stringtranslate.com

Ричард М. Дурбин

Ричард Майкл Дурбин , член Королевского Королевского общества [17] (родился в 1960 году) [15] — британский вычислительный биолог [18] [19] [2] и профессор генетики имени Аль-Кинди в Кембриджском университете . [20] [21] [22] [23] Он также является ассоциированным членом факультета в Институте Уэллкома Сенгера , где ранее был старшим руководителем группы. [24] [25] [26] [27]

Образование

Дурбин получил образование в школе The Hall School в Хэмпстеде [ требуется ссылка ] и Highgate School в Лондоне. [15] После участия в Международной математической олимпиаде 1978/9 [28] он продолжил обучение в Кембриджском университете, который окончил в 1982 году [29] с отличием второй степени в Cambridge Mathematical Tripos . После окончания университета он продолжил обучение в аспирантуре [3] в колледже Святого Иоанна в Кембридже [15], изучая развитие и организацию нервной системы Caenorhabditis elegans , одновременно работая в Лаборатории молекулярной биологии (LMB) в Кембридже под руководством Джона Грэма Уайта [3 ]

Карьера и исследования

Ранние работы Дурбина включали разработку основного программного обеспечения для одного из первых детекторов рентгеновской кристаллографии [30] и конфокального микроскопа MRC Biorad , а также вклад в нейронное моделирование. [31] [32]

Затем он возглавил информатику для проекта генома Caenorhabditis elegans [33] и вместе с Жаном Тьерри-Мигом разработал базу данных генома AceDB , которая впоследствии превратилась в веб-ресурс WormBase . После этого он сыграл важную роль в сборе данных и интерпретации последовательности генома человека. [34]

Он разработал многочисленные методы для анализа вычислительной последовательности . [35] [36] К ним относятся поиск генов (например, GeneWise) с Эваном Бирни [37] и скрытые марковские модели для выравнивания и сопоставления белков и нуклеиновых кислот (например, HMMER ) с Шоном Эдди и Грэмом Митчисоном. Стандартный учебник по анализу биологической последовательности, написанный в соавторстве с Шоном Эдди , Андерсом Крогом и Грэмом Митчисоном [16], описывает часть этой работы. Используя эти методы, Дурбин работал с коллегами над созданием ряда важных ресурсов геномных данных, включая базу данных семейства белков Pfam , [38] базу данных геномов Ensembl , [39] и базу данных семейства генов TreeFam . [9]

Совсем недавно Дурбин вернулся к секвенированию и разработал подходы с низким охватом для секвенирования популяционного генома, впервые примененные к дрожжам, [40] [41] и стал одним из лидеров в применении новой технологии секвенирования для изучения вариаций генома человека. [42] [43] В настоящее время Дурбин является одним из руководителей международного проекта «1000 геномов», направленного на характеристику вариаций вплоть до частоты аллелей 1% в качестве основы для генетики человека.

Награды и почести

Дурбин был одним из лауреатов премии Малларда Королевского общества в 1994 году (за работу над конфокальным микроскопом ), получил премию лорда Ллойда Килгеррана Фонда науки и технологий в 2004 году, был избран членом Королевского общества (FRS) в 2004 году [17] и членом Европейской организации молекулярной биологии (EMBO) в 2009 году. Королевское общество наградило Дурбина медалью Габора в 2017 году за его вклад в вычислительную биологию. [44] В 2023 году он получил Международную премию по биологии за свою работу по биологии геномов.

В сертификате об избрании Дурбина в Королевское общество говорится:

Дурбин известен своим весомым вкладом в вычислительную биологию. В частности, он сыграл ведущую роль в создании новой области биоинформатики. Это позволяет обрабатывать биологические данные в беспрецедентных масштабах, что позволяет геномике процветать. Он руководил анализом генома C. elegans и совместно с Тьерри-Мигом разработал программное обеспечение для базы данных AceDB . В международном геномном проекте он руководил анализом генов, кодирующих белки. Он представил ключевые вычислительные инструменты в программном обеспечении и обработке данных. Его база данных Pfam позволила идентифицировать домены в новых последовательностях белков ; она использовала скрытые марковские модели, в подход, в котором он в целом привнес строгость и который привел к моделям ковариации для последовательности РНК . [45]

Личная жизнь

Дурбин — сын Джеймса Дурбина , женат на Джули Арингер , учёном из Института Гердона . У них двое детей. [15]

Ссылки

  1. ^ "EMBO приветствует в качестве членов 66 ведущих ученых-биологов". biochemist.org .
  2. ^ ab Публикации Ричарда М. Дурбина, проиндексированные Google Scholar
  3. ^ abc Дурбин, Ричард (1987). Исследования развития и организации нервной системы Caenorhabditis elegans. cam.ac.uk (диссертация на степень доктора философии). Кембриджский университет. OCLC  499178924. EThOS  uk.bl.ethos.233920.
  4. ^ Бирни, Эван (2000). Выравнивание последовательностей в биоинформатике. cam.ac.uk (диссертация на степень доктора философии). Кембриджский университет. OCLC  894597337. EThOS  uk.bl.ethos.621653.
  5. ^ Эдди, SR; Митчисон, G; Дурбин, R (1995). «Максимальная дискриминация скрытых марковских моделей консенсуса последовательностей». Журнал вычислительной биологии . 2 (1): 9–23. doi :10.1089/cmb.1995.2.9. PMID  7497123.
  6. ^ Эдди, SR; Дурбин, R (1994). «Анализ последовательности РНК с использованием ковариационных моделей». Nucleic Acids Research . 22 (11): 2079–88. doi :10.1093/nar/22.11.2079. PMC 308124. PMID  8029015 . 
  7. ^ Ли, Х.; Дурбин, Р. (2009). «Быстрое и точное выравнивание коротких прочтений с помощью преобразования Барроуза–Уиллера». Биоинформатика . 25 (14): 1754–1760. doi :10.1093/ bioinformatics /btp324. PMC 2705234. PMID  19451168. 
  8. ^ Ли, Х .; Руан, Дж.; Дурбин, Р. (2008). «Картирование коротких прочтений секвенирования ДНК и вызов вариантов с использованием оценок качества картирования». Genome Research . 18 (11): 1851–1858. doi :10.1101/gr.078212.108. PMC 2577856. PMID  18714091 . 
  9. ^ ab Li, H. ; Coghlan, A.; Ruan, J.; Coin, LJ; Hériché, JK; Osmotherly, L.; Li, R.; Liu, T.; Zhang, Z.; Bolund, L.; Wong, GK; Zheng, W.; Dehal, P.; Wang, J.; Durbin, R. (2006). "TreeFam: кураторская база данных филогенетических деревьев семейств генов животных". Nucleic Acids Research . 34 (90001): D572–D580. doi :10.1093/nar/gkj118. PMC 1347480 . PMID  16381935. 
  10. ^ "Хэн Ли признает заслуги Дурбина в получении премии Франклина". bio-itworld.com. Архивировано из оригинала 27 февраля 2013 г.
  11. ^ Bateman, A. ; Coin, L.; Durbin, R.; Finn, RD; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxon, S.; Sonnhammer, EL; Studholme, DJ; Yeats, C.; Eddy, SR (2004). "База данных семейств белков Pfam". Nucleic Acids Research . 32 (выпуск базы данных): 138D–1141. doi :10.1093/nar/gkh121. ISSN  0305-1048. PMC 308855 . PMID  14681378.  Значок открытого доступа
  12. ^ Bateman, A. ; Birney, E. ; Cerruti, L.; Durbin, R.; Etwiller, L.; Eddy, S. ; Griffiths-Jones, S.; Howe, K.; Marshall, M.; Sonnhammer, EL (2002). "База данных семейств белков Pfam". Nucleic Acids Research . 30 (1): 276–280. doi :10.1093/nar/30.1.276. PMC 99071 . PMID  11752314. 
  13. ^ Bateman, A; Birney, E; Durbin, R; Eddy, SR; Howe, KL; Sonnhammer, EL (2000). "База данных семейств белков Pfam". Nucleic Acids Research . 28 (1): 263–6. doi :10.1093/nar/28.1.263. PMC 102420. PMID  10592242 . 
  14. ^ Bateman, A.; Birney, E .; Durbin, R.; Eddy, S .; Finn, R.; Sonnhammer, E. (1999). "Pfam 3.1: 1313 множественные выравнивания и профили HMM соответствуют большинству белков". Nucleic Acids Research . 27 (1): 260–262. doi :10.1093/nar/27.1.260. PMC 148151. PMID  9847196. 
  15. ^ abcdef Anon (2016). "Durbin, Richard Michael" . Who's Who (онлайн-издание через Oxford University Press  ed.). A & C Black. doi :10.1093/ww/9780199540884.013.U45024. (Требуется подписка или членство в публичной библиотеке Великобритании.)
  16. ^ ab Дурбин, Ричард М.; Эдди, Шон Р.; Крог , Андерс ; Митчисон, Грэм (1998), Анализ биологических последовательностей: вероятностные модели белков и нуклеиновых кислот (1-е изд.), Кембридж, Нью-Йорк: Cambridge University Press , ISBN 0-521-62971-3, OCLC  593254083
  17. ^ ab "Professor Richard Durbin FRS Fellow". Лондон: Королевское общество . Архивировано из оригинала 19 ноября 2015 г.
  18. ^ anon. "Durbin, Richard". sanger.ac.uk . Получено 2 января 2019 г. .
  19. ↑ Ричард Дурбин в Twitter
  20. ^ Ричард М. Дурбин на сервере библиографии DBLP
  21. ^ "Почетные профессора". Cambridge University Reporter . CXLV (5). Кембриджский университет. 12 декабря 2014 г. Архивировано из оригинала 15 марта 2015 г.
  22. ^ Анон. "Durbin Group — Department of Genetics". gen.cam.ac.uk . Получено 2 января 2019 г. .
  23. ↑ Anon (27 сентября 2017 г.). «Профессор Ричард Дурбин — Кафедра генетики». gen.cam.ac.uk . Получено 2 января 2019 г. .
  24. ^ "Dr Richard Durbin – Wellcome Trust Sanger Institute". Архивировано из оригинала 28 февраля 2012 года.
  25. ^ Публикации Дурбина, Ричарда М., проиндексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
  26. ↑ Архивная коллекция Ричарда Дурбина. Запись о Ричарде Дурбине в архиве библиотеки Уэллкома.
  27. ^ Ричард М. Дурбин публикации из Европы PubMed Central
  28. ↑ Результаты Ричарда М. Дурбина на Международной математической олимпиаде
  29. ^ "The BioInformer nr. 1, 1997 – Интервью с доктором Ричардом Дурбином". Архивировано из оригинала 2 октября 2011 г. Получено 30 июля 2011 г.
  30. ^ Дурбин, Р. М.; Бернс, Р.; Мулай, Дж.; Меткалф, П.; Фрейманн, Д.; Блюм, М.; Андерсон, Дж. Э.; Харрисон, С. К.; Уайли, Д. К. (1986). «Кристаллография белков, ДНК и вирусов с помощью сфокусированного пропорционального счетчика изображений». Science . 232 (4754): 1127–1132. Bibcode :1986Sci...232.1127D. doi :10.1126/science.3704639. PMID  3704639.
  31. ^ Дурбин, Р.; Уиллшоу, Д. (1987). «Аналоговый подход к задаче коммивояжера с использованием метода эластичной сети». Nature . 326 (6114): 689–691. Bibcode :1987Natur.326..689D. doi :10.1038/326689a0. PMID  3561510. S2CID  4321691.
  32. ^ Дурбин, Р.; Митчисон, Г. (1990). «Структура сокращения размерности для понимания корковых карт». Nature . 343 (6259): 644–647. Bibcode :1990Natur.343..644D. doi :10.1038/343644a0. PMID  2304536. S2CID  4352870.
  33. ^ c. Elegans Sequencing, C. (1998). «Геномная последовательность нематоды C. Elegans: платформа для исследования биологии». Science . 282 (5396): 2012–2018. Bibcode :1998Sci...282.2012.. doi :10.1126/science.282.5396.2012. PMID  9851916.
  34. ^ Ландер, ES ; Линтон, М.; Биррен, Б.; Нусбаум, К.; Зоди, К.; Болдуин, Дж.; Девон, К.; Дьюар, К.; Дойл, М.; Фицхью, В.; Функе, Р.; Гейдж, Д.; Харрис, К.; Хифорд, А.; Хауленд, Дж.; Канн, Л.; Лехочки, Дж.; Левин, Р.; Макьюэн, П.; МакКернан, К.; Мелдрим, Дж.; Месиров, Дж.П.; Миранда, К.; Моррис, В.; Нейлор, Дж.; Раймонд, К.; Розетти, М.; Сантос, Р.; Шеридан, А.; и др. (февраль 2001 г.). «Первичное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. Bibcode : 2001Natur.409..860L. doi : 10.1038/35057062 . ISSN  0028-0836. PMID  11237011.
  35. ^ Симпсон, Дж. Т.; Дурбин, Р. (2011). «Эффективная сборка больших геномов de novo с использованием сжатых структур данных». Genome Research . 22 (3): 549–556. doi :10.1101/gr.126953.111. PMC 3290790. PMID  22156294 . 
  36. ^ Eilbeck, K.; Lewis, SE ; Mungall, CJ; Yandell, M.; Stein, L .; Durbin, R.; Ashburner, M. (2005). «Онтология последовательностей: инструмент для объединения аннотаций генома». Genome Biology . 6 (5): R44. doi : 10.1186/gb-2005-6-5-r44 . PMC 1175956. PMID  15892872 . 
  37. ^ Бирни, Э.; Дурбин, Р. (2000). «Использование GeneWise в эксперименте по аннотации дрозофилы». Genome Research . 10 (4): 547–548. doi : 10.1101/gr.10.4.547. PMC 310858. PMID  10779496. 
  38. ^ Sonnhammer, ELL; Eddy, SR ; Durbin, R. (1997). "Pfam: всеобъемлющая база данных семейств доменов белков на основе выравниваний семян". Белки: структура, функция и генетика . 28 (3): 405–420. doi :10.1002/(SICI)1097-0134(199707)28:3<405::AID-PROT10>3.0.CO;2-L. PMID  9223186. S2CID  9569028.
  39. ^ Хаббард, Т .; Баркер, Д.; Бирни, Э .; Кэмерон, Г.; Чен, И.; Кларк, Л.; Кокс, Т.; Кафф, Дж.; Кервен, В.; Даун, Т.; Дурбин, Р.; Эйрас, Э.; Гилберт, Дж.; Хаммонд, М.; Гуминицкий, Л.; Каспржик, А.; Лехваслайхо, Х.; Лийнзад, П.; Мелсопп, К.; Монгин, Э.; Петтетт, Р.; Покок, М.; Поттер, С.; Раст, А.; Шмидт, Э.; Сирл, С.; Слейтер, Г.; Смит, Дж.; Спунер, В.; Стабенау, А. (2002). "Проект базы данных генома Ensembl". Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 38–41. doi : 10.1093 /nar/30.1.38. PMC 99161. PMID  11752248. 
  40. ^ Лити, Г.; Картер, Д.М.; Мозес, А.М.; Уоррингер, Дж.; Партс, Л.; Джеймс, С.А.; Дэйви, РП; Робертс, ИН; Берт, А.; Куфопану, В.; Цай, И.Дж.; Бергман, К.М.; Бенсассон, Д.; О'Келли, М.Дж.Т.; Ван Ауденарден, А.; Бартон, Д.Б.Х.; Бейлс, Э.; Нгуен, А.Н.; Джонс, М.; Куэйл, МА; Гудхед, И.; Симс, С.; Смит, Ф.; Бломберг, А.; Дурбин, Р.; Луис, Э.Дж. (2009). «Популяционная геномика домашних и диких дрожжей». Nature . 458 (7236): 337–341. Bibcode :2009Natur.458..337L. doi : 10.1038/nature07743. PMC 2659681. PMID  19212322 . 
  41. ^ Уорринджер, Дж.; Зёрго, Э.; Кубильос, ФА; Зия, А.; Гьювсланд, А.; Симпсон, Джей Ти; Форсмарк, А.; Дурбин, Р.; Омхольт, Юго-Запад; Луи, Э.Дж.; Лити, Г.; Моисей, А.; Бломберг, А. (2011). Кругляк, Леонид (ред.). «Изменение признаков дрожжей определяется историей популяции». ПЛОС Генетика . 7 (6): e1002111. дои : 10.1371/journal.pgen.1002111 . ПМК 3116910 . ПМИД  21698134. 
  42. ^ Bentley, DR; Balasubramanian, S.; Swerdlow, HP; Smith, GP; Milton, J.; Brown, CG; Hall, KP; Evers, DJ; Barnes, CL; Bignell, HR; Boutell, JM; Bryant, J.; Carter, RJ; Keira Cheetham, R.; Cox, AJ; Ellis, DJ; Flatbush, MR; Gormley, NA; Humphray, SJ; Irving, LJ; Karbelashvili, MS; Kirk, SM; Li, H.; Liu, X.; Maisinger, KS; Murray, LJ; Obradovic, B.; Ost, T.; Parkinson, ML; et al. (2008). «Точное секвенирование всего человеческого генома с использованием обратимой терминаторной химии». Nature . 456 (7218): 53–59. Bibcode : 2008Natur.456...53B. doi : 10.1038/nature07517. PMC 2581791. PMID  18987734 . 
  43. ^ Ли, Х.; Дурбин, Р. (2011). «Вывод истории человеческой популяции из индивидуальных последовательностей всего генома». Nature . 475 (7357): 493–496. doi :10.1038/nature10231. PMC 3154645. PMID  21753753 . 
  44. ^ "Медаль Габора - Медалист Габора 2017". Королевское общество. 2017. Получено 10 октября 2017 .
  45. ^ "Каталог библиотеки и архива". Лондон: Королевское общество . Получено 14 ноября 2013 г.