stringtranslate.com

Электрофорез в агарозном геле

Цифровое изображение трех рестрикционных гидролизатов плазмид, обработанных на 1% мас./об. агарозном геле, 3 В/см, окрашенном бромидом этидия. Маркер размера ДНК представляет собой коммерческую лестницу длиной 1 т.п.н. Отмечают положение лунок и направление миграции ДНК.

Электрофорез в агарозном геле — метод гель-электрофореза , используемый в биохимии , молекулярной биологии , генетике и клинической химии для разделения смешанной популяции макромолекул, таких как ДНК или белки, в матрице агарозы , одного из двух основных компонентов агара . Белки можно разделить по заряду и/или размеру ( изоэлектрофокусирующий агарозный электрофорез по существу не зависит от размера), а фрагменты ДНК и РНК - по длине. [1] Биомолекулы разделяются путем применения электрического поля для перемещения заряженных молекул через матрицу агарозы, а биомолекулы разделяются по размеру в матрице агарозного геля. [2]

Агарозный гель легко отливать, он имеет относительно меньше заряженных групп и особенно подходит для разделения ДНК того диапазона размеров, который чаще всего встречается в лабораториях, что и объясняет популярность его использования. Отделенную ДНК можно просмотреть с помощью красителя, чаще всего в УФ-свете, а фрагменты ДНК можно сравнительно легко извлечь из геля. Большинство используемых агарозных гелей растворены на 0,7–2% в подходящем буфере для электрофореза.

Свойства агарозного геля

Агарозный гель, отлитый в лотке, для использования в гель-электрофорезе.

Агарозный гель представляет собой трехмерную матрицу, образованную спиральными молекулами агарозы в суперскрученных пучках, которые агрегированы в трехмерные структуры с каналами и порами, через которые могут проходить биомолекулы. [3] Трехмерная структура удерживается водородными связями и поэтому может быть разрушена при нагревании до жидкого состояния. Температура плавления отличается от температуры гелеобразования, в зависимости от источников агарозный гель имеет температуру гелеобразования 35–42 °С и температуру плавления 85–95 °С. Также доступны легкоплавкие и плохо гелеобразующие агарозы, полученные путем химической модификации.

Агарозный гель имеет большой размер пор и хорошую прочность геля, что делает его подходящим в качестве антиконвекционной среды для электрофореза ДНК и крупных белковых молекул. Размер пор 1% геля оценивается от 100 до 200–500 нм [4] [5] , а прочность геля позволяет разбавленным гелям до 0,15% образовывать пластину для гель-электрофореза. [6] Однако гели низкой концентрации (0,1–0,2%) хрупкие, и поэтому с ними трудно обращаться. Агарозный гель имеет более низкую разрешающую способность для ДНК, чем полиакриламидный гель, но имеет больший диапазон разделения и поэтому используется для фрагментов ДНК размером обычно 50–20 000 п.н. Предел разрешения для стандартного электрофореза в агарозном геле составляет около 750 КБ, но разрешение более 6 МБ возможно при гель-электрофорезе в импульсном поле (PFGE). [7] Его также можно использовать для разделения крупных белков, и это предпочтительная матрица для гель-электрофореза частиц с эффективным радиусом более 5–10 нм. 0,9% агарозный гель имеет поры, достаточно большие для проникновения бактериофага Т4 . [6]

Полимер агарозы содержит заряженные группы, в частности пируват и сульфат . [8] Эти отрицательно заряженные группы создают поток воды в направлении, противоположном движению ДНК в процессе, называемом электроэндосмос (EEO), и поэтому могут замедлять движение ДНК и вызывать размытие полос. Гели с более высокой концентрацией будут иметь более высокий электроэндосмотический поток. Поэтому агароза с низким ЭЭО обычно предпочтительна для использования при электрофорезе нуклеиновых кислот в агарозном геле , но агарозу с высоким ЭЭО можно использовать и для других целей. Более низкое содержание сульфатов в агарозе с низким содержанием EEO, особенно в агарозе с низкой температурой плавления (LMP), также полезно в тех случаях, когда ДНК, экстрагированная из геля, должна использоваться для дальнейших манипуляций, поскольку присутствие загрязняющих сульфатов может повлиять на некоторые последующие процедуры, такие как как лигирование и ПЦР . Однако агарозы с нулевым EEO нежелательны для некоторых применений, поскольку их можно получить путем добавления положительно заряженных групп, и такие группы могут влиять на последующие ферментативные реакции. [9] Электроэндосмос является причиной использования агарозы вместо агара , поскольку агаропектиновый компонент агара содержит значительное количество отрицательно заряженных сульфатных и карбоксильных групп. Удаление агаропектина в агарозе существенно снижает ЭЭО, а также снижает неспецифическую адсорбцию биомолекул на матрице геля. Однако для некоторых применений, таких как электрофорез сывороточных белков, может быть желательным высокий уровень ЭЭО, и в используемый гель можно добавлять агаропектин. [10]

Миграция нуклеиновых кислот в агарозном геле

Факторы, влияющие на миграцию нуклеиновой кислоты в геле

В гелях препаратов плазмид обычно обнаруживается основная полоса сверхспиральной ДНК с другими, более слабыми полосами на той же дорожке. Обратите внимание, что по соглашению гель ДНК отображается с меньшими фрагментами ДНК ближе к нижней части геля. Это связано с тем, что исторически гели ДНК располагались вертикально, и более мелкие фрагменты ДНК быстрее перемещались вниз.

На миграцию нуклеиновых кислот может влиять ряд факторов: размер пор геля (концентрация геля), размер подвергаемой электрофорезу ДНК, используемое напряжение, ионная сила буфера и концентрация интеркалирующего красителя, такого как бромид этидия. при использовании во время электрофореза. [11]

Меньшие молекулы движутся быстрее, чем более крупные молекулы в геле, а двухцепочечная ДНК движется со скоростью, обратно пропорциональной логарифму числа пар оснований. Однако эта связь нарушается при использовании очень больших фрагментов ДНК, а разделение очень больших фрагментов ДНК требует использования гель-электрофореза в импульсном поле (PFGE), при котором применяется переменный ток с разных направлений, и большие фрагменты ДНК разделяются по мере того, как они переориентируются с меняющееся поле. [12]

При стандартном электрофорезе в агарозном геле более крупные молекулы лучше разделяются при использовании геля с низкой концентрацией, тогда как более мелкие молекулы лучше разделяются при использовании геля с высокой концентрацией. Однако гели с более высокой концентрацией требуют более длительного времени работы (иногда несколько дней).

На движение ДНК может влиять конформация молекулы ДНК, например, сверхспиральная ДНК обычно движется быстрее, чем расслабленная ДНК, поскольку она плотно скручена и, следовательно, более компактна. В нормальном препарате плазмидной ДНК могут присутствовать несколько форм ДНК. [13] Гель-электрофорез плазмид обычно показывает отрицательно сверхспиральную форму в качестве основной полосы, тогда как ДНК с надрезом (открытая кольцевая форма) и расслабленная закрытая кольцевая форма появляются в качестве второстепенных полос. Однако скорость, с которой движутся различные формы, может меняться в зависимости от различных условий электрофореза [14] , а на подвижность более крупной кольцевой ДНК может сильнее влиять размер пор геля, чем на линейную ДНК. [15]

Бромид этидия, который интеркалируется в кольцевую ДНК, может изменить заряд, длину, а также сверхспиральность молекулы ДНК, поэтому его присутствие в геле во время электрофореза может повлиять на ее движение. Например, положительный заряд бромистого этидия может уменьшить движение ДНК на 15%. [12] Электрофорез в агарозном геле можно использовать для разделения кольцевой ДНК с различной топологией суперспирализации. [16]

Повреждение ДНК из-за увеличения перекрестных связей также будет уменьшать электрофоретическую миграцию ДНК дозозависимым образом. [17] [18]

Скорость миграции ДНК пропорциональна приложенному напряжению, т.е. чем выше напряжение, тем быстрее движется ДНК. Однако разрешение больших фрагментов ДНК ниже при высоком напряжении. Подвижность ДНК может также измениться в нестационарном поле – в поле, которое периодически меняется на противоположное, подвижность ДНК определенного размера может значительно снизиться при определенной частоте циклирования. [4] Это явление может привести к инверсии полос в гель-электрофорезе с инверсией поля (FIGE), при котором более крупные фрагменты ДНК движутся быстрее, чем более мелкие.

Миграционные аномалии

Механизм миграции и разделения

Отрицательный заряд его фосфатного остова перемещает ДНК к положительно заряженному аноду во время электрофореза. Однако миграция молекул ДНК в растворе в отсутствие гелевой матрицы не зависит от молекулярной массы во время электрофореза. [4] [20] Таким образом, матрица геля отвечает за разделение ДНК по размеру во время электрофореза, и существует ряд моделей, объясняющих механизм разделения биомолекул в матрице геля. Широко распространенной является модель Огстона, рассматривающая полимерную матрицу как сито. Глобулярный белок или случайная спираль ДНК движется через взаимосвязанные поры, а движение более крупных молекул с большей вероятностью будет затруднено и замедлено из-за столкновений с матрицей геля, и поэтому молекулы разных размеров могут быть разделены в этом процессе просеивания. . [4]

Однако модель Огстона не работает для больших молекул, когда поры значительно меньше размера молекулы. Для молекул ДНК размером более 1 т.п.н. чаще всего используется модель рептации (или ее варианты). Эта модель предполагает, что ДНК может ползать «змееподобно» (отсюда и «рептация») через поры в виде удлиненной молекулы. Модель смещенной рептации применяется при более высокой напряженности электрического поля, при которой передний конец молекулы сильно смещается вперед и тянет за собой остальную часть молекулы. [21] Однако флуоресцентная микроскопия окрашенных молекул в реальном времени показала более тонкую динамику во время электрофореза: ДНК демонстрировала значительную эластичность, поочередно растягиваясь в направлении приложенного поля, а затем сжимаясь в шар или зацепляясь в U-образная форма при зацеплении за полимерные волокна. [22] [23]

Общая процедура

Детали эксперимента по электрофорезу в агарозном геле могут различаться в зависимости от метода, но большинство из них следуют общей процедуре.

Видео, показывающее сборку установки и загрузку/запуск геля.

Отливка геля

Загрузка образцов ДНК в лунки агарозного геля с помощью многоканальной пипетки.

Гель готовят растворением порошка агарозы в подходящем буфере, таком как ТАЕ или ТВЕ , для использования в электрофорезе. [12] Агарозу диспергируют в буфере перед нагреванием до температуры, близкой к температуре кипения, но избегают кипения. Расплавленной агарозе дают достаточно остыть, прежде чем выливать раствор в гипс, поскольку гипс может деформироваться или треснуть, если раствор агарозы будет слишком горячим. В гипсовую повязку помещают гребенку, чтобы создать лунки для загрузки образца, и перед использованием гель должен полностью затвердеть.

Концентрация геля влияет на разрешение разделения ДНК. Агарозный гель состоит из микроскопических пор, через которые проходят молекулы, и существует обратная зависимость между размером пор агарозного геля и концентрацией — размер пор уменьшается по мере увеличения плотности агарозных волокон. Высокая концентрация геля улучшает разделение более мелких молекул ДНК, а пониженная концентрация геля позволяет разделить большие молекулы ДНК. Этот процесс позволяет разделить фрагменты размером от 50 пар оснований до нескольких мегаоснований в зависимости от концентрации используемого геля. [24] Концентрацию измеряют в пересчете массы агарозы на объем использованного буфера (г/мл). Для стандартного электрофореза в агарозном геле 0,8% гель обеспечивает хорошее разделение или разрешение больших фрагментов ДНК размером 5–10 т.п.н., тогда как 2% гель дает хорошее разрешение для небольших фрагментов размером 0,2–1 т.п.н. 1% гели часто используют для стандартного электрофореза. [25] Гели с высоким процентным содержанием часто бывают хрупкими и не могут застыть равномерно, тогда как гели с низким процентным содержанием (0,1–0,2%) хрупкие и с ними нелегко обращаться. Агарозные гели с низкой температурой плавления (LMP) также более хрупкие, чем обычный агарозный гель. Агарозу с низкой температурой плавления можно использовать отдельно или одновременно со стандартной агарозой для разделения и выделения ДНК. [26] PFGE и FigE часто выполняются с использованием агарозных гелей с высоким процентом содержания.

Загрузка образцов

Как только гель застынет, гребенку убирают, оставляя лунки, в которые можно загрузить образцы ДНК. Загрузочный буфер смешивают с образцом ДНК перед загрузкой смеси в лунки. Загрузочный буфер содержит плотное соединение, которым может быть глицерин, сахароза или фиколл , которое повышает плотность образца, так что образец ДНК может опуститься на дно лунки. [12] Если образец ДНК после приготовления содержит остатки этанола, он может выплыть из лунки. Загрузочный буфер также включает цветные красители, такие как ксилолцианол и бромфеноловый синий , используемые для контроля хода электрофореза. Образцы ДНК загружаются с помощью пипетки .

Электрофорез

Плита агарозного геля в резервуаре для электрофореза с полосами красителей, указывающими ход электрофореза. ДНК движется к аноду.

Электрофорез в агарозном геле чаще всего проводится горизонтально в подводном режиме, при этом пластинчатый гель во время электрофореза полностью погружается в буфер. Также возможно, но реже, проводить электрофорез как вертикально, так и горизонтально с гелем, поднятым на агарозные ножки, с использованием соответствующего аппарата. [27] Буфер, используемый в геле, тот же, что и рабочий буфер в резервуаре для электрофореза, поэтому электрофорез в подводном режиме возможен с агарозным гелем.

Для оптимального разрешения ДНК размером более 2  т.п.н. при стандартном гель-электрофорезе рекомендуется от 5 до 8 В/см (расстояние в см относится к расстоянию между электродами, поэтому это рекомендуемое напряжение должно составлять от 5 до 8, умноженное на расстояние между электродами). электроды в см). [14] Напряжение также может быть ограничено тем фактом, что оно нагревает гель и может привести к его плавлению, если он работает при высоком напряжении в течение длительного периода, особенно если используемый гель представляет собой агарозный гель LMP. Слишком высокое напряжение также может снизить разрешение, а также вызвать появление полос на полосах больших молекул ДНК. Слишком низкое напряжение может привести к расширению полосы малых фрагментов ДНК за счет дисперсии и диффузии. [28]

Поскольку ДНК не видна при естественном свете, ход электрофореза контролируют с помощью цветных красителей. Ксилолцианол (голубой цвет) мигрирует с большими фрагментами ДНК, а бромфеноловый синий (темно-синий) мигрирует с более мелкими фрагментами. Менее часто используемые красители включают крезоловый красный и оранжевый G , которые мигрируют раньше бромфенолового синего. Маркер ДНК также используется для оценки молекулярной массы фрагментов ДНК. Однако обратите внимание, что размер кольцевой ДНК, подобной плазмиде, невозможно точно измерить с помощью стандартных маркеров, если она не была линеаризована с помощью рестрикционного расщепления ; в качестве альтернативы можно использовать маркер сверхспиральной ДНК.

Окрашивание и визуализация

Гель при УФ-освещении: ДНК, окрашенная бромидом этидия, выглядит как светящиеся оранжевые полосы.

ДНК, а также РНК обычно визуализируются путем окрашивания бромистым этидием , который проникает в основные бороздки ДНК и флуоресцирует под УФ-светом. Интеркаляция зависит от концентрации ДНК, и, таким образом, полоса с высокой интенсивностью будет указывать на большее количество ДНК по сравнению с полосой с меньшей интенсивностью. [12] Бромид этидия можно добавить к раствору агарозы до того, как он загустеет, или гель ДНК можно окрасить позже после электрофореза. Окрашивание геля не является обязательным, но позволяет получить более качественные изображения. Доступны и другие методы окрашивания; примерами являются MIDORI Green, SYBR Green , GelRed , метиленовый синий , блестящий крезиловый синий , сульфат нильского голубого и кристаллический фиолетовый . [29] SYBR Green, GelRed и другие подобные коммерческие продукты продаются как более безопасные альтернативы бромиду этидия, поскольку в тесте Эймса было показано, что он обладает мутагенными свойствами , хотя канцерогенность бромида этидия фактически не установлена. SYBR Green требует использования трансиллюминатора синего света. ДНК, окрашенную кристаллическим фиолетовым, можно рассматривать при естественном освещении без использования УФ-трансиллюминатора, что является преимуществом, однако он может не давать сильной полосы.

При окраске бромидом этидия гель просматривают с помощью ультрафиолетового (УФ) трансиллюминатора. Ультрафиолетовый свет возбуждает электроны в ароматическом кольце бромистого этидия, и как только они возвращаются в основное состояние, высвобождается свет, заставляя комплекс ДНК и бромистого этидия флуоресцировать. [12] Стандартные трансиллюминаторы используют длины волн 302/312 нм (УФ-В), однако воздействие УФ-излучения на ДНК в течение всего лишь 45 секунд может привести к повреждению ДНК и повлиять на последующие процедуры, например, снизив эффективность трансформации . транскрипция in vitro и ПЦР . [30] Поэтому воздействие на ДНК УФ-излучения должно быть ограничено. Использование более высокой длины волны 365 нм (диапазон УФ-А) вызывает меньшее повреждение ДНК, но также дает гораздо более слабую флуоресценцию бромистого этидия. Если в трансиллюминаторе можно выбрать несколько длин волн, более короткую длину волны можно использовать для захвата изображений, а более длинную длину волны следует использовать, если необходимо работать с гелем в течение длительного периода времени.

Трансиллюминатор может также содержать устройства захвата изображения, такие как цифровая камера или камера Polaroid, которые позволяют получить или распечатать изображение геля.

При гель-электрофорезе белка полосы можно визуализировать с помощью красителей Кумасси или серебра .

Вырезаем кусочки агарозного геля. При использовании УФ-трансиллюминатора необходимо носить защитное оборудование.

Последующие процедуры

Отделенные полосы ДНК часто используются для дальнейших процедур, а полосу ДНК можно вырезать из геля в виде среза, растворить и очистить. Однако загрязняющие вещества могут повлиять на некоторые последующие процедуры, такие как ПЦР, и в некоторых случаях может быть предпочтительнее агароза с низкой температурой плавления, поскольку она содержит меньше сульфатов, которые могут влиять на некоторые ферментативные реакции. Гели также можно использовать для методик блоттинга.

Буферы

В общем, идеальный буфер должен иметь хорошую проводимость, выделять меньше тепла и иметь длительный срок службы. [31] Существует ряд буферов, используемых для электрофореза на агарозе; распространенные для нуклеиновых кислот включают трис/ацетат/ЭДТА (ТАЕ) и трис/борат/ЭДТА (ТБЕ). Используемые буферы содержат ЭДТА для инактивации многих нуклеаз, которым для своей функции необходимы двухвалентные катионы. Борат в буфере TBE может быть проблематичным, поскольку борат может полимеризоваться и/или взаимодействовать с цис-диолами, такими как те, которые содержатся в РНК. TAE имеет самую низкую буферную емкость, но обеспечивает лучшее разрешение для более крупных ДНК. Это означает более низкое напряжение и больше времени, но лучший продукт.

Было предложено множество других буферов, например, борат лития (LB), изоэлектрический гистидин, буферы с подобранными pK-товарами и т.д.; в большинстве случаев предполагаемым обоснованием является меньший ток (меньше тепла) и/или согласованная подвижность ионов, что приводит к увеличению срока службы буфера. Трис-фосфатный буфер обладает высокой буферной способностью, но его нельзя использовать, если экстрагированную ДНК необходимо использовать в чувствительных к фосфатам реакциях. LB является относительно новым и неэффективен при разрешении фрагментов размером более 5 кб; Однако из-за его низкой проводимости можно использовать гораздо более высокое напряжение (до 35 В/см), что означает более короткое время анализа для обычного электрофореза. Разница в размерах всего лишь в одну пару оснований может быть устранена в 3% агарозном геле со средой с чрезвычайно низкой проводимостью (1 мМ борат лития). [32]

В конкретных случаях можно использовать и другую буферную систему, например, буферы барбитуровая кислота-барбитурат натрия или трисбарбитурат могут использоваться для электрофореза белков в агарозном геле, например, при обнаружении аномального распределения белков. [33]

Приложения

Агарозные гели легко отливаются и обрабатываются по сравнению с другими матрицами, а нуклеиновые кислоты не изменяются химически во время электрофореза. Образцы также легко восстанавливаются. После окончания эксперимента полученный гель можно хранить в полиэтиленовом пакете в холодильнике.

Электрофорез проводится в буферных растворах, чтобы уменьшить изменения pH из-за электрического поля, что важно, поскольку заряд ДНК и РНК зависит от pH, но слишком продолжительная работа может истощить буферную емкость раствора. Кроме того, разные препараты генетического материала могут не мигрировать последовательно друг с другом по морфологическим или другим причинам.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Крындушкин Д.С., Александров И.М., Тер-Аванесян М.Д., Кушниров В.В. (декабрь 2003 г.). «Агрегаты прионов дрожжей [PSI+] образованы небольшими полимерами Sup35, фрагментированными Hsp104». Журнал биологической химии . 278 (49): 49636–43. дои : 10.1074/jbc.M307996200 . ПМИД  14507919.
  2. ^ Сэмбрук Дж., Рассел Д.В. (2001). Молекулярное клонирование: Лабораторное руководство, 3-е изд. Лабораторный пресс Колд-Спринг-Харбор. Колд-Спринг-Харбор, Нью-Йорк.
  3. ^ Джозеф Сэмбрук; Дэвид Рассел. «Глава 5, протокол 1». Молекулярное клонирование. Лабораторное пособие . Том. 1 (3-е изд.). п. 5.4. ISBN 978-0-87969-577-4.
  4. ^ abcd Зимм Б.Х., Левен С.Д. (май 1992 г.). «Проблемы и перспективы теории гель-электрофореза ДНК» (PDF) . Ежеквартальные обзоры биофизики . 25 (2): 171–204. дои : 10.1017/s0033583500004662. PMID  1518924. S2CID  27976751.
  5. ^ Жан-Луи Виви (2000). «Электрофорез ДНК и других полиэлектролитов: физические механизмы». Обзоры современной физики . 72 (3): 813–872. Бибкод : 2000РвМП...72..813В. doi : 10.1103/RevModPhys.72.813.
  6. ^ AB Филип Сервер (1983). «Агарозные гели: свойства и применение для электрофореза». Электрофорез . 4 (6): 375–382. дои : 10.1002/elps.1150040602. S2CID  97819634.
  7. ^ Джозеф Сэмбрук; Дэвид Рассел. «Глава 5, протокол 1». Молекулярное клонирование. Лабораторное пособие . Том. 1 (3-е изд.). п. 5.2–5.3. ISBN 978-0-87969-577-4.
  8. ^ «Приложение B: Физическая химия агарозы» (PDF) . Группа компаний «Лонза» . Архивировано (PDF) из оригинала 9 октября 2022 г.
  9. ^ Джозеф Сэмбрук; Дэвид Рассел. «Глава 5, протокол 1». Молекулярное клонирование. Лабораторное пособие . Том. 1 (3-е изд.). п. 5.7. ISBN 978-0-87969-577-4.
  10. ↑ Керен, Дэвид (26 сентября 2003 г.). Белковый электрофорез в клинической диагностике. ЦРК Пресс. стр. 7–8. ISBN 978-0340812136.
  11. ^ Г. Люкотт; Ф. Бэнейкс (1993). Введение в методы молекулярного клонирования . Уайли-Блэквелл. п. 32. ISBN 978-0471188490.
  12. ^ abcdef Ли П.Ю., Костумбрадо Дж., Сюй С.И., Ким Ю.Х. (апрель 2012 г.). «Электрофорез в агарозном геле для разделения фрагментов ДНК». Журнал визуализированных экспериментов (62). дои : 10.3791/3923. ПМЦ 4846332 . ПМИД  22546956. 
  13. ^ Ричард Р. Синден (24 ноября 1994 г.). Структура и функция ДНК. Academic Press Inc. с. 97. ИСБН 978-0126457506.
  14. ^ аб Джозеф Сэмбрук; Дэвид Рассел. «Глава 5, протокол 1». Молекулярное клонирование. Лабораторное пособие . Том. 1 (3-е изд.). п. 5,5–5,6. ISBN 978-0-87969-577-4.
  15. ^ Aaij C, Borst P (май 1972 г.). «Гель-электрофорез ДНК». Biochimica et Biophysical Acta (BBA) - Нуклеиновые кислоты и синтез белка . 269 ​​(2): 192–200. дои : 10.1016/0005-2787(72)90426-1. ПМИД  5063906.
  16. ^ Дональд Воэт; Джудит Г. Воэт (1995). Биохимия (2-е изд.). Джон Уайли и сыновья. стр. 877–878. ISBN 978-0471586517.
  17. ^ Бласиак Дж, Тшечак А, Малецка-Панас Е, Джевоски Дж, Воеводска М (август 2000 г.). «Генотоксичность этанола и ацетальдегида in vitro в лимфоцитах человека и клетках слизистой оболочки желудочно-кишечного тракта». Токсикология in vitro . 14 (4): 287–95. дои : 10.1016/S0887-2333(00)00022-9. ПМИД  10906435.
  18. ^ Лу Ю, Моримото К. (июль 2009 г.). «Связано ли регулярное употребление алкоголя со снижением электрофоретической миграции ДНК в лейкоцитах периферической крови у мужчин-японцев с дефицитом ALDH2?». Мутагенез . 24 (4): 303–8. дои : 10.1093/mutage/gep008 . ПМИД  19286920.
  19. ^ Г. Люкотт; Ф. Бэнейкс (1993). Введение в методы молекулярного клонирования . Уайли-Блэквелл. п. 41. ИСБН 978-0471188490.
  20. ^ Роберт В. Олд; Сэнди Б. Примроуз (27 сентября 1994 г.). Принцип манипуляции генами - Введение в генную инженерию (5-е изд.). Блэквелл Сайентифик. п. 9. ISBN 9780632037124.
  21. ^ Ли Чжу; Хун Ван (2 марта 2009 г.). «Глава 4 - Генетический анализ в миниатюрных системах электрофореза». В Тянь, Вэй-Чэн; Файнхаут, Эрин (ред.). Микрофлюидика для биологических приложений . Спрингер. п. 125. ИСБН 978-0-387-09480-9.
  22. ^ Смит С.Б., Олдридж П.К., Каллис Дж.Б. (январь 1989 г.). «Наблюдение за отдельными молекулами ДНК, подвергающимися гель-электрофореза». Наука . 243 (4888): 203–6. Бибкод : 1989Sci...243..203S. дои : 10.1126/science.2911733. ПМИД  2911733.
  23. ^ Шварц, округ Колумбия, Коваль М (апрель 1989 г.). «Конформационная динамика отдельных молекул ДНК при гель-электрофорезе». Природа . 338 (6215): 520–2. Бибкод : 1989Natur.338..520S. дои : 10.1038/338520a0. PMID  2927511. S2CID  4249063.
  24. ^ Магдельдин, Самех (2012). Гель-электрофорез . ИнТех. стр. 35–40.
  25. ^ «Электрофорез в агарозном геле (базовый метод)» . Биологические протоколы . Проверено 23 августа 2011 г.
  26. ^ Фотадар У, Шапиро Л.Е., Суркс М.И. (февраль 1991 г.). «Одновременное использование стандартной и легкоплавкой агарозы для разделения и выделения ДНК методом электрофореза». БиоТехники . 10 (2): 171–2. ПМИД  2059440.
  27. ^ Дэвид Фрейфельдер (1982). Физическая биохимия: приложения к биохимии и молекулярной биологии (2-е изд.). У. Х. Фриман. стр. 292–293. ISBN 978-0716714446.
  28. ^ «Раздел III: Загрузка и запуск ДНК в агарозные гели» (PDF) . Группа компаний «Лонза» . Архивировано (PDF) из оригинала 9 октября 2022 г.
  29. ^ «Раскрытие ДНК» (PDF) . Национальный центр биотехнологического образования . Университет Рединга. Архивировано из оригинала (PDF) 4 марта 2012 г.
  30. ^ Грюндеманн Д., Шёмиг Э. (ноябрь 1996 г.). «Защита ДНК во время препаративного электрофореза в агарозном геле от повреждений, вызванных ультрафиолетовым светом». БиоТехники . 21 (5): 898–903. дои : 10.2144/96215rr02 . ПМИД  8922632.
  31. ^ Самех Магдельдин, изд. (2012). Гель-электрофорез – Принципы и основы . ИнТех. ISBN 978-953-51-0458-2.
  32. ^ Броуди-младший, Керн С.Е. (октябрь 2004 г.). «История и принципы проводящих сред для стандартного электрофореза ДНК» (PDF) . Аналитическая биохимия . 333 (1): 1–13. дои : 10.1016/j.ab.2004.05.054. PMID  15351274. Архивировано из оригинала (PDF) 24 декабря 2012 года.
  33. ^ Джеппссон Дж. О., Лорелл CB, Франзен Б. (апрель 1979 г.). «Электрофорез в агарозном геле». Клиническая химия . 25 (4): 629–38. дои : 10.1093/клинчем/25.4.629 . ПМИД  313856.
  34. ^ Месарош, Ева (2021). «Определить концентрацию и чистоту нуклеиновых кислот». ИНТЕГРА Бионауки .
  35. ^ Джот, Жан-Франсуа (2010). «Электрофорез в агарозном геле: применение в клинической химии» (PDF) . Журнал медицинской биохимии . 29 : 9–14. дои : 10.2478/v10011-009-0033-8 . S2CID  94646249. Архивировано (PDF) из оригинала 9 октября 2022 г.

Внешние ссылки