.М., Бьянко С., Дену Л., Ахмед А., Нейде Б., Эверетт Дж. и др. (21 апреля 2021 г.). «Сравнительный анализ новых изолятов B.1.1.7+E484K SARS-CoV-2 из Пенсильвании». bioRxiv 10.1101/2021.04.21.440801 . 
  141. ^ «B.1.1.7 Родословная с отчетом S:E484K» . вспышка.информация . Архивировано из оригинала 3 июля 2021 года . Проверено 28 мая 2021 г.
  142. ^ Риск, связанный с распространением новых вызывающих озабоченность вариантов SARS-CoV-2 в ЕС/ЕЭЗ – первое обновление (оценка риска). Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 2 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 25 марта 2021 года . Проверено 22 марта 2021 г.
  143. ^ abcd «Южная Африка объявляет о новом варианте коронавируса» . Нью-Йорк Таймс . 18 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 21 декабря 2020 года . Проверено 20 декабря 2020 г.
  144. ↑ ab Wroughton L, Bearak M (18 декабря 2020 г.). «Коронавирус в Южной Африке: вторая волна, вызванная новым штаммом, подростковыми« фестивалями ярости »». Вашингтон Пост . Архивировано из оригинала 27 декабря 2020 года . Проверено 20 декабря 2020 г.
  145. ↑ Мхизе З. (18 декабря 2020 г.). «Обновленная информация о Covid-19 (18 декабря 2020 г.)» (пресс-релиз). Южная Африка. Южноафриканский онлайн-портал о COVID-19. Архивировано из оригинала 4 мая 2021 года . Проверено 23 декабря 2020 г. Наши врачи также предупредили нас, что ситуация изменилась и что молодые, ранее здоровые люди теперь серьезно заболевают.
  146. ↑ Абдул Карим СС (19 декабря 2020 г.). «Вторая волна Covid-19 в Южной Африке: трансмиссивность и вариант 501.V2, 11-й слайд». www.scribd.com. Архивировано из оригинала 6 января 2021 года . Проверено 23 декабря 2020 г.
  147. ^ Лоу Д. (22 декабря 2020 г.). «Новые мутации». В Трубопроводе . Американская ассоциация содействия развитию науки . Архивировано из оригинала 29 января 2021 года . Проверено 23 декабря 2020 г. Здесь я должен отметить, что в Южной Африке существует еще один штамм, вызывающий аналогичные опасения. У этого человека есть восемь мутаций в белке Spike, три из которых (K417N, E484K и N501Y) могут иметь некоторую функциональную роль.
  148. ^ «Заявление Рабочей группы ВОЗ по моделям животных COVID-19 (WHO-COM) о новых вариантах SARS-CoV-2 в Великобритании и Южной Африке» (PDF) . Всемирная организация здравоохранения. 22 декабря 2020 г. Архивировано (PDF) из оригинала 4 мая 2021 г. . Проверено 23 декабря 2020 г.
  149. ^ «Новая комбинация мутаций в сайте связывания спайковых рецепторов» (пресс-релиз). ГИСАИД . 21 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 22 февраля 2021 года . Проверено 23 декабря 2020 г.
  150. ^ «Япония обнаружила новый вариант коронавируса у путешественников из Бразилии» . Япония сегодня . Япония. 11 января 2021 года. Архивировано из оригинала 11 января 2021 года . Проверено 14 января 2021 г.
  151. ^ abcdef Фариа Н.Р., Кларо И.М., Кандидо Д., Мойзес Франко Л.А., Андраде П.С., Колетти ТМ и др. (12 января 2021 г.). «Геномная характеристика новой линии SARS-CoV-2 в Манаусе: предварительные результаты». Геномная сеть CADDE. вирусологический сайт . Архивировано из оригинала 20 мая 2021 года . Проверено 23 января 2021 г.
  152. ^ аб "П.1". cov-lineages.org . Команда Панго . 1 июля 2021 года. Архивировано из оригинала 9 июня 2021 года . Проверено 7 марта 2021 г.
  153. ^ «Отчет COG-UK о мутациях SARS-CoV-2 Spike, представляющих интерес в Великобритании» (PDF) . www.cogconsortium.uk . Британский консорциум по геномике Covid-19. 15 января 2021 г. Архивировано (PDF) из оригинала 16 апреля 2021 г. . Проверено 25 января 2021 г.
  154. ^ abc Волох CM, да Силва Франсиско Р., де Алмейда Л.Г., Кардосо CC, Брустолини О.Дж., Гербер А.Л. и др. (март 2021 г.). «Геномная характеристика новой линии SARS-CoV-2 из Рио-де-Жанейро, Бразилия». Журнал вирусологии . 95 (10). дои : 10.1128/jvi.00119-21 . ПМЦ 8139668 . ПМИД  33649194. 
  155. ↑ Насименто V, Соуза V (25 февраля 2021 г.). «Эпидемия COVID-19 в бразильском штате Амазонас была вызвана длительным существованием эндемичных линий SARS-CoV-2 и недавним появлением нового вызывающего обеспокоенность варианта P.1». Исследовательская площадь . дои : 10.21203/rs.3.rs-275494/v1 . Архивировано из оригинала 1 марта 2021 года . Проверено 2 марта 2021 г.
  156. ^ Фариа Н.Р., Меллан Т.А., Уиттакер С., Кларо И.М., Кандидо Д.Д., Мишра С. и др. (май 2021 г.). «Геномика и эпидемиология линии P.1 SARS-CoV-2 в Манаусе, Бразилия». Наука . 372 (6544): 815–821. Бибкод : 2021Sci...372..815F. дои : 10.1126/science.abh2644 . ISSN  0036-8075. ПМЦ 8139423 . PMID  33853970. В этой вероятной области пространства параметров P.1 может быть в 1,7–2,4 раза более передающимся (50% BCI, 2,0 медиана, с 99% апостериорной вероятностью >1), чем локальные линии, не относящиеся к P1, и может уклоняться от 21 до 46% (50% BCI, 32% медиана, с апостериорной вероятностью 95% возможности уклониться по крайней мере от 10%) защитного иммунитета, вызванного предыдущим инфицированием линиями, отличными от P.1, что соответствует 54–79 % (50% BCI, медиана 68%) перекрестного иммунитета... По нашим оценкам, инфекции в 1,2–1,9 раза чаще (50% BCI, медиана 1,5, 90% апостериорная вероятность >1) приводят к смертности в период после появления P.1 по сравнению с предыдущим периодом, хотя апостериорные оценки этого относительного риска также коррелируют с предполагаемым перекрестным иммунитетом. В более широком смысле, недавняя эпидемия в Манаусе создала нагрузку на городскую систему здравоохранения, что привело к недостаточному доступу к медицинской помощи. Поэтому мы не можем определить, связано ли предполагаемое увеличение относительного риска смертности с инфекцией P.1, стрессом в системе здравоохранения Манауса или с тем и другим. Необходимы детальные клинические исследования инфекций P.1. 
  157. ↑ Андреони М., Лондоньо Э., Касадо Л. (3 марта 2021 г.). «Кризис Covid в Бразилии является предупреждением для всего мира, говорят ученые: в Бразилии наблюдается рекордное количество смертей и распространение более заразного варианта коронавируса, который может вызвать повторное заражение». Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 3 марта 2021 года . Проверено 3 марта 2021 г.
  158. ↑ Циммер С (1 марта 2021 г.). «Вариант вируса в Бразилии заразил многих, кто уже выздоровел от Covid-19. Первые подробные исследования так называемого варианта P.1 показывают, как он опустошил бразильский город. Теперь ученые хотят знать, что он будет делать в других местах». Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 3 марта 2021 года . Проверено 3 марта 2021 г.
  159. ↑ София Моутинью (4 мая 2021 г.). «Китайская вакцина против COVID-19 обеспечивает защиту в пораженной вариантами Бразилии». Наука . дои : 10.1126/science.abi9414. S2CID  234804602. Архивировано из оригинала 16 июня 2021 года . Проверено 4 мая 2021 г.
  160. ↑ Гайер Р. (5 марта 2021 г.). «Эксклюзив: Оксфордское исследование показывает, что AstraZeneca эффективна против бразильского варианта, - сообщает источник». Рейтер . Рио де Жанейро. Архивировано из оригинала 9 марта 2021 года . Проверено 9 марта 2021 г.
  161. ^ «Эксклюзив: Оксфордское исследование показывает, что AstraZeneca эффективна против бразильского варианта, сообщает источник» . Рейтер . Рио де Жанейро. 8 марта 2021 г. Архивировано из оригинала 9 марта 2021 г. Проверено 9 марта 2021 г.
  162. ↑ Симойнс Э., Гайер Р. (8 марта 2021 г.). «CoronaVac e Oxford são eficazes contravariate de Manaus, dizem Laboratorios» [CoronaVac и Oxford эффективны против варианта Манауса, говорят лаборатории]. UOL Notícias (на португальском языке). Рейтер Бразилия. Архивировано из оригинала 8 марта 2021 года . Проверено 9 марта 2021 г.
  163. ^ «Глобально доминирующий штамм Covid Delta, теперь распространившийся в 185 странах: ВОЗ» . 22 сентября 2021 г.
  164. ^ "Линии ПАНГО" . cov-lineages.org . Архивировано из оригинала 3 июня 2021 года . Проверено 18 апреля 2021 г.
  165. ↑ abcd Коши Дж. (8 апреля 2021 г.). «Коронавирус | Индийский штамм «двойного мутанта» под названием B.1.617» . Индус . Архивировано из оригинала 26 мая 2021 года . Проверено 10 апреля 2021 г.
  166. ^ «Вторая волна Индии, вызванная вариантами, совпала с резким увеличением числа зараженных самолетов, приземлившихся в Канаде» . Торонто Сан . 10 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 2 июня 2021 года . Проверено 10 апреля 2021 г.
  167. ^ «Еженедельные эпидемиологические новости о COVID-19» . Всемирная организация здравоохранения . 11 мая 2021 года. Архивировано из оригинала 11 мая 2021 года . Проверено 12 мая 2021 г.
  168. ^ «Штамм COVID-19, впервые обнаруженный в Индии, обнаружен на 53 территориях: ВОЗ» . www.aljazeera.com . Архивировано из оригинала 19 июня 2021 года . Проверено 27 мая 2021 г.
  169. ^ Мишра С., Миндерманн С., Шарма М., Уиттакер С., Меллан Т.А., Уилтон Т. и др. (1 сентября 2021 г.). «Изменение состава линий SARS-CoV-2 и появление варианта Дельта в Англии». Электронная клиническая медицина . 39 : 101064. doi : 10.1016/j.eclinm.2021.101064. ISSN  2589-5370. ПМЦ 8349999 . ПМИД  34401689. 
  170. ^ «Британские ученые предупреждают об индийском варианте коронавируса» . Рейтер . 7 мая 2021 г. Архивировано из оригинала 22 мая 2021 г. Проверено 7 мая 2021 г.
  171. ^ «Реакция эксперта на то, что VUI-21APR-02/B.1.617.2 классифицирован PHE как вариант, вызывающий беспокойство» . Научный медиацентр . 7 мая 2021 года. Архивировано из оригинала 13 июля 2021 года . Проверено 15 мая 2021 г.
  172. ^ Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии, технический брифинг 14 (PDF) (Брифинг). Общественное здравоохранение Англии. 3 июня 2021 г. GOV-8530. Архивировано (PDF) из оригинала 4 июля 2021 года . Проверено 26 июня 2021 г.
  173. ↑ Пирсон Х., Пуллен Л., Дао С. (11 июня 2021 г.). «AHS анализирует данные о вакцинации при вспышке варианта Дельта COVID-19 в больнице Калгари» . Глобальные новости . Архивировано из оригинала 12 июня 2021 года . Проверено 12 июня 2021 г.
  174. ↑ Шраер Р. (4 июня 2021 г.). «« Непальский вариант »: какая мутация мешает поездкам в Португалию из зеленого списка?» Новости BBC . Архивировано из оригинала 19 июня 2021 года . Проверено 18 июня 2021 г.
  175. ↑ Ачарья Б., Джамкхандикар С. (23 июня 2021 г.). «Объяснитель: Что такое дельта-вариант коронавируса с мутацией K417N?». Рейтер . Архивировано из оригинала 23 июня 2021 года . Проверено 23 июня 2021 г.
  176. ^ Варианты SARS-CoV-2, вызывающие обеспокоенность, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии, технический брифинг 17 (PDF) (Брифинг). Общественное здравоохранение Англии. 25 июня 2021 г. GOV-8576. Архивировано (PDF) оригинала 25 июня 2021 года . Проверено 26 июня 2021 г.
  177. ^ Шарма М. «Идентифицирован новый вариант SARS-CoV-2 «Дельта Плюс»; вот что мы знаем на данный момент» . Индия сегодня . Архивировано из оригинала 17 июня 2021 года . Проверено 16 июня 2021 г.
  178. ↑ Катлер С. (18 июня 2021 г.). «Непальский вариант: что мы узнали на данный момент». Разговор . Архивировано из оригинала 18 июня 2021 года . Проверено 18 июня 2021 г.
  179. ^ Тан JW, Оливер Т. (2021). «Внедрение южноафриканского варианта SARS-CoV-2 501Y.V2 в Великобританию». Журнал инфекции . 82 (4): e8–e10. дои : 10.1016/j.jinf.2021.01.007. ПМЦ 7813514 . ПМИД  33472093. 
  180. ^ «Индия заявляет, что новый вариант COVID вызывает беспокойство» . Рейтер . Бангалор. 22 июня 2021 года. Архивировано из оригинала 23 июня 2021 года . Проверено 23 июня 2021 г.
  181. ↑ Бисвас С (23 июня 2021 г.). «Дельта плюс: ученые говорят, что слишком рано говорить о риске варианта Covid-19». Новости BBC . Архивировано из оригинала 23 июня 2021 года . Проверено 23 июня 2021 г.
  182. ^ Робертс М. (19 октября 2021 г.). «Covid-19: новая мутация варианта Дельта под пристальным наблюдением в Великобритании». www.bbc.co.uk. _ Проверено 19 октября 2021 г.
  183. ^ «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2» . www.who.int . 7 июня 2022 года. Архивировано из оригинала 22 июня 2022 года . Проверено 23 июня 2022 г.
  184. ^ «Штамм COVID-19 в Южной Калифорнии быстро расширяет глобальный охват» . Отдел новостей Cedars-Sinai . Лос-Анджелес . 11 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 16 апреля 2021 года . Проверено 17 марта 2021 г.
  185. ^ Латиф А.А., Маллен Дж.Л., Алкузвени М., Цуенг Г., Кано М., Хааг Э. и др. (Центр биологии вирусных систем). «Отчет о происхождении B.1.429». вспышка.информация . Архивировано из оригинала 3 июля 2021 года . Проверено 28 мая 2021 г.
  186. ^ ab «Новый калифорнийский вариант может вызвать там всплеск вируса, как предполагает исследование» . Нью-Йорк Таймс . 19 января 2021 года. Архивировано из оригинала 9 июня 2021 года . Проверено 20 января 2021 г.
  187. ↑ Азад А (17 марта 2021 г.). «Штаммы коронавируса, впервые обнаруженные в Калифорнии, официально являются «вариантами, вызывающими беспокойство», — заявили в CDC». CNN . Архивировано из оригинала 6 июня 2021 года . Проверено 6 июня 2021 г.
  188. ^ Шен X, Тан Х, Паджон Р, Смит Дж, Гленн ГМ, Ши В и др. (июнь 2021 г.). «Нейтрализация SARS-CoV-2 вариантов B.1.429 и B.1.351». Медицинский журнал Новой Англии . 384 (24): 2352–2354. дои : 10.1056/NEJMc2103740 . ПМЦ 8063884 . ПМИД  33826819. 
  189. ^ «Классификации и определения вариантов SARS-CoV-2: обновлено 23 июня 2021 г.» . CDC.gov . Центры по контролю и профилактике заболеваний. 23 июня 2021 года. Архивировано из оригинала 29 июня 2021 года.
  190. ↑ abc Циммер С, Мандавилли А (14 мая 2021 г.). «Как Соединенные Штаты на данный момент победили варианты». Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 16 мая 2021 года . Проверено 17 мая 2021 г.
  191. ↑ Вадман М (23 февраля 2021 г.). «Штамм калифорнийского коронавируса может быть более заразным и смертельным». Новости науки . дои : 10.1126/science.abh2101. Архивировано из оригинала 1 мая 2021 года . Проверено 17 марта 2021 г.
  192. ↑ Ho C (28 февраля 2021 г.). «Работают ли тесты на коронавирус на вариантах?». Хроники Сан-Франциско . Архивировано из оригинала 24 июня 2021 года . Проверено 24 июня 2021 г.
  193. ^ «Местный штамм COVID-19 обнаружен более чем у трети пациентов Лос-Анджелеса» . новости мудрые (пресс-релиз). Калифорния: Медицинский центр Сидарс-Синай. 19 января 2021 года. Архивировано из оригинала 13 июня 2021 года . Проверено 3 марта 2021 г.
  194. ^ аб "B.1.429". Группа Рамбо, Эдинбургский университет . Родословная ПАНГО. 15 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 28 апреля 2021 года . Проверено 16 февраля 2021 г.
  195. ^ ab «Отчет о происхождении B.1.429». Исследование Скриппса . Вспышка.info. 15 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 9 июня 2021 года . Проверено 16 февраля 2021 г.
  196. ^ «Вариант COVID-19, впервые обнаруженный в других странах и штатах, теперь чаще встречается в Калифорнии» . Департамент общественного здравоохранения Калифорнии . Архивировано из оригинала 16 июня 2021 года . Проверено 30 января 2021 г.
  197. ^ Вайзе Э., Вайнтрауб К. «Новые штаммы COVID, быстро распространяющиеся по США, требуют тщательного наблюдения, говорят ученые». США сегодня . Архивировано из оригинала 4 марта 2021 года . Проверено 30 января 2021 г.
  198. ^ «Дельта-ПЦР-тест» [Дельта-ПЦР-тест] (на датском языке). Статенский институт сывороток. 25 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 7 февраля 2021 года . Проверено 27 февраля 2021 г.
  199. ^ ab «Варианты GISAID hCOV19 (см. пункт меню «G/484K.V3 (B.1.525)»)» . ГИСАИД . Архивировано из оригинала 23 июня 2021 года . Проверено 4 марта 2021 г.
  200. ^ ab «Статус рассмотрения вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2 (VOC) в Дании» [Статус разработки вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2 (VOC) в Дании] (на датском языке). Статенский институт сывороток. 27 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 27 августа 2021 года . Проверено 27 февраля 2021 г.
  201. ^ ab "Отчет о международном происхождении B.1.525" . cov-lineages.org . Команда Панго . 19 мая 2021 года. Архивировано из оригинала 9 июня 2021 года . Проверено 16 февраля 2021 г.
  202. ^ Робертс М. (16 февраля 2021 г.). «Еще один новый вариант коронавируса, обнаруженный в Великобритании». Новости BBC . Архивировано из оригинала 20 июня 2021 года . Проверено 16 февраля 2021 г.
  203. ^ «Министерство здравоохранения подтверждает обнаружение 2 мутаций SARS-CoV-2 в регионе 7» . Новости АБС-ЦБН . 18 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 3 мая 2021 года . Проверено 13 марта 2021 г.
  204. ↑ Сантос Э (13 марта 2021 г.). «Министерство здравоохранения сообщает о варианте COVID-19, «уникальном» для PH, это первый случай бразильского варианта». CNN Филиппины . Архивировано из оригинала 16 марта 2021 года . Проверено 17 марта 2021 г.
  205. ^ «Министерство здравоохранения подтверждает новый вариант COVID-19, впервые обнаруженный при ЛГ, первый случай бразильского варианта» . Новости АБС-ЦБН . 13 марта 2021 г. Архивировано из оригинала 2 мая 2021 г. Проверено 13 марта 2021 г.
  206. ^ "PH обнаружил новый вариант COVID-19 раньше, чем Япония, уточняет эксперт" . CNN Филиппины . 13 марта 2021 года. Архивировано из оригинала 17 марта 2021 года . Проверено 17 марта 2021 г.
  207. ^ «Япония обнаруживает новый вариант коронавируса у путешественника, прибывшего из PH» . CNN Филиппины . 13 марта 2021 года. Архивировано из оригинала 16 марта 2021 года . Проверено 21 марта 2021 г.
  208. ^ «Великобритания сообщает о двух случаях варианта COVID-19, впервые обнаруженного на Филиппинах» . АБС-КБН . 17 марта 2021 года. Архивировано из оригинала 18 марта 2021 года . Проверено 21 марта 2021 г.
  209. ^ «Covid-19: Саравак обнаруживает вариант, зарегистрированный на Филиппинах» . 30 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 1 мая 2021 года . Проверено 30 апреля 2021 г.
  210. ↑ Мандавилли А (24 февраля 2021 г.). «Новый вариант коронавируса распространяется в Нью-Йорке, сообщают исследователи». Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 26 апреля 2021 года . Проверено 22 апреля 2021 г.
  211. ^ Еженедельная эпидемиологическая информация о COVID-19 – 27 апреля 2021 г. (отчет о ситуации). Всемирная организация здравоохранения. 27 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 14 июня 2021 года . Проверено 14 июня 2021 г.
  212. ↑ Le Page M (4 июня 2021 г.). «Индийский вариант Covid-19 (B.1.617)». Новый учёный . Архивировано из оригинала 23 июня 2021 года . Проверено 8 июня 2021 г.
  213. ↑ Нуки П., Ньюи С. (16 апреля 2021 г.). «Прибытие в Индию «двойной мутации» усугубляет различные проблемы, но угроза остается неясной». Телеграф . ISSN  0307-1235. Архивировано из оригинала 21 июня 2021 года . Проверено 17 апреля 2021 г.
  214. ^ «Коронавирус Covid 19: ультраконтагиозный вариант лямбда обнаружен в Австралии» . Вестник Новой Зеландии . Архивировано из оригинала 6 июля 2021 года . Проверено 6 июля 2021 г.
  215. ^ «COVID-19: вариант Лямбда может быть более устойчивым к вакцинам, чем другие штаммы» . Вион . Архивировано из оригинала 6 июля 2021 года . Проверено 6 июля 2021 г.
  216. ^ «Лямбда-вариант: какой новый штамм Covid обнаружен в Великобритании?». Независимый . 6 июля 2021 года. Архивировано из оригинала 6 июля 2021 года . Проверено 6 июля 2021 г.
  217. ^ «Что такое Му-вариант COVID-19?» www.abc.net.au. _ 1 сентября 2021 года. Архивировано из оригинала 1 сентября 2021 года . Проверено 1 сентября 2021 г.
  218. ^ О'Нил Л. (3 сентября 2021 г.). «Му: все, что вам нужно знать о новом интересующем варианте коронавируса». Разговор . Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
  219. ^ ab «Обнаружение варианта шиповидного белка SARS-CoV-2 P681H в Нигерии». Вирусологический . 23 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 13 июня 2021 года . Проверено 1 января 2021 г.
  220. ^ "Происхождение B.1.1.207". cov-lineages.org . Команда Панго . Архивировано из оригинала 27 января 2021 года . Проверено 11 марта 2021 г.
  221. ^ «Путешественникам из Квинсленда продлили карантин в отеле после обнаружения российского варианта коронавируса» . www.abc.net.au. _ 3 марта 2021 года. Архивировано из оригинала 3 марта 2021 года . Проверено 3 марта 2021 г.
  222. ↑ Коши Дж. (21 апреля 2021 г.). «Новый вариант коронавируса обнаружен в Западной Бенгалии». www.thehindu.com . Архивировано из оригинала 26 мая 2021 года . Проверено 23 апреля 2021 г.
  223. ^ «Что такое новый «тройной мутантный вариант» вируса Covid-19, обнаруженный в Бенгалии? Насколько он плох?» www.indiatoday.in . Архивировано из оригинала 28 апреля 2021 года . Проверено 23 апреля 2021 г.
  224. ^ "Происхождение ПАНГО Lineage B.1.618" . cov-lineages.org . Архивировано из оригинала 14 мая 2021 года . Проверено 23 апреля 2021 г.
  225. ^ «Обнаружение новых вариантов SARS-CoV-2 в сточных водах Нью-Йорка» . Университет Миссури . Проверено 10 марта 2022 г.
  226. ^ аб Смит Д.С., Трухильо М., Грегори Д.А., Чунг К., Гао А., Грэм М. и др. (3 февраля 2022 г.). «Отслеживание загадочных линий SARS-CoV-2, обнаруженных в сточных водах Нью-Йорка». Природные коммуникации . 13 (1): 635. Бибкод : 2022NatCo..13..635S. дои : 10.1038/s41467-022-28246-3. ISSN  2041-1723. ПМЦ 8813986 . ПМИД  35115523. 
  227. ↑ Браун Э (4 января 2022 г.). «Что мы знаем о варианте COVID B.1.640.2 IHU с 46 мутациями». Newsweek . Архивировано из оригинала 5 января 2022 года . Проверено 5 января 2022 г.
  228. ↑ Фрейнд А (7 января 2022 г.). «Коронавирус: эксперты в области здравоохранения не встревожены вариантом, выявленным во Франции». Немецкая волна . Архивировано из оригинала 7 января 2022 года . Проверено 8 января 2022 г.
  229. ^ аб Фрейнд А (4 января 2022 г.). «Новый вариант коронавируса выявлен во Франции». Немецкая волна . Архивировано из оригинала 5 января 2022 года . Проверено 5 января 2022 г.
  230. ^ аб бенгальский S (5 января 2022 г.). «Вариант, обнаруженный во Франции, не вызывает беспокойства, — говорят в ВОЗ». Нью-Йорк Таймс . ISSN  0362-4331. Архивировано из оригинала 6 января 2022 года . Проверено 5 января 2022 г.
  231. ^ «Отслеживание вариантов SARS-CoV-2» . Всемирная организация здравоохранения . Архивировано из оригинала 25 ноября 2021 года . Проверено 5 января 2022 г.
  232. ^ Кобб Э (6 января 2022 г.). «Вариант коронавируса IHU «на нашем радаре», но не является угрозой, заявляет Всемирная организация здравоохранения». Новости CBS . Архивировано из оригинала 7 января 2022 года . Проверено 8 января 2022 г.
  233. ↑ Чатурведи А (4 января 2022 г.). «Новый вариант Covid-19 IHU, обнаруженный во Франции, имеет больше мутаций, чем Омикрон». Индостан Таймс . Архивировано из оригинала 5 января 2022 года . Проверено 5 января 2022 г.
  234. ^ «COVID-19: Новый вариант, B.1.640.2, обнаружен во Франции - исследование» . «Джерузалем Пост» . Архивировано из оригинала 4 января 2022 года . Проверено 4 января 2022 г.
  235. ^ «Что такое вариант Covid Дельтакрон и где он был найден?». Хранитель . 11 марта 2022 г. Проверено 18 апреля 2022 г.
  236. ↑ Лапид Н. (9 марта 2022 г.). «Идентифицирован вариант, сочетающий в себе Дельту и Омикрон; собаки чуют вирус с высокой точностью». Рейтер . Проверено 18 апреля 2022 г.
  237. ^ «COVID-19, Украина и другие глобальные чрезвычайные ситуации в области здравоохранения, стенограмма виртуальной пресс-конференции - 16 марта 2022 г.» . www.who.int . Проверено 24 апреля 2022 г.
  238. ^ Снайдер М. «Возможно, существует новый вариант COVID, Дельтакрон. Вот что мы о нем знаем». США СЕГОДНЯ . Проверено 24 апреля 2022 г.
  239. ^ ab Колсон П., Фурнье П., Делерс Дж., Миллион М., Бедотто М., Хухамди Л. и др. (16 марта 2022 г.). «Культивирование и идентификация SARS-CoV-2 «Дельтамикрон» в кластере из трех случаев на юге Франции». стр. 3739–3749. medRxiv 10.1101/2022.03.03.22271812v2 . 
  240. ^ «Дельта (AY.4) и BA.1 рекомбинантные во Франции/Дании [~30 сек, изолированы/пересечены в Веро] · Проблема № 444 · cov-lineages/pango-обозначение». Гитхаб . Проверено 24 апреля 2022 г.
  241. ^ О'Нил Л. (21 марта 2022 г.). «Дельтакрон: что ученые знают об этом новом гибридном коронавирусе». Разговор . Проверено 18 апреля 2022 г.
  242. ↑ Сундаравелу А (28 июля 2023 г.). «Ученые обнаружили у пациента «самый мутировавший» и «самый крайний» вариант Covid». Метро Новости . Проверено 28 июля 2023 г.
  243. ^ "新型コロナウイルス変異株とは | 日本医学臨床検査研究所" [Что такое новая мутация коронавируса | Японская медицинская лабораторная лаборатория]. Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
  244. ^ «Вариант: 21G (Лямбда)» . Коварианты . Архивировано из оригинала 21 июля 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
  245. ↑ Фрэнк Даймонд (7 августа 2021 г.). «Больше данных указывают на потенциальную летальность лямбда-варианта». Инфекционный контроль сегодня . Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
  246. ^ Кимура И., Косуги Ю., Ву Дж., Ямасоба Д., Бутлертанака Э.П., Танака Ю.Л. и др. (2021). «Вариант SARS-CoV-2 Lambda демонстрирует более высокую инфекционность и иммунную устойчивость». Отчеты по ячейкам . 38 (2): 110218. bioRxiv 10.1101/2021.07.28.454085 . дои : 10.1016/j.celrep.2021.110218. hdl : 2433/267436. ПМЦ 8683271 . PMID  34968415. S2CID  236520241. Архивировано из оригинала 16 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.  
  247. ^ abcdefg Greenwood M (15 января 2021 г.). «Какие мутации SARS-CoV-2 вызывают беспокойство?». Новости Медицинские науки о жизни . Архивировано из оригинала 16 января 2021 года . Проверено 16 января 2021 г.
  248. ↑ Тандель Д., Гупта Д., Сах В., Харшан К.Х. (30 апреля 2021 г.). «Вариант SARS-CoV-2 N440K обладает более высокой инфекционной пригодностью». bioRxiv 10.1101/2021.04.30.441434 . 
  249. ^ Бхаттачарджи С. (3 мая 2021 г.). «COVID-19 | Штамм AP как минимум в 15 раз более вирулентный». Индус . Архивировано из оригинала 10 мая 2021 года . Проверено 4 мая 2021 г.
  250. ^ «Вариант N440k Covid: мутант N440K в 10 раз более заразен, чем родительский штамм | Хайдарабадские новости» . Таймс оф Индия . 2 мая 2021 года. Архивировано из оригинала 30 августа 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
  251. Ссылки異株について （第13報）" [ Новые мутантные штаммы нового коронавируса (SARS-CoV) -2) Обеспокоенность по поводу повышения инфекционности и трансмиссивности, а также изменений антигенности (13-й отчет)]. Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
  252. ^ «Мутации шипа предположительно связаны со вспышкой на датских норковых фермах» . ГИСАИД . Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
  253. ^ "Университет Граца". www.uni-graz.at . Архивировано из оригинала 6 мая 2021 года . Проверено 22 февраля 2021 г.
  254. ^ «Коронавирус SARS-CoV-2 (ранее известный как Уханьский коронавирус и 2019-nCoV) – что мы можем узнать на структурном уровне биоинформатики» . Иннофор . 23 января 2020 г. Проверено 22 февраля 2021 г.
  255. ^ Сингх А., Стейнкельнер Г., Кёхл К., Грубер К., Грубер CC (февраль 2021 г.). «Серин 477 играет решающую роль во взаимодействии белка-шипа SARS-CoV-2 с человеческим рецептором ACE2». Научные отчеты . 11 (1): 4320. Бибкод : 2021NatSR..11.4320S. дои : 10.1038/s41598-021-83761-5 . ПМК 7900180 . ПМИД  33619331. 
  256. ^ «BioNTech: Мы стремимся индивидуализировать лекарство от рака» . БиоНТек . Архивировано из оригинала 18 июня 2021 года . Проверено 22 февраля 2021 г.
  257. ↑ Шроерс Б., Гудимелла Р., Букур Т., Рослер Т., Лоуэр М., Сахин У. (4 февраля 2021 г.). «Крупномасштабный анализ мутантов спайк-гликопротеина SARS-CoV-2 демонстрирует необходимость постоянного скрининга вирусных изолятов». bioRxiv 10.1101/2021.02.04.429765 . 
  258. ^ «Люди говорят о варианте «двойного мутанта» в Индии. Что это значит?». ЭНЕРГЕТИЧЕСКИЙ ЯДЕРНЫЙ РЕАКТОР . Архивировано из оригинала 27 апреля 2021 года . Проверено 27 апреля 2021 г. ...с научной точки зрения термин «двойной мутант» не имеет смысла, говорит Андерсен. «SARS-CoV-2 постоянно мутирует. Поэтому повсюду много двойных мутантов. Индийский вариант действительно не следует так называть».
  259. ↑ abc Мандавилли А, Мюллер Б (2 марта 2021 г.). «Почему варианты вирусов имеют такие странные названия». Нью-Йорк Таймс . ISSN  0362-4331. Архивировано из оригинала 20 июня 2021 года . Проверено 2 марта 2021 г.
  260. ^ "Мутация побега" . ВИЧ i-Base . 11 октября 2012 г. Архивировано из оригинала 9 мая 2021 г. . Проверено 19 февраля 2021 г.
  261. ^ Wise J (февраль 2021 г.). «Covid-19: мутация E484K и риски, которые она представляет». БМЖ . 372 : n359. дои : 10.1136/bmj.n359 . PMID  33547053. S2CID  231821685.
  262. ^ abc «Краткий отчет: новый вариант штамма SARS-CoV-2 выявлен у путешественников из Бразилии» (PDF) (пресс-релиз). Япония: НИИД (Национальный институт инфекционных заболеваний). 12 января 2021 г. Архивировано (PDF) из оригинала 15 января 2021 г. . Проверено 14 января 2021 г.
  263. ^ Исследование нового варианта SARS-CoV-2 202012/01, технический брифинг 5 (PDF) (брифинг). Общественное здравоохранение Англии. 2 февраля 2021 г. GW-1905. Архивировано (PDF) из оригинала 29 июня 2021 года . Проверено 14 июня 2021 г.
  264. ^ Грини А.Дж., Лоес А.Н., Кроуфорд К.Х., Старр Т.Н., Мэлоун К.Д., Чу Х.И. и др. (март 2021 г.). «Комплексное картирование мутаций в домене, связывающем рецептор SARS-CoV-2, которые влияют на распознавание поликлональными антителами плазмы человека». Клетка-хозяин и микроб . 29 (3): 463–476.e6. doi :10.1016/j.chom.2021.02.003. ПМЦ 7869748 . ПМИД  33592168. 
  265. ^ Купфершмидт К. (январь 2021 г.). «Новые мутации порождают призрак «побега от иммунитета»». Наука . 371 (6527): 329–330. Бибкод : 2021Sci...371..329K. дои : 10.1126/science.371.6527.329 . ПМИД  33479129.
  266. ↑ Реттнер Р. (2 февраля 2021 г.). «Вариант британского коронавируса развивает мутацию, уклоняющуюся от вакцинации. В нескольких случаях вариант британского коронавируса развивал мутацию под названием E484K, которая может повлиять на эффективность вакцины». Живая наука . Архивировано из оригинала 2 февраля 2021 года . Проверено 2 февраля 2021 г.
  267. ↑ Ахенбах Дж., Бут В. (2 февраля 2021 г.). «Тревожная мутация коронавируса обнаружена в варианте из Великобритании и в некоторых образцах из США». Вашингтон Пост . Архивировано из оригинала 2 февраля 2021 года . Проверено 2 февраля 2021 г.
  268. ^ "東京五輪で"最凶"の「ラムダ株」が上陸 ワクチン効果は5分の1？" ["Лямбда-штамм" приземлился на Олимпийских играх в Токио, и эффект вакцины составляет одну пятую?]. гоо ニュース. Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
  269. ^ «Вариант Лямбда: более заразен и может ли избежать вакцинации? Объясняет вирусолог». Разговор . 21 июля 2021 года. Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
  270. ^ ab COG-UK Обновленная информация о мутациях SARS-CoV-2 Spike, представляющих особый интерес: Отчет 1 (PDF) (Отчет). Британский консорциум по геномике COVID-19 (COG-UK). 20 декабря 2020 г. с. 7. Архивировано из оригинала (PDF) 25 декабря 2020 года . Проверено 31 декабря 2020 г.
  271. ^ «Исследователи обнаруживают новый вариант вируса COVID-19 в Колумбусе, штат Огайо» . wexnermedical.osu.edu . 13 января 2021 года. Архивировано из оригинала 15 января 2021 года . Проверено 16 января 2021 г.
  272. ^ Ту Х, Авенариус М.Р., Кубатко Л., Хант М., Пан Х, Ру П и др. (26 января 2021 г.). «Отличные закономерности появления вариантов пиков SARS-CoV-2, включая N501Y, в клинических образцах в Колумбусе, штат Огайо». bioRxiv 10.1101/2021.01.12.426407 . 
  273. ^ «新たな変異ある「デルタ株」検出 感染力への影響分からず» [Обнаружение нового мутанта «Дельта-штамм». Влияние на инфекционность неизвестно]. NHKニュース. 31 августа 2021 года. Архивировано из оригинала 1 сентября 2021 года . Проверено 2 сентября 2021 г.
  274. ^ "「N501S 変異を有する新たなデルタ株（B.1.617.2 系統）の市中感染事例(国内第１例目)を確認」 ～医科歯科大 新型コロナウイルス全ゲノム解析プロジェクト 第８報～" [«Подтвержден случай внебольничной инфекции (первый случай в Японии) нового дельта-штамма (штамм B.1.617.2) с мутацией N501S» - 8-й отчет Проекта анализа полного генома нового коронавируса Медико-стоматологического университета -] (PDF) ) . Архивировано (PDF) из оригинала 30 августа 2021 года . Проверено 2 сентября 2021 г.
  275. ^ abcd Maison DP, Чинг Л.Л., Шикума СМ, ​​Неруркар В.Р. (январь 2021 г.). «Генетические характеристики и филогения последовательности гена S длиной 969 пар оснований SARS-CoV-2 с Гавайских островов раскрывают возникшую во всем мире мутацию P681H». bioRxiv 10.1101/2021.01.06.425497 .  Доступно под лицензией CC BY 4.0. Архивировано 16 октября 2017 г. на Wayback Machine .
  276. ↑ Корум Дж., Циммер С. (9 февраля 2021 г.). «Отслеживание вариантов коронавируса». Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 30 ноября 2021 года . Проверено 1 декабря 2021 г. Постоянно обновляется
  277. ↑ Шраер Р. (18 июля 2020 г.). «Коронавирус: мутации делают его более заразным?». Новости BBC . Архивировано из оригинала 30 декабря 2020 года . Проверено 3 января 2021 г.
  278. ^ «Новый, более заразный штамм COVID-19 теперь доминирует в глобальных случаях заражения вирусом: исследование» . www.medicalxpress.com . Архивировано из оригинала 17 ноября 2020 года . Проверено 16 августа 2020 г. .
  279. ^ Корбер Б., Фишер В.М., Гнанакаран С., Юн Х., Тейлер Дж., Абфальтерер В. и др. (август 2020 г.). «Отслеживание изменений в пике SARS-CoV-2: доказательства того, что D614G увеличивает инфекционность вируса COVID-19». Клетка . 182 (4): 812–827.e19. doi : 10.1016/j.cell.2020.06.043 . ПМЦ 7332439 . ПМИД  32697968. 
  280. ^ Хоу Ю.Дж., Чиба С., Хафманн П., Эре С., Курода М., Диннон К.Х. и др. (декабрь 2020 г.). «Вариант SARS-CoV-2 D614G демонстрирует эффективную репликацию ex vivo и передачу in vivo». Наука . 370 (6523): 1464–1468. Бибкод : 2020Sci...370.1464H. дои : 10.1126/science.abe8499. ПМЦ 7775736 . PMID  33184236. Неожиданная замена Asp614→Gly (D614G) в спайковом гликопротеине штаммов SARS-CoV-2, которая в настоящее время является наиболее распространенной формой во всем мире. 
  281. ^ Волц Э.М., Хилл В., Маккроун Дж.Т., Прайс А., Йоргенсен Д., О'Тул А. и др. (4 августа 2020 г.). «Оценка влияния мутации SARS-CoV-2 Spike D614G на трансмиссивность и патогенность». Клетка . 184 (1): 64–75.e11. дои : 10.1016/j.cell.2020.11.020. hdl : 10044/1/84079 . ПМК 7674007 . ПМИД  33275900. 
  282. ^ Бутовт Р., Билинска К., Фон Бартельд К.С. (октябрь 2020 г.). «Хемосенсорная дисфункция при COVID-19: интеграция генетических и эпидемиологических данных в вариант шипового белка D614G как способствующий фактор». ACS Химическая нейронаука . 11 (20): 3180–3184. дои : 10.1021/acschemneuro.0c00596 . ПМЦ 7581292 . ПМИД  32997488. 
  283. ^ аб Ходкрофт Э.Б., Домман Д.Б., Снайдер DJ, Огунтуйо К.Ю., Ван Дист М., Денсмор К.Х. и др. (21 февраля 2021 г.). «Появление в конце 2020 года нескольких линий белков Spike SARS-CoV-2, затрагивающих положение аминокислоты 677». medRxiv 10.1101/2021.02.12.21251658 . 
  284. ^ «Исследование выявило 7 новых выявленных вариантов COVID-19, циркулирующих в Соединенных Штатах» . ABC11 Роли-Дарем . 15 февраля 2021 года. Архивировано из оригинала 3 сентября 2021 года . Проверено 3 сентября 2021 г.
  285. ^ «Исследование показывает, что мутация P681H становится глобально распространенной среди последовательностей SARS-CoV-2» . Новости-Medical.net . 10 января 2021 года. Архивировано из оригинала 14 февраля 2021 года . Проверено 11 февраля 2021 г.
  286. ^ «Малайзия выявила новый штамм Covid-19, аналогичный штамму, обнаруженному в трех других странах» . «Стрейтс Таймс» . 23 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 23 декабря 2020 года . Проверено 10 января 2021 г. Тан Шри, доктор Нур Хишам Абдулла, сказал, что до сих пор неизвестно, является ли штамм, получивший название мутация «A701B», более заразным, чем обычно.
  287. ^ «Дутерте говорит, что Сулу обращается за помощью после того, как новый вариант COVID-19 обнаружен в соседнем Сабахе, Малайзия» . Новости ГМА . 27 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 3 января 2021 года . Проверено 10 января 2021 г.
  288. ^ abcd «Текущая ситуация и информация о мутации белка Spike Covid-19 в Малайзии». Кементериан Кесихатан Малайзия – Covid-19 Малайзия . 25 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 2 июля 2021 года . Проверено 15 января 2021 г.
  289. ^ abc «Мутация COVID-19 A701V распространяется на кластеры третьей волны» . focusmalaysia.my . 25 декабря 2020 года. Архивировано из оригинала 14 мая 2021 года . Проверено 13 мая 2021 г.
  290. ^ «Варианты проблем (VOC), B.1.524, B.1.525, южноафриканский B.1.351, STRAIN D614G, A701V, B1.1.7» . covid-19.moh.gov.my . 14 апреля 2021 года. Архивировано из оригинала 2 июля 2021 года . Проверено 15 мая 2021 г.
  291. ^ ab «Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии: Технический брифинг 39» (PDF) . gov.uk. _ Агентство безопасности здравоохранения Великобритании. 25 марта 2022 г. Архивировано (PDF) из оригинала 4 апреля 2022 г. . Проверено 6 апреля 2022 г.
  292. ^ «Еженедельный эпидемиологический обзор COVID-19: выпуск 84, опубликовано 22 марта 2022 г.» (PDF) . кто.инт . Всемирная организация здравоохранения. 2 марта 2022 г. Проверено 6 апреля 2022 г.
  293. ^ "Cov-Lineages". cov-lineages.org . Проверено 6 апреля 2022 г.
  294. ^ Буриони Р., Тополь Э.Дж. (июнь 2021 г.). «Достиг ли SARS-CoV-2 пика физической формы?». Природная медицина . 27 (8): 1323–24. дои : 10.1038/s41591-021-01421-7 . ПМИД  34155413.
  295. ^ ab Офис комиссара (23 февраля 2021 г.). «Обновление о коронавирусе (COVID-19): FDA выпускает правила, помогающие разработчикам медицинской продукции работать с вариантами вируса». Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) . Проверено 7 марта 2021 г.
  296. ↑ Релла С.А., Куликова Ю.А., Дермицакис Э.Т., Кондрашов Ф.А. (30 июля 2021 г.). «Степень передачи SARS-CoV-2 и вакцинация влияют на судьбу штаммов, устойчивых к вакцинам». Научные отчеты . 11 (1): 15729. doi : 10.1038/s41598-021-95025-3. ISSN  2045-2322. ПМЦ 8324827 . ПМИД  34330988. 
  297. ^ Ван Р., Чен Дж., Вэй Г.В. (декабрь 2021 г.). «Механизмы эволюции SARS-CoV-2, выявляющие мутации, устойчивые к вакцинам, в Европе и Америке» (PDF) . Журнал физической химии . 12 (49): 11850–11857. doi : 10.1021/acs.jpclett.1c03380. ПМЦ 8672435 . PMID  34873910. Архивировано (PDF) из оригинала 18 декабря 2021 года . Проверено 27 января 2022 г. 
  298. ^ «Результаты исследования показывают, что распространение Омикрона можно объяснить уклончивостью иммунитета, а не увеличением заразности». Новости-Medical.net . 5 января 2022 года. Архивировано из оригинала 21 января 2022 года . Проверено 17 января 2022 г.
  299. ^ Цао Ю, Ван Дж, Цзянь Ф, Сяо Т, Сун В, Исимайи А и др. (февраль 2022 г.). «Омикрон ускользает от большинства существующих антител, нейтрализующих SARS-CoV-2». Природа . 602 (7898): 657–663. дои : 10.1038/d41586-021-03796-6. ПМЦ 8866119 . PMID  35016194. S2CID  245455422. 
  300. ^ Лю Л., Икетани С., Го Ю, Чан Дж. Ф., Ван М., Лю Л. и др. (февраль 2022 г.). «Поразительное уклонение от антител, проявленное вариантом Омикрона SARS-CoV-2». Природа . 602 (7898): 676–681. дои : 10.1038/d41586-021-03826-3 . PMID  35016198. S2CID  245462866.
  301. ^ Мохсин М., Махмуд С. (май 2022 г.). «Вызывающий обеспокоенность вариант Omicron SARS-CoV-2: обзор его заразности, уклонения от иммунитета, повторного заражения и тяжести». Лекарство . 101 (19): e29165. дои : 10.1097/MD.0000000000029165. ПМЦ 9276130 . PMID  35583528. S2CID  248858919. 
  302. ^ «Как скоро после заражения COVID-19 вы сможете заразиться снова?». Новости АВС . 2 мая 2022 года. Архивировано из оригинала 9 июля 2022 года . Проверено 24 июня 2022 г.
  303. ^ «Вариант Омикрона: что вам нужно знать» . Центры по контролю и профилактике заболеваний . 20 декабря 2021 года. Архивировано из оригинала 27 января 2022 года . Проверено 27 января 2022 г.
  304. ^ Шин Д.Х., Смит Д.М., Чой Дж.Ю. (2022). «Вариант омикрон SARS-CoV-2, вызывающий беспокойство: все, что вы хотели знать об омикроне, но боялись спросить» . Медицинский журнал Йонсей . 63 (11): 977–983. дои : 10.3349/ymj.2022.0383. ПМЦ 9629902 . ПМИД  36303305. 
  305. ^ «Бустерная вакцина против COVID-19» . Управление по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA). 27 сентября 2022 года. Архивировано из оригинала 8 октября 2022 года . Проверено 8 октября 2022 г.
  306. ^ «Современные вакцины против COVID-19». Управление по контролю за продуктами и лекарствами США . 7 октября 2022 года. Архивировано из оригинала 7 октября 2022 года . Проверено 8 октября 2022 г.
  307. ^ «Вакцины Pfizer-BioNTech против COVID-19» . Управление по контролю за продуктами и лекарствами США . 3 октября 2022 года. Архивировано из оригинала 8 октября 2022 года . Проверено 8 октября 2022 г.
  308. ^ «Обновленные вакцины против COVID-19 для использования в США, начиная с осени 2023 года» . Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) . 15 июня 2023 г. Проверено 16 июня 2023 г. Всеобщее достояниеВ данную статью включен текст из этого источника, находящегося в свободном доступе .
  309. ^ Рекомендация по формуле вакцин против COVID-19 на 2023–2024 годы в США (отчет). FDA / CBER (VRBPAC). 16 июня 2023 г. Проверено 16 июня 2023 г.
  310. ^ Юрковецкий Л., Ван X, Паскаль К.Е., Томкинс-Тинч С., Ньялиле Т.П., Ван Ю. и др. (октябрь 2020 г.). «Структурный и функциональный анализ варианта шипового белка D614G SARS-CoV-2». Клетка . 183 (3): 739–751.e8. doi : 10.1016/j.cell.2020.09.032. ПМК 7492024 . ПМИД  32991842. 
  311. ^ Томсон EC, Розен Л.Е., Шепард Дж.Г., Спрэафико Р., да Силва Филипе А., Войцеховский Дж.А. и др. (март 2021 г.). «Циркулирующие варианты N439K с шипами SARS-CoV-2 сохраняют физическую форму, уклоняясь при этом от иммунитета, опосредованного антителами». Клетка . 184 (5): 1171–1187.e20. doi : 10.1016/j.cell.2021.01.037. ПМЦ 7843029 . ПМИД  33621484. 
  312. ↑ Смаут А (26 января 2021 г.). «Британия поможет другим странам отслеживать варианты коронавируса». Рейтер . Архивировано из оригинала 26 января 2021 года . Проверено 27 января 2021 г.
  313. ↑ Доннелли Л. (26 января 2021 г.). «Великобритания поможет секвенировать мутации Covid по всему миру, чтобы найти новые опасные варианты». Телеграф . Архивировано из оригинала 27 января 2021 года . Проверено 28 января 2021 г.
  314. ^ Галани А., Аализаде Р., Костакис М., Марку А., Алигизакис Н., Литрас Т. и др. (январь 2022 г.). «Данные наблюдения за сточными водами SARS-CoV-2 могут предсказать количество госпитализаций и госпитализаций в отделения интенсивной терапии». Наука об общей окружающей среде . 804 : 150151. Бибкод : 2022ScTEn.804o0151G. doi : 10.1016/j.scitotenv.2021.150151. ПМК 8421077 . ПМИД  34623953. 
  315. ^ Баайенс Дж.А., Зулли А., Отт И.М., Петроне М.Э., Альперт Т., Фовер Дж.Р. и др. (2 сентября 2021 г.). «Вариантная оценка распространенности SARS-CoV-2 в сточных водах с использованием количественного определения RNA-Seq». medRxiv 10.1101/2021.08.31.21262938 . 
  316. ↑ Хейнен Л., Эльсинга Г., Грааф М.Д., Моленкамп Р., Купманс MP, Медема Г. (26 марта 2021 г.). «Капельная цифровая RT-PCR для обнаружения вызывающих беспокойство вариантов SARS-CoV-2 в сточных водах». medRxiv 10.1101/2021.03.25.21254324v1 . 
  317. ^ Методы обнаружения и идентификации вариантов SARS-CoV-2. Европейский центр профилактики и контроля заболеваний, Всемирная организация здравоохранения (технический отчет). Стокгольм: Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 3 марта 2021 г. Диагностический скрининг известных ЛОС.
  318. ^ Варианты SARS-CoV-2, вызывающие беспокойство, и варианты, находящиеся на стадии расследования в Англии, технический брифинг 15 (PDF) (Брифинг). Общественное здравоохранение Англии. 11 июня 2021 г. GOV-8576. Архивировано (PDF) из оригинала 4 июля 2021 года . Проверено 15 июня 2021 г.
  319. ^ Оценка дальнейшего появления и потенциального воздействия вызывающего озабоченность варианта SARS-CoV-2 Omicron в контексте продолжающейся передачи вызывающего беспокойство варианта Delta в ЕС/ЕЭЗ, 18-е обновление (Технический отчет). Стокгольм: Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 15 декабря 2021 г. Приложения 1 и 2.
  320. ^ Купфершмидт К. (23 декабря 2020 г.). «Вариант для Великобритании привлекает внимание к роли пациентов с ослабленным иммунитетом в пандемии COVID-19». Наука . doi : 10.1126/science.abg2911. S2CID  234378594. Архивировано из оригинала 24 июня 2021 года . Проверено 25 февраля 2021 г.
  321. ↑ Сазерленд С (23 февраля 2021 г.). «Варианты COVID могут возникнуть у людей с нарушенной иммунной системой». Научный американец . Архивировано из оригинала 6 июня 2021 года . Проверено 25 февраля 2021 г.
  322. ^ Маккарти К.Р., Ренник Л.Дж., Намбулли С., Робинсон-Маккарти Л.Р., Бейн В.Г., Хайдар Г. и др. (март 2021 г.). «Периодические делеции в спайковом гликопротеине SARS-CoV-2 приводят к ускользанию антител». Наука . 371 (6534): 1139–1142. Бибкод : 2021Sci...371.1139M. дои : 10.1126/science.abf6950 . ПМЦ 7971772 . ПМИД  33536258. 
  323. ↑ Green ST, Cladi L (26 января 2021 г.). «Covid-19 и эволюционное давление – можем ли мы предсказать, какие генетические опасности скрываются за горизонтом?». БМЖ : n230. Архивировано из оригинала 8 июня 2021 года . Проверено 8 июня 2021 г.
  324. ↑ Джейкобс А (2 ноября 2021 г.). «Новое исследование показало, что у оленей в Айове обнаружена широко распространенная коронавирусная инфекция» . Нью-Йорк Таймс . Архивировано из оригинала 28 декабря 2021 года . Проверено 12 декабря 2021 г. Исследователи и сторонние эксперты охарактеризовали результаты исследования как тревожное событие в ходе пандемии. Широкое распространение инфекции среди наиболее распространенных видов диких животных Северной Америки может еще больше затруднить искоренение возбудителя, особенно если они станут резервуаром мутаций, которые в конечном итоге перекинутся обратно на человека. [...] они предупреждают охотников на оленей и других лиц, занимающихся оленями, о необходимости принятия мер предосторожности во избежание передачи инфекции. [...] Если бы вирус стал эндемичным для диких животных, таких как олени, он мог бы со временем развиться, стать более вирулентным, а затем заразить людей новым штаммом, способным уклониться от нынешнего набора вакцин.
  325. ^ Лассауньер Р., Фонагер Дж., Расмуссен М., Фрише А., Странд С., Расмуссен Т. и др. (10 ноября 2020 г.). Спайковые мутации SARS-CoV-2, возникающие у датской норки, их распространение на человека и данные нейтрализации ( Препринт ). Статенский институт сывороток . Архивировано из оригинала 10 ноября 2020 года . Проверено 11 ноября 2020 г.
  326. ^ «Обнаружение новых вариантов SARS-CoV-2, связанных с норками» (PDF) . ECDC.eu.​ Европейский центр профилактики и контроля заболеваний. 12 ноября 2020 г. Архивировано (PDF) из оригинала 8 января 2021 г. . Проверено 12 ноября 2020 г.
  327. ^ «Вариантный штамм SARS-CoV-2, связанный с норками - Дания» . Новости ВОЗ о вспышках болезней . 6 ноября 2020 г. Архивировано из оригинала 12 ноября 2020 г. . Проверено 19 марта 2021 г.
  328. ↑ Кевани С., Карстенсен Т. (19 ноября 2020 г.). «Датский вариант норки Covid, скорее всего, вымер», но спорная выбраковка продолжается» . Хранитель . Архивировано из оригинала 24 апреля 2021 года . Проверено 19 апреля 2021 г.
  329. ^ Ларсен Х.Д., Фонагер Дж., Ломхолт Ф.К., Далби Т., Бенедетти Г., Кристенсен Б. и др. (февраль 2021 г.). «Предварительный отчет о вспышке SARS-CoV-2 у норки и фермеров, выращивающих норок, связанной с распространением среди населения, Дания, июнь-ноябрь 2020 года». Евронаблюдение . 26 (5). дои : 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.5.210009. ПМЦ 7863232 . ПМИД  33541485. 

дальнейшее чтение

Внешние ссылки

У Схолии есть профиль варианта SARS-CoV-2 (Q104450895).
Поищите информацию о COVID в Викисловаре, бесплатном словаре.