Метод биологической систематики в эволюционной биологии
Кладистика ( / k l ə ˈ d ɪ s t ɪ k s / klə- DIST -iks ; от древнегреческого κλάδος kládos 'ветвь') [1] - это подход к биологической классификации , в котором организмы классифицируются в группы (« клады ») на основе гипотез о самом недавнем общем происхождении . Доказательством предполагаемых отношений обычно являются общие производные характеристики ( синапоморфии ), которые не присутствуют у более отдаленных групп и предков. Однако с эмпирической точки зрения общие предки - это выводы, основанные на кладистической гипотезе о взаимоотношениях таксонов, состояния признаков которых можно наблюдать. Теоретически последний общий предок и все его потомки составляют (минимальную) кладу. Важно то, что все потомки остаются в своей всеобъемлющей предковой кладе. Например, если бы термины черви или рыбы использовались в рамках строгой кладистической структуры, эти термины включали бы людей. Многие из этих терминов обычно используются парафилетически , вне кладистики, например, как « градация », которые бесполезны для точного разграничения, [ почему? ], особенно когда включаются вымершие виды. Радиация приводит к образованию новых субкладов путем бифуркации, но на практике половая гибридизация может размыть очень близкородственные группировки. [2] [3] [4] [5]
В качестве гипотезы клад может быть отклонен только в том случае, если некоторые группировки были явно исключены. Тогда может оказаться, что исключенная группа на самом деле произошла от последнего общего предка группы и, таким образом, возникла внутри группы. («Выражение «Эволюционировала из» вводит в заблуждение, поскольку в кладистике все потомки остаются в предковой группе). Чтобы сохранить только действительные клады, при обнаружении того, что группа является парафилетической таким образом, либо такие исключенные группы должны быть предоставлены кладе, либо группа должна быть упразднена. [6]
Ветви вниз до расхождения до следующей значимой (например, существующей) сестры считаются стволовыми группами клады, но в принципе каждый уровень стоит сам по себе, и ему присваивается уникальное имя. Для полностью раздвоенного дерева добавление группы к дереву также добавляет дополнительную (именованную) кладу и новый уровень на этой ветви. В частности, также вымершие группы всегда помещаются на боковую ветвь, не различая, был ли найден фактический предок других группировок.
Методы и номенклатура кладистики были применены и к другим дисциплинам, помимо биологии. (См. филогенетическую номенклатуру .)
Результаты кладистики создают трудности для таксономии , где ранг и (родовое) наименование установленных группировок могут оказаться непоследовательными.
В настоящее время кладистика является наиболее часто используемым методом классификации организмов. [7]
История
Первоначальные методы, используемые в кладистическом анализе и школа таксономии, произошли от работы немецкого энтомолога Вилли Хеннига , который называл ее филогенетической систематикой (также называется его книга 1966 года); но термины «кладистика» и «клада» были популяризированы другими исследователями. Кладистика в первоначальном смысле относится к определенному набору методов, используемых в филогенетическом анализе, хотя теперь ее иногда используют для обозначения всей области. [8]
То, что сейчас называется кладистическим методом, появилось ещё в 1901 году в работе Питера Чалмерса Митчелла для птиц [9] [10] , а затем Роберта Джона Тилльярда (для насекомых) в 1921 году [11] и В. Циммермана (для растений) в 1943 году [12]. Термин « клада » был введён в 1958 году Джулианом Хаксли после того, как был придуман Люсьеном Куэно в 1940 году [13] , «кладогенез» в 1958 году [14] , «кладистический» Артуром Кейном и Харрисоном в 1960 году [15] , «кладист» (для приверженца школы Хеннига) Эрнстом Майром в 1965 году [16] и «кладистика» в 1966 году [14]. Хенниг называл свой собственный подход «филогенетической систематикой». Со времени его первоначальной формулировки и до конца 1970-х годов кладистика конкурировала как аналитический и философский подход к систематике с фенетикой и так называемой эволюционной таксономией . В то время фенетику отстаивали числовые таксономисты Питер Снит и Роберт Сокаль , а эволюционную таксономию — Эрнст Майр . [17]
Первоначально задуманная, хотя бы по сути, Вилли Хеннигом в книге, опубликованной в 1950 году, кладистика не процветала до ее перевода на английский язык в 1966 году (Lewin 1997). Сегодня кладистика является самым популярным методом выведения филогенетических деревьев из морфологических данных.
В 1990-х годах развитие эффективных методов полимеразной цепной реакции позволило применять кладистические методы к биохимическим и молекулярно-генетическим признакам организмов, значительно расширив объем данных, доступных для филогенетики. В то же время кладистика быстро стала популярной в эволюционной биологии, поскольку компьютеры позволили обрабатывать большие объемы данных об организмах и их характеристиках.
Методология
Кладистический метод интерпретирует каждую общую трансформацию состояния признака как потенциальное доказательство группировки. Синапоморфии (общие, производные состояния признака) рассматриваются как доказательство группировки, в то время как симплезиоморфии (общие предковые состояния признака) не являются. Результатом кладистического анализа является кладограмма — древовидная диаграмма ( дендрограмма ) [18] , которая интерпретируется как представление наилучшей гипотезы филогенетических отношений. Хотя традиционно такие кладограммы создавались в основном на основе морфологических признаков и изначально рассчитывались вручную, данные генетического секвенирования и вычислительной филогенетики теперь широко используются в филогенетическом анализе, и критерий экономии был отвергнут многими филогенетиками в пользу более «сложных», но менее экономных эволюционных моделей трансформации состояния признака. Кладисты утверждают, что эти модели неоправданны, поскольку нет никаких доказательств того, что они восстанавливают более «истинные» или «правильные» результаты из фактических эмпирических наборов данных [19]
Каждая кладограмма основана на определенном наборе данных, проанализированном определенным методом. Наборы данных представляют собой таблицы, состоящие из молекулярных , морфологических, этологических [20] и/или других признаков и списка операционных таксономических единиц (OTU), которые могут быть генами, особями, популяциями, видами или более крупными таксонами, которые предположительно являются монофилетическими и, следовательно, образуют вместе одну большую кладу; филогенетический анализ выводит схему ветвления внутри этой клады. Различные наборы данных и различные методы, не говоря уже о нарушениях упомянутых предположений, часто приводят к различным кладограммам. Только научное исследование может показать, что с большей вероятностью будет правильным.
До недавнего времени, например, кладограммы, подобные следующей, обычно считались точными представлениями о родственных связях между черепахами, ящерицами, крокодилами и птицами: [21]
Если эта филогенетическая гипотеза верна, то последний общий предок черепах и птиц, на ветке около ▼, жил раньше, чем последний общий предок ящериц и птиц, около ♦ . Большинство молекулярных доказательств , однако, дают кладограммы, более похожие на эту: [22]
Если это верно, то последний общий предок черепах и птиц жил позже, чем последний общий предок ящериц и птиц. Поскольку кладограммы показывают две взаимоисключающие гипотезы для описания эволюционной истории, максимум одна из них верна.
Кладограмма справа представляет собой общепринятую гипотезу о том, что все приматы , включая мокроносых, таких как лемуры и лори , имели общего предка, все потомки которого являются или были приматами, и поэтому образуют кладу; поэтому название «приматы» признано для этой клады. Внутри приматов все антропоиды (обезьяны, человекообразные обезьяны и люди) предположительно имели общего предка, все потомки которого являются или были антропоидами, поэтому они образуют кладу, называемую Anthropoidea. «Просимиане», с другой стороны, образуют парафилетический таксон. Название Prosimii не используется в филогенетической номенклатуре , которая называет только клады; вместо этого «просимиане» разделены между кладами Strepsirhini и Haplorhini , где последняя содержит Tarsiiformes и Anthropoidea.
Лемуры и долгопяты, возможно, выглядели близкородственными человеку в том смысле, что они были близки к человеку на эволюционном древе. Однако, с точки зрения долгопята, люди и лемуры выглядели бы близкими в том же самом смысле. Кладистика навязывает нейтральную точку зрения, рассматривая все ветви (существующие или вымершие) одинаково. Она также заставляет пытаться делать заявления и честно принимать во внимание выводы о точных исторических отношениях между группами.
Терминология для состояний персонажа
Следующие термины, введенные Хеннигом, используются для обозначения общих или различных состояний характера среди групп: [23] [24] [25]
Плезиоморфия («близкая форма») или предковое состояние — это состояние признака , которое таксон сохранил от своих предков. Когда два или более таксона, которые не вложены друг в друга, разделяют плезиоморфию, это симплезиоморфия ( от syn- , «вместе»). Симплезиоморфия не означает, что таксоны, которые демонстрируют это состояние признака, обязательно тесно связаны. Например, Reptilia традиционно характеризуется (помимо прочего) тем, что они холоднокровны (т. е. не поддерживают постоянную высокую температуру тела), тогда как птицы являются теплокровными . Поскольку холоднокровность — это плезиоморфия, унаследованная от общего предка традиционных рептилий и птиц, и, таким образом, симплезиоморфия черепах, змей и крокодилов (помимо прочих), это не означает, что черепахи, змеи и крокодилы образуют кладу, которая исключает птиц.
Апоморфия («отдельная форма») или производное состояние является нововведением. Таким образом, его можно использовать для диагностики клады — или даже для определения названия клады в филогенетической номенклатуре . Признаки, которые выводятся в отдельных таксонах (отдельный вид или группа, представленная одним терминалом в данном филогенетическом анализе), называются аутапоморфиями (от auto- , «сам»). Аутапоморфии ничего не говорят об отношениях между группами; клады идентифицируются (или определяются) синапоморфиями (от syn- , «вместе»). Например, обладание пальцами , гомологичными пальцам Homo sapiens, является синапоморфией внутри позвоночных. Четвероногих можно выделить как состоящих из первого позвоночного с такими пальцами, гомологичными пальцам Homo sapiens, вместе со всеми потомками этого позвоночного ( филогенетическое определение на основе апоморфии ). [26] Важно отметить, что змеи и другие четвероногие, у которых нет пальцев, тем не менее являются четвероногими: другие признаки, такие как амниотические яйца и диапсидные черепа, указывают на то, что они произошли от предков, обладавших пальцами, гомологичными нашим.
Состояние признака является гомопластичным или «примером гомоплазии », если оно является общим для двух или более организмов, но отсутствует у их общего предка или у более позднего предка в линии, ведущей к одному из организмов. Поэтому делается вывод, что оно эволюционировало путем конвергенции или реверсии. И млекопитающие, и птицы способны поддерживать высокую постоянную температуру тела (т. е. они теплокровные). Однако принятая кладограмма, объясняющая их существенные особенности, указывает на то, что их общий предок находится в группе, в которой отсутствует это состояние признака, поэтому состояние должно было эволюционировать независимо в двух кладах. Теплокровность является отдельно синапоморфией млекопитающих (или более крупной клады) и птиц (или более крупной клады), но это не синапоморфия какой-либо группы, включающей обе эти клады. Вспомогательный принцип Хеннига [27] гласит, что общие состояния признаков следует считать доказательством группировки, если только они не противоречат весу других доказательств; Таким образом, гомоплазия какого-либо признака среди членов группы может быть выведена только после того, как будет установлена филогенетическая гипотеза для этой группы.
Термины плезиоморфия и апоморфия относительны; их применение зависит от положения группы в дереве. Например, при попытке решить, образуют ли тетраподы кладу, важным вопросом является, является ли наличие четырех конечностей синапоморфией самых ранних таксонов, включаемых в Tetrapoda: все ли самые ранние члены Tetrapoda унаследовали четыре конечности от общего предка, тогда как все остальные позвоночные этого не сделали или, по крайней мере, не гомологично? Напротив, для группы в пределах тетрапод, такой как птицы, наличие четырех конечностей является плезиоморфией. Использование этих двух терминов позволяет добиться большей точности в обсуждении гомологии, в частности, позволяя четко выразить иерархические отношения между различными гомологичными признаками.
Может быть трудно решить, является ли состояние признака на самом деле тем же самым и, таким образом, может быть классифицировано как синапоморфия, которая может идентифицировать монофилетическую группу, или же оно только кажется тем же самым и, таким образом, является гомоплазией, которая не может идентифицировать такую группу. Существует опасность кругового рассуждения: предположения о форме филогенетического дерева используются для обоснования решений о состояниях признаков, которые затем используются в качестве доказательства формы дерева. [28] Филогенетика использует различные формы экономии для решения таких вопросов; полученные выводы часто зависят от набора данных и методов. Такова природа эмпирической науки, и по этой причине большинство кладистов называют свои кладограммы гипотезами родства. Кладограммы, которые поддерживаются большим количеством и разнообразием различных видов признаков, рассматриваются как более надежные, чем те, которые основаны на более ограниченных доказательствах. [29]
Терминология таксонов
Моно-, пара- и полифилетические таксоны можно распознать на основе формы дерева (как это сделано выше), а также на основе их характерных состояний. [24] [25] [30] Они сравниваются в таблице ниже.
Критика
Кладистика, как в целом, так и в конкретных приложениях, подвергалась критике с самого начала. Решения о том, являются ли отдельные состояния характера гомологичными , что является предпосылкой их синапоморфизма, были оспорены как включающие в себя круговые рассуждения и субъективные суждения. [34] Конечно, потенциальная ненадежность доказательств является проблемой для любого систематического метода или, если на то пошло, для любого эмпирического научного начинания вообще. [35] [36]
Трансформированная кладистика возникла в конце 1970-х годов [37] в попытке решить некоторые из этих проблем путем удаления априорных предположений о филогении из кладистического анализа, но она осталась непопулярной. [38]
Проблемы
Предки
Кладистический метод не определяет ископаемые виды как фактических предков клады. [39] Вместо этого ископаемые таксоны определяются как принадлежащие к отдельным вымершим ветвям. Хотя ископаемый вид может быть фактическим предком клады, нет способа узнать это. Поэтому более консервативная гипотеза заключается в том, что ископаемый таксон связан с другими ископаемыми и существующими таксонами, как следует из модели общих апоморфных признаков. [40]
Статус вымирания
В противном случае вымершая группа, имеющая хоть каких-то ныне живущих потомков, не считается (буквально) вымершей [41] и, например, не имеет даты вымирания.
Гибридизация, скрещивание
Все, что связано с биологией и полом, сложно и запутанно, и кладистика не является исключением. [42] Многие виды размножаются половым путем и способны скрещиваться в течение миллионов лет. Хуже того, в течение такого периода многие ветви могли расходиться, и может потребоваться сотни миллионов лет, чтобы они сократились всего до двух. [43] Только тогда можно теоретически назначить надлежащих последних общих предков группировок, которые непреднамеренно не включают более ранние ветви. [44] Таким образом, процесс истинной кладистической бифуркации может занять гораздо больше времени, чем обычно осознается. [45] На практике для недавних радиаций кладистически направленные выводы дают лишь грубое представление о сложности. Более подробный отчет даст подробности о долях интрогрессий между группами и даже об их географических вариациях. Это использовалось в качестве аргумента в пользу использования парафилетических группировок, [44] но обычно приводятся другие причины.
Горизонтальный перенос генов
Горизонтальный перенос генов — это мобильность генетической информации между различными организмами, которая может иметь немедленные или отсроченные эффекты для реципрокного хозяина. [46] В природе существует несколько процессов, которые могут вызывать горизонтальный перенос генов . Обычно это не влияет напрямую на происхождение организма, но может усложнить определение этого происхождения. На другом уровне можно картировать процессы горизонтального переноса генов, определяя филогению отдельных генов с помощью кладистики.
Стабильность наименования
Если есть неясность во взаимных отношениях, существует множество возможных деревьев. Присвоение названий каждой возможной кладе может быть неразумным. Более того, устоявшиеся названия отбрасываются в кладистике или, в качестве альтернативы, несут коннотации, которые могут больше не иметь силы, например, когда обнаруживается, что в них появились дополнительные группы. [47] Изменения в наименованиях являются прямым результатом изменений в признании взаимных отношений, которые часто все еще находятся в движении, особенно для вымерших видов. Придерживаться старых названий и/или коннотаций контрпродуктивно, поскольку они, как правило, вообще не отражают фактические взаимные отношения. Например, Archaea, Asgard archaea, protists, slimic molds, черви, беспозвоночные, рыбы, reptilia, monkeys, Ardipithecus , Australopithecus , Homo erectus — все они содержат Homo sapiens кладистически, в их значении sensu lato . Для изначально вымерших групп стволов sensu lato обычно означает щедрое сохранение ранее включенных групп, которые затем могут включать даже живые виды. Вместо этого часто принимается сокращенное значение sensu stricto , но группа должна быть ограничена одной ветвью на стволе. Другие ветви затем получают свое собственное имя и уровень. Это соизмеримо с тем фактом, что более старшие ветви ствола на самом деле ближе связаны с результирующей группой, чем более базальные ветви ствола; то, что эти ветви ствола могли жить только в течение короткого времени, не влияет на эту оценку в кладистике.
В дисциплинах, отличных от биологии
Сравнения, используемые для получения данных, на которых могут быть основаны кладограммы , не ограничиваются областью биологии. [48] Любая группа индивидуумов или классов, которые предположительно имеют общего предка и к которым набор общих характеристик может или не может быть применим, может быть сравнена попарно. Кладограммы могут использоваться для изображения гипотетических отношений происхождения внутри групп элементов во многих различных академических областях. Единственное требование заключается в том, чтобы элементы имели характеристики, которые можно идентифицировать и измерить.
Антропология и археология : [49] Кладистические методы использовались для реконструкции развития культур или артефактов с использованием групп культурных черт или особенностей артефактов.
Сравнительная мифология и сказка используют кладистические методы для реконструкции протоверсии многих мифов. Мифологические филогении, построенные с помощью мифем, явно поддерживают низкие горизонтальные передачи (заимствования), историческую (иногда палеолитическую) диффузию и прерывистую эволюцию. [50] Они также являются мощным способом проверки гипотез о кросс-культурных связях среди сказок. [51] [52]
Литература : Кладистические методы использовались при классификации сохранившихся рукописей «Кентерберийских рассказов » [53] и рукописей санскритской «Чарака Самхиты» [54] .
Историческая лингвистика : [55] Кладистические методы использовались для реконструкции филогении языков с использованием лингвистических признаков. Это похоже на традиционный сравнительный метод исторической лингвистики, но более явно в использовании экономии и позволяет гораздо быстрее анализировать большие наборы данных ( вычислительная филогенетика ).
Текстовая критика или стемматика : [54] [56] Кладистические методы использовались для реконструкции филогении рукописей одной и той же работы (и реконструкции утерянного оригинала) с использованием отличительных ошибок копирования в качестве апоморфий. Это отличается от традиционной историко-сравнительной лингвистики тем, что позволяет редактору оценивать и размещать в генетической связи большие группы рукописей с большим количеством вариантов, которые было бы невозможно обработать вручную. Это также позволяет проводить парсимониальный анализ загрязненных традиций передачи, которые было бы невозможно оценить вручную в разумные сроки.
Астрофизика [57] выводит историю взаимоотношений между галактиками, чтобы создать гипотезы диаграмм ветвления о диверсификации галактик.
^ Хикман, Кливленд П. младший (2014). Интегрированные принципы зоологии (шестнадцатое изд.). Нью-Йорк: McGraw-Hill Education. ISBN978-0-07-352421-4. OCLC 846846729.
^ "Необходимость кладистики". www.ucmp.berkeley.edu . Получено 12 августа 2018 г. .
^ Бринкман и Лейпе 2001, с. 323
^ Шух, Рэндалл. 2000. Биологическая систематика: принципы и приложения, стр. 7 (цитируя Нельсона и Платника, 1981). Cornell University Press (books.google)
^ Фолинсби, Кайла и др. 2007. 5 Количественные подходы к филогенетике, стр. 172. Rev. Mex. Div. 225-52 (kfolinsb.public.iastate.edu)
^ Craw, RC (1992). «Грани кладистики: идентичность, различия и место в возникновении филогенетической систематики». В Griffiths, PE (ред.). Деревья жизни: Очерки философии биологии . Дордрехт: Kluwer Academic. стр. 65–107. ISBN978-94-015-8038-0.
^ Шух, Рэндалл. 2000. Биологическая систематика: принципы и приложения, стр. 7. Cornell U. Press
^ Лорен, Мишель (3 августа 2023 г.). Появление PhyloCode: продолжающаяся эволюция биологической номенклатуры. CRC Press. ISBN978-1-000-91257-9.
^ Вейгольдт 1998
^ Риндал, Эйрик; Брауэр, Эндрю В.З. (2011), «Являются ли филогенетические анализы на основе моделей более эффективными, чем парсимония? Тест с эмпирическими данными», Cladistics , 27 (3): 331–334, doi : 10.1111/j.1096-0031.2010.00342.x , PMID 34875779, S2CID 84907350
^ Lyson, Tyler; Gilbert, Scott F. (март–апрель 2009 г.), «Turtles all the way down: loggerheads at the root of the chelonian tree» (PDF) , Evolution & Development , 11 (2): 133–135, CiteSeerX 10.1.1.695.4249 , doi :10.1111/j.1525-142X.2009.00325.x, PMID 19245543, S2CID 3121166, архивировано (PDF) из оригинала 9 октября 2022 г.
^ Паттерсон 1982, стр. 21–74.
^ ab Паттерсон 1988
^ аб де Пинна 1991
^ Лорен и Андерсон 2004
^ Хенниг 1966
^ Джеймс и Пурлесс IV 2009, стр. 25: «Синапоморфии привлекаются для защиты гипотезы; гипотеза привлекается для защиты синапоморфий».
^ Брауэр, AVZ и Шух, RT. 2021. Биологическая систематика: принципы и применение (3-е изд.). Cornell University Press, Итака, штат Нью-Йорк
^ Паттерсон 1982
↑ Подани, Янош (1 августа 2010 г.). «Монофилия и парафилия: дискурс без конца?». Таксон . 59 (4): 1011–1015. doi : 10.1002/tax.594002 .
^ Многие источники дают словесное определение «парафилетического», которое не требует, чтобы отсутствующие группы были монофилетическими. Однако, когда представлены диаграммы, представляющие парафилетические группы, они неизменно показывают отсутствующие группы как монофилетические. См. например, Wiley et al. 1991, стр. 4
^ Тейлор 2003
^ Адрейн, Эджкомб и Либерман 2002, стр. 56–57
^ Орескес, Наоми , Кристин Шрейдер-Фрешетт и Кеннет Белиц. «Проверка, валидация и подтверждение численных моделей в науках о Земле». Science 263, № 5147 (1994): 641-646.
^ Нильс Мёллер Андерсон, 2001 Влияние «филогенетической систематики» В. Хеннига на современную энтомологию Eur. J.Entomol. 98: 133-150 онлайн
^ Платник, Норман И. «Философия и трансформация кладистики». Систематическая зоология 28, № 4 (1979): 537–546.
^ Брауэр, Эндрю В.З. «Пятьдесят оттенков кладизма». Биология и философия 33, № 1-2 (2018): 8.
^ Крелл, Франк-Т; Крэнстон, Питер С. (2004). «Какая сторона дерева более базальна?: редакционная статья». Систематическая энтомология . 29 (3): 279–281. Bibcode :2004SysEn..29..279K. doi : 10.1111/j.0307-6970.2004.00262.x . S2CID 82371239.
^ Паттерсон, Колин. «Значение ископаемых в определении эволюционных связей». Annual Review of Ecology and Systematics 12, № 1 (1981): 195–223.
^ Росс, Роберт М.; Оллмон, Уоррен Д. (18 декабря 1990 г.). Причины эволюции: палеонтологическая перспектива. Издательство Чикагского университета. стр. 133. ISBN978-0-226-72824-7.
^ "Введение в кладистику". ucmp.berkeley.edu . Получено 8 мая 2022 г. .
^ Харрисон, Ричард Г.; Ларсон, Эрика Л. (1 января 2014 г.). «Гибридизация, интрогрессия и природа границ видов». Журнал наследственности . 105 (S1): 795–809. doi : 10.1093/jhered/esu033 . ISSN 0022-1503. PMID 25149255.
^ ab Hörandl, Elvira; Stuessy, Tod F. (2010). «Парафилетические группы как естественные единицы биологической классификации». Taxon . 59 (6): 1641–1653. doi :10.1002/tax.596001. ISSN 0040-0262. JSTOR 41059863.
^ Мехта, Рохан С.; Розенберг, Ноа А. (1 октября 2019 г.). «Вероятность реципрокной монофилии генных линий у трех и четырех видов». Теоретическая популяционная биология . 129 : 133–147. Bibcode :2019TPBio.129..133M. doi :10.1016/j.tpb.2018.04.004. PMC 6215533 . PMID 29729946.
^ Дюбуа, Ален (1 августа 2007 г.). «Название таксонов по кладограммам: некоторые путаницы, вводящие в заблуждение утверждения и необходимые разъяснения». Cladistics . 23 (4): 390–402. doi :10.1111/j.1096-0031.2007.00151.x. ISSN 0748-3007. PMID 34905840. S2CID 59437223.
^ Мейс, Клэр и Шеннан 2005, с. 1
^ Липо и др. 2006
^ d'Huy 2012a, b; d'Huy 2013a, b, c, d
^ Росс и др. 2013
^ Тегерани 2013
^ "Проект Кентерберийские рассказы". Архивировано из оригинала 7 июля 2009 года . Получено 4 июля 2009 года .
^ ab Maas 2010–2011
^ Оппенгеймер 2006, стр. 290–300, 340–56
^ Робинсон и О'Хара 1996
^ Фрейкс-Бернет и др. 2006
Библиография
Адрейн, Джонатан М.; Эджкомб, Грегори Д. и Либерман, Брюс С. (2002), Ископаемые, филогения и форма: аналитический подход, Нью-Йорк: Kluwer Academic, ISBN 978-0-306-46721-9, получено 15 августа 2012 г.
Барон, К. и Хёг, Дж. Т. (2005), «Гулд, Шарм и палеонтологическая перспектива в эволюционной биологии», в книге Кенеманна, С. и Дженнера, Р. А. (ред.), Взаимоотношения ракообразных и членистоногих, CRC Press, стр. 3–14, ISBN 978-0-8493-3498-6, получено 15 октября 2008 г.
Бентон, М. Дж. (2000), «Стволы, узлы, клады короны и бесранговые списки: умер ли Линней?» (PDF) , Biological Reviews , 75 (4): 633–648, CiteSeerX 10.1.1.573.4518 , doi :10.1111/j.1469-185X.2000.tb00055.x, PMID 11117201, S2CID 17851383, архивировано из оригинала (PDF) 9 августа 2017 г. , извлечено 2 октября 2011 г.
Brinkman, Fiona SL & Leipe, Detlef D. (2001), "Филогенетический анализ" (PDF) , в Baxevanis, Andreas D. & Ouellette, BF Francis (ред.), Bioinformatics: a practical guide to the analysis of genes and proteins (2nd ed.), pp. 323–358, архивировано из оригинала (PDF) 20 октября 2013 г. , извлечено 19 октября 2013 г.
Кейн, А. Дж.; Харрисон, Дж. А. (1960), «Филетическое взвешивание», Труды Лондонского зоологического общества , 35 : 1–31, doi : 10.1111/j.1469-7998.1960.tb05828.x
Куэно, Люсьен (1940), «Замечания к эссе по генеалогике животных в эпоху правления», Comptes Rendus de l'Académie des Sciences de Paris , 210 : 23–27.Доступно бесплатно онлайн на Gallica (нет прямого URL). Это статья, в которой Хенниг (1979) впервые использовал термин «клада».
Дюпюи, Клод (1984), «Влияние Вилли Хеннига на таксономическую мысль», Annual Review of Ecology and Systematics , 15 : 1–24, doi : 10.1146/annurev.ecolsys.15.1.1, ISSN 0066-4162.
Фаррис, Джеймс С. (1977), «О фенетическом подходе к классификации позвоночных», в Хехт, MK; Гуди, PC; Хехт, BM (ред.), Основные закономерности в эволюции позвоночных , Пленум, Нью-Йорк, стр. 823–850
Фаррис, Джеймс С. (1979a), «О естественности филогенетической классификации», Систематическая зоология , 28 (2): 200–214, doi :10.2307/2412523, JSTOR 2412523
Фаррис, Джеймс С. (1979b), «Информационное содержание филогенетической системы», Систематическая зоология , 28 (4): 483–519, doi :10.2307/2412562, JSTOR 2412562
Фаррис, Джеймс С. (1980), «Эффективные диагнозы филогенетической системы», Систематическая зоология , 29 (4): 386–401, doi :10.2307/2992344, JSTOR 2992344
Фаррис, Джеймс С. (1983), «Логическая основа филогенетического анализа», в Платник, Норман И.; Фанк, Вики А. (ред.), Достижения в кладистике, т. 2 , Columbia University Press, Нью-Йорк, стр. 7–36
Fraix-Burnet, D.; Choler, P.; Douzery, EJP; Verhamme, A. (2006), "Астрокладистика: филогенетический анализ эволюции галактик II. Формирование и диверсификация галактик", Journal of Classification , 23 (1): 57–78, arXiv : astro-ph/0602580 , Bibcode : 2006JClas..23...57F, doi : 10.1007/s00357-006-0004-4, S2CID 2537194
Хенниг, Вилли (1966), Филогенетическая систематика (перевод Д. Дуайта Дэвиса и Райнера Зангерля) , Урбана, Иллинойс: Univ. of Illinois Press (переиздано в 1979 и 1999 гг.), ISBN 978-0-252-06814-0
Хенниг, Вилли (1975), «Кладистический анализ или кладистическая классификация?: ответ Эрнсту Майру» (PDF) , Systematic Zoology , 24 (2): 244–256, doi :10.2307/2412765, JSTOR 2412765, архивировано (PDF) из оригинала 9 октября 2022 г.,отвечая Майру 1974.
Хенниг, Вилли (1999), Филогенетическая систематика (3-е издание книги 1966 года) , Урбана: Издательство Иллинойсского университета, ISBN 978-0-252-06814-0Перевод с немецкой рукописи, опубликованной в 1982 году (Phylogenetische Systematik, Verlag Paul Parey, Берлин).
Джеймс, Фрэнсис К. и Пуртлесс IV, Джон А. (2009), Кладистика и происхождение птиц: обзор и два новых анализа (PDF) , Орнитологические монографии, № 66, Американский союз орнитологов, ISBN 978-0-943610-85-6, заархивировано (PDF) из оригинала 9 октября 2022 г. , извлечено 14 декабря 2010 г.
д'Юи, Жюльен (2012a). «Un Ours dans les étoiles: recherche phylogénétique sur un prehistorique mythe». Prehistoire du Sud-Ouest . 20 (1): 91–106.
д'Юи, Жюльен (2012b), «Мотив Пигмалиона: происхождение афроамериканца и распространение в Африке». Сахара , 23: 49-59 [1].
d'Huy, Julien (2013a), "Polyphemus (Aa. Th. 1137)". "Филогенетическая реконструкция доисторической сказки". Nouvelle Mythologie Comparée / Новая сравнительная мифология 1, [2]
d'Huy, Julien (2013b). «Филогенетический подход к мифологии и его археологические последствия». Rock Art Research . 30 (1): 115–118.
д'Юи, Жюльен (2013c) «Развитие мифов в пунктуациях». Французская мифология , 252, 2013c: 8–12. [3]
d'Huy, Julien (2013d) «Космическая охота в берберском небе: филогенетическая реконструкция палеолитической мифологии». Les Cahiers de l'AARS , 15, 2013d: 93–106. [4]
Джерисон, Гарри Дж. (2003), «О теории в сравнительной психологии», в Стернберг, Роберт Дж.; Кауфман, Джеймс К. (ред.), Эволюция интеллекта , Махвах, Нью-Джерси: Lawrence Erlbaum Associates, Inc., ISBN 978-0-12-385250-2
Лорен, М. и Андерсон, Дж. (2004), «Значение названия Tetrapoda в научной литературе: обмен» (PDF) , Systematic Biology , 53 (1): 68–80, doi : 10.1080/10635150490264716 , PMID 14965901, архивировано (PDF) из оригинала 9 октября 2022 г.[ мертвая ссылка ]
Липо, Карл; О'Брайен, Майкл Дж.; Коллард, Марк; и др., ред. (2006), Картографирование наших предков: филогенетические подходы в антропологии и доистории , Piscataway: Transaction Publishers, ISBN 978-0-202-30751-0
Маас, Филипп (2010–2011), Юрген, Ханнедер; Маас, Филипп (ред.), «Компьютерная стемматика - случай пятидесяти двух текстовых версий Carakasaṃhitā Vimānasthāna 8.67–157», Wiener Zeitschrift für die Kunde Südasiens , 52–53: 63–120, doi : 10.1553/wzks2009- 2010с63
Мейс, Рут; Клэр, Клэр Дж.; Шеннан, Стивен, ред. (2005), Эволюция культурного разнообразия: филогенетический подход , Портленд: Cavendish Press, ISBN 978-1-84472-099-6
Майр, Эрнст (1974), «Кладистический анализ или кладистическая классификация?» (PDF) , Zeitschrift für Zoologische Systematik und Evolutionsforschung , 12 : 94–128, номер документа : 10.1111/j.1439-0469.1974.tb00160.x, заархивировано (PDF) из оригинала 9 октября 2022 г.
Майр, Эрнст (1976), Эволюция и разнообразие жизни (Избранные эссе) , Кембридж, Массачусетс: Издательство Гарвардского университета, ISBN 978-0-674-27105-0Переиздано в 1997 году в мягкой обложке. Включает переиздание антикладистической статьи Майра 1974 года на стр. 433–476, «Кладистический анализ или кладистическая классификация». Это статья, на которую Hennig 1975 является ответом.
Майр, Эрнст (1978), «Происхождение и история некоторых терминов в систематической и эволюционной биологии», Systematic Zoology , 27 (1): 83–88, doi :10.2307/2412818, JSTOR 2412818.
Майр, Эрнст (1982), Рост биологической мысли: разнообразие, эволюция и наследование , Кембридж, Массачусетс: Издательство Гарвардского университета, ISBN 978-0-674-36446-2
Оппенгеймер, Стивен (2006), Происхождение британцев , Лондон: Robinson, ISBN 978-0-7867-1890-0
Паттерсон, Колин (1982), «Морфологические признаки и гомология», в Джойси, Кеннет А.; Фрайдей, А.Е. (ред.), Проблемы филогенетической реконструкции , Ассоциация систематики, Специальный том 21, Лондон: Academic Press, ISBN 978-0-12-391250-3.
Паттерсон, Колин (1988), «Гомология в классической и молекулярной биологии», Молекулярная биология и эволюция , 5 (6): 603–625, doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a040523 , PMID 3065587
de Pinna, MGG (1991), «Концепции и тесты гомологии в кладистической парадигме» (PDF) , Cladistics , 7 (4): 367–394, CiteSeerX 10.1.1.487.2259 , doi :10.1111/j.1096-0031.1991.tb00045.x, S2CID 3551391, заархивировано из оригинала (PDF) 22 июля 2011 г. , извлечено 24 октября 2017 г.
de Queiroz, K. & Gauthier, J. (1992), "Phylogenetic taxonomy" (PDF) , Annual Review of Ecology and Systematics , 23 : 449–480, doi :10.1146/annurev.ecolsys.23.1.449, заархивировано из оригинала (PDF) 20 марта 2012 г. , извлечено 28 июля 2012 г.
Робинсон, Питер М. В. и О'Хара, Роберт Дж. (1996), «Кладистический анализ древнескандинавской рукописной традиции», Research in Humanities Computing , 4 : 115–137 , получено 13 декабря 2010 г.
Росс, Роберт М.; Гринхилл, Саймон Дж.; Аткинсон, Квентин Д. (2013). «Структура населения и культурная география сказки в Европе». Труды Королевского общества B: Биологические науки . 280 (1756): 20123065. doi : 10.1098/rspb.2012.3065. PMC 3574383. PMID 23390109.
Шух, Рэндалл Т. и Брауэр, Эндрю В.З. (2009), Биологическая систематика: принципы и применение (2-е изд.), Cornell University Press, ISBN 978-0-8014-4799-0
Тейлор, Майк (2003), Что означают термины «монофилетический», «парафилетический» и «полифилетический»? , получено 13 декабря 2010 г.
Техрани, Джамшид Дж., 2013, «Филогения Красной Шапочки», PLOS ONE , 13 ноября.[5]
Тремблей, Фредерик (2013), «Николай Гартман и метафизические основы филогенетической систематики», Биологическая теория , 7 (1): 56–68, doi :10.1007/s13752-012-0077-8, S2CID 84932063
Вейгольдт, П. (февраль 1998 г.), «Эволюция и систематика хелицеровых», Experimental and Applied Acarology , 22 (2): 63–79, doi :10.1023/A:1006037525704, S2CID 35595726
Уилер, Квентин (2000), Концепции видов и филогенетическая теория: дебаты , Columbia University Press, ISBN 978-0-231-10143-1
Wiley, EO; Siegel-Causey, D.; Brooks, DR и Funk, VA (1991), «Глава 1. Введение, термины и концепции», The Compleat Cladist: A Primer of Phylogenetic Procedures (PDF) , Музей естественной истории Университета Канзаса, ISBN 978-0-89338-035-9, заархивировано из оригинала (PDF) 3 декабря 2010 г. , извлечено 13 декабря 2010 г.
Уильямс, П. А. (1992), «Путаница в кладизме», Synthese , 01 (1–2): 135–152, doi :10.1007/BF00484973, S2CID 46974048
Внешние ссылки
Послушайте эту статью ( 13 минут )
Этот аудиофайл был создан на основе редакции этой статьи от 30 апреля 2005 года и не отражает последующие правки. ( 2005-04-30 )
Медиа, связанные с кладистикой на Wikimedia Commons
OneZoom: Древо жизни – все живые виды в виде интуитивно понятного и масштабируемого исследователя фракталов (адаптивный дизайн)
Общество Вилли Хеннига
Кладистика (научный журнал Общества Вилли Хеннига)
Коллинз, Аллен Г.; Гуральник, Роб; Смит, Дэйв (1994–2005). «Путешествие в филогенетическую систематику». Музей палеонтологии Калифорнийского университета . Получено 21 января 2010 г.
Фельзенштейн, Джо. "Программы филогении". Сиэтл: Вашингтонский университет . Получено 21 января 2010 г.
О'Нил, Деннис (1998–2008). «Классификация живых существ». Сан-Маркос, Калифорния: Palomar College. Архивировано из оригинала 11 января 2010 г. Получено 21 января 2010 г.
Робинсон, Питер; О'Хара, Роберт Дж. (1992). «Отчет о вызове текстовой критики 1991 года». rjohara.net . Получено 21 января 2010 г. .
Теобальд, Дуглас (1999–2004). «Phylogenetics Primer». Архив TalkOrigins . Получено 21 января 2010 г.