stringtranslate.com

Негативики

Negativicutes — это класс бактерий в типе Bacillota , представители которого имеют своеобразную клеточную стенку с липополисахаридной внешней мембраной, которая окрашивается на грамотрицательный цвет , в отличие от большинства других представителей Bacillota . [ 1] Хотя несколько соседних видов Clostridia (бактерии firmicute) также окрашиваются на грамотрицательный цвет, белки, ответственные за необычную дидермальную структуру Negativicutes, на самом деле могли быть приобретены латерально от Pseudomonadota (ранее Proteobacteria). [1] [2] [3] [4] Для подтверждения происхождения дидермальной клеточной оболочки у Negativicutes необходимы дополнительные исследования.

Большинство представителей этого класса являются облигатными анаэробами и встречаются в таких местах обитания, как реки, озера и кишечник позвоночных. Они варьируются от сферических форм, таких как Megasphaera и Veillonella , до изогнутых палочек, типичных для селеномонады . Selenomonas имеет характерную форму полумесяца со жгутиками, вставленными на вогнутой стороне, в то время как Sporomusa похожа, но неподвижна. Их названия относятся к этой отличительной морфологии: selene означает луна, а musa означает банан . [5]

Таксономия

В настоящее время класс состоит из 32 валидно названных родов из трех порядков и четырех семейств. [6] [7] Порядки Veillonellales и Acidaminococcales содержат по одному семейству, Veillonellaceae и Acidaminococcaceae , соответственно, тогда как порядок Selenomonadales содержит два семейства, Selenomonadaceae и Sporomusaceae. [7]

Молекулярные сигнатуры

Исторически Negativicutes состояли из одного порядка, Selenomonadales, и двух семейств, Veillonellaceae и Acidaminococcaceae, на основе сходства последовательности гена 16S рРНК. [8] [5] Однако эти группировки не включали несколько членов в пределах Negativicutes, которые ответвлялись за пределы двух семейств. Текущий таксономический взгляд включает этих членов, которые были обоснованно отнесены к семействам Selenomonadaceae и Sporomusaceae в пределах исправленного порядка Selenomonadales. [7] Молекулярные маркеры в форме консервативных сигнатурных инделей (CSI) и белков (CSP) оправдывают существующие таксономические подразделения. Эти молекулярные маркеры обнаружены в каждом таксономическом ранге, и их распределение согласуется с наблюдаемым филогенетическим ветвлением. [9] [10]

Во многих работах предполагается, что Negativicutes следует переклассифицировать как порядок в пределах класса Clostridia , основываясь на близком филогенетическом ветвлении и наблюдении, что спорообразующие члены Negativicutes имеют схожие гены споруляции с Clostridia, и что оба окрашиваются грамотрицательно. [9] [10] Однако гетерогенность членов в пределах Negativicutes, а также распределение молекулярных сигнатур поддерживают точку зрения, что Negativicutes на самом деле являются независимым классом в пределах Bacillota, а Clostridia являются их ближайшими филогенетическими соседями. [5] [10 ] [11] [12] Кроме того, было обнаружено, что несколько CSI и CSP являются уникальными для всех Negativicutes, в то время как не было обнаружено ни одного CSI, общего как для Negativicutes, так и для Clostridia . [7]

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих постоянное место в номенклатуре (LPSN) [13] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) [14].

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ ab Sutcliffe IC (2010). «Перспектива архитектуры оболочки бактериальной клетки на уровне филума». Trends Microbiol . 18 (10): 464–470. doi :10.1016/j.tim.2010.06.005. PMID  20637628.
  2. ^ Gupta RS (2011). «Происхождение двудермальных (грамотрицательных) бактерий: давление отбора антибиотиков, а не эндосимбиоз, вероятно, привело к эволюции бактериальных клеток с двумя мембранами». Antonie van Leeuwenhoek . 100 (2): 171–182. doi :10.1007/s10482-011-9616-8. PMC 3133647 . PMID  21717204. 
  3. ^ Кэмпбелл С., Сатклифф И.К., Гупта Р.С. (2014). «Сравнительный протеомный анализ Acidaminococcus intestini подтверждает связь между биогенезом внешней мембраны у Negativicutes и Proteobacteria» (PDF) . Arch Microbiol . 196 (4): 307–310. doi :10.1007/s00203-014-0964-4. PMID  24535491. S2CID  253722630.
  4. ^ Tocheva EI, Matson EG, Morris DM, Moussavi F, Leadbetter JR, Jensen GJ (2011). «Ремоделирование пептидогликана и преобразование внутренней мембраны во внешнюю во время споруляции». Cell . 146 (5): 799–812. doi :10.1016/j.cell.2011.07.029. PMC 3176627 . PMID  21884938. 
  5. ^ abc Marchandin, H.; Teyssier, C.; Campos, J.; Jean-Pierre, H.; Roger, F.; Gay, B.; Carlier, J. -P.; Jumas-Bilak, E. (2009). "Negativicoccus succinicivorans gen. nov., sp. nov., изолированный из клинических образцов человека, исправленное описание семейства Veillonellaceae и описание Negativicutes classis nov., Selenomonadales ord. nov. и Acidaminococcaceae fam. nov. в бактериальном типе Firmicutes". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (6): 1271–1279. doi : 10.1099/ijs.0.013102-0 . PMID  19667386.
  6. ^ Sayers; et al. "Negativicutes". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 20.03.2013 .
  7. ^ abcd Кэмпбелл С, Адеолу М, Гупта РС (2015). «Геномная таксономическая структура для класса Negativicutes: разделение класса Negativicutes на порядки Selenomonadales emend., Acidaminococcales ord. nov. и Veillonellales ord. nov». Int J Syst Evol Microbiol . 65 (9): 3203–3215. doi : 10.1099/ijs.0.000347 . PMID  25999592.
  8. ^ Ludwig W, Schleifer KH, Whitman, WB (2009) Пересмотренная дорожная карта к типу Firmicutes. В: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, т. 3, 2-е изд., стр. 1–13. Ред. P. De Vos, GM Garrity, D. Jones, NR Krieg, W. Ludwig, FA Rainey, KH Schleifer & WB Whitman Springer-: New York.
  9. ^ ab Ютин Н, Гальперин М.Ю. (2013). «Геномное обновление филогении клостридий: грамотрицательные спорообразующие и другие неуместные клостридии». Environ Microbiol . 15 (10): 2631–2641. doi :10.1111/1462-2920.12173. PMC 4056668. PMID  23834245 . 
  10. ^ abc Vesth T, Ozen A, Andersen SC, Kaas RS, Lukjancenko O, Bohlin J, Nookaew I, Wassenaar TM, Ussery DW (2013). "Veillonella, Firmicutes: микробы, замаскированные под грамотрицательные бактерии". Stand Genomic Sci . 9 (2): 431–448. doi :10.4056/sigs.2981345. PMC 4062629. PMID  24976898 . 
  11. ^ Merchandin H, Jumas-Bilak E (2014) Семейство Veillonellaceae. В: The Prokaryotes, т. 7, 4-е изд., стр. 433–453. Ред. E. Rosenberg, E. DeLong, S. Lory, E. Stackebrandt & F. Thompson Springer-: Berlin, Heidelberg.
  12. ^ Yilmaz P, Parfrey LW, Yarza P, Gerken J, Pruesse E, Quast C, Schweer T, Peplies J, Ludwig W, Glöckner FO (2014). "Таксономические структуры SILVA и "All-species Living Tree Project (LTP)". Nucleic Acids Res . 42 (выпуск базы данных): D643–8. doi :10.1093/nar/gkt1209. PMC 3965112. PMID  24293649 . 
  13. ^ JP Euzéby. "Negativicutes". Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре (LPSN) . Получено 09.09.2022 .
  14. ^ Sayers; et al. "Negativicutes". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 2022-09-09 .
  15. ^ "The LTP" . Получено 20 ноября 2023 г. .
  16. ^ "Дерево LTP_all в формате newick" . Получено 20 ноября 2023 г. .
  17. ^ "LTP_08_2023 Release Notes" (PDF) . Получено 20 ноября 2023 г.
  18. ^ "GTDB release 08-RS214". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
  19. ^ "bac120_r214.sp_label". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
  20. ^ "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.