stringtranslate.com

Джулиан Паркхилл

Джулиан Паркхилл (родился в 1964 году) [4] — профессор бактериальной эволюции на кафедре ветеринарной медицины [8] Кембриджского университета . Ранее он занимал должность руководителя отдела геномики патогенов в Институте Уэллкома Сэнгера . [9] [10] [11] [12] [1] [13] [14]

Образование

Паркхилл получил образование в средней школе для мальчиков Вестклифф [4] , в Бирмингемском университете и в Бристольском университете , где в 1991 году [15] ему была присуждена степень доктора философии за исследования в области регуляции транскрипции оперона устойчивости к ртути [2] [3] [16] .

Карьера и исследования

Parkhill использует высокопроизводительное секвенирование и фенотипирование для изучения разнообразия и изменчивости патогенов , того, как они влияют на вирулентность и передачу, и что они говорят нам об эволюции патогенности и взаимодействии хозяина и патогена . [17] [18] [19] [20] [ 21] [22] [23] [24] [25] [26] [27] [28] [29] [ чрезмерное цитирование ] Исследования в лаборатории Parkill финансировались Wellcome Trust , Исследовательским советом по биотехнологии и биологическим наукам (BBSRC) [30] и Медицинским исследовательским советом (MRC) [ 31]

Награды и почести

Паркхилл был избран членом Академии медицинских наук (FMedSci) в 2009 году [32] и членом Американской академии микробиологии (FAAM) в 2012 году.

Доктор Джулиан Паркхилл в настоящее время является руководителем отдела геномики патогенов в Институте Сэнгера Wellcome Trust. За последние десять лет его группа проанализировала геномы многих бактерий, имеющих основополагающее значение для здоровья человека, включая возбудителей туберкулеза , чумы , брюшного тифа , коклюша , проказы , ботулизма , дифтерии и менингита , а также внутрибольничных патогенов, таких как Clostridioides difficile и MRSA , и пищевых патогенов, таких как Campylobacter jejuni , Salmonella Typhimurium и Yersinia enterocolitica . Их текущие исследования сосредоточены на применении методов высокопроизводительного секвенирования в микробиологии. В настоящее время они секвенируют очень большие коллекции бактериальных изолятов с широким географическим и временным распространением, связывая геномную изменчивость с эпидемиологией , приобретением лекарственной устойчивости и недавней эволюцией. Кроме того, они работают с местными и национальными группами клинической микробиологии, чтобы создать основу для переноса микробного секвенирования в клинические и медицинские исследования. Они также применяют технологии секвенирования к фенотипическим исследованиям, в частности, к мутагенезу транспозонов насыщения , транскриптомике и высокопроизводительному фенотипированию. Они широко сотрудничают, особенно с группами в развивающихся странах, где инфекционные заболевания являются эндемичными . [33]

Паркхилл был избран членом Королевского общества (FRS) в 2014 году [34] , в его свидетельстве об избрании говорится:

Джулиан Паркхилл сыграл важную роль в определении референтных последовательностей генома многих ключевых бактериальных патогенов , включая Mycobacterium tuberculosis , Yersinia pestis и Salmonella typhi . Помимо предоставления полных каталогов арсенала генов, переносимых каждой бактерией, работа Паркхилла привела к важным знаниям о том, как развиваются бактериальные геномы и каков эффект вариации в предположительно однородных бактериальных популяциях. Параллельно были разработаны инструменты для понимания и визуализации геномных данных, которые свободно распространяются по всему миру. Более десятилетия Паркхилл находится на переднем крае бактериальной геномики, совсем недавно применив новые высокопроизводительные технологии секвенирования для изучения эволюции и передачи бактериальных патогенов и обеспечения клинического использования этих подходов. [34]

Ссылки

  1. ^ ab Публикации Джулиана Паркхилла, проиндексированные Google Scholar
  2. ^ ab Parkhill, J; Brown, NL (1990). "Сайт-специфические инсерционные и делеционные мутанты в области промотора-оператора mer Tn501; спейсер из девятнадцати пар оснований необходим для нормальной индукции промотора MerR". Nucleic Acids Research . 18 (17): 5157–62. doi :10.1093/nar/18.17.5157. PMC  332137 . PMID  2169606.
  3. ^ ab Brown, NL; Camakaris, J; Lee, BT; Williams, T; Morby, AP; Parkhill, J; Rouch, DA (1991). «Бактериальная устойчивость к ртути и меди». Журнал клеточной биохимии . 46 (2): 106–14. doi :10.1002/jcb.240460204. PMID  1717500. S2CID  40277026.
  4. ^ abcd Anon (2015). "Parkhill, Prof Julian" . Who's Who (онлайн-издание Oxford University Press  ). A & C Black. doi :10.1093/ww/9780199540884.013.U281946. (Требуется подписка или членство в публичной библиотеке Великобритании.)
  5. ^ Резерфорд, К.; Паркхилл, Дж.; Крук, Дж.; Хорснелл, Т.; Райс, П.; Раджендрим, М.-А.; Баррелл, Б. (2000). «Артемида: Визуализация и аннотация последовательностей». Биоинформатика . 16 (10): 944–5. doi : 10.1093/bioinformatics/16.10.944 . PMID  11120685.
  6. ^ Карвер, Т.; Берриман, М.; Тивей, А.; Патель, К.; Бёме, У.; Баррелл, Б.Г.; Паркхилл, Дж.; Раджандрим, МА (2008). «Artemis и ACT: просмотр, аннотирование и сравнение последовательностей, хранящихся в реляционной базе данных». Биоинформатика . 24 (23): 2672–6. doi :10.1093/bioinformatics/btn529. PMC 2606163. PMID  18845581 . 
  7. ^ Карвер, Т.; Харрис, SR; Берриман, M.; Паркхилл, J.; МакКуиллан, JA (2011). «Artemis: интегрированная платформа для визуализации и анализа высокопроизводительных экспериментальных данных на основе последовательностей». Биоинформатика . 28 (4): 464–469. doi :10.1093/bioinformatics/btr703. PMC 3278759. PMID  22199388 . 
  8. ^ "Профессор Джулиан Паркхилл". www.vet.cam.ac.uk. ​4 июня 2021 г. Проверено 10 июня 2023 г.
  9. ^ "Профессор Джулиан Паркхилл, FRS, FMedSci, старший руководитель группы". Архивировано из оригинала 15 марта 2016 г.
  10. ^ Паркхилл, Дж. (2013). «Что высокопроизводительное секвенирование когда-либо сделало для нас?». Nature Reviews Microbiology . 11 (10): 664–5. doi :10.1038/nrmicro3112. PMID  23979431. S2CID  28613490.
  11. ^ Публикации Джулиана Паркхилла, проиндексированные Microsoft Academic
  12. ^ Джулиан Паркхилл на библиографическом сервере DBLP
  13. ^ 57212237926 Публикации Джулиана Паркхилла, проиндексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
  14. ^ Профессор Джулиан Паркхилл посещает Wellcome Collection в Лондоне, чтобы раскрыть на YouTube научные основы генома
  15. ^ Паркхилл, Джулиан (1991). Регуляция транскрипции оперона устойчивости к ртути Tn501 (диссертация на соискание степени доктора философии). Университет Бристоля. OCLC  931563576. ProQuest  301408708.(требуется подписка)
  16. ^ Holden, MTG; Feil, E.; Lindsay, J.; Peacock, S.; Day, N.; Enright, M.; Foster, T.; Moore, C.; Hurst, L .; Atkin, R.; Barron, A.; Bason, N.; Bentley, SD; Chillingworth, C.; Chillingworth, T.; Churcher, C.; Clark, L.; Corton, C.; Cronin, A.; Doggett, J.; Dowd, L.; Feltwell, T.; Hance, Z.; Harris, B.; Hauser, H.; Holroyd, S.; Jagels, K.; James, KD; Lennard, N.; Line, A. (2004). «Полные геномы двух клинических штаммов Staphylococcus aureus: доказательства быстрой эволюции вирулентности и устойчивости к лекарствам». Труды Национальной академии наук . 101 (26): 9786–9791. Bibcode : 2004PNAS..101.9786H. doi : 10.1073 /pnas.0402521101 . PMC 470752. PMID  15213324.  Значок открытого доступа
  17. ^ Паркхилл, Дж.; Бирни, Э .; Керси, П. (2010). «Инфраструктура геномной информации после потопа». Genome Biology . 11 (7): 402. doi : 10.1186 /gb-2010-11-7-402 . PMC 2926780. PMID  20670392. 
  18. ^ Cole, ST; Brosch, R.; Parkhill, J.; Garnier, T.; Churcher, C.; Harris, D.; Gordon, SV; Eiglmeier, K.; Gas, S.; Barry, CE; Tekaia, F.; Badcock, K.; Basham, D.; Brown, D.; Chillingworth, T.; Connor, R.; Davies, R.; Devlin, K.; Feltwell, T.; Gentles, S.; Hamlin, N.; Holroyd, S.; Hornsby, T.; Jagels, K.; Krogh, A.; McLean, J.; Moule, S.; Murphy, L.; Oliver, K.; et al. (1998). «Расшифровка биологии Mycobacterium tuberculosis по полной последовательности генома». Nature . 393 (6685): 537–44. Bibcode : 1998Natur.393..537C. doi : 10.1038/31159 . PMID  9634230.
  19. ^ Бентли, SD; Чатер, KF; Серденьо-Таррага, A. -M.; Чаллис, GL; Томсон, NR; Джеймс, KD; Харрис, DE; Куэйл, MA; Кизер, H.; Харпер, D.; Бейтман, A.; Браун, S.; Чандра, G.; Чен, CW; Коллинз, M.; Кронин, A.; Фрейзер, A.; Гобл, A.; Идальго, J.; Хорнсби, T.; Ховарт, S.; Хуан, C. -H.; Кизер, T.; Ларке, L.; Мерфи, L.; Оливер, K.; О'Нил, S.; Раббинович, E.; Раджандрим, M. -A.; и др. (2002). "Полная последовательность генома модельного актиномицета Streptomyces coelicolor A3(2)". Nature . 417 (6885): 141–7. Bibcode :2002Natur.417..141B. doi : 10.1038/417141a . PMID  12000953. S2CID  4430218.
  20. ^ Цинь, Дж.; Ли, Р.; Раес, Дж.; Арумугам, М.; Бургдорф, Канзас; Маничан, К.; Нильсен, Т.; Понс, Н.; Левенес, Ф.; Ямада, Т.; Менде, ДР; Ли, Дж.; Сюй, Дж.; Ли, С.; Ли, Д.; Цао, Дж.; Ван, Б.; Лян, Х.; Чжэн, Х.; Се, Ю.; Тэп, Дж.; Лепаж, П.; Берталан, М.; Батто, Дж. М.; Хансен, Т.; Ле Паслье, Д.; Линнеберг, А.; Нильсен, HBR; Пеллетье, Э.; Рено, П. (2010). «Каталог генов микробов кишечника человека, созданный с помощью метагеномного секвенирования». Природа . 464 (7285): 59–65. Bibcode :2010Natur.464...59.. doi :10.1038/nature08821. PMC 3779803. PMID  20203603 . 
  21. ^ Parkhill, J.; Wren, BW; Mungall, K.; Ketley, JM; Churcher, C.; Basham, D.; Chillingworth, T.; Davies, RM; Feltwell, T.; Holroyd, S.; Jagels, K.; Karlyshev, AV; Moule, S.; Pallen, MJ; Penn, CW; Quail, MA; Rajandream, MA; Rutherford, KM; Van Vliet, AHM; Whitehead, S.; Barrell, BG (2000). "Последовательность генома пищевого патогена Campylobacter jejuni обнаруживает гипервариабельные последовательности". Nature . 403 (6770): 665–8. Bibcode :2000Natur.403..665P. doi : 10.1038/35001088 . PMID  10688204.
  22. ^ Коул, СТ; Эйглмейер, К.; Паркхилл, Дж.; Джеймс, КД; Томсон, Н.Р.; Уилер, ПР; Оноре, Н.; Гарнье, Т.; Чёрчер, К.; Харрис, Д.; Мангалл, К.; Башам, Д.; Браун, Д.; Чиллингворт, Т.; Коннор, Р.; Дэвис, Р.М.; Девлин, К.; Дютой, С.; Фелтвелл, Т.; Фрейзер, А.; Хэмлин, Н.; Холройд, С.; Хорнсби, Т.; Ягелс, К.; Лакруа, К.; Маклин, Дж.; Моул, С.; Мерфи, Л.; Оливер, К.; Куэйл, МА (2001). "Массовый распад генов в бацилле проказы". Nature . 409 (6823): 1007–1011. Bibcode : 2001Natur.409.1007C. doi : 10.1038/35059006. PMID  11234002. S2CID  4307207.
  23. ^ Parkhill, J.; Wren, BW; Thomson, NR; Titball, RW; Holden, MTG; Prentice, MB; Sebaihia, M.; James, KD; Churcher, C.; Mungall, KL; Baker, S.; Basham, D.; Bentley, SD; Brooks, K.; Cerdeño-Tárraga, AM; Chillingworth, T.; Cronin, A.; Davies, RM; Davis, P.; Dougan, G.; Feltwell, T.; Hamlin, N.; Holroyd, S.; Jagels, K.; Karlyshev, AV; Leather, S.; Moule, S.; Oyston, PCF; Quail, M.; et al. (2001). "Последовательность генома Yersinia pestis, возбудителя чумы". Nature . 413 (6855): 523–7. Библиографический код : 2001Natur.413..523P. doi : 10.1038/35097083 . PMID  11586360.
  24. ^ Parkhill, J.; Dougan, G .; James, KD; Thomson, NR; Pickard, D.; Wain, J.; Churcher, C.; Mungall, KL; Bentley, SD; Holden, MTG; Sebaihia, M.; Baker, S.; Basham, D.; Brooks, K.; Chillingworth, T.; Connerton, P.; Cronin, A.; Davis, P.; Davies, RM; Dowd, L.; White, N.; Farrar, J.; Feltwell, T.; Hamlin, N.; Haque, A.; Hien, TT; Holroyd, S.; Jagels, K.; Krogh, A.; et al. (2001). "Полная последовательность генома с множественной лекарственной устойчивостью Salmonella enterica серовара Typhi CT18". Nature . 413 (6858): 848–52. Bibcode : 2001Natur.413..848P. doi : 10.1038/35101607 . PMID  11677608.
  25. ^ Parkhill, J.; Achtman, M .; James, KD; Bentley, SD; Churcher, C.; Klee, SR; Morelli, G.; Basham, D.; Brown, D.; Chillingworth, T.; Davies, RM; Davis, P.; Devlin, K.; Feltwell, T.; Hamlin, N.; Holroyd, S.; Jagels, K.; Leather, S.; Moule, S.; Mungall, K.; Quail, MA; Rajandream, M. -A.; Rutherford, KM; Simmonds, M.; Skelton, J.; Whitehead, S.; Spratt, BG; Barrell, BG (2000). "Полная последовательность ДНК серогруппы a штамма Neisseria meningitidis Z2491". Nature . 404 (6777): 502–6. Bibcode : 2000Natur.404..502P. doi : 10.1038/35006655. PMID  10761919. S2CID  4430718.
  26. ^ Паркхилл, Дж.; Врен, Б. В. (2011). «Бактериальная эпидемиология и биология — уроки секвенирования генома». Genome Biology . 12 (10): 230. doi : 10.1186/gb-2011-12-10-230 . PMC 3333767. PMID  22027015 . 
  27. ^ Гарнье, Т.; Эйглмейер, К.; Камю, Ж. -К.; Медина, Н.; Мансур, Х.; Прайор, М.; Дютой, С.; Гронден, С.; Лакруа, К.; Монсемпе, К.; Саймон, С.; Харрис, Б.; Аткин, Р.; Доггетт, Дж.; Майес, Р.; Китинг, Л.; Уилер, ПР; Паркхилл, Дж.; Баррелл, Б.Г.; Коул, СТ; Гордон, С.В.; Хевинсон, РГ (2003). "Полная последовательность генома Mycobacterium bovis". Труды Национальной академии наук . 100 (13): 7877–82. Bibcode : 2003PNAS..100.7877G. doi : 10.1073/pnas.1130426100 . PMC 164681. PMID  12788972 . 
  28. ^ Паркхилл, Дж.; Себайхия, М.; Престон, А.; Мерфи, Л. Д.; Томсон, Н.; Харрис, Д. Э.; Холден, М. Т. Г.; Черчер, К. Мунгалл, К. Л.; Серденьо-Таррага, А. М.; Темпл, Л.; Джеймс, К.; Харрис, Б.; Куэйл, МА; Ахтман, М .; Аткин, Р.; Бейкер, С.; Башам, Д.; Бейсон, Н.; Черевач, И.; Чиллингворт, Т.; Коллинз, М.; Кронин, А.; Дэвис, П.; Доггетт, Дж.; Фелтвелл, Т.; Гобл, А.; Хэмлин, Н.; и др. (2003). «Сравнительный анализ последовательностей генома Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis и Bordetella bronchiseptica». Nature Genetics . 35 (1): 32–40. doi : 10.1038/ng1227 . PMID  12910271.
  29. ^ Field, D.; Garrity, G.; Gray, T.; Morrison, N.; Selengut, J.; Sterk, P.; Tatusova, T.; Thomson, N.; Allen, MJ; Angiuoli, SV; Ashburner, M.; Axelrod, N.; Baldauf, S.; Ballard, S.; Boore, J.; Cochrane, G.; Cole, J.; Dawyndt, P.; De Vos, P.; Depamphilis, C.; Edwards, R.; Faruque, N.; Feldman, R.; Gilbert, J.; Gilna, P.; Glöckner, FO; Goldstein, P.; Guralnick, R.; Haft, D.; et al. (2008). "Минимальная информация о спецификации последовательности генома (MIGS)". Nature Biotechnology . 26 (5): 541–7. doi :10.1038/nbt1360. PMC 2409278. PMID  18464787 . 
  30. ↑ Anon (2014). "Гранты, предоставленные Джулиану Паркхиллу BBSRC". BBSRC. Архивировано из оригинала 4 марта 2016 года.
  31. ↑ Anon (2014). "Гранты правительства Великобритании предоставлены Джулиану Пархиллу". Суиндон: Research Councils UK . Архивировано из оригинала 21 апреля 2015 г.
  32. ^ "Fellow | Academy of Medical Sciences". Acmedsci.ac.uk . Архивировано из оригинала 18 ноября 2016 . Получено 18 ноября 2016 .
  33. ^ "Julian Parkhill". Academy.asm.org . Архивировано из оригинала 16 февраля 2016 . Получено 18 ноября 2016 .
  34. ^ ab Anon (2014). "Профессор Джулиан Паркхилл FMedSci FRS". Лондон: Королевское общество . Архивировано из оригинала 17 ноября 2015 года.Одно или несколько из предыдущих предложений включают текст с сайта royalsociety.org, где:

    "Весь текст, опубликованный под заголовком "Биография" на страницах профиля члена, доступен по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International ." -- "Условия, положения и политика Королевского общества". Архивировано из оригинала 25 сентября 2015 г. Получено 9 марта 2016 г.{{cite web}}: CS1 maint: бот: исходный статус URL неизвестен ( ссылка )

На сайте Scholia имеется профиль автора Джулиана Паркхилла .